MP-GeneticSynth: inferring biological network regulations from time series
- MP-GeneticSynth is a Java tool for discovering the logic and regulation mechanisms responsible for observed biological dynamics in terms of finite difference recurrent equations. The software makes use of: (i) metabolic P systems as a modeling framework, (ii) an evolutionary approach to discover flux regulation functions as linear combinations of given primitive functions, (iii) a suitable reformulation of the least squares method to estimate function parameters considering simultaneously all the reactions involved in complex dynamics. The tool is available as a plugin for the virtual laboratory MetaPlab. It has graphical and interactive interfaces for data preparation, a priori knowledge integration, and flux regulator analysis.
| Verfasserangaben: | Alberto Castellini, Daniele Paltrinieri, Vincenzo Manca |
|---|---|
| DOI: | https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu694 |
| ISSN: | 1367-4803 |
| ISSN: | 1460-2059 |
| Pubmed ID: | https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25344496 |
| Titel des übergeordneten Werks (Englisch): | Bioinformatics |
| Verlag: | Oxford Univ. Press |
| Verlagsort: | Oxford |
| Publikationstyp: | Wissenschaftlicher Artikel |
| Sprache: | Englisch |
| Jahr der Erstveröffentlichung: | 2015 |
| Erscheinungsjahr: | 2015 |
| Datum der Freischaltung: | 27.03.2017 |
| Band: | 31 |
| Ausgabe: | 5 |
| Seitenanzahl: | 3 |
| Erste Seite: | 785 |
| Letzte Seite: | 787 |
| Fördernde Institution: | CBMC (Center for Biomedical Computing), University of Verona |
| Organisationseinheiten: | Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät / Institut für Biochemie und Biologie |
| Peer Review: | Referiert |
