TY - THES A1 - Leer, Marina T1 - Computational analysis of the effects of ageing and diet on stem cell function and ectopic fat accumulation in the musculoskeletal system N2 - The musculoskeletal system provides support and enables movement to the body, and its deterioration is a crucial aspect of age-related functional decline. Mesenchymal stromal cells (MSCs) play an important role in musculoskeletal homeostasis due to their broad differentiation potentials and their ability to support osteogenic and myogenic tissue maintenance and regeneration. In the bone, MSCs differentiate either into osteochondrogenic progenitors to form osteocytes and chondrocytes, or increasingly with age into adipogenic progenitors which give rise to bone-resident adipocytes. In skeletal muscle, during healthy regeneration MSCs provide regulatory signals that activate local, tissue-specific stem cells, known as satellite cells, which regenerate contractile myofibres. This process involves a significant cross-talk to immune cells stemming from both lymphoid and myeloid lineages. During ageing, muscle-resident MSCs undergo increased adipogenic lineage commitment, causing niche changes that contribute to fatty infiltration in muscles. These shifts in cell populations in bone lead to the loss of osteogenic cells and subsequently osteoporosis, or in muscle to impaired regeneration and to the development of sarcopenia. However, the signals that drive transition of MSCs into their respective cellular fates remain elusive. This thesis aims to elucidate the transcriptional shifts modulating cell states and cell types in musculoskeletal MSC fate determination. Single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) was used to characterise cell type-specific transcript regulation. State-of-the-art bioinformatics tools were combined with different analytical platforms that include both droplet-based scRNA-seq for large heterogeneous populations, and microfluidics-based scRNA-seq to assess small, rare subpopulations. For each platform, distinct computational pipelines were established including filtering steps to exclude low-quality cells, and data visualisation was performed by dimensionality reduction. Downstream analysis included clustering, cell type annotation, and differential gene expression to investigate transcriptional states in defined cell types during ageing and injury in the muscle and bone. Finally, a novel tool to assess publication activities in defined areas of research for the identified marker genes was developed. The results in the bone indicate that ageing MSCs increasingly commit towards an adipogenic fate at the expense of osteogenic specialisation. The data also suggests that significant cell population shifts of MSC-type fibro-adipogenic progenitors during muscle ageing underlie the pathologies observed in homeostatic and post-injury regenerative conditions. High-throughput visualisation of publication activity for candidate genes enabled more effective biological evaluation of scRNA-seq data. These results expose critical age-related changes in the stem cell niches of skeletal muscle and bone, highlight their respective sensitivity to nutrition and pathology, and elucidate novel factors that modulate stem cell-based regeneration. Targeting these processes might improve musculoskeletal health in the context of ageing and prevent the negative effects of pathological lineage determination. N2 - Der Stütz- und Bewegungsapparat durchläuft eine altersbedingte gesundheitliche Verschlechterung, welche mit voranschreitendem Funktionsverlust einhergeht. Mesenchymale Stromazellen (MSCs) spielen aufgrund ihres breiten Differenzierungspotenzials und ihrer Fähigkeit, myogene bzw. osteogene Regenerationsprozesse zu unterstützen, eine wichtige Rolle in der muskuloskelettalen Homöostase. Im Knochen differenzieren MSCs entweder zu osteochondrogenen Vorläufern, um Knochen- bzw. Knorpelzellen zu bilden. Oder mit zunehmendem Alter werden vermehrt adipogene Vorläufer gebildet, aus denen Knochen-Fettzellen entstehen. Im Skelettmuskel sezernieren MSCs während der Muskelregeneration beispielsweise regulatorische Signale, die lokale, gewebespezifische Stammzellen, sogenannte Satellitenzellen, aktivieren, und diese daraufhin die kontraktilen Muskelfasern regenerieren. Dieser Prozess umfasst bedeutsame Wechselwirkung von Stammzellen mit Immunzellen sowohl der lymphoiden als auch aus myeloischen Abstammungslinien. Während des Alterns erhalten muskelresidente MSCs jedoch ein erhöhtes adipogenenes Potential, welches Nischenveränderung verursacht und damit zu einer Fettinfiltration in den Muskeln beitragen kann. Die Verschiebungen der Zellpopulationen verursachen einerseits den Verlust von osteogenen Vorläufern und fördern degenerative Prozesse im Knochengewebe, die Osteoporose zur Folge haben, oder beeinträchtigen die Regeneration im Muskel sowie dessen Funktionalität, und können damit zur altersbedingten Sarkopenie beitragen. MSCs durchlaufen einen Entscheidungsprozess um final zu differenzieren, der jedoch bislang nur unzureichend charakterisiert ist. Um diesen Aspekt zu beleuchten, untersucht diese Dissertation die diesem Prozess zugrundeliegende Veränderung der Transkriptionsprofile, welche die Zellzustände und Zelltypen bei der Differenzierung von muskuloskelettalen MSCs steuern. Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-Seq) wurde verwendet, um die zelltyp-spezifische Transkriptionsregulation zu charakterisieren. Moderne bioinformatische Analyse-Tools und -Plattformen wurden kombiniert, die sowohl droplet-basierte (für große heterogene Populationen) als auch mikrofluidik-basierte scRNA-seq (für kleine, seltene Subpopulationen), umfassten. Es wurden plattform-spezifische Datenverarbeitungs-Pipelines generiert, einschließlich des Herausfilterns von Zellen geringer Qualität und Datenvisualisierung mit verschiedenen Dimensionsreduktions-Methoden. Die anschließende Analyse umfasste Clustering von Subpopulationen, Zelltyp-Annotation und differenzielle Genexpression, um die Transkriptionszustände in den definierten Zelltypen während des Alterns und bei Regeneration im Muskel und Knochen zu untersuchen. Abschließend wurde eine Software zur Bewertung der Publikationsaktivitäten in definierten Forschungsgebieten für die identifizierten Markergene entwickelt. Die Ergebnisse deuten im Knochen darauf hin, dass alternde MSCs auf Kosten der osteogenen Spezialisierung zunehmend adipogener werden. Weiterhin deuten unsere Daten darauf hin, dass im alternden Muskel eine signifikante Zellpopulationsanreicherung von MSCs zu fibro-adipogenen Vorläuferzellen stattfindet, welche den Pathologien in den Prozessen der Homöostase und Muskelregeneration nach Verletzung unterliegen. Die Visualisierung der Publikationsaktivität für Kandidatengene ermöglicht eine effektivere biologische Bewertung von scRNA-seq-Daten. Diese Ergebnisse offenbaren kritische altersbedingte Veränderungen innerhalb der Stammzellnischen von Skelettmuskeln und Knochen, und identifizieren neue Faktoren, die an stammzell-basierten Regeneration beteiligt sind. Diese Prozesse gezielt zu beeinflussen, könnte die muskuloskelettale Gesundheit im Alter verbessern und negative Effekte einer pathologischen Differenzierung verhindern. KW - single-cell RNA-sequencing KW - single-cell analysis KW - transcriptomics KW - mesenchymal stromal cells KW - musculoskeletal system KW - stem cell differentiation KW - mesenchymale stromale Zellen KW - Muskel-Skelett-System / Bewegungsapparat KW - Einzelzell-Sequenzierung KW - Einzelzell-Analyse KW - Stammzelldifferenzierung KW - Transkriptomik Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Gätjen, Dominic T1 - A Pichia pastoris surface display system for the efficient screening of high-producing antibody clones N2 - Pichia pastoris (syn. Komagataella phaffi) is a distinguished expression system widely used in industrial production processes. Recent molecular research has focused on numerous approaches to increase recombinant protein yield in P. pastoris. For example, the design of expression vectors and synthetic genetic elements, gene copy number optimization, or co-expression of helper proteins (transcription factors, chaperones, etc.). However, high clonal variability of transformants and low screening throughput have hampered significant success. To enhance screening capacities, display-based methodologies inherit the potential for efficient isolation of producer clones via fluorescence-activated cell sorting (FACS). Therefore, this study focused on developing a novel clone selection method that is based on the non-covalent attachment of Fab fragments on the P. pastoris cell surface to be applicable for FACS. Initially, a P. pastoris display system was developed, which is a prerequisite for the surface capture of secreted Fabs. A Design of Experiments approach was applied to analyze the influence of various genetic elements on antibody fragment display. The combined P. pastoris formaldehyde dehydrogenase promoter (PFLD1), Saccharomyces cerevisiae invertase 2 signal peptide (ScSUC2), - agglutinin (ScSAG1) anchor protein, and the ARS of Kluyveromyces lactis (panARS) conferred highest display levels. Subsequently, eight single-chain variable fragments (scFv) specific for the constant part of the Fab heavy or light chain were individually displayed in P. pastoris. Among the tested scFvs, the anti-human CH1 IgG domain scFv allowed the most efficient Fab capture detected by flow cytometry. Irrespective of the Fab sequence, exogenously added as well as simultaneously secreted Fabs were successfully captured on the cell surface. Furthermore, Fab secretion capacities were shown to correlate to the level of surface-bound Fabs as demonstrated for characterized producer clones. Flow-sorted clones presenting high amounts of Fabs showed an increase in median Fab titers (factor of 21 to 49) compared to unsorted clones when screened in deep-well plates. For selected candidates, improved functional Fab yields of sorted cells vs. unsorted cells were confirmed in an upscaled shake flask production. Since the scFv capture matrix was encoded on an episomal plasmid with inherently unstable autonomously replicating sequences (ARS), efficient plasmid curing was observed after removing the selective pressure. Hence, sorted clones could be immediately used for production without the need to modify the expression host or vector. The resulting switchable display/secretion system provides a streamlined approach for the isolation of Fab producers and subsequent Fab production. KW - Pichia pastoris KW - Antibody Y1 - 2023 ER - TY - JOUR A1 - Taguchi, Mioko A1 - Goto, Mutsuo A1 - Matsuoka, Koji A1 - Tiedemann, Ralph A1 - Pastene, Luis A. T1 - Population genetic structure of Bryde's whales (Balaenoptera brydei) on the central and western North Pacific feeding grounds JF - Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences N2 - The genetic structure of Bryde's whale (Balaenoptera brydei) on the central and western North Pacific feeding grounds was investigated using a total of 1195 mitochondrial control region sequences and 1182 microsatellite genotypes at 17 loci in specimens collected from three longitudinal areas, 1W (135 degrees E-165 degrees E), 1E (165 degrees E-180 degrees), and 2 (180 degrees-155 degrees W). Genetic diversities were similar among areas and a haplotype network did not show any geographic structure, while an analysis of molecular variance found evidence of genetic structure in this species. Pairwise FST and G'ST estimates and heterogeneity tests attributed this structure to weak but significant differentiation between areas 1W/1E and 2. A Mantel test and a high-resolution analysis of genetic diversity statistics showed a weak spatial cline of genetic differentiation. These findings could be reconciled by two possible stock structure scenarios: (1) a single population with kin-association affecting feeding ground preference and (2) two populations with feeding ground preference for either area 1W or area 2. An estimated dispersal rate between areas 1W and 2 indicates that both scenarios should be considered as a precautionary principle in stock assessments. KW - stock structure KW - stock assessment KW - fisheries management KW - conservation KW - cetacean Y1 - 2023 U6 - https://doi.org/10.1139/cjfas-2022-0005 SN - 0706-652X SN - 1205-7533 VL - 80 IS - 1 SP - 142 EP - 155 PB - Canadian science publishing CY - Ottawa ER - TY - THES A1 - Agarwal, Pallavi T1 - Functional characterization of ROS-responsive genes, ANAC085 and ATR7, in Arabidopsis thaliana Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Rasul, Fiaz T1 - Biostimulant SuperFifty based molecular priming to increase plant strength and stress tolerance Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Mariette, Alban T1 - Building a wall: Developing small molecule biosensors to visualize cell wall biosynthesis and untangling mechanismus underlying nucleotide sugar transport Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Kiemel, Katrin T1 - Zooplankton adaptations and community dynamics in space and time N2 - In times of ongoing biodiversity loss, understanding how communities are structured and what mechanisms and local adaptations underlie the patterns we observe in nature is crucial for predicting how future ecological and anthropogenic changes might affect local and regional biodiversity. Aquatic zooplankton are a group of primary consumers that represent a critical link in the food chain, providing nutrients for the entire food web. Thus, understanding the adaptability and structure of zooplankton communities is essential. In this work, the genetic basis for the different temperature adaptations of two seasonally shifted (i.e., temperature-dependent) occurring freshwater rotifers of a formerly cryptic species complex (Brachionus calyciflorus) was investigated to understand the overall genetic diversity and evolutionary scenario for putative adaptations to different temperature regimes. Furthermore, this work aimed to clarify to what extent the different temperature adaptations may represent a niche partitioning process thus enabling co-existence. The findings were then embedded in a metacommunity context to understand how zooplankton communities assemble in a kettle hole metacommunity located in the northeastern German "Uckermark" and which underlying processes contribute to the biodiversity patterns we observe. Using a combined approach of newly generated mitochondrial resources (genomes/cds) and the analysis of a candidate gene (Heat Shock Protein 40kDa) for temperature adaptation, I showed that the global representatives of B. calyciflorus s.s.. are genetically more similar than B. fernandoi (average pairwise nucleotide diversity: 0.079 intraspecific vs. 0.257 interspecific) indicating that both species carry different standing genetic variation. In addition to differential expression in the thermotolerant B. calyciflorus s.s. and thermosensitive B. fernandoi, the HSP 40kDa also showed structural variation with eleven fixed and six positively selected sites, some of which are located in functional areas of the protein. The estimated divergence time of ~ 25-29 Myr combined with the fixed sites and a prevalence of ancestral amino acids in B. calyciflorus s.s. indicate that B. calyciflorus s.s. remained in the ancestral niche, while B. fernandoi partitioned into a new niche. The comparison of mitochondrial and nuclear markers (HPS 40kDa, ITS1, COI) revealed a hybridisation event between the two species. However, as hybridisation between the two species is rare, it can be concluded that the temporally isolated niches (i.e., seasonal-shifted occurrence) they inhabit based on their different temperature preferences most likely represent a pre-zygotic isolation mechanism that allows sympatric occurrence while maintaining species boundaries. To determine the processes underlying zooplankton community assembly, a zooplankton metacommunity comprising 24 kettle holes was sampled over a two-year period. Active (i.e., water samples) and dormant communities (i.e., dormant eggs hatched from sediment) were identified using a two-fragment DNA metabarcoding approach (COI and 18S). Species richness and diversity as well as community composition were analysed considering spatial, temporal and environmental parameters. The analysis revealed that environmental filtering based on parameters such as pH, size and location of the habitat patch (i.e., kettle hole) and surrounding field crops largely determined zooplankton community composition (explained variance: Bray-Curtis dissimilarities: 10.5%; Jaccard dissimilarities: 12.9%), indicating that adaptation to a particular habitat is a key feature of zooplankton species in this system. While the spatial configuration of the kettle holes played a minor role (explained variance: Bray-Curtis dissimilarities: 2.8% and Jaccard dissimilarities: 5.5%), the individual kettle hole sites had a significant influence on the community composition. This suggests monopolisation/priority effects (i.e., dormant communities) of certain species in individual kettle holes. As environmental filtering is the dominating process structuring zooplankton communities, this system could be significantly influenced by future land-use change, pollution and climate change. N2 - In Zeiten des fortschreitenden Verlusts biologischer Vielfalt ist es von entscheidender Bedeutung zu verstehen, wie natürliche Gemeinschaften strukturiert sind und welche Mechanismen und lokalen Anpassungen den beobachteten Biodiversitätsmustern zugrunde liegen, um eine wissenschaftliche Grundlage für die Vorhersage künftiger Veränderungen der lokalen und regionalen biologische Vielfalt zu schaffen. Aquatisches Zooplankton ist eine artenreiche Gruppe Primärkonsumenten, die ein entscheidendes Glied in der Nahrungskette darstellen, indem sie Nährstoffe für das gesamte Nahrungsnetz bereitstellen. Daher ist es von entscheidender Bedeutung, die Anpassungsfähigkeit und Struktur von Zooplanktongemeinschaften zu verstehen. In dieser Arbeit wurden die genetischen Grundlagen für die unterschiedliche Temperaturanpassung zweier saisonal-versetzt (d.h. temperaturabhängig) vorkommender limnischen Rädertierarten eines ehemals kryptischen Artenkomplexes (Brachionus calyciflorus) untersucht, um die genetische Variation und das evolutionäre Divergenz-Szenario sowie Grundlagen für die mutmaßliche Anpassungen an unterschiedliche Temperaturregime zu verstehen. Weiterhin sollte untersucht werden, ob die Temperaturanpassungen als Prozess der Nischenaufteilung verstanden werden können die die Koexistenz der Arten ermöglicht. Diese Ergebnisse wurden dann in einen Metagemeinschaftskontext eingebettet, um zu verstehen, wie sich Zooplanktongemeinschaften in einer Soll-Metagemeinschaft, welche sich in der nordostdeutschen Region "Uckermark" befindet, zusammensetzen und welche zugrundeliegenden Prozesse zu den beobachteten Biodiversitätsmustern führen. Eine Kombination aus neu generierten mitochondrialen Ressourcen (Genome/codierende Sequenzen) und der Analyse eines Kandidatengens (HSP 40kDa Gen) für die Temperaturanpassung ergab zum einen, dass die globalen Vertreter von B. calyciflorus s.s. einander genetisch ähnlicher sind als B. fernandoi (Nukleotiddiversität: 0,079 intraspezifisch vs. 0,257 interspezifisch) und beide Arten somit eine unterschiedliche genetische Variation besitzen. Zum anderen wird das HSP 40kDa wird nicht nur in dem wärmetoleranten B. calyciflorus s.s. und wärmeempfindlichen B. fernandoi unterschiedlich exprimiert, sondern weist auch strukturelle Variationen mit elf fixierten und sechs positiv selektierten Positionen auf, von denen einige in funktionellen Regionen des HSP 40kDa liegen. Die geschätzte Divergenzzeit von ca. 25-29 Millionen Jahren sowie die fixierten Positionen und die Dominanz anzestraler Aminosäuren in B. calyciflorus s.s. legen nahe, dass B. calyciflorus s.s. in der anzestralen Nische verblieb, während B. fernandoi eine neue Nische besetzte. Der Vergleich von mitochondrialen und nukleären Markern (HSP 40kDa, ITS1, COI) ergab ein Hybridisierungsereignis zwischen beiden Arten. Da Hybridisierung jedoch selten ist, können die zeitlich isolierten Nischen (d.h. saisonal-versetztes Auftreten), die sie aufgrund ihrer unterschiedlichen Temperaturpräferenzen bewohnen, als prä-zygotischer Isolationsmechanismus verstanden werden, der ein sympatrisches Vorkommen der Arten unter Aufrechterhaltung der Artgrenzen ermöglicht. Um die Prozesse zu bestimmen, die der Strukturierung von Zooplanktongemeinschaften zugrunde liegen, wurde über einen Zeitraum von zwei Jahren eine Zooplankton-Metagemeinschaft, bestehend aus 24 Söllen beprobt. Aktive (d.h. Wasserproben) und ruhende Gemeinschaften (d.h. aus dem Sediment geschlüpfte Gemeinschaften) wurden mit einem Zwei-Fragment-DNA-Metabarcoding-Ansatz (COI und 18S) bestimmt. Die Artenzahl und Abundanz sowie die Zusammensetzung der Gemeinschaften wurden unter Berücksichtigung räumlicher, zeitlicher und umweltbezogener Parameter analysiert. Die Analyse ergab, dass Umweltfilterung basierend auf Parametern wie pH-Wert, Größe, Lage und Typ des Habitats (d.h. des Solls) und der umgebenden Feldfrüchte die Zusammensetzung der Zooplanktongemeinschaft weitgehend bestimmt (erklärte Varianz: Bray-Curtis-Dissimilaritäten: 10,5%; Jaccard-Dissimilaritäten: 12,9%), was darauf hindeutet, dass die Anpassung an einen bestimmten Lebensraum ein wichtiges Merkmal der Zooplanktonarten in diesem System ist. Während die räumliche Struktur der Sölle eine geringe Rolle spielte (erklärte Varianz: Bray-Curtis-Dissimilaritäten: 2,8% und Jaccard-Dissimilaritäten: 5,5%), hatten die einzelnen Standorte einen erheblichen Einfluss auf die Zusammensetzung der Gemeinschaft. Dies deutet auf Monopolisierung/Prioritätseffekte (d.h. ruhende Gemeinschaften) bestimmter Arten in einzelnen Söllen hin. Da Umweltfilterung der dominierende Prozess für die Strukturierung der Zooplanktongemeinschaften ist, könnte dieses System durch künftige Landnutzungsänderungen, Verschmutzung und Klimawandel erheblich beeinflusst werden. KW - Zooplankton KW - Metacommunity KW - B. calyciflorus species complex KW - adaptation KW - hybridization KW - Metagemeinschaft KW - Anpassung KW - Hybridisierung Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Kulshreshtha, Ritika T1 - Dissecting the functional of role of microtubule and cellulose microfibril patterning during flower development in Arabidopsis Y1 - 2023 ER - TY - JOUR A1 - Pandey, Yogesh T1 - Enriched cell-free and cell-based native membrane derived vesicles (nMV) enabling rapid in-vitro electrophysiological analysis of the voltage-gated sodium channel 1.5. JF - Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes N2 - Here, we demonstrate the utility of native membrane derived vesicles (nMVs) as tools for expeditious electrophysiological analysis of membrane proteins. We used a cell-free (CF) and a cell-based (CB) approach for preparing protein-enriched nMVs. We utilized the Chinese Hamster Ovary (CHO) lysate-based cell-free protein synthesis (CFPS) system to enrich ER-derived microsomes in the lysate with the primary human cardiac voltage-gated sodium channel 1.5 (hNaV1.5; SCN5A) in 3 h. Subsequently, CB-nMVs were isolated from fractions of nitrogen-cavitated CHO cells overexpressing the hNaV1.5. In an integrative approach, nMVs were micro-transplanted into Xenopus laevis oocytes. CB-nMVs expressed native lidocaine-sensitive hNaV1.5 currents within 24 h; CF-nMVs did not elicit any response. Both the CB- and CF-nMV preparations evoked single-channel activity on the planar lipid bilayer while retaining sensitivity to lidocaine application. Our findings suggest a high usability of the quick-synthesis CF-nMVs and maintenance-free CB-nMVs as ready-to-use tools for in-vitro analysis of electrogenic membrane proteins and large, voltage-gated ion channels. KW - Cell-free protein synthesis KW - Electrophysiology KW - Membrane proteins KW - Micro-translantation KW - Protein expression Y1 - 2023 U6 - https://doi.org/10.1016/j.bbamem.2023.184144 SN - 1879-2642 SN - 0005-2736 VL - 1865 IS - 5 PB - Elsevier CY - Amsterdam ER - TY - THES A1 - Bastos Lima, Rita T1 - Seed coat-derived brassnosteroids non-cell autonomously regulate endosperm development Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Peng, Maolin T1 - The role of prion-like domains in plant temperatur sensing Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - John, Sheeba T1 - Characterizing the role of Heat Shock Factor HSFA 7b in regulating thermomemory at the SAM in Arabidopsis thaliana N2 - Heat stress (HS) is one of the major abiotic stresses which adversely affects the survival and growth of plants due to their sessile nature. To combat the detrimental effects of HS and develop thermotolerance, plants have evolved several defense mechanisms. Thermomemory is one such molecular mechanism whereby plants that have been acclimated (or primed/P) by a moderate HS can respond more efficiently and continue their growth after exposure to a severe or lethal HS (called triggering/T), while unprimed plants cannot survive. Thermomemory is known to be regulated by several transcription factors (TFs), epigenetic changes, chromatin remodellers, post-transcriptional changes and it also involves protein stability control and primary metabolism adjustment. Recent research has suggested that the shoot apical meristem (SAM) in Arabidopsis thaliana has a distinct transcriptional thermomemory which is possibly regulated by eight TFs called HEAT SHOCK FACTORS (HSFs). The main objective of this PhD thesis is to investigate the role of HSFA7b (one of the eight HSFs), in regulating thermomemory at the SAM by identifying the molecular networks it regulates. HSFA7a, a close homolog of HSFA7b, is also one of the eight HSFs that are involved in regulating thermomemory at the SAM. Thermomemory was found to be defective in the hsfa7b and hsfa7a hsfa7b mutants; the percentage survival of these seedlings was significantly lower than in wild-type (WT) seedlings after the priming and triggering (PT) treatment. Transcriptome and ChIP analyses were performed to identify the molecular networks controlled by HSFA7b and its close homolog HSFA7a, in regulating thermomemory at the SAM. The chromatin regulator SPLAYED (SYD) was found to be regulated by both HSFA7a and HSFA7b at the SAM during thermomemory. SYD is directly involved in SAM maintenance by directly regulating WUSCHEL (WUS), a master regulator of stem cell maintenance. WUS expression was down-regulated at the SAM of PT treated hsfa7a/b mutants compared to WT-Col-0 seedlings. HSFA7a and HSFA7b also jointly regulate the expression of orphan gene QUA QUINE STARCH (QQS) during thermomemory. Starch accumulation negatively correlates with QQS expression and this trend was observed in WT plants in response to thermopriming. The remobilization of starch was affected in the hsfa7a/b mutants compared to WT plants during the recovery period after T treatment. These findings indicate that defects in SAM maintenance and starch remobilization could possibly contribute to the reduced thermomemory in the hsfa7a/b mutants. Moreover, transcriptome and ChIP analysis indicate that ethylene signaling genes are directly regulated by HSFA7b during thermomemory. Transcriptome analysis of the HSFA7b-IOE line indicates that HSFA7b positively regulates the expression of HEAT STRESS ASSOCIATED 32 (HSA32), an important thermomemory gene, and HSFA7b strongly suppresses the expression of the reactive oxygen species (ROS) responsive REDOX RESPONSIVE TRANSCRIPTION FACTOR 1 (RRTF1) gene, which is also a repressed target of SYD. In Arabidopsis, the HSFA7b transcript undergoes alternative splicing at high temperatures to form two splice variants: one correctly/constitutively spliced variant which is functional and codes for the HSFA7b protein and one intron retained splice variant. Higher accumulation of the functional HSFA7b splice variant was found at the SAM compared to other tissues. Moreover, accumulation of the functional splice variant was higher in P and PT plants compared to control plants, whereas higher levels of the intron retained splice variant is found in plants subjected directly to the T treatment. The intron retained HSFA7b splice variant is degraded by the non-sense mediated decay (NMD) pathway as a means of regulating transcript level essential for protein synthesis at high temperatures. Importantly, HSFA7b protein accumulation was observed in plants subjected to PT treatment that survive and continue growth, but not in plants subjected directly to T treatment that do not survive, indicating that constitutive/ correct splicing of the HSFA7b transcript is a component of thermomemory. Taken together, these findings suggest that HSFA7a and HSFA7b jointly regulate SAM maintenance via the chromatin remodeller SYD and starch remobilization via QQS. In addition to them, HSFA7b also regulates the expression of ethylene signaling genes, heat responsive genes and the ROS responsive RRTF1. Furthermore, constitutive/correct splicing in the HSFA7b transcript is also an essential component of thermomemory. Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Machani, Fridah Gechemba T1 - Functional analysis of ATAF1 and ANAC032 NAC transcription factors in response to nitrogen Supply in Arabidopsis thaliana Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Romero Prada, Lorena Margarita T1 - Crop improvement towards oxidative stress Y1 - 2023 ER - TY - JOUR A1 - Wenz, Leonie A1 - Carr, Robert Devon A1 - Kögel, Noah A1 - Kotz, Maximilian A1 - Kalkuhl, Matthias T1 - DOSE - global data set of reported sub-national economic output JF - Scientific data N2 - Many phenomena of high relevance for economic development such as human capital, geography and climate vary considerably within countries as well as between them. Yet, global data sets of economic output are typically available at the national level only, thereby limiting the accuracy and precision of insights gained through empirical analyses. Recent work has used interpolation and downscaling to yield estimates of sub-national economic output at a global scale, but respective data sets based on official, reported values only are lacking. We here present DOSE — the MCC-PIK Database Of Sub-national Economic Output. DOSE contains harmonised data on reported economic output from 1,661 sub-national regions across 83 countries from 1960 to 2020. To avoid interpolation, values are assembled from numerous statistical agencies, yearbooks and the literature and harmonised for both aggregate and sectoral output. Moreover, we provide temporally- and spatially-consistent data for regional boundaries, enabling matching with geo-spatial data such as climate observations. DOSE provides the opportunity for detailed analyses of economic development at the subnational level, consistent with reported values. KW - economics KW - environmental health KW - geography Y1 - 2023 U6 - https://doi.org/10.1038/s41597-023-02323-8 SN - 2052-4463 VL - 10 IS - 1 SP - 1 EP - 17 PB - Nature Publishing Group CY - London ER - TY - THES A1 - Pankaj, Rishabh T1 - Epigenetic reprogramming of seed development BT - exploring the role of histone demethylases and DNA methylation in arabidopsis N2 - The development of seeds in angiosperms starts with a complex process of double fertilization, involving the fusion of the maternal egg cell and central cell with two paternal sperm cells. This gives rise to the embryo and the nourishing endosperm, which are then enclosed by the seed coat, derived from the maternal integuments. The growth of the seed coat in Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) is actively inhibited before fertilization by epigenetic regulators known as Polycomb Group (PcG) proteins. These proteins deposit a repressive histone mark called H3K27me3, which must be removed to enable seed coat formation. In this thesis, I explored the mechanism of removal of H3K27me3 marks from the integument cells following fertilization, which allows for seed coat formation. We hypothesized that this removal should be primarily facilitated by histone demethylases from the JMJ family and potentially influenced by the plant hormones Brassinosteroids (BRs). This hypothesis was supported by the expression patterns of the JMJ protein REF6 and of BR related genes, which are specifically expressed in the integuments and in the seed coat. Moreover, mutations in both these pathways lead to developmental defects, such as reduced ovule viability and delayed seed coat growth. Our research provides evidence suggesting that BR signalling is likely involved in recruiting JMJ-type histone demethylases to target loci responsible for seed coat growth. Moreover, we have discovered an additional pathway through which BRs regulate seed coat development, independent of their influence on H3K27me3 marks. This finding emphasizes the diverse roles of BRs in coordinating seed development, extending beyond their well-known involvement in plant growth and development. Furthermore, I explored the role of another epigenetic mark, DNA methylation, in fertilization-independent (or autonomous) seed formation in Arabidopsis. For this, we utilized epigenetic Recombinant Inbred Lines (epiRILs) and thus identified an epigenetic Quantitative Trait Locus (epiQTL) on chromosome II, potentially responsible for the larger autonomous seed size observed in DNA methylation mutants. Overall, this thesis significantly enhances our comprehension of the intricate relationship between epigenetic modifications, hormonal signaling, and plant reproductive processes. It offers valuable insights into the genetic mechanisms governing both sexual and asexual seed formation, while also presenting potential avenues for the engineer of advantageous traits in agricultural crops. KW - Epigenetics KW - Seed development KW - Seed Coat Development KW - H3K27me3 Methylation KW - Auxin KW - Brassinosteriods KW - DNA Methylation KW - JUMONJI KW - Histone Modification Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Sarlet, Adrien T1 - Tuning the viscoelasticity of Escherichia coli biofilms T1 - Abstimmung der Viskoelastizität von Escherichia coli-Biofilmen BT - interplay between extrinsic and intrinsic factors BT - Wechselspiel zwischen extrinsischen und intrinsischen Faktoren N2 - Biofilms are heterogeneous structures made of microorganisms embedded in a self-secreted extracellular matrix. Recently, biofilms have been studied as sustainable living materials with a focus on the tuning of their mechanical properties. One way of doing so is to use metal ions. In particular biofilms have been shown to stiffen in presence of some metal cations and to soften in presence of others. However, the specificity and the determinants of those interactions vary between species. While Escherichia coli is a widely studied model organism, little is known concerning the response of its biofilms to metal ions. In this work, we aimed at tuning the mechanics of E. coli biofilms by acting on the interplay between matrix composition and metal cations. To do so, we worked with E. coli strains producing a matrix composed of curli amyloid fibres or phosphoethanolamine-cellulose (pEtN-cellulose) fibres or both. The viscoelastic behaviour of the resulting biofilms was investigated with rheology after incubation with one of the following metal ion solutions: FeCl3, AlCl3, ZnCl2 and CaCl2 or ultrapure water. We observed that the strain producing both fibres stiffen by a factor of two when exposed to the trivalent metal cations Al(III) and Fe(III) while no such response is observed for the bivalent cations Zn(II) and Ca(II). Strains producing only one matrix component did not show any stiffening in response to either cation, but even a small softening. In order to investigate further the contribution of each matrix component to the mechanical properties, we introduced additional bacterial strains producing curli fibres in combination with non-modified cellulose, non-modified cellulose only or neither component. We measured biofilms produced by those different strains with rheology and without any solution. Since rheology does not preserve the architecture of the matrix, we compared those results to the mechanical properties of biofilms probed with the non-destructive microindentation. The microindentation results showed that biofilm stiffness is mainly determined by the presence of curli amyloid fibres in the matrix. However, this clear distinction between biofilm matrices containing or not containing curli is absent from the rheology results, i.e. following partial destruction of the matrix architecture. In addition, rheology also indicated a negative impact of curli on biofilm yield stress and flow stress. This suggests that curli fibres are more brittle and therefore more affected by the mechanical treatments. Finally, to examine the molecular interactions between the biofilms and the metal cations, we used Attenuated total reflectance - Fourier transform infrared spectroscopy (ATR-FTIR) to study the three E.coli strains producing a matrix composed of curli amyloid fibres, pEtN-cellulose fibres or both. We measured biofilms produced by those strains in presence of each of the aforementioned metal cation solutions or ultrapure water. We showed that the three strains cannot be distinguished based on their FTIR spectra and that metal cations seem to have a non-specific effect on bacterial membranes in absence of pEtN-cellulose. We subsequently conducted similar experiments on purified curli or pEtN-cellulose fibres. The spectra of the pEtN-cellulose fibres revealed a non-valence-specific interaction between metal cations and the phosphate of the pEtN-modification. Altogether, these results demonstrate that the mechanical properties of E. coli biofilms can be tuned via incubation with metal ions. While the mechanism involving curli fibres remains to be determined, metal cations seem to adsorb onto pEtN-cellulose and this is not valence-specific. This work also underlines the importance of matrix architecture to biofilm mechanics and emphasises the specificity of each matrix composition. N2 - Biofilme sind heterogene Strukturen aus Mikroorganismen, die in eine selbst-abgesonderte extrazelluläre Matrix eingebettet sind. In letzter Zeit wurden Biofilme als nachhaltige lebende Materialien untersucht, mit dem Ziel ihre mechanischen Eigenschaften zu modifizieren. Eine Möglichkeit, dies zu tun, ist die Verwendung von Metallionen. Es hat sich gezeigt, dass Biofilme in Gegenwart einiger Metallkationen steifer und in Gegenwart anderer weicher werden. Die Spezifität und die Bestimmungsfaktoren dieser Wechselwirkungen sind jedoch je nach Spezies unterschiedlich. Obwohl Escherichia coli ein weithin untersuchter Modellorganismus ist, ist wenig über den Einfluss von Metallionen auf die Eigenschaften von E. coli-Biofilmen bekannt. Ziel dieser Arbeit war, die mechanischen Eigenschaften von E. coli-Biofilmen durch Beeinflussung des Zusammenspiels von Matrixzusammensetzung und Metallkationen zu untersuchen und zu verändern. Zu diesem Zweck wurden E. coli-Stämme verwendet, die eine Matrix aus Curli-Fasern oder Phosphoethanolamin-modifizierter Zellulose (pEtN-Zellulose) oder aus beiden produzieren. Das viskoelastische Verhalten der resultierenden Biofilme wurde nach Inkubation mit einer der folgenden Metallsalzlösungen (oder Reinstwasser) rheologisch untersucht: FeCl3, AlCl3, ZnCl2 und CaCl2. Es zeigte sich, dass die Steifigkeit von Biofilmen des Stammes, der beide Fasern produziert, um das Doppelte höher ist, wenn sie den dreiwertigen Metallkationen Al(III) und Fe(III) ausgesetzt werden. Im Gegensatz dazu konnte keine derartige Veränderung der Steifigkeit beobachtet werden, wenn stattdessen die zweiwertigen Kationen Zn(II) und Ca(II) zugesetzt wurden. Stämme, die nur eine Matrixkomponente produzieren, zeigten keine Versteifung in Gegenwart von Kationen, sondern sogar eine geringe Erweichung. Um den Beitrag der einzelnen Matrixkomponenten zu den mechanischen Eigenschaften weiter zu untersuchen, wurden weitere Bakterienstämme mit den bereits genannten verglichen. Diese Stämme produzieren entweder Curli-Fasern in Kombination mit nicht modifizierter Zellulose, ausschließlich nicht modifizierte Zellulose oder keine der beiden Komponenten. Die resultierenden Biofilme wurden ohne den Zusatz von Salzlösung rheologisch charakterisiert. Da die Matrixarchitektur bei Rheologiemessungen zerstört wird, wurden die Biofilme ebenfalls mit Mikroindentation untersucht, welche mit intakten Biofilmen durchgeführt werden kann. Die Ergebnisse der Mikroindentation zeigen, dass die Steifigkeit der Biofilme hauptsächlich durch das Vorhandensein von Curli-Fasern bestimmt wird. Diese klare Unterscheidung der mechanischen Eigenschaften zwischen Biofilmmatrices mit und ohne Curli ist jedoch in den rheologischen Ergebnissen nicht erkennbar, d. h. nach teilweiser Zerstörung der Matrixarchitektur. Darüber hinaus zeigte die Rheologie eine niedrigere Fließspannung für Biofilme, die Curli enthalten. In der Kombination deuten diese Ergebnisse darauf hin, dass Curli-Fasern spröder und daher stärker von der mechanischen Behandlung betroffen sind. Um die molekularen Wechselwirkungen zwischen der Biofilm-Matrix und Metallkationen zu untersuchen, wurden die drei E. coli-Stämme, die eine Matrix aus Curli-Fasern, pEtN-Zellulose oder beidem bilden, mit abgeschwächter Totalreflexions-Fourier-Transformations-Infrarot-Spektroskopie (ATR-FTIR) charakterisiert. Die von diesen Stämmen produzierten Biofilme wurden in Gegenwart jeder der oben genannten Metallsalzlösungen und in Reinstwasser untersucht. Es wurde gezeigt, dass die drei Stämme anhand ihrer FTIR-Spektren nicht unterschieden werden können und dass in Abwesenheit von pEtN-Zellulose eine mögliche unspezifische Wirkung auf bakterielle Membranen besteht. Ähnliche Experimente mit gereinigten Curli-Fasern oder pEtN-Zellulose deuten darauf hin, dass Metallkationen in erster Linie eine nicht-valenzspezifische Wechselwirkung mit der Phosphatgruppe der pEtN-Modifikation eingehen. Insgesamt zeigen diese Ergebnisse, dass die mechanischen Eigenschaften von E. coli-Biofilmen durch Inkubation mit Metallkationen modifiziert werden können. Während die Mechanismen, an denen Curli-Fasern beteiligt sind, noch nicht aufgeklärt sind, scheinen Metallkationen an pEtN-Zellulose zu adsorbieren. Diese Arbeit unterstreicht auch die Bedeutung der Matrixarchitektur für die Mechanik von Biofilmen und verdeutlicht die Wichtigkeit der jeweiligen Matrixzusammensetzung für die Spezifität und das Ausmaß der beobachteten Effekte. KW - E. coli KW - biofilm KW - metal cation KW - matrix KW - viscoelasticity KW - E. coli KW - Biofilm KW - Metallkation KW - Matrix KW - Viskoelastizität Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Hashemi Ranjbar, Seirana T1 - Plasticity and trade-offs in plant metabolic networks N2 - A biological trade-off situation denotes the dependence between traits whereby an increase in the value of one of the traits leads to a decrease in the value of at least one of the others. Understanding trade-offs in cellular systems is relevant to understanding the limits and constraints to tuning desired phenotypes. Therefore, it is mainly the case for rates (i.e. fluxes) of biochemical reactions that shape not only molecular traits, like metabolite concentrations but also determine physiological traits, like growth. Intracellular fluxes are the final phenotype from transcriptional and (post)translational regulation. Quantifying intracellular fluxes provides insights into cellular physiology under particular growth conditions and can be used to characterize the metabolic activity of different pathways. However, estimating fluxes from labelling experiments is labour-intensive; therefore, developing approaches to accurately and precisely predict intracellular fluxes is essential. This thesis addresses two main problems: (i) identifying flux trade-offs and (ii) predicting accurate and precise reaction flux at a genome-scale level. To this end, the concept of an absolute flux trade-off is defined, and a constraint-based approach, termed FluTO, was developed to identify absolute flux trade-offs. FluTO is cast as a mixed integer programming approach applied to genome-scale metabolic models of E. coli, S. cerevisiae, and A. thaliana, imposing realistic constraints on growth and nutrient uptake.. The findings showed that trade-offs are not only species-specific but also specific to carbon sources. In addition, we found that different models of a single species have a different number of reactions in trade-offs. We also showed that absolute flux trade-offs depend on the biomass reaction used to model the growth of A. thaliana under different carbon and nitrogen conditions. Findings reflect the strong relation between nitrogen, carbon, and sulphur metabolisms in the leaves of C3 plants. The concept of relative trade-offs was introduced to further study trade-offs in metabolic networks. A constraint-based approach, FluTOr, was proposed to identify reactions whose fluxes are in relative trade-off concerning an optimized fitness-related cellular task, like growth. FluTOr was employed to find the relative flux trade-offsin the genome-scale metabolic networks of E. coli, S. cerevisiae, and A. thaliana. The results showed that in contrast to the A. thaliana model, the relative trade-offs in the two microorganisms depend on the carbon source, reflecting the differences in the underlying metabolic network. Furthermore, applying FluTOr also showed that reactions that participated in relative trade-offs were implicated in cofactor biosynthesis in the two microorganisms. Prediction of reaction fluxes in the constraint-based metabolic framework is usually performed by parsimonious flux balance analysis (pFBA), employing the principle of efficient usage of protein resources. However, we argued that principles related to the coordination of flux values, neglected in previous studies, provide other means to predict intracellular fluxes. To this end, we designed a constraint-based approach, termed complex-balanced FBA (cbFBA), to predict steady-state flux distributions that maximize the number of balanced complexes in a flux distribution, whereby multi-reaction dependencies are maximized. The comparative analysis showed a better agreement of the flux distributions resulting from cbFBA compared to pFBA with experimentally measured fluxes from 17 E. coli strains and 26 S. cerevisiae knock-out mutants. The results also showed that the predictions from cbFBA are more precise than those from pFBA since cbFBA results in a smaller space of alternative solutions than pFBA. N2 - Eine biologische Abwägungssituation bezeichnet die Abhängigkeit zwischen Merkmalen, wobei ein Anstieg des Wertes eines der Merkmale zu einer Abnahme des Wertes mindestens eines der anderen Merkmale führt. Das Verständnis von Abwägungen in zellulären Systemen ist relevant, um die Grenzen und Einschränkungen bei der Differenzierung gewünschter Phänotypen zu verstehen. Dieses ist häufig der Fall bei Fließgeschwindigkeiten (d.h. Ströme) biochemischer Reaktionen, die nicht nur molekulare Merkmale wie Metabolitkonzentrationen beschreiben, sondern auch physiologische Merkmale wie Wachstum bestimmen. Intrazelluläre Ströme sind der endgültige Phänotyp der transkriptionellen und (post)translationalen Regulation. Die Quantifizierung intrazellulärer Ströme liefert Einblicke in die Zellphysiologie unter bestimmten Wachstumsbedingungen und kann verwendet werden, um die Stoffwechselaktivität verschiedener Wege zu charakterisieren. Die Schätzung von Strömen aus Markierungsexperimenten ist jedoch arbeitsintensiv. Daher ist die Entwicklung von Ansätzen zur genauen und präzisen Vorhersage intrazellulärer Ströme unerlässlich. Diese Dissertation befasst sich mit zwei Hauptproblemen: (i) Identifizierung von Abwägungspunkten (Trade-offs) zwischen Strömen und (ii) Vorhersage des genauen und präzisen Reaktionsflusses auf Genomebene. Zu diesem Zweck wird das Konzept eines absoluten Trade-offs von Strömen definiert und ein Constraint-basierter Ansatz namens FluTO entwickelt, um absolute Trade-offs von Strömen zu identifizieren. FluTO ist als gemischter ganzzahliger Programmieransatz konzipiert, der auf genomweite Stoffwechselmodelle von E. coli, S. cerevisiae und A. thaliana angewendet wird und realistische Einschränkungen für Wachstum und Nährstoffaufnahme auferlegt. Die Ergebnisse zeigten, dass Trade-offs nicht nur artspezifisch, sondern auch spezifisch für Kohlenstoffquellen sind. Darüber hinaus haben wir festgestellt, dass verschiedene Modelle einer einzelnen Art eine unterschiedliche Anzahl von Reaktionen in Trade-offs aufweisen. Wir haben auch gezeigt, dass absolute Trade-offs von Strömen von der Biomassereaktion abhängen, die verwendet wird, um das Wachstum von A. thaliana unter verschiedenen Kohlenstoff- und Stickstoffbedingungen zu modellieren. Die Ergebnisse spiegeln die starke Beziehung zwischen dem Stickstoff-, Kohlenstoff- und Schwefelstoffwechsel in den Blättern von C3-Pflanzen wieder. Das Konzept der relativen Trade-Offs wurde eingeführt, um Trade-Offs in metabolischen Netzwerken weiter zu untersuchen. Ein Constraint-basierter Ansatz, FluTOr, wurde entwickelt, um Reaktionen zu identifizieren, deren Ströme in einem relativen Trade-off bezüglich einer optimierten fitnessbezogenen zellulären Aufgabe wie Wachstum stehen. FluTOr wurde eingesetzt, um die relativen Trade-offs von Strömen in den metabolischen Netzwerken von E. coli, S. cerevisiae und A. thaliana auf Genomebene zu finden. Die Ergebnisse zeigten, dass im Gegensatz zum A. Thaliana Modell die relativen Trade-offs in den beiden Mikroorganismen von der Kohlenstoffquelle abhängen, was die Unterschiede im zugrunde liegenden metabolischen Netzwerk wiederspiegelt. Darüber hinaus zeigte die Anwendung von FluTOr auch, dass Reaktionen, die an relativen Trade-offs teilnahmen, an der Cofaktor-Biosynthese in den beiden Mikroorganismen beteiligt waren. Die Vorhersage von Reaktionsflüssen mittels Constraint-basierten metabolischen Methoden wird normalerweise durch eine überschaubare Flussbilanzanalyse (pFBA) durchgeführt, die das Prinzip der effizienten Nutzung von Proteinressourcen anwendet. Wir argumentierten jedoch, dass Prinzipien im Zusammenhang mit der Koordination von Flusswerten, die in früheren Studien vernachlässigt wurden, andere Mittel zur Vorhersage intrazellulärer Ströme bieten. Zu diesem Zweck haben wir einen Constraint-basierten Ansatz entwickelt, der als Complex-Balanced FBA (cbFBA) bezeichnet wird, um Steady-State-Verteilungen von Strömen vorherzusagen, die die Anzahl der ausgewogenen Komplexe in einer Verteilung von Strömen maximieren, wodurch Abhängigkeiten von mehreren Reaktionen maximiert werden. Die vergleichende Analyse zeigte eine bessere Übereinstimmung der Verteilungen von Strömen, die sich aus cbFBA im Vergleich zu pFBA ergaben, mit experimentell gemessenen Strömen von 17 E. coli Stämmen und 26 S. cerevisiae Knock-out-Mutanten. Die Ergebnisse zeigten auch, dass die Vorhersagen von cbFBA genauer sind als die von pFBA, da cbFBA zu weniger alternativen Lösungen führt als pFBA. T2 - Plastizität und Kompromisse in pflanzlichen Stoffwechselnetzwerken KW - trade-off KW - cbFBA KW - metabolic network KW - balanced complex KW - reaction rate KW - Kompromiss KW - cbFBA KW - metabolisches Netzwerk KW - ausgewogener Komplex KW - Reaktionsgeschwindigkeit Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Apriyanto, Ardha T1 - Analysis of starch metabolism in source and sink tissue of plants T1 - Analyse des Stärkestoffwechsels im Source und Sink Gewebe von Pflanzen N2 - Starch is an essential biopolymer produced by plants. Starch can be made inside source tissue (such as leaves) and sink tissue (such as fruits and tubers). Nevertheless, understanding how starch metabolism is regulated in source and sink tissues is fundamental for improving crop production. Despite recent advances in the understanding of starch and its metabolism, there is still a knowledge gap in the source and sink metabolism. Therefore, this study aimed to summarize the state of the art regarding starch structure and metabolism inside plants. In addition, this study aimed to elucidate the regulation of starch metabolism in the source tissue using the leaves of a model organism, Arabidopsis thaliana, and the sink tissue of oil palm (Elaeis guineensis) fruit as a commercial crop. The research regarding the source tissue will focus on the effect of the blockage of starch degradation on the starch parameter in leaves, especially in those of A. thaliana, which lack both disproportionating enzyme 2 (DPE2) and plastidial glucan phosphorylase 1 (PHS1) (dpe2/phs1). The additional elimination of phosphoglucan water dikinase (PWD), starch excess 4 (SEX4), isoamylase 3 (ISA3), and disproportionating enzyme 1 (DPE1) in the dpe2/phs1 mutant background demonstrates the alteration of starch granule number per chloroplast. This study provides insights into the control mechanism of granule number regulation in the chloroplast. The research regarding the sink tissue will emphasize the relationship between starch metabolism and the lipid metabolism pathway in oil palm fruits. This study was conducted to observe the alteration of starch parameters, metabolite abundance, and gene expression during oil palm fruit development with different oil yields. This study shows that starch and sucrose can be used as biomarkers for oil yield in oil palms. In addition, it is revealed that the enzyme isoforms related to starch metabolism influence the oil production in oil palm fruit. Overall, this thesis presents novel information regarding starch metabolism in the source tissue of A.thaliana and the sink tissue of E.guineensis. The results shown in this thesis can be applied to many applications, such as modifying the starch parameter in other plants for specific needs. N2 - Stärke ist ein unverzichtbares Biopolymer, das von Pflanzen sowohl in den Quellgeweben (sources, z. B. Blätter) als auch in den Senkengeweben (sinks, z. B. Früchten und Knollen) gebildet wird. Daher ist ein profundes Wissen über die Regulation des Stärkestoffwechsel in den source und sink Organen von grundlegender Bedeutung für die Verbesserung der Pflanzenproduktion. Trotz der jüngsten Fortschritte im Verständnis des Stärkestoffwechsels bleiben weiterhin viele Fragen über den detaillierten source und sink Metabolismus offen. Ziel dieser Studie war es daher, den aktuellen Forschungsstand über die Struktur und den Stoffwechsel von Stärke in Pflanzen aufzuzeigen. Darüber hinaus sollte in dieser Studie die Regulierung des Stärkestoffwechsels in den Blättern (source) des Modellorganismus Arabidopsis thaliana und in den Ölpalmfrüchten (sink) von Elaeis guineensis, einer Nutzpflanze, aufgeklärt werden. Die Analyse des source Gewebes konzentrierte sich dabei auf die Auswirkungen auf Stärkeparamter wie beispielsweise die Granulazahl durch die Blockierung des Stärkeabbaus in Blättern. Dazu wurde die Arabidopsis Mutante, der das cytosolische Disproportionating Enzym 2 (DPE2) und die plastidiale Glucanphosphorylase 1 (PHS1) fehlen (dpe2/phs1), untersucht. Ebenfalls wurden Dreifachmutanten im Hintergund von dpe2/phs1, denen Starch excess 4 (SEX4), Isoamylase 3, Phosphoglucan-Wasser-Dikinase (PWD) oder das Disproportionating Enzym 1 (DPE1) fehlen, erzeugt. Die Analyse zeigt, dass die Anzahl der Stärkegranula pro Chloroplast nicht festgelegt ist und während des gesamten Wachstums der Pflanze reguliert wird. Diese Daten liefern ein verbessertes Verständnis über die Komplexität der Kontrollmechanismen der Granulazahlregulation in Chloroplasten. Die Untersuchung des sink Gewebes soll die Beziehung zwischen dem Stärkestoffwechsel und dem Lipidstoffwechselweg in Ölpalmenfrüchten verdeutlichen. Diese Studie wurde durchgeführt, um die Veränderung von Stärkeparametern, die Häufigkeit von Metaboliten und die Genexpression während der Entwicklung von Ölpalmenfrüchten mit unterschiedlichen Ölausbeuten zu erforschen. Die Analyse zeigt, dass sowohl Stärke als auch Saccharose als reliable Biomarker für den Ölertrag von Ölpalmen verwendet werden können. Darüber hinaus konnte bewiesen werden, dass die mit dem Stärkestoffwechsel verbundenen Enzymisoformen die Ölproduktion in Ölpalmenfrüchten beeinflussen. Insgesamt liefert diese Arbeit neue Informationen über den Stärkestoffwechsel im source Gewebe von A.thaliana und im sink von E.guineensis. Die in dieser Arbeit gezeigten Ergebnisse können für viele Anwendungen genutzt werden, z. B. für die Veränderung der Stärkeparameter in anderen Pflanzen für spezifische Bedürfnisse. KW - starch KW - oil palm KW - Arabidopsis thaliana KW - source and sink KW - Arabidopsis thaliana KW - Palmöl KW - Source und Sink KW - Stärke Y1 - 2023 ER - TY - JOUR A1 - Hermanussen, Michael A1 - Scheffler, Christiane A1 - Pulungan, Aman B. A1 - Bandyopadhyay, Arup Ratan A1 - Ghosh, Jyoti Ratan A1 - Özdemir, Ayşegül A1 - Koca Özer, Başak A1 - Musalek, Martin A1 - Lebedeva, Lidia A1 - Godina, Elena A1 - Bogin, Barry A1 - Tutkuviene, Janina A1 - Budrytė, Milda A1 - Gervickaite, Simona A1 - Limony, Yehuda A1 - Kirchengast, Sylvia A1 - Buston, Peter A1 - Groth, Detlef A1 - Rösler, Antonia A1 - Gasparatos, Nikolaos A1 - Erofeev, Sergei A1 - Novine, Masiar A1 - Navazo, Bárbara A1 - Dahinten, Silvia A1 - Gomuła, Aleksandra A1 - Nowak-Szczepańska, Natalia A1 - Kozieł, Sławomir T1 - Environment, social behavior, and growth BT - Proceedings of the 30th Aschauer Soiree, held at Krobielowice, Poland, June 18th 2022 JF - Human biology and public health N2 - Twenty-four scientists met for the annual Auxological conference held at Krobielowice castle, Poland, to discuss the diverse influences of the environment and of social behavior on growth following last year’s focus on growth and public health concerns (Hermanussen et al., 2022b). Growth and final body size exhibit marked plastic responses to ecological conditions. Among the shortest are the pygmoid people of Rampasasa, Flores, Indonesia, who still live under most secluded insular conditions. Genetics and nutrition are usually considered responsible for the poor growth in many parts of this world, but evidence is accumulating on the prominent impact of social embedding on child growth. Secular trends not only in the growth of height, but also in body proportions, accompany the secular changes in the social, economic and political conditions, with major influences on the emotional and educational circumstances under which the children grow up (Bogin, 2021). Aspects of developmental tempo and aspects of sports were discussed, and the impact of migration by the example of women from Bangladesh who grew up in the UK. Child growth was considered in particular from the point of view of strategic adjustments of individual size within the network of its social group. Theoretical considerations on network characteristics were presented and related to the evolutionary conservation of growth regulating hypothalamic neuropeptides that have been shown to link behavior and physical growth in the vertebrate species. New statistical approaches were presented for the evaluation of short term growth measurements that permit monitoring child growth at intervals of a few days and weeks. KW - St. Nicolas House Analysis KW - child growth KW - body proportions KW - social network KW - public health KW - migration Y1 - 2023 U6 - https://doi.org/10.52905/hbph2023.1.59 SN - 2748-9957 VL - 1 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER -