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Myoviruses, bacteriophages with T4-like architecture, must contract their tails prior to DNA release. However, quantitative kinetic data on myovirus particle opening are lacking, although they are promising tools in bacteriophage-based antimicrobial strategies directed against Gram-negative hosts. For the first time, we show time-resolved DNA ejection from a bacteriophage with a contractile tail, the multi-O-antigen-specific Salmonella myovirus Det7. DNA release from Det7 was triggered by lipopolysaccharide (LPS) O-antigen receptors and notably slower than in noncontractile-tailed siphoviruses. Det7 showed two individual kinetic steps for tail contraction and particle opening. Our in vitro studies showed that highly specialized tailspike proteins (TSPs) are necessary to attach the particle to LPS. A P22-like TSP confers specificity for the Salmonella Typhimurium O-antigen. Moreover, crystal structure analysis at 1.63 angstrom resolution confirmed that Det7 recognized the Salmonella Anatum O-antigen via an E15-like TSP, DettilonTSP. DNA ejection triggered by LPS from either host showed similar velocities, so particle opening is thus a process independent of O-antigen composition and the recognizing TSP. In Det7, at permissive temperatures TSPs mediate O-antigen cleavage and couple cell surface binding with DNA ejection, but no irreversible adsorption occurred at low temperatures. This finding was in contrast to short-tailed Salmonella podoviruses, illustrating that tailed phages use common particle-opening mechanisms but have specialized into different infection niches.
Synthesis and Optical Properties of alpha,beta-Unsaturated Ketones Bearing a Benzofuran Moiety
(2015)
Five pi-expanded alpha,beta-unsaturated ketones have been prepared from a strongly electron-rich benzofuran derivative via Knoevenagel reaction and aldol condensation. The incorporation of two 6-didodecylaminobenzofuran-2-yl groups at the periphery of D-pi-A and D-pi-A-pi-D molecules resulted in dyes with excellent solubility in the majority of organic solvents. In contrast to the majority of alpha,beta-unsaturated ketones, these dyes emit relatively strongly in the red region with a fluorescence quantum yield up to 40%. They also display strong solvatofluorochromism with emission shifting from 570 nm in toluene to 670 nm in CHCl3. Depending on the chemical structure, they two-photon cross-sections (sigma(2)) are up to 1700 GM (1 GM=10(50) cm(4)s photon(-1)).
LCST-type synthetic thermoresponsive polymers can reversibly respond to certain stimuli in aqueous media with a massive change of their physical state. When fluorophores, that are sensitive to such changes, are incorporated into the polymeric structure, the response can be translated into a fluorescence signal. Based on this idea, this thesis presents sensing schemes which transduce the stimuli-induced variations in the solubility of polymer chains with covalently-bound fluorophores into a well-detectable fluorescence output. Benefiting from the principles of different photophysical phenomena, i.e. of fluorescence resonance energy transfer and solvatochromism, such fluorescent copolymers enabled monitoring of stimuli such as the solution temperature and ionic strength, but also of association/disassociation mechanisms with other macromolecules or of biochemical binding events through remarkable changes in their fluorescence properties. For instance, an aqueous ratiometric dual sensor for temperature and salts was developed, relying on the delicate supramolecular assembly of a thermoresponsive copolymer with a thiophene-based conjugated polyelectrolyte. Alternatively, by taking advantage of the sensitivity of solvatochromic fluorophores, an increase in solution temperature or the presence of analytes was signaled as an enhancement of the fluorescence intensity. A simultaneous use of the sensitivity of chains towards the temperature and a specific antibody allowed monitoring of more complex phenomena such as competitive binding of analytes. The use of different thermoresponsive polymers, namely poly(N-isopropylacrylamide) and poly(meth)acrylates bearing oligo(ethylene glycol) side chains, revealed that the responsive polymers differed widely in their ability to perform a particular sensing function. In order to address questions regarding the impact of the chemical structure of the host polymer on the sensing performance, the macromolecular assembly behavior below and above the phase transition temperature was evaluated by a combination of fluorescence and light scattering methods. It was found that although the temperature-triggered changes in the macroscopic absorption characteristics were similar for these polymers, properties such as the degree of hydration or the extent of interchain aggregations differed substantially. Therefore, in addition to the demonstration of strategies for fluorescence-based sensing with thermoresponsive polymers, this work highlights the role of the chemical structure of the two popular thermoresponsive polymers on the fluorescence response. The results are fundamentally important for the rational choice of polymeric materials for a specific sensing strategy.
Gesunde sowie qualitativ hochwertige Nahrungsmittel sind wichtige Voraussetzungen, um einerseits die Lebensmittelsicherheit entlang der Wertschöpfungskette (Wachstum, Verarbeitung, Lagerung und Transport) und andererseits einen vorbeugenden Verbraucherschutz zu gewährleisten. Die Belastung der Nahrung mit Rückständen jeglicher Art war in letzter Zeit häufig Mittelpunkt heftiger öffentlicher Diskussionen. Zahlreiche Untersuchungen haben gezeigt, dass unter bestimmten Bedingungen durch Pilze gebildete Giftstoffe, so genannte Mykotoxine, die Ernteprodukte belasten und es bei deren Verzehr durch Menschen oder Tiere zu Vergiftungen kommen kann. Die FAO schätzt, dass etwa 25% der Weltproduktion von Nahrungsmitteln mit Mykotoxinen kontaminiert und in 20% der Getreideernte der Europäischen Union messbare Konzentrationen an Mykotoxinen detektierbar sind. Damit die Lebensmittelsicherheit weiterhin gewährleistet bleibt, werden neben den Routinemethoden schnellere und zerstörungsfreie Methoden benötigt, um die Lebensmittel direkt vor Ort auf Schimmelpilze und deren Mykotoxine zu untersuchen. In dieser Arbeit wird das Potenzial von ausgewählten optisch-basierten spektroskopischen Methoden für die in-situ bzw. in-line Detektion von Schimmelpilzen sowie Mykotoxinen in Getreide(produkten) untersucht. Es werden Absorptions- und Reflexionsmethoden einerseits und Fluoreszenztechniken andererseits eingesetzt. Die spektroskopischen Methoden werden dabei auf Proben unterschiedlicher Komplexität angewandt - beginnend mit der Untersuchung der photophysikalischen Eigenschaften der reinen Mykotoxine in Lösung über künstlich mit verschiedenen Mykotoxinen kontaminierten Getreideproben bis hin zu mit Pilzen befallenem Getreide und hochveredelte Lebensmittel (Wein und Bier) als Proben höchster Komplexität.
Es wird ein Überblick über verschiedene spektroskopische Techniken, mit denen dünne organische Schichten, wie sie in der Fotovoltaik, bei Leuchtdioden oder organischen Halbleitern Anwendung finden, gegeben. Mit einfachen Zusatzgeräten lassen sich Schichtdicke, Schichtaufbau und Zusammensetzung untersuchen. Die Schichtdicke kann monomolekular sein. Unter bestimmten Voraussetzungen sind einzelne Moleküle in einer Schicht charakterisierbar.
Point-of-care and in-vivo bio-diagnostic tools are the current need for the present critical scenarios in the healthcare industry. The past few decades have seen a surge in research activities related to solving the challenges associated with precise on-site bio-sensing. Cutting-edge fiber optic technology enables the interaction of light with functionalized fiber surfaces at remote locations to develop a novel, miniaturized and cost-effective lab on fiber technology for bio-sensing applications. The recent remarkable developments in the field of nanotechnology provide innumerable functionalization methodologies to develop selective bio-recognition elements for label free biosensors. These exceptional methods may be easily integrated with fiber surfaces to provide highly selective light-matter interaction depending on various transduction mechanisms. In the present review, an overview of optical fiber-based biosensors has been provided with focus on physical principles used, along with the functionalization protocols for the detection of various biological analytes to diagnose the disease. The design and performance of these biosensors in terms of operating range, selectivity, response time and limit of detection have been discussed. In the concluding remarks, the challenges associated with these biosensors and the improvement required to develop handheld devices to enable direct target detection have been highlighted.
Signaling pathways in biological systems rely on specific interactions between multiple biomolecules. Fluorescence fluctuation spectroscopy provides a powerful toolbox to quantify such interactions directly in living cells. Cross-correlation analysis of spectrally separated fluctuations provides information about intermolecular interactions but is usually limited to two fluorophore species. Here, we present scanning fluorescence spectral correlation spectroscopy (SFSCS), a versatile approach that can be implemented on commercial confocal microscopes, allowing the investigation of interactions between multiple protein species at the plasma membrane. We demonstrate that SFSCS enables cross-talk-free cross-correlation, diffusion, and oligomerization analysis of up to four protein species labeled with strongly overlapping fluorophores. As an example, we investigate the interactions of influenza A virus (IAV) matrix protein 2 with two cellular host factors simultaneously. We furthermore apply raster spectral image correlation spectroscopy for the simultaneous analysis of up to four species and determine the stoichiometry of ternary IAV polymerase complexes in the cell nucleus.
Gegenstand der Arbeit ist die lichtinduzierte Orientierung von multifunktionalen Polymeren, die u.a. für die Herstellung von optischen Schichten in Flüssigkristalldisplays verwendet werden können. Dafür wurden Polymere entwickelt, die wenigstens eine mesogene und eine lichtsensitive Gruppe enthalten. Diese Gruppen zeigen Eigenschaften, die für die Orientierung der kompletten Polymerfilme verantwortlich sind. Das Material wird dafür zunächst in einem ersten Schritt kurz mit linear polarisiertem Licht bestrahlt, wobei richtungsabhängig eine photochemische Reaktion an der lichtsensitiven Gruppe erfolgt und dadurch ein "Orientierungskeim" gelegt wird. Durch die thermische Ausrichtung der mesogenen Gruppen an den photochemisch generierten "Orientierungskeimen" erfolgt die komplette Orientierung des Filmes in einem zweiten Schritt. Dadurch wird eine hohe optische Anisotropie erhalten. Dieses Verfahren wurde als Zwei-Stufen-Bulk-Orientierungsprozess bezeichnet. In der vorliegenden Arbeit wurden die Photoreaktionen verschiedener lichtsensitiver Gruppen, wie z. B. Azobenzen, Stilben und Zimtsäureester und deren Orientierungsfähigkeit in flüssigkristallinen Polymeren untersucht. Der Orientierungsprozess wurde durch die Wahl geeigneter Bestrahlungsbedingungen optimiert. Die Effizienz der Orientierung wurde anhand der sich verändernden winkelabhängigen Absorptionseigenschaften und der Doppelbrechung des Materials analysiert. Es wurde gezeigt, dass eine effiziente lichtinduzierte Orientierung bei einer Vielzahl von flüssigkristallinen Polymeren realisierbar ist. So wurde z. B. erstmalig gefunden, dass durch eine Photo-Fries-Orientierung eine hohe optische Anisotropie erhalten werden kann. Außerdem wurde eine neue lichtsensitive Gruppe auf der Basis von Donor-Akzeptor-substituiertem Ethen entwickelt, die farbneutral ist und durch polarisiertes UV-Licht sowohl orientiert als auch re-orientiert werden kann. Es wurden weiterhin Polymere entwickelt, die zusätzlich zu den photosensitiven und flüssigkristallinen Einheiten, fluoreszierende Gruppen enthalten. Die Auswahl geeigneter Fluoreszenzverbindungen erfolgte aufgrund ihrer anisometrischen Form, ihrer Ordnungsparameter in einer niedermolekularen Flüssigkristallmischung und ihrer Photostabilität. Das Orientierungsverhalten von ausgewählten Fluorophoren wurde in sechs Ter- und zwei Copolymeren untersucht. Das Prinzip der Orientierung beruht auf einer kooperativen Ausrichtung der Seitengruppen. Aus diesem Grund kommt dem Nachweis der Kooperativität in der vorliegenden Arbeit eine besondere Stellung zu. Durch lichtinduzierte Bulk-Orientierung wurden Filme erhalten, welche durch eine richtungsabhängige Fluoreszenz und Absorption im sichtbaren- oder UV-Bereich charakterisiert sind. Die Fluoreszenz wird durch einige lichtsensitive Verbindungen komplett gelöscht. Die wahlweise erhaltenen anisotropen Filme von farbigen, fluoreszierenden oder farbneutralen Verbindungen, die zudem in kleinen Pixeln von wenigen Mikrometern orientiert werden können, eröffnen vielfältige Möglichkeiten für den Einsatz von multi-funktionalen Polymeren als optische Schichten in Flüssigkristalldisplays.
Eine Nutzung der optischen Anisotropie dünner Schichten ist vor allem für die Displaytechnologie, die optische Datenspeicherung und für optische Sicherheitselemente von hoher Bedeutung. Diese Doktorarbeit befasst sich mit theoretischen und experimentellen Untersuchung von dreidimensionaler Anisotropie und dabei insbesondere mit der Untersuchung von lichtinduzierter dreidimensionaler Anisotropie in organischen dünnen Polymer-Schichten. Die gewonnenen Erkentnisse und entwickelten Methoden können wertvolle Beiträge für Optimierungsprozesse, wie bei der Kompensation der Blickwinkelabhängigkeit von Flüssigkristall-Displays, liefern. Die neue Methode der Immersions-Transmissions-Ellipsometrie (ITE) zur Untersuchung von dünneren Schichten wurde im Rahmen dieser Dissertation entwickelt. Diese Methode gestattet es, in Kombination mit konventioneller Reflexions- und Transmissionsellipsometrie, die absoluten dreidimensionalen Brechungsindices einer biaxialen Schicht zu bestimmen. Erstmals gelang es damit, das dreidimensionale Brechungsindexellipsoid von transparenten, dünneren (150 nm) Filmen hochgenau (drei Stellen hinter dem Komma) zu bestimmen. Die ITE-Methode hat demzufolge das Potential, auch bei noch dünneren Schichten mit Gewinn eingesetzt werden zu können. Die lichtinduzierte Generierung von dreidimensionaler Anisotropie wurde in dünnen Schichten von azobenzenhaltigen und zimtsäurehaltigen, amorphen und flüssig-kristallinen Homo- und Copolymeren untersucht. Erstmals wurden quantitative Untersuchungen zur Änderung von lichtinduzierten, dreidimensionalen Anisotropien in dünnen Schichten von azobenzenhaltigen und zimtsäurehaltigen Polymeren bei Tempern oberhalb der Glastemperatur durchgeführt. Bei vielen der untersuchten Polymere war die dreidimensionale Ordnung nach dem Bestrahlen mit polarisiertem Licht und anschließendem Tempern oberhalb der Glastemperatur scheinbar von der Schichtdicke abhängig. Die Ursache liegt wohl in der, mit der neuentwickelten ITE-Methode detektierten, planaren Ausgangsorientierung der aufgeschleuderten dünneren Schichten. Um Verkippungs-Gradienten in dickeren Polymerschichten in ihrem Verlauf zu bestimmen, wurde eine spezielle Methode unter Benutzung der Wellenleitermoden-Spektroskopie entwickelt. Quantenchemisch bestimmte, maximal induzierbare Doppelbrechungen in flüssig-kristallinen Polymeren wurden mit den experimentell gefundenen Ordnungen verglichen.