TY  - GEN
A1  - Couto, Rafael C.
A1  - Cruz, Vinicius V.
A1  - Ertan, Emelie
A1  - Eckert, Sebastian
A1  - Fondell, Mattis
A1  - Dantz, Marcus
A1  - Kennedy, Brian
A1  - Schmitt, Thorsten
A1  - Pietzsch, Annette
A1  - Guimarães, Freddy F.
A1  - Ågren, Hans
A1  - Gel’mukhanov, Faris
A1  - Odelius, Michael
A1  - Kimberg, Victor
A1  - Föhlisch, Alexander
T1  - Selective gating to vibrational modes through resonant X-ray scattering
T2  - Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe
N2  - The dynamics of fragmentation and vibration of molecular systems with a large number of coupled degrees of freedom are key aspects for understanding chemical reactivity and properties. Here we present a resonant inelastic X-ray scattering (RIXS) study to show how it is possible to break down such a complex multidimensional problem into elementary components. Local multimode nuclear wave packets created by X-ray excitation to different core-excited potential energy surfaces (PESs) will act as spatial gates to selectively probe the particular ground-state vibrational modes and, hence, the PES along these modes. We demonstrate this principle by combining ultra-high resolution RIXS measurements for gas-phase water with state-of-the-art simulations.
T3  - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 1124 
KW  - potential-energy surface
KW  - raman-scattering
KW  - water-vapor
KW  - spectroscopy
KW  - chemistry
KW  - molecule
KW  - spectrum
KW  - CM(-1)
KW  - states
KW  - NM
Y1  - 2021
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-436926
SN  - 1866-8372
IS  - 1124
ER  - 
TY  - GEN
A1  - Eckert, Sebastian
A1  - Norell, Jesper
A1  - Miedema, Piter S.
A1  - Beye, Martin
A1  - Fondell, Mattis
A1  - Quevedo, Wilson
A1  - Kennedy, Brian
A1  - Hantschmann, Markus
A1  - Pietzsch, Annette
A1  - van Kuiken, Benjamin E.
A1  - Ross, Matthew
A1  - Minitti, Michael P.
A1  - Moeller, Stefan P.
A1  - Schlotter, William F.
A1  - Khalil, Munira
A1  - Odelius, Michael
A1  - Föhlisch, Alexander
T1  - Untersuchung unabhängiger N‐H‐ und N‐C‐Bindungsverformungen auf ultrakurzen Zeitskalen mit resonanter inelastischer Röntgenstreuung
T2  - Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe
N2  - Die Femtosekundendynamik nach resonanten Photoanregungen mit optischen und Röntgenpulsen ermöglicht eine selektive Verformung von chemischen N‐H‐ und N‐C‐Bindungen in 2‐Thiopyridon in wässriger Lösung. Die Untersuchung der orbitalspezifischen elektronischen Struktur und ihrer Dynamik auf ultrakurzen Zeitskalen mit resonanter inelastischer Röntgenstreuung an der N1s‐Resonanz am Synchrotron und dem Freie‐Elektronen‐Laser LCLS in Kombination mit quantenchemischen Multikonfigurationsberechnungen erbringen den direkten Nachweis dieser kontrollierten photoinduzierten Molekülverformungen und ihrer ultrakurzen Zeitskala.
T3  - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 1121 
KW  - Photochemie
KW  - Protonierung
KW  - RIXS (resonante inelastische Röntgenstreuung)
KW  - Selektiver Bindungsbruch
KW  - Stickstoff
Y1  - 2021
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-436688
SN  - 1866-8372
IS  - 1121
ER  - 
TY  - GEN
A1  - Eckert, Sebastian
A1  - Norell, Jesper
A1  - Miedema, Piter S.
A1  - Beye, Martin
A1  - Fondell, Mattis
A1  - Quevedo, Wilson
A1  - Kennedy, Brian
A1  - Hantschmann, Markus
A1  - Pietzsch, Annette
A1  - van Kuiken, Benjamin E.
A1  - Ross, Matthew
A1  - Minitti, Michael P.
A1  - Moeller, Stefan P.
A1  - Schlotter, William F.
A1  - Khalil, Munira
A1  - Odelius, Michael
A1  - Föhlisch, Alexander
T1  - Ultrafast Independent N-H and N-C Bond Deformation Investigated with Resonant Inelastic X-Ray Scattering
T2  - Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe
N2  - The femtosecond excited-state dynamics following resonant photoexcitation enable the selective deformation of N-H and N-C chemical bonds in 2-thiopyridone in aqueous solution with optical or X-ray pulses. In combination with multiconfigurational quantum-chemical calculations, the orbital-specific electronic structure and its ultrafast dynamics accessed with resonant inelastic X-ray scattering at the N 1s level using synchrotron radiation and the soft X-ray free-electron laser LCLS provide direct evidence for this controlled photoinduced molecular deformation and its ultrashort time-scale.
T3  - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 1115 
KW  - nitrogen
KW  - photochemistry
KW  - protonation
KW  - RIXS (resonant inelastic X-ray scattering)
KW  - selective bond cleavage
Y1  - 2021
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-436873
SN  - 1866-8372
IS  - 1115
ER  - 
TY  - THES
A1  - Bekeraitė, Simona
T1  - Distribution functions of rotating galaxies
T1  - Verteilungsfunktionen rotierender Galaxien
BT  - an Integral Field Spectroscopy perspective
BT  - eine Perspektive der Integrale-Feld-Spektroskopie
N2  - The work done during the PhD studies has been focused on measurements of distribution functions of rotating galaxies using integral field spectroscopy observations. 

Throughout the main body of research presented here we have been using CALIFA (Calar Alto Legacy Integral Field Area) survey stellar velocity fields to obtain robust measurements of circular velocities for rotating galaxies of all morphological types. A crucial part of the work was enabled by well-defined CALIFA sample selection criteria: it enabled reconstructing sample-independent distributions of galaxy properties.

In Chapter 2, we measure the distribution in absolute magnitude - circular velocity space for a well-defined sample of 199 rotating CALIFA galaxies using their stellar kinematics. Our aim in this analysis is to avoid subjective selection criteria and to take volume and large-scale structure factors into account. Using stellar velocity fields instead of gas emission line kinematics allows including rapidly rotating early type galaxies. Our initial sample contains 277 galaxies with available stellar velocity fields and growth curve r-band photometry. After rejecting 51 velocity fields that could not be modelled due to the low number of bins, foreground contamination or significant interaction we perform Markov Chain Monte Carlo (MCMC) modelling of the velocity fields, obtaining the rotation curve and kinematic parameters and their realistic uncertainties. We perform an extinction correction and calculate the circular velocity v_circ accounting for pressure support a given galaxy has. The resulting galaxy distribution on the M_r - v_circ plane is then modelled as a mixture of two distinct populations, allowing robust and reproducible rejection of outliers, a significant fraction of which are slow rotators. The selection effects are understood well enough that the incompleteness of the sample can be corrected and the 199 galaxies can be weighted by volume and large-scale structure factors enabling us to fit a volume-corrected Tully-Fisher relation (TFR). More importantly, we also provide the volume-corrected distribution of galaxies in the M_r - v_circ plane, which can be compared with cosmological simulations. The joint distribution of the luminosity and circular velocity space densities, representative over the range of -20 > M_r > -22 mag, can place more stringent constraints on the galaxy formation and evolution scenarios than linear TFR fit parameters or the luminosity function alone.

In Chapter 3, we measure one of the marginal distributions of the M_r - v_circ distribution: the circular velocity function of rotating galaxies. The velocity function is a fundamental observable statistic of the galaxy population, being of a similar importance as the luminosity function, but much more difficult to measure. We present the first directly measured circular velocity function that is representative between 60 < v_circ < 320 km s^-1 for galaxies of all morphological types at a given rotation velocity. For the low mass galaxy population 60 < v_circ < 170 km s^-1, we use the HIPASS velocity function. For the massive galaxy population 170 < v_circ < 320 km s^-1, we use stellar circular velocities from CALIFA. The CALIFA velocity function includes homogeneous velocity measurements of both late and early-type rotation-supported galaxies. It has the crucial advantage of not missing gas-poor massive ellipticals that HI surveys are blind to. We show that both velocity functions can be combined in a seamless manner, as their ranges of validity overlap. The resulting observed velocity function is compared to velocity functions derived from cosmological simulations of the z = 0 galaxy population. We find that dark matter-only simulations show a strong mismatch with the observed VF. Hydrodynamic Illustris simulations fare better, but still do not fully reproduce observations.

In Chapter 4, we present some other work done during the PhD studies, namely, a method that improves the precision of specific angular measurements by combining simultaneous Markov Chain Monte Carlo modelling of ionised gas 2D velocity fields and HI linewidths. To test the method we use a sample of 25 galaxies from the Sydney-AAO Multi-object Integral field (SAMI) survey that had matching ALFALFA HI linewidths. Such a method allows constraining the rotation curve both in the inner regions of a galaxy and in its outskirts, leading to increased precision of specific angular momentum measurements. It could be used to further constrain the observed relation between galaxy mass, specific angular momentum and morphology (Obreschkow & Glazebrook 2014).

Mathematical and computational methods are presented in the appendices.
N2  - Die Arbeit, die während dises Promotionsstudiums durchgeführt wurde, konzentrierte sich auf die Messungen von Verteilungsfunktionen rotierender Galaxien, unter Verwendung von integralen Feldspektroskopiebeobachtungen.

Im Rahmen der hier vorgestellten Hauptforschung haben wir CALIFA (Calar Alto Legacy Integral Field Area) mit stellaren Geschwindigkeitsfeldern verwendet, um robuste Messungen von Kreisförmigen Geschwindigkeiten für rotierende Galaxien aller Morphologien zu erhalten. Der entscheidende Teil dieser Arbeit wurde durch wohl definierte CALIFA-Probenselektionskriterien ermöglicht: Es ermöglichte die Rekonstruktion von probenunabhängigen Verteilungen von Galaxieneigenschaften.

In Kapitel 2 messen wir die Verteilung in absoluten Magnituden für eine wohldefinierte Stichprobe von 199 rotierenden CALIFA-Galaxien unter Berücksichtigung ihrer stellaren Kinematik. Die Selektionseffekte sind verstanden genug damit die Unvollständigkeit der Probe korrigiert werden kann und uns ermöglichen eine volumenkorrigierte Tully-Fisher-Relation (TFR) anzupassen. Noch wichtiger ist es, dass wir auch die volumenkorrigierte Verteilung von Galaxien in der Mr -vcirc Ebene bereitstellen, die mit kosmologischen Simulationen verglichen werden können.

In Kapitel 3 messen wir die Kreisgeschwindigkeitsfunktion der rotierenden Galaxien. Die Geschwindigkeitsfunktion ist eine fundamentale, beobachtbare Messgröße der Galaxienpopulationen, welche von ähnlicher Bedeutung ist wie die Helligkeitsfunktion, aber viel schwerer zu messen ist. Wir präsentieren die erste direkt gemessene Kreisgeschwindigkeitsfunktion, die bei einer gegebenen Rotationsgeschwindigkeit zwischen 60 < vcirc < 320 km s ^-1 für Galaxien aller morphologischen Typen repräsentativ ist. Für die Galaxienpopulation mit niedrigen Massen verwenden wir die HIPASSGeschwindigkeitsfunktion. Für die massiven Galaxienpopulationen verwenden wir stellare Kreisgeschwindigkeiten von CALIFA.

Die CALIFA-Geschwindigkeitsfunktion umfasst homogene Geschwindigkeitsmessungen sowohl der späten als auch der frühen Rotations-gestützten Galaxien. Wir zeigen, dass beide Geschwindigkeitsfunktionen nahtlos kombiniert werden können, da sich ihre Gültigkeitsbereiche überschneiden. Die resultierende beobachtete Geschwindigkeitsfunktion wird mit Geschwindigkeitsfunktionen verglichen, die von kosmologischen Simulationen bei lokale Galaxien abgeleitet sind. Wir finden, dass dunkle Materie-Simulationen und hydrodynamische Illustris Simulationen reproduzieren immer noch nicht vollständig die Beobachtungen.

In Kapitel 4 stellen wir einige andere Arbeiten vor, die während der Promotion durchgeführt wurden. Mathematische und rechnerische Methoden werden in den Anhängen dargestellt.
KW  - galaxies: kinematics and dynamics
KW  - Galaxien: Kinematik und Dynamik
KW  - galaxies: statistics
KW  - galaxies: evolution
KW  - Galaxien: Statistiken
KW  - Galaxien: Evolution
Y1  - 2017
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-420950
ER  - 
TY  - GEN
A1  - Schimka, Selina
A1  - Lomadze, Nino
A1  - Rabe, Maren
A1  - Kopyshev, Alexey
A1  - Lehmann, Maren
A1  - von Klitzing, Regine
A1  - Rumyantsev, Artem M.
A1  - Kramarenko, Elena Yu.
A1  - Santer, Svetlana
T1  - Photosensitive microgels containing azobenzene surfactants of different charges
T2  - Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe
N2  - We report on light sensitive microgel particles that can change their volume reversibly in response to illumination with light of different wavelengths. To make the anionic microgels photosensitive we add surfactants with a positively charged polyamine head group and an azobenzene containing tail. Upon illumination, azobenzene undergoes a reversible photo-isomerization reaction from a trans- to a cis-state accompanied by a change in the hydrophobicity of the surfactant. Depending on the isomerization state, the surfactant molecules are either accommodated within the microgel (trans-state) resulting in its shrinkage or desorbed back into water (cis-isomer) letting the microgel swell. We have studied three surfactants differing in the number of amino groups, so that the number of charges of the surfactant head varies between 1 and 3. We have found experimentally and theoretically that the surfactant concentration needed for microgel compaction increases with decreasing number of charges of the head group. Utilization of polyamine azobenzene containing surfactants for the light triggered remote control of the microgel size opens up a possibility for applications of light responsive microgels as drug carriers in biology and medicine.
T3  - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 461 
KW  - ph-responsive microgels
KW  - co-monomer content
KW  - drug-delivery
KW  - photoresponsive surfactants
KW  - metal nanoparticles
KW  - swelling behavior
KW  - temperature
KW  - particles
KW  - collapse
KW  - hydrogels
Y1  - 2018
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-413528
SN  - 1866-8372
IS  - 461
ER  - 
TY  - THES
A1  - Kayser, Markus
T1  - Wechselwirkung der atmosphärischen Grenzschicht mit synoptisch–skaligen Prozessen während der N-ICE2015 Kampagne
N2  - Die Arktis erwärmt sich schneller als der Rest der Erde. Die Auswirkungen manifestieren sich unter Anderem in einer verstärkten Erwärmung der arktischen Grenzschicht. Diese Arbeit befasst sich mit Wechselwirkungen zwischen synoptischen Zyklonen und der arktischen Atmosphäre auf lokalen bis überregionalen Skalen. Ausgangspunkt dafür sind Messdaten und Modellsimulationen für den Zeitraum der N-ICE2015 Expedition, die von Anfang Januar bis Ende Juni 2015 im arktischen Nordatlantiksektor stattgefunden hat.
Anhand von Radiosondenmessungen lassen sich Auswirkungen von synoptischen Zyklonen am deutlichsten im Winter erkennen, da sie durch die Advektion warmer und feuchter Luftmassen in die Arktis den Zustand der Atmosphäre von einem strahlungs-klaren in einen strahlungs-opaken ändern. Obwohl dieser scharfe Kontrast nur im Winter existiert, zeigt die Analyse, dass der integrierte Wasserdampf als Indikator für die Advektion von Luftmassen aus niedrigen Breiten in die Arktis auch im Frühjahr geeignet ist. Neben der Advektion von Luftmassen wird der Einfluss der Zyklonen auf die statische Stabilität charakterisiert. Beim Vergleich der N-ICE2015 Beobachtungen mit der SHEBA Kampagne (1997/1998), die über dickerem Eis stattfand, finden sich trotz der unterschiedlichen Meereisregime Ähnlichkeiten in der statischen Stabilität der Atmosphäre. Die beobachteten Differenzen in der Stabilität lassen sich auf Unterschiede in der synoptischen Aktivität zurückführen. Dies lässt vermuten, dass die dünnere Eisdecke auf saisonalen Zeitskalen nur einen geringen Einfluss auf die thermodynamische Struktur der arktischen Troposphäre besitzt, solange eine dicke Schneeschicht sie bedeckt. Ein weiterer Vergleich mit den parallel zur N-ICE2015 Kampagne gestarteten Radiosonden der AWIPEV Station in Ny-Åesund, Spitzbergen, macht deutlich, dass die synoptischen Zyklonen oberhalb der Orographie auf saisonalen Zeitskalen das Wettergeschehen bestimmen.
Des Weiteren werden für Februar 2015 die Auswirkungen von in der Vertikalen variiertem Nudging auf die Entwicklung der Zyklonen am Beispiel des hydrostatischen regionalen Klimamodells HIRHAM5 untersucht. Es zeigt sich, dass die Unterschiede zwischen den acht Modellsimulationen mit abnehmender Anzahl der genudgten Level zunehmen. Die größten Differenzen resultieren vornehmlich aus dem zeitlichen Versatz der Entwicklung synoptischer Zyklonen. Zur Korrektur des Zeitversatzes der Zykloneninitiierung genügt es bereits, Nudging in den unterstem 250 m der Troposphäre anzuwenden. Daneben findet sich zwischen den genudgten HIRHAM5-Simulation und den in situ Messungen der gleiche positive Temperaturbias, den auch ERA-Interim besitzt. Das freie HIRHAM hingegen reproduziert das positive Ende der N-ICE2015 Temperaturverteilung gut, besitzt aber einen starken negativen Bias, der sehr wahrscheinlich aus einer Unterschätzung des Feuchtegehalts resultiert. An Beispiel einer Zyklone wird gezeigt, dass Nudging Einfluss auf die Lage der Höhentiefs besitzt, die ihrerseits die Zyklonenentwicklung am Boden beeinflussen. Im Weiteren wird mittels eines für kleine Ensemblegrößen geeigneten Varianzmaßes eine statistische Einschätzung der Wirkung des Nudgings auf die Vertikale getroffen. Es wird festgestellt, dass die Ähnlichkeit der Modellsimulationen in der unteren Troposphäre generell höher ist als darüber und in 500 hPa ein lokales Minimum besitzt.
Im letzten Teil der Analyse wird die Wechselwirkung der oberen und unteren Stratosphäre anhand zuvor betrachteter Zyklonen mit Daten der ERA-Interim Reanalyse untersucht. Lage und Ausrichtung des Polarwirbels erzeugten ab Anfang Februar 2015 eine ungewöhnlich große Meridionalkomponente des Tropopausenjets, die Zugbahnen in die zentrale Arktis begünstigte. Am Beispiel einer Zyklone wird die Übereinstimmung der synoptischen Entwicklung mit den theoretischen Annahmen über den abwärts gerichteten Einfluss der Stratosphäre auf die Troposphäre hervorgehoben. Dabei spielt die nicht-lineare Wechselwirkung zwischen der Orographie Grönlands, einer Intrusion stratosphärischer Luft in die Troposphäre sowie einer in Richtung Arktis propagierender Rossby-Welle eine tragende Rolle. Als Indikator dieser Wechselwirkung werden horizontale Signaturen aus abwechselnd aufsteigender und absinkender Luft innerhalb der Troposphäre identifiziert.
N2  - The Arctic warms faster than the rest of the earth. The causes and effects of this arctic amplification are manifested in the arctic atmosphere, especially in the atmospheric boundary layer, which plays a key role in the exchange processes of the atmosphere, ocean and sea ice. This work highlights the importance of synoptic cyclones in the Arctic North Atlantic region. For this purpose, the influence of synoptic cyclones on the Arctic boundary layer as well as their interactions with different regions within the Arctic atmosphere on local to supraregional scales is investigated. The starting point for this are measurement data and model simulations for the period of the NICE2015 expedition, which took place in the Arctic North Atlantic region from early January to late June 2015.
On the basis of radiosonde measurements, the effects of synoptic cyclones are most noticeable in the winter because, by the advection of warm and humid air masses into the Arctic, the condition of the atmosphere changes from a radiative clear to opaquely cloudy. Although this sharp contrast only exists in winter, the analysis shows that integrated water vapor is an indicator for the advection of air masses from low latitudes into the Arctic even in the spring. In addition to the advection of air masses, the influence of cyclones on static stability is characterized. Comparing the N-ICE2015 observations with the SHEBA campaign (1997/1998), which took place over thicker ice, similarities are found in the static stability of the atmosphere despite the different sea ice regimes. The observed differences in stability can be attributed to differences in synoptic activity. A further comparison with the radiosondes of the AWIPEV station in Ny-Åesund, Spitzbergen, which were launched parallel to the N-ICE2015 campaign, shows that synoptic cyclones determine the course of the winter months. In addition, the effects of vertically-varying nudging on the development of cyclones is examined for February 2015 using the hydrostatic regional climate model HIRHAM5. It is shown that the differences between the eight model simulations are increasing with decreasing number of nudged levels. The greatest differences are mainly due to the temporal offset of the development of synoptic cyclones. To correct the time offset of the cyclone initiation, it is sufficient to use nudging in the lowest troposphere. The free HIRHAM reproduces the positive end of the N-ICE2015 temperature distribution well, but has a strong negative bias which most likely results from an under-estimation of the moisture content. An example of a cyclone shows that nudging has an influence on the position of the high altitude lows, which in turn influences cyclone development on the ground. Furthermore, a statistical estimate of the effect of nudging on the vertical is made by means of a variance measure suitable for small ensemble sizes. It is found that the similarity of model simulations in the lower troposphere is generally higher than above and has a local minimum in 500 hPa.
In the last part of the analysis, the interaction of the upper troposphere and the lower stratosphere is investigated with data from the ERA interim reanalysis using previously examined cyclones. The position and orientation of the polar vortex produced an unusually large meridional component of the tropopause jets, which favored passage of low pressure systems into the central Arctic from the beginning of February 2015 onwards. Using a cyclone as an example, the synoptic development is compared with the theoretical assumptions about the downward impact of the stratosphere on the troposphere. The non-linear interaction between Greenland’s orography, an intrusion of stratospheric air into the troposphere, and a Rossby wave propagating in the direction of the Arctic play a key role in the selected time frame. As an indicator of this interaction, horizontal signatures are identified from alternately ascending and descending air within the troposphere.
KW  - arktische Grenzschicht
KW  - Arctic boundary layer
KW  - synoptische Zyklone
KW  - synoptic cyclones
KW  - thermodynamische Struktur
KW  - thermodynamic structure
KW  - regional climate simulations
KW  - regionale Klimasimulationen
KW  - nudging
Y1  - 2017
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-411124
ER  - 
TY  - THES
A1  - Schürmann, Robin Mathis
T1  - Interaction of the potential DNA-radiosensitizer 8-bromoadenine with free and plasmonically generated electrons
T1  - Wechselwikung des potentiellen DNA-Radiosensibilisators 8-Bromoadenin mit freien und plasmonisch erzeugten Elektronen
N2  - In Germany more than 200.000 persons die of cancer every year, which makes it the second most common cause of death. Chemotherapy and radiation therapy are often combined to exploit a supra-additive effect, as some chemotherapeutic agents like halogenated nucleobases sensitize the cancerous tissue to radiation. The radiosensitizing action of certain therapeutic agents can be at least partly assigned to their interaction with secondary low energy electrons (LEEs) that are generated along the track of the ionizing radiation. In the therapy of cancer DNA is an important target, as severe DNA damage like double strand breaks induce the cell death. As there is only a limited number of radiosensitizing agents in clinical practice, which are often strongly cytotoxic, it would be beneficial to get a deeper understanding of the interaction of less toxic potential radiosensitizers with secondary reactive species like LEEs. Beyond that LEEs can be generated by laser illuminated nanoparticles that are applied in photothermal therapy (PTT) of cancer, which is an attempt to treat cancer by an increase of temperature in the cells. However, the application of halogenated nucleobases in PTT has not been taken into account so far. In this thesis the interaction of the potential radiosensitizer 8-bromoadenine (8BrA) with LEEs was studied. In a first step the dissociative electron attachment (DEA) in the gas phase was studied in a crossed electron-molecular beam setup. The main fragmentation pathway was revealed as the cleavage of the C-Br bond. The formation of a stable parent anion was observed for electron energies around 0 eV. Furthermore, DNA origami nanostructures were used as platformed to determine electron induced strand break cross sections of 8BrA sensitized oligonucleotides and the corresponding nonsensitized sequence as a function of the electron energy. In this way the influence of the DEA resonances observed for the free molecules on the DNA strand breaks was examined. As the surrounding medium influences the DEA, pulsed laser illuminated gold nanoparticles (AuNPs) were used as a nanoscale electron source in an aqueous environment. The dissociation of brominated and native nucleobases was tracked with UV-Vis absorption spectroscopy and the generated fragments were identified with surface enhanced Raman scattering (SERS). Beside the electron induced damage, nucleobase analogues are decomposed in the vicinity of the laser illuminatednanoparticles due to the high temperatures. In order to get a deeper understanding of the different dissociation mechanisms, the thermal decomposition of the nucleobases in these systems was studied and the influence of the adsorption kinetics of the molecules was elucidated. In addition to the pulsed laser experiments, a dissociative electron transfer from plasmonically generated ”hot electrons” to 8BrA was observed under low energy continuous wave laser illumination and tracked with SERS. The reaction was studied on AgNPs and AuNPs as a function of the laser intensity and wavelength. On dried samples the dissociation of the molecule was described by fractal like kinetics. In solution, the dissociative electron transfer was observed as well. It turned out that the timescale of the reaction rates were slightly below typical integration times of Raman spectra. In consequence such reactions need to be taken into account in the interpretation of SERS spectra of electrophilic molecules. The findings in this thesis help to understand the interaction of brominated nucleobases with plasmonically generated electrons and free electrons. This might help to evaluate the potential radiosensitizing action of such molecules in cancer radiation therapy and PTT.
N2  - Mit deutschlandweit über 200.000 Todesfällen pro Jahr ist Krebs die zweithäufigste Todesursache. In der Krebstherapie werden häufig Strahlenund Chemotherapie kombiniert, da das Krebsgewebe durch die Gabe bestimmter Chemotherapeutika, z.B. halogenierte Nukleinbasen, gegenüber ionisierender Strahlung sensibilisiert wird. Die Wirkung dieser sogenannten Radiosensibilatoren lässt sich zumindest teilweise auf ihre Wechselwirkung mit niederenergetischen Elektronen zurückführen, welche in hoher Zahl entlang der Trajektorie hochenergetischer Teilchen oder Photonen erzeugt werden. In der Krebstherapie ist die DNA ein wichtiger Angriffspunkt, da schwere DNA-Schäden wie Doppelstrangbrüche zum Zelltod führen können. In der klinischen Praxis ist die Anzahl der eingesetzten meist zytotoxischen Radiosensibilisatoren relativ begrenzt. Zur Verbesserung der bestehenden Therapien durch den Einsatz von Medikamenten mit geringeren Nebenwirkungen, ist es notwendig die Wechselwirkungen zwischen potentiellen Radiosensibilisatoren und reaktiven Sekundärteilchen wie niederenergetischen Elektronen besser zu verstehen. Neben der Strahlentherapie werden niederenergetische Elektronen auch durch Laserbestrahlung von plasmonischen Nanopartikeln erzeugt, welche in der Photothermaltherapie (PTT) Anwendung finden. Die mögliche Anwendung von halogenierten Nukleinbasen zur Verbesserung der Photothermaltherapie ist jedoch bisher noch nicht in Erwägung gezogen worden. Im Rahmen dieser kumulativen Dissertation wird die Wechselwirkung des potentiellen Radiosensibilisators 8-Bromoadenin (8BrA) mit niederenergetischen Elektronen untersucht. Unter Verwendung eines gekreuzten Molekül-Elektronenstrahls wurde in einem ersten Schritt die dissoziative Elektronenanlagerung (DEA) an 8BrA untersucht. Dabei zeigte sich, dass der Hauptzerfallskanal in dem Aufbrechen der C-Br Bindung besteht. Darüberhinausgehend wurde bei der Anlagerung von Elektronen mit einer Energie von 0 eV ein stabiles 8BrA Anion beobachtet. Um den Einfluss der DEA-Resonanzen, die für freie Moleküle in der Gasphase beobachtet wurden, auf die elektroneninduzierten DNA-Strangbrüche zu untersuchen wurden DNA- Origami-Nanostrukturen mit Elektronen bestrahlt. Die DNAOrigami-Strukturen wurden sowohl mit 8BrA modifizierten Oligonukleotiden und der nicht modifizierten Kontrollsequenz bestückt und die Strangbruch Wirkungsquerschnitte in Abhängigkeit von der Elektronenenergie bestimmt. DEA-Prozesse hängen stark von dem umgebenden Medium ab. Aus diesem Grund wurden laserbestrahlte Gold-Nanopartikel (AuNPs) als Elektronenquellen auf der Nanoebene verwendet. Der Zerfall von bromierten und unmodifizierten Nukleinbasen wurde mit UV-Vis-Absorptions-Spektroskopie verfolgt, während die Identifizierung der entstandenen Fragmente über Oberflächenverstärkte Ramanstreuung (SERS) erfolgte. Neben dem elektroneninduzierten Schaden, werden die Nukleinbasen in der Umgebung der AuNPs durch die hohen Temperaturen auch thermisch zersetzt. Um diese verschiedenen Prozesse auseinander halten zu können, wurde die thermische Zersetzung auf den laserbestrahlten AuNPs detailliert untersucht und der Einfluss der Adsorptionskinetik herausgearbeitet. Elektroneninduzierte Reaktionen auf Nanopartikeln finden nicht nur bei Bestrahlung mit intensiven Laser-Pulsen statt. Ein dissoziativer Elektronentransfer auf 8BrA, der zum Aufbrechen der C-Br Bindung führt, konnte ebenfalls während der Bestrahlung mit einem kontinuierlichen Laser geringer Intensität mit SERS beobachtet werden. Mit Hilfe von fraktaler Kinetik konnten dabei die Reaktionen auf getrockneten Proben beschrieben werden. Auf diese Art wurde die Reaktion sowohl auf AuNPs als auch auf AgNPs als Funktion der Laserintensität und -Wellenlänge untersucht. Ebenfalls in Lösung konnte das Auftrennen der C-Br Bindung beobachtet werden, wobei die Zeitskalen der Reaktion ein wenig kürzer als die typischen Integrationszeiten bei Ramanmessungen waren. Aus diesem Grund müssen Dissoziative-ElektronenTransfer- Reaktionen bei der Interpretation von SERS Spektren mit in Betracht gezogen werden. Die Ergebnisse dieser kumulativen Doktorarbeit fördern das Verständnis der Wechselwirkungen zwischen bromierten Nukleinbasen mit freien und plasmonisch erzeugten Elektronen. Dies könnte dabei helfen das Potential von 8BrA als möglicher Radiosensibilisator besser beurteilen zu können.
KW  - DNA damage
KW  - Radiosensitization
KW  - dissociative electron attachment
KW  - nanoparticles
KW  - plasmonic catalysis
KW  - DNA-Schädigung
KW  - dissoziative Elektronen Anlagerung
KW  - Nanopartikel
KW  - plasmonische Katalyse
Y1  - 2018
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-407017
ER  - 
TY  - THES
A1  - Mitzkus, Martin
T1  - Spectroscopic surface brightness fluctuations
T1  - Spektroskopische Flächenhelligkeitsfluktuationen
BT  - probing bright evolved stars in unresolved stellar populations
BT  - Untersuchung von hellen, entwickelten Sternen in unaufgelösten stellaren Populationen
N2  - Galaxies evolve on cosmological timescales and to study this evolution we can either study the stellar populations, tracing the star formation and chemical enrichment, or the dynamics, tracing interactions and mergers of galaxies as well as accretion. In the last decades this field has become one of the most active research areas in modern astrophysics and especially the use of integral field spectrographs furthered our understanding. This work is based on data of NGC 5102 obtained with the panoramic integral field spectrograph MUSE. The data are analysed with two separate and complementary approaches: In the first part, standard methods are used to measure the kinematics and than model the gravitational potential using these exceptionally high-quality data. In the second part I develop the new method of surface brightness fluctuation spectroscopy and quantitatively explore its potential to investigate the bright evolved stellar population. 

Measuring the kinematics of NGC 5102 I discover that this low-luminosity S0 galaxy hosts two counter rotating discs. The more central stellar component co-rotates with the large amount of HI gas. Investigating the populations I find strong central age and metallicity gradients with a younger and more metal rich central population. The spectral resolution of MUSE does not allow to connect these population gradients with the two counter rotating discs. 

The kinematic measurements are modelled with Jeans anisotropic models to infer the gravitational potential of NGC 5102. Under the self-consistent mass-follows-light assumption none of the Jeans models is able to reproduce the observed kinematics. To my knowledge this is the strongest evidence evidence for a dark matter dominated system obtained with this approach so far. Including a Navarro, Frenk & White dark matter halo immediately solves the discrepancies. A very robust result is the logarithmic slope of the total matter density. For this low-mass galaxy I find a value of -1.75 +- 0.04, shallower than an isothermal halo and even shallower than published values for more massive galaxies. This confirms a tentative relation between total mass slope and stellar mass of galaxies.

The Surface Brightness Fluctuation (SBF) method is a well established distance measure, but due to its sensitive to bright stars also used to study evolved stars in unresolved stellar populations. The wide-field spectrograph MUSE offers the possibility to apply this technique for the first time to spectroscopic data. In this thesis I develop the spectroscopic SBF technique and measure the first SBF spectrum of any galaxy. I discuss the challenges for measuring SBF spectra that rise due to the complexity of integral field spectrographs compared to imaging instruments.

Since decades, stellar population models indicate that SBFs in intermediate-to-old stellar systems are dominated by red giant branch and asymptotic giant branch stars. Especially the later carry significant model uncertainties, making these stars a scientifically interesting target. Comparing the NGC 5102 SBF spectrum with stellar spectra I show for the first time that M-type giants cause the fluctuations. Stellar evolution models suggest that also carbon rich thermally pulsating asymptotic giant branch stars should leave a detectable signal in the SBF spectrum. I cannot detect a significant contribution from these stars in the NGC 5102 SBF spectrum. 

I have written a stellar population synthesis tool that predicts for the first time SBF spectra. I compute two sets of population models: based on observed and on theoretical stellar spectra. In comparing the two models I find that the models based on observed spectra predict weaker molecular features. The comparison with the NGC 5102 spectrum reveals that these models are in better agreement with the data.
N2  - Galaxien entwickeln sich auf kosmischen Zeitskalen. Um diese Entwicklung zu untersuchen und zu verstehen benutzen wir zwei verschiedene Methoden: Die Analyse der stellaren Population in Galaxien gibt Auskunft über die Sternentstehungsgeschichte und die Erzeugung von schweren Elementen. Die Analyse der Bewegung der Sterne gibt Auskunft über die dynamische Entwicklung, Interaktionen und Kollisionen von Galaxien, sowie die Akkretion von Gas. Die Untersuchung der Galaxienentwicklung ist in den letzten Jahrzehnten zu einem der wichtigsten Bereiche in der modernen Astrophysik geworden und die Einführung der Integral-Feldspektroskopie hat viel zu unserem heutigen Verständnis beigetragen. 

Die Grundlage dieser Arbeit bilden Spektren von der Galaxie NGC 5102. Die Spektren wurden mit dem Integral-Feldspektrographen MUSE aufgenommen, welcher sich durch ein groß es Gesichtsfeld auszeichnet. Die Daten werden mit zwei unterschiedlichen und sich ergänzenden Methoden analysiert: Im ersten Teil der Arbeit benutze ich etablierte Methoden um die Bewegung der Sterne zu vermessen und daraus das Gravitationspotential der Galaxie abzuleiten. Dieser Teil der Arbeit profitiert insbesondere von der ausgezeichneten Datenqualität. Im zweiten Teil der Arbeit entwickle ich erstmalig eine Methode für die Datenanalyse zur Extraktion von spektroskopischen Flächenhelligkeitsfluktuationen und quantifiziere deren Potential für die Untersuchung der hellen und entwickelten Sterne in Galaxien. 

Durch die Analyse der Bewegung der Sterne in NGC 5102 habe ich entdeckt, dass diese S0 Galaxie aus zwei entgegengesetzt rotierenden Scheiben besteht. Durch die Kombination von meinen Ergebnissen mit publizierten Messungen der Rotation des HI Gases finde ich, dass dieses in die gleiche Richtung rotiert wie die innere Scheibe. Die Analyse der stellaren Population zeigt starke Gradienten im mittleren Alter und der mittleren Metallizität. Dabei ist die stellare Population im Zentrum jünger und hat eine höhere Metallizität. Die spektrale Auflösung von MUSE reicht nicht aus, um zu untersuchen, ob diese Gradienten in der Population mit den beiden entgegengesetzt rotierenden Scheiben verbunden sind.

Um das Gravitationspotential von NGC 5102 zu untersuchen, modelliere ich die gemessene Kinematik mit anisotropen Jeans Modellen. Keines der Modelle in dem ich annehme, dass die Massenverteilung der Verteilung des Lichts folgt, ist in der Lage die gemessene Kinematik zu reproduzieren. Nach meinem Wissen ist dies der bislang stärkste Hinweis auf Dunkle Materie, der mit dieser Methode in einer einzelnen Galaxie bisher erzielt worden ist. Durch das Hinzufügen einer sphärischen Dunkle Materie Komponente in Form eines Navarro, Frenk & White Halos kann die Diskrepanz zwischen Beobachtung und Modell gelöst werden. Fast modelunabhängig lässt sich die Steigung des logarithmischen Dichteprofils der gesamten (sichtbare und dunkle) Materie messen. In dieser massearmen Galaxie finde ich einen Wert von -1.75 +- 0.04. Diese Steigung ist flacher als die eines isotermen Dichteprofils und noch flacher als die Steigungen die für massereiche Galaxien veröffentlicht wurden. Diese Ergebnisse bestätigen eine bisher nur angedeutete Korrelation zwischen der Steigung des Dichteprofils und der stellaren Masse. 

Flächenhelligkeitsfluktuationen (Surface Brightness Fluctuations, SBF) sind eine etablierte Methode zur Entfernungsbestimmung von Galaxien. SBF werden von den hellsten Sternen in einer Population verursacht und werden daher auch benutzt, um diese Sterne zu untersuchen. MUSE zeichnet sich durch die einmalige Kombination von einem groß en Gesichtsfeld, mit einem guten räumlichen Sampling, und einer spektroskopischen Zerlegung des Lichts über das gesamte Gesichtsfeld aus. Dadurch kann die SBF Methode erstmalig auf Spektren angewendet werden. In dieser Arbeit entwickle ich die Methode der spektroskopischen SBF und messe das erste SBF Spektrum von einer Galaxie. Dabei diskutiere ich insbesondere die Herausforderungen die sich durch die Komplexität von Integral-Feldspektrographen verglichen mit bildgebenden Instrumenten für die SBF Methode ergeben. 

Seit langem sagen stellare Populationsmodelle voraus, dass die SBF in stellaren Populationen, die älter als etwa 0.5 Gyr sind, von Sternen auf dem roten und dem asymptotischen Riesenast erzeugt werden. Dabei ist insbesondere die Modellierung von Sternen des asymptotischen Riesenastes schwierig, weshalb diese wissenschaftlich besonders interessant sind. Der Vergleich des gemessenen SBF Spektrums von NGC 5102 mit Spektren von Riesensternen zeigt, dass das SBF Spektrum von Sternen mit dem Spektraltyp M dominiert wird. Nach allen Standardmodellen der stellaren Entwicklung sollten auch kohlenstoffreiche Riesensterne vom Spektraltyp C im SBF Spektrum sichtbar sein. Zu dem gemessenen SBF Spektrum tragen diese Sterne aber nicht signifikant bei. 

Ich habe eine stellar population synthesis Software geschrieben, die zum ersten Mal auch SBF Spektrenmodelle berechnet. Mit dieser Software habe ich zwei verschiedene Versionen von Modellen berechnet: die eine basiert auf beobachteten Sternspektren, die andere auf theoretischen Modellen von Sternspektren. Die Version der SBF Modellspektren, die auf den beobachteten Sternspektren beruht, zeigt schwächere molekulare Absorptionsbanden. Der Vergleich mit dem SBF Spektrum von NGC 5102 zeigt, dass diese Modelle besser zu den Daten passen.
KW  - galaxy
KW  - kinematics
KW  - stellar population
KW  - Galaxien
KW  - Kinematik
KW  - stellare Population
Y1  - 2017
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-406327
ER  - 
TY  - THES
A1  - Leonhardt, Helmar
T1  - Chemotaxis, shape and adhesion dynamics of amoeboid cells studied by impedance fluctuations in open and confined spaces
T1  - Chemotaxis, Formänderung und Adhäsionsdynamik amöboider Zellen gemessen durch Impedanzfluktuation
N2  - Die vorliegende Arbeit befasst sich mit elektrischen Impedanzmessungen von ameoboiden Zellen auf Mikroelektroden. Der Modellorganismus Dictyostelium discoideum zeigt unter der Bedingung des Nahrungsentzugs einen Übergang zum kollektiven Verhalten, bei dem sich chemotaktische Zellen zu einem multizellulären Aggregat zusammenschliessen. Wir zeigen wie Impedanzaufnahmen über die Dynamik der Zell-substrat Adhäsion ein präzises Bild der Phasen der Aggregation liefern. Darüberhinaus zeigen wir zum ersten mal systematische Einzelzellmessungen von Wildtyp-Zellen und vier Mutanten, die sich in der Stärke der Substratadh äsion unterscheiden. Wir zeichneten die projizierte Zellfläche durch Zeitverlaufsmikroskopie auf und fanden eine Korrelation zwischen den quasi-periodischen Oszillationen in der Kinetik der projizierten Fläche - der Zellform-Oszillation - und dem Langzeittrend des Impedanzsignals. Amoeboidale Motilität offenbart sich typischerweise durch einen Zyklus von Membranausstülpung, Substratadhäsion, Vorwärtsziehen des Zellkörpers und Einziehen des hinteren Teils der Zelle. Dieser Motilitätszyklus resultiert in quasi-periodischen Oszillationen der projizierten Zellfläche und der Impedanz. In allen gemessenen Zelllinien wurden für diesen Zyklus ähnliche Periodendauern beobachtet trotz der Unterschiede in der Anhaftungsstärke. Wir beobachteten, dass die Stärke der Zell-substrat Anhaftung die Impedanz stark beeinflusst, indem die Abweichungen vom Mittelwert (die Grösse der Fluktuationen) vergrössert sind bei Zellen, die die vom Zytoskelett generierten Kräfte effektiv auf das Substrat übertragen. Zum Beispiel sind bei talA- Zellen, in welchen das Actin verankernde Protein Talin fehlt, die Fluktuationen stark reduziert. Einzelzellkraft-Spektroskopie und Ergebnisse eines Ablösungsassays, bei dem Adhäsionskraft gemessen wird indem Zellen einer Scherspannung ausgesetzt werden, bestätigen, dass die Grösse der Impedanz-fluktuationen ein korrektes Mass für die Stärke der Substratadhäsion ist. Schliesslich haben wir uns auch mit dem Einbau von Zell-substrat-Impedanz-Sensoren in mikro-fluidische Apparaturen befasst. Ein chip-basierter elektrischer Chemotaxis Assay wurde entwickelt, der die Geschwindigkeit chemotaktischer Zellen misst, welche entlang eines chemischen Konzentrationsgradienten über Mikroelektroden wandern.
N2  - We present electrical impedance measurements of amoeboid cells on microelectrodes. The model organism Dictyostelium discoideum shows under starvation conditions a transition to collective behavior when chemotactic cells collect in multicellular aggregates. We show how impedance recordings give a precise picture of the stages of aggregation by tracing the dynamics of cell-substrate adhesion. Furthermore, we present for the first time systematic single cell measurements of wild type cells and four mutant strains that differ in their substrate adhesion strength. We recorded the projected cell area by time lapse microscopy and found a correlation between quasi-periodic oscillations in the kinetics of the projected area - the cell shape oscillation - and the long-term trend in the impedance signal. Typically, amoeboid motility advances via a cycle of membrane protrusion, substrate adhesion, traction of the cell body and tail retraction. This motility cycle results in the quasi-periodic oscillations of the projected cell area and the impedance. In all cell lines measured, similar periods were observed for this cycle, despite the differences in attachment strength. We observed that cell-substrate attachment strength strongly affects the impedance in that the deviations from mean (the magnitude of fluctuations) are enhanced in cells that effectively transmit forces, generated by the cytoskeleton, to the substrate. For example, in talA- cells, which lack the actin anchoring protein talin, the fluctuations are strongly reduced. Single cell force spectroscopy and results from a detachment assay, where adhesion is measured by exposing cells to shear stress, confirm that the magnitude of impedance fluctuations is a correct measure for the strength of substrate adhesion. Finally, we also worked on the integration of cell-substrate impedance sensors into microfluidic devices. A chip-based electrical chemotaxis assay is designed which measures the speed of chemotactic cells migrating over microelectrodes along a chemical concentration gradient.
KW  - ECIS
KW  - cell-substrate adhesion
KW  - cell movement
KW  - electrical chemotaxis assay
KW  - ECIS
KW  - Zell-substrat Adhäsion
KW  - Zell Bewegung
KW  - elektrischer Chemotaxis Assy
Y1  - 2017
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-405016
ER  - 
TY  - THES
A1  - Paul, Fabian
T1  - Markov state modeling of binding and conformational changes of proteins
T1  - Markow-Modellierung von Bindung und Konformationsänderungen bei Proteinen
N2  - Proteins are molecules that are essential for life and carry out an enormous number of functions in organisms. To this end, they change their conformation and bind to other molecules. However, the interplay between conformational change and binding is not fully understood. In this work, this interplay is investigated with molecular dynamics (MD) simulations of the protein-peptide system Mdm2-PMI and by analysis of data from relaxation experiments.

The central task it to uncover the binding mechanism, which is described by the sequence of (partial) binding events and conformational change events including their probabilities. In the simplest case, the binding mechanism is described by a two-step model: binding followed by conformational change or conformational change followed by binding. In the general case, longer sequences with multiple conformational changes and partial binding events are possible as well as parallel pathways that differ in their sequences of events. The theory of Markov state models (MSMs) provides the theoretical framework in which all these cases can be modeled. For this purpose, MSMs are estimated in this work from MD data, and rate equation models, which are related to MSMs, are inferred from experimental relaxation data. 

The MD simulation and Markov modeling of the PMI-Mdm2 system shows that PMI and Mdm2 can bind via multiple pathways. A main result of this work is a dissociation rate on the order of one event per second, which was calculated using Markov modeling and is in agreement with experiment. So far, dissociation rates and transition rates of this magnitude have only been calculated with methods that speed up transitions by acting with time-dependent, external forces on the binding partners. The simulation technique developed in this work, in contrast, allows the estimation of dissociation rates from the combination of free energy calculation and direct MD simulation of the fast binding process. Two new statistical estimators TRAM and TRAMMBAR are developed to estimate a MSM from the joint data of both simulation types. 

In addition, a new analysis technique for time-series data from chemical relaxation experiments is developed in this work. It allows to identify one of the above-mentioned two-step mechanisms as the mechanism that underlays the data. The new method is valid for a broader range of concentrations than previous methods and therefore allows to choose the concentrations such that the mechanism can be uniquely identified. It is successfully tested with data for the binding of recoverin to a rhodopsin kinase peptide.
N2  - Proteine sind für das Leben essentielle Moleküle, die eine Vielzahl von Funktionen in Organismen ausüben. Dazu ändern sie ihre Konformation und binden an andere Moleküle. Jedoch ist das Zusammenspiel zwischen Konformationsänderung und Bindung nicht vollständig verstanden. In dieser Arbeit wird dieses Zusammenspiel mit Molekulardynamik-Simulationen (MD) des Protein-Peptid-Systems Mdm2-PMI und mit der Analyse von Daten aus Relaxationsexperimenten untersucht.

Die zentrale Aufgabe ist, den Bindungsmechanismus aufzudecken, welcher durch die Reihenfolge von (partiellen) Bindungsereignissen und Konformationsänderungsereignissen beschrieben wird, inklusive der Wahrscheinlichkeiten dieser Ereignisse. Im einfachsten Fall lässt sich der Bindungsmechanismus durch ein Zwei-Schritt-Modell beschreiben: erst Bindung, dann Konformationsänderung oder erst Konformationsänderung und dann Bindung. Im allgemeinen Fall sind längere Schrittfolgen mit mehreren Konformationsänderungen und partiellen Bindungsereignissen möglich, ebenso wie parallele Wege, die sich in ihrer Schrittfolge unterscheiden. Die Theorie der Markow-Modelle (MSM) bildet den theoretischen Rahmen, in dem alle diese Fälle modelliert werden können. Dazu werden in dieser Arbeit MSMs aus MD-Daten geschätzt und Ratengleichungsmodelle, die mit MSMs verwandt sind, aus experimentellen Relaxationsdaten abgeleitet.

Die MD-Simulation und Markow-Modellierung des PMI-Mdm2-Systems zeigt, dass PMI und Mdm2 auf verschiedenen Wegen binden können. Ein Hauptergebnis dieser Arbeit ist die durch Markow-Modellierung berechnete Dissoziationsrate von der Größenordnung von einem Ereignis pro Sekunde in Übereinstimmung mit experimentellen Daten. Dissoziations- und Übergangsraten in dieser Größenordnung wurden bisher nur mit Methoden berechnet, die Übergänge beschleunigen, indem mit zeitabhängigen, externen Kräften auf die Bindungspartner eingewirkt wird. Die in dieser Arbeit entwickelte Simulationstechnik dagegen erlaubt die Schätzung von Dissoziationsraten aus der Kombination von Freien-Energie-Rechnungen und direkter MD-Simulation des schnellen Bindungsprozesses. Zwei neue statistische Schätzer, TRAM und TRAMMBAR wurden entwickelt um ein MSM aus dem Gesamtdatensatz aus beiden Simulationstypen zu schätzen.

Zudem wird in dieser Arbeit eine neue Analysetechnik für Zeitreihen aus chemischen Relaxationsexperimenten entwickelt. Sie ermöglicht es einen der beiden oben erwähnten Zwei-Schritt-Mechanismen als den den Daten zugrundeliegenden Mechanismus zu identifizieren. Die neue Methode ist für einen größeren Konzentrationsbereich gültig als frühere Methoden und erlaubt es daher, die Konzentrationen so zu wählen, dass der Mechanismus eindeutig identifiziert werden kann. Sie wurde erfolgreich mit Daten für die Bindung von Recoverin an ein Rhodopsinkinasenpeptid getestet.
KW  - protein-protein interaction
KW  - Protein-Protein-Interaktion
KW  - conformational selection
KW  - Konformationsselektion
KW  - induced fit
KW  - induzierte Passform
KW  - Markov state models
KW  - Markowketten
KW  - importance sampling
KW  - protein kinetics
KW  - Proteinkinetik
KW  - stopped-flow
KW  - flussunterbrechende Analyse
Y1  - 2017
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-404273
ER  -