004 Datenverarbeitung; Informatik
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Background: For heterogeneous tissues, such as blood, measurements of gene expression are confounded by relative proportions of cell types involved. Conclusions have to rely on estimation of gene expression signals for homogeneous cell populations, e.g. by applying micro-dissection, fluorescence activated cell sorting, or in-silico deconfounding. We studied feasibility and validity of a non-negative matrix decomposition algorithm using experimental gene expression data for blood and sorted cells from the same donor samples. Our objective was to optimize the algorithm regarding detection of differentially expressed genes and to enable its use for classification in the difficult scenario of reversely regulated genes. This would be of importance for the identification of candidate biomarkers in heterogeneous tissues.
Results: Experimental data and simulation studies involving noise parameters estimated from these data revealed that for valid detection of differential gene expression, quantile normalization and use of non-log data are optimal. We demonstrate the feasibility of predicting proportions of constituting cell types from gene expression data of single samples, as a prerequisite for a deconfounding-based classification approach. Classification cross-validation errors with and without using deconfounding results are reported as well as sample-size dependencies. Implementation of the algorithm, simulation and analysis scripts are available.
Conclusions: The deconfounding algorithm without decorrelation using quantile normalization on non-log data is proposed for biomarkers that are difficult to detect, and for cases where confounding by varying proportions of cell types is the suspected reason. In this case, a deconfounding ranking approach can be used as a powerful alternative to, or complement of, other statistical learning approaches to define candidate biomarkers for molecular diagnosis and prediction in biomedicine, in realistically noisy conditions and with moderate sample sizes.
Die Evaluierung von Lehrveranstaltungen hat in vielen Lehreinrichtungen eine lange Tradition. In diesen klassischen Evaluierungsszenarien werden einmalig pro Semester Umfragebögen an die Studierenden verteilt und anschließend manuell ausgewertet. Die Ergebnisse sind dann zumeist am Ende der Vorlesungszeit vorhanden und geben einen punktuellen Einblick in die Qualität der Lehrveranstaltung bis zum Zeitpunkt der durchgeführten Evaluation. In diesem Artikel stellen wir das Konzept des Rapid Feedback, seine Einsatzmöglichkeiten in universitären Lehrveranstaltungen und eine prototypische Integration in eine koaktive Lern- und Arbeitsumgebung vor.
Projektmanagement-Kompetenzen werden von Unternehmen unterschiedlichster Branchen mit wachsender Priorität betrachtet und eingefordert. Als Beitrag zu einer kompetenzorientierten Ausbildung werden in diesem Paper interdisziplinäre Studienmodule als Bestandteil des Wirtschaftsinformatik-Studiums vorgestellt. Zielsetzung der Studienmodule ist die Befähigung der Studierenden, konkrete Projekte unter Nutzung von standardisierten Werkzeugen und Methoden nach dem IPMA-Standard planen und durchführen zu können.
Large open-source software projects involve developers with a wide variety of backgrounds and expertise. Such software projects furthermore include many internal APIs that developers must understand and use properly. According to the intended purpose of these APIs, they are more or less frequently used, and used by developers with more or less expertise. In this paper, we study the impact of usage patterns and developer expertise on the rate of defects occurring in the use of internal APIs. For this preliminary study, we focus on memory management APIs in the Linux kernel, as the use of these has been shown to be highly error prone in previous work. We study defect rates and developer expertise, to consider e.g., whether widely used APIs are more defect prone because they are used by less experienced developers, or whether defects in widely used APIs are more likely to be fixed.
We present the tool Kato which is, to the best of our knowledge, the first tool for plagiarism detection that is directly tailored for answer-set programming (ASP). Kato aims at finding similarities between (segments of) logic programs to help detecting cases of plagiarism. Currently, the tool is realised for DLV programs but it is designed to handle various logic-programming syntax versions. We review basic features and the underlying methodology of the tool.
We present an approach that provides automatic or semi-automatic support for evolution and change management in heterogeneous legacy landscapes where (1) legacy heterogeneous, possibly distributed platforms are integrated in a service oriented fashion, (2) the coordination of functionality is provided at the service level, through orchestration, (3) compliance and correctness are provided through policies and business rules, (4) evolution and correctness-by-design are supported by the eXtreme Model Driven Development paradigm (XMDD) offered by the jABC (Margaria and Steffen in Annu. Rev. Commun. 57, 2004)—the model-driven service oriented development platform we use here for integration, design, evolution, and governance. The artifacts are here semantically enriched, so that automatic synthesis plugins can field the vision of Enterprise Physics: knowledge driven business process development for the end user.
We demonstrate this vision along a concrete case study that became over the past three years a benchmark for Semantic Web Service discovery and mediation. We enhance the Mediation Scenario of the Semantic Web Service Challenge along the 2 central evolution paradigms that occur in practice: (a) Platform migration: platform substitution of a legacy system by an ERP system and (b) Backend extension: extension of the legacy Customer Relationship Management (CRM) and Order Management System (OMS) backends via an additional ERP layer.
KoProV
(2010)
In der universitären Lehre ändert sich der Leitgedanke von einer qualifikationsorientierten hin zu einer kompetenzorientierten Ausbildung. Der Begriff Kompetenz lässt sich dabei grob in die fachlichen und die überfachlichen Kompetenzen unterteilen. Insbesondere die Vermittlung von Schlüsselqualifikationen hat in der Lehre von naturwissenschaftlichen Fachrichtungen nur unzureichend Einzug erhalten. Während der klassische Vorlesungsbetrieb auf den Erwerb von Fachkompetenz zielt, stoßen ausschließlich projektorientierte Veranstaltungen schnell an ihre Grenzen hinsichtlich der Teilnehmergröße oder Umfang der Lerninhalte. Um auf geeignete Art und Weise den Erwerb von überfachlichen Kompetenzen zu ermöglichen, bedarf es neuer didaktischer Konzepte, die eine engere Verknüpfung von klassischen Vorlesungen und dem projektorientierten Lernen vorsehen. In diesem Sinne versucht der skizzierte Ansatz der koordinierten Projektvorlesung(KoProV) Wissensvermittlung im Rahmen von Vorlesungseinheiten mit koordinierten Praxisphasen in Teilgruppen zu verbinden. Für eine erfolgreiche Durchführung und Erarbeitung des begleitenden Praxisprojektes durch mehrere Teilgruppen sind organisatorische und technische Randbedingungen zu beachten.
Roughly every third Wikipedia article contains an infobox - a table that displays important facts about the subject in attribute-value form. The schema of an infobox, i.e., the attributes that can be expressed for a concept, is defined by an infobox template. Often, authors do not specify all template attributes, resulting in incomplete infoboxes. With iPopulator, we introduce a system that automatically populates infoboxes of Wikipedia articles by extracting attribute values from the article's text. In contrast to prior work, iPopulator detects and exploits the structure of attribute values for independently extracting value parts. We have tested iPopulator on the entire set of infobox templates and provide a detailed analysis of its effectiveness. For instance, we achieve an average extraction precision of 91% for 1,727 distinct infobox template attributes.
In der letzten Jahren ist die Zahl der erfolgreichen Prüfungen von Studierenden im Informatikkurs des ersten Studienjahres für verschiedene Studiengänge an der Universität Óbuda stark gesunken. Dies betrifft Prüfungen in den Teilgebieten Rechnerarchitektur, Betrieb von Peripheriegeräten, Binäre Codierung und logische Operationen, Computerviren, Computernetze und das Internet, Steganographie und Kryptographie, Betriebsysteme. Mehr als der Hälfte der Studenten konnte die Prüfungen der ersten Semester nicht erfolgreich absolvieren. Die hier vorgelegte Analyse der Studienleistungen zielt darauf ab, Gründe für diese Entwicklung zu identifizieren, die Zahl der Abbrecher zu reduzieren und die Leistungen der Studenten zu verbessern. Die Analyse zeigt, dass die Studenten die erforderlichen Lehrmaterialen erst ein bis zwei Tage vor oder sogar erst am Tag der Klausuren vom Server downloaden, so dass sie nicht mehr hinreichend Zeit zum Lernen haben. Diese Tendenz zeigt sich bei allen Teilgebieten des Studiengangs. Ein Mangel an kontinuierlicher Mitarbeit scheint einer der Gründe für ein frühes Scheitern zu sein. Ferner zeigt sich die Notwendigkeit, dass bei den Lehrangeboten in Informatik auf eine kontinuierliche Kommunikation mit den Studierenden und Rückmeldung zu aktuellen Unterrichtsinhalten zu achten ist. Dies kann durch motivierende Maßnahmen zur Teilnahme an den Übungen oder durch kleine wöchentliche schriftliche Tests geschehen.
Zusammenfassung: Game-based Learning und Edutainment sind aktuelle Schlagworte im Bereich der Hochschulausbildung. Zunächst verbindet man damit die Integration einer Spiel- und Spaßkultur in die herkömmlichen Lehrveranstaltungen wie Vorlesungen, Übungen, Praktika und Seminare. Die nachfolgenden Ausführungen gehen einer genaueren Begriffsanalyse nach und untersuchen, ob Game-based Learning und Edutainment tatsächlich neuartige Unterrichtsformen erfordern oder neue didaktische Überlegungen in bestehendes Unterrichtsgeschehen bringen – oder ob es nicht doch an einigen Stellen „alter Wein in neuen Schläuchen“ ist.