Modeling biological networks by action languages via answer set programming

We describe an approach to modeling biological networks by action languages via answer set programming. To this end, we propose an action language for modeling biological networks, building on previous work by Baral et al. We introduce its syntax and semantics along with a translation into answer set programming, an efficient Boolean Constraint Programming Paradigm. Finally, we describe one of its applications, namely, the sulfur starvation response-pathway of the model plant Arabidopsis thaliana and sketch the functionality of our system and its usage.

Metadaten
Verfasserangaben:	Steve Dworschak, Susanne Grell, Victoria J. Nikiforova, Torsten H. Schaub ORCiD GND, Joachim Selbig GND
URN:	urn:nbn:de:kobv:517-opus4-429846
DOI:	https://doi.org/10.25932/publishup-42984
ISSN:	1866-8372
Titel des übergeordneten Werks (Deutsch):	Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch Naturwissenschaftliche Reihe
Schriftenreihe (Bandnummer):	Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe (843)
Publikationstyp:	Postprint
Sprache:	Englisch
Datum der Erstveröffentlichung:	10.03.2020
Erscheinungsjahr:	2008
Veröffentlichende Institution:	Universität Potsdam
Datum der Freischaltung:	10.03.2020
Freies Schlagwort / Tag:	action language; answer set programming; biological network model
Ausgabe:	843
Seitenanzahl:	47
Quelle:	Constraints 13 (2008) 21–65 DOI: 10.1007/s10601-007-9031-y
Organisationseinheiten:	Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät
DDC-Klassifikation:	0 Informatik, Informationswissenschaft, allgemeine Werke / 00 Informatik, Wissen, Systeme / 004 Datenverarbeitung; Informatik
Peer Review:	Referiert
Publikationsweg:	Open Access
Lizenz (Deutsch):	Keine öffentliche Lizenz: Unter Urheberrechtsschutz