TY - JOUR A1 - Eilers, Elisabeth Johanna A1 - Kleine, Sandra A1 - Eckert, Silvia A1 - Waldherr, Simon A1 - Müller, Caroline T1 - Flower production, headspace volatiles, pollen nutrients, and florivory in tanacetum vulgare chemotypes JF - Frontiers in plant science : FPLS N2 - Floral volatiles and reward traits are major drivers for the behavior of mutualistic as well as antagonistic flower visitors, i.e., pollinators and florivores. These floral traits differ tremendously between species, but intraspecific differences and their consequences on organism interactions remain largely unknown. Floral volatile compounds, such as terpenoids, function as cues to advertise rewards to pollinators, but should at the same time also repel florivores. The reward composition, e.g., protein and lipid contents in pollen, differs between individuals of distinct plant families. Whether the nutritional value of rewards within the same plant species is linked to their chemotypes, which differ in their pattern of specialized metabolites, has yet not been investigated. In the present study, we compared Tanacetum vulgare plants of five terpenoid chemotypes with regard to flower production, floral headspace volatiles, pollen macronutrient and terpenoid content, and floral attractiveness to florivorous beetles. Our analyses revealed remarkable differences between the chemotypes in the amount and diameter of flower heads, duration of bloom period, and pollen nutritional quality. The floral headspace composition of pollen-producing mature flowers, but not of premature flowers, was correlated to that of pollen and leaves in the same plant individual. For two chemotypes, florivorous beetles discriminated between the scent of mature and premature flower heads and preferred the latter. In semi-field experiments, the abundance of florivorous beetles and flower tissue miners differed between T. vulgare chemotypes. Moreover, the scent environment affected the choice and beetles were more abundant in homogenous plots composed of one single chemotype than in plots with different neighboring chemotypes. In conclusion, flower production, floral metabolic composition and pollen quality varied to a remarkable extend within the species T. vulgare, and the attractiveness of floral scent differed also intra-individually with floral ontogeny. We found evidence for a trade-off between pollen lipid content and pollen amount on a per-plant-level. Our study highlights that chemotypes which are more susceptible to florivory are less attacked when they grow in the neighborhood of other chemotypes and thus gain a benefit from high overall chemodiversity. KW - terpenoids KW - gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) KW - Asteraceae KW - protein KW - lipid-ratio KW - insect behavior KW - Phalacridae KW - chemodiversity Y1 - 2021 U6 - https://doi.org/10.3389/fpls.2020.611877 SN - 1664-462X VL - 11 PB - Frontiers Media CY - Lausanne ER - TY - THES A1 - Schlossarek, Dennis T1 - Identification of dynamic protein-metabolite complexes in saccharomyces cerevisiae using co-fractionation mass spectrometry T1 - Identifikation von dynamischen Protein-Metabolit Komplexes in Saccharomyces cerevisiae unter Nutzung der Co-Fraktionierungs Massenspektrometrie N2 - Cells are built from a variety of macromolecules and metabolites. Both, the proteome and the metabolome are highly dynamic and responsive to environmental cues and developmental processes. But it is not their bare numbers, but their interactions that enable life. The protein-protein (PPI) and protein-metabolite interactions (PMI) facilitate and regulate all aspects of cell biology, from metabolism to mitosis. Therefore, the study of PPIs and PMIs and their dynamics in a cell-wide context is of great scientific interest. In this dissertation, I aim to chart a map of the dynamic PPIs and PMIs across metabolic and cellular transitions. As a model system, I study the shift from the fermentative to the respiratory growth, known as the diauxic shift, in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. To do so, I am applying a co-fractionation mass spectrometry (CF-MS) based method, dubbed protein metabolite interactions using size separation (PROMIS). PROMIS, as well as comparable methods, will be discussed in detail in chapter 1. Since PROMIS was developed originally for Arabidopsis thaliana, in chapter 2, I will describe the adaptation of PROMIS to S. cerevisiae. Here, the obtained results demonstrated a wealth of protein-metabolite interactions, and experimentally validated 225 previously predicted PMIs. Applying orthogonal, targeted approaches to validate the interactions of a proteogenic dipeptide, Ser-Leu, five novel protein-interactors were found. One of those proteins, phosphoglycerate kinase, is inhibited by Ser-Leu, placing the dipeptide at the regulation of glycolysis. In chapter 3, I am presenting PROMISed, a novel web-tool designed for the analysis of PROMIS- and other CF-MS-datasets. Starting with raw fractionation profiles, PROMISed enables data pre-processing, profile deconvolution, scores differences in fractionation profiles between experimental conditions, and ultimately charts interaction networks. PROMISed comes with a user-friendly graphic interface, and thus enables the routine analysis of CF-MS data by non-computational biologists. Finally, in chapter 4, I applied PROMIS in combination with the isothermal shift assay to the diauxic shift in S. cerevisiae to study changes in the PPI and PMI landscape across this metabolic transition. I found a major rewiring of protein-protein-metabolite complexes, exemplified by the disassembly of the proteasome in the respiratory phase, the loss of interaction of an enzyme involved in amino acid biosynthesis and its cofactor, as well as phase and structure specific interactions between dipeptides and enzymes of central carbon metabolism. In chapter 5, I am summarizing the presented results, and discuss a strategy to unravel the potential patterns of dipeptide accumulation and binding specificities. Lastly, I recapitulate recently postulated guidelines for CF-MS experiments, and give an outlook of protein interaction studies in the near future. N2 - Die Zelle besteht aus einer Vielzahl von großen und kleinen Molekülen, und sowohl das Proteom als auch das Metabolom passen sich dynamisch den vorherrschenden Umweltbedingungen oder zellulären Anforderungen an. Allerdings ist es nicht die bloße Menge an biologischen Molekülen, sondern deren Interaktionen miteinander, die das Leben erst ermöglichen. Protein-Protein (PPI) und Protein-Metabolit Interaktionen (PMI) vollbringen und regulieren alle Aspekte der Zelle, vom Stoffwechsel bis zur Mitose. Die Studie dieser Interaktionen ist daher von fundamentalem wissenschaftlichem Interesse. In dieser Dissertation strebe ich an, eine Karte der Protein-Protein und Protein-Metabolit Interaktionen zu zeichnen, die den Übergang vom fermentativen zum respiratioschen Stoffwechsel in der Hefe Saccharomyces cerevisiae umfasst. Zu diesem Zweck nutze ich PROMIS (egl. protein metabolite interactions using size separation), eine auf der co-Fraktionierungs Massensprektrometrie (CF-MS) aufbauende Methode. PROMIS, und ähnliche Methoden zur Untersuchung von Protein-Interkationen, werden ausgiebig in Kapitel 1 vorgestellt. Da PROMIS ursprünglich für die Modellpflanze Arabadopsis thaliana entwickelt wurde, beschreibe ich in Kapitel 2 zunächst die erste Anwendung der Methode in S. cerevisiae. Die Ergebnisse stellen eine Fülle an Protein-Metabolit Interaktionen dar, und 225 zuvor prognostizierte Interaktionen wurden das erste Mal experimentell beschrieben. Mit Hilfe orthogonaler Methoden wurde außerdem eine inhibitorische Interaktion zwischen dem proteinogenen Dipeptid Ser-Leu und einem Enzym der Glykolyse gefunden. In Kapitel 3 präsentiere ich PROMISed, eine neue Web-Anwendung zur Auswertung von Daten von PROMIS oder anderen CF-MS Experimente. PROMISed kann genutzt werden um in rohen Fraktionierungs-Profile lokale Maxima zu finden, aus denen ein Interaktions-Netzwerk basierend auf Korrelationen erstellt wird. Außerdem kann die Anwendung Unterschiede in den Profilen zwischen verschiedenen experimentellen Bedingungen bewerten. PROMISed umfasst eine benutzerfreundliche grafische Oberfläche und bedarf daher keiner Programmierkenntnisse zur Nutzung. In Kapitel 4 benutze ich schließlich PROMIS und ItSA (engl. isothermal shift assay) um PPI und PMI während des Übergangs vom fermentativen zum respiratorischen Stoffwechsel in Hefe zu untersuchen. Hier beschreibe ich eine zellweite Umbildung der Protein-Metabolit-Komplexe, bespielhaft beschrieben anhand des Auseinanderfallens des Proteasoms im respiratorischen Stoffwechsel, des Verlustes der Interaktion zwischen einem Enzym des Aminosäure Stoffwechsels mit seinem Cofaktor und spezifischen Interaktionen zwischen Dipeptiden und Enzymen des zentralen Stoffwechsels. In Kapitel 5 fasse ich die gefundenen Ergebnisse zusammen und stelle eine Strategie zur Untersuchung der Spezifität sowohl der Bildung als auch der Protein-Interaktionen von Dipeptiden vor. Zu aller letzt rekapituliere ich Richtlinien für CF-MS Experimente und gebe einen Ausblick auf die nahe Zukunft der Studien der Protein-Interkationen. KW - Protein KW - Metabolit KW - Interaktion KW - Interaktions Netzwerk KW - Stoffwechsel KW - Saccharomyces cerevisiae KW - protein KW - metabolite KW - interaction KW - interaction network KW - metabolism KW - saccharomyces cerevisiae KW - interactomics KW - proteomics KW - metabolomics Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-582826 ER - TY - THES A1 - Bishop, Christopher Allen T1 - Influence of dairy intake on odd-chain fatty acids and energy metabolism T1 - Einfluss der Milchaufnahme auf ungeradkettige Fettsäuren und Energiestoffwechsel N2 - As of late, epidemiological studies have highlighted a strong association of dairy intake with lower disease risk, and similarly with an increased amount of odd-chain fatty acids (OCFA). While the OCFA also demonstrate inverse associations with disease incidence, the direct dietary sources and mode of action of the OCFA remain poorly understood. The overall aim of this thesis was to determine the impact of two main fractions of dairy, milk fat and milk protein, on OCFA levels and their influence on health outcomes under high-fat (HF) diet conditions. Both fractions represent viable sources of OCFA, as milk fats contain a significant amount of OCFA and milk proteins are high in branched chain amino acids (BCAA), namely valine (Val) and isoleucine (Ile), which can produce propionyl-CoA (Pr-CoA), a precursor for endogenous OCFA synthesis, while leucine (Leu) does not. Additionally, this project sought to clarify the specific metabolic effects of the OCFA heptadecanoic acid (C17:0). Both short-term and long-term feeding studies were performed using male C57BL/6JRj mice fed HF diets supplemented with milk fat or C17:0, as well as milk protein or individual BCAA (Val; Leu) to determine their influences on OCFA and metabolic health. Short-term feeding revealed that both milk fractions induce OCFA in vivo, and the increases elicited by milk protein could be, in part, explained by Val intake. In vitro studies using primary hepatocytes further showed an induction of OCFA after Val treatment via de novo lipogenesis and increased α-oxidation. In the long-term studies, both milk fat and milk protein increased hepatic and circulating OCFA levels; however, only milk protein elicited protective effects on adiposity and hepatic fat accumulation—likely mediated by the anti-obesogenic effects of an increased Leu intake. In contrast, Val feeding did not increase OCFA levels nor improve obesity, but rather resulted in glucotoxicity-induced insulin resistance in skeletal muscle mediated by its metabolite 3-hydroxyisobutyrate (3-HIB). Finally, while OCFA levels correlated with improved health outcomes, C17:0 produced negligible effects in preventing HF-diet induced health impairments. The results presented herein demonstrate that the beneficial health outcomes associated with dairy intake are likely mediated through the effects of milk protein, while OCFA levels are likely a mere association and do not play a significant causal role in metabolic health under HF conditions. Furthermore, the highly divergent metabolic effects of the two BCAA, Leu and Val, unraveled herein highlight the importance of protein quality. N2 - In den letzten Jahren haben epidemiologische Studien einen Zusammenhang zwischen dem Verzehr von Milchprodukten und einem geringeren Krankheitsrisiko sowie einem erhöhten Gehalt an ungeradzahligen Fettsäuren (OCFA) aufgezeigt. Während die OCFA ebenfalls mit einem verminderten Krankheitsrisiko assoziiert sind, ist über die direkten diätetischen Quellen und die physiologische Rolle der OCFA noch wenig bekannt. Das Hauptziel dieser Arbeit war die Untersuchung der Bedeutung der beiden Hauptfraktionen von Milchprodukten, Milchfett und Milchprotein, für den OCFA-Gehalt und ihren Einfluss auf die Gesundheit unter den Bedingungen einer fettreichen Ernährung (HF). Beide Fraktionen sind mögliche OCFA-Quellen, da Milchfette selber signifikante Mengen an OCFA enthalten und Milchproteine einen hohen Anteil an verzweigtkettigen Aminosäuren (BCAA) haben, nämlich Valin (Val) und Isoleucin (Ile), aus denen Propionyl-CoA (Pr-CoA), eine Vorstufe für die endogene OCFA-Synthese, gebildet werden kann, während das für Leucin (Leu) nicht der Fall ist. Außerdem sollten in diesem Projekt die spezifischen metabolischen Auswirkungen der OCFA Heptadecansäure (C17:0) geklärt werden. Dazu wurden Kurzzeit- und Langzeit-Fütterungsstudien mit männlichen C57BL/6JRj-Mäusen durchgeführt, die mit HF-Diäten gefüttert wurden, die mit Milchfett oder C17:0 sowie mit Milchprotein oder einzelnen BCAA (Val; Leu) supplementiert wurden, um deren Einfluss auf die OCFA und die metabolische Gesundheit zu untersuchen. Kurzzeitstudien zeigten, dass beide Milchfraktionen OCFA induzieren, wobei die Erhöhungen durch Milchprotein teilweise durch die Val-Aufnahme erklärt werden konnten. Studien mit primären Hepatozyten zeigten außerdem eine Induktion von OCFA nach Val-Behandlung durch de-novo-Lipogenese und eine erhöhte α-Oxidation. In den Langzeitstudien erhöhten Milchfett und Milchprotein die hepatischen und zirkulierenden OCFA-Spiegel; allerdings hatte nur Milchprotein eine schützende Wirkung auf Adipositas und hepatische Fettansammlung, wahrscheinlich vermittelt durch eine erhöhte Leu-Aufnahme. Im Gegensatz dazu hatte die Val-Supplementierung keinen Einfluss auf die OCFA-Spiegel oder die Entwicklung von Adipositas, führte jedoch zu einer durch Glukotoxizität induzierten Insulinresistenz im Skelettmuskel, vermittelt durch den Val-Metaboliten 3-Hydroxyisobutyrat (3-HIB). Die C17:0-Supplementierung schließlich hatte keine Auswirkungen auf die HF-Diät-induzierte Adipositas und assoziierten Gesundheitsbeeinträchtigungen. Die hier vorgestellten Ergebnisse zeigen, dass die mit dem Verzehr von Milchprodukten verbundenen positiven gesundheitlichen Auswirkungen wahrscheinlich durch die Wirkung von Milchprotein vermittelt werden, während der OCFA-Gehalt wahrscheinlich nur eine Assoziation darstellt und keine signifikante kausale Rolle für die metabolische Gesundheit unter HF-Bedingungen spielt. Die hier aufgeklärten deutlich unterschiedlichen metabolischen Auswirkungen der beiden BCAA Leu und Val unterstreichen zudem die Bedeutung der Proteinqualität. KW - odd chain fatty acids KW - branched chain amino acids KW - protein KW - dairy intake KW - obesity KW - verzweigtkettige Aminosäuren KW - Milcheinnahme KW - Adipositas KW - ungeradkettige Fettsäuren KW - Protein Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-561541 ER - TY - THES A1 - Herpich, Catrin T1 - Fibroblast growth factor 21 and its association with nutritional stimuli in older age N2 - Fibroblast growth differentiation factor 21 (FGF21) is known as a pivotal regulator of the glucose and lipid metabolism. As such, it is considered beneficial and has even been labelled a longevity hormone. Nevertheless, recent observational studies have shown that FGF21 is increased in higher age with possible negative effects such as loss of lean and bone mass as well as decreased survival. Hepatic FGF21 secretion can be induced by various nutritional stimuli such as starvation, high carbohydrate and fat intake as well as protein deficiency.. So far it is still unclear whether the FGF21 response to different macronutrients is altered in older age. An altered response would potentially contribute to explain the higher FGF21 concentrations found in older age. In this publication-based doctoral dissertation, a cross-sectional study as well as a dietary challenge were conducted to investigate the influence of nutrition on FGF21 concentrations and response in older age. In a cross-sectional study, FGF21 concentrations were assessed in older patients with and without cachexia anorexia syndrome anorexia syndrome compared to an older community-dwelling control group. Cachexia anorexia syndrome is a multifactorial syndrome frequently occurring in old age or in the context of an underlying disease. It is characterized by a severe involuntary weight loss, loss of appetite (anorexia) and reduced food intake, therefore representing a state of severe nutrient deficiency, in some aspects similar to starvation. The highest FGF21 concentrations were found in patients with cachexia anorexia syndrome. Moreover, FGF21 was positively correlated with weight loss and loss of appetite. In addition, cachexia anorexia syndrome itself was associated with FGF21 independent of sex, age and body mass index. As cachectic patients presumably exhibit protein malnutrition and FGF21 has been proposed a marker for protein insufficiency, the higher levels of FGF21 in patients with cachexia anorexia syndrome might be partly explained by insufficient protein intake. In order to investigate the acute response of FGF21 to different nutritional stimuli, a dietary challenge with a parallel group design was conducted. Here, healthy older (65-85 years) and younger (18-35 years) adults were randomized to one of four test meals: a dextrose drink, a high carbohydrate, high fat or high protein meal. Over the course of four hours, postprandial FGF21 concentrations (dynamics) were assessed and the FGF21 response (incremental area under the curve) to each test meal was examined.. In a sub-group of older and younger women, also the adiponectin response was investigated, as adiponectin is a known mediator of FGF21 effects on glucose and lipid metabolism. The dietary meal challenge revealed that dextrose and high carbohydrate intake result in higher FGF21 concentrations after four hours in older adults. This was partly explained by higher postprandial glucose concentrations in the old. For high fat ingestion no age differences were found. For the first time, acute FGF21 response to high protein intake was shown. Here, protein ingestion resulted in lower FGF21 concentrations in younger compared to older adults. Furthermore, sufficient protein intake, according to age-dependent recommendations, of the previous day, was associated with lower FGF21 concentrations in both age groups. The higher FGF21 response to dextrose ingestion resulted in a higher adiponectin response in older women, independent of fat mass, insulin resistance, triglyceride concentrations, inflammation and oxidative stress. Following the high fat meal, adiponectin concentrations declined in older women. Adiponectin response was not affected by meal composition in younger women. In summary, this thesis showed a positive association of FGF21 and cachexia anorexia syndrome with concomitant anorexia in older patients. Regarding the acute FGF21 response, a higher response following dextrose and carbohydrate ingestion was found in older compared with younger subjects. This might be attributed to a higher glucose response in older age. Furthermore, it was shown that the higher FGF21 response after dextrose ingestion possibly contributes to a higher adiponectin response in older women, independent of potential metabolic and inflammatory confounders. Acute protein ingestion resulted in a significant decrease in FGF21 concentrations. Moreover, protein intake of the previous day was inversely associated with fasting FGF21 concentrations. This might explain why FGF21 concentrations are higher in cachexia anorexia syndrome. These results therefore support the role of FGF21 as a sensor of protein restriction. N2 - Der Fibroblasten Wachstumsfaktor 21 (FGF21) gilt als wichtiger Regulator des Glukose- und Fettstoffwechsels. Es werden ihm verschiedene förderliche Eigenschaften zugeschrieben und er wurde darüber hinaus als Langlebigkeitshormon bezeichnet. Nichtsdestotrotz konnten Beobachtungsstudien zeigen, dass FGF21 Konzentration im Alter erhöht sind und möglicherweise mit negativen Auswirkungen, wie dem Verlust von Muskel- und Knochenmasse sowie einer geringeren Überlebenswahrscheinlichkeit, verbunden sind. FGF21 Sekretion in der Leber kann durch Hungern und verschiedene Makronährstoffe, wie hohe Kohlenhydrat- und Fettaufnahme, sowie einem Proteinmangel, induziert werden. Bisher ist jedoch unklar, ob sich die FGF21 Response auf verschiedene Makronährstoffe zwischen älteren und jüngeren Erwachsenen unterscheidet. Eine veränderte Response, könnte dazu beitragen die höheren FGF21 Konzentrationen im Alter zu erklären. In dieser vorliegenden kumulativen Dissertation wurden eine Querschnittsstudie sowie ein experimenteller Mahlzeitentest durchgeführt, um den Einfluss von Ernährung auf FGF21 Konzentrationen und die FGF21 Response im Alter zu untersuchen. In der Querschnittsstudie wurden FGF21 Konzentration von älteren PatientInnen mit und ohne Kachexie-Anorexie Syndrom sowie einer älteren Kontrollgruppe verglichen. Kachexie-Anorexie Syndrom ist ein multifaktorielles Syndrom, welches häufig im Alter und im Rahmen verschiedener Erkrankungen auftritt. Charakteristisch hierfür ist ein starker ungewollter Gewichtsverlust, Appetitverlust (Anorexie) sowie eine verminderte Nahrungsaufnahme. Daher repräsentiert das Kachexie-Anorexie Syndrom einen Zustand des schwerwiegenden Nährstoffmangels, der mit Unterernährung bei langanhaltenden Hungerphasen vergleichbar ist. Die höchsten FGF21 Konzentrationen wiesen PatientInnen mit Kachexie-Anorexie Syndrom auf. Des Weiteren korrelierte FGF21 positiv mit Gewichts- und Appetitverlust. Zusätzlich war das Kachexie-Anorexie Syndrom unabhängig von Alter, Geschlecht und BMI mit FGF21 assoziiert. Es ist davon auszugehen, dass PatientInnen mit Kachexie-Anorexie Syndrom eine unzureichende Proteinzufuhr aufweisen. Da FGF21 als Marker für Proteinrestriktion gilt, könnten die hohen FGF21 Konzentrationen bei Kachexie-Anorexie Syndrom teilweise durch eine zu geringe Proteinzufuhr erklärt werden. Um die akute Response von FGF21 auf verschiedene Makronährstoffe zu untersuchen, wurde ein Mahlzeitentest mit parallelen Gruppen durchgeführt. Hierfür erhielten ältere (65-85 Jahre) und jüngere (18-35 Jahre) Erwachsene eine von vier verschiedenen Testmahlzeiten (Dextrose Getränk, Kohlenhydrat-, Fett- und Proteinreiche Mahlzeit). Über vier Stunden wurden postprandiale FGF21 Konzentrationen (Dynamik) bestimmt und die FGF21 Response (inkrementelle Fläche unter der Kurve) auf jede Testmahlzeit untersucht. In einer Subgruppe von älteren und jüngeren Frauen wurde außerdem die Adiponektin Response bestimmt, da Adiponektin bekanntermaßen die Effekte von FGF21 auf den Glukose- und Fettstoffwechsel mediiert. Der Mahlzeitentest konnte zeigen, dass Dextrose und die kohlenhydratreiche Mahlzeit bei älteren Erwachsenen zu höheren FGF21 Konzentrationen nach vier Stunden führten. Dies könnte durch die höheren postprandialen Glukose Konzentrationen der Älteren erklärt werden. Die FGF21 Response auf die fettreiche Mahlzeit wies keine Altersunterschiede auf. Zum ersten Mal konnte die akute FGF21 Response auf eine proteinreiche Mahlzeit gezeigt werden. Hierbei führte die Mahlzeit bei jüngeren im Vergleich zu älteren Erwachsenen zu niedrigeren FGF21 Konzentration nach vier Stunden. Des Weiteren, war das Erreichen der altersspezifischen Proteinzufuhr des Vortrags bei beiden Altersgruppen mit niedrigeren nüchtern FGF21 Konzentrationen assoziiert. Bei älteren Frauen führte die höhere FGF21 Response nach Dextrose Aufnahme zu einer höheren Adiponektin Response, unabhängig von Fettmasse, Insulinresistenz, Triglyzeride Konzentrationen, Inflammation und oxidativem Stress. Nach Einnahme der fettreichen Mahlzeit sanken die Adiponektin Konzentrationen bei älteren Frauen, während bei jüngeren Frauen die Adiponektin Response nicht durch die Zusammensetzung der Mahlzeit beeinflusst wurde. Zusammenfassend konnte diese Dissertation eine positive Assoziation von FGF21 mit Kachexie-Anorexie Syndrom bei gleichzeitiger Anorexie bei älteren PatientInnen zeigen. Bezüglich der akuten Response von FGF21 zeigte sich eine höhere Response auf Dextrose und Kohlenhydrat-Aufnahme bei älteren im Vergleich zu jüngeren ProbandInnen. Dies ist vermutlich auf die erhöhte Glukose Response im Alter zurückzuführen. Des Weiteren konnte gezeigt werden, dass eine höhere FGF21 Response auf Dextrose bei älteren Frauen mit einer veränderten Adiponektin Response einhergingen, unabhängig von potentiellen metabolischen und inflammatorischen Einflussfaktoren. Eine akute hohe Proteinaufnahme führte zu einem deutlichen Abfall der postprandialen FGF21 Konzentrationen. Zudem bestand eine inverse Assoziation zwischen FGF21 Nüchternkonzentrationen und der Proteinzufuhr des Vortags. Dies könnte zum Teil erklären, warum FGF21 Konzentrationen bei Kachexie-Anorexie Syndrom erhöht sind. Demnach unterstützen diese Ergebnisse auch die Rolle von FGF21 als Sensor für Proteinrestriktion. KW - Ageing KW - FGF21 KW - protein KW - postprandial response Y1 - 2021 ER - TY - JOUR A1 - Laux, Eva-Maria A1 - Ermilova, Elena A1 - Pannwitz, Daniel A1 - Gibbons, Jessica A1 - Hölzel, Ralph A1 - Bier, Frank Fabian T1 - Dielectric Spectroscopy of Biomolecules up to 110 GHz JF - Frequenz N2 - Radio-frequency fields in the GHz range are increasingly applied in biotechnology and medicine. In order to fully exploit both their potential and their risks detailed information about the dielectric properties of biological material is needed. For this purpose a measuring system is presented that allows the acquisition of complex dielectric spectra over 4 frequency decade up to 110 GHz. Routines for calibration and for data evaluation according to physicochemical interaction models have been developed. The frequency dependent permittivity and dielectric loss of some proteins and nucleic acids, the main classes of biomolecules, and of their sub-units have been determined. Dielectric spectra are presented for the amino acid alanine, the proteins lysozyme and haemoglobin, the nucleotides AMP and ATP, and for the plasmid pET-21, which has been produced by bacterial culture. Characterisation of a variety of biomolecules is envisaged, as is the application to studies on protein structure and function. KW - dielectric KW - spectroscopy KW - permittivity KW - protein KW - DNA KW - amino acid KW - plasmid Y1 - 2018 U6 - https://doi.org/10.1515/freq-2018-0010 SN - 0016-1136 SN - 2191-6349 VL - 72 IS - 3-4 SP - 135 EP - 140 PB - De Gruyter CY - Berlin ER - TY - JOUR A1 - Bhuvanesh, Thanga A1 - Machatschek, Rainhard Gabriel A1 - Lysyakova, Liudmila A1 - Kratz, Karl A1 - Schulz, Burkhard A1 - Ma, Nan A1 - Lendlein, Andreas T1 - Collagen type-IV Langmuir and Langmuir-Schafer layers as model biointerfaces to direct stem cell adhesion JF - Biomedical materials : materials for tissue engineering and regenerative medicine N2 - In biomaterial development, the design of material surfaces that mimic the extra-cellular matrix (ECM) in order to achieve favorable cellular instruction is rather challenging. Collagen-type IV (Col-IV), the major scaffolding component of Basement Membranes (BM), a specialized ECM with multiple biological functions, has the propensity to form networks by self-assembly and supports adhesion of cells such as endothelial cells or stem cells. The preparation of biomimetic Col-IV network-like layers to direct cell responses is difficult. We hypothesize that the morphology of the layer, and especially the density of the available adhesion sites, regulates the cellular adhesion to the layer. The Langmuir monolayer technique allows for preparation of thin layers with precisely controlled packing density at the air-water (A-W) interface. Transferring these layers onto cell culture substrates using the Langmuir-Schafer (LS) technique should therefore provide a pathway for preparation of BM mimicking layers with controlled cell adherence properties. In situ characterization using ellipsometry and polarization modulation-infrared reflection absorption spectroscopy of Col-IV layer during compression at the A-W interface reveal that there is linear increase of surface molecule concentration with negligible orientational changes up to a surface pressure of 25 mN m(-1). Smooth and homogeneous Col-IV network-like layers are successfully transferred by LS method at 15 mN m(-1) onto poly(ethylene terephthalate) (PET), which is a common substrate for cell culture. In contrast, the organization of Col-IV on PET prepared by the traditionally employed solution deposition method results in rather inhomogeneous layers with the appearance of aggregates and multilayers. Progressive increase in the number of early adherent mesenchymal stem cells (MSCs) after 24 h by controlling the areal Col-IV density by LS transfer at 10, 15 and 20 mN m(-1) on PET is shown. The LS method offers the possibility to control protein characteristics on biomaterial surfaces such as molecular density and thereby, modulate cell responses. KW - collagen-IV KW - basement membrane KW - Langmuir-Schafer films KW - stem cell adhesion KW - protein KW - ellipsometry Y1 - 2019 U6 - https://doi.org/10.1088/1748-605X/aaf464 SN - 1748-6041 SN - 1748-605X VL - 14 IS - 2 PB - Inst. of Physics Publ. CY - Bristol ER - TY - GEN A1 - Küken, Anika A1 - Sommer, Frederik A1 - Yaneva-Roder, Liliya A1 - Mackinder, Luke C.M. A1 - Höhne, Melanie A1 - Geimer, Stefan A1 - Jonikas, Martin C. A1 - Schroda, Michael A1 - Stitt, Mark A1 - Nikoloski, Zoran A1 - Mettler-Altmann, Tabea T1 - Effects of microcompartmentation on flux distribution and metabolic pools in Chlamydomonas reinhardtii chloroplasts T2 - Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe N2 - Cells and organelles are not homogeneous but include microcompartments that alter the spatiotemporal characteristics of cellular processes. The effects of microcompartmentation on metabolic pathways are however difficult to study experimentally. The pyrenoid is a microcompartment that is essential for a carbon concentrating mechanism (CCM) that improves the photosynthetic performance of eukaryotic algae. Using Chlamydomonas reinhardtii, we obtained experimental data on photosynthesis, metabolites, and proteins in CCM-induced and CCM-suppressed cells. We then employed a computational strategy to estimate how fluxes through the Calvin-Benson cycle are compartmented between the pyrenoid and the stroma. Our model predicts that ribulose-1,5-bisphosphate (RuBP), the substrate of Rubisco, and 3-phosphoglycerate (3PGA), its product, diffuse in and out of the pyrenoid, respectively, with higher fluxes in CCM-induced cells. It also indicates that there is no major diffusional barrier to metabolic flux between the pyrenoid and stroma. Our computational approach represents a stepping stone to understanding microcompartmentalized CCM in other organisms. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 1122 KW - carbon concentrating mechanism KW - B12-dependent 1,2-propanediol degradation KW - green algae KW - co2 concentrating mechanism KW - salmonella typhimurium KW - co2 concentration KW - enzyme activities KW - anhydrase CAH3 KW - protein KW - expression Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-446358 SN - 1866-8372 IS - 1122 ER - TY - THES A1 - Banerjee, Pallavi T1 - Glycosylphosphatidylinositols (GPIs) and GPI-anchored proteins tethered to lipid bilayers BT - modelling a complex interplay of carbohydrates, proteins and lipids BT - Modellierung eines komplexen Zusammenspiels von Kohlenhydraten, Proteinen und Lipiden N2 - Glycosylphosphatidylinositols (GPIs) are highly complex glycolipids that serve as membrane anchors to a large variety of eukaryotic proteins. These are covalently attached to a group of peripheral proteins called GPI-anchored proteins (GPI-APs) through a post-translational modification in the endoplasmic reticulum. The GPI anchor is a unique structure composed of a glycan, with phospholipid tail at one end and a phosphoethanolamine linker at the other where the protein attaches. The glycan part of the GPI comprises a conserved pseudopentasaccharide core that could branch out to carry additional glycosyl or phosphoethanolamine units. GPI-APs are involved in a diverse range of cellular processes, few of which are signal transduction, protein trafficking, pathogenesis by protozoan parasites like the malaria- causing parasite Plasmodium falciparum. GPIs can also exist freely on the membrane surface without an attached protein such as those found in parasites like Toxoplasma gondii, the causative agent of Toxoplasmosis. These molecules are both structurally and functionally diverse, however, their structure-function relationship is still poorly understood. This is mainly because no clear picture exists regarding how the protein and the glycan arrange with respect to the lipid layer. Direct experimental evidence is rather scarce, due to which inconclusive pictures have emerged, especially regarding the orientation of GPIs and GPI-APs on membrane surfaces and the role of GPIs in membrane organization. It appears that computational modelling through molecular dynamics simulations would be a useful method to make progress. In this thesis, we attempt to explore characteristics of GPI anchors and GPI-APs embedded in lipid bilayers by constructing molecular models at two different resolutions – all-atom and coarse-grained. First, we show how to construct a modular molecular model of GPIs and GPI-anchored proteins that can be readily extended to a broad variety of systems, addressing the micro-heterogeneity of GPIs. We do so by creating a hybrid link to which GPIs of diverse branching and lipid tails of varying saturation with their optimized force fields, GLYCAM06 and Lipid14 respectively, can be attached. Using microsecond simulations, we demonstrate that GPI prefers to “flop-down” on the membrane, thereby, strongly interacting with the lipid heads, over standing upright like a “lollipop”. Secondly, we extend the model of the GPI core to carry out a systematic study of the structural aspects of GPIs carrying different side chains (parasitic and human GPI variants) inserted in lipid bilayers. Our results demonstrate the importance of the side branch residues as these are the most accessible, and thereby, recognizable epitopes. This finding qualitatively agrees with experimental observations that highlight the role of the side branches in immunogenicity of GPIs and the specificity thereof. The overall flop-down orientation of the GPIs with respect to the bilayer surface presents the side chain residues to face the solvent. Upon attaching the green fluorescent protein (GFP) to the GPI, it is seen to lie in close proximity to the bilayer, interacting both with the lipid heads and glycan part of the GPI. However the orientation of GFP is sensitive to the type of GPI it is attached to. Finally, we construct a coarse-grained model of the GPI and GPI-anchored GFP using a modified version of the MARTINI force-field, using which the timescale is enhanced by at least an order of magnitude compared to the atomistic system. This study provides a theoretical perspective on the conformational behavior of the GPI core and some of its branched variations in presence of lipid bilayers, as well as draws comparisons with experimental observations. Our modular atomistic model of GPI can be further employed to study GPIs of variable branching, and thereby, aid in designing future experiments especially in the area of vaccines and drug therapies. Our coarse-grained model can be used to study dynamic aspects of GPIs and GPI-APs w.r.t plasma membrane organization. Furthermore, the backmapping technique of converting coarse-grained trajectory back to the atomistic model would enable in-depth structural analysis with ample conformational sampling. N2 - Glykosylphosphatidyl-Inositole (GPIs) sind komplex Glykolipide, die insbesondere auf der Oberfläche eukaryotischer Zellen als Verankerung einer Reihe unterschiedlicher Proteine dienen. GPIs werden den Proteinen als post-translationale Modifikationen im endoplasmotischen Reticulum hinzugefügt. Die Verankerung in der Membran wird durch einen Phospholipidrest hergestellt, das Protein ist dann über ein sich daran anschließendes Pseudo-Pentasaccharid und einen Phospoethanolaminrest kovalent an den GPI Anker gebunden. Das Pseudo-Pentasaccharid ist dabei proteinunabhängig eine invariante Struktur, kann aber an bestimmten Stellen durch weitere Carbohydratseitenketten und/oder Phosphoethanolaminreste wesentlich erweitert werden. GPI-verankerte Proteine (engl. GPI-anchored proteins, GPI-APs) sind an einer Reihe zellulärer Prozesse beteiligt; einige davon betreffen intra- und interzelluläre Signalübermittlung oder Proteintransport auf der Zelloberfläche; die Pathogenese vieler Parasiten, wie etwa Plasmodium falciparum (Malaria) wird entscheidend durch GPI-APs bestimmt; es können aber auch die bei vielen parasitischen Einzellern freien, ohne Protein auftretenden GPIs pathogene Wirkung entfalten wie etwa bei der Toxoplasmose (Toxoplasma gondii). Der allgemeine Zusammenhang von Struktur eines GPI-AP und seiner Funktion ist allerdings bis heute zum größten Teil unbekannt. Dies liegt zum einen daran, dass sich kein klares Bild zeichnen lässt, wie ein GPI-AP relativ zur Zellmembran exponiert wird. Die relevanten Zeit- und Längenskalen sind experimentell unzugänglich, und entsprechende in vivo oder in vitro Untersuchungen liefern lediglich indirekte Hinweise. Der Fall GPI-verankerter Proteine ist daher ein Beispiel, in dem computergestützte Modellierung einen wesentlichen Beitrag zur Aufklärung leisten kann. In der vorliegenden Arbeit wird zunächst ein atomistisches, molekulardynamisches Modell für GPIs und GPI-APs konstruiert und vorgestellt, mit dem sich GPI-APs auf der Längenskala einiger 10 Nanometer und einer Zeitskala von etwa 10 Mikrosekunden effizient untersuchen lassen. Modularität des Modells ist hierbei ein entscheidender Aspekt: mit den entwickelten Modellen lassen sich eine breite Palette von GPI Variationen darstellen. GPIs weisen, wie auch andere Proteinglykolysierungen eine sogenannte Mikroheterogenität auf; die Modifikation durch den Zucker kann sich zwischen den Kopien ein und desselben Proteins unterscheiden. Die technische Umsetzung erfolgt im Rahmen der sogenannten AMBER- Familie atomistischer Kraftfelder, die nach einem bestimmten Schema für biomolekulare Simulationen entwickelt wurden. Dabei werden existierende Modelle für Zucker (GLYCAM06) und Lipide (Lipid14) durch die Optimierung und Herleitung fehlender Parameter so angepasst, dass sich ein vollständiges GPI-AP in einer Lipid-Doppelschicht darstellen lässt. Dabei zeigt sich, dass das Protein vermittelt über den flexiblen Anker über einen beachtlichen Bewegungsspielraum verfügt. Im Falle des hier betrachteten Green Fluorescent Protein (GFP) kann man daher das Bild einer festen Orientierung des Proteins in Bezug auf die Lipidoberfläche verwerfen; wie in der Mehrzahl der Simulationen beobachtet, kann das GFP sogar vollständig auf der Lipidschicht zu liegen kommen. Weiterhin konnte nachgewiesen werden, dass eine Reihe möglicher Seitenketten des GPI Ankers, die zu Parasiten wie Toxoplasma gondii gehören und bei entsprechenden Immunreaktionen relevant sind, tatsächlich so exponiert werden, dass ihre Rolle als Rezeptoren unterstrichen wird. Das Pseudopentasaccharid selbst ist dabei teilweise in die Kopfgruppenregion der Lipidschicht eingebettet. Des Weiteren wurde hier das atomistische Modell auf eine vergröberte Darstellung im Rahmen des MARTINI Kraftfelds projiziert, um die zugänglichen Zeit- und Längenskalen noch einmal um einen Faktor 10 zu erweitern. Somit werden auch Studien GPI-APs möglich, bei denen sich ihre Dynamik in heterogenen Lipidschichten untersuchen lässt, etwa um Fragen zu beantworten, wie diese Proteine mit verschiedenen Membrandomänen assoziieren. Insgesamt werden mit dieser Arbeit eine Reihe von Ansätzen aufgezeigt, wie sich GPI verankerte Proteine möglicherweise effektiver in speziell angepassten Experimenten und in größerem Detail untersuchen lassen, als dies bisher möglich war. T2 - Glykosylphosphatidylinositole (GPIs) und GPI-verankerte Proteine, die an Lipid-Doppelschichten gebunden sind KW - GPI KW - carbohydrates KW - membrane KW - protein KW - molecular dynamics KW - coarse-graining KW - martini KW - GPI KW - Kohlenhydrate KW - grobkörnig KW - martini KW - Membran KW - Molekular-dynamik KW - Protein Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-489561 ER - TY - GEN A1 - Biterova, Ekaterina A1 - Esmaeeli Moghaddam Tabalvandani, Mariam A1 - Alanen, Heli I. A1 - Saaranen, Mirva A1 - Ruddock, Lloyd W. T1 - Structures of Angptl3 and Angptl4 BT - modulators of triglyceride levels and coronary artery disease T2 - Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe N2 - Coronary artery disease is the most common cause of death globally and is linked to a number of risk factors including serum low density lipoprotein, high density lipoprotein, triglycerides and lipoprotein(a). Recently two proteins, angiopoietin-like protein 3 and 4, have emerged from genetic studies as being factors that significantly modulate plasma triglyceride levels and coronary artery disease. The exact function and mechanism of action of both proteins remains to be elucidated, however, mutations in these proteins results in up to 34% reduction in coronary artery disease and inhibition of function results in reduced plasma triglyceride levels. Here we report the crystal structures of the fibrinogen-like domains of both proteins. These structures offer new insights into the reported loss of function mutations, the mechanisms of action of the proteins and open up the possibility for the rational design of low molecular weight inhibitors for intervention in coronary artery disease. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 1048 KW - angiopoitin-like 4 KW - of-function mutations KW - cardiovascular-disease KW - lipoprotein-lipase KW - heart-disease KW - risk KW - recognition KW - protein KW - metaanalysis KW - association KW - cardiovascular biology KW - x-ray crystallography Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-467943 SN - 1866-8372 IS - 1048 ER - TY - GEN A1 - Lukan, Tjaša A1 - Machens, Fabian A1 - Coll, Anna A1 - Baebler, Špela A1 - Messerschmidt, Katrin A1 - Gruden, Kristina T1 - Plant X-tender BT - an extension of the AssemblX system for the assembly and expression of multigene constructs in plants T2 - Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe N2 - Cloning multiple DNA fragments for delivery of several genes of interest into the plant genome is one of the main technological challenges in plant synthetic biology. Despite several modular assembly methods developed in recent years, the plant biotechnology community has not widely adopted them yet, probably due to the lack of appropriate vectors and software tools. Here we present Plant X-tender, an extension of the highly efficient, scarfree and sequence-independent multigene assembly strategy AssemblX,based on overlapdepended cloning methods and rare-cutting restriction enzymes. Plant X-tender consists of a set of plant expression vectors and the protocols for most efficient cloning into the novel vector set needed for plant expression and thus introduces advantages of AssemblX into plant synthetic biology. The novel vector set covers different backbones and selection markers to allow full design flexibility. We have included ccdB counterselection, thereby allowing the transfer of multigene constructs into the novel vector set in a straightforward and highly efficient way. Vectors are available as empty backbones and are fully flexible regarding the orientation of expression cassettes and addition of linkers between them, if required. We optimised the assembly and subcloning protocol by testing different scar-less assembly approaches: the noncommercial SLiCE and TAR methods and the commercial Gibson assembly and NEBuilder HiFi DNA assembly kits. Plant X-tender was applicable even in combination with low efficient homemade chemically competent or electrocompetent Escherichia coli. We have further validated the developed procedure for plant protein expression by cloning two cassettes into the newly developed vectors and subsequently transferred them to Nicotiana benthamiana in a transient expression setup. Thereby we show that multigene constructs can be delivered into plant cells in a streamlined and highly efficient way. Our results will support faster introduction of synthetic biology into plant science. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 990 KW - ligation cloning extract KW - DNA cloning KW - synthetic biology KW - multiple genes KW - vector system KW - transformation KW - recombination KW - protein KW - RNA KW - Methylation Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-446281 SN - 1866-8372 IS - 990 ER -