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Background: For omics experiments, detailed characterisation of experimental material with respect to its genetic features, its cultivation history and its treatment history is a requirement for analyses by bioinformatics tools and for publication needs. Furthermore, meta-analysis of several experiments in systems biology based approaches make it necessary to store this information in a standardised manner, preferentially in relational databases. In the Golm Plant Database System, we devised a data management system based on a classical Laboratory Information Management System combined with web-based user interfaces for data entry and retrieval to collect this information in an academic environment.
Results: The database system contains modules representing the genetic features of the germplasm, the experimental conditions and the sampling details. In the germplasm module, genetically identical lines of biological material are generated by defined workflows, starting with the import workflow, followed by further workflows like genetic modification (transformation), vegetative or sexual reproduction. The latter workflows link lines and thus create pedigrees. For experiments, plant objects are generated from plant lines and united in so-called cultures, to which the cultivation conditions are linked. Materials and methods for each cultivation step are stored in a separate ACCESS database of the plant cultivation unit. For all cultures and thus every plant object, each cultivation site and the culture's arrival time at a site are logged by a barcode-scanner based system. Thus, for each plant object, all site-related parameters, e. g. automatically logged climate data, are available. These life history data and genetic information for the plant objects are linked to analytical results by the sampling module, which links sample components to plant object identifiers. This workflow uses controlled vocabulary for organs and treatments. Unique names generated by the system and barcode labels facilitate identification and management of the material. Web pages are provided as user interfaces to facilitate maintaining the system in an environment with many desktop computers and a rapidly changing user community. Web based search tools are the basis for joint use of the material by all researchers of the institute.
Conclusion: The Golm Plant Database system, which is based on a relational database, collects the genetic and environmental information on plant material during its production or experimental use at the Max-Planck-Institute of Molecular Plant Physiology. It thus provides information according to the MIAME standard for the component 'Sample' in a highly standardised format. The Plant Database system thus facilitates collaborative work and allows efficient queries in data analysis for systems biology research.
Two experiments tested how faithfully German children aged 4; 5 to 5; 6 reproduce ditransitive sentences that are unmarked or marked with respect to word order and focus (Exp1) or definiteness (Exp2). Adopting an optimality theory (OT) approach, it is assumed that in the German adult grammar word order is ranked lower than focus and definiteness. Faithfulness of children's reproductions decreased as markedness of inputs increased; unmarked structures were reproduced most faithfully and unfaithful outputs had most often an unmarked form. Consistent with the OT proposal, children were more tolerant against inputs marked for word order than for focus; in conflict with the proposal, children were less tolerant against inputs marked for word order than for definiteness. Our results suggest that the linearization of objects in German double object constructions is affected by focus and definiteness, but that prosodic principles may have an impact on the position of a focused constituent.
1. Teil A – Theoretische Grundlegung der Arbeit Die wissenschaftliche Arbeit beginnt mit der Darstellung der Problemstellung und der Zielsetzung der wissenschaftlichen Arbeit. Es wird deutlich aufgezeigt werden, dass sich die Lehre des Qualitätsmanagements (QM) nur sehr unzureichend mit den sozialen Aspekten der Information & Kommunikation (I&K) und dem organisatorischen Wandel beschäftigt hat. Aus diesen beiden Unterkapiteln werden die Forschungsfragen abgeleitet und der weitere Aufbau der Arbeit konstruiert. (Kapitel 1). Aufgrund der Problemstellung startet das zweite Kapitel im Rahmen der theoretischen Grundlagen mit der sozialen Systemtheorie. Die Entscheidung für die soziale Systemtheorie wird begründet. Im Zusammenhang mit den sozialen Aspekten der I&K werden die relevanten Erkenntnisbeiträge der sozialen Systemtheorien als einzelne Komponenten vorgestellt. Diese Komponenten werden dann zu einem systemtheoretischen I&K-Modell (SEM) zusammengefügt. (Kapitel 2). Damit die beiden Disziplinen QM und soziale Systemtheorie miteinander verbunden werden können, bedarf es im dritten Kapitel der Dissertation einer Vorstellung der dafür notwendigen und relevanten Inhalte des QM. Im Zuge der Vorstellung der Inhalte des QM werden diese bereits mit der sozialen Systemtheorie verknüpft, um damit aufzuzeigen, wie QMS durch I&K existieren und operieren (Kapitel 3). Das vierte Kapitel verbindet dann die beiden Disziplinen QM und soziale Systemtheorie miteinander, wodurch ein systemtheoretisches QM-Modell (SQM) entsteht. Dieses Modell erklärt den Zusammenhang von QM, I&K und organisatorischem Wandel(Kapitel 4). 2. Teil B – Empirische Untersuchung Für die empirische Untersuchung wird in Kapitel fünf das allgemeine Forschungsdesign hergeleitet werden. Darauf folgt die Vorstellung des Aufbaus und der Abfolge von Interviews und eines Fragebogens (Kapitel 5). Das sechste Kapitel erklärt die Zielsetzung, Hintergrund und Methodik der Experteninterviews mit den Qualitätsmanagementbeauftragten (QMB) und unter-sucht die gängige Praxis des QM bzgl. der sozialen Aspekte der I&K. (Kapitel 6). Das Kapitel sieben erklärt die Zielsetzung, Hintergrund und Methodik der Interviews mit den Unternehmen der Best-Practise (BP). (Kapitel 7). Im Kapitel acht werden die Ursache und Wirkung der sozialen Aspekte der I&K über die Unternehmenskultur im Rahmen eines QMS dargestellt. (Kapitel 8). Im Kapitel neun erfolgt ein Resümee der empirischen Untersuchungen. Die Ergebnisse der empirischen Untersuchungen werden kritisch gewürdigt. Des Weiteren wird aufgezeigt, welcher weitere empirische Forschungsbedarf aufgedeckt wurde.(Kapitel 9). 3. Teil C - Abschluss Der Schlussteil der Arbeit beginnt mit dem zehnten Kapitel durch die Herleitung und Begründung von Verbesserungspotentialen und Handlungsempfehlungen für die Praxis im QM.(Kapitel 10). Im elften Kapitel erfolgt die Beantwortung der Forschungsfragen und der kritischen Würdigung der generierten Erkenntnisse.(Kapitel 11). Im zwölften Kapitel endet die Arbeit mit einem Ausblick auf weiteren Forschungsbedarf, welcher durch das Ergebnis dieser Arbeit entstanden ist (Kapitel 12).