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Assessing modularity using a random matrix theory approach

  • Random matrix theory (RMT) is well suited to describing the emergent properties of systems with complex interactions amongst their constituents through their eigenvalue spectrums. Some RMT results are applied to the problem of clustering high dimensional biological data with complex dependence structure amongst the variables. It will be shown that a gene relevance or correlation network can be constructed by choosing a correlation threshold in a principled way, such that it corresponds to a block diagonal structure in the correlation matrix, if such a structure exists. The structure is then found using community detection algorithms, but with parameter choice guided by RMT predictions. The resulting clustering is compared to a variety of hierarchical clustering outputs and is found to the most generalised result, in that it captures all the features found by the other considered methods.

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Verfasserangaben:Kristen Feher, James Whelan, Samuel Müller
DOI:https://doi.org/10.2202/1544-6115.1667
ISSN:2194-6302
ISSN:1544-6115
Titel des übergeordneten Werks (Englisch):Statistical applications in genetics and molecular biology
Verlag:De Gruyter
Verlagsort:Berlin
Publikationstyp:Wissenschaftlicher Artikel
Sprache:Englisch
Jahr der Erstveröffentlichung:2011
Erscheinungsjahr:2011
Datum der Freischaltung:26.03.2017
Freies Schlagwort / Tag:clustering; modularity; random matrix theory
Band:10
Ausgabe:1
Seitenanzahl:36
Fördernde Institution:Marie Curie Early Stage Training Fellowship Programme [MEST-CT-2004-513973 BIOSTAR]
Organisationseinheiten:Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät / Institut für Biochemie und Biologie
Peer Review:Referiert
Verstanden ✔
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