Detecting inconsistencies in large biological networks with answer set programming

We introduce an approach to detecting inconsistencies in large biological networks by using answer set programming. To this end, we build upon a recently proposed notion of consistency between biochemical/genetic reactions and high-throughput profiles of cell activity. We then present an approach based on answer set programming to check the consistency of large-scale data sets. Moreover, we extend this methodology to provide explanations for inconsistencies by determining minimal representations of conflicts. In practice, this can be used to identify unreliable data or to indicate missing reactions.

Metadaten
Verfasserangaben:	Martin Gebser ORCiD, Torsten H. Schaub ORCiD GND, Sven Thiele ORCiD GND, Philippe Veber
URN:	urn:nbn:de:kobv:517-opus4-412467
DOI:	https://doi.org/10.25932/publishup-41246
ISSN:	1866-8372
Titel des übergeordneten Werks (Englisch):	Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe
Schriftenreihe (Bandnummer):	Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe (561)
Publikationstyp:	Postprint
Sprache:	Englisch
Datum der Erstveröffentlichung:	30.01.2019
Erscheinungsjahr:	2011
Veröffentlichende Institution:	Universität Potsdam
Datum der Freischaltung:	30.01.2019
Freies Schlagwort / Tag:	answer set programming; bioinformatics; consistency; diagnosis
Ausgabe:	561
Seitenanzahl:	38
Quelle:	Theory and Practice of Logic Programming 11 (2011) 2–3, pp. 323–360 DOI 10.1017/S1471068410000554
Organisationseinheiten:	Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät
DDC-Klassifikation:	0 Informatik, Informationswissenschaft, allgemeine Werke / 00 Informatik, Wissen, Systeme / 004 Datenverarbeitung; Informatik
Peer Review:	Referiert
Publikationsweg:	Open Access
Fördermittelquelle:	Cambridge University Press (CUP)
Lizenz (Deutsch):	Keine öffentliche Lizenz: Unter Urheberrechtsschutz
Externe Anmerkung:	Bibliographieeintrag der Originalveröffentlichung/Quelle