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Distribution of first-reaction times with target regions on boundaries of shell-like domains

  • We study the probability density function (PDF) of the first-reaction times between a diffusive ligand and a membrane-bound, immobile imperfect target region in a restricted 'onion-shell' geometry bounded by two nested membranes of arbitrary shapes. For such a setting, encountered in diverse molecular signal transduction pathways or in the narrow escape problem with additional steric constraints, we derive an exact spectral form of the PDF, as well as present its approximate form calculated by help of the so-called self-consistent approximation. For a particular case when the nested domains are concentric spheres, we get a fully explicit form of the approximated PDF, assess the accuracy of this approximation, and discuss various facets of the obtained distributions. Our results can be straightforwardly applied to describe the PDF of the terminal reaction event in multi-stage signal transduction processes.

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    SHA-512:7ecd3dcc7da9a50cd3030cac2a14861e6b2114c09e60905f6508b4358e950a2d7bb0d3bb47210de0a559e15804bc91d5496e57b29a4a7d0f15502430718de63d

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Verfasserangaben:Denis S. GrebenkovORCiD, Ralf MetzlerORCiDGND, Gleb OshaninORCiDGND
URN:urn:nbn:de:kobv:517-opus4-557542
DOI:https://doi.org/10.25932/publishup-55754
ISSN:1866-8372
Titel des übergeordneten Werks (Deutsch):Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe
Schriftenreihe (Bandnummer):Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe (1255)
Verlag:Universitätsverlag Potsdam
Verlagsort:Potsdam
Publikationstyp:Postprint
Sprache:Englisch
Datum der Erstveröffentlichung:25.07.2022
Erscheinungsjahr:2021
Veröffentlichende Institution:Universität Potsdam
Datum der Freischaltung:25.07.2022
Freies Schlagwort / Tag:approximate methods; diffusion; first-passage time; first-reaction time; shell-like geometries
Aufsatznummer:123049
Seitenanzahl:23
Erste Seite:1
Letzte Seite:23
Organisationseinheiten:Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät / Institut für Physik und Astronomie
DDC-Klassifikation:5 Naturwissenschaften und Mathematik / 53 Physik / 530 Physik
Peer Review:Referiert
Publikationsweg:Open Access / Green Open-Access
Lizenz (Deutsch):License LogoCC-BY - Namensnennung 4.0 International
Externe Anmerkung:Bibliographieeintrag der Originalveröffentlichung/Quelle
Verstanden ✔
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