Detecting inconsistencies in large biological networks with answer set programming
- We introduce an approach to detecting inconsistencies in large biological networks by using answer set programming. To this end, we build upon a recently proposed notion of consistency between biochemical/genetic reactions and high-throughput profiles of cell activity. We then present an approach based on answer set programming to check the consistency of large-scale data sets. Moreover, we extend this methodology to provide explanations for inconsistencies by determining minimal representations of conflicts. In practice, this can be used to identify unreliable data or to indicate missing reactions.
| Verfasserangaben: | Martin GebserORCiD, Torsten H. SchaubORCiDGND, Sven Thiele, Philippe Veber |
|---|---|
| DOI: | https://doi.org/10.1017/S1471068410000554 |
| ISSN: | 1471-0684 |
| Titel des übergeordneten Werks (Englisch): | Theory and practice of logic programming |
| Verlag: | Cambridge Univ. Press |
| Verlagsort: | New York |
| Publikationstyp: | Wissenschaftlicher Artikel |
| Sprache: | Englisch |
| Jahr der Erstveröffentlichung: | 2011 |
| Erscheinungsjahr: | 2011 |
| Datum der Freischaltung: | 26.03.2017 |
| Freies Schlagwort / Tag: | answer set programming; bioinformatics; consistency; diagnosis |
| Band: | 11 |
| Ausgabe: | 5-6 |
| Seitenanzahl: | 38 |
| Erste Seite: | 323 |
| Letzte Seite: | 360 |
| Organisationseinheiten: | Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät / Institut für Informatik und Computational Science |
| Peer Review: | Referiert |
| Name der Einrichtung zum Zeitpunkt der Publikation: | Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät / Institut für Informatik |
| Externe Anmerkung: | Zweitveröffentlichung in der Schriftenreihe Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe ; 561 |
