TY - THES A1 - Hoang, Yen T1 - De novo binning strategy to analyze and visualize multi-dimensional cytometric data T1 - De novo Binning-Ansatz zur Untersuchung und Visualisierung von multidimensionalen Zytrometriedaten BT - engineering of combinatorial variables for supervised learning approaches N2 - Since half a century, cytometry has been a major scientific discipline in the field of cytomics - the study of system’s biology at single cell level. It enables the investigation of physiological processes, functional characteristics and rare events with proteins by analysing multiple parameters on an individual cell basis. In the last decade, mass cytometry has been established which increased the parallel measurement to up to 50 proteins. This has shifted the analysis strategy from conventional consecutive manual gates towards multi-dimensional data processing. Novel algorithms have been developed to tackle these high-dimensional protein combinations in the data. They are mainly based on clustering or non-linear dimension reduction techniques, or both, often combined with an upstream downsampling procedure. However, these tools have obstacles either in comprehensible interpretability, reproducibility, computational complexity or in comparability between samples and groups. To address this bottleneck, a reproducible, semi-automated cytometric data mining workflow PRI (pattern recognition of immune cells) is proposed which combines three main steps: i) data preparation and storage; ii) bin-based combinatorial variable engineering of three protein markers, the so called triploTs, and subsequent sectioning of these triploTs in four parts; and iii) deployment of a data-driven supervised learning algorithm, the cross-validated elastic-net regularized logistic regression, with these triploT sections as input variables. As a result, the selected variables from the models are ranked by their prevalence, which potentially have discriminative value. The purpose is to significantly facilitate the identification of meaningful subpopulations, which are most distinguish between two groups. The proposed workflow PRI is exemplified by a recently published public mass cytometry data set. The authors found a T cell subpopulation which is discriminative between effective and ineffective treatment of breast carcinomas in mice. With PRI, that subpopulation was not only validated, but was further narrowed down as a particular Th1 cell population. Moreover, additional insights of combinatorial protein expressions are revealed in a traceable manner. An essential element in the workflow is the reproducible variable engineering. These variables serve as basis for a clearly interpretable visualization, for a structured variable exploration and as input layers in neural network constructs. PRI facilitates the determination of marker levels in a semi-continuous manner. Jointly with the combinatorial display, it allows a straightforward observation of correlating patterns, and thus, the dominant expressed markers and cell hierarchies. Furthermore, it enables the identification and complex characterization of discriminating subpopulations due to its reproducible and pseudo-multi-parametric pattern presentation. This endorses its applicability as a tool for unbiased investigations on cell subsets within multi-dimensional cytometric data sets. N2 - Massen- und Durchflusszytometrie-Messungen ermöglichen die detaillierte Einteilung von Zellgruppen nach Eigenschaften vor allem in der Diagnostik und in der Grundlagenforschung anhand der Erfassung von biologischen Informationen auf Einzelzellebene. Sie unterstützen die detaillierte Analyse von komplexen, zellulären Zusammenhängen, um physiologische und pathophysiologische Prozesse zu erkennen, und funktionelle oder krankheitsspezifische Characteristika und rare Zellgruppen genauer zu spezifizieren und zu extrahieren. In den letzten Jahren haben zytometrische Technologien einen enormen Innovationssprung erfahren, sodass heutzutage bis zu 50 Proteine pro Zelle parallel gemessen werden können. Und das mit einem Durchsatz von Hunderttausenden bis mehreren Millionen von Zellen aus einer Probe. Bei der Zunahme der Messparameter steigen jedoch die Dimensionen der kombinierten Parameter exponentiell, sodass eine komplexe Kombinatorik entsteht, die mit konventionellen, manuellen Untersuchungen von bi-axialen Diagrammen nicht mehr durchführbar sind. Derzeit gibt es schon viele neue Datenanalyse-Ansätze, die vorranging auf Cluster- bzw. Dimensionsreduktionstechniken basieren und meist mit einem vorgeschalteten Downsampling in Kombination eingesetzt werden. Diese Tools produzieren aber komplexe Ergebnisse, die größtenteils nicht reproduzierbar sind oder Proben- und Gruppenvergleiche erschweren. Um dieses Problem anzugehen wurde in dieser Dissertation ein reproduzierbarer, halbautomatisierter Datenanalyse-Workflow namens PRI entwickelt, was für pattern recognition of immune cells (Mustererkennung von Immunzellen) steht. Dieser Workflow ist in drei Hauptteile untergliedert: die Datenvorbereitung und -Ablage; die Entwicklung innovativer, bin-basierter Merkmale von drei kombinierten Parametern namens TriploTs und dessen weiterführende Einteilung in vier gleich große TriploT-Areale; und die Anwendung von einem maschinellen Lernansatz basierend auf der Information von diesen Arealen. Als Ergebnis bekommt man eine Selektion der Areale, die am häufigsten von den überwachten Modellen ausgewählt wurden. Dies soll dem Wissenschaftler entscheidend dabei helfen, Zellpopulationen zu identifizieren, die am besten zwischen zwei Gruppen unterscheiden. Der vorgestellte Workflow PRI ist exemplarisch an einem kürzlich veröffentlichten Massenzytometrie-Datensatz validiert worden. Die von den Originalautoren hervorgehobene Zellpopulation konnte nicht nur identifiziert werden, sondern sogar wesentlich weiter spezifiziert werden. Außerdem wurden weitere Erkenntnisse von relevanten, kombinatorischen Proteinexpressionen festgestellt. Die Entwicklung der reproduzierbaren TriploTs führt dazu, dass sie als Basis für verständliche und leicht interpretierbare Visualisierungen, für eine strukturierte Erforschung der Daten mithilfe der Selektion der Areale, und für neuronale Netzwerkkonstrukte genutzt werden können. PRI ermöglicht eine optimierte, semi-kontinuierliche Bestimmung der Expressionsstufen, die die Identifizierung von dominant vorherrschenden und diskriminierenden Proteinen in Zellsubpopulationen wesentlich erleichtert. Darüberhinaus erlaubt es die intuitive Erfassung von korrelierenden Mustern durch die innovative, reproduzierbare Darstellung der Proteinkombinationen und hilft bei der Erforschung von Zellsubpopulationen. KW - machine learning KW - feature engineering KW - machinelles Lernen KW - Feature Engineering Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-443078 ER - TY - JOUR A1 - Gryzik, Stefanie A1 - Hoang, Yen A1 - Lischke, Timo A1 - Mohr, Elodie A1 - Venzke, Melanie A1 - Kadner, Isabelle A1 - Pötzsch, Josephine A1 - Groth, Detlef A1 - Radbruch, Andreas A1 - Hutloff, Andreas A1 - Baumgrass, Ria T1 - Identification of a super-functional Tfh-like subpopulation in murine lupus by pattern perception JF - eLife N2 - Dysregulated cytokine expression by T cells plays a pivotal role in the pathogenesis of autoimmune diseases. However, the identification of the corresponding pathogenic subpopulations is a challenge, since a distinction between physiological variation and a new quality in the expression of protein markers requires combinatorial evaluation. Here, we were able to identify a super-functional follicular helper T cell (Tfh)-like subpopulation in lupus-prone NZBxW mice with our binning approach "pattern recognition of immune cells (PRI)". PRI uncovered a subpopulation of IL-21(+) IFN-gamma(high) PD-1(low) CD40L(high) CXCR5(-) Bcl-6(-) T cells specifically expanded in diseased mice. In addition, these cells express high levels of TNF-alpha and IL-2, and provide B cell help for IgG production in an IL-21 and CD40L dependent manner. This super-functional T cell subset might be a superior driver of autoimmune processes due to a polyfunctional and high cytokine expression combined with Tfh-like properties. Y1 - 2020 U6 - https://doi.org/10.7554/eLife.53226 SN - 2050-084X VL - 9 PB - eLife Sciences Publications CY - Cambridge ER - TY - JOUR A1 - Hoang, Yen A1 - Gryzik, Stefanie A1 - Hoppe, Ines A1 - Rybak, Alexander A1 - Schädlich, Martin A1 - Kadner, Isabelle A1 - Walther, Dirk A1 - Vera, Julio A1 - Radbruch, Andreas A1 - Groth, Detlef A1 - Baumgart, Sabine A1 - Baumgrass, Ria T1 - PRI: Re-analysis of a public mass cytometry dataset reveals patterns of effective tumor treatments JF - Frontiers in immunology N2 - Recently, mass cytometry has enabled quantification of up to 50 parameters for millions of cells per sample. It remains a challenge to analyze such high-dimensional data to exploit the richness of the inherent information, even though many valuable new analysis tools have already been developed. We propose a novel algorithm "pattern recognition of immune cells (PRI)" to tackle these high-dimensional protein combinations in the data. PRI is a tool for the analysis and visualization of cytometry data based on a three or more-parametric binning approach, feature engineering of bin properties of multivariate cell data, and a pseudo-multiparametric visualization. Using a publicly available mass cytometry dataset, we proved that reproducible feature engineering and intuitive understanding of the generated bin plots are helpful hallmarks for re-analysis with PRI. In the CD4(+)T cell population analyzed, PRI revealed two bin-plot patterns (CD90/CD44/CD86 and CD90/CD44/CD27) and 20 bin plot features for threshold-independent classification of mice concerning ineffective and effective tumor treatment. In addition, PRI mapped cell subsets regarding co-expression of the proliferation marker Ki67 with two major transcription factors and further delineated a specific Th1 cell subset. All these results demonstrate the added insights that can be obtained using the non-cluster-based tool PRI for re-analyses of high-dimensional cytometric data. KW - multi-parametric analysis KW - re-analysis KW - combinatorial protein KW - expression KW - high-dimensional cytometry data KW - mass cytometry data KW - pattern perception Y1 - 2022 U6 - https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.849329 SN - 1664-3224 VL - 13 PB - Frontiers Media CY - Lausanne ER -