TY - JOUR A1 - Beerenwinkel, Niko A1 - Sing, Tobias A1 - Lengauer, Thomas A1 - Rahnenfuhrer, Joerg A1 - Roomp, Kirsten A1 - Savenkov, Igor A1 - Fischer, Roman A1 - Hoffmann, Daniel A1 - Selbig, Joachim A1 - Korn, Klaus A1 - Walter, Hauke A1 - Berg, Thomas A1 - Braun, Patrick A1 - Faetkenheuer, Gerd A1 - Oette, Mark A1 - Rockstroh, Juergen A1 - Kupfer, Bernd A1 - Kaiser, Rolf A1 - Daeumer, Martin T1 - Computational methods for the design of effective therapies against drug resistant HIV strains N2 - The development of drug resistance is a major obstacle to successful treatment of HIV infection. The extraordinary replication dynamics of HIV facilitates its escape from selective pressure exerted by the human immune system and by combination drug therapy. We have developed several computational methods whose combined use can support the design of optimal antiretroviral therapies based on viral genomic data Y1 - 2005 ER - TY - JOUR A1 - Jedrusik-Bode, Monika A1 - Studencka, Maja A1 - Smolka, Christian A1 - Baumann, Tobias A1 - Schmidt, Henning A1 - Kampf, Jan A1 - Paap, Franziska A1 - Martin, Sophie A1 - Tazi, Jamal A1 - Müller, Kristian M. A1 - Krüger, Marcus A1 - Braun, Thomas A1 - Bober, Eva T1 - The sirtuin SIRT6 regulates stress granule formation in C. elegans and mammals JF - Journal of cell science N2 - SIRT6 is a NAD(+)-dependent deacetylase that modulates chromatin structure and safeguards genomic stability. Until now, SIRT6 has been assigned to the nucleus and only nuclear targets of SIRT6 are known. Here, we demonstrate that in response to stress, C. elegans SIR-2.4 and its mammalian orthologue SIRT6 localize to cytoplasmic stress granules, interact with various stress granule components and induce their assembly. Loss of SIRT6 or inhibition of its catalytic activity in mouse embryonic fibroblasts impairs stress granule formation and delays disassembly during recovery, whereas deficiency of SIR-2.4 diminishes maintenance of P granules and decreases survival of C. elegans under stress conditions. Our findings uncover a novel, evolutionary conserved function of SIRT6 in the maintenance of stress granules in response to stress. KW - C. elegans KW - G3BP KW - SIRT6 KW - Sirtuins KW - Stress KW - Stress granules Y1 - 2013 U6 - https://doi.org/10.1242/jcs.130708 SN - 0021-9533 SN - 1477-9137 VL - 126 IS - 22 SP - 5166 EP - + PB - Company of Biologists Limited CY - Cambridge ER - TY - JOUR A1 - Stieglitz, Stefan A1 - Mirbabaie, Milad A1 - Deubel, Annika A1 - Braun, Lea-Marie A1 - Kissmer, Tobias T1 - The potential of digital nudging to bridge the gap between environmental attitude and behavior in the usage of smart home applications JF - International Journal of Information Management N2 - Despite energy efficiency measures, global energy demand has gradually increased due to global economic growth and changes in consumer behavior. Even if people are aware of the problem and want to change their energy consumption, they have difficulty acting on their attitudes. This is called the attitude-behavior gap. To narrow this gap and reduce energy consumption and CO2 emissions, behavioral interventions beyond technological advances must be considered. A promising intervention is nudging, which uses insights from behavioral economics to gently nudge individuals toward more sustainable choices. In this study, we investigate how modifying digital choice architectures with nudges can be used to influence consumer energy conservation behavior in smart home applications (SHAs). We conducted an online experiment with 391 participants to test the effectiveness of the following three digital nudges in an SHA: self-commitment, reminder, and social norm nudge. While the results of a structural equation model indicated no effect on bridging the gap between attitude and behavior, we found the potential to promote energy conservation with two nudge types. Thus, this paper makes substantial contribution to persuasive and information systems-enabled sustainability for a better world in the form of digital nudges for emerging technologies. Y1 - 2023 U6 - https://doi.org/10.1016/j.ijinfomgt.2023.102665 SN - 0268-4012 VL - 72 PB - Elsevier CY - Oxford ER - TY - JOUR A1 - Wirth, Jonas A1 - Hatter, Nino A1 - Drost, Robert A1 - Umbach, Tobias R. A1 - Barja, Sara A1 - Zastrow, Matthias A1 - Rück-Braun, Karola A1 - Pascual, Jose Ignacio A1 - Saalfrank, Peter A1 - Franke, Katharina J. T1 - Diarylethene Molecules on a Ag(111) Surface: Stability and Electron-Induced Switching JF - The journal of physical chemistry : C, Nanomaterials and interfaces N2 - Diarylethene derivatives are photochromic molecular switches, undergoing a ring-opening/-closing reaction by illumination with light. The symmetry of the closed form is determined by the WoodWard Hoffinann rules according to which the reaction proceeds by corirotatory rotation -in that case. Here, we show by a cOrnbined approach of scanning tunneling microscopy (STM) and density functional theory (DFT) calculations that the Open isomer of 4,4'-(4,4'-(perfluorocydopent-1-ene-1,2-diyl)bis(5-methyl-thiophent-4,2,4-dipyridine) (PDTE) retains its open form upon adsorption on a Ag(111) surface. It caribe switched into a closed form, which we identify as the digrotatOly cydization product, by controlled manipulation 'With the STM tip, Evidence of an electric-field dependent switching-process 'is interpreted on the basis of a Simple electroStatic Model, which suggests that the reaction proceedS via an "upright" intermediate state. This pathway thus strongly differs from the switching reaction in solution. Y1 - 2015 U6 - https://doi.org/10.1021/jp5122036 SN - 1932-7447 VL - 119 IS - 9 SP - 4874 EP - 4883 PB - American Chemical Society CY - Washington ER - TY - CHAP A1 - Keil, Reinhard A1 - Konert, Johannes A1 - Damnik, Gregor A1 - Gierl, Mark J. A1 - Proske, Antje A1 - Körndle, Hermann A1 - Narciss, Susanne A1 - Wahl, Marina A1 - Hölscher, Michael A1 - Mariani, Ennio A1 - Jaisli, Isabel A1 - Tscherejkina, Anna A1 - Morgiel, Anna A1 - Moebert, Tobias A1 - Herbstreit, Stephanie A1 - Mäker, Daniela A1 - Szalai, Cynthia A1 - Braun, Iris A1 - Kapp, Felix A1 - Hara, Tenshi C. A1 - Kubica, Tommy A1 - Stumpf, Sarah ED - Lucke, Ulrike ED - Strickroth, Sven T1 - E-Learning Symposium 2018 BT - Innovation und Nachhaltigkeit – (k)ein Gegensatz?! N2 - In den vergangenen Jahren sind viele E-Learning-Innovationen entstanden. Einige davon wurden auf den vergangenen E-Learning Symposien der Universität Potsdam präsentiert: Das erste E-Learning Symposium im Jahr 2012 konzentrierte sich auf unterschiedliche Möglichkeiten der Studierendenaktivierung und Lehrgestaltung. Das Symposium 2014 rückte vor allem die Studierenden ins Zentrum der Aufmerksamkeit. Im Jahr 2016 kam es durch das Zusammengehen des Symposiums mit der DeLFI-Tagung zu einer Fokussierung auf technische Innovationen. Doch was ist aus den Leuchttürmen von gestern geworden, und brauchen wir überhaupt noch neue Leuchttürme? Das Symposium setzt sich in diesem Jahr unter dem Motto „Innovation und Nachhaltigkeit – (k)ein Gegensatz?“ mit mediengestützten Lehr- und Lernprozessen im universitären Kontext auseinander und reflektiert aktuelle technische sowie didaktische Entwicklungen mit Blick auf deren mittel- bis langfristigen Einsatz in der Praxis. Dieser Tagungsband zum E-Learning Symposium 2018 an der Universität Potsdam beinhaltet eine Mischung von Forschungs- und Praxisbeiträgen aus verschiedenen Fachdisziplinen und eröffnet vielschichtige Perspektiven auf das Thema E-Learning. Dabei werden die Vielfalt der didaktischen Einsatzszenarien als auch die Potentiale von Werk-zeugen und Methoden der Informatik in ihrem Zusammenspiel beleuchtet. In seiner Keynote widmet sich Reinhard Keil dem Motto des Symposiums und geht der Nachhaltigkeit bei E-Learning-Projekten auf den Grund. Dabei analysiert und beleuchtet er anhand seiner über 15-jährigen Forschungspraxis die wichtigsten Wirkfaktoren und formuliert Empfehlungen zur Konzeption von E-Learning-Projekten. Im Gegensatz zu rein auf Kostenersparnis ausgerichteten (hochschul-)politischen Forderungen proklamiert er den Ansatz der hypothesengeleiteten Technikgestaltung, in der Nachhaltigkeit als Leitfrage oder Forschungsstrategie verstanden werden kann. In eine ähnliche Richtung geht der Beitrag von Iris Braun et al., die über Erfolgsfaktoren beim Einsatz von Audience Response Systemen in der universitären Lehre berichten. Ein weiteres aktuelles Thema, sowohl für die Bildungstechnologie als auch in den Bildungswissenschaften allgemein, ist die Kompetenzorientierung und –modellierung. Hier geht es darum (Problemlöse-)Fähigkeiten gezielt zu beschreiben und in den Mittelpunkt der Lehre zu stellen. Johannes Konert stellt in einem eingeladenen Vortrag zwei Projekte vor, die den Prozess beginnend bei der Definition von Kompetenzen, deren Modellierung in einem semantischen maschinenlesbaren Format bis hin zur Erarbeitung von Methoden zur Kompetenzmessung und der elektronischen Zertifizierung aufzeigen. Dabei geht er auf technische Möglichkeiten, aber auch Grenzen ein. Auf einer spezifischeren Ebene beschäftigt sich Sarah Stumpf mit digitalen bzw. mediendidaktischen Kompetenzen im Lehramtsstudium und stellt ein Framework für die Förderung ebensolcher Kompetenzen bei angehenden Lehrkräften vor. Der Einsatz von E-Learning birgt noch einige Herausforderungen. Dabei geht es oft um die Verbindung von Didaktik und Technik, den Erhalt von Aufmerksamkeit oder den Aufwand für das Erstellen von interaktiven Lehr- und Lerninhalten. Drei Beiträge in diesem Tagungsband beschäftigen sich mit dieser Thematik in unterschiedlichen Kontexten und zeigen Best-Practices und Lösungsansätze auf: Der Beitrag von Martina Wahl und Michael Hölscher behandelt den besonderen Kontext von Blended Learning-Szenarien in berufsbegleitenden Studiengängen. Um die Veröffentlichung eines global frei verfügbaren Onlinekurses abseits der großen MOOC Plattformen und den didaktischen Herausforderungen auch hinsichtlich der Motivation geht es im Beitrag von Ennio Marani und Isabel Jaisli. Schließlich schlagen Gregor Damnik et al. die automatische Erzeugung von Aufgaben zur Erhöhung von Interaktivität und Adaptivität in digitalen Lernressourcen vor, um den teilweise erheblichen Erstellungsaufwand zu reduzieren. Zum Thema E-Learning zählen auch immer mobile Apps bzw. Spiele. Gleich zwei Beiträge beschäftigen sich mit dem Einsatz von E-Learning-Tools im Gesundheitskontext: Anna Tscherejkina und Anna Morgiel stellen in ihrem Beitrag Minispiele zum Training von sozio-emotionalen Kompetenzen für Menschen mit Autismus vor, und Stephanie Herbstreit et al. berichten vom Einsatz einer mobilen Lern-App zur Verbesserung von klinisch-praktischem Unterricht. KW - E-Learning KW - Onlinelehre KW - Game-based learning KW - Mobiles Lernen Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-420711 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - THES A1 - Braun, Tobias T1 - Recurrences in past climates T1 - Rekurrenzen in vergangenen Klimaperioden BT - novel concepts & tools for the study of Palaeoseasonality and beyond BT - neue Konzepte und Methoden zur Analyse von Paläosaisonalität und darüber hinaus N2 - Our ability to predict the state of a system relies on its tendency to recur to states it has visited before. Recurrence also pervades common intuitions about the systems we are most familiar with: daily routines, social rituals and the return of the seasons are just a few relatable examples. To this end, recurrence plots (RP) provide a systematic framework to quantify the recurrence of states. Despite their conceptual simplicity, they are a versatile tool in the study of observational data. The global climate is a complex system for which an understanding based on observational data is not only of academical relevance, but vital for the predurance of human societies within the planetary boundaries. Contextualizing current global climate change, however, requires observational data far beyond the instrumental period. The palaeoclimate record offers a valuable archive of proxy data but demands methodological approaches that adequately address its complexities. In this regard, the following dissertation aims at devising novel and further developing existing methods in the framework of recurrence analysis (RA). The proposed research questions focus on using RA to capture scale-dependent properties in nonlinear time series and tailoring recurrence quantification analysis (RQA) to characterize seasonal variability in palaeoclimate records (‘Palaeoseasonality’). In the first part of this thesis, we focus on the methodological development of novel approaches in RA. The predictability of nonlinear (palaeo)climate time series is limited by abrupt transitions between regimes that exhibit entirely different dynamical complexity (e.g. crossing of ‘tipping points’). These possibly depend on characteristic time scales. RPs are well-established for detecting transitions and capture scale-dependencies, yet few approaches have combined both aspects. We apply existing concepts from the study of self-similar textures to RPs to detect abrupt transitions, considering the most relevant time scales. This combination of methods further results in the definition of a novel recurrence based nonlinear dependence measure. Quantifying lagged interactions between multiple variables is a common problem, especially in the characterization of high-dimensional complex systems. The proposed ‘recurrence flow’ measure of nonlinear dependence offers an elegant way to characterize such couplings. For spatially extended complex systems, the coupled dynamics of local variables result in the emergence of spatial patterns. These patterns tend to recur in time. Based on this observation, we propose a novel method that entails dynamically distinct regimes of atmospheric circulation based on their recurrent spatial patterns. Bridging the two parts of this dissertation, we next turn to methodological advances of RA for the study of Palaeoseasonality. Observational series of palaeoclimate ‘proxy’ records involve inherent limitations, such as irregular temporal sampling. We reveal biases in the RQA of time series with a non-stationary sampling rate and propose a correction scheme. In the second part of this thesis, we proceed with applications in Palaeoseasonality. A review of common and promising time series analysis methods shows that numerous valuable tools exist, but their sound application requires adaptions to archive-specific limitations and consolidating transdisciplinary knowledge. Next, we study stalagmite proxy records from the Central Pacific as sensitive recorders of mid-Holocene El Niño-Southern Oscillation (ENSO) dynamics. The records’ remarkably high temporal resolution allows to draw links between ENSO and seasonal dynamics, quantified by RA. The final study presented here examines how seasonal predictability could play a role for the stability of agricultural societies. The Classic Maya underwent a period of sociopolitical disintegration that has been linked to drought events. Based on seasonally resolved stable isotope records from Yok Balum cave in Belize, we propose a measure of seasonal predictability. It unveils the potential role declining seasonal predictability could have played in destabilizing agricultural and sociopolitical systems of Classic Maya populations. The methodological approaches and applications presented in this work reveal multiple exciting future research avenues, both for RA and the study of Palaeoseasonality. N2 - Unsere Fähigkeit, den Zustand eines Systems vorherzusagen, hängt grundlegend von der Tendenz des Systems ab, zu früheren Zuständen zurückzukehren. Solche "Rekurrenzen" sind sogar Bestandteil unserer Intuition und alltäglichen Erfahrungswelt: regelmäßige Routinen, soziale Zusammentreffen and die Wiederkehr der Jahreszeiten sind hierfür nur vereinzelte Beispiele. Rekurrenzplots (RPs) stellen uns in diesem Kontext eine systematische Methode zur Verfügung, um die Wiederkehreigenschaften von Systemzuständen quantitativ zu untersuchen. Obwohl RPs konzeptionell vergleichsweise simpel sind, stellen sie eine vielseitige Methode zur Analyse von gemessenen Beobachtungsdaten dar. Das globale Klimasystem ist ein komplexes System, bei dem ein datenbasiertes Verständnis nicht lediglich von rein akademischen Wert ist – es ist viel mehr relevant für das Fortbestehen der Gesellschaft innerhalb der natürlichen planetaren Grenzen. Um die heute beobachteten Klimaveränderungen allerdings in einen langfristigen Kontext einzuordnen, benötigen wir empirische Daten, die weit über die Periode hinaus gehen, für die instrumentelle Daten verfügbar sind. Paläoklimatologische Datenreihen repräsentieren hier ein wertvolles Archiv, dessen Auswertung jedoch Analysemethoden erfordert, die an die Komplexitäten von paläoklimatologischen ‘Proxydaten’ angepasst sind. Um einen wissenschaftlichen Beitrag zu dieser Problemstellung zu leisten, befasst sich diese Doktorarbeit mit der Konzeptionierung neuer Methoden und der problemstellungsbezogenen Anpassung bewährter Methoden in der Rekurrenzanalyse (RA). Die hier formulierten zentralen Forschungsfragen konzentrieren sich auf den Nachweis zeitskalen-abhängiger Eigenschaften in nichtlinearen Zeitreihen und, insbesondere, der Anpassung von quantitativen Maßen in der RA, um paläosaisonale Proxydaten zu charakterisieren (‘Paläosaisonalität’). Im ersten Teil dieser Arbeit liegt der Schwerpunkt auf der Entwicklung neuer methodischer Ansätze in der RA. Die Vorhersagbarkeit nichtlinearer (paläo)klimatologischer Zeitreihen ist durch abrupte Übergänge zwischen dynamisch grundlegend verschiedenen Zuständen erschwert (so zum Beispiel das Übertreten sogenannter ‘Kipppunkte’). Solche Zustandsübergänge zeigen oft charakteristische Zeitskalen-Abhängigkeiten. RPs haben sich als Methode zum Nachweis von Zustandsübergängen bewährt und sind darüber hinaus geeignet, Skalenabhängigkeiten zu identifizieren. Dennoch wurden beide Aspekte bislang selten methodisch zusammengeführt. Wir kombinieren hier bestehende Konzepte aus der Analyse selbstähnlicher Strukturen und RPs, um abrupte Zustandsübergänge unter Einbezug der relevantesten Zeitskalen zu identifizieren. Diese Kombination von Konzepten führt uns ferner dazu, ein neues rekurrenzbasiertes, nichtlineares Abhängigkeitsmaß einzuführen. Die quantitative Untersuchung zeitversetzter Abhängigkeiten zwischen zahlreichen Variablen ist ein zentrales Problem, das insbesondere in der Analyse hochdimensionaler komplexer Systeme auftritt. Das hier definierte ‘Rekurrenzfluß’-Abhängigkeitsmaß ermöglicht es auf elegante Weise, derartige Abhängigkeiten zu charakterisieren. Bei räumlich ausgedehnten komplexen Systemen führen Interaktionen zwischen lokalen Variablen zu der Entstehung räumlicher Muster. Diese räumlichen Muster zeigen zeitliche Rekurrenzen. In einer auf dieser Beobachtung aufbauenden Publikation stellen wir eine neue Methode vor, mit deren Hilfe differenzierbare, makroskopische Zustände untersucht werden können, die zu zentralen, zeitlich wiederkehrenden räumlichen Mustern korrespondieren. Folgend leiten wir über zum zweiten Teil dieser Arbeit, indem wir uns Anpassungen von Methoden zur Untersuchung von Paläosaisonalität zuwenden. Messreihen paläoklimatologischer Proxydaten geben uns nur indirekt Informationen über die ihnen zugrunde liegenden Klimavariablen und weisen inhärente Limitationen auf, wie zum Beispiel unregelmäßige Zeitabstände zwischen Datenpunkten. Wir zeigen statistische Verzerrungseffekte auf, die in der quantitativen RA auftreten, wenn Signale mit nichtstationärer Abtastrate untersucht werden. Eine Methode zur Korrektur wird vorgestellt und anhand von Messdaten validiert. Der zweite Teil dieser Dissertation befasst sich mit angewandten Analysen von paläosaisonalen Zeitreihen. Eine Literaturauswertung verbreiteter und potentiell vielversprechender Zeitreihenanalysemethoden zeigt auf, dass es eine Vielzahl solcher Methoden gibt, deren adäquate Anwendung aber Anpassungen an Klimaarchiv-spezifische Grenzen und Probleme sowie eine Zusammenführung interdisziplinärer Fähigkeiten erfordert. Daraufhin untersuchen wir an einem Stalagmiten gemessene Proxydaten aus der zentralen Pazifikregion als ein natürliches Archiv für potentielle Veränderungen der El Niño-Southern Oscillation (ENSO) währen des mittleren Holozäns. Die bemerkenswert hohe zeitliche Auflösung der Proxy-Zeitreihen erlaubt es uns, Verbindungen zwischen der Ausprägung der ENSO und saisonalen Zyklen herzustellen, wobei wir erneut Gebrauch von der RA machen. Die letzte Publikation in dieser Arbeit untersucht, in wie fern die Vorhersagbarkeit saisonaler Veränderungen eine Rolle für die Stabilität von Gesellschaften spielen könnte, deren Nahrungsversorgung auf Landwirtschaft beruht. Die klassische Maya-Zivilisation erlitt zwischen 750-950 CE eine drastische Fragmentierung urbaner Zentren, die mit regionalen Dürren in Verbindung gebracht werden. Auf Grundlage von saisonal-aufgelösten Proxydaten aus der Yok Balum Höhle in Belize, definieren wir ein quantitatives Maß für saisonale Vorhersagbarkeit. Dies erlaubt Schlussfolgerungen über die potentielle Rolle, die ein Verlust saisonaler Vorhersagbarkeit für die sich destablisierenden agrarwirtschaftlichen und soziopolitischen Systeme der Maya gehabt haben könnte. Die methodischen Ansätze und Anwendungen in dieser Arbeit zeigen vielseitige, spannende Forschungsfragen für zukünftige Untersuchungen in der RA und Paläosaisonalität auf. KW - recurrence analysis KW - palaeoclimate KW - seasonality KW - nonlinear time series analysis KW - self-similarity KW - regime shifts KW - climate impact research KW - Klimafolgenforschung KW - nichtlineare Zeitreihenanalyse KW - Paläoklima KW - Rekurrenzanalyse KW - abrupte Übergänge KW - Selbstähnlichkeit Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-586900 ER -