TRAPID
- Transcriptome analysis through next-generation sequencing technologies allows the generation of detailed gene catalogs for non-model species, at the cost of new challenges with regards to computational requirements and bioinformatics expertise. Here, we present TRAPID, an online tool for the fast and efficient processing of assembled RNA-Seq transcriptome data, developed to mitigate these challenges. TRAPID offers high-throughput open reading frame detection, frameshift correction and includes a functional, comparative and phylogenetic toolbox, making use of 175 reference proteomes. Benchmarking and comparison against state-of-the-art transcript analysis tools reveals the efficiency and unique features of the TRAPID system. TRAPID is freely available at http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/trapid/.
Volltext Dateien herunterladen
SHA-1: d29fd6c45dd8eea69036c16416f47b36db8928e0
Weitere Dienste
| Verfasserangaben: | Michiel Van BelORCiD, Sebastian ProostORCiD, Christophe Van NesteORCiD, Dieter Deforce, Yves Van de PeerORCiD, Klaas VandepoeleORCiD |
|---|---|
| URN: | urn:nbn:de:kobv:517-opus4-436409 |
| DOI: | https://doi.org/10.25932/publishup-43640 |
| ISSN: | 1866-8372 |
| Titel des übergeordneten Werks (Deutsch): | Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe |
| Untertitel (Englisch): | an efficient online tool for the functional and comparative analysis of de novo RNA-Seq transcriptomes |
| Schriftenreihe (Bandnummer): | Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe (900) |
| Publikationstyp: | Postprint |
| Sprache: | Englisch |
| Datum der Erstveröffentlichung: | 19.05.2020 |
| Erscheinungsjahr: | 2013 |
| Veröffentlichende Institution: | Universität Potsdam |
| Datum der Freischaltung: | 19.05.2020 |
| Freies Schlagwort / Tag: | functional annotation; gene family; gene ontology; reference database; reference proteomes |
| Ausgabe: | 900 |
| Seitenanzahl: | 12 |
| Quelle: | Genome Biology 14 (2013) R134 DOI: 10.1186/gb-2013-14-12-r134 |
| Organisationseinheiten: | Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät |
| DDC-Klassifikation: | 5 Naturwissenschaften und Mathematik / 57 Biowissenschaften; Biologie / 570 Biowissenschaften; Biologie |
| Peer Review: | Referiert |
| Publikationsweg: | Open Access |
| Lizenz (Englisch): |  Creative Commons - Namensnennung 2.0 Generic |
| Externe Anmerkung: | Bibliographieeintrag der Originalveröffentlichung/Quelle |
