Refine
Document Type
- Article (4)
- Other (2)
- Doctoral Thesis (1)
- Postprint (1)
Is part of the Bibliography
- yes (8) (remove)
Keywords
- acute kidney injury (2)
- end-stage kidney disease (2)
- genome-wide association (2)
- rapid eGFRcrea decline (2)
- study (2)
- Predictive markers (1)
- Risk factors (1)
- X-rays: stars (1)
- binaries: close (1)
- binaries: eclipsing (1)
Reproducibility is a defining feature of science, but the extent to which it characterizes current research is unknown. We conducted replications of 100 experimental and correlational studies published in three psychology journals using high-powered designs and original materials when available. Replication effects were half the magnitude of original effects, representing a substantial decline. Ninety-seven percent of original studies had statistically significant results. Thirty-six percent of replications had statistically significant results; 47% of original effect sizes were in the 95% confidence interval of the replication effect size; 39% of effects were subjectively rated to have replicated the original result; and if no bias in original results is assumed, combining original and replication results left 68% with statistically significant effects. Correlational tests suggest that replication success was better predicted by the strength of original evidence than by characteristics of the original and replication teams.
A catalog of genetic loci associated with kidney function from analyses of a million individuals
(2019)
Chronic kidney disease (CKD) is responsible for a public health burden with multi-systemic complications. Through transancestry meta-analysis of genome-wide association studies of estimated glomerular filtration rate (eGFR) and independent replication (n = 1,046,070), we identified 264 associated loci (166 new). Of these,147 were likely to be relevant for kidney function on the basis of associations with the alternative kidney function marker blood urea nitrogen (n = 416,178). Pathway and enrichment analyses, including mouse models with renal phenotypes, support the kidney as the main target organ. A genetic risk score for lower eGFR was associated with clinically diagnosed CKD in 452,264 independent individuals. Colocalization analyses of associations with eGFR among 783,978 European-ancestry individuals and gene expression across 46 human tissues, including tubulo-interstitial and glomerular kidney compartments, identified 17 genes differentially expressed in kidney. Fine-mapping highlighted missense driver variants in 11 genes and kidney-specific regulatory variants. These results provide a comprehensive priority list of molecular targets for translational research.
Gilbert et al. conclude that evidence from the Open Science Collaboration’s Reproducibility Project: Psychology indicates high reproducibility, given the study methodology. Their very optimistic assessment is limited by statistical misconceptions and by causal inferences from selectively interpreted, correlational data. Using the Reproducibility Project: Psychology data, both optimistic and pessimistic conclusions about reproducibility are possible, and neither are yet warranted.
Rapid decline of glomerular filtration rate estimated from creatinine (eGFRcrea) is associated with severe clinical endpoints. In contrast to cross-sectionally assessed eGFRcrea, the genetic basis for rapid eGFRcrea decline is largely unknown. To help define this, we meta-analyzed 42 genome-wide association studies from the Chronic Kidney Diseases Genetics Consortium and United Kingdom Biobank to identify genetic loci for rapid eGFRcrea decline. Two definitions of eGFRcrea decline were used: 3 mL/min/1.73m(2)/year or more ("Rapid3"; encompassing 34,874 cases, 107,090 controls) and eGFRcrea decline 25% or more and eGFRcrea under 60 mL/min/1.73m(2) at follow-up among those with eGFRcrea 60 mL/min/1.73m(2) or more at baseline ("CKDi25"; encompassing 19,901 cases, 175,244 controls). Seven independent variants were identified across six loci for Rapid3 and/or CKDi25: consisting of five variants at four loci with genome-wide significance (near UMOD-PDILT (2), PRKAG2, WDR72, OR2S2) and two variants among 265 known eGFRcrea variants (near GATM, LARP4B). All these loci were novel for Rapid3 and/or CKDi25 and our bioinformatic follow-up prioritized variants and genes underneath these loci. The OR2S2 locus is novel for any eGFRcrea trait including interesting candidates. For the five genome-wide significant lead variants, we found supporting effects for annual change in blood urea nitrogen or cystatin-based eGFR, but not for GATM or (LARP4B). Individuals at high compared to those at low genetic risk (8-14 vs. 0-5 adverse alleles) had a 1.20-fold increased risk of acute kidney injury (95% confidence interval 1.08-1.33). Thus, our identified loci for rapid kidney function decline may help prioritize therapeutic targets and identify mechanisms and individuals at risk for sustained deterioration of kidney function.
Rapid decline of glomerular filtration rate estimated from creatinine (eGFRcrea) is associated with severe clinical endpoints. In contrast to cross-sectionally assessed eGFRcrea, the genetic basis for rapid eGFRcrea decline is largely unknown. To help define this, we meta-analyzed 42 genome-wide association studies from the Chronic Kidney Diseases Genetics Consortium and United Kingdom Biobank to identify genetic loci for rapid eGFRcrea decline. Two definitions of eGFRcrea decline were used: 3 mL/min/1.73m(2)/year or more ("Rapid3"; encompassing 34,874 cases, 107,090 controls) and eGFRcrea decline 25% or more and eGFRcrea under 60 mL/min/1.73m(2) at follow-up among those with eGFRcrea 60 mL/min/1.73m(2) or more at baseline ("CKDi25"; encompassing 19,901 cases, 175,244 controls). Seven independent variants were identified across six loci for Rapid3 and/or CKDi25: consisting of five variants at four loci with genome-wide significance (near UMOD-PDILT (2), PRKAG2, WDR72, OR2S2) and two variants among 265 known eGFRcrea variants (near GATM, LARP4B). All these loci were novel for Rapid3 and/or CKDi25 and our bioinformatic follow-up prioritized variants and genes underneath these loci. The OR2S2 locus is novel for any eGFRcrea trait including interesting candidates. For the five genome-wide significant lead variants, we found supporting effects for annual change in blood urea nitrogen or cystatin-based eGFR, but not for GATM or (LARP4B). Individuals at high compared to those at low genetic risk (8-14 vs. 0-5 adverse alleles) had a 1.20-fold increased risk of acute kidney injury (95% confidence interval 1.08-1.33). Thus, our identified loci for rapid kidney function decline may help prioritize therapeutic targets and identify mechanisms and individuals at risk for sustained deterioration of kidney function.
Das Ziel dieser Arbeit ist es, die Strukturen im äußeren Erdkern zu untersuchen und Rückschlüsse auf die sich daraus ergebenden Konsequenzen für geodynamische Modellvorstellungen zu ziehen. Die Untersuchung der Kernphasenkaustik B mit Hilfe einer kumulierten Amplituden-Entfernungskurve ist Gegenstand des ersten Teils. Dazu werden die absoluten Amplituden der PKP-Phasen im Entfernungsbereich von 142 ° bis 147 ° bestimmt und mit den Amplituden synthetischer Seismogramme verglichen. Als Datenmaterial dienen die Breitbandregistrierungen des Deutschen Seismologischen Re-gionalnetzes (GRSN 1 ) und des Arrays Gräfenberg (GRF). Die verwendeten Wellen-formen werden im WWSSN-SP-Frequenzbereich gefiltert. Als Datenbasis dienen vier Tiefherdbeben der Subduktionszone der Neuen Hebriden (Vanuatu Island) und vier Nuklearexplosionen, die auf dem Mururoa und Fangataufa Atoll im Südpazifik stattgefunden haben. Beide Regionen befinden sich vom Regionalnetz aus gesehen in einer Epizentraldistanz von ungefähr 145 °. Die Verwendung eines homogen instrumentierten Netzes von Detektoren und die Anwendung von Stations- und Magnitudenkorrekturen verringern den Hauptteil der Streuung bei den Amplitudenwerten. Dies gilt auch im Vergleich zu Untersuchungen von langperiodischen Amplituden im Bereich der Kernphasenkaustik (Häge, 1981). Ein weiterer Grund für die geringe Streuung ist die ausschließliche Verwendung von Ereignissen mit kurzer impulsiver Herdzeitfunktion. Erst die geringe Streuung der Amplitudenwerte ermöglicht eine Interpretation der Daten. Die theoretischen Amplitudenkurven der untersuchten Erdmodelle zeigen im Bereich der Kaustik B einen gleichartigen Kurvenverlauf. Bei allen Berechnungen wird ein einheitliches Modell für die Güte der P- und S-Wellen verwendet, das sich aus den Q-Werten der Modelle CIT112 und PREM 2 zusammensetzt. Die mit diesem Q-Modell berechneten Amplituden liegen in geringem Maße oberhalb der gemessenen Amplituden. Dies braucht nicht berücksichtigt zu werden, da die kumulierte Amplituden-Entfernungskurve anhand der Lage des Maximums auf der Entfernungsachse ausgewertet wird. Folglich wird darauf verzichtet, ein alternatives Q-Modell zu entwickeln. Hinsichtlich der Lage des Kaustikmaximums lassen sich die untersuchten Erdmodelle in zwei Kategorien einteilen. Eine Gruppe besteht aus den Modellen IASP91 und 1066B, deren Maxima bei 144.6 ° und 144.7 ° liegen. Zur zweiten Gruppe von Modellen zählen AK135, PREM und SP6 mit den Maxima bei 145.1 ° und 145.2 ° (SP6). Die gemessene Amplitudenkurve hat ihr Maximum bei 145 °. Alle Entfernungsangaben beziehen sich auf eine Herdtiefe von 200 km. Die Kaustikentfernung für einen Oberflächenherd ist jeweils um 0.454 ° größer als die angegeben Werte. Damit liegen die Maxima der Modelle AK135 und PREM nur 0.1 ° neben dem der gemessenen kumulierten Amplitudenkurve. Daher wird auf die Erstellung eines eigenen Modells verzichtet, da dieses eine unwesentlich verbesserte Amplitudenkurve aufweisen würde. Das Ergebnis der Untersuchung ist die Erstellung einer gemessenen kumulierten Amplituden-Entfernungskurve für die Kaustik B. Die Kurve legt die Position der Kaustik B für kurzperiodische Daten auf ± 0.15 ° fest und bestimmt damit, welche Erdmodelle für die Beschreibung der Amplituden im Entfernungsbereich der Kaustik B besonders geeignet sind. Die Erdmodelle AK135 und PREM, ergänzt durch ein einheitliches Q-Modell, geben den Verlauf der Amplituden am besten wieder. Da die Amplitudenkurven beider Modelle nahe beieinander liegen, sind sie als gleichwertig zu bezeichnen. Im zweiten Teil der Arbeit wird die Struktur der Übergangszone in den inneren Erdkern anhand des spektralen Abklingens der Phase PKP(BC)diff am Punkt C der Laufzeitkurve untersucht. Der physikalische Prozeß der Beugung ist für die starke Abnahme der Amplituden dieser Phase verantwortlich. Die Diffraktion beeinflußt das Abklingverhalten verschiedener Frequenzanteile des seismischen Signals auf unterschiedliche Weise. Eine Deutung des Verhaltens erfordert die Berechnung von Abklingspektren. Dabei wird die Abschwächung des PKP(BC)diff Signals für acht Frequenzen zwischen 6.4 s und 1.25 Hz ermittelt und als Spektrum dargestellt. Die Form des Abklingspektrums ist charakteristisch für die Beschaffenheit der Geschwindigkeitsstruktur direkt oberhalb der Grenze zum inneren Erdkern (GIK). Die Beben, deren Kernphasen im Regionalnetz als diffraktierte Kernphasen BCdiff registriert werden, liegen in einem Entfernungsbereich jenseits von 150 °. In dieser Distanz befinden sich die Erdbebenherde der Tonga-Fidschi-Subduktionszone, deren Breitbandaufzeichnungen verwendet werden. Die Auswertung unkorrigierter Wellenformen ergibt Abklingspektren, die mit plausiblen Erdmodellen nicht in Einklang zu bringen sind. Aus diesem Grund werden die Daten einer spektralen Stationskorrektur unterzogen, die eigens zu diesem Zweck ermittelt wird. Am Beginn der Auswertung steht eine Prüfung bekannter Erdmodelle mit unterschiedlichen Geschwindigkeitsstrukturen oberhalb der GIK. Zu den untersuchten Modellen zählen PREM, IASP91, AK135Q, PREM2, SP6, OICM2 und eine Variante des PREM. Die Untersuchung ergibt, daß Modelle, die einen verringerten Gradienten oberhalb der GIK aufweisen, eine bessere Übereinstimmung mit den gemessenen Daten zeigen als Modelle ohne diese Übergangszone. Zur Verifikation dieser These wird ein Erdmodell, das keinen verringerten Gradienten oberhalb der GIK besitzt (PREM), durch eine Reihe unterschiedlicher Geschwindigkeitsverläufe in diesem Bereich ergänzt und deren synthetische Seismogramme berechnet. Das Resultat der Untersuchung sind zwei Varianten des PREM, deren Frequenzanalyse eine gute Übereinstimmung mit den Daten zeigt. Das Abklingspektrum des Erdmodells PD47, das in einer 380 km mächtigen Schicht einen negativen Gradienten besitzt, zeigt eine große Ähnlichkeit mit den gemessenen Spektren. Dennoch kann es nicht als realistisches Modell angesehen werden, da der Punkt C in einer zu großen Entfernung liegt. Darüber hinaus müßte die zu kurze Differenzlaufzeit zwischen PKP(AB) und PKP(DF) beziehungsweise PKIKP durch eine größere Änderung der Geschwindigkeitsstruktur im inneren Kern kompensiert werden. Es wird deshalb das Modell PD27a favorisiert, das diese Nachteile nicht aufweist. PD27a besitzt eine Schicht konstanter Geschwindigkeit oberhalb der GIK mit einer Mächtigkeit von 150 km. Die Art des Geschwindigkeitsverlaufs steht im Einklang mit der geodynamischen Modellvorstellung, nach der eine Anreicherung leichter Elemente oberhalb der GIK vorliegt, die als Ursache für die Konvektion im äußeren Erdkern anzusehen ist.
We present an overview of four deep phase-constrained Chandra HETGS X-ray observations of delta Ori A. Delta Ori A is actually a triple system that includes the nearest massive eclipsing spectroscopic binary, delta Ori Aa, the only such object that can be observed with little phase-smearing with the Chandra gratings. Since the fainter star, delta Ori Aa2, has a much lower X-ray luminosity than the brighter primary (delta Ori Aa1), delta Ori Aa provides a unique system with which to test the spatial distribution of the X-ray emitting gas around delta Ori Aa1 via occultation by the photosphere of, and wind cavity around, the X-ray dark secondary. Here we discuss the X-ray spectrum and X-ray line profiles for the combined observation, having an exposure time of nearly 500 ks and covering nearly the entire binary orbit. The companion papers discuss the X-ray variability seen in the Chandra spectra, present new space-based photometry and ground-based radial velocities obtained simultaneously with the X-ray data to better constrain the system parameters, and model the effects of X-rays on the optical and UV spectra. We find that the X-ray emission is dominated by embedded wind shock emission from star Aa1, with little contribution from the tertiary star Ab or the shocked gas produced by the collision of the wind of Aa1 against the surface of Aa2. We find a similar temperature distribution to previous X-ray spectrum analyses. We also show that the line half-widths are about 0.3-0.5 times the terminal velocity of the wind of star Aa1. We find a strong anti-correlation between line widths and the line excitation energy, which suggests that longer-wavelength, lower-temperature lines form farther out in the wind. Our analysis also indicates that the ratio of the intensities of the strong and weak lines of Fe XVII and Ne X are inconsistent with model predictions, which may be an effect of resonance scattering.