@phdthesis{Kempa2004,
  author    = {Kempa, Stefan},
  title     = {Analysen zur Stressantwort von Arabidopsis thaliana unter Schwefelmangelbedingungen : Studien zur Funktion der Dehydroascorbatreduktase in vivo},
  address   = {Potsdam},
  pages     = {123 S. : graph. Darst.},
  year      = {2004},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Loeffler2005,
  author    = {L{\"o}ffler, Frank},
  title     = {Numerical simulations of neutron star - black hole mergers},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-7743},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2005},
  abstract  = {Collisions of black holes and neutron stars, named mixed binaries in the following, are interesting because of at least two reasons. Firstly, it is expected that they emit a large amount of energy as gravitational waves, which could be measured by new detectors. The form of those waves is expected to carry information about the internal structure of such systems. Secondly, collisions of such objects are the prime suspects of short gamma ray bursts. The exact mechanism for the energy emission is unknown so far. In the past, Newtonian theory of gravitation and modifications to it were often used for numerical simulations of collisions of mixed binary systems. However, near to such objects, the gravitational forces are so strong, that the use of General Relativity is necessary for accurate predictions. There are a lot of problems in general relativistic simulations. However, systems of two neutron stars and systems of two black holes have been studies extensively in the past and a lot of those problems have been solved. One of the remaining problems so far has been the use of hydrodynamic on excision boundaries. Inside excision regions, no evolution is carried out. Such regions are often used inside black holes to circumvent instabilities of the numerical methods near the singularity. Methods to handle hydrodynamics at such boundaries have been described and tests are shown in this work. One important test and the first application of those methods has been the simulation of a collapsing neutron star to a black hole. The success of these simulations and in particular the performance of the excision methods was an important step towards simulations of mixed binaries. Initial data are necessary for every numerical simulation. However, the creation of such initial data for general relativistic situations is in general very complicated. In this work it is shown how to obtain initial data for mixed binary systems using an already existing method for initial data of two black holes. These initial data have been used for evolutions of such systems and problems encountered are discussed in this work. One of the problems are instabilities due to different methods, which could be solved by dissipation of appropriate strength. Another problem is the expected drift of the black hole towards the neutron star. It is shown, that this can be solved by using special gauge conditions, which prevent the black hole from moving on the computational grid. The methods and simulations shown in this work are only the starting step for a much more detailed study of mixed binary system. Better methods, models and simulations with higher resolution and even better gauge conditions will be focus of future work. It is expected that such detailed studies can give information about the emitted gravitational waves, which is important in view of the newly built gravitational wave detectors. In addition, these simulations could give insight into the processes responsible for short gamma ray bursts.},
  subject      = {Relativistische Astrophysik},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Unterstab2005,
  author    = {Unterstab, Gunhild},
  title     = {Charakterisierung der viralen Genprodukte p10 und P des Borna Disease Virus},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-6905},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2005},
  abstract  = {Das Borna Disease Virus (BDV, Bornavirus) besitzt ein einzelstr{\"a}ngiges RNA-Genom negativer Polarit{\"a}t und ist innerhalb der Ordnung Mononegavirales der Prototyp einer eigenen Virusfamilie, die der Bornaviridae. Eine außergew{\"o}hnliche Eigenschaft des Virus ist seine nukle{\"a}re Transkription und Replikation, eine weitere besteht in seiner F{\"a}higkeit, als neurotropes Virus sowohl in vivo als auch in vitro persistente Infektionen zu etablieren. Die zugrunde liegenden Mechanismen sowohl der Replikation als auch der Persistenz sind derzeit noch unzureichend verstanden, auch deshalb, weil das Virus noch relativ „jung" ist: Erste komplette Sequenzen des RNA-Genoms wurden 1994 publiziert und erst vor einigen Monaten gelang die Generierung rekombinanter Viren auf der Basis klonierter cDNA. Im Mittelpunkt dieser Arbeit standen das p10 Protein und das Phosphoprotein (P), die von der gemeinsamen Transkriptionseinheit II in {\"u}berlappenden Leserahmen kodiert werden. Als im Kern der Wirtszelle replizierendes Virus ist das Bornavirus auf zellul{\"a}re Importmechanismen angewiesen, um den Kernimport aller an der Replikation beteiligten viralen Proteine zu gew{\"a}hrleisten. Das p10 Protein ist ein negativer Regulator der viralen RNA-abh{\"a}ngigen RNA-Polymerase (L). In vitro Importexperimente zeigten, dass p10 {\"u}ber den klassischen Importin alpha/beta abh{\"a}ngigen Kernimportweg in den Nukleus transportiert wird. Dies war unerwartet, da p10 kein vorhersagbares klassisches Kernlokalisierungssignal (NLS) besitzt und weist darauf hin, dass der zellul{\"a}re Importapparat offensichtlich flexibler ist als allgemein angenommen. Die ersten 20 N-terminalen AS vermitteln sowohl Kernimport als auch die Bindung an den Importrezeptor Importin alpha. Durch Di-Alanin-Austauschmutagenese wurden die f{\"u}r diesen Transportprozess essentiellen AS identifiziert und die Bedeutung hydrophober und polarer AS-Reste demonstriert. Die F{\"a}higkeit des Bornavirus, persistente Infektionen zu etablieren, wirft die Frage auf, wie das Virus die zellul{\"a}ren antiviralen Abwehrmechanismen, insbesondere das Typ I Interferon (IFN)-System, unterwandert. Das virale P Protein wurde in dieser Arbeit als potenter Antagonist der IFN-Induktion charakterisiert. Es verhindert die Phosphorylierung des zentralen Transkriptionsfaktors IRF3 durch die zellul{\"a}re Kinase TBK1 und somit dessen Aktivierung. Der Befund, dass P mit TBK1 Komplexe bildet und zudem auch als Substrat f{\"u}r die zellul{\"a}re Kinase fungiert, erlaubt es, erstmalig einen Mechanismus zu postulieren, in dem ein virales Protein (BDV-P) als putatives TBK1-Pseudosubstrat die IRF3-Aktivierung kompetitiv hemmt.},
  subject      = {Interferon <beta->},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Andersen2005,
  author    = {Andersen, Audr{\´e}e},
  title     = {Surfactant dynamics at interfaces : a series of second harmonic generation experiments},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-6553},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2005},
  abstract  = {Adsorption layers of soluble surfactants enable and govern a variety of phenomena in surface and colloidal sciences, such as foams. The ability of a surfactant solution to form wet foam lamellae is governed by the surface dilatational rheology. Only systems having a non-vanishing imaginary part in their surface dilatational modulus, E, are able to form wet foams. The aim of this thesis is to illuminate the dissipative processes that give rise to the imaginary part of the modulus. There are two controversial models discussed in the literature. The reorientation model assumes that the surfactants adsorb in two distinct states, differing in their orientation. This model is able to describe the frequency dependence of the modulus E. However, it assumes reorientation dynamics in the millisecond time regime. In order to assess this model, we designed a SHG pump-probe experiment that addresses the orientation dynamics. Results obtained reveal that the orientation dynamics occur in the picosecond time regime, being in strong contradiction with the two states model. The second model regards the interface as an interphase. The adsorption layer consists of a topmost monolayer and an adjacent sublayer. The dissipative process is due to the molecular exchange between both layers. The assessment of this model required the design of an experiment that discriminates between the surface compositional term and the sublayer contribution. Such an experiment has been successfully designed and results on elastic and viscoelastic surfactant provided evidence for the correctness of the model. Because of its inherent surface specificity, surface SHG is a powerful analytical tool that can be used to gain information on molecular dynamics and reorganization of soluble surfactants. They are central elements of both experiments. However, they impose several structural elements of the model system. During the course of this thesis, a proper model system has been identified and characterized. The combination of several linear and nonlinear optical techniques, allowed for a detailed picture of the interfacial architecture of these surfactants.},
  subject      = {Tensid},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Kugel2005,
  author    = {Kugel, Rudolf},
  title     = {Ein Beitrag zur Problematik der Integration virtueller Maschinen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-7195},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2005},
  abstract  = {Moderne Softwaresysteme sind komplexe Gebilde, welche h{\"a}ufig im Verbund mit anderen technischen und betriebswirtschaftlichen Systemen eingesetzt werden. F{\"u}r die Hersteller solcher Systeme stellt es oft eine große Herausforderung dar, den oft weit reichenden Anforderungen bez{\"u}glich der Anpassbarkeit solcher Systeme gerecht zu werden. Zur Erf{\"u}llung dieser Anforderungen hat es sich vielfach bew{\"a}hrt, eine virtuelle Maschine in das betreffende System zu integrieren. Die Dissertation richtet sich insbesondere an Personen, die vor der Aufgabe der Integration virtueller Maschinen in bestehende Systeme stehen und zielt darauf ab, solche f{\"u}r die Entscheidung {\"u}ber Integrationsfragen wichtigen Zusammenh{\"a}nge klar darzustellen. Typischerweise treten bei der Integration einer virtuellen Maschine in ein System eine Reihe unterschiedlicher Problemstellungen auf. Da diese Problemstellungen oft eng miteinander verzahnt sind, ist eine isolierte Betrachtung meist nicht sinnvoll. Daher werden die Problemstellungen anhand eines zentral gew{\"a}hlten, sehr umfangreichen Beispiels aus der industriellen Praxis eingef{\"u}hrt. Dieses Beispiel hat die Integration der "Java Virtual Machine" in den SAP R/3 Application Server zum Gegenstand. Im Anschluss an dieses Praxisbeispiel wird die Diskussion der Integrationsproblematik unter Bezug auf eine Auswahl weiterer, in der Literatur beschriebener Integrationsbeispiele vertieft. Das Hauptproblem bei der Behandlung der Integrationsproblematik bestand darin, dass die vorgefundenen Beschreibungen, der als Beispiel herangezogenen Systeme, nur bedingt als Basis f{\"u}r die Auseinandersetzung mit der Integrationsproblematik geeignet waren. Zur Schaffung einer verwertbaren Diskussionsgrundlage war es daher erforderlich, eine homogene, durchg{\"a}ngige Modellierung dieser Systeme vorzunehmen. Die Modellierung der Systeme erfolgte dabei unter Verwendung der "Fundamental Modeling Concepts (FMC)". Die erstellten Modelle sowie die auf Basis dieser Modelle durchgef{\"u}hrte Gegen{\"u}berstellung der unterschiedlichen Ans{\"a}tze zur L{\"O}sung typischer Integrationsprobleme bilden den Hauptbeitrag der Dissertation. Im Zusammenhang mit der Integration virtueller Maschinen in bestehende Systeme besteht h{\"a}ufig der Bedarf, zeitgleich mehrere "Programme" durch die integrierte virtuelle Maschine ausf{\"u}hren zu lassen. Angesichts der Konstruktionsmerkmale vieler heute verbreiteter virtueller Maschinen stellt die Realisierung eines "betriebsmittelschonenden Mehrprogrammbetriebs" eine große Herausforderung dar. Die Darstellung des Spektrums an Maßnahmen zur Realisierung eines "betriebsmittelschonenden Mehrprogrammbetriebs" bildet einen zweiten wesentlichen Beitrag der Dissertation.},
  subject      = {Virtuelle Maschine},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Guertler2005,
  author    = {G{\"u}rtler, Christine},
  title     = {Soziale Ungleichheit unter Kindern : {\"u}ber die Rolle von Kind- und Elternhausmerkmalen f{\"u}r die Akzeptanz und den Einfluss eines Kindes in seiner Schulklasse},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-16797},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2005},
  abstract  = {Ziel der Studie war die Untersuchung individueller und familialer Faktoren f{\"u}r den sozialen Status eines Kindes in seiner Schulklasse. Durch die Unterscheidung von Akzeptanz und Einfluss als zweier Hauptdimensionen des sozialen Status konnte die Arbeit aufkl{\"a}ren, welche Rolle verschiedene Attribute f{\"u}r das Erreichen von Akzeptanz oder Einfluss spielen. 234 Dritt- und F{\"u}nftkl{\"a}ssler aus Berliner Grundschulen erhielten soziometrische Maße, durch welche der soziale Status erhoben wurde (Akzeptanz und Einfluss). Individuelle und familiale Faktoren wurden mittels Peernominationen {\"u}ber das Verhalten der Kinder (Fremdurteil), Schulnoten (Lehrerangabe)und Maße des sozio-{\"o}konomischen Status der Eltern (Elternangabe)erhoben. Die Ergebnisse zeigen, dass Akzeptanz positiv mit prosozialem und negativ mit aggressivem Verhalten eines Kindes assoziiert ist. Die Zusammenh{\"a}nge dieser Verhaltensweisen mit Einfluss wiesen in dieselbe Richtung, waren aber deutlich geringer. Ideenreichtum und Humor hingen mit Akzeptanz und Einfluss gleichermaßen positiv zusammen, sowie Traurigsein gleichermaßen negativ mit beiden Statusdimensionen verbunden war. Das Verhalten eines Kindes vermittelte den Zusammenhang zwischen Merkmalen wie Geschlecht, relativem Alter, Schulnoten und der Akzeptanz und dem Einfluss eines Kindes. Zum Beispiel war die positive Beziehung zwischen Schulnoten und dem sozialen Status {\"u}berwiegend auf die mit(guten)Schulnoten assoziierten Verhaltensweisen Prosozialit{\"a}t und (geringe) Aggressivit{\"a}t zur{\"u}ckzuf{\"u}hren. Die gr{\"o}ßere Akzeptanz von M{\"a}dchen ließ sich ebenso durch deren gr{\"o}ßere Prosozialit{\"a}t und geringere Aggressivit{\"a}t erkl{\"a}ren. Jungen waren im Hinblick auf ihren Einfluss sowohl am oberen als auch am unteren Ende der Hierarchie {\"u}berrepr{\"a}sentiert. Sowohl sehr einflussreiche als auch einflusslose Jungen zeichneten sich durch eine erh{\"o}hte Aggressivit{\"a}t aus. Komplexere Analysen wiesen daraufhin, dass Jungen negative Auswirkungen von aggressivem Verhalten durch Humor und Ideenreichtum auf ihren Status kompensieren konnten. Der moderate Zusammenhang zwischen dem elterlichen sozio{\"o}konomischen Status und dem sozialen Status des Kindes wurde vollst{\"a}ndig durch das Verhalten des Kindes mediiert. Das Elternhaus war wichtiger f{\"u}r die Akzeptanz als f{\"u}r den Einfluss eines Kindes. Kinder mit Migrationshintergrund waren sowohl weniger akzeptiert als auch weniger einflussreich in ihrer Klasse. Elterliche Trennung trug nicht zur sozialen Position eines Kindes bei.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Meinke2006,
  author    = {Meinke, Anja},
  title     = {Nikotineffekte auf r{\"a}umliche Aufmerksamkeitsprozesse bei Nichtrauchern},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-7659},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2006},
  abstract  = {Nikotin in den unterschiedlichsten Darreichungsformen verringert bei verschiedenen Spezies im r{\"a}umlichen Hinweisreizparadigma die Kosten invalider Hinweisreize. Welcher Teilprozess genau durch Nikotin beeinflusst wird, ist bislang nicht untersucht worden. Die g{\"a}ngige Interpretation ist, daß Nikotin das Losl{\"o}sen von Aufmerksamkeit von einem bisher beachteten Ort erleichtert. In f{\"u}nf Studien, drei elektrophysiologischen und zwei behavioralen wurden drei m{\"o}gliche Mechanismen der Nikotinwirkung an Nichtrauchern untersucht. Experiment 1 und 2 gingen der Frage nach, ob Nikotin eine Modulation sensorischer gain Kontrolle bewirkt. Dazu wurden ereigniskorrelierte Potentiale (EKP) im Posner-Paradigma erhoben und die Wirkung von Nikotin auf die aufmerksamkeitsassoziierten Komponenten P1 und N1 betrachtet. Nikotin verringerte die Kosten invalider Hinweisreize bei Aufmerksamkeitslenkung durch endogene Hinweisreize, nicht aber bei exogenen Hinweisreizen. Die P1 und N1 Komponenten zeigten sich unbeeinflusst von Nikotin, damit findet also die Annahme einer Wirkung auf sensorische Suppression keine Unterst{\"u}tzung. In Experiment 3 und 4 wurde untersucht, ob Nikotin einen Effekt auf kostentr{\"a}chtige unwillk{\"u}rliche Aufmerksamkeitsverschiebungen, Distraktionen, hat. In Experiment 3 wurden in einem r{\"a}umlichen Daueraufmerksamkeitsparadigma Distraktionen durch deviante Stimulusmerkmale ausgel{\"o}st und die Wirkung von Nikotin auf eine distraktionsassoziierte Komponente des EKP, die P3a, betrachtet. In Experiment 4 wurde in einem Hinweisreizparadigma durch zus{\"a}tzliche Stimuli eine Distraktion ausgel{\"o}st und die Nikotinwirkung auf die Reaktionszeitkosten untersucht. Nikotin zeigte keinen Einfluss auf Distraktionskosten in beiden Studien und auch keine Wirkung auf die P3a Komponente in Experiment 3. In Experiment 4 wurde zus{\"a}tzlich die Wirkung von Nikotin auf das Losl{\"o}sen von Aufmerksamkeit untersucht, indem die Schwierigkeit des Losl{\"o}sens variiert wurde. Auch hier zeigte sich keine Nikotinwirkung. Allerdings konnte in beiden Studien weder die h{\"a}ufig berichtete generelle Reaktionszeitverk{\"u}rzung noch die Verringerung der Kosten invalider Hinweisreize repliziert werden, so dass zum Einen keine Aussage {\"u}ber die Wirkung von Nikotin auf Distraktionen oder den Aufmerksamkeitslosl{\"o}seprozess gemacht werden k{\"o}nnen, zum Anderen sich die Frage stellte, unter welchen Bedingungen Nikotin einen differentiellen Effekt {\"u}berhaupt zeigt. Im letzten Experiment wurde hierzu die H{\"a}ufigkeit der Reaktionsanforderung einerseits und die zeitlichen Aspekte der Aufmerksamkeitslenkung andererseits variiert und der Effekt des Nikotins auf den Validit{\"a}tseffekt, die Reaktionszeitdifferenz zwischen valide und invalide vorhergesagten Zielreizen, betrachtet. Nikotin verringerte bei Individuen, bei denen Aufmerksamkeitslenkung in allen Bedingungen evident war, in der Tendenz den Validit{\"a}tseffekt in der ereignis{\"a}rmsten Bedingung, wenn nur selten willentliche Aufmerksamkeitsausrichtung notwendig war. Dies k{\"o}nnte als Hinweis gedeutet werden, dass Nikotin unter Bedingungen, die große Anforderungen an die Vigilanz stellen, die top-down Zuweisung von Aufmerksamkeitsressourcen unterst{\"u}tzt.},
  subject      = {Nicotin},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Schauer2006,
  author    = {Schauer, Nicolas},
  title     = {Quantitative trait loci (QTL) for metabolite accumulation and metabolic regulation : metabolite profiling of interspecific crosses of tomato},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-7643},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2006},
  abstract  = {The advent of large-scale and high-throughput technologies has recently caused a shift in focus in contemporary biology from decades of reductionism towards a more systemic view. Alongside the availability of genome sequences the exploration of organisms utilizing such approach should give rise to a more comprehensive understanding of complex systems. Domestication and intensive breeding of crop plants has led to a parallel narrowing of their genetic basis. The potential to improve crops by conventional breeding using elite cultivars is therefore rather limited and molecular technologies, such as marker assisted selection (MAS) are currently being exploited to re-introduce allelic variance from wild species. Molecular breeding strategies have mostly focused on the introduction of yield or resistance related traits to date. However given that medical research has highlighted the importance of crop compositional quality in the human diet this research field is rapidly becoming more important. Chemical composition of biological tissues can be efficiently assessed by metabolite profiling techniques, which allow the multivariate detection of metabolites of a given biological sample. Here, a GC/MS metabolite profiling approach has been applied to investigate natural variation of tomatoes with respect to the chemical composition of their fruits. The establishment of a mass spectral and retention index (MSRI) library was a prerequisite for this work in order to establish a framework for the identification of metabolites from a complex mixture. As mass spectral and retention index information is highly important for the metabolomics community this library was made publicly available. Metabolite profiling of tomato wild species revealed large differences in the chemical composition, especially of amino and organic acids, as well as on the sugar composition and secondary metabolites. Intriguingly, the analysis of a set of S. pennellii introgression lines (IL) identified 889 quantitative trait loci of compositional quality and 326 yield-associated traits. These traits are characterized by increases/decreases not only of single metabolites but also of entire metabolic pathways, thus highlighting the potential of this approach in uncovering novel aspects of metabolic regulation. Finally the biosynthetic pathway of the phenylalanine-derived fruit volatiles phenylethanol and phenylacetaldehyde was elucidated via a combination of metabolic profiling of natural variation, stable isotope tracer experiments and reverse genetic experimentation.},
  subject      = {Tomate},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Fritz2006,
  author    = {Fritz, Christina},
  title     = {Der Einfluß des prim{\"a}ren Stickstoffstoffwechsels auf den Aminos{\"a}ure- und Sekund{\"a}rstoffwechsel in Nicotiana tabacum L.},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-13322},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2006},
  abstract  = {Es ist bekannt, dass {\"A}nderungen im Kohlenstoff- bzw. Stickstoffstaus der Pflanzen zu einer parallelen statt reziproken {\"A}nderung der kohlenstoff- und stickstoffhaltigen Prim{\"a}rmetabolite f{\"u}hren. Unter diesem Gesichtspunkt wurden in der vorliegenden Arbeit der Aminos{\"a}urestoffwechsel und der Sekund{\"a}rstoffwechsel unter reduzierten Stickstoffbedingungen untersucht. Zur Beeinflussung des Stickstoffstoffwechsels wurden nitratmangelern{\"a}hrte Tabakwildtyppflanzen und Genotypen mit unterschiedlich stark reduzierter Nitratreduktase-Aktivit{\"a}t verwendet. Dieses experimentelle System erlaubt zus{\"a}tzlich durch den Vergleich Nitrat defizienter Wildtyppflanzen mit Nitrat akkumulierenden NIA-Transformanten Prozesse zu identifizieren, die durch Nitrat gesteuert werden. Die Analysen der Prim{\"a}r- und Sekund{\"a}rmetabolite wurde in allen Genotypen diurnal durchgef{\"u}hrt, um auch tageszeitlich abh{\"a}ngige Prozesse zu identifizieren. Die Analyse der absoluten Gehalte aller individuellen Aminos{\"a}uren enth{\"u}llte bei den meisten erstaunlich stabile diurnale Muster mit einem Anstieg w{\"a}hrend des Tages und einem Abfall in der Nacht in Wildtyppflanzen gewachsen mit ausreichend Nitrat. Dieses Ergebnis legt die Schlussfolgerung nahe, dass die Biosynthese der Aminos{\"a}uren koordiniert abl{\"a}uft. In Pflanzen mit reduziertem Stickstoffstatus haben diese diurnalen Muster jedoch keinen Bestand. Die Kombination des erzeugten stickstoffbasierten Aminos{\"a}uredatensatz in Kombination mit einem bereits erzeugten Aminos{\"a}uredatensatz unter kohlenstofflimitierten Bedingungen von Matt et al. (2002) f{\"u}hrte durch Hauptkomponentenanalyse (PCA) und Korrelationsanalyse zu dem Ergebnis, dass die Hypothese nach einer koordinierten Aminos{\"a}urebiosynthese nicht allgemeine G{\"u}ltigkeit hat. Die PCA identifizierte Glutamin, Glutamat, Aspartat, Glycin, Pheny-lalanin und Threonin als Faktoren, die den Datens{\"a}tzen ihre charakteristische Eigenschaft und deren Varianz verleihen. Die Korrelationsanalyse zeigte, dass die sehr guten Korrelationen der individuellen Aminos{\"a}uren untereinander in reduzierten Stickstoff- und Kohlenstoffbedingungen sich verschlechtern. Das Verh{\"a}ltnis einer einzelnen Aminos{\"a}ure relativ zu den anderen f{\"u}hrte zur Identifizierung einiger Aminos{\"a}uren, die individuelle Antworten auf Stickstoff- und/oder Kohlenstoffstatus zeigen, und/oder speziell auf Nitrat, Licht und/oder den E-nergiestatus der Thylakoidmembran. Glutamat beispielsweise verh{\"a}lt sich in den meisten Situationen stabil, Phenylalanin dagegen zeigt in jeder physiologischen Situation eine individuelle Antwort. Die Ergebnisse dieser Arbeit f{\"u}hren zu einer Erweiterung der Hypothese einer koordinierten Synthese der Aminos{\"a}uren dahingehend, dass diese nicht generell f{\"u}r alle Aminos{\"a}uren angenommen werden kann. Es gibt einige Aminos{\"a}uren deren, Anteile sich situationsbedingt anpassen. Die Reduktion des Stickstoffstatus in nitratmangelern{\"a}hrten Tabakwildtyppflanzen f{\"u}hrte zu der, nach der „Carbon-Nutrient-Balance" Hypothese erwarteten Verlagerung der kohlenstoffreichen Phenylpropanoide und des stickstoffreichen Nikotins. Die Erh{\"o}hung der Phenylpropanoidgehalte war nicht in der Nitrat akkumulierenden NIA-Transformante zu beobachten und somit konnte Nitrat als regulatorisches Element identifiziert werden. Ein Einfluss der Vorl{\"a}ufermetabolite konnte ausgeschlossen werden, da sowohl nitratmangelern{\"a}hrter Wildtyp als auch die Nitrat akkumulierende NIA-Transformante {\"a}hnliche Gehalte dieser aufwiesen. Genexpressionsanalysen {\"u}ber Mikroarray-Hybridisierung und quantitative RT-PCR zeigten, dass Nitrat durch noch nicht gekl{\"a}rte Mechanismen Einfluss auf die Expression einiger Gene nimmt, die dem Phenylpropanoidstoffwechsels zugeordnet sind. Aus der Arbeit hervorgegangene Ver{\"o}ffentlichungen: Christina Fritz, Natalia Palacios-Rojas, Regina Feil und Mark Stitt (2006) Regulation of Secondary Metabolism by the Carbon-Nitrogen Status in Tobacco: Nitrate Inhibits Large Sectors of Phenylpropanoid Metabolism. Plant Journal 46, 533 - 548 Christina Fritz, Petra Matt, Cathrin M{\"u}ller, Regina Feil und Mark Stitt (2006) Impact of the Carbon-Nitrogen Status on the Amino Acid Profile in Tobacco Source Leaves. Plant, Cell and Environment 29 (11), 2009 - 2111},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Hoffmann2007,
  author    = {Hoffmann, Toni},
  title     = {Cloning and characterisation of the HMA3 gene and its promoter from Arabidopsis halleri (L.) O'Kane and Al'Shehbaz and Arabidopsis thaliana (L.) Heynhold},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-15259},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2007},
  abstract  = {Being living systems unable to adjust their location to changing environmental conditions, plants display homeostatic networks that have evolved to maintain transition metal levels in a very narrow concentration range in order to avoid either deficiency or toxicity. Hence, plants possess a broad repertoire of mechanisms for the cellular uptake, compartmentation and efflux, as well as for the chelation of transition metal ions. A small number of plants are hypertolerant to one or a few specific transition metals. Some metal tolerant plants are also able to hyperaccumulate metal ions. The Brassicaceae family member Arabidopis halleri ssp. halleri (L.) O´KANE and AL´SHEHBAZ is a hyperaccumulator of zinc (Zn), and it is closely related to the non-hypertolerant and non-hyperaccumulating model plant Arabidopsis thaliana (L.) HEYNHOLD. The close relationship renders A. halleri a promising emerging model plant for the comparative investigation of the molecular mechanisms behind hypertolerance and hyperaccumulation. Among several potential candidate genes that are probably involved in mediating the zinc-hypertolerant and zinc-hyperaccumulating trait is AhHMA3. The AhHMA3 gene is highly similar to AtHMA3 (AGI number: At4g30120) in A. thaliana, and its encoded protein belongs to the P-type IB ATPase family of integral membrane transporter proteins that transport transition metals. In contrast to the low AtHMA3 transcript levels in A. thaliana, the gene was found to be constitutively highly expressed across different Zn treatments in A. halleri, especially in shoots. In this study, the cloning and characterisation of the HMA3 gene and its promoter from Arabidopsis halleri (L.) O´KANE and AL´SHEHBAZ and Arabidopsis thaliana (L.) HEYNHOLD is described. Heterologously expressed AhHMA3 mediated enhanced tolerance to Zn and to a much lesser degree to cadmium (Cd) but not to cobalt (Co) in metal-sensitive mutant strains of budding yeast. It is demonstrated that the genome of A. halleri contains at least four copies of AhHMA3, AhHMA3-1 to AhHMA3-4. A copy-specific real-time RT-PCR indicated that an AhHMA3-1 related gene copy is the source of the constitutively high transcript level in A. halleri and not a gene copy similar to AhHMA3-2 or AhHMA3-4. In accordance with the enhanced AtHMA3mRNA transcript level in A. thaliana roots, an AtHMA3 promoter-GUS gene construct mediated GUS activity predominantly in the vascular tissues of roots and not in shoots. However, the observed AhHMA3-1 and AhHMA3-2 promoter-mediated GUS activity in A. thaliana or A. halleri plants did not reflect the constitutively high expression of AhHMA3 in shoots of A. halleri. It is suggested that other factors e. g. characteristic sequence inserts within the first intron of AhHMA3-1 might enable a constitutively high expression. Moreover, the unknown promoter of the AhHMA3-3 gene copy could be the source of the constitutively high AhHMA3 transcript levels in A. halleri. In that case, the AhHMA3-3 sequence is predicted to be highly homologous to AhHMA3-1. The lack of solid localisation data for the AhHMA3 protein prevents a clear functional assignment. The provided data suggest several possible functions of the AhHMA3 protein: Like AtHMA2 and AtHMA4 it might be localised to the plasma membrane and could contribute to the efficient translocation of Zn from root to shoot and/or to the cell-to-cell distribution of Zn in the shoot. If localised to the vacuolar membrane, then a role in maintaining a low cytoplasmic zinc concentration by vacuolar zinc sequestration is possible. In addition, AhHMA3 might be involved in the delivery of zinc ions to trichomes and mesophyll leaf cells that are major zinc storage sites in A. halleri.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Miteva2007,
  author    = {Miteva, Rositsa Stoycheva},
  title     = {Electron acceleration at localized wave structures in the solar corona},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-14775},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2007},
  abstract  = {Our dynamic Sun manifests its activity by different phenomena: from the 11-year cyclic sunspot pattern to the unpredictable and violent explosions in the case of solar flares. During flares, a huge amount of the stored magnetic energy is suddenly released and a substantial part of this energy is carried by the energetic electrons, considered to be the source of the nonthermal radio and X-ray radiation. One of the most important and still open question in solar physics is how the electrons are accelerated up to high energies within (the observed in the radio emission) short time scales. Because the acceleration site is extremely small in spatial extent as well (compared to the solar radius), the electron acceleration is regarded as a local process. The search for localized wave structures in the solar corona that are able to accelerate electrons together with the theoretical and numerical description of the conditions and requirements for this process, is the aim of the dissertation. Two models of electron acceleration in the solar corona are proposed in the dissertation: I. Electron acceleration due to the solar jet interaction with the background coronal plasma (the jet--plasma interaction) A jet is formed when the newly reconnected and highly curved magnetic field lines are relaxed by shooting plasma away from the reconnection site. Such jets, as observed in soft X-rays with the Yohkoh satellite, are spatially and temporally associated with beams of nonthermal electrons (in terms of the so-called type III metric radio bursts) propagating through the corona. A model that attempts to give an explanation for such observational facts is developed here. Initially, the interaction of such jets with the background plasma leads to an (ion-acoustic) instability associated with growing of electrostatic fluctuations in time for certain range of the jet initial velocity. During this process, any test electron that happen to feel this electrostatic wave field is drawn to co-move with the wave, gaining energy from it. When the jet speed has a value greater or lower than the one, required by the instability range, such wave excitation cannot be sustained and the process of electron energization (acceleration and/or heating) ceases. Hence, the electrons can propagate further in the corona and be detected as type III radio burst, for example. II. Electron acceleration due to attached whistler waves in the upstream region of coronal shocks (the electron--whistler--shock interaction) Coronal shocks are also able to accelerate electrons, as observed by the so-called type II metric radio bursts (the radio signature of a shock wave in the corona). From in-situ observations in space, e.g., at shocks related to co-rotating interaction regions, it is known that nonthermal electrons are produced preferably at shocks with attached whistler wave packets in their upstream regions. Motivated by these observations and assuming that the physical processes at shocks are the same in the corona as in the interplanetary medium, a new model of electron acceleration at coronal shocks is presented in the dissertation, where the electrons are accelerated by their interaction with such whistlers. The protons inflowing toward the shock are reflected there by nearly conserving their magnetic moment, so that they get a substantial velocity gain in the case of a quasi-perpendicular shock geometry, i.e, the angle between the shock normal and the upstream magnetic field is in the range 50--80 degrees. The so-accelerated protons are able to excite whistler waves in a certain frequency range in the upstream region. When these whistlers (comprising the localized wave structure in this case) are formed, only the incoming electrons are now able to interact resonantly with them. But only a part of these electrons fulfill the the electron--whistler wave resonance condition. Due to such resonant interaction (i.e., of these electrons with the whistlers), the electrons are accelerated in the electric and magnetic wave field within just several whistler periods. While gaining energy from the whistler wave field, the electrons reach the shock front and, subsequently, a major part of them are reflected back into the upstream region, since the shock accompanied with a jump of the magnetic field acts as a magnetic mirror. Co-moving with the whistlers now, the reflected electrons are out of resonance and hence can propagate undisturbed into the far upstream region, where they are detected in terms of type II metric radio bursts. In summary, the kinetic energy of protons is transfered into electrons by the action of localized wave structures in both cases, i.e., at jets outflowing from the magnetic reconnection site and at shock waves in the corona.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Nerlich2007,
  author    = {Nerlich, Annika},
  title     = {Die Rolle der Phosphatidylserin Decarboxylase f{\"u}r die mitochondriale Phospholipid-Biosynthese in Arabidopsis thaliana},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-14522},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2007},
  abstract  = {Die durch Phosphatidylserin Decarboxylase (PSD) katalysierte Decarboxylierung von Phosphatidylserin (PS) zu Phosphatidylethanolamin (PE) ist f{\"u}r Mitochondrien in Hefe und M{\"a}usen von essentieller Bedeutung. Im Rahmen der vorliegenden Dissertation wurde erstmals die Rolle dieses PE-Syntheseweges in Pflanzen untersucht. Die drei in Arabidopsis identifizierten PSD Gene atPSD1, atPSD2, atPSD3 codieren f{\"u}r Enzyme, die in Membranen der Mitochondrien (atPSD1), der Tonoplasten (atPSD2) und des Endoplasmatischen Retikulums (atPSD3) lokalisiert sind. Der Beitrag der einzelnen PSDs zur PE-Synthese wurde anhand von psd Null-Mutanten untersucht. Dabei stellte sich atPSD3 als das Enzym mit der h{\"o}chsten Aktivit{\"a}t heraus. Alternativ zum PSD-Weg wird in Arabidopsis PE auch mittels Aminoalkohol-phosphotransferase synthetisiert. Der Verlust der gesamten PSD-Aktivit{\"a}t, wie es in der erzeugten psd Dreifachmutante der Fall ist, wirkt sich ausschließlich auf die Lipidzusammensetzung in der Mitochondrienmembran aus. Demzufolge wird extramitochondriales PE haupts{\"a}chlich {\"u}ber die Aminoalkoholphosphotransferase synthetisiert. Die ver{\"a}nderte Lipidzusammensetzung der Mitochondrienmembran hatte jedoch keinen Einfluss auf die Anzahl, Gr{\"o}ße und Ultrastruktur der Mitochondrien sowie auf das ADP/ATP-Verh{\"a}ltnis und die Respiration. Neben der Bereitstellung von Reduktions{\"a}quivalenten beeinflusst die Funktionalit{\"a}t der Mitochondrien auch die Bildung von Bl{\"u}ten- und Staubbl{\"a}ttern. Diese Bl{\"u}tenorgane waren in der psd Dreifachmutante stark ver{\"a}ndert, und der Bl{\"u}tenph{\"a}notyp {\"a}hnelte der APETALA3-Mutante. Dieses hom{\"o}otische Gen ist f{\"u}r die Ausbildung von Bl{\"u}ten- und Staubbl{\"a}ttern verantwortlich. F{\"u}r die Erzeugung der Mutanten psd2-1 und psd3-1 wurde ein T-DNA Vektor verwendet, der den Promotor des APETALA3 Gens enthielt, welcher in den Mutanten psd2-1, psd3-1 sowie psd2-1psd3-1 und der psd1psd2-1psd3-1 Dreifachmutante eine vergleichbare Co-Suppression des APETALA3 Gens hervorruft. Der Bl{\"u}tenph{\"a}notyp trat jedoch nur in der psd Dreifachmutante auf, da nur in ihr die Kombination von geringen Funktionst{\"o}rungen der Mitochondrien, hervorgerufen durch ver{\"a}nderte Lipidzusammensetzung, mit der Co-Suppression von APETALA3 auftritt.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Rust2007,
  author    = {Rust, Henning},
  title     = {Detection of long-range dependence : applications in climatology and hydrology},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-13347},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2007},
  abstract  = {It is desirable to reduce the potential threats that result from the variability of nature, such as droughts or heat waves that lead to food shortage, or the other extreme, floods that lead to severe damage. To prevent such catastrophic events, it is necessary to understand, and to be capable of characterising, nature's variability. Typically one aims to describe the underlying dynamics of geophysical records with differential equations. There are, however, situations where this does not support the objectives, or is not feasible, e.g., when little is known about the system, or it is too complex for the model parameters to be identified. In such situations it is beneficial to regard certain influences as random, and describe them with stochastic processes. In this thesis I focus on such a description with linear stochastic processes of the FARIMA type and concentrate on the detection of long-range dependence. Long-range dependent processes show an algebraic (i.e. slow) decay of the autocorrelation function. Detection of the latter is important with respect to, e.g. trend tests and uncertainty analysis. Aiming to provide a reliable and powerful strategy for the detection of long-range dependence, I suggest a way of addressing the problem which is somewhat different from standard approaches. Commonly used methods are based either on investigating the asymptotic behaviour (e.g., log-periodogram regression), or on finding a suitable potentially long-range dependent model (e.g., FARIMA[p,d,q]) and test the fractional difference parameter d for compatibility with zero. Here, I suggest to rephrase the problem as a model selection task, i.e.comparing the most suitable long-range dependent and the most suitable short-range dependent model. Approaching the task this way requires a) a suitable class of long-range and short-range dependent models along with suitable means for parameter estimation and b) a reliable model selection strategy, capable of discriminating also non-nested models. With the flexible FARIMA model class together with the Whittle estimator the first requirement is fulfilled. Standard model selection strategies, e.g., the likelihood-ratio test, is for a comparison of non-nested models frequently not powerful enough. Thus, I suggest to extend this strategy with a simulation based model selection approach suitable for such a direct comparison. The approach follows the procedure of a statistical test, with the likelihood-ratio as the test statistic. Its distribution is obtained via simulations using the two models under consideration. For two simple models and different parameter values, I investigate the reliability of p-value and power estimates obtained from the simulated distributions. The result turned out to be dependent on the model parameters. However, in many cases the estimates allow an adequate model selection to be established. An important feature of this approach is that it immediately reveals the ability or inability to discriminate between the two models under consideration. Two applications, a trend detection problem in temperature records and an uncertainty analysis for flood return level estimation, accentuate the importance of having reliable methods at hand for the detection of long-range dependence. In the case of trend detection, falsely concluding long-range dependence implies an underestimation of a trend and possibly leads to a delay of measures needed to take in order to counteract the trend. Ignoring long-range dependence, although present, leads to an underestimation of confidence intervals and thus to an unjustified belief in safety, as it is the case for the return level uncertainty analysis. A reliable detection of long-range dependence is thus highly relevant in practical applications. Examples related to extreme value analysis are not limited to hydrological applications. The increased uncertainty of return level estimates is a potentially problem for all records from autocorrelated processes, an interesting examples in this respect is the assessment of the maximum strength of wind gusts, which is important for designing wind turbines. The detection of long-range dependence is also a relevant problem in the exploration of financial market volatility. With rephrasing the detection problem as a model selection task and suggesting refined methods for model comparison, this thesis contributes to the discussion on and development of methods for the detection of long-range dependence.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Demircioglu2007,
  author    = {Demircioglu, Aydin},
  title     = {Reconstruction of deligne classes and cocycles},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-13755},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2007},
  abstract  = {In der vorliegenden Arbeit verallgemeinern wir im Wesentlichen zwei Theoreme von Mackaay-Picken und Picken (2002, 2004). Im ihrem Artikel zeigen Mackaay und Picken,dass es eine bijektive Korrespodenz zwischen Deligne 2-Klassen \$\xi \in \check{H}^2(M, \mathcal{D}^2)\$ und Holonomie Abbildungen von der zweiten d{\"u}nnen Homotopiegruppe \$\pi_2^2(M)\$ in die abelsche Gruppe \$U(1)\$ gibt. Im zweiten Artikel wird eine Verallgemeinerung dieses Theorems bewiesen: Picken zeigt, dass es eine Bijektion gibt zwischen Deligne 2-Kozykeln und gewissen 2-dimensionalen topologischen Quantenfeldtheorien. In dieser Arbeit zeigen wir, dass diese beiden Theoreme in allen Dimensionen gelten.Wir betrachten zun{\"a}chst den Holonomie Fall und k{\"o}nnen mittels simplizialen Methoden nachweisen, dass die Gruppe der glatten Deligne \$d\$-Klassen isomorph ist zu der Gruppe der glatten Holonomie Abbildungen von der \$d\$-ten d{\"u}nnen Homotopiegruppe \$\pi_d^d(M)\$ nach \$U(1)\$, sofern \$M\$ eine \$(d-1)\$-zusammenh{\"a}ngende Mannigfaltigkeit ist. Wir vergleichen dieses Resultat mit einem Satz von Gajer (1999). Gajer zeigte, dass jede Deligne \$d\$-Klasse durch eine andere Klasse von Holonomie-Abbildungen rekonstruiert werden kann, die aber nicht nur Holonomien entlang von Sph{\"a}ren, sondern auch entlang von allgemeinen \$d\$-Mannigfaltigkeiten in \$M\$ enth{\"a}lt. Dieser Zugang ben{\"o}tigt dann aber nicht, dass \$M\$ hoch-zusammenh{\"a}ngend ist. Wir zeigen, dass im Falle von flachen Deligne \$d\$-Klassen unser Rekonstruktionstheorem sich von Gajers unterscheidet, sofern \$M\$ nicht als \$(d-1)\$, sondern nur als \$(d-2)\$-zusammenh{\"a}ngend angenommen wird. Stiefel Mannigfaltigkeiten besitzen genau diese Eigenschaft, und wendet man unser Theorem auf diese an und vergleicht das Resultat mit dem von Gajer, so zeigt sich, dass es zuviele Deligne Klassen rekonstruiert. Dies bedeutet, dass unser Rekonstruktionsthreorem ohne die Zusatzbedingungen an die Mannigfaltigkeit M nicht auskommt, d.h. unsere Rekonstruktion ben{\"o}tigt zwar weniger Informationen {\"u}ber die Holonomie entlang von d-dimensionalen Mannigfaltigkeiten, aber daf{\"u}r muss M auch \$(d-1)\$-zusammenh{\"a}ngend angenommen werden. Wir zeigen dann, dass auch das zweite Theorem verallgemeinert werden kann: Indem wir das Konzept einer Picken topologischen Quantenfeldtheorie in beliebigen Dimensionen einf{\"u}hren, k{\"o}nnen wir nachweisen, dass jeder Deligne \$d\$-Kozykel eine solche \$d\$-dimensionale Feldtheorie mit zwei besonderen Eigenschaften, der d{\"u}nnen Invarianz und der Glattheit, induziert. Wir beweisen, dass jede \$d\$-dimensionale topologische Quantenfeldtheorie nach Picken mit diesen zwei Eigenschaften auch eine Deligne \$d\$-Klasse definiert und pr{\"u}fen nach, dass diese Konstruktion sowohl surjektiv als auch injektiv ist. Demzufolge sind beide Gruppen isomorph.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Senger2007,
  author    = {Senger, Toralf},
  title     = {Untersuchungen zur Metallhom{\"o}ostase in Arabidopsis thaliana},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-13234},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2007},
  abstract  = {Alle Organismen sind f{\"u}r ihr {\"U}berleben auf Metalle angewiesen. Hierbei gibt es f{\"u}r jedes Metall einen Konzentrationsbereich, der das Optimum zwischen Metallmangel, -bedarf und -toxizit{\"a}t darstellt. Es gilt mittlerweile als erwiesen, dass alle Organismen zur Aufrechterhaltung des Metallgleichgewichts ein komplexes Netzwerk von Proteinen und niedermolekularen Verbindungen entwickelt haben. Die molekularen Komponenten dieses Netzwerks sind nur zu einem Teil bekannt und charakterisiert: In den letzten Jahren wurden einige Proteinfamilien identifiziert, deren Mitglieder Metalle durch Lipidmembranen transportieren. Eine dieser Metalltransporterfamilien ist die Cation Diffusion Facilitator (CDF)-Familie: Alle charakterisierten Mitglieder exportieren Metalle aus dem Zytoplasma - entweder in zellul{\"a}re Kompartimente oder aus der Zelle heraus. Von den zw{\"o}lf Mitgliedern dieser Familie in Arabidopsis thaliana (A. thaliana) - Metall Toleranz Protein (MTP)-1 bis -12 - wurden bisher AtMTP1 und AtMTP3 charakterisiert. In dieser Arbeit wird die Charakterisierung von AtMTP2 beschrieben. Wie die homologen Proteine AtMTP1 und AtMTP3 f{\"u}hrt AtMTP2 zu Zn-Toleranz, wenn es heterolog in Zn-sensitiven Hefemutanten exprimiert wird. Mit AtMTP2 transformierte Hefemutanten zeigten dar{\"u}ber hinaus erh{\"o}hte Co-Toleranz. Expression von chim{\"a}ren AtMTP2/GFP Fusionsproteinen in Hefe, A.thaliana protoplasten und in stabil transformierten A.thalinana Planzenlinien deutet auf Lokalisation of AtMTP2 in Membranen des Endoplasmatischen Retikulums (ER) hin, wenn GFP an den C-Terminus von MTP2 fusioniert wird. Fusion of GFP an den N-Terminus von AtMTP2 f{\"u}hrte zu Lokalisation in der vakuol{\"a}ren Membran, was wahrscheinlichsten auf Fehllokalisierung durch Maskierung eines ER-Retentionsmotivs (XXRR) am N-Terminus von AtMTP2 zur{\"u}ckgeht. Dies legt nahe, dass AtMTP2 die erw{\"a}hnten Metalle in das Endomembransystem der Zelle transportieren kann. Eine gewebespezifische Lokalisierung wurde mit Pflanzen durchgef{\"u}hrt, die das β-Glucuronidase (GUS)-Reporterprotein bzw. chim{\"a}re Fusionsproteine aus EGFP und AtMTP2 unter Kontrolle des nativen pMTP2-Promotors exprimierten. Diese Experimente best{\"a}tigten zum einen, dass der pMTP2-Promotor nur unter Zn-Defizienz aktiv ist. GUS-Aktivit{\"a}t wurde unter diesen Bedingungen in zwei Zonen der Wurzelspitze beobachtet: in den isodiametrischen Zellen der meristematischen Zone und in der beginnenden Wurzelhaarzone. Dar{\"u}ber hinaus konnte gezeigt werden, dass die EGFP-Fusionsproteine unter Kontrolle des nativen pMTP2-Promotors nur in epidermalen Zellen exprimiert werden. F{\"u}r eine homozygote Knockout- Linie, mtp2-S3, konnte bisher kein eindeutiger Ph{\"a}notyp identifiziert werden. Auf Grundlage der bisher durchgef{\"u}hrten Charakterisierung von AtMTP2 erscheinen zwei Modelle der Funktion von AtMTP2 in der Pflanze m{\"o}glich: AtMTP2 k{\"o}nnte essentiell f{\"u}r die Versorgung des ER mit Zn unter Zn-Mangelbedingungen sein. Hierf{\"u}r spricht, dass AtMTP2 in jungen, teilungsaktiven und damit Zn-ben{\"o}tigenden Wurzelzonen exprimiert wird. Die auf die Epidermis beschr{\"a}nkte Lokalisation k{\"o}nnte bei diesem Modell auf die M{\"o}glichkeit der zwischenzellul{\"a}ren Zn-Verteilung innerhalb des ER {\"u}ber Desmotubules hindeuten. Alternativ k{\"o}nnte AtMTP2 eine Funktion bei der Detoxifizierung von Zn unter Zn-Schock Bedingungen haben: Es ist bekannt, dass unter Zn- Mangelbedingungen die Expression der zellul{\"a}ren Zn-Aufnahmesysteme hochreguliert wird. Wenn nun die Zn-Verf{\"u}gbarkeit im Boden z. B durch eine pH-{\"A}nderung innerhalb kurzer Zeit stark ansteigt, besteht die Notwendigkeit der Entgiftung von Zn innerhalb der Zelle, bis der starke Einstrom von Zn ins Zytoplasma durch die Deaktivierung der Zn-Aufnahmesysteme und einer geringeren Expression in der Pflanze gedrosselt ist. Ein {\"a}hnlicher Mechanismus wurde in der B{\"a}ckerhefe S. cerevisae beschrieben, in der dar{\"u}ber hinaus ein Zn-Transporter verst{\"a}rkt exprimiert wird, der Zn durch Transport in die Vakuole entgiften kann. Es ist durchaus m{\"o}glich, dass in Arabidopsis AtMTP2 die Zn-Detoxifizierung unter diesen speziellen Bedingungen durch Zn-Transport in das ER oder die Vakuole vermittelt. Zur Identifikation weiterer Komponenten des Metallhom{\"o}ostasenetzwerks sind verschiedene Ans{\"a}tze denkbar. In dieser Arbeit wurde in Hefe ein heterologer Screen durchgef{\"u}hrt, um Interaktoren f{\"u}r vier Mitglieder der Arabidopsis-CDF-Familie zu identifizieren. Unter den 11 im Hefesystem best{\"a}tigten Kandidaten befindet sich mit AtSPL1 ein AtMTP1-Interaktionskandidat, der m{\"o}glicherweise eine Rolle bei der Cu-,Zn-Hom{\"o}ostase spielt. Als wahrscheinliche AtMTP3-Interaktionskandidaten wurde die c"-Untereinheit der vakuol{\"a}ren H+-ATPase AtVHA identifiziert sowie mit AtNPSN13 ein Protein, das vermutlich eine Rolle bei Fusionen von Vesikeln mit Zielmembranen spielt. Ein anderer Ansatz zur Identifikation neuer Metallhom{\"o}ostasegene ist die vergleichende Elementanalyse von nat{\"u}rlichen oder mutagenisierten Pflanzenpopulationen. Voraussetzung f{\"u}r diesen Ansatz ist die schnelle und genaue Analyse des Elementgehalts von Pflanzen. Eine etablierte Methode zur simultanen Bestimmung von bis zu 65 Elementen in einer Probe ist die Inductively Coupled Plasma Optical Emission Spectrometry (ICP OES). Der limitierende Faktor f{\"u}r einen hohen Probendurchsatz ist die Notwendigkeit, Proben f{\"u}r die Analyse zu verfl{\"u}ssigen. Eine alternative Methode der Probenzuf{\"u}hrung zum Analyseger{\"a}t ist die elektrothermale Verdampfung (ETV) der Probe. Zur weitgehend automatisierten Analyse von Pflanzenmaterial mit minimiertem Arbeitsaufwand wurde eine Methode entwickelt, die auf der Kopplung der ETV mit der ICP OES basiert.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Weber2007,
  author    = {Weber, Jens},
  title     = {Meso- und mikropor{\"o}se Hochleistungspolymere : Synthese, Analytik und Anwendungen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-15994},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2007},
  abstract  = {Die Arbeit beschreibt die Synthese, Charakterisierung und Anwendung von meso- und mikropor{\"o}sen Hochleistungspolymeren. Im ersten Teil wird die Synthese von mesopor{\"o}sen Polybenzimidazol (PBI) auf der Basis einer Templatierungsmethode vorgestellt. Auf der Grundlage kommerzieller Monomere und Silikatnanopartikel sowie eines neuen Vernetzers wurde ein Polymer-Silikat-Hybridmaterial aufgebaut. Das Herausl{\"o}sen des Silikats mit Ammoniumhydrogendifluorid f{\"u}hrt zu mesopor{\"o}sen Polybenzimidazolen mit spherischen Poren von 9 bis 11 nm Durchmesser. Die Abh{\"a}ngigkeit der beobachteten Porosit{\"a}t vom Massenverh{\"a}ltnis Silikat zu Polymer wurde ebenso untersucht wie die Abh{\"a}ngigkeit der Porosit{\"a}t vom Vernetzergehalt. Die Porosit{\"a}t vollvernetzter Proben zeigt eine lineare Abh{\"a}ngigkeit vom Verh{\"a}ltnis Silikat zu Polymer bis zu einem Grenzwert von 1. Wird der Grenzwert {\"u}berschritten, ist teilweiser Porenkollaps zu beobachten. Die Abh{\"a}ngigkeit der Porosit{\"a}t vom Vernetzergehalt bei festem Silikatgehalt ist nichtlinear. Oberhalb einer kritischen Vernetzerkonzentration wird eine komplette Replikation der Nanopartikel gefunden. Ist die Vernetzerkonzentration dagegen kleiner als der kritische Wert, so ist der v{\"o}llige Kollaps einiger Poren bei Stabilit{\"a}t der verbleibenden Poren zu beobachten. Ein komplett unpor{\"o}ses PBI resultiert bei Abwesenheit des Vernetzers. Die mesopor{\"o}sen PBI-Netzwerke konnten kontrolliert mit Phosphors{\"a}ure beladen werden. Die erhaltenen Addukte wurden auf ihre Protonenleitf{\"a}higkeit untersucht. Es kann gezeigt werden, dass die Nutzung der vordefinierten Morphologie im Vergleich zu einem unstrukturierten PBI in h{\"o}heren Leitf{\"a}higkeiten resultiert. Durch die vernetzte Struktur war des Weiteren gen{\"u}gend mechanische Stabilit{\"a}t gegeben, um die Addukte reversibel und bei sehr guten Leitf{\"a}higkeiten bis zu Temperaturen von 190°C bei 0\% relativer Feuchtigkeit zu untersuchen. Dies ist f{\"u}r unstrukturierte Phosphors{\"a}ure/PBI - Addukte aus linearem PBI nicht m{\"o}glich. Im zweiten Teil der Arbeit wird die Synthese intrinsisch mikropor{\"o}ser Polyamide und Polyimide vorgestellt. Das Konzept intrinsisch mikropor{\"o}ser Polymere konnte damit auf weitere Polymerklassen ausgeweitet werden. Als zentrales, strukturinduzierendes Motiv wurde 9,9'-Spirobifluoren gew{\"a}hlt. Dieses Molek{\"u}l ist leicht und vielf{\"a}ltig zu di- bzw. tetrafunktionellen Monomeren modifizierbar. Dabei wurden bestehende Synthesevorschriften modifiziert bzw. neue Vorschriften entwickelt. Ein erster Schwerpunkt innerhalb des Kapitels lag in der Synthese und Charakterisierung von l{\"o}slichen, intrinsisch mikropor{\"o}sen, aromatischen Polyamid und Polyimid. Es konnte gezeigt werden, dass das Beobachten von Mikroporosit{\"a}t stark von der molekularen Architektur und der Verarbeitung der Polymere abh{\"a}ngig ist. Die Charakterisierung der Porosit{\"a}t erfolgte unter Nutzung von Stickstoffsorption, Kleinwinkelr{\"o}ntgenstreuung und Molecular Modeling. Es konnte gezeigt werden, dass die Proben stark vom Umgebungsdruck abh{\"a}ngigen Deformationen unterliegen. Die starke Quellung der Proben w{\"a}hrend des Sorptionsvorgangs konnte durch Anwendung des "dual sorption" Modells, also dem Auftreten von Porenf{\"u}llung und dadurch induzierter Henry-Sorption, erkl{\"a}rt werden. Der zweite Schwerpunkt des Kapitels beschreibt die Synthese und Charakterisierung mikropor{\"o}ser Polyamid- und Polyimidnetzwerke. W{\"a}hrend Polyimidnetzwerke auf Spirobifluorenbasis ausgepr{\"a}gte Mikroporosit{\"a}t und spezifische Oberfl{\"a}chen von ca. 1100 m²/g aufwiesen, war die Situation f{\"u}r entsprechende Polyamidnetzwerke abweichend. Mittels Stickstoffsorption konnte keine Mikroporosit{\"a}t nachgewiesen werden, jedoch konnte mittels SAXS eine innere Grenzfl{\"a}che von ca. 300 m²/g nachgewiesen werden. Durch die in dieser Arbeit gezeigten Experimente kann die Grenze zwischen Polymeren mit hohem freien Volumen und mikropor{\"o}sen Polymeren somit etwas genauer gezogen werden. ausgepr{\"a}gte Mikroporosit{\"a}t kann nur in extrem steifen Strukturen nachgewiesen werden. Die Kombination der Konzepte "Mesoporosit{\"a}t durch Templatierung" und "Mikroporosit{\"a}t durch strukturierte Monomere" hatte ein hierarchisch strukturiertes Polybenzimidazol zum Ergebnis. Die Pr{\"a}senz einer Strukturierung im molekularen Maßstab konnte SAXS bewiesen werden. Das so strukturierte Polybenzimidazol zeichnete sich durch eine h{\"o}here Protonenleitf{\"a}higkeit im Vergleich zu einem rein mesopor{\"o}sen PBI aus. Der letzte Teil der Arbeit besch{\"a}ftigte sich mit der Entwicklung einer neuen Synthesemethode zur Herstellung von Polybenzimidazol. Es konnte gezeigt werden, dass lineares PBI in einer eutektischen Salzschmelze aus Lithium- und Kaliumchlorid synthetisiert werden kann. Die Umsetzung der spirobifluorenbasierten Monomere zu l{\"o}slichem oder vernetztem PBI ist in der Salzschmelze m{\"o}glich.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Adelhelm2007,
  author    = {Adelhelm, Philipp},
  title     = {Novel carbon materials with hierarchical porosity : templating strategies and advanced characterization},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-15053},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2007},
  abstract  = {The aim of this work was the generation of carbon materials with high surface area, exhibiting a hierarchical pore system in the macro- and mesorange. Such a pore system facilitates the transport through the material and enhances the interaction with the carbon matrix (macropores are pores with diameters > 50 nm, mesopores between 2 - 50 nm). Thereto, new strategies for the synthesis of novel carbon materials with designed porosity were developed that are in particular useful for the storage of energy. Besides the porosity, it is the graphene structure itself that determines the properties of a carbon material. Non-graphitic carbon materials usually exhibit a quite large degree of disorder with many defects in the graphene structure, and thus exhibit inherent microporosity (d < 2nm). These pores are traps and oppose reversible interaction with the carbon matrix. Furthermore they reduce the stability and conductivity of the carbon material, which was undesired for the proposed applications. As one part of this work, the graphene structures of different non-graphitic carbon materials were studied in detail using a novel wide-angle x-ray scattering model that allowed precise information about the nature of the carbon building units (graphene stacks). Different carbon precursors were evaluated regarding their potential use for the synthesis shown in this work, whereas mesophase pitch proved to be advantageous when a less disordered carbon microstructure is desired. By using mesophase pitch as carbon precursor, two templating strategies were developed using the nanocasting approach. The synthesized (monolithic) materials combined for the first time the advantages of a hierarchical interconnected pore system in the macro- and mesorange with the advantages of mesophase pitch as carbon precursor. In the first case, hierarchical macro- / mesoporous carbon monoliths were synthesized by replication of hard (silica) templates. Thus, a suitable synthesis procedure was developed that allowed the infiltration of the template with the hardly soluble carbon precursor. In the second case, hierarchical macro- / mesoporous carbon materials were synthesized by a novel soft-templating technique, taking advantage of the phase separation (spinodal decomposition) between mesophase pitch and polystyrene. The synthesis also allowed the generation of monolithic samples and incorporation of functional nanoparticles into the material. The synthesized materials showed excellent properties as an anode material in lithium batteries and support material for supercapacitors.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Schroeder2007,
  author    = {Schr{\"o}der, Birgit Eva},
  title     = {Spatial and temporal dynamics of the terrestrial carbon cycle : assimilation of two decades of optical satellite data into a process-based global vegetation model},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-17596},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2007},
  abstract  = {This PhD thesis presents the spatio-temporal distribution of terrestrial carbon fluxes for the time period of 1982 to 2002 simulated by a combination of the process-based dynamic global vegetation model LPJ and a 21-year time series of global AVHRR-fPAR data (fPAR - fraction of photosynthetically active radiation). Assimilation of the satellite data into the model allows improved simulations of carbon fluxes on global as well as on regional scales. As it is based on observed data and includes agricultural regions, the model combined with satellite data produces more realistic carbon fluxes of net primary production (NPP), soil respiration, carbon released by fire and the net land-atmosphere flux than the potential vegetation model. It also produces a good fit to the interannual variability of the CO2 growth rate. Compared to the original model, the model with satellite data constraint produces generally smaller carbon fluxes than the purely climate-based stand-alone simulation of potential natural vegetation, now comparing better to literature estimates. The lower net fluxes are a result of a combination of several effects: reduction in vegetation cover, consideration of human influence and agricultural areas, an improved seasonality, changes in vegetation distribution and species composition. This study presents a way to assess terrestrial carbon fluxes and elucidates the processes contributing to interannual variability of the terrestrial carbon exchange. Process-based terrestrial modelling and satellite-observed vegetation data are successfully combined to improve estimates of vegetation carbon fluxes and stocks. As net ecosystem exchange is the most interesting and most sensitive factor in carbon cycle modelling and highly uncertain, the presented results complementary contribute to the current knowledge, supporting the understanding of the terrestrial carbon budget.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Jiang2007,
  author    = {Jiang, Chunyan},
  title     = {Multi-visualization and hybrid segmentation approaches within telemedicine framework},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-12829},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2007},
  abstract  = {The innovation of information techniques has changed many aspects of our life. In health care field, we can obtain, manage and communicate high-quality large volumetric image data by computer integrated devices, to support medical care. In this dissertation I propose several promising methods that could assist physicians in processing, observing and communicating the image data. They are included in my three research aspects: telemedicine integration, medical image visualization and image segmentation. And these methods are also demonstrated by the demo software that I developed. One of my research point focuses on medical information storage standard in telemedicine, for example DICOM, which is the predominant standard for the storage and communication of medical images. I propose a novel 3D image data storage method, which was lacking in current DICOM standard. I also created a mechanism to make use of the non-standard or private DICOM files. In this thesis I present several rendering techniques on medical image visualization to offer different display manners, both 2D and 3D, for example, cut through data volume in arbitrary degree, rendering the surface shell of the data, and rendering the semi-transparent volume of the data. A hybrid segmentation approach, designed for semi-automated segmentation of radiological image, such as CT, MRI, etc, is proposed in this thesis to get the organ or interested area from the image. This approach takes advantage of the region-based method and boundary-based methods. Three steps compose the hybrid approach: the first step gets coarse segmentation by fuzzy affinity and generates homogeneity operator; the second step divides the image by Voronoi Diagram and reclassifies the regions by the operator to refine segmentation from the previous step; the third step handles vague boundary by level set model. Topics for future research are mentioned in the end, including new supplement for DICOM standard for segmentation information storage, visualization of multimodal image information, and improvement of the segmentation approach to higher dimension.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Mueller2008,
  author    = {M{\"u}ller, Melanie J. I.},
  title     = {Bidirectional transport by molecular motors},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-18715},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2008},
  abstract  = {In biological cells, the long-range intracellular traffic is powered by molecular motors which transport various cargos along microtubule filaments. The microtubules possess an intrinsic direction, having a 'plus' and a 'minus' end. Some molecular motors such as cytoplasmic dynein walk to the minus end, while others such as conventional kinesin walk to the plus end. Cells typically have an isopolar microtubule network. This is most pronounced in neuronal axons or fungal hyphae. In these long and thin tubular protrusions, the microtubules are arranged parallel to the tube axis with the minus ends pointing to the cell body and the plus ends pointing to the tip. In such a tubular compartment, transport by only one motor type leads to 'motor traffic jams'. Kinesin-driven cargos accumulate at the tip, while dynein-driven cargos accumulate near the cell body. We identify the relevant length scales and characterize the jamming behaviour in these tube geometries by using both Monte Carlo simulations and analytical calculations. A possible solution to this jamming problem is to transport cargos with a team of plus and a team of minus motors simultaneously, so that they can travel bidirectionally, as observed in cells. The presumably simplest mechanism for such bidirectional transport is provided by a 'tug-of-war' between the two motor teams which is governed by mechanical motor interactions only. We develop a stochastic tug-of-war model and study it with numerical and analytical calculations. We find a surprisingly complex cooperative motility behaviour. We compare our results to the available experimental data, which we reproduce qualitatively and quantitatively.},
  language  = {en}
}