TY - THES A1 - Prokhorov, Boris E. T1 - High-latitude coupling processes between thermospheric circulation and solar wind driven magnetospheric currents and plasma convection T1 - Kopplungsprozesse zwischen der thermosphärischen Zirkulation in hohen Breiten und den vom Sonnenwind getriebenen magnetosphärischen Strömen und der Plasmakonvektion N2 - The high-latitudinal thermospheric processes driven by the solar wind and Interplanetary Magnetic Field (IMF) interaction with the Earth magnetosphere are highly variable parts of the complex dynamic plasma environment, which represent the coupled Magnetosphere – Ionosphere – Thermosphere (MIT) system. The solar wind and IMF interactions transfer energy to the MIT system via reconnection processes at the magnetopause. The Field Aligned Currents (FACs) constitute the energetic links between the magnetosphere and the Earth ionosphere. The MIT system depends on the highly variable solar wind conditions, in particular on changes of the strength and orientation of the IMF. In my thesis, I perform an investigation on the physical background of the complex MIT system using the global physical - numerical, three-dimensional, time-dependent and self-consistent Upper Atmosphere Model (UAM). This model describes the thermosphere, ionosphere, plasmasphere and inner magnetosphere as well as the electrodynamics of the coupled MIT system for the altitudinal range from 80 (60) km up to the 15 Earth radii. In the present study, I developed and investigated several variants of the high-latitudinal electrodynamic coupling by including the IMF dependence of FACs into the UAM model. For testing, the various variants were applied to simulations of the coupled MIT system for different seasons, geomagnetic activities, various solar wind and IMF conditions. Additionally, these variants of the theoretical model with the IMF dependence were compared with global empirical models. The modelling results for the most important thermospheric parameters like neutral wind and mass density were compared with satellite measurements. The variants of the UAM model with IMF dependence show a good agreement with the satellite observations. In comparison with the empirical models, the improved variants of the UAM model reproduce a more realistic meso-scale structures and dynamics of the coupled MIT system than the empirical models, in particular at high latitudes. The new configurations of the UAM model with IMF dependence contribute to the improvement of space weather prediction. N2 - Die thermosphärischen Prozesse in hohen Breiten, die durch die Wechselwirkung des Sonnenwinds und des Interplanetaren Magnetfeldes (IMF) mit der Erdmagnetosphäre getrieben werden, stellen sich als stark veränderliches Geschehen in der komplexen dynamischen Plasmaumgebung der Erde dar, die das gekoppelte System der Magnetosphäre, Ionosphäre und Thermosphäre (MIT) umfaßt. Die Einflüsse des Sonnenwindes und des IMF zeigen sich als Energieübertragung in das MIT System mittels Rekonnektionsprozessen an der Magnetopause. Feldliniengerichtete Ströme (FACs) repräsentieren die energetische Kopplung zwischen der Magnetosphäre und der Ionosphäre der Erde. Das MIT System wird bestimmt durch die stark veränderlichen Sonnenwindbedingungen, insbesondere von der Stärke und Richtung des IMF. In meiner Promotionsschrift untersuche ich die physikalischen Bedingungen des komplexen MIT System mit Hilfe eines globalen physikalisch-numerischen, dreidimensionalen, zeitabhängigen und selbstkonsistenten Modells, dem Upper Atmosphere Model (UAM). Das UAM beschreibt das Verhalten der Thermosphäre, Ionosphäre, Plasmasphäre und der inneren Magnetosphäre in einem Höhenbereich zwischen 80 (60) km und 15 Erdradien sowie die elektrodynamische Verkopplung des gesamten MIT Systems. In der vorliegenden Arbeit habe ich mehrere Varianten der elektrodynamischen Kopplung in hohen Breiten entwickelt und analysiert, die die FACs innerhalb des UAM in ihrer Abhängigkeit vom IMF darstellen. Für Testzwecke wurden diese Varianten auf eine Reihe von numerischen Simulationen des gekoppelten MIT Systems unter verschiedenen Bedingungen hinsichtlich Jahreszeit, geomagnetischer Aktivität, Sonnenwind- und IMF-Parametern angewandt. Darüberhinaus wurden diese Varianten des IMF-abhängigen theoretischen Modells entsprechenden globalen empirischen Modellen gegenübergestellt. Modellergebnisse wurden außerdem mit einigen wichtigen von Satelliten gemessenen Thermosphärenparametern, wie dem Neutralwind und der Massendichte verglichen. Die UAM Modelvarianten mit IMF-Abhängigkeit zeigen eine gute Übereinstimmung mit den Satellitenbeobachtungen. Im Vergleich mit empirischen Modellaussagen geben die UAM Modellvarianten ein genaueres Bild der mesoskaligen Strukturen und der Dynamik des gekoppelten MIT Systems wieder, insbesondere für die hohen Breiten. Die neuen UAM Konfigurationen mit IMF-Abhängigkeit tragen damit zu verbesserten Möglichkeiten in der Weltraumwettervorhersage bei. KW - upper atmosphere model KW - high-latitudinal thermosphere KW - magnetosphere-ionosphere-thermosphere coupling KW - solar wind and interplanetary magnetic field influence KW - field aligned currents KW - Upper Atmosphere Model (UAM) KW - Thermosphäre hoher Breiten KW - Kopplung zwischen Magnetosphäre, Ionosphäre und Thermosphäre KW - Einfluß des Sonnenwindes und des interplanetaren magnetischen Feldes KW - feldlinengerichtete Ströme Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-92353 ER - TY - JOUR A1 - Metzler, Ralf A1 - Bauer, Maximilian A1 - Rasmussen, Emil S. A1 - Lomholt, Michael A. T1 - Real sequence effects on the search dynamics of transcription factors on DNA JF - Scientific Reports N2 - Recent experiments show that transcription factors (TFs) indeed use the facilitated diffusion mechanism to locate their target sequences on DNA in living bacteria cells: TFs alternate between sliding motion along DNA and relocation events through the cytoplasm. From simulations and theoretical analysis we study the TF-sliding motion for a large section of the DNA-sequence of a common E. coli strain, based on the two-state TF-model with a fast-sliding search state and a recognition state enabling target detection. For the probability to detect the target before dissociating from DNA the TF-search times self-consistently depend heavily on whether or not an auxiliary operator (an accessible sequence similar to the main operator) is present in the genome section. Importantly, within our model the extent to which the interconversion rates between search and recognition states depend on the underlying nucleotide sequence is varied. A moderate dependence maximises the capability to distinguish between the main operator and similar sequences. Moreover, these auxiliary operators serve as starting points for DNA looping with the main operator, yielding a spectrum of target detection times spanning several orders of magnitude. Auxiliary operators are shown to act as funnels facilitating target detection by TFs. KW - gene regulatory networks KW - biological physics Y1 - 2015 U6 - https://doi.org/10.1038/srep10072 SN - 2045-2322 VL - 5 IS - 10072 PB - Nature Publishing Group CY - London ER - TY - THES A1 - Hainich, Rainer T1 - The Wolf-Rayet stars of the nitrogen sequence in environments of different metallicities Y1 - 2015 ER - TY - GEN A1 - Metzler, Ralf A1 - Bauer, Maximilian A1 - Rasmussen, Emil S. A1 - Lomholt, Michael A. T1 - Real sequence effects on the search dynamics of transcription factors on DNA N2 - Recent experiments show that transcription factors (TFs) indeed use the facilitated diffusion mechanism to locate their target sequences on DNA in living bacteria cells: TFs alternate between sliding motion along DNA and relocation events through the cytoplasm. From simulations and theoretical analysis we study the TF-sliding motion for a large section of the DNA-sequence of a common E. coli strain, based on the two-state TF-model with a fast-sliding search state and a recognition state enabling target detection. For the probability to detect the target before dissociating from DNA the TF-search times self-consistently depend heavily on whether or not an auxiliary operator (an accessible sequence similar to the main operator) is present in the genome section. Importantly, within our model the extent to which the interconversion rates between search and recognition states depend on the underlying nucleotide sequence is varied. A moderate dependence maximises the capability to distinguish between the main operator and similar sequences. Moreover, these auxiliary operators serve as starting points for DNA looping with the main operator, yielding a spectrum of target detection times spanning several orders of magnitude. Auxiliary operators are shown to act as funnels facilitating target detection by TFs. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 189 KW - gene regulatory networks KW - biological physics Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-79411 ER - TY - THES A1 - Bittermann, Klaus T1 - Semi-empirical sea-level modelling T1 - Semiempirische Meeresspiegelmodellierung N2 - Semi-empirical sea-level models (SEMs) exploit physically motivated empirical relationships between global sea level and certain drivers, in the following global mean temperature. This model class evolved as a supplement to process-based models (Rahmstorf (2007)) which were unable to fully represent all relevant processes. They thus failed to capture past sea-level change (Rahmstorf et al. (2012)) and were thought likely to underestimate future sea-level rise. Semi-empirical models were found to be a fast and useful tool for exploring the uncertainties in future sea-level rise, consistently giving significantly higher projections than process-based models. In the following different aspects of semi-empirical sea-level modelling have been studied. Models were first validated using various data sets of global sea level and temperature. SEMs were then used on the glacier contribution to sea level, and to infer past global temperature from sea-level data via inverse modelling. Periods studied encompass the instrumental period, covered by tide gauges (starting 1700 CE (Common Era) in Amsterdam) and satellites (first launched in 1992 CE), the era from 1000 BCE (before CE) to present, and the full length of the Holocene (using proxy data). Accordingly different data, model formulations and implementations have been used. It could be shown in Bittermann et al. (2013) that SEMs correctly predict 20th century sea-level when calibrated with data until 1900 CE. SEMs also turned out to give better predictions than the Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC) 4th assessment report (AR4, IPCC (2007)) models, for the period from 1961–2003 CE. With the first multi-proxy reconstruction of global sea-level as input, estimate of the human-induced component of modern sea-level change and projections of future sea-level rise were calculated (Kopp et al. (2016)). It turned out with 90% confidence that more than 40 % of the observed 20th century sea-level rise is indeed anthropogenic. With the new semi-empirical and IPCC (2013) 5th assessment report (AR5) projections the gap between SEM and process-based model projections closes, giving higher credibility to both. Combining all scenarios, from strong mitigation to business as usual, a global sea-level rise of 28–131 cm relative to 2000 CE, is projected with 90% confidence. The decision for a low carbon pathway could halve the expected global sea-level rise by 2100 CE. Present day temperature and thus sea level are driven by the globally acting greenhouse-gas forcing. Unlike that, the Milankovich forcing, acting on Holocene timescales, results mainly in a northern-hemisphere temperature change. Therefore a semi-empirical model can be driven with northernhemisphere temperatures, which makes it possible to model the main subcomponent of sea-level change over this period. It showed that an additional positive constant rate of the order of the estimated Antarctic sea-level contribution is then required to explain the sea-level evolution over the Holocene. Thus the global sea level, following the climatic optimum, can be interpreted as the sum of a temperature induced sea-level drop and a positive long-term contribution, likely an ongoing response to deglaciation coming from Antarctica. N2 - Semiempirische Meeresspiegelmodelle (SEMe) nutzen die physikalisch motivierte, empirische Beziehung des globalen Meeresspiegels zu einem bestimmten Antrieb. Im Folgenden ist das die mittlere globale Temperatur. Diese Modellklasse entstand als Ergänzung zu prozeßbasierten Modellen, die nicht alle relevanten Prozesse abbilden konnten (Rahmstorf (2007)) und die deshalb weder den beobachteten Meeresspiegel erklären konnten (Rahmstorf et al. (2012)) noch vertrauenswürdige Zukunftsprojektionen lieferten. Semiempirische Modelle sind eine gute und schnelle Option, die Unsicherheit im zukünftigen Meeresspiegelanstieg auszuloten, wobei sie konsistent höhere Zukunftsprojektionen lieferten als prozeßbasierte Modelle. Im Folgenden wurden verschiedene Aspekte der semiempirischen Meeresspiegelmodellierung untersucht. Modelle wurden erst mit verschiedenen globalen Temperatur- und Meeresspiegeldatensätzen validiert. SEMe wurden dann auf den Meeresspiegelbeitrag von Gletschern angewandt und genutzt, um die globale Temperatur aus Meeresspiegeldaten abzuleiten. Die untersuchten Zeiträume variieren zwischen dem instrumentellen Abschnitt mit Pegelstandsmessungen (seit dem Jahr 1700 in Amsterdam) und Satellitendaten (seit 1992), dem Zeitraum seit 1000 vor Christus und dem gesamten Holozän (mittels Proxydaten). Entsprechend wurden verschiedene Daten, Modellformulierungen und -implementationen benutzt. Es konnte in Bittermann et al. (2013) gezeigt werden, dass SEMe den beobachteten Meeresspiegel des 20sten Jahrhunderts korrekt vorhersagen können, wenn sie bis zum Jahr 1900 kalibriert wurden. Auch für den Zeitraum 1961 bis 2003 lieferten SEMe bessere Vorhersagen als der vierte Sachstandsbericht des Intergovernmental Panel on Climate Change (AR4, IPCC (2007)). Mit der ersten globalen multi-proxy Rekonstruktion des globalen Meeresspiegels als Input konnten sowohl der anthropogene Anteil des modernen Meeresspiegelanstiegs als auch Zukunftsprojektionen berechnet werden (Kopp et al. (2016)). Es zeigt sich mit 90% Sicherheit, dass mehr als 40 % des beobachteten Meeresspiegelanstiegs im 20sten Jahrhundert anthropogenen Ursprungs sind. Mit den neuen semiempirischen Zukunftsprojektionen und denen des fünften Sachstandsberichtes (AR5) des IPCC (2013) läßt sich die Kluft zwischen SEMen und prozeßbasierten Modellen schließen, was beide vertrauenswürdiger macht. Über alle Szenarien hinweg, von starker Treibhausgaseinsparung bis zum ungebremsten Ausstoß, ergibt sich, mit 90% Sicherheit, zwischen 2000 und 2100 ein Meeresspiegelanstieg von 28 bis 131 cm. Die Entscheidung starker Treibhausgaseinsparungen kann den erwarteten globalen Meeresspiegelanstieg im Jahr 2100 halbieren. Die gegenwärtige globale Temperatur, und damit der globale Meeresspiegel, werden von dem global wirkenden Treibhausgasforcing bestimmt. Im Gegensatz dazu wirkt das orbitale Forcing, welches über Holozän-Zeitskalen dominiert, hauptsächlich auf die Nordhemisphäre. Deshalb kann man ein SEM mit Nordhemisphärentemperaturen antreiben und dadurch die Hauptkomponente der Meeresspiegeländerung über das Holozän simulieren. Es stellte sich heraus, dass eine zusätzliche konstante Rate, von der Größenordnung des antarktischen Beitrags zum Meeresspiegel, nötig ist, um den Meeresspiegelverlauf des Holozäns zu erklären. Der Meeresspiegel seit dem Holozän-Klimaoptimum kann also als eine Summe von temperaturbedingtem Fallen und einem langfristigen positiven Beitrag, wahrscheinlich einer andauernden Reaktion auf die Deglaziation der Antarktis, interpretiert werden. KW - sea level KW - Meeresspiegel KW - climate change KW - Klimawandel KW - projections KW - Projektionen KW - anthropogenic sea level KW - anthropogener Meeresspiegel KW - Holocene KW - Holozän KW - semi-empirical models KW - semiempirische Modelle Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-93881 ER - TY - THES A1 - Anielski, Alexander T1 - Entwicklung einer mikrofluidischen, adaptiv geregelten Messapparatur zur quantitativen Untersuchung von Chemotaxis mit Hilfe der Flussfotolyse KW - Flussfotolyse KW - Konzentration KW - Chemotaxis KW - Mikrokanal KW - Dictyostelium KW - flow photolysis KW - concentration KW - chemotaxis KW - microchannel KW - Dictyostelium Y1 - 2015 ER - TY - THES A1 - Kondic, Todor T1 - Hall-MHD Instabilities of Shear Flows in Neutron Stars Y1 - 2015 ER - TY - GEN A1 - Nöchel, Ulrich A1 - Reddy, Chaganti Srinivasa A1 - Wang, Ke A1 - Cui, Jing A1 - Zizak, Ivo A1 - Behl, Marc A1 - Kratz, Karl A1 - Lendlein, Andreas T1 - Nanostructural changes in crystallizable controlling units determine the temperature-memory of polymers N2 - Temperature-memory polymers remember the temperature, where they were deformed recently, enabled by broad thermal transitions. In this study, we explored a series of crosslinked poly[ethylene-co-(vinyl acetate)] networks (cPEVAs) comprising crystallizable polyethylene (PE) controlling units exhibiting a pronounced temperature-memory effect (TME) between 16 and 99 °C related to a broad melting transition (∼100 °C). The nanostructural changes in such cPEVAs during programming and activation of the TME were analyzed via in situ X-ray scattering and specific annealing experiments. Different contributions to the mechanism of memorizing high or low deformation temperatures (Tdeform) were observed in cPEVA, which can be associated to the average PE crystal sizes. At high deformation temperatures (>50 °C), newly formed PE crystals, which are established during cooling when fixing the temporary shape, dominated the TME mechanism. In contrast, at low Tdeform (<50 °C), corresponding to a cold drawing scenario, the deformation led preferably to a disruption of existing large crystals into smaller ones, which then fix the temporary shape upon cooling. The observed mechanism of memorizing a deformation temperature might enable the prediction of the TME behavior and the knowledge based design of other TMPs with crystallizable controlling units. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 194 Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-81124 SP - 8284 EP - 8293 ER - TY - JOUR A1 - Nöchel, Ulrich A1 - Reddy, Chaganti Srinivasa A1 - Wang, Ke A1 - Cui, Jing A1 - Zizak, Ivo A1 - Behl, Marc A1 - Kratz, Karl A1 - Lendlein, Andreas T1 - Nanostructural changes in crystallizable controlling units determine the temperature-memory of polymers JF - Journal of Materials Chemistry A, Materials for energy and sustainability N2 - Temperature-memory polymers remember the temperature, where they were deformed recently, enabled by broad thermal transitions. In this study, we explored a series of crosslinked poly[ethylene-co-(vinyl acetate)] networks (cPEVAs) comprising crystallizable polyethylene (PE) controlling units exhibiting a pronounced temperature-memory effect (TME) between 16 and 99 °C related to a broad melting transition (∼100 °C). The nanostructural changes in such cPEVAs during programming and activation of the TME were analyzed via in situ X-ray scattering and specific annealing experiments. Different contributions to the mechanism of memorizing high or low deformation temperatures (Tdeform) were observed in cPEVA, which can be associated to the average PE crystal sizes. At high deformation temperatures (>50 °C), newly formed PE crystals, which are established during cooling when fixing the temporary shape, dominated the TME mechanism. In contrast, at low Tdeform (<50 °C), corresponding to a cold drawing scenario, the deformation led preferably to a disruption of existing large crystals into smaller ones, which then fix the temporary shape upon cooling. The observed mechanism of memorizing a deformation temperature might enable the prediction of the TME behavior and the knowledge based design of other TMPs with crystallizable controlling units. Y1 - 2015 U6 - https://doi.org/10.1039/c4ta06586g SN - 2050-7488 SN - 2050-7496 VL - 16 IS - 3 SP - 8284 EP - 8293 PB - Royal Society of Chemistry CY - Cambridge ER - TY - THES A1 - Sauter, Tilman T1 - Function by structure BT - microstructural approaches to tailor surface, mechanical and shape-memory properties of porous polymer structures Y1 - 2015 ER -