TY - THES A1 - Wenk, Sebastian T1 - Engineering formatotrophic growth in Escherichia coli N2 - To meet the demands of a growing world population while reducing carbon dioxide (CO2) emissions, it is necessary to capture CO2 and convert it into value-added compounds. In recent years, metabolic engineering of microbes has gained strong momentum as a strategy for the production of valuable chemicals. As common microbial feedstocks like glucose directly compete with human consumption, the one carbon (C1) compound formate was suggested as an alternative feedstock. Formate can be easily produced by various means including electrochemical reduction of CO2 and could serve as a feedstock for microbial production, hence presenting a novel entry point for CO2 to the biosphere and a storage option for excess electricity. Compared to the gaseous molecule CO2, formate is a highly soluble compound that can be easily handled and stored. It can serve as a carbon and energy source for natural formatotrophs, but these microbes are difficult to cultivate and engineer. In this work, I present the results of several projects that aim to establish efficient formatotrophic growth of E. coli – which cannot naturally grow on formate – via synthetic formate assimilation pathways. In the first study, I establish a workflow for growth-coupled metabolic engineering of E. coli. I demonstrate this approach by presenting an engineering scheme for the PFL-threonine cycle, a synthetic pathway for anaerobic formate assimilation in E. coli. The described methods are intended to create a standardized toolbox for engineers that aim to establish novel metabolic routes in E. coli and related organisms. The second chapter presents a study on the catalytic efficiency of C1-oxidizing enzymes in vivo. As formatotrophic growth requires generation of both energy and biomass from formate, the engineered E. coli strains need to be equipped with a highly efficient formate dehydrogenase, which provides reduction equivalents and ATP for formate assimilation. I engineered a strain that cannot generate reducing power and energy for cellular growth, when fed on acetate. Under this condition, the strain depends on the introduction of an enzymatic system for NADH regeneration, which could further produce ATP via oxidative phosphorylation. I show that the strain presents a valuable testing platform for C1-oxidizing enzymes by testing different NAD-dependent formate and methanol dehydrogenases in the energy auxotroph strain. Using this platform, several candidate enzymes with high in vivo activity, were identified and characterized as potential energy-generating systems for synthetic formatotrophic or methylotrophic growth in E. coli.   In the third chapter, I present the establishment of the serine threonine cycle (STC) – a synthetic formate assimilation pathway – in E. coli. In this pathway, formate is assimilated via formate tetrahydrofolate ligase (FtfL) from Methylobacterium extorquens (M. extorquens). The carbon from formate is attached to glycine to produce serine, which is converted into pyruvate entering central metabolism. Via the natural threonine synthesis and cleavage route, glycine is regenerated and acetyl-CoA is produced as the pathway product. I engineered several selection strains that depend on different STC modules for growth and determined key enzymes that enable high flux through threonine synthesis and cleavage. I could show that expression of an auxiliary formate dehydrogenase was required to achieve growth via threonine synthesis and cleavage on pyruvate. By overexpressing most of the pathway enzymes from the genome, and applying adaptive laboratory evolution, growth on glycine and formate was achieved, indicating the activity of the complete cycle. The fourth chapter shows the establishment of the reductive glycine pathway (rGP) – a short, linear formate assimilation route – in E. coli. As in the STC, formate is assimilated via M. extorquens FtfL. The C1 from formate is condensed with CO2 via the reverse reaction of the glycine cleavage system to produce glycine. Another carbon from formate is attached to glycine to form serine, which is assimilated into central metabolism via pyruvate. The engineered E. coli strain, expressing most of the pathway genes from the genome, can grow via the rGP with formate or methanol as a sole carbon and energy source. N2 - Um den steigenden Bedarf einer wachsenden Weltbevölkerung zu decken und gleichzeitig die CO2-Emissionen zu reduzieren, ist es notwendig, CO2 aufzufangen und zu recyceln. Durch gentechnische Veränderungen von Mikroorganismen ist es möglich diese zur Produktion wertvoller organischer Verbindungen zu nutzen. Da mikrobielle Kulturen primär mit Glucose gefüttert werden und somit mit menschlicher Nahrungsversorgung konkurrieren, wurde die C1-Verbindung Formiat als alternativer bakterieller Nährstoff vorgeschlagen.. Formiat kann durch unterschiedliche Verfahren hergestellt werden, unter anderem durch elektrochemische Reduktion von CO2. Dieses Verfahren ermöglicht das Recycling von CO2 und weiterhin eine Speichermöglichkeit für überschüssige Elektrizität. Formiat ist im Vergleich zum gasförmigen CO2 gut wasserlöslich, was den Transport und die Verwendung als mikrobiellen Nährstoff erleichtert. Natürlich vorkommende formatotrophe Mikroorganismen nutzen Formiat als Kohlenstoff- und Energiequelle. Diese lassen sich allerdings meist schwierig kultivieren und genetisch verändern. In dieser Arbeit stelle ich die Ergebnisse verschiedener Projekte vor, die gemeinsam darauf abzielen, effizientes formatotrophes Wachstum von E. coli – welches natürlicherweise nicht auf Formiat wachsen kann – mittels synthetischer Formiat-Assimilierungswege zu ermöglichen. In der ersten Studie stelle ich eine Strategie für wachstumsgekoppeltes Stoffwechsel-Engineering in E. coli vor. Ich erläutere diese Strategie anhand eines Beispiels, der schrittweisen Etablierung eines synthetischen Formiat- Assimilierungswegs, des PFL-Threonin-Zyklus. Die in diesem Kapitel beschriebenen Methoden sollen einen Leitfaden für Ingenieure bereitstellen, die neue Stoffwechselwege in E. coli und verwandten Organismen etablieren wollen. Im zweiten Kapitel stelle ich eine Studie über die katalytische Effizienz von C1-oxidierenden Enzymen vor. Da formatotrophes Wachstum sowohl die Erzeugung von Energie als auch von Biomasse aus Formiat erfordert, müssen synthetisch formatotrophe E. coli Stämme mit einer hocheffizienten Formiat-Dehydrogenase ausgestattet werden, welche Reduktionsäquivalente und ATP für die Assimilierung von Formiat liefert. Um die Effizienz verschiedener Enzyme testen und vergleichen zu können, entwickelte ich einen E. coli Stamm, der aus Acetat weder Reduktionsäquivalente noch Energie für das Zellwachstum erzeugen kann. Dieser „energie-auxotrophe“ Stamm benötigt eines zusätzlichen enzymatischen Systems zur NADH-Regenerierung, um auf Acetat wachsen zu können. Ich testete verschiedene NAD-abhängige Formiat- und Methanol-Dehydrogenasen in diesem Stamm und konnte zeigen, dass Wachstum auf Acetat durch Zugabe von Formiat oder Methanol ermöglicht wurde. Dies zeigt, dass der Stamm eine zuverlässige Testplattform für C1-oxidierende Enzyme darstellt. Unter Verwendung dieser Plattform wurden mehrere Kandidatenenzyme mit hoher in vivo-Aktivität identifiziert und als Kandidatenenzyme für synthetisches formatotrophes oder methylotrophes Wachstum in E. coli charakterisiert.   Im dritten Kapitel stelle ich die Etablierung des Serin-Threonin-Zyklus (STZ) – eines synthetischen Formiat-Assimilationswegs – in E. coli vor. In diesem Stoffwechselweg wird Formiat über die Formiat-Tetrahydrofolat-Ligase (FtfL) aus Methylobacterium extorquens (M. extorquens) assimiliert. Der Kohlenstoff aus Formiat wird an Glycin gebunden, um Serin zu produzieren, welches im nächsten Schritt in Pyruvat umgewandelt wird und so in den zentralen Kohlenstoffmetabolismus gelangt. Über den natürlichen Threonin-Synthese- und Spaltweg wird Glycin regeneriert und Acetyl-CoA als Produkt des Stoffwechselwegs generiert. Ich entwickelte mehrere E. coli Selektionsstämme, deren Wachstum von verschiedenen STZ-Modulen abhängt, und konnte Schlüsselenzyme bestimmen, die einen hohen Reaktionsfluss durch die Threonin-Synthese und -Spaltung ermöglichen. Ich konnte zeigen, dass die Expression einer Formiat-Dehydrogenase erforderlich ist, um Wachstum auf Pyruvat über Threonin zu erreichen. Durch Integration und Überexpression der meisten Enzyme des STZ auf Genomebene und Anwendung adaptiver Laborevolution wurde Wachstum auf Glycin und Formiat erreicht, was bedeutet, dass der gesamte Serin-Threonin-Zyklus in E. coli aktiv ist. Das vierte Kapitel zeigt die Etablierung des reduktiven Glycinwegs (rGW) – eines kurzen, linearen Formiat-Assimilierungswegs – in E. coli. Wie im STZ wird Formiat über M. extorquens FtfL assimiliert. Dabei wird das Kohlenstoffatom aus Formiat mit CO2 über die umgekehrte Reaktion des Glycin-Spaltungssystems zu Glycin kondensiert. Ein weiteres Kohlenstoffatom aus Formiat wird an Glycin gebunden, um Serin zu bilden, welches über Pyruvat in den Zentralstoffwechsel gelangt. Durch Expression der rGW Enzyme auf Genomebene und adaptive Laborevolution wurde ein E. coli Stamm erzeugt welcher über den rGW auf Formiat oder Methanol als einziger Kohlenstoff- und Energiequelle wachsen kann. KW - metabolic engineering KW - E. coli KW - formate assimilation KW - methanol assimilation KW - energy metabolism Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Schimpf, Stefan T1 - Herkunft und Ablagerungsmilieu quartärer Sedimente im Einzugsgebiet des Heihe, NW China N2 - Der zentralasiatische Naturraum, wie er sich uns heute präsentiert, ist das Ergebnis eines Zusammenwirkens vieler verschiedener Faktoren über Jahrmillionen hinweg. Im aktuellen Kontext des Klimawandels zeigt sich jedoch, wie stark sich Stoffflüsse auch kurzfristig ändern und dabei das Gesicht der Landschaft verwandeln können. Die Gobi-Wüste in der Inneren Mongolei (China), als Teil der gleichnamigen Trockenregionen Nordwestchinas, ist aufgrund der Ausgestaltung ihrer landschaftsprägenden Elemente sowie ihrer Landschaftsdynamik, im Zusammenhang mit der Lage zum Tibet-Plateau, in den Fokus der klimageschichtlichen Grundlagenforschung gerückt. Als großes Langzeitarchiv unterschiedlichster fluvialer, lakustriner und äolischer Sedimente stellt sie eine bedeutende Lokalität zur Rekonstruktion von lokalen und regionalen Stoffflüssen dar.. Andererseits ist die Gobi-Wüste zugleich auch eine bedeutende Quelle für den überregionalen Staubtransport, da sie aufgrund der klimatischen Bedingungen insbesondere der Erosion durch Ausblasung preisgegeben wird. Vor diesem Hintergrund erfolgten zwischen 2011 und 2014, im Rahmen des BMBF-Verbundprogramms WTZ Zentralasien – Monsundynamik & Geoökosysteme (Förderkennzeichen 03G0814), mehrere deutsch-chinesische Expeditionen in das Ejina-Becken (Innere Mongolei) und das Qilian Shan-Vorland. Im Zuge dieser Expeditionen wurden für eine Bestimmung potenzieller Sedimentquellen erstmals zahlreiche Oberflächenproben aus dem gesamten Einzugsgebiet des Heihe (schwarzer Fluss) gesammelt. Zudem wurden mit zwei Bohrungen im inneren des Ejina-Beckens, ergänzende Sedimentbohrkerne zum bestehenden Bohrkern D100 (siehe Wünnemann (2005)) abgeteuft, um weit reichende, ergänzende Informationen zur Landschaftsgeschichte und zum überregionalen Sedimenttransfer zu erhalten. Gegenstand und Ziel der vorliegenden Doktorarbeit ist die sedimentologisch-mineralogische Charakterisierung des Untersuchungsgebietes in Bezug auf potenzielle Sedimentquellen und Stoffflüsse des Ejina-Beckens sowie die Rekonstruktion der Ablagerungsgeschichte eines dort erbohrten, 19m langen Sedimentbohrkerns (GN100). Schwerpunkt ist hierbei die Klärung der Sedimentherkunft innerhalb des Bohrkerns sowie die Ausweisung von Herkunftssignalen und möglichen Sedimentquellen bzw. Sedimenttransportpfaden. Die methodische Herangehensweise basiert auf einem Multi-Proxy-Ansatz zur Charakterisierung der klastischen Sedimentfazies anhand von Geländebeobachtungen, lithologisch-granulometrischen und mineralogisch-geochemischen Analysen sowie statistischen Verfahren. Für die mineralogischen Untersuchungen der Sedimente wurde eine neue, rasterelektronenmikroskopische Methode zur automatisierten Partikelanalyse genutzt und den traditionellen Methoden gegenübergestellt. Die synoptische Betrachtung der granulometrischen, geochemischen und mineralogischen Befunde der Oberflächensedimente ergibt für das Untersuchungsgebiet ein logisches Kaskadenmodell mit immer wiederkehrenden Prozessbereichen und ähnlichen Prozesssignalen. Die umfangreichen granulometrischen Analysen deuten dabei auf abnehmende Korngrößen mit zunehmender Entfernung vom Qilian Shan hin und ermöglichen die Identifizierung von vier texturellen Signalen: den fluvialen Sanden, den Dünensanden, den Stillwassersedimenten und Stäuben. Diese Ergebnisse können als Interpretationsgrundlage für die Korngrößenanalysen des Bohrkerns genutzt werden. Somit ist es möglich, die Ablagerungsgeschichte der Bohrkernsedimente zu rekonstruieren und in Verbindung mit eigenen und literaturbasierten Datierungen in einen Gesamtkontext einzuhängen. Für das Untersuchungsgebiet werden somit vier Ablagerungsphasen ausgewiesen, die bis in die Zeit des letzten glazialen Maximums (LGM) zurückreichen. Während dieser Ablagerungsphasen kam es im Zuge unterschiedlicher Aktivitäts- und Stabilitätsphasen zu einer kontinuierlichen Progradation und Überprägung des Schwemmfächers. Eine besonders aktive Phase kann zwischen 8 ka und 4 ka BP festgestellt werden, während der es aufgrund zunehmender fluvialer Aktivitäten zu einer deutlich verstärkten Schwemmfächerdynamik gekommen zu sein scheint. In den Abschnitten davor und danach waren es vor allem äolische Prozesse, die zu einer Überprägung des Schwemmfächers geführt haben. Hinsichtlich der mineralogischen Herkunftssignale gibt es eine große Variabilität. Dies spiegelt die enorme Heterogenität der Geologie des Untersuchungsgebietes wider, wodurch die räumlichen Signale nicht sehr stark ausgeprägt sind. Dennoch, können für das Einzugsgebiet drei größere Bereiche deklariert werden, die als Herkunftsgebiet in Frage kommen. Das östliche Qilian Shan Vorland zeichnet sich dabei durch deutlich höhere Chloritgehalte als primäre Quelle für die Sedimente im Ejina-Becken aus. Sie unterscheiden sich insbesondere durch stark divergierende Chloritgehalte in der Tonmineral- und Gesamtmineralfraktion, was das östliche Qilian Shan Vorland als primäre Quelle für die Sedimente im Ejina-Becken auszeichnet. Dies steht in Zusammenhang mit den Grünschiefern, Ophioliten und Serpentiniten in diesem Bereich. Geochemisch deutet vor allem das Cr/Rb-Verhältnis eine große Variabilität innerhalb des Einzugsgebietes an. Auch hier ist es das östliche Vorland, welches aufgrund seines hohen Anteils an mafischen Gesteinen reich an Chromiten und Spinellen ist und sich somit vom restlichen Untersuchungsgebiet abhebt. Die zeitliche aber auch die generelle Variabilität der Sedimentherkunft lässt sich in den Bohrkernsedimenten nicht so deutlich nachzeichnen. Die mineralogisch-sedimentologischen Eigenschaften der erbohrten klastischen Sedimente zeugen zwar von zwischenzeitlichen Änderungen bei der Sedimentherkunft, diese sind jedoch nicht so deutlich ausgeprägt, wie es die Quellsignale in den Oberflächensedimenten vermuten lassen. Ein Grund dafür scheint die starke Vermischung unterschiedlichster Sedimente während des Transportes zu sein. Die Kombination der Korngrößenergebnisse mit den Befunden der Gesamt- und Schwermineralogie deuten darauf hin, dass es zwischenzeitlich eine Phase mit überwiegend äolischen Prozessen gegeben hat, die mit einem Sedimenteintrag aus dem westlichen Bei Shan in Verbindung stehen. Neben der Zunahme ultrastabiler Schwerminerale wie Zirkon und Granat und der Abnahme opaker Schwerminerale, weisen vor allem die heutigen Verhältnisse darauf hin. Der Vergleich der traditionellen Schwermineralanalyse mit der Computer-Controlled-Scanning-Electron-Microscopy (kurz: CCSEM), die eine automatisierte Partikelauswertung der Proben ermöglicht, zeigt den deutlichen Vorteil der modernen Analysemethode. Neben einem zeitlichen Vorteil, den man durch die automatisierte Abarbeitung der vorbereiteten Proben erlangen kann, steht vor allem die deutlich größere statistische Signifikanz des Ergebnisses im Vordergrund. Zudem können mit dieser Methode auch chemische Varietäten einiger Schwerminerale bestimmt werden, die eine noch feinere Klassifizierung und sicherere Aussagen zu einer möglichen Sedimentherkunft ermöglichen. Damit ergeben sich außerdem verbesserte Aussagen zu Zusammensetzungen und Entstehungsprozessen der abgelagerten Sedimente. Die Studie verdeutlicht, dass die Sedimentherkunft innerhalb des Untersuchungsgebietes sowie die ablaufenden Prozesse zum Teil stark von lokalen Gegebenheiten abhängen. Die Heterogenität der Geologie und die Größe des Einzugsgebietes sowie die daraus resultierende Komplexität der Sedimentgenese, machen exakte Zuordnungen zu klar definierten Sedimentquellen sehr schwer. Dennoch zeigen die Ergebnisse, dass die Sedimentzufuhr in das Ejina-Becken in erster Linie durch fluviale klastische Sedimente des Heihe aus dem Qilian Shan erfolgt sein muss. Die Untersuchungsergebnisse zeigen jedoch ebenso die Notwendigkeit einer ergänzenden Bearbeitung angrenzender Untersuchungsgebiete, wie beispielsweise den Gobi-Altai im Norden oder den Beishan im Westen, sowie die Verdichtung der Oberflächenbeprobung zur feineren Auflösung von lokalen Sedimentquellen. N2 - The Central Asian natural space, as it presents itself today, is the result of a combination of many different factors over millions of years. However, in the current context of climate change it becoming obvious how strongly material fluxes can change in the short-term and thereby transform the face of the landscape. As a large long-term archive of different fluvial, lacustrine and aeolian sediments, the Gobi Desert in Inner Mongolia (China) represents a significant locality for the reconstruction of local and regional material flows as well as an important source for supra-regional dust transport due to erosion by aeolian processes. This, in connection with its location to the Tibetan Plateau, has moved the Gobi Desert into the focus of climate-historical basic research. Against this background, several German-Chinese expeditions to Ejina Basin (Inner Mongolia) and the Qilian Shan foreland were accomplished between 2011 and 2014. They were part of the BMBF joint program WTZ Central Asia - Monsoon Dynamics & Geo-Ecosystems (Grant No. 03G0814). In the course of these expeditions numerous surface samples from the entire catchment area of the Heihe (Black River) were collected for the determination of potential sediment sources. Additionally, two drillings in the interior of the Ejina Basin were conducted as a continuation of the existing drill-core D100 (see Wünnemann (2005)) and for gathering complementary information on landscape history and supra-regional sediment transfer. The goals of this doctoral thesis are a sedimentological-mineralogical characterization of the study area with regard to potential sediment sources and material fluxes of the Ejina Basin as well as the reconstruction of the sedimentation history of a 19 m sediment drill-core (GN100) drilled in the northern part of the basin. The main focus is on the clarification of the sediment provenance within the drill core as well as the designation of provenance signals and possible sediment sources or sediment transport paths. The methodological approach is based on a multi-proxy approach to characterize the clastic sedimentary facies using field observations, lithological-granulometric and mineralogical-geochemical analyses as well as statistical methods. For the mineralogical investigations of the sediments, a new scanning electron microscopic method for automated particle analysis was used and compared with traditional methods. The synoptic analysis of the granulometric, geochemical and mineralogical findings of the surface sediments result in a logical cascade model with recurring process areas and similar process signals. The results of the extensive granulometric analyses indicate decreasing grain sizes as the distance from the Qilian Shan increases and allow the identification of four textural signals: fluvial sands, dune sands, still water sediments and dusts. They can be used as the basis of interpretation for the grain size analyses of the drill core. This makes it possible to reconstruct the depositional history of the core sediments and to put them in an overall context in conjunction with own and literature-based datings. For the study area four depositional phases can be identified which date back until the time of the Last Glacial Maximum (LGM). During these depositional phases, various phases of activity and stability led to a continuous progradation and overprinting of the alluvial fan. A particularly active phase can be observed between 8 ka and 4 ka BP. During this period there seems to have been a significant increase in alluvial fan dynamics due to increasing fluvial activity. In the periods before and after mainly aeolian processes have led to an overprinting of the alluvial fan. Regarding the mineralogical provenance signals there is a great variability. This reflects the enormous geological heterogeneity of the study area, by which the spatial signals are not very pronounced. Nonetheless, within the catchment three larger areas can be declared which can be considered as possible sediment sources. These are the eastern and western foreland of the Qilian Shan mountains as wells as the Bei Shan in the west of the Ejina basin. They differ, in particular, from strongly diverging chlorite contents in the clay mineral and total mineral fraction. The eastern Qilian Shan foreland is characterized by significantly higher chlorite contents as the primary source for the sediments in the Ejina Basin. This is related to the greenschists, ophiolites and serpentinites in this area. Geochemically, the Cr/Rb-ratio in particular indicates a large variability within the catchment area. In this case its again the eastern Qilian Shan foreland which stands out from the rest of the study area with high values due to its high proportion of mafic rocks which are rich in chromites and spinels. Within the drill core sediments of GN100 the temporal but also the general variability of the sediment provenance according to the surface sediment results cannot be clearly traced. The mineralogical-sedimentological characteristics of the drilled clastic sediments exhibit meantime changes in sediment provenance. However, they are not as pronounced as the source signals within the surface sediments suggest. One reason seems to be the strong mixing of different sediments during transport. The combination of the particle size results with the results of the total and heavy mineralogy indicate that there must have been a phase in the meantime with predominantly aeolian processes.. These processes were connected with a sediment input from the Bei Shan mountains in the west. In addition to the increase in ultrastable heavy minerals such as zirconium and garnet and the decline of opaque heavy minerals, mainly present conditions point to this. The comparison of the traditional heavy mineral analysis (polarized light microscopy) with computer-controlled scanning electron microscopy (short: CCSEM) shows the clear advantage of the modern analysis method. Above all is the significant greater statistical significance of the counting results. In addition, this method can also be used to determine chemical varieties of some heavy minerals, which allows an even finer classification and more reliable conclusions about a possible sediment provenance. Furthermore, better statements can be made about the composition and the development process of the deposited sediments. This thesis shows that the sediment provenance within the study area as well as the ongoing processes partly depend strongly on local conditions. Therefore, the heterogeneity of the geology and the size of the catchment as well as the resulting complexity of the sediment genesis makes it very difficult to make exact assignments to clearly defined sediment sources. Nevertheless, the results indicate a primary input of fluvial clastic sediments of the Heihe coming from the Qilian Shan mountains. However, the findings also indicate the need to complement the study with adjacent study areas such as the Gobi Altai in the north or the Beishan in the west as well as a densification of the surface sampling for a better resolution of possible local sediment sources. KW - Heihe KW - Ejina Becken KW - Gaxun Nur KW - Schwerminerale KW - China KW - CCSEM KW - Herkunftsanalyse KW - Tonminerale KW - Heihe KW - Ejina Basin KW - Gaxun Nur KW - Heavy Minerals KW - China KW - CCSEM KW - Provenance Analysis KW - Clay Minerals Y1 - 2020 ER - TY - JOUR A1 - Tofelde, Stefanie A1 - Bufe, Aaron A1 - Turowski, Jens M. T1 - Hillslope Sediment Supply Limits Alluvial Valley Width JF - AGU Advances N2 - River-valley morphology preserves information on tectonic and climatic conditions that shape landscapes. Observations suggest that river discharge and valley-wall lithology are the main controls on valley width. Yet, current models based on these observations fail to explain the full range of cross-sectional valley shapes in nature, suggesting hitherto unquantified controls on valley width. In particular, current models cannot explain the existence of paired terrace sequences that form under cyclic climate forcing. Paired river terraces are staircases of abandoned floodplains on both valley sides, and hence preserve past valley widths. Their formation requires alternating phases of predominantly river incision and predominantly lateral planation, plus progressive valley narrowing. While cyclic Quaternary climate changes can explain shifts between incision and lateral erosion, the driving mechanism of valley narrowing is unknown. Here, we extract valley geometries from climatically formed, alluvial river-terrace sequences and show that across our dataset, the total cumulative terrace height (here: total valley height) explains 90%–99% of the variance in valley width at the terrace sites. This finding suggests that valley height, or a parameter that scales linearly with valley height, controls valley width in addition to river discharge and lithology. To explain this valley-width-height relationship, we reformulate existing valley-width models and suggest that, when adjusting to new boundary conditions, alluvial valleys evolve to a width at which sediment removal from valley walls matches lateral sediment supply from hillslope erosion. Such a hillslope-channel coupling is not captured in current valley-evolution models. Our model can explain the existence of paired terrace sequences under cyclic climate forcing and relates valley width to measurable field parameters. Therefore, it facilitates the reconstruction of past climatic and tectonic conditions from valley topography. Y1 - 2022 U6 - https://doi.org/10.1029/2021AV000641 SN - 2576-604X PB - American Geophysical Union (AGU); Wiley CY - Hoboken, New Jersey, USA ER - TY - JOUR A1 - Miklashevsky, Alex A1 - Fischer, Martin H. A1 - Lindemann, Oliver T1 - Spatial-numerical associations without a motor response? Grip force says ‘Yes’ JF - Acta Psychologica N2 - In numerical processing, the functional role of Spatial-Numerical Associations (SNAs, such as the association of smaller numbers with left space and larger numbers with right space, the Mental Number Line hypothesis) is debated. Most studies demonstrate SNAs with lateralized responses, and there is little evidence that SNAs appear when no response is required. We recorded passive holding grip forces in no-go trials during number processing. In Experiment 1, participants performed a surface numerical decision task (“Is it a number or a letter?”). In Experiment 2, we used a deeper semantic task (“Is this number larger or smaller than five?”). Despite instruction to keep their grip force constant, participants' spontaneous grip force changed in both experiments: Smaller numbers led to larger force increase in the left than in the right hand in the numerical decision task (500–700 ms after stimulus onset). In the semantic task, smaller numbers again led to larger force increase in the left hand, and larger numbers increased the right-hand holding force. This effect appeared earlier (180 ms) and lasted longer (until 580 ms after stimulus onset). This is the first demonstration of SNAs with passive holding force. Our result suggests that (1) explicit motor response is not a prerequisite for SNAs to appear, and (2) the timing and strength of SNAs are task-dependent. (216 words). KW - SNARC KW - Mental number line KW - Number processing KW - Embodied cognition KW - Grip force KW - Motor system Y1 - 2022 U6 - https://doi.org/10.1016/j.actpsy.2022.103791 SN - 1873-6297 VL - 231 SP - 1 EP - 17 PB - Elsevier CY - Amsterdam ER - TY - RPRT A1 - Kienbaum, Janna A1 - Fischer, Patryk A1 - Passmann, Sven T1 - Forschungsdatenmanagement bei personenbezogenen Daten BT - eine Handreichung N2 - Das Dokument "Forschungsdatenmanagement bei personenbezogenen Daten - eine Handreichung" versammelt zentrale Inhalte, Verweise und Vorgehensweisen für Forscher*innen, die in einer Studie personenbezogene Daten erheben und diese verarbeiten, archivieren oder veröffentlichen wollen. Die Handreichung verweist an den entsprechenden Abschnitten auf weiterführende Materialien wie insbesondere die Handreichung „Datenschutz“ des Rats für die Sozial-, Verhaltens-, Bildungs- und Wirtschaftswissenschaften (RatSWD). KW - research data management KW - personal information KW - General Data Protection Regulation KW - legal aspects KW - research data KW - discipline specific rdm KW - psychology KW - educational sciences KW - Forschungsdatenmanagement KW - Personenbezogene Daten KW - Datenschutzgrundverordnung KW - rechtliche Aspekte KW - Forschungsdaten KW - Disziplinspezifisches FDM KW - Psychologie KW - Bildungswissenschaften Y1 - 2023 U6 - https://doi.org/10.5281/zenodo.7428524 ER - TY - RPRT A1 - Kienbaum, Janna A1 - Würfl, Katja A1 - Favella, Gianpiero T1 - Leitfaden für einen qualitativen Methoden- und Feldbericht N2 - Der Leitfaden für einen qualitativen Methoden- und Feldbericht ist im Rahmen des DFG-Verbundprojektes “FDNext” (2020-2023) entstanden und dient als Orientierungshilfe für die Dokumentation erhobener Daten mit dem Schwerpunkt auf die qualitative Bildungsforschung. KW - research data management KW - rdm in disciplines KW - data documentation KW - educational sciences KW - qualitative research data KW - Forschungsdatenmanagement KW - disziplinspezifisches FDM KW - Datendokumentation KW - Bildungswissenschaften KW - Qualitative Forschungsdaten Y1 - 2022 U6 - https://doi.org/10.5281/zenodo.7247993 ER - TY - JOUR A1 - Lindner, Nadja A1 - Moeller, Korbinian A1 - Hildebrandt, Frauke A1 - Hasselhorn, Marcus A1 - Lonnemann, Jan T1 - Children's use of egocentric reference frames in spatial language is related to their numerical magnitude understanding JF - Frontiers in Psychology N2 - Numerical magnitude information is assumed to be spatially represented in the form of a mental number line defined with respect to a body-centred, egocentric frame of reference. In this context, spatial language skills such as mastery of verbal descriptions of spatial position (e.g., in front of, behind, to the right/left) have been proposed to be relevant for grasping spatial relations between numerical magnitudes on the mental number line. We examined 4- to 5-year-old’s spatial language skills in tasks that allow responses in egocentric and allocentric frames of reference, as well as their relative understanding of numerical magnitude (assessed by a number word comparison task). In addition, we evaluated influences of children’s absolute understanding of numerical magnitude assessed by their number word comprehension (montring different numbers using their fingers) and of their knowledge on numerical sequences (determining predecessors and successors as well as identifying missing dice patterns of a series). Results indicated that when considering responses that corresponded to the egocentric perspective, children’s spatial language was associated significantly with their relative numerical magnitude understanding, even after controlling for covariates, such as children’s SES, mental rotation skills, and also absolute magnitude understanding or knowledge on numerical sequences. This suggests that the use of egocentric reference frames in spatial language may facilitate spatial representation of numbers along a mental number line and thus seem important for preschoolers’ relative understanding of numerical magnitude. KW - spatial language KW - frames of reference KW - numerical development KW - mental number line KW - preschool children Y1 - 2022 U6 - https://doi.org/10.3389/fpsyg.2022.943191 SN - 1664-1078 SP - 1 EP - 13 PB - Frontiers CY - Lausanne, Schweiz ER - TY - JOUR A1 - Hecker, Pascal A1 - Steckhan, Nico A1 - Eyben, Florian A1 - Schuller, Björn Wolfgang A1 - Arnrich, Bert T1 - Voice Analysis for Neurological Disorder Recognition – A Systematic Review and Perspective on Emerging Trends JF - Frontiers in Digital Health N2 - Quantifying neurological disorders from voice is a rapidly growing field of research and holds promise for unobtrusive and large-scale disorder monitoring. The data recording setup and data analysis pipelines are both crucial aspects to effectively obtain relevant information from participants. Therefore, we performed a systematic review to provide a high-level overview of practices across various neurological disorders and highlight emerging trends. PRISMA-based literature searches were conducted through PubMed, Web of Science, and IEEE Xplore to identify publications in which original (i.e., newly recorded) datasets were collected. Disorders of interest were psychiatric as well as neurodegenerative disorders, such as bipolar disorder, depression, and stress, as well as amyotrophic lateral sclerosis amyotrophic lateral sclerosis, Alzheimer's, and Parkinson's disease, and speech impairments (aphasia, dysarthria, and dysphonia). Of the 43 retrieved studies, Parkinson's disease is represented most prominently with 19 discovered datasets. Free speech and read speech tasks are most commonly used across disorders. Besides popular feature extraction toolkits, many studies utilise custom-built feature sets. Correlations of acoustic features with psychiatric and neurodegenerative disorders are presented. In terms of analysis, statistical analysis for significance of individual features is commonly used, as well as predictive modeling approaches, especially with support vector machines and a small number of artificial neural networks. An emerging trend and recommendation for future studies is to collect data in everyday life to facilitate longitudinal data collection and to capture the behavior of participants more naturally. Another emerging trend is to record additional modalities to voice, which can potentially increase analytical performance. KW - neurological disorders KW - voice KW - speech KW - everyday life KW - multiple modalities KW - machine learning KW - disorder recognition Y1 - 2022 U6 - https://doi.org/10.3389/fdgth.2022.842301 SN - 2673-253X PB - Frontiers Media SA CY - Lausanne, Schweiz ER - TY - CHAP A1 - Curzon, Paul A1 - Kalas, Ivan A1 - Schubert, Sigrid A1 - Schaper, Niclas A1 - Barnes, Jan A1 - Kennewell, Steve A1 - Bröker, Kathrin A1 - Kastens, Uwe A1 - Magenheim, Johannes A1 - Dagiene, Valentina A1 - Stupuriene, Gabriele A1 - Ellis, Jason Brent A1 - Abreu-Ellis, Carla Reis A1 - Grillenberger, Andreas A1 - Romeike, Ralf A1 - Haugsbakken, Halvdan A1 - Jones, Anthony A1 - Lewin, Cathy A1 - McNicol, Sarah A1 - Nelles, Wolfgang A1 - Neugebauer, Jonas A1 - Ohrndorf, Laura A1 - Schaper, Niclas A1 - Schubert, Sigrid A1 - Opel, Simone A1 - Kramer, Matthias A1 - Trommen, Michael A1 - Pottbäcker, Florian A1 - Ilaghef, Youssef A1 - Passig, David A1 - Tzuriel, David A1 - Kedmi, Ganit Eshel A1 - Saito, Toshinori A1 - Webb, Mary A1 - Weigend, Michael A1 - Bottino, Rosa A1 - Chioccariello, Augusto A1 - Christensen, Rhonda A1 - Knezek, Gerald A1 - Gioko, Anthony Maina A1 - Angondi, Enos Kiforo A1 - Waga, Rosemary A1 - Ohrndorf, Laura A1 - Or-Bach, Rachel A1 - Preston, Christina A1 - Younie, Sarah A1 - Przybylla, Mareen A1 - Romeike, Ralf A1 - Reynolds, Nicholas A1 - Swainston, Andrew A1 - Bendrups, Faye A1 - Sysło, Maciej M. A1 - Kwiatkowska, Anna Beata A1 - Zieris, Holger A1 - Gerstberger, Herbert A1 - Müller, Wolfgang A1 - Büchner, Steffen A1 - Opel, Simone A1 - Schiller, Thomas A1 - Wegner, Christian A1 - Zender, Raphael A1 - Lucke, Ulrike A1 - Diethelm, Ira A1 - Syrbe, Jörn A1 - Lai, Kwok-Wing A1 - Davis, Niki A1 - Eickelmann, Birgit A1 - Erstad, Ola A1 - Fisser, Petra A1 - Gibson, David A1 - Khaddage, Ferial A1 - Knezek, Gerald A1 - Micheuz, Peter A1 - Kloos, Carlos Delgado ED - Brinda, Torsten ED - Reynolds, Nicholas ED - Romeike, Ralf ED - Schwill, Andreas T1 - KEYCIT 2014 BT - key competencies in informatics and ICT N2 - In our rapidly changing world it is increasingly important not only to be an expert in a chosen field of study but also to be able to respond to developments, master new approaches to solving problems, and fulfil changing requirements in the modern world and in the job market. In response to these needs key competencies in understanding, developing and using new digital technologies are being brought into focus in school and university programmes. The IFIP TC3 conference "KEYCIT – Key Competences in Informatics and ICT (KEYCIT 2014)" was held at the University of Potsdam in Germany from July 1st to 4th, 2014 and addressed the combination of key competencies, Informatics and ICT in detail. The conference was organized into strands focusing on secondary education, university education and teacher education (organized by IFIP WGs 3.1 and 3.3) and provided a forum to present and to discuss research, case studies, positions, and national perspectives in this field. T3 - Commentarii informaticae didacticae (CID) - 7 KW - Schlüsselkompetenzen KW - Informatik KW - Bildung KW - ICT KW - Informatikdidaktik KW - Key Competencies KW - Informatics KW - education KW - ICT KW - Computer Science Education Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-70325 SN - 978-3-86956-292-6 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - JOUR A1 - Ogunkola, Moses Olalekan A1 - Guiraudie-Capraz, Gaelle A1 - Féron, François A1 - Leimkühler, Silke T1 - The Human Mercaptopyruvate Sulfurtransferase TUM1 Is Involved in Moco Biosynthesis, Cytosolic tRNA Thiolation and Cellular Bioenergetics in Human Embryonic Kidney Cells JF - Biomolecules N2 - Sulfur is an important element that is incorporated into many biomolecules in humans. The incorporation and transfer of sulfur into biomolecules is, however, facilitated by a series of different sulfurtransferases. Among these sulfurtransferases is the human mercaptopyruvate sulfurtransferase (MPST) also designated as tRNA thiouridine modification protein (TUM1). The role of the human TUM1 protein has been suggested in a wide range of physiological processes in the cell among which are but not limited to involvement in Molybdenum cofactor (Moco) biosynthesis, cytosolic tRNA thiolation and generation of H2S as signaling molecule both in mitochondria and the cytosol. Previous interaction studies showed that TUM1 interacts with the L-cysteine desulfurase NFS1 and the Molybdenum cofactor biosynthesis protein 3 (MOCS3). Here, we show the roles of TUM1 in human cells using CRISPR/Cas9 genetically modified Human Embryonic Kidney cells. Here, we show that TUM1 is involved in the sulfur transfer for Molybdenum cofactor synthesis and tRNA thiomodification by spectrophotometric measurement of the activity of sulfite oxidase and liquid chromatography quantification of the level of sulfur-modified tRNA. Further, we show that TUM1 has a role in hydrogen sulfide production and cellular bioenergetics. KW - Moco biosynthesis KW - sulfite oxidase KW - cytosolic tRNA thiolation KW - 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridine KW - H2S biosynthesis KW - cellular bioenergetics Y1 - 2023 U6 - https://doi.org/10.3390/biom13010144 SN - 2218-273X VL - 13 SP - 1 EP - 23 PB - MDPI CY - Basel, Schweiz ET - 1 ER -