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An ion-controlled four-color fluorescent telomeric switch on DNA origami structures

  • The folding of single-stranded telomeric DNA into guanine (G) quadruplexes is a conformational change that plays a major role in sensing and drug targeting. The telomeric DNA can be placed on DNA origami nanostructures to make the folding process extremely selective for K+ ions even in the presence of high Na+ concentrations. Here, we demonstrate that the K+-selective G-quadruplex formation is reversible when using a cryptand to remove K+ from the G-quadruplex. We present a full characterization of the reversible switching between single-stranded telomeric DNA and G-quadruplex structures using Förster resonance energy transfer (FRET) between the dyes fluorescein (FAM) and cyanine3 (Cy3). When attached to the DNA origami platform, the G-quadruplex switch can be incorporated into more complex photonic networks, which is demonstrated for a three-color and a four-color FRET cascade from FAM over Cy3 and Cy5 to IRDye700 with G-quadruplex-Cy3 acting as a switchable transmitter.

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Verfasserangaben:Lydia OlejkoORCiDGND, Piotr J. Cywiński, Ilko BaldORCiDGND
DOI:https://doi.org/10.1039/C6NR00119J
ISSN:2040-3372
ISSN:2040-3364
Titel des übergeordneten Werks (Englisch):Nanoscale
Verlag:RSC Publ.
Verlagsort:Cambridge
Publikationstyp:Wissenschaftlicher Artikel
Sprache:Englisch
Datum der Erstveröffentlichung:15.04.2016
Erscheinungsjahr:2016
Veröffentlichende Institution:Universität Potsdam
Datum der Freischaltung:15.09.2016
Freies Schlagwort / Tag:3-color fret; assemblies; g-quadruplex; nanostructures; photonic wires; quantum dots; recognition; resonance energy-transfer; sensitivity; strand breakage
Band:8
Erste Seite:10339
Letzte Seite:10347
Organisationseinheiten:Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät / Institut für Chemie
DDC-Klassifikation:5 Naturwissenschaften und Mathematik / 54 Chemie / 540 Chemie und zugeordnete Wissenschaften
Peer Review:Referiert
Publikationsweg:Open Access
Fördermittelquelle:RSC
Lizenz (Englisch):License LogoCreative Commons - Namensnennung 3.0 Unported
Externe Anmerkung:Zweitveröffentlichung in der Schriftenreihe Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe ; 254
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