TY - THES A1 - Stoll, Andreas T1 - Advanced spectroscopic instruments enabled by integrated optics N2 - The aim of this work is the study of silica Arrayed Waveguide Gratings (AWGs) in the context of applications in astronomy. The specific focus lies on the investigation of the feasibility and technology limits of customized silica AWG devices for high resolution near-infrared spectroscopy. In a series of theoretical and experimental studies, AWG devices of varying geometry, foot-print and spectral resolution are constructed, simulated using a combination of a numerical beam propagation method and Fraunhofer diffraction and fabricated devices are characterized with respect to transmission efficiency, spectral resolution and polarization sensitivity. The impact of effective index non-uniformities on the performance of high-resolution AWG devices is studied numerically. Characterization results of fabricated devices are used to extrapolate the technology limits of the silica platform. The important issues of waveguide birefringence and defocus aberration are discussed theoretically and addressed experimentally by selection of an appropriate aberration-minimizing anastigmatic AWG layout structure. The drawbacks of the anastigmatic AWG geometry are discussed theoretically. From the results of the experimental studies, it is concluded that fabrication-related phase errors and waveguide birefringence are the primary limiting factors for the growth of AWG spectral resolution. It is shown that, without post-processing, the spectral resolving power is phase-error-limited to R < 40, 000 and, in the case of unpolarized light, birefringence-limited to R < 30, 000 in the AWG devices presented in this work. Necessary measures, such as special waveguide geometries and post-fabrication phase error correction are proposed for future designs. The elimination of defocus aberration using an anastigmatic AWG geometry is successfully demonstrated in experiment. Finally, a novel, non-planar dispersive in-fibre waveguide structure is proposed, discussed and studied theoretically. N2 - Das Ziel der vorliegenden Arbeit ist die Untersuchung von Arrayed Waveguide Gratings (AWGs) auf SiO2-Basis im Kontext von Anwendungen in der Astronomie. Der besondere Fokus liegt auf der Untersuchung der Machbarkeit und der technologischen Grenzen von spezialisierten AWGs für die hochauflösende Nahinfrarot-Spektroskopie. In einer Reihe von theoretischen und experimentellen Studien werden AWGs unterschiedlicher Geometrie, Größe und spektraler Auflösung konstruiert, unter Verwendung einer numerischen Beam-Propagation-Methode (BPM) und Fraunhofer-Beugung simuliert und hinsichtlich Effizienz, spektraler Auflösung und Polarisationsempfindlichkeit charakterisiert. Der Einfluss von Variationen des effektiven Brechungsindex auf die Leistung von hochauflösenden AWGs wird numerisch untersucht. Mit hergestellten AWGs gewonnene Messergebnisse werden verwendet, um die technologischen Grenzen der SiO2-Plattform zu extrapolieren. Die relevanten Probleme der Polarisationsempfindlichkeit und der in kanonischen Rowland-Geometrien auftretenden Defokusaberration werden theoretisch diskutiert und experimentell durch die Auswahl einer geeigneten aberrationsminimierenden AWG-Struktur angegangen. Die Nachteile anastigmatischer AWGs werden theoretisch diskutiert. Aus den Ergebnissen der experimentellen Studien wird geschlossen, dass herstellungsbedingte Phasenfehler und Wellenleiter-Doppelbrechung die primären begrenzenden Faktoren für die Erhöhung der AWG-Spektralauflösung sind. Es wird gezeigt, dass das spektrale Auflösungsvermögen der in dieser Arbeit präsentierten AWGs ohne Phasenfehlerkorrektur auf R < 40, 000 und durch Doppelbrechung auf R < 30, 000 im Fall unpolarisierten Lichtes begrenzt ist. Notwendige Maßnahmen wie spezielle Wellenleitergeometrien und Phasenfehlerkorrektur nach der Herstellung werden für zukünftige AWG-Designs empfohlen. Die Eliminierung von Defokussierungsfehlern unter Verwendung einer anastigmatischen AWG-Geometrie wird erfolgreich im Experiment demonstriert. Schließlich wird eine neuartige, in eine optische Faser eingebettete, nicht-planare dispersive Wellenleiterstruktur vorgeschlagen, diskutiert und theoretisch untersucht. KW - Astrophotonics KW - Integrated spectrograph KW - planar lightwave circuit KW - arrayed waveguide grating KW - silica-on-silicon KW - Astrophotonik KW - integrierter Spektrograph KW - planare Lichtwellenleiter KW - Siliziumdioxid-auf-Silizium Y1 - 2022 ER - TY - THES A1 - Weikl, Thomas R. T1 - Adhäsion von mehrkomponentigen Membranen Y1 - 1999 CY - Potsdam ER - TY - THES A1 - Papastavrou, Georg T1 - Adhäsion und Reibung molekularer definierter Oberflächen Y1 - 2000 ER - TY - THES A1 - Kraus, Martin T1 - Adhäsion und Dynamik von Vesikeln in äußeren Feldern Y1 - 1996 ER - TY - THES A1 - Eckert, Sebastian T1 - Accessing active sites of molecular proton dynamics N2 - The unceasing impact of intense sunlight on earth constitutes a continuous source of energy fueling countless natural processes. On a molecular level, the energy contained in the electromagnetic radiation is transferred through photochemical processes into chemical or thermal energy. In the course of such processes, photo-excitations promote molecules into thermally inaccessible excited states. This induces adaptations of their molecular geometry according to the properties of the excited state. Decay processes towards energetically lower lying states in transient molecular geometries result in the formation of excited state relaxation pathways. The photo-chemical relaxation mechanisms depend on the studied system itself, the interactions with its chemical environment and the character of the involved states. This thesis focuses on systems in which photo-induced deprotonation processes occur at specific atomic sites. To detect these excited-state proton dynamics at the affected atoms, a local probe of molecular electronic structure is required. Therefore, site-selective and orbital-specific K-edge soft X-ray spectroscopy techniques are used here to detect photo-induced proton dynamics in gaseous and liquid sample environments. The protonation of nitrogen (N) sites in organic molecules and the oxygen (O) atom in the water molecule are probed locally through transitions between 1s orbitals and the p-derived molecular valence electronic structure. The used techniques are X-ray absorption spectroscopy (XAS) and resonant inelastic X-ray scattering (RIXS). Both yield access to the unoccupied local valence electronic structure, whereas the latter additionally probes occupied states. We apply these probes in optical pump X-ray probe experiments to investigate valence excited-state proton transfer capabilities of aqueous 2-thiopyridone. A characteristic shift of N K-edge X-ray absorption resonances as well as a distinct X-ray emission line are established by us as spectral fingerprints of N deprotonation in the system. We utilize them to identify photo-induced N deprotonation of 2-thiopyridone on femtosecond timescales, in optical pump N K-edge RIXS probe measurements. We further establish excited state proton transfer mechanisms on picosecond and nanosecond timescales along the dominant relaxation pathways of 2-thiopyridone using transient N K-edge XAS. Despite being an excellent probe mechanism for valence excited-state proton dynamics, the K-edge core-excitation itself also disturbs the electronic structure at specific sites of a molecule. The rapid reaction of protons to 1s photo-excitations can yield directional structural distortions within the femtosecond core-excited state lifetime. These directional proton dynamics can change the energetic separation of eigenstates of the system and alter probabilities for radiative decay between them. Both effects yield spectral signatures of the dynamics in RIXS spectra. Using these signatures of RIXS transitions into electronically excited states, we investigate proton dynamics induced by N K-edge excitation in the amino-acid histidine. The minor core-excited state dynamics of histidine in basic and neutral chemical environments allow us to establish XAS and RIXS spectral signatures of different N protonation states at its imidazole N sites. Based on these signatures, we identify an excitation-site-independent N-H dissociation for N K-edge excitation under acidic conditions. Such directional structural deformations, induced by core-excitations, also make proton dynamics in electronic ground states accessible through RIXS transitions into vibrationally excited states. In that context, we interpret high resolution RIXS spectra of the water molecule for three O K-edge resonances based on quantum-chemical wave packet propagation simulations. We show that highly oriented ground state vibrational modes of coupled nuclear motion can be populated through RIXS processes by preparation of core-excited state nuclear wave packets with the same directionality. Based on that, we analytically derive the possibility to extract one-dimensional directional cuts through potential energy surfaces of molecular systems from the corresponding RIXS spectra. We further verify this concept through the extraction of the gas-phase water ground state potential along three coordinates from experimental data in comparison to quantum-chemical simulations of the potential energy surface. This thesis also contains contributions to instrumentation development for investigations of photo-induced molecular dynamics at high brilliance X-ray light sources. We characterize the setup used for the transient valence-excited state XAS measurements of 2-thiopyridone. Therein, a sub-micrometer thin liquid sample environment is established employing in-vacuum flat-jet technology, which enables a transmission experimental geometry. In combination with a MHz-laser system, we achieve a high detection sensitivity for photo-induced X-ray absorption changes. Additionally, we present conceptual improvements for temporal X-ray optical cross-correlation techniques based on transient changes of multilayer optical properties, which are crucial for the realization of femtosecond time-resolved studies at synchrotrons and free-electron lasers. N2 - Die stetige Bestrahlung der Erde mit intensivem Sonnenlicht stellt einen permanente Energiequelle dar, die zahllose natürliche Prozesse antreibt. Auf molekularer Ebene wird die Energie der elektromagnetischen Strahlung durch photochemische Prozesse in chemische und thermische Energie umgewandelt. Während dieser Prozesse werden thermisch nicht erreichbare angeregte Zustände von Molekülen durch Photoanregungen bevölkert. Dies führt zu Änderungen der Molekülgeometrie, die abhängig von den Eigenschaften der angeregten Zustände sind. Zerfallsprozesse in energetisch tieferliegende Zustände in transienten Molekülgeometrien führen zur Ausbildung von Relaxationspfaden angeregter Zustände. Die Relaxationsmechanismen sind dabei abhängig vom untersuchten System selbst, den Wechselwirkungen mit seiner chemischen Umgebung und den Eigenschaften der beteiligten angeregten Zustände. In dieser Arbeit werden Systeme untersucht, in denen die Protonierung bestimmter Atome im Molekül durch eine Photoanregung geändert werden kann. Um Protonendynamik an den betreffenden Atomen zu untersuchen, wird ein lokaler Zugang zur elektronischen Struktur des Moleküls benötigt. Daher wird in dieser Arbeit K-Kanten Weichröntgenspektroskopie genutzt, um photo-induzierte Protonendynamik in gasförmigen und flüssigen Proben zu untersuchen. Zusätzlich zur Selektivität bzgl. des Elements und des chemischen Zustands des betreffenden Atoms bietet diese Zugang zum Charakter und zur Lokalisierung der bindungsformenden Valenzorbitale. Die Protonierung von Stickstoffatomen (N) in organischen Systemen und die des Sauerstoffatoms (O) im Wassermolekül wird dabei durch Übergänge zwischen stark lokalisierten 1s- und Valenzorbitalen mit 2p-Charakter detektiert. Die verwendeten Spektroskopiemethoden Röntgenabsorption (engl. X-ray absorption spectroscopy, XAS) und resonate inelastische Röntgenstreuung (engl. resonant inelastic X-ray scattering, RIXS) bieten dabei einen lokalen Zugang zur unbesetzten bzw. im Fall von RIXS auch zur besetzten elektronischen Struktur der untersuchten Moleküle. Mit Hilfe der genannten Methoden haben wir in zeitaufgelösten Anrege-Abfrage (engl. pump-probe) Experimenten durch Valenzanregungen induzierte Protonentransfer-Prozesse (engl. excited state proton transfer, ESPT) des Moleküls 2-Thiopyridon in wässriger Lösung untersucht. Eine Verschiebung der N K-Kanten Röntgenabsorptionsresonanzen, sowie eine charakteristische Röntgenemissionslinie werden von uns als spektrale Signaturen einer N Deprotonierung des Systems etabliert. Eine potenzielle photo-induzierte N Deprotonierung des Moleküls wird anhand dieser Signaturen auf femtosekunden Zeitskalen über zeitaufgelöste N K-Kanten RIXS Messungen identifiziert. Protonentransfer-Mechanismen auf Pico- und Nanosekunden Zeitskalen entlang der dominanten Relaxationspfade des Systems werden mit zeitaufgelöstem N K-Kanten XAS untersucht. K-Kanten Rumpfanregungen eignen sich nicht nur ideal zur Detektion von Protonendynamik in valenzangeregten Zuständen, da die Rumpfanregungen selbst auch eine lokalisierte Störung der elektronischen Struktur darstellen. Vor allem die Reaktion von Protonen auf diese Störung innerhalb der 1s Rumpfloch-Lebensdauer von wenigen Femtosekunden kann zu einer gerichteten Verzerrung der Molekülstruktur führen. Die damit verbundenen Änderungen von Übergangsenergien und -wahrscheinlichkeiten sind als Signaturen dieser gerichteten Protonendynamik in RIXS Spektren zugänglich. Anhand von RIXS Übergängen in elektronisch angeregte Zustände untersuchen wir Protonendynamik, die durch N K-Kanten Anregungen an den N Atomen im Imidazolring der Aminosäure Histidin induziert wird. Die schwache Dynamik in basischen und neutralen wässrigen Lösungen erlauben es uns, die Protonierung dieser N Atome mit charakteristischen spektralen Signaturen zu korrelieren. Mit Hilfe dieser Signaturen identifizieren wir eine durch K-Kanten Anregung verursachte N-H Dissoziation in saurer Lösung. Dieser Prozess ist unabhängig davon, an welchem der N Atome des Imidazolrings die Rumpfanregung lokalisiert ist. Solche, durch Rumpfanregungen verursachten, gerichteten Verzerrungen der Molekülstruktur ermöglichen einen Zugang zu Protonendynamik im elektronischen Grundzustand über RIXS Prozesse in dessen vibrationsangeregte Zustände. In diesem Zusammenhang vergleichen wir hochaufgelöste O K-Kanten RIXS Spektren des Wassermoleküls in der Gasphase mit quantenchemischen Simulationen zur Wellenpaketpropagation in den rumpfangeregten Zuständen. Dabei wird deutlich, dass die gerichtete Verzerrung der Molekülstruktur im rumpfangeregten Zustand eine Bevölkerung von Vibrationsmoden des Grundzustandes mit der gleichen Ausrichtung durch den RIXS Prozess verursacht. Anhand dieser Ergebnisse leiten wir ab, unter welchen Bedingungen eine Extraktion eindimensionaler Querschnitte der Potentialfläche des Grundzustandes aus den entsprechenden RIXS Spektren möglich ist. Wir verifizieren diese Methode anhand der Extraktion der Grundzustandspotentialfläche des Wassermoleküls entlang drei unterschiedlicher Richtungen im Vergleich zu den quantenchemischen Rechnungen. Diese Arbeit enthält zudem Beiträge zur Entwicklung von Instrumentierung für Untersuchungen valenzangeregter Moleküldynamik an Röntgenquellen mit hoher Brillianz. Der experimentelle Aufbau, der für die zeitaufgelösten XAS Messungen an 2-Thiopyridon verwendet wurde, wird vorgestellt. Ein sub-Mikrometer dünner Flüssigkeitsflachstrahl erlaubt dabei Messungen in einer Transmissionsgeometrie. In Kombination mit einem MHz-Lasersystem können transiente Absorptionsänderungen effizient detektiert werden. Zudem präsentieren wir Konzepte zur zeitlichen Korrelation von Röntgen- und optischen Lichtpulsen, basierend auf Änderungen der optischen Eigenschaften von Dünnschichtsystemen, die essenziell für Studien transienter Prozesse an Synchrotrons und Freie-Elektronen Lasern mit Femtosekunden Zeitauflösung sind. KW - molecular proton dynamics KW - Protonendynamik molekularer Systeme KW - K-edge soft X-ray spectroscopy KW - K-Kanten Weichröntgenspektroskopie KW - excited state proton transfer KW - Protonentransfer in angeregten Zuständen KW - core-excited state dynamics KW - Dynamik in rumpfangeregten Zuständen KW - optical pump - X-ray probe spectroscopy KW - Kurzzeitspektroskopie mit optischer Anregung und Röntgendetektion Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-425870 ER - TY - THES A1 - Sokolova, Elena T1 - A Study of large-scale Atmospheric Dynamics on the Basic of NCEP Data and AOGCM Simulations Y1 - 2006 CY - Potsdam ER - TY - THES A1 - Marx, Robert T1 - A quantitative model of spatial correlations in parametric down conversion for investigating complementarity at a double slit Y1 - 2016 ER - TY - THES A1 - Oskinova, Lidia M. T1 - A new understanding of the structured winds from massive stars : the implications for their X-ray emission, mass-loss diagnostics, and feedback Y1 - 2012 CY - Potsdam ER - TY - THES A1 - Merlo, Claudia T1 - A model of protein folding kinetics Y1 - 2007 CY - Potsdam ER - TY - THES A1 - Albrecht, Torsten T1 - A dynamic memory of fracture processes in ice shelves Y1 - 2013 CY - Potsdam ER - TY - THES A1 - Colpan Zenginoglu, Anil T1 - A conformal approach to numerical calculations of asymptotically flat spacetimes Y1 - 2007 CY - Potsdam ER - TY - THES A1 - Becker, Thomas T1 - 3D-Spektroskopie hintergrundkontaminierter Einzelobjekte in Galaxien der lokalen Gruppe Y1 - 2001 ER - TY - THES A1 - Ehrig, Sebastian T1 - 3D curvature and its role on tissue organization N2 - Shape change is a fundamental process occurring in biological tissues during embryonic development and regeneration of tissues and organs. This process is regulated by cells that are constrained within a complex environment of biochemical and physical cues. The spatial constraint due to geometry has a determining role on tissue mechanics and the spatial distribution of force patterns that, in turn, influences the organization of the tissue structure. An understanding of the underlying principles of tissue organization may have wide consequences for the understanding of healing processes and the development of organs and, as such, is of fundamental interest for the tissue engineering community. This thesis aims to further our understanding of how the collective behaviour of cells is influenced by the 3D geometry of the environment. Previous research studying the role of geometry on tissue growth has mainly focused either on flat surfaces or on substrates where at least one of the principal curvatures is zero. In the present work, tissue growth from MC3T3-E1 pre-osteoblasts was investigated on surfaces of controlled mean curvature. One key aspect of this thesis was the development of substrates of controlled mean curvature and their visualization in 3D. It was demonstrated that substrates of controlled mean curvature suitable for cell culture can be fabricated using liquid polymers and surface tension effects. Using these substrates, it was shown that the mean surface curvature has a strong impact on the rate of tissue growth and on the organization of the tissue structure. It was thereby not only demonstrated that the amount of tissue produced (i.e. growth rates) by the cells depends on the mean curvature of the substrate but also that the tissue surface behaves like a viscous fluid with an equilibrium shape governed by the Laplace-Young-law. It was observed that more tissue was formed on highly concave surfaces compared to flat or convex surfaces. Motivated by these observations, an analytical model was developed, where the rate of tissue growth is a function of the mean curvature, which could successfully describe the growth kinetics. This model was also able to reproduce the growth kinetics of previous experiments where tissues have been cultured in straight-sided prismatic pores. A second part of this thesis focuses on the tissue structure, which influences the mechanical properties of the mature bone tissue. Since the extracellular matrix is produced by the cells, the cell orientation has a strong impact on the direction of the tissue fibres. In addition, it was recently shown that some cell types exhibit collective alignment similar to liquid crystals. Based on this observation, a computational model of self-propelled active particles was developed to explore in an abstract manner how the collective behaviour of cells is influenced by 3D curvature. It was demonstrated that the 3D curvature has a strong impact on the self-organization of active particles and gives, therefore, first insights into the principles of self-organization of cells on curved surfaces. N2 - Formänderung ist ein fundamentaler Vorgang während der embryonalen Entwicklung und der Regeneration von Geweben und Organen. Dieser Prozess wird von Zellen reguliert die in einer komplexen Umgebung von biochemischen und physikalischen Signalen eingebettet sind. Die räumliche Begrenzung der Zellen führt dabei zu Unterschieden in der Gewebemechanik und der räumlichen Verteilung von Kräften und hat damit einen Einfluss auf die Organisation der Gewebestruktur. Ein Verständnis der Organisationsprozesse von Geweben hat weitreichende Konsequenzen im Hinblick auf das Verständnis von Heilungsprozessen und der Entwicklung von Organen bis hin zu medizinischen Anwendungen wie der Entwicklung von Implantaten. Die vorliegende Arbeit zielt auf ein besseres Verständnis wie das kollektive Verhalten von Gewebezellen von der dreidimensionalen Krümmung der Umgebung beeinflusst wird. Die bisherige Forschung war bislang limitiert auf flache Oberflächen oder auf Substrate in denen zumindest eine der beiden Hauptkrümmungen Null ist. In dieser Arbeit wurde daher das Gewebewachstum von MC3T3-E1 Pre-Osteoblasten auf Oberflächen mit konstanter mittlerer Krümmung studiert. Ein wichtiger Teil der Arbeit war die Entwicklung von Substraten mit kontrollierter mittlerer Krümmung und deren Visualisierung in 3D. Es wurde gezeigt, dass sich die Oberflächen- spannung von Polymerlösungen nutzen lässt um eben solche Substrate zu erzeugen. Mit Hilfe dieser Substrate wurde gezeigt, dass die mittlere Krümmung der Oberfläche einen entscheidenden Einfluss auf die Wachstumsrate und die Organisation der Gewebestruktur hat. Es konnte nicht nur gezeigt werden dass die Menge an gebildetem Gewebe von der mittleren Krümmung abhängig ist, sondern auch dass die Oberfläche des Gewebes sich dabei wie eine Flüssigkeit verhält und dem Laplace-Young Gesetz folgt. Es wurde beobachtet dass sich mehr Gewebe auf konkaven als auf flachen oder konvexen Oberflächen gebildet hat. Basierend auf diesen Beobachtungen wurde ein analytisches Modell entwickelt, welches die Wachstumsrate als Funktion der mittleren Krümmung beschreibt und mit Hilfe dessen sich das Gewebewachstum erfolgreich beschreiben lässt. Dieses Modell kann auch die Ergebnisse früherer Arbeiten reproduzieren, in denen Gewebe in prismatischen Poren kultiviert wurden. Ein weiterer Teil der Arbeit befasste sich mit der Struktur des Gewebes, welche einen Einfluss auf die späteren mechanischen Eigenschaften des maturierten Knochengewebes hat. Da die extrazelluläre Matrix des Gewebes von den Zellen gebildet wird, hat die Orientierung der Zellen einen entscheidenden Einfluss auf die Ausrichtung der Gewebefasern. Außerdem wurde vor kurzem gezeigt, dass sich manche Zellen wie Flüssigkristalle anordnen können. Basierend auf dieser Beobachtung wurde ein Computermodell aktiver Partikel entwickelt, mit dessen Hilfe sich der Einfluss des kollektiven Verhaltens der Zellen auf dreidimensional gekrümmten Oberflächen abstrahieren lässt. Es konnte dabei gezeigt werden, dass die dreidimensionale Krümmung einen entscheidenden Einfluss auf die Selbstorganisation dieser Partikel hat und gibt damit erste Einblicke in ein mögliches Organisationsverhalten von Zellen auf 3D Oberflächen. KW - biophysics KW - tissue engineering KW - mechanobiology Y1 - 2017 ER - TY - THES A1 - von Rekowski, Matthias T1 - 2D-Akkretionsscheibenmodelle mit dynamoerregten Magnetfeldern Y1 - 1999 CY - Potsdam ER -