Minimal intervention strategies in logical signaling networks with ASP
- Proposing relevant perturbations to biological signaling networks is central to many problems in biology and medicine because it allows for enabling or disabling certain biological outcomes. In contrast to quantitative methods that permit fine-grained (kinetic) analysis, qualitative approaches allow for addressing large-scale networks. This is accomplished by more abstract representations such as logical networks. We elaborate upon such a qualitative approach aiming at the computation of minimal interventions in logical signaling networks relying on Kleene's three-valued logic and fixpoint semantics. We address this problem within answer set programming and show that it greatly outperforms previous work using dedicated algorithms.
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| Verfasserangaben: | Roland KaminskiORCiD, Torsten H. SchaubORCiDGND, Anne SiegelORCiDGND, Santiago Videla |
|---|---|
| URN: | urn:nbn:de:kobv:517-opus4-415704 |
| DOI: | https://doi.org/10.25932/publishup-41570 |
| ISSN: | 1866-8372 |
| Titel des übergeordneten Werks (Englisch): | Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch Naturwissenschaftliche Reihe |
| Schriftenreihe (Bandnummer): | Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe (596) |
| Publikationstyp: | Postprint |
| Sprache: | Englisch |
| Datum der Erstveröffentlichung: | 13.02.2019 |
| Erscheinungsjahr: | 2013 |
| Veröffentlichende Institution: | Universität Potsdam |
| Datum der Freischaltung: | 13.02.2019 |
| Freies Schlagwort / Tag: | circuits; models; sets; systems biology; transduction |
| Ausgabe: | 4-5 |
| Seitenanzahl: | 16 |
| Erste Seite: | 675 |
| Letzte Seite: | 690 |
| Quelle: | Theory and Practice of Logic Programming 13 (2013) 4-5, pp.675–690 DOI 10.1017/S1471068413000422 |
| Organisationseinheiten: | Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät |
| DDC-Klassifikation: | 0 Informatik, Informationswissenschaft, allgemeine Werke / 00 Informatik, Wissen, Systeme / 004 Datenverarbeitung; Informatik |
| Peer Review: | Referiert |
| Publikationsweg: | Open Access |
| Fördermittelquelle: | Cambridge University Press (CUP) |
| Lizenz (Deutsch): |  Keine öffentliche Lizenz: Unter Urheberrechtsschutz |
| Externe Anmerkung: | Bibliographieeintrag der Originalveröffentlichung/Quelle |
