TY - THES A1 - Jing, Yue T1 - Characterization of Serine Carboxypeptidase-like (SCPL) gene family in Brassicaceae Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Temmen, Jens T1 - The Territorialities of U.S. Imperialism(s) BT - Conflicting Discourses of Sovereignty, Jurisdiction and Territory in Nineteenth-Century U.S. Legal Texts and Indigenous Life Writing T2 - American Studies ; 308 N2 - ‘The Territorialities of U.S. Imperialisms’ sets into relation U.S. imperial and Indigenous conceptions of territoriality as articulated in U.S. legal texts and Indigenous life writing in the 19th century. It analyzes the ways in which U.S. legal texts as “legal fictions” narratively press to affirm the United States’ territorial sovereignty and coherence in spite of its reliance on a variety of imperial practices that flexibly disconnect and (re)connect U.S. sovereignty, jurisdiction and territory. At the same time, the book acknowledges Indigenous life writing as legal texts in their own right and with full juridical force, which aim to highlight the heterogeneity of U.S. national territory both from their individual perspectives and in conversation with these legal fictions. Through this, the book’s analysis contributes to a more nuanced understanding of the coloniality of U.S. legal fictions, while highlighting territoriality as a key concept in the fashioning of the narrative of U.S. imperialism. Y1 - 2020 SN - 978-3-8253-4713-0 PB - Winter CY - Heidelberg ER - TY - THES A1 - Moratti, Fabio Giulio T1 - Structural analysis of DYW proteins and identification of the mitochondrial DNA-binding proteome of Arabidopsis thaliana Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Wenk, Sebastian T1 - Engineering formatotrophic growth in Escherichia coli N2 - To meet the demands of a growing world population while reducing carbon dioxide (CO2) emissions, it is necessary to capture CO2 and convert it into value-added compounds. In recent years, metabolic engineering of microbes has gained strong momentum as a strategy for the production of valuable chemicals. As common microbial feedstocks like glucose directly compete with human consumption, the one carbon (C1) compound formate was suggested as an alternative feedstock. Formate can be easily produced by various means including electrochemical reduction of CO2 and could serve as a feedstock for microbial production, hence presenting a novel entry point for CO2 to the biosphere and a storage option for excess electricity. Compared to the gaseous molecule CO2, formate is a highly soluble compound that can be easily handled and stored. It can serve as a carbon and energy source for natural formatotrophs, but these microbes are difficult to cultivate and engineer. In this work, I present the results of several projects that aim to establish efficient formatotrophic growth of E. coli – which cannot naturally grow on formate – via synthetic formate assimilation pathways. In the first study, I establish a workflow for growth-coupled metabolic engineering of E. coli. I demonstrate this approach by presenting an engineering scheme for the PFL-threonine cycle, a synthetic pathway for anaerobic formate assimilation in E. coli. The described methods are intended to create a standardized toolbox for engineers that aim to establish novel metabolic routes in E. coli and related organisms. The second chapter presents a study on the catalytic efficiency of C1-oxidizing enzymes in vivo. As formatotrophic growth requires generation of both energy and biomass from formate, the engineered E. coli strains need to be equipped with a highly efficient formate dehydrogenase, which provides reduction equivalents and ATP for formate assimilation. I engineered a strain that cannot generate reducing power and energy for cellular growth, when fed on acetate. Under this condition, the strain depends on the introduction of an enzymatic system for NADH regeneration, which could further produce ATP via oxidative phosphorylation. I show that the strain presents a valuable testing platform for C1-oxidizing enzymes by testing different NAD-dependent formate and methanol dehydrogenases in the energy auxotroph strain. Using this platform, several candidate enzymes with high in vivo activity, were identified and characterized as potential energy-generating systems for synthetic formatotrophic or methylotrophic growth in E. coli.   In the third chapter, I present the establishment of the serine threonine cycle (STC) – a synthetic formate assimilation pathway – in E. coli. In this pathway, formate is assimilated via formate tetrahydrofolate ligase (FtfL) from Methylobacterium extorquens (M. extorquens). The carbon from formate is attached to glycine to produce serine, which is converted into pyruvate entering central metabolism. Via the natural threonine synthesis and cleavage route, glycine is regenerated and acetyl-CoA is produced as the pathway product. I engineered several selection strains that depend on different STC modules for growth and determined key enzymes that enable high flux through threonine synthesis and cleavage. I could show that expression of an auxiliary formate dehydrogenase was required to achieve growth via threonine synthesis and cleavage on pyruvate. By overexpressing most of the pathway enzymes from the genome, and applying adaptive laboratory evolution, growth on glycine and formate was achieved, indicating the activity of the complete cycle. The fourth chapter shows the establishment of the reductive glycine pathway (rGP) – a short, linear formate assimilation route – in E. coli. As in the STC, formate is assimilated via M. extorquens FtfL. The C1 from formate is condensed with CO2 via the reverse reaction of the glycine cleavage system to produce glycine. Another carbon from formate is attached to glycine to form serine, which is assimilated into central metabolism via pyruvate. The engineered E. coli strain, expressing most of the pathway genes from the genome, can grow via the rGP with formate or methanol as a sole carbon and energy source. N2 - Um den steigenden Bedarf einer wachsenden Weltbevölkerung zu decken und gleichzeitig die CO2-Emissionen zu reduzieren, ist es notwendig, CO2 aufzufangen und zu recyceln. Durch gentechnische Veränderungen von Mikroorganismen ist es möglich diese zur Produktion wertvoller organischer Verbindungen zu nutzen. Da mikrobielle Kulturen primär mit Glucose gefüttert werden und somit mit menschlicher Nahrungsversorgung konkurrieren, wurde die C1-Verbindung Formiat als alternativer bakterieller Nährstoff vorgeschlagen.. Formiat kann durch unterschiedliche Verfahren hergestellt werden, unter anderem durch elektrochemische Reduktion von CO2. Dieses Verfahren ermöglicht das Recycling von CO2 und weiterhin eine Speichermöglichkeit für überschüssige Elektrizität. Formiat ist im Vergleich zum gasförmigen CO2 gut wasserlöslich, was den Transport und die Verwendung als mikrobiellen Nährstoff erleichtert. Natürlich vorkommende formatotrophe Mikroorganismen nutzen Formiat als Kohlenstoff- und Energiequelle. Diese lassen sich allerdings meist schwierig kultivieren und genetisch verändern. In dieser Arbeit stelle ich die Ergebnisse verschiedener Projekte vor, die gemeinsam darauf abzielen, effizientes formatotrophes Wachstum von E. coli – welches natürlicherweise nicht auf Formiat wachsen kann – mittels synthetischer Formiat-Assimilierungswege zu ermöglichen. In der ersten Studie stelle ich eine Strategie für wachstumsgekoppeltes Stoffwechsel-Engineering in E. coli vor. Ich erläutere diese Strategie anhand eines Beispiels, der schrittweisen Etablierung eines synthetischen Formiat- Assimilierungswegs, des PFL-Threonin-Zyklus. Die in diesem Kapitel beschriebenen Methoden sollen einen Leitfaden für Ingenieure bereitstellen, die neue Stoffwechselwege in E. coli und verwandten Organismen etablieren wollen. Im zweiten Kapitel stelle ich eine Studie über die katalytische Effizienz von C1-oxidierenden Enzymen vor. Da formatotrophes Wachstum sowohl die Erzeugung von Energie als auch von Biomasse aus Formiat erfordert, müssen synthetisch formatotrophe E. coli Stämme mit einer hocheffizienten Formiat-Dehydrogenase ausgestattet werden, welche Reduktionsäquivalente und ATP für die Assimilierung von Formiat liefert. Um die Effizienz verschiedener Enzyme testen und vergleichen zu können, entwickelte ich einen E. coli Stamm, der aus Acetat weder Reduktionsäquivalente noch Energie für das Zellwachstum erzeugen kann. Dieser „energie-auxotrophe“ Stamm benötigt eines zusätzlichen enzymatischen Systems zur NADH-Regenerierung, um auf Acetat wachsen zu können. Ich testete verschiedene NAD-abhängige Formiat- und Methanol-Dehydrogenasen in diesem Stamm und konnte zeigen, dass Wachstum auf Acetat durch Zugabe von Formiat oder Methanol ermöglicht wurde. Dies zeigt, dass der Stamm eine zuverlässige Testplattform für C1-oxidierende Enzyme darstellt. Unter Verwendung dieser Plattform wurden mehrere Kandidatenenzyme mit hoher in vivo-Aktivität identifiziert und als Kandidatenenzyme für synthetisches formatotrophes oder methylotrophes Wachstum in E. coli charakterisiert.   Im dritten Kapitel stelle ich die Etablierung des Serin-Threonin-Zyklus (STZ) – eines synthetischen Formiat-Assimilationswegs – in E. coli vor. In diesem Stoffwechselweg wird Formiat über die Formiat-Tetrahydrofolat-Ligase (FtfL) aus Methylobacterium extorquens (M. extorquens) assimiliert. Der Kohlenstoff aus Formiat wird an Glycin gebunden, um Serin zu produzieren, welches im nächsten Schritt in Pyruvat umgewandelt wird und so in den zentralen Kohlenstoffmetabolismus gelangt. Über den natürlichen Threonin-Synthese- und Spaltweg wird Glycin regeneriert und Acetyl-CoA als Produkt des Stoffwechselwegs generiert. Ich entwickelte mehrere E. coli Selektionsstämme, deren Wachstum von verschiedenen STZ-Modulen abhängt, und konnte Schlüsselenzyme bestimmen, die einen hohen Reaktionsfluss durch die Threonin-Synthese und -Spaltung ermöglichen. Ich konnte zeigen, dass die Expression einer Formiat-Dehydrogenase erforderlich ist, um Wachstum auf Pyruvat über Threonin zu erreichen. Durch Integration und Überexpression der meisten Enzyme des STZ auf Genomebene und Anwendung adaptiver Laborevolution wurde Wachstum auf Glycin und Formiat erreicht, was bedeutet, dass der gesamte Serin-Threonin-Zyklus in E. coli aktiv ist. Das vierte Kapitel zeigt die Etablierung des reduktiven Glycinwegs (rGW) – eines kurzen, linearen Formiat-Assimilierungswegs – in E. coli. Wie im STZ wird Formiat über M. extorquens FtfL assimiliert. Dabei wird das Kohlenstoffatom aus Formiat mit CO2 über die umgekehrte Reaktion des Glycin-Spaltungssystems zu Glycin kondensiert. Ein weiteres Kohlenstoffatom aus Formiat wird an Glycin gebunden, um Serin zu bilden, welches über Pyruvat in den Zentralstoffwechsel gelangt. Durch Expression der rGW Enzyme auf Genomebene und adaptive Laborevolution wurde ein E. coli Stamm erzeugt welcher über den rGW auf Formiat oder Methanol als einziger Kohlenstoff- und Energiequelle wachsen kann. KW - metabolic engineering KW - E. coli KW - formate assimilation KW - methanol assimilation KW - energy metabolism Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Kubis, Armin T1 - Synthetic carbon neutral photorespiration bypasses BT - implementation and testing in Escherichia coli N2 - With populations growing worldwide and climate change threatening food production there is an urgent need to find ways to ensure food security. Increasing carbon fixation rate in plants is a promising approach to boost crop yields. The carbon-fixing enzyme Rubisco catalyzes, beside the carboxylation reaction, also an oxygenation reaction that generates glycolate-2P, which needs to be recycled via a metabolic route termed photorespiration. Photorespiration dissipates energy and most importantly releases previously fixed CO2, thus significantly lowering carbon fixation rate and yield. Engineering plants to omit photorespiratory CO2 release is the goal of the FutureAgriculture consortium and this thesis is part of this collaboration. The consortium aims to establish alternative glycolate-2P recycling routes that do not release CO2. Ultimately, they are expected to increase carbon fixation rates and crop yields. Natural and novel reactions, which require enzyme engineering, were considered in the pathway design process. Here I describe the engineering of two pathways, the arabinose-5P and the erythrulose shunt. They were designed to recycle glycolate-2P via glycolaldehyde into a sugar phosphate and thereby reassimilate glycolate-2P to the Calvin cycle. I used Escherichia coli gene deletion strains to validate and characterize the activity of both synthetic shunts. The strains’ auxotrophies can be alleviated by the activity of the synthetic route, thus providing a direct way to select for pathway activity. I introduced all pathway components to these dedicated selection strains and discovered inhibitions, limitations and metabolic cross talk interfering with pathway activity. After resolving these issues, I was able to show the in vivo activity of all pathway components and combine them into functional modules.. Specifically, I demonstrate the activity of a new-to-nature module of glycolate reduction to glycolaldehyde. Also, I successfully show a new glycolaldehyde assimilation route via arabinose-5P to ribulose-5P. In addition, all necessary enzymes for glycolaldehyde assimilation via L-erythrulose were shown to be active and an L-threitol assimilation route via L-erythrulose was established in E. coli. On their own, these findings demonstrate the power of using an easily engineerable microbe to test novel pathways; combined, they will form the basis for implementing photorespiration bypasses in plants. KW - Synthetic Biology KW - Photorespiration KW - Metabolic Engineering KW - Escherichia coli Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Kožul, Danijela T1 - Systematic identification of loci determining chloroplast and nuclear genome incompatibility in the evening primrose (Oenothera) Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Ashouri, Mohammadreza T1 - TrainTrap BT - a hybrid technique for vulnerability analysis in JAVA Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Autenrieth, Marijke T1 - Population genomics of two odontocetes in the North Atlantic and adjacent waters BT - Evolutionary history and conservation implications N2 - Due to continuously intensifying human usage of the marine environment worldwide ranging cetaceans face an increasing number of threats. Besides whaling, overfishing and by-catch, new technical developments increase the water and noise pollution, which can negatively affect marine species. Cetaceans are especially prone to these influences, being at the top of the food chain and therefore accumulating toxins and contaminants. Furthermore, they are extremely noise sensitive due to their highly developed hearing sense and echolocation ability. As a result, several cetacean species were brought to extinction during the last century or are now classified as critically endangered. This work focuses on two odontocetes. It applies and compares different molecular methods for inference of population status and adaptation, with implications for conservation. The worldwide distributed sperm whale (Physeter macrocephalus) shows a matrilineal population structure with predominant male dispersal. A recently stranded group of male sperm whales provided a unique opportunity to investigate male grouping for the first time. Based on the mitochondrial control region, I was able to infer that male bachelor groups comprise multiple matrilines, hence derive from different social groups, and that they represent the genetic variability of the entire North Atlantic. The harbor porpoise (Phocoena phocoena) occurs only in the northern hemisphere. By being small and occurring mostly in coastal habitats it is especially prone to human disturbance. Since some subspecies and subpopulations are critically endangered, it is important to generate and provide genetic markers with high resolution to facilitate population assignment and subsequent protection measurements. Here, I provide the first harbour porpoise whole genome, in high quality and including a draft annotation. Using it for mapping ddRAD seq data, I identify genome wide SNPs and, together with a fragment of the mitochondrial control region, inferred the population structure of its North Atlantic distribution range. The Belt Sea harbors a distinct subpopulation oppose to the North Atlantic, with a transition zone in the Kattegat. Within the North Atlantic I could detect subtle genetic differentiation between western (Canada-Iceland) and eastern (North Sea) regions, with support for a German North Sea breading ground around the Isle of Sylt. Further, I was able to detect six outlier loci which show isolation by distance across the investigated sampling areas. In employing different markers, I could show that single maker systems as well as genome wide data can unravel new information about population affinities of odontocetes. Genome wide data can facilitate investigation of adaptations and evolutionary history of the species and its populations. Moreover, they facilitate population genetic investigations, providing a high resolution, and hence allowing for detection of subtle population structuring especially important for highly mobile cetaceans. N2 - Mit der immer stärker zunehmenden Nutzung des marinen Lebensraumes durch den Menschen, häufen sich auch die Bedrohungen, wie beispielsweise Lebensraumzerstörungen, denen Cetacea ausgesetzt sind. Die Folgen aus Walfang, Überfischung und Beifang, wie auch die stärkere Verschmutzung der Meere sowie die Zunahme des generellen Lärmpegels, haben negative Effekte auf eine Vielzahl mariner Arten. Cetacea sind besonders anfällig für diese Störungen, da sie einerseits am Ende der Nahrungskette stehen und somit besonders Schadstoffe, wie bspw. PBEs, in ihren Körpern akkumulieren und andererseits durch ihr hoch angepasstes Gehör äußerst sensibel gegenüber Geräuschstörungen sind. Im Laufe des letzten Jahrhunderts wurden einige marine Säugetiere bereits ausgerottet oder fast bis an den Rand des Aussterbens gebracht. Diese Arbeit konzentriert sich auf zwei Zahnwalarten, die in ihrer Biologie und Populationsstruktur sehr verschieden sind. Sie bieten die Möglichkeit, verschiedene Methoden der Naturschutz- und Populationsgenetik anzuwenden und zu vergleichen. Der weltweit verbreitete Pottwal ist matrilineal organisiert mit Weibchen, die in sozialen Gruppen in der Nähe des Äquators leben, und Männchen, die in kleinen Gruppen zu den Polen migrieren. Zum Jahresbeginn 2016 strandete eine Gruppe junger männlicher Pottwale entlang der Nordsee. Dieses Ereignis bot die einzigartige Chance, erstmals die genetische Zusammensetzung einer männlichen Pottwalgruppe zu untersuchen. Basierend auf der mitochondrialen Kontrollregion, konnte ich zeigen, dass sie von mehreren Matrilinien abstammen und in ihrer Gesamtheit die genetische Vielfalt der nordatlantischen Gesamtpopulation repräsentieren. Der Schweinswal ist innerhalb der nördlichen Hemisphäre weit verbreitet. Durch seine kleine Körpergrösse und die Präferenz für küstennahe Habitate ist er besonders anfällig gegenüber negativen anthropogenen Einflüssen. Da sowohl eine seiner Unterarten als auch einige Subpopulationen durch die IUCN als stark bedroht klassifiziert sind, ist es besonders wichtig die genetische Struktur dieser Art und ihrer Populationen zu erfassen und hochauflösende Markersysteme zu generieren, um verlässliche Informationen zum Status lokaler Populationen für weiterführende Naturschutzmaßnahmen bereitzustellen. In dieser Arbeit konnte ich die erste komplette Genomsequenz des Schweinwal in hoher Qualität bereitstellen und sie für die Analyse von ddRAD-Daten als Referenz nutzen. Mittles genomweit verteilter SNPs, sowie einem Abschnitt der mitochondrialen Kontrollregion zeigte sich, dass die Schweinswale in der Beltsee eine eigenständige Population bilden, mit einer Transitionszone zum Nord-Atlantik im Kattegat. Innerhalb des Nord-Atlantiks zeigten sich Unterschiede zwischen West (Kanada-Island) und Ost (Nordsee), sowie eine Abgrenzung deutscher Schweinswale um die Insel Sylt. Außerdem konnte ich sechs SNPs identifizieren, welche die populationsgenetische Auflösung im Nordatlantik und geographischen Distanz wiederspiegeln. Durch den Vergleich verschiedener Markersysteme konnte ich zeigen, dass sowohl einzelne Marker als auch genomweite Marker neue Erkenntnisse zu Populationsstrukturen und Anpassungen von Zahnwalen liefern. Durch die hohe Mobilität und den schwer zugänglichen Lebensraum mariner Säugetiere sind hochauflösende genetische Markersysteme der Schlüssel für ein besseres Verständnis und den Schutz dieser Arten. KW - genomics KW - population genetics KW - conservation KW - evolution KW - whole genome KW - toothed whales KW - Genomik KW - Populationsgenetik KW - Naturschutz KW - Evolution KW - Zahnwale Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Dyck, Johannes T1 - Verification of graph transformation systems with k-inductive invariants T1 - Verifikation von Graphtransformationssystemen mit k-induktiven Invarianten N2 - With rising complexity of today's software and hardware systems and the hypothesized increase in autonomous, intelligent, and self-* systems, developing correct systems remains an important challenge. Testing, although an important part of the development and maintainance process, cannot usually establish the definite correctness of a software or hardware system - especially when systems have arbitrarily large or infinite state spaces or an infinite number of initial states. This is where formal verification comes in: given a representation of the system in question in a formal framework, verification approaches and tools can be used to establish the system's adherence to its similarly formalized specification, and to complement testing. One such formal framework is the field of graphs and graph transformation systems. Both are powerful formalisms with well-established foundations and ongoing research that can be used to describe complex hardware or software systems with varying degrees of abstraction. Since their inception in the 1970s, graph transformation systems have continuously evolved; related research spans extensions of expressive power, graph algorithms, and their implementation, application scenarios, or verification approaches, to name just a few topics. This thesis focuses on a verification approach for graph transformation systems called k-inductive invariant checking, which is an extension of previous work on 1-inductive invariant checking. Instead of exhaustively computing a system's state space, which is a common approach in model checking, 1-inductive invariant checking symbolically analyzes graph transformation rules - i.e. system behavior - in order to draw conclusions with respect to the validity of graph constraints in the system's state space. The approach is based on an inductive argument: if a system's initial state satisfies a graph constraint and if all rules preserve that constraint's validity, we can conclude the constraint's validity in the system's entire state space - without having to compute it. However, inductive invariant checking also comes with a specific drawback: the locality of graph transformation rules leads to a lack of context information during the symbolic analysis of potential rule applications. This thesis argues that this lack of context can be partly addressed by using k-induction instead of 1-induction. A k-inductive invariant is a graph constraint whose validity in a path of k-1 rule applications implies its validity after any subsequent rule application - as opposed to a 1-inductive invariant where only one rule application is taken into account. Considering a path of transformations then accumulates more context of the graph rules' applications. As such, this thesis extends existing research and implementation on 1-inductive invariant checking for graph transformation systems to k-induction. In addition, it proposes a technique to perform the base case of the inductive argument in a symbolic fashion, which allows verification of systems with an infinite set of initial states. Both k-inductive invariant checking and its base case are described in formal terms. Based on that, this thesis formulates theorems and constructions to apply this general verification approach for typed graph transformation systems and nested graph constraints - and to formally prove the approach's correctness. Since unrestricted graph constraints may lead to non-termination or impracticably high execution times given a hypothetical implementation, this thesis also presents a restricted verification approach, which limits the form of graph transformation systems and graph constraints. It is formalized, proven correct, and its procedures terminate by construction. This restricted approach has been implemented in an automated tool and has been evaluated with respect to its applicability to test cases, its performance, and its degree of completeness. N2 - Durch die Komplexität heutiger Software- und Hardwaresysteme und den vermuteten Anstieg der Zahl autonomer und intelligenter Systeme bleibt die Entwicklung korrekter Systeme eine wichtige Herausforderung. Obwohl Testen ein wichtiger Teil des Entwicklungszyklusses ist und bleibt, reichen Tests üblicherweise nicht aus, um die Korrektkeit eines Systems sicherzustellen - insbsondere wenn Systeme beliebig große oder unendliche Zustandsräume oder unendlich viele mögliche initiale Zustände aufweisen. Formale Verifikation nimmt sich dieses Problems an: Nach Darstellung des Systems in einem formalen Modell können Verifikationsansätze und Werkzeuge angewendet werden, um zu analysieren, ob das System seine Spezifikation erfüllt. Ein verbreiteter Formalismus für derartige Modelle sind Graphen und Graphtransformationssysteme. Diese Konzepte basieren auf etablierten mathematischen Grundlagen und sind ausdrucksstark genug, um komplexe Software- oder Hardwaresysteme auf verschiedenen Abstraktionsstufen zu beschreiben. Seit ihrer Einführung in den 70er-Jahren wurden Graphtransformationssysteme stetig weiterentwickelt; entsprechende Forschung thematisiert beispielsweise Ausdrucksstärke, Graphalgorithmen, Anwendungsbeispiele oder Verifikationsansätze. Diese Arbeit beschäftigt sich mit der Verifikation k-induktiver Invarianten für Graphtransformationssysteme - einem Ansatz, der eine existierende Technik zur Verifikation 1-induktiver Invarianten erweitert. Anstatt den Zustandsraum eines Systems zu berechnen, überprüft Verifikation mit 1-Induktion Verhalten (Graphtransformationsregeln) symbolisch, um Schlussfolgerungen zur Gültigkeit von Graphbedingungen zu ziehen. Die Idee basiert auf dem Prinzip eines Induktionsbeweises: Falls der initiale Zustand eines Systems eine Bedingung erfüllt und falls alle Regeln die Erfüllung der Bedingung bewahren, kann auf die Gültigkeit der Bedingung im gesamten Zustandsraum geschlossen werden, ohne diesen tatsächlich zu berechnen. Allerdings bringt dieser Ansatz auch spezifische Nachteile mit sich: Die lokale Natur der Anwendung von Graphregeln führt zu einem Mangel an Kontext während der symbolischen Analyse möglicher Regelanwendungen. Diese Arbeit führt aus, dass dieser Mangel an Kontext teilweise behoben werden kann, indem k-Induktion statt 1-Induktion verwendet wird. Eine k-induktive Invariante ist eine Graphbedingung, deren Gültigkeit in einem Pfad von k-1 Regelanwendungen die Gültigkeit nach jeder etwaigen weiteren Regelanwendung zur Folge hat. Durch die Berücksichtigung solcher Pfade von Transformationen steht mehr Kontext während der Analyse zur Verfügung als bei der Analyse nur einer Regelanwendung bei 1-Induktion. Daher erweitert diese Arbeit bestehende Forschungsergebnisse und eine Implementierung zur Verifikation 1-induktiver Invarianten um k-Induktion. Zusätzlich wird eine Technik vorgestellt, die auch die Analyse der Induktionsbasis symbolisch ausführt. Dies erlaubt die Verifikation von Systemen mit einer unendlichen Zahl an möglichen initialen Zuständen. Sowohl k-induktive Invarianten als auch deren Induktionsbasis werden - für Graphtransformationssysteme - formal beschrieben. Basierend darauf stellt diese Arbeit Theoreme und Kontruktionen vor, die diesen Verifikationsansatz mathemathisch umsetzen und seine Korrektheit beweisen. Da jedoch uneingeschränkte Graphbedingungen in einer möglichen Implementierung zu Nichtterminierung oder langen Ausführungszeiten führen, stellt diese Arbeit auch einen eingeschränkten Verifikationsansatz vor, der die Form der zugelassenen Graphtransformationssysteme und Graphbedingungen in Spezifikationen einschränkt. Auch dieser Ansatz wird formalisiert, bewiesen - und das Verfahren terminiert per Konstruktion. Der Ansatz wurde in Form eines automatisch ausführbaren Verifikationswerkzeugs implementiert und wurde in Bezug auf seine Anwendbarkeit, Performanz und des Grades der Vollständigkeit evaluiert. KW - formal verification KW - graph transformations KW - inductive invariant checking KW - k-induction KW - graph constraints KW - application conditions KW - k-inductive invariant KW - graph transformation systems KW - formale Verifikation KW - Graphtransformationen KW - Verifikation induktiver Invarianten KW - k-Induktion KW - Graphbedingungen KW - Anwendungsbedingungen KW - k-induktive Invariante KW - Graphtransformationssysteme Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-442742 ER - TY - THES A1 - Knauf, Jan T1 - Synthesis of highly fluorinated precursors and their deposition conditions for self-assembled monolayers with defined small-scale surface structures as templates for the manipulation of wetting behavior N2 - "How Wenzel and Cassie were wrong" – this was the eye-catching title of an article published by Lichao Gao and Thomas McCarthy in 2007, in which fundamental interpretations of wetting behavior were put into question. The authors initiated a discussion on a subject, which had been generally accepted a long time ago and they showed that wetting phenomena were not as fully understood as imagined. Similarly, this thesis tries to put a focus on certain aspects of liquid wetting, which so far have been widely neglected in terms of interpretation and experimental proof. While the effect of surface roughness on the macroscopically observed wetting behavior is commonly and reliably interpreted according to the well-known models of Wenzel and Cassie/Baxter, the size-scale of the structures responsible for the surface's rough texture has not been of further interest. Analogously, the limits of these models have not been described and exploited. Thus, the question arises, what will happen when the size of surface structures is reduced to the size of the contacting liquid molecules itself? Are common methods still valid or can deviations from macroscopic behavior be observed? This thesis wants to create a starting point regarding these questions. In order to investigate the effect of smallest-scale surface structures on liquid wetting, a suitable model system is developed by means of self-assembled monolayer (SAM) formation from (fluoro)organic thiols of differing lengths of the alkyl chain. Surface topographies are created which rely on size differences of several Ångströms and exhibit surprising wetting behavior depending on the choice of the individual precursor system. Thus, contact angles are experimentally detected, which deviate considerably from theoretical calculations based on Wenzel and Cassie/Baxter models and confirm that sub-nm surface topographies affect wetting. Moreover, experimentally determined wetting properties are found to correlate well to an assumed scale-dependent surface tension of the contacting liquid. This behavior has already been described for scattering experiments taking into account capillary waves on the liquid surface induced by temperature and had been predicted earlier by theoretical calculations. However, the investigation of model surfaces requires the provision of suitable precursor molecules, which are not commercially available and opens up a door to the exotic chemistry of fluoro-organic materials. During the course of this work, the synthesis of long-chain precursors is examined with a particular focus put on oligomerically pure semi-fluorinated n-alkyl thiols and n-alkyl trichlorosilanes. For this, general protocols for the syntheses of the desired compounds are developed and product mixtures are assayed to be separated into fractions of individual chain lengths by fluorous-phase high-performance liquid chromatography (F-HPLC). The transition from model systems to technically more relevant surfaces and applications is initiated through the deposition of SAMs from long-chain fluorinated n-alkyl trichlorosilanes. Depositions are accomplished by a vapor-phase deposition process conducted on a pilot-scale set-up, which enables the exact control of relevant process parameters. Thus, the influence of varying deposition conditions on the properties of the final coating is examined and analyzed for the most important parameters. The strongest effect is observed for the partial pressure of reactive water vapor, which directly controls the extent of precursor hydrolysis during the deposition process. Experimental results propose that the formation of ordered monolayers rely on the amount of hydrolyzed silanol species present in the deposition system irrespective of the exact grade of hydrolysis. However, at increased amounts of species which are able to form cross-linked molecules due to condensation reactions, films deteriorate in quality. This effect is assumed to be caused by the introduction of defects within the film and the adsorption of cross linked agglomerates. Deposition conditions are also investigated for chain extended precursor species and reveal distinct differences caused by chain elongation. N2 - "How Wenzel and Cassie were wrong" - so lautete der Aufsehen erregende Titel eines 2007 von Lichao Gao und Thomas McCarthy veröffentlichten Artikels, in dem grundlegende Beschreibungen des Benetzungsverhaltens von Flüssigkeiten in Frage gestellt wurden. Die Autoren leiteten damit eine Diskussion über ein bereits lange als allgemein anerkannt angesehenes Thema ein und sie zeigten, dass Benetzungsphänomene nicht so vollständig aufgeklärt waren, wie zuvor angenommen. In ähnlicher Weise versucht diese Arbeit, einen Schwerpunkt auf bestimmte Aspekte der Flüssigkeitsbenetzung zu legen, die bisher in Bezug auf die Interpretation und den experimentellen Nachweis weitgehend vernachlässigt wurden. Während der Einfluss der Oberflächenrauigkeit auf das makroskopisch beobachtete Benetzungsverhalten nach den bekannten Modellen von Wenzel und Cassie/Baxter allgemein anerkannt ist, war die Größenordnung der Strukturen, die für die raue Textur der Oberfläche verantwortlich sind, nicht Gegenstand weiterer Betrachtungen. Analog dazu sind die Grenzen dieser Modelle bislang nicht beschrieben und untersucht worden. Daher stellt sich die Frage, was passiert, wenn die Größe der Oberflächenstrukturen auf die Größe der benetzenden Flüssigkeitsmoleküle reduziert wird. Sind gängige Methoden und Modelle noch gültig oder können Abweichungen vom makroskopischen Verhalten beobachtet werden? Die vorliegende Arbeit will einen Ausgangspunkt zu diesen Fragen schaffen. Um den Einfluss kleinster Oberflächenstrukturen auf die Flüssigkeitsbenetzung zu untersuchen, wird hierbei ein geeignetes Modellsystem selbstassemblierender Monolagen (self-assembled monolayers, SAM) aus (fluor-)organischen Thiolen unterschiedlicher Alkylkettenlänge entwickelt. Es entstehen Oberflächen-topographien, die auf Größenunterschieden von einigen Ångström beruhen und in Abhängigkeit von der Wahl des einzelnen Präkursorsystems ein überraschendes Benetzungsverhalten zeigen. So werden Kontaktwinkel gemessen, die erheblich von theoretischen Berechnungen auf der Basis von Wenzel- und Cassie/Baxter-Modellen abweichen und die bestätigen, dass bereits Oberflächentopographien im sub-nm-Bereich die Benetzung beeinflussen. Darüber hinaus wird gezeigt, dass experimentell ermittelte Benetzungseigenschaften gut mit einer angenommenen skalenabhängigen Oberflächenspannung der Kontaktflüssigkeit korrelieren. Dieses Verhalten wurde bereits für Streuexperimente unter Berücksichtigung von temperaturinduzierten Kapillarwellen auf der Flüssigkeitsoberfläche beschrieben und war zuvor durch theoretische Berechnungen vorhergesagt worden. Die Untersuchung der Modelloberflächen erfordert jedoch die Bereitstellung geeigneter Vorläufermoleküle, die kommerziell nicht erhältlich sind und eine Tür zur Chemie der fluororganischen Materialien öffnen. Im Rahmen dieser Arbeit wird die Synthese langkettiger Präursoren untersucht, wobei ein besonderer Schwerpunkt auf oligomerenreine, semifluorierte n-Alkylthiole und n Alkyltrichlorsilane gelegt wird. Dazu werden allgemeine Protokolle für die Synthesen der gewünschten Verbindungen entwickelt und Produktmischungen untersucht, um sie mit Hilfe der Fluorphasen-Hochleistungsflüssigkeitschromatographie (F-HPLC) in Fraktionen einzelner Kettenlängen aufzutrennen. Der Übergang von Modellsystemen zu technisch relevanteren Oberflächen und Anwendungen wird durch die Abscheidung von SAMs aus langkettigen fluorierten n Alkyltrichlorsilanen eingeleitet. Die Beschichtung erfolgt durch eine chemische Dampfphasenabscheidung (chemical vapor deposition, CVD), die die gezielte Steuerung und Kontrolle relevanter Prozessparameter ermöglicht. So wird der Einfluss unterschiedlicher Abscheidungsbedingungen auf die Eigenschaften der Beschichtung untersucht und für die wichtigsten Parameter analysiert. Die stärkste Wirkung wird für den Partialdruck des reaktiven Wasserdampfes beobachtet, der das Ausmaß der Hydrolyse der Präkursoren während des Abscheidungsprozesses direkt beeinflusst. Experimentelle Ergebnisse legen nahe, dass die Bildung geordneter Monolagen von der Menge der im Abscheidungssystem vorhandenen hydrolysierten Silanolspezies abhängt, unabhängig vom genauen Hydrolysegrad. Mit zunehmender Anzahl kondensierbarer Spezies, die in der Lage sind vernetzte Moleküle zu bilden, verschlechtern sich die Filme jedoch in ihrer Qualität. Es wird angenommen, dass dieser Effekt durch die Entstehung von Defekten innerhalb des Films und die Adsorption von vernetzten Agglomeraten verursacht wird. Die Abscheidebedingungen werden auch für kettenverlängerte Präkursoren untersucht. T2 - Synthese hochfluorierter Präkursoren und deren Abscheidebedingungen für selbstassemblierende Monolagen mit definierten kleinskaligen Oberflächenstrukturen als Modellsysteme für die Manipulation von Benetzungsverhalten KW - wetting KW - self-assembled monolayers KW - surface topography KW - hydrophobicity KW - Benetzung KW - selbstassemblierende Monolagen KW - Oberflächentopografie KW - Hydrophobizität KW - fluorous chemistry KW - Fluorchemie Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-473804 ER - TY - THES A1 - Reinhardt, Maria T1 - Hybrid filters and multi-scale models N2 - This thesis is concerned with Data Assimilation, the process of combining model predictions with observations. So called filters are of special interest. One is inter- ested in computing the probability distribution of the state of a physical process in the future, given (possibly) imperfect measurements. This is done using Bayes’ rule. The first part focuses on hybrid filters, that bridge between the two main groups of filters: ensemble Kalman filters (EnKF) and particle filters. The first are a group of very stable and computationally cheap algorithms, but they request certain strong assumptions. Particle filters on the other hand are more generally applicable, but computationally expensive and as such not always suitable for high dimensional systems. Therefore it exists a need to combine both groups to benefit from the advantages of each. This can be achieved by splitting the likelihood function, when assimilating a new observation and treating one part of it with an EnKF and the other part with a particle filter. The second part of this thesis deals with the application of Data Assimilation to multi-scale models and the problems that arise from that. One of the main areas of application for Data Assimilation techniques is predicting the development of oceans and the atmosphere. These processes involve several scales and often balance rela- tions between the state variables. The use of Data Assimilation procedures most often violates relations of that kind, which leads to unrealistic and non-physical pre- dictions of the future development of the process eventually. This work discusses the inclusion of a post-processing step after each assimilation step, in which a minimi- sation problem is solved, which penalises the imbalance. This method is tested on four different models, two Hamiltonian systems and two spatially extended models, which adds even more difficulties. N2 - Diese Dissertation beschäftigt sich mit Daten Assimilation - die Kombination von Modellvorhersagen mit Beobachtungen. Sogenannte Filter sind dabei von beson- derem Interesse. Diese Algorithmen berechnen die Wahrscheinlichkeitsverteilung des Zustandes eines physikalischen Prozesses in der Zukunft unter der Bedingung, dass wir (meist) fehlerbehaftete Messungen vorliegen haben. Der erste Teil bezieht sich auf Hybridfilter, welche eine Brücke zwischen den beiden Hauptgruppen von Filtern schlagen: Ensemble-Kalman-Filter (EnKF) und Teilchenfilter. Die erst- genannten sind sehr stabil und rechnerisch unaufwändig, aber basieren auf recht starken Voraussetzungen. Teilchenfilter hingegen sind allgemeiner aber recheninten- siv und daher nicht immer geeignet für höherdimensionale Systeme. Daher besteht die Notwen- digkeit beide Gruppen zu kombinieren um von den Vorteilen beider Filter zu prof- itieren. Dies kann erreicht werden, indem man, wenn eine Beobachtung assimiliert werden soll, die Likelihood-Funktion in zwei Teile spaltet und auf den einen Teil einen EnKF und auf den anderen einen Teilchenfilter anwendet. Der zweite Teil dieser Arbeit befasst sich mit der Anwendung von Daten Assimilation auf mehrskalige Modelle und die Probleme die daraus entstehen. Eines der Haup- tanwendungsgebiete für Daten Assimilation ist die Vorhersage der Entwicklung von Ozeanen und der Atmosphäre. Diese Prozesse finden auf mehreren Skalen statt und häufig bestehen Balancerelationen zwischen den Zustandsvariablen. Die Nutzung von Daten Assimilationstechniken zerstört diese Beziehungen häufig, was schließlich zu unrealistischen und unphysikalischen Vorhersagen führt. In dieser Dissertation wird vorgeschlagen, nach jedem Assimilationsschritt ein Minimierungsproblem zu lösen, welches die Imbalance als Strafterm beinhaltet. Diese Methode wird an vier verschiedenen Modellen getestet, zwei Hamiltonische Systeme und zwei Modelle mit räumlicher Ausdehnung, was zusätzliche Schwierigkeiten schafft. T2 - Hybridfilter und Multiskalen-Modelle KW - Data Assimilation KW - Daten Assimilation KW - Bayesian Inference KW - bayessche Inferenz KW - Uncertainty Quantification KW - Quantifizierung von Unsicherheit KW - Data-Driven Methods KW - Datengetriebene Methoden Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-474356 ER - TY - THES A1 - Borghini, Alessia T1 - Melt inclusions in mafic rocks as witnesses of metasomatism in the Bohemian Massif N2 - Orogenic peridotites represent portions of upper subcontinental mantle now incorporated in mountain belts. They often contain layers, lenses and irregular bodies of pyroxenite and eclogite. The origin of this heterogeneity and the nature of these layers is still debated but it is likely to involve processes such as transient melts coming from the crust or the mantle and segregating in magma conduits, crust-mantle interaction, upwelling of the asthenosphere and metasomatism. All these processes occur in the lithospheric mantle and are often related with the subduction of crustal rocks to mantle depths. In fact, during subduction, fluids and melts are released from the slab and can interact with the overlying mantle, making the study of deep melts in this environment crucial to understand mantle heterogeneity and crust-mantle interaction. The aim of this thesis is precisely to better constrain how such processes take place studying directly the melt trapped as primary inclusions in pyroxenites and eclogites. The Bohemian Massif, crystalline core of the Variscan belt, is targeted for these purposes because it contains orogenic peridotites with layers of pyroxenite and eclogite and other mafic rocks enclosed in felsic high pressure and ultra-high pressure crustal rocks. Within this Massif mafic rocks from two areas have been selected: the garnet clinopyroxenite in orogenic peridotite of the Granulitgebirge and the ultra-high pressure eclogite in the diamond-bearing gneisses of the Erzgebirge. In both areas primary melt inclusions were recognized in the garnet, ranging in size between 2-25 µm and with different degrees of crystallization, from glassy to polycrystalline. They have been investigated with Micro Raman spectroscopy and EDS mapping and the mineral assemblage is kumdykolite, phlogopite, quartz, kokchetavite, phase with a main Raman peak at 430 cm-1, phase with a main Raman peak at 412 cm-1, white mica and calcite with some variability in relative abundance depending on the case study. In the Granulitgebirge osumilite and pyroxene are also present, whereas calcite is one of the main phases in the Erzgebirge. The presence of glass and the mineral assemblage in the nanogranitoids suggest that they were former droplets of melt trapped in the garnet while it was growing. Glassy inclusions and re-homogenized nanogranitoids show a silicate melt that is granitic, hydrous, high in alkalis and weakly peraluminous. The melt is also enriched in both case studies in Cs, Pb, Rb, U, Th, Li and B suggesting the involvement of crustal component, i.e. white mica (main carrier of Cs, Pb, Rb, Li and B), and a fluid (Cs, Th and U) in the melt producing reaction. The whole rock in both cases mainly consists of garnet and clinopyroxene with, in Erzgebirge samples, the additional presence of quartz both in the matrix and as a polycrystalline inclusion in the garnet. The latter is interpreted as a quartz pseudomorph after coesite and occurs in the same microstructural position as the melt inclusions. Both rock types show a crustal and subduction zone signature with garnet and clinopyroxene in equilibrium. Melt was likely present during the metamorphic peak of the rock, as it occurs in garnet. Our data suggest that the processes most likely responsible for the formation of the investigated rocks in both areas is a metasomatic reaction between a melt produced in the crust and mafic layers formerly located in the mantle wedge for the Granulitgebirge and in the subducted continental crust itself in the Erzgebirge. Thus metasomatism in the first case took place in the mantle overlying the slab, whereas in the second case metasomatism took place in the continental crust that already contained, before subduction, mafic layers. Moreover, the presence of former coesite in the same microstructural position of the melt inclusions in the Erzgebirge garnets suggest that metasomatism took place at ultra-high pressure conditions. Summarizing, in this thesis we provide new insights into the geodynamic evolution of the Bohemian Massif based on the study of melt inclusions in garnet in two different mafic rock types, combining the direct microstructural and geochemical investigation of the inclusions with the whole-rock and mineral geochemistry. We report for the first time data, directly extracted from natural rocks, on the metasomatic melt responsible for the metasomatism of several areas of the Bohemian Massif. Besides the two locations here investigated, belonging to the Saxothuringian Zone, a signature similar to the investigated melt is clearly visible in pyroxenite and peridotite of the T-7 borehole (again Saxothuringian Zone) and the durbachite suite located in the Moldanubian Zone. N2 - Die Präsenz orogener Peridotite - metamorphosierte Bestanteile des Mantels -, die in Gebirgen auftreten, belegt, dass der Erdmantel an Kontinent-Kontinent-Kollisionen beteiligt sein kann. Solche orogenen Peridotite sind häufig heterogen, da sie Pyroxenit- und Eklogitlagen und Linsen enthalten, d.h. Hochdruckgesteine, die aus Granat und Klinopyroxen bestehen. Die meisten Prozesse, die für diese Heterogenität verantwortlich sind, involvieren Schmelzen, die durch den Mantel migrieren und dabei zu dessen Metasomatose oder zu der Anreicherung von Granat und Klinopyroxen in Adern und Kanälen führen. Ein weiterer Prozess kann auch das Recyceln subduzierter ozeanischer Kruste im Erdmantel sein. Im Allgemeinen finden all diese Prozesse während der Subduktion der Kruste in Manteltiefe statt. Unter diesen Bedingungen stehen die Krustengesteine im direkten Kontakt mit den Mantelgesteinen und die dabei freigesetzten Fluide oder Schmelzen können mit den Peridotiten wechselwirken. Letztere können anschließend von den Krustengesteinen aufgenommen und zur Erdoberfläche exhumiert werden, wo sie untersucht werden können. Diese Arbeit fokussiert sich vor allem auf die Untersuchung der Pyroxenit- und Eklogitbildung sowie auf die Wechselwirkung zwischen Schmelze und Gestein während der Subduktion der Kontinentalkruste in Manteltiefe. Dafür ist das Böhmische Massiv die ideale geologische Umgebung, da es erhebliche Mengen an Pyroxeniten und Eklogiten enthält, die sich in einigen Fällen in orogenen Peridotiten befinden, und die alle in einer ehemals tief subduziertern kontinentalern Kruste eingegliedert wurden. Um die Zielstellung zu erreichen, wurde die Schmelze mit einem neuartigen Ansatz untersucht, wobei diese hier direkt in primären Schmelzeinschlüssen, die im Granat eingeschlossenen sind, untersucht wird. Es wurden zwei Gebiete mit Pyroxeniten und Eklogiten, die Schmelzeinschlüsse enthalten, ausgewählt, ein Pyroxenit aus dem Granulitgebirge und ein Ultrahochdruck-Eklogit aus dem Erzgebirge (Sachsen, Deutschland). Die Einschlüsse bestehen aus einer granitischen, wasserhaltigen Schmelze krustaler Herkunft. Das Auftreten der im Granat unregelmäßig verteilten Einschlüsse bestätigt das Vorhandensein von Schmelze während der Peakmetamorphose. Da die Schmelzen in beiden Fällen ähnlich sind, schlussfolgern wir daraus, dass beide Gesteinsarten durch metasomatische Prozesse infolge der Wechselwirkung von silikatreicher Schmelze und mafischen Lagen gebildete wurden. Im Granulitgebirge ging die Schmelze eine Wechselwirkung mit mafischen Lagen im Mantel ein und erst später wurde der Wirtsperidotit einschließlich der neugebildeten Pyroxenit- und Eklogitlagen in die subduzierte Kruste eingebaut. Im Fall der Pyroxenite und Eklogite des Erzgebirges fand die Metasomatose stattdessen in der kontinentalen Kruste statt. Hier ging die Schmelze eine Wechselwirkung mit mafischen Lagen ein, die sich bereits vor der Subduktion in der Kruste befunden hatten. Im letzteren Fall belegt der Hinweis auf ehemaligen Coesit , d. h. auf ein Mineral, das Tiefen >95 km anzeigt, welches anwesend war während der Metasomatose, dass die Prozesse in größeren Tiefen stattfanden als im Granulitgebirge. T2 - Schmelzeinschlüsse in mafischen Gesteinen als Zeugen von Metasomatose im Böhmischen Massiv KW - Petrology KW - Petrologie KW - Metamorphism KW - Melt inclusions KW - Metasomatism KW - Metamorphose KW - Schmelzeinschlüsse KW - Metasomatose Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-473639 ER - TY - THES A1 - Harmouch, Hazar T1 - Single-column data profiling N2 - The research area of data profiling consists of a large set of methods and processes to examine a given dataset and determine metadata about it. Typically, different data profiling tasks address different kinds of metadata, comprising either various statistics about individual columns (Single-column Analysis) or relationships among them (Dependency Discovery). Among the basic statistics about a column are data type, header, the number of unique values (the column's cardinality), maximum and minimum values, the number of null values, and the value distribution. Dependencies involve, for instance, functional dependencies (FDs), inclusion dependencies (INDs), and their approximate versions. Data profiling has a wide range of conventional use cases, namely data exploration, cleansing, and integration. The produced metadata is also useful for database management and schema reverse engineering. Data profiling has also more novel use cases, such as big data analytics. The generated metadata describes the structure of the data at hand, how to import it, what it is about, and how much of it there is. Thus, data profiling can be considered as an important preparatory task for many data analysis and mining scenarios to assess which data might be useful and to reveal and understand a new dataset's characteristics. In this thesis, the main focus is on the single-column analysis class of data profiling tasks. We study the impact and the extraction of three of the most important metadata about a column, namely the cardinality, the header, and the number of null values. First, we present a detailed experimental study of twelve cardinality estimation algorithms. We classify the algorithms and analyze their efficiency, scaling far beyond the original experiments and testing theoretical guarantees. Our results highlight their trade-offs and point out the possibility to create a parallel or a distributed version of these algorithms to cope with the growing size of modern datasets. Then, we present a fully automated, multi-phase system to discover human-understandable, representative, and consistent headers for a target table in cases where headers are missing, meaningless, or unrepresentative for the column values. Our evaluation on Wikipedia tables shows that 60% of the automatically discovered schemata are exact and complete. Considering more schema candidates, top-5 for example, increases this percentage to 72%. Finally, we formally and experimentally show the ghost and fake FDs phenomenon caused by FD discovery over datasets with missing values. We propose two efficient scores, probabilistic and likelihood-based, for estimating the genuineness of a discovered FD. Our extensive set of experiments on real-world and semi-synthetic datasets show the effectiveness and efficiency of these scores. N2 - Das Forschungsgebiet Data Profiling besteht aus einer Vielzahl von Methoden und Prozessen, die es erlauben Datensätze zu untersuchen und Metadaten über diese zu ermitteln. Typischerweise erzeugen verschiedene Data-Profiling-Techniken unterschiedliche Arten von Metadaten, die entweder verschiedene Statistiken einzelner Spalten (Single-Column Analysis) oder Beziehungen zwischen diesen (Dependency Discovery) umfassen. Zu den grundlegenden Statistiken einer Spalte gehören unter anderem ihr Datentyp, ihr Name, die Anzahl eindeutiger Werte (Kardinalität der Spalte), Maximal- und Minimalwerte, die Anzahl an Null-Werten sowie ihre Werteverteilung. Im Falle von Abhängigkeiten kann es sich beispielsweise um funktionale Abhängigkeiten (FDs), Inklusionsabhängigkeiten (INDs) sowie deren approximative Varianten handeln. Data Profiling besitzt vielfältige Anwendungsmöglichkeiten, darunter fallen die Datenexploration, -bereinigung und -integration. Darüber hinaus sind die erzeugten Metadaten sowohl für den Einsatz in Datenbankmanagementsystemen als auch für das Reverse Engineering von Datenbankschemata hilfreich. Weiterhin finden Methoden des Data Profilings immer häufiger Verwendung in neuartigen Anwendungsfällen, wie z.B. der Analyse von Big Data. Dabei beschreiben die generierten Metadaten die Struktur der vorliegenden Daten, wie diese zu importieren sind, von was sie handeln und welchen Umfang sie haben. Somit kann das Profiling von Datenbeständen als eine wichtige, vorbereitende Aufgabe für viele Datenanalyse- und Data-Mining Szenarien angesehen werden. Sie ermöglicht die Beurteilung, welche Daten nützlich sein könnten, und erlaubt es zudem die Eigenschaften eines neuen Datensatzes aufzudecken und zu verstehen. Der Schwerpunkt dieser Arbeit bildet das Single-Column Profiling. Dabei werden sowohl die Auswirkungen als auch die Extraktion von drei der wichtigsten Metadaten einer Spalte untersucht, nämlich ihrer Kardinalität, ihres Namens und ihrer Anzahl an Null-Werten. Die vorliegende Arbeit beginnt mit einer detaillierten experimentellen Studie von zwölf Algorithmen zur Kardinalitätsschätzung. Diese Studie klassifiziert die Algorithmen anhand verschiedener Kriterien und analysiert ihre Effizienz. Dabei sind die Experimente im Vergleich zu den Originalpublikationen weitaus umfassender und testen die theoretischen Garantien der untersuchten Algorithmen. Unsere Ergebnisse geben Aufschluss über Abwägungen zwischen den Algorithmen und weisen zudem auf die Möglichkeit einer parallelen bzw. verteilten Algorithmenversion hin, wodurch die stetig anwachsende Datenmenge moderner Datensätze bewältigt werden könnten. Anschließend wird ein vollautomatisches, mehrstufiges System vorgestellt, mit dem sich im Falle fehlender, bedeutungsloser oder nicht repräsentativer Kopfzeilen einer Zieltabelle menschenverständliche, repräsentative und konsistente Kopfzeilen ermitteln lassen. Unsere Auswertung auf Wikipedia-Tabellen zeigt, dass 60% der automatisch entdeckten Schemata exakt und vollständig sind. Werden darüber hinaus mehr Schemakandidaten in Betracht gezogen, z.B. die Top-5, erhöht sich dieser Prozentsatz auf 72%. Schließlich wird das Phänomen der Geist- und Schein-FDs formell und experimentell untersucht, welches bei der Entdeckung von FDs auf Datensätzen mit fehlenden Werten auftreten kann. Um die Echtheit einer entdeckten FD effizient abzuschätzen, schlagen wir sowohl eine probabilistische als auch eine wahrscheinlichkeitsbasierte Bewertungsmethode vor. Die Wirksamkeit und Effizienz beider Bewertungsmethoden zeigt sich in unseren umfangreichen Experimenten mit realen und halbsynthetischen Datensätzen. KW - Data profiling KW - Functional dependencies KW - Data quality KW - Schema discovery KW - Cardinality estimation KW - Metanome KW - Missing values KW - Kardinalitätsschätzung KW - Datenqualität KW - Funktionale Abhängigkeiten KW - Fehlende Werte KW - Schema-Entdeckung Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-474554 ER - TY - THES A1 - López de Guereñu, Anna T1 - Tm3+-doped NaYF4 nanoparticles T1 - Tm3+-dotierte NaYF4 Nanopartikel BT - upconversion properties and bioimaging BT - Aufkonversionseigenschaften und Biologische Bildgebung N2 - Lately, the integration of upconverting nanoparticles (UCNP) in industrial, biomedical and scientific applications has been increasingly accelerating, owing to the exceptional photophysical properties that UCNP offer. Some of the most promising applications lie in the field of medicine and bioimaging due to such advantages as, among others, deeper tissue penetration, reduced optical background, possibility for multicolor imaging, and lower toxicity, compared to many known luminophores. However, some questions regarding not only the fundamental photophysical processes, but also the interaction of the UCNP with other luminescent reporters frequently used for bioimaging and the interaction with biological media remain unanswered. These issues were the primary motivation for the presented work. This PhD thesis investigated several aspects of various properties and possibilities for bioapplications of Yb3+,Tm3+-doped NaYF4 upconverting nanoparticles. First, the effect of Gd3+ doping on the structure and upconverting behaviour of the nanocrystals was assessed. The ageing process of the UCNP in cyclohexane was studied over 24 months on the samples with different Gd3+ doping concentrations. Structural information was gathered by means of X-ray diffraction (XRD), transmission electron microscopy (TEM), dynamic light scattering (DLS), and discussed in relation to spectroscopic results, obtained through multiparameter upconversion luminescence studies at various temperatures (from 4 K to 295 K). Time-resolved and steady-state emission spectra recorded over this ample temperature range allowed for a deeper understanding of photophysical processes and their dependence on structural changes of UCNP. A new protocol using a commercially available high boiling solvent allowed for faster and more controlled production of very small and homogeneous UCNP with better photophysical properties, and the advantages of a passivating NaYF4 shell were shown. Förster resonance energy transfer (FRET) between four different species of NaYF4: Yb3+, Tm3+ UCNP (synthesized using the improved protocol) and a small organic dye was studied. The influence of UCNP composition and the proximity of Tm3+ ions (donors in the process of FRET) to acceptor dye molecules have been assessed. The brightest upconversion luminescence was observed in the UCNP with a protective inert shell. UCNP with Tm3+ ions only in the shell were the least bright, but showed the most efficient energy transfer. In the final part, two surface modification strategies were applied to make UCNP soluble in water, which simultaneously allowed for linking them via a non-toxic copper-free click reaction to the liposomes, which served as models for further cell experiments. The results were assessed on a confocal microscope system, which was made possible by lesser known downshifting properties of Yb3+, Tm3+-doped UCNP. Preliminary antibody-staining tests using two primary and one dye-labelled secondary antibodies were performed on MDCK-II cells. N2 - In letzter Zeit hat sich die Integration von hochkonvertierenden Nanopartikeln (UCNP) in industriellen, biomedizinischen und wissenschaftlichen Anwendungen aufgrund der außergewöhnlichen photophysikalischen Eigenschaften, die UCNP bieten, zunehmend beschleunigt. Einige der vielversprechendsten Anwendungen liegen auf dem Gebiet der Medizin und des Bioimaging, der Bildgebung in biologischen Proben, unter anderem aufgrund vieler Vorteile wie einer tieferen Gewebedurchdringung, einem verringerten optischen Hintergrund, der Möglichkeit einer mehrfarbigen Bildgebung und einer geringeren Toxizität im Vergleich zu vielen bekannten Luminophoren. Einige Fragen, die nicht nur die grundlegenden photophysikalischen Prozesse betreffen, sondern auch die Wechselwirkung der UCNP mit anderen Lumineszenzreportern, die häufig für das Bioimaging verwendet werden, und die Wechselwirkung mit biologischen Medien bleiben jedoch offen. Diese Themen waren die Hauptmotivation für die vorgestellte Arbeit. Diese Doktorarbeit untersuchte verschiedene Aspekte verschiedener Eigenschaften und Möglichkeiten für die Bioanwendung von Yb3+,Tm3+-dotierten NaYF4-hochkonvertierenden Nanopartikeln. Zunächst wurde der Einfluss verschiedener Gd3+-Dotierungen auf die Struktur und das Hochkonvertierungsverhalten der Nanokristalle untersucht. Der Alterungsprozess des UCNP in Cyclohexan wurde über 24 Monate an Proben mit unterschiedlichen Gd3+-Dotierungskonzentrationen untersucht. Strukturinformationen wurden mittels Röntgenbeugung (XRD), Transmissionselektronenmikroskopie (TEM) und dynamischer Lichtstreuung (DLS) gesammelt und in Bezug auf die spektroskopischen Ergebnisse diskutiert, die durch Multiparameter-Hochkonversion-Lumineszenz-Experimenten bei verschiedenen Temperaturen (von 4 K bis 295 K) erhalten wurden. Zeitaufgelöste und stationäre Emissionsspektren, die über diesen weiten Temperaturbereich aufgezeichnet wurden, ermöglichten ein tieferes Verständnis der photophysikalischen Prozesse und ihrer Abhängigkeit von strukturellen Änderungen des UCNP. Ein neues Protokoll unter Verwendung eines im Handel erhältlichen hochsiedenden Lösungsmittels ermöglichte eine schnellere und kontrolliertere Herstellung von sehr kleinen und homogenen UCNP mit besseren photophysikalischen Eigenschaften. Weiterhin wurden die Vorteile einer passivierenden NaYF4-Hülle gezeigt. Der Förster-Resonanzenergietransfer (FRET) zwischen vier verschiedenen Spezies der NaYF4:Yb3+,Tm3+ UCNP (synthetisiert unter Verwendung des verbesserten Protokolls) und einem kleinen organischen Farbstoff wurde untersucht. Der Einfluss der UCNP-Zusammensetzung und die Nähe von Tm3+-Ionen (Donoren im FRET-Prozess) zu Akzeptorfarbstoffmolekülen wurden untersucht. Die effizienteste Hochkonversionslumineszenz wurde bei dem UCNP mit einer schützenden inerten Hülle beobachtet. Die UCNP mit den nur in der Schale dotierten Tm3+-Ionen leuchteten am schlechtesten, zeigten jedoch den effizientesten Energietransfer. Im letzten Teil wurden zwei Oberflächenmodifizierungsstrategien angewendet, um die UCNP wasserlöslich zu machen. Dadurch wurde es gleichzeitig möglich, die UCNP mittels einer ungiftigen kupferfreien Klickreaktion mit den Liposomen zu verbinden, die als Modelle für weitere Zellexperimente dienten. Die Ergebnisse wurden mit einem konfokalen Mikroskopsystem untersucht, das durch weniger bekannte Abwärtsumwandlungseigenschaften von Yb3+,Tm3+-dotiertem UCNP ermöglicht wurde. Vorläufige Antikörperfärbungstests wurden unter Verwendung von zwei primären Antikörpern und einem farbstoffmarkierten sekundären Antikörper an MDCK-II-Zellen durchgeführt. KW - upconverting nanoparticles KW - core-shell UCNP KW - resonance energy transfer KW - time-resolved luminescence KW - antibody staining KW - Antikörper-Färbung KW - Kern-Schale Aufkonvertierende Nanopartikel KW - Resonante Energie Transfer KW - Zeitaufgelöste Lumineszenz Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-475593 ER - TY - THES A1 - Dahlke, Sandro T1 - Rapid climate changes in the arctic region of Svalbard T1 - Aktuelle Klimaänderungen in der Svalbard-Region BT - processes, implications and representativeness for the broader Arctic BT - Prozesse, Auswirkungen und Repräsentativität für die Arktis N2 - Over the last decades, the Arctic regions of the earth have warmed at a rate 2–3 times faster than the global average– a phenomenon called Arctic Amplification. A complex, non-linear interplay of physical processes and unique pecularities in the Arctic climate system is responsible for this, but the relative role of individual processes remains to be debated. This thesis focuses on the climate change and related processes on Svalbard, an archipelago in the North Atlantic sector of the Arctic, which is shown to be a "hotspot" for the amplified recent warming during winter. In this highly dynamical region, both oceanic and atmospheric large-scale transports of heat and moisture interfere with spatially inhomogenous surface conditions, and the corresponding energy exchange strongly shapes the atmospheric boundary layer. In the first part, Pan-Svalbard gradients in the surface air temperature (SAT) and sea ice extent (SIE) in the fjords are quantified and characterized. This analysis is based on observational data from meteorological stations, operational sea ice charts, and hydrographic observations from the adjacent ocean, which cover the 1980–2016 period. It is revealed that typical estimates of SIE during late winter range from 40–50% (80–90%) in the western (eastern) parts of Svalbard. However, strong SAT warming during winter of the order of 2–3K per decade dictates excessive ice loss, leaving fjords in the western parts essentially ice-free in recent winters. It is further demostrated that warm water currents on the west coast of Svalbard, as well as meridional winds contribute to regional differences in the SIE evolution. In particular, the proximity to warm water masses of the West Spitsbergen Current can explain 20–37% of SIE variability in fjords on west Svalbard, while meridional winds and associated ice drift may regionally explain 20–50% of SIE variability in the north and northeast. Strong SAT warming has overruled these impacts in recent years, though. In the next part of the analysis, the contribution of large-scale atmospheric circulation changes to the Svalbard temperature development over the last 20 years is investigated. A study employing kinematic air-back trajectories for Ny-Ålesund reveals a shift in the source regions of lower-troposheric air over time for both the winter and the summer season. In winter, air in the recent decade is more often of lower-latitude Atlantic origin, and less frequent of Arctic origin. This affects heat- and moisture advection towards Svalbard, potentially manipulating clouds and longwave downward radiation in that region. A closer investigation indicates that this shift during winter is associated with a strengthened Ural blocking high and Icelandic low, and contributes about 25% to the observed winter warming on Svalbard over the last 20 years. Conversely, circulation changes during summer include a strengthened Greenland blocking high which leads to more frequent cold air advection from the central Arctic towards Svalbard, and less frequent air mass origins in the lower latitudes of the North Atlantic. Hence, circulation changes during winter are shown to have an amplifying effect on the recent warming on Svalbard, while summer circulation changes tend to mask warming. An observational case study using upper air soundings from the AWIPEV research station in Ny-Ålesund during May–June 2017 underlines that such circulation changes during summer are associated with tropospheric anomalies in temperature, humidity and boundary layer height. In the last part of the analysis, the regional representativeness of the above described changes around Svalbard for the broader Arctic is investigated. Therefore, the terms in the diagnostic temperature equation in the Arctic-wide lower troposphere are examined for the Era-Interim atmospheric reanalysis product. Significant positive trends in diabatic heating rates, consistent with latent heat transfer to the atmosphere over regions of increasing ice melt, are found for all seasons over the Barents/Kara Seas, and in individual months in the vicinity of Svalbard. The above introduced warm (cold) advection trends during winter (summer) on Svalbard are successfully reproduced. Regarding winter, they are regionally confined to the Barents Sea and Fram Strait, between 70°–80°N, resembling a unique feature in the whole Arctic. Summer cold advection trends are confined to the area between eastern Greenland and Franz Josef Land, enclosing Svalbard. N2 - Die Arktis hast sich über die letzten Jahrzehnte etwa 2–3 mal so schnell erwärmt wie die globale Mitteltemperatur der Erde, wofür der Begriff Arktische Verstärkung geprägt wurde. Eine komplexe Kaskade nichtlinear miteinander interagierender Prozesse und lokaler Bedingungen ist für das Auftreten dieses Phänomens verantwortlich, jedoch bleibt ein wissenschaftlicher Konsens zur Quantifizierung einzelner beteiligter Prozesse noch aus. Diese Arbeit befasst sich mit den Klimaänderungen und assoziierten Prozessen in der Svalbard-Region, einem arktischen Archipel im Nordatlantik. Svalbard kann als Brennpunkt der arktischen Veränderungen bezeichnet werden, vor allem während des Winters. In dieser ausgesprochen dynamischen Region interagieren die Energieflüsse durch großskalige atmosphärische und ozeanische Wärme- und Feuchtetransporte mit der heteorogenen Oberfläche, die sich aus Eis-, Wasser-, oder Landflächen zusammensetzt. Die daraus resultierenden horizontalen und vertikalen Energieflüsse stehen in engem Zusammenhang mit der Beschaffenheit der atmosphärischen Grenzschicht. Im ersten Teil dieser Arbeit werden laterale Unterschiede in der Oberflächentemperatur (SAT), sowie der Meereisbedeckung (SIE) in den Fjorden und Sunden des Archipels quantifiziert und klassifiziert. Dies geschieht auf der Grundlage von meteorologischen Stationsmessdaten und operationellen Eisbedeckungskarten der Jahe 1980–2016. Es zeigt sich, dass prozentuale Eisbedeckungen im Osten des Studiengebietes typischerweise 80–90% im Winter erreichen, während diese Werte in Fjorden der Westküste mit 40–50% deutlich niedriger liegen. Allerdings bedingt eine starke, winterliche SAT Erwärmung von 2–3K pro Jahrzehnt signifikante SIE Abwärtstrends, sodass die Fjorde im Westen von Svalbard in den jüngeren Wintern üblicherweise eisfrei waren. Im Weiteren wird gezeigt dass die warmen Ozeanströmungen nahe der Westküste, sowie spezielle Windkonstellationen, einen signifikanten regionalen Einfluss auf die langzeitliche Entwicklung der Meereisbedeckung ausüben. So kann Variabilität in der Temperatur des Westspitzbergenstroms etwa 20–37% der zwischenjährlichen SIE Variabilität in den Fjorden der Westküste erklären. Die meridionale Atmosphärenströmung nordwestlich von Spitzbergen, die hochkorelliert mit Eisdrift ist, kann andererseits –regional abhängig– etwa 20–50% der SIE-Variablität in den nördlichen und nordöstlichen Fjorden erklären. Durch den starken temperaturbedingten Eisrückgang in der gesamten Region sind diese Einflüsse zuletzt jedoch stark abgeschwächt. Im Folgenden wird der Beitrag von Zirkulationsänderungen zur Temperaturentwicklung Svalbards während der letzten 20 Jahre untersucht. Die Analyse basiert auf den Quellregionen troposphärischer Luftmassen, die sich aus kinematischen FLEXTRA-Rückwärtstrajektorien ergeben. Für den Winter zeigt sich, dass sich diese zuletzt immer häufiger in sub-arktische Gebiete über dem Nordatlantik verlagert hatten, und seltener in der hohen Arktis lagen. Dies moduliert Warmluft-, und Feuchtetransporte in Richtung Spitzbergen, und beeinflusst potentiell Wolkencharakteristiken und assoziierte Strahlungsprozesse. Nähere Untersuchen zeigen dass ein zuletzt stärker ausgeprägtes Uralhoch und Islandtief dafür verantwortlich sind, und dass dies einen Beitrag von etwa 25% zur jüngsten Wintererwärmung auf Spitzbergen hat. Sommertrajektorien offenbaren eine gegensätzliche Entwicklung, mit häufigerer Anströmung aus der Zentralarktis, welche mit Kaltluftadvektion einhergeht, auf Kosten von seltenerer Anströmung aus dem Süden. Dies liegt in einem während der letzten 10 Jahre stark ausgeprägten Grönlandhoch begründet. Eine Fallstudie anhand von Radiosondendaten vom Frühsommer 2017 untermauert die Ergebnisse und zeigt darüber hinaus, dass derartige Zirkulationsänderungen mit ausgeprägten Anomalien von troposphärischen Temperaturen,Feuchtigkeit, und der Grenzschichthöhe in Ny-Ålesund einher geht. Interessanterweise tragen Zirkulationsänderungen im Winter also verstärkend zur Erwärmung auf Svalbard bei, während jene im Sommer einer stärkeren Erwärmung entgegenwirken. In einem letzten Analyseschritt wird die regionale Repräsentativität der Region für die weitere Arktis erörtert. Die Analyse von Era-Interim Reanalysedaten untermauert hierbei zunächst die advektiven Temperaturänderungen in Sommer und Winter in der Region um Svalbard. Der Trend zu verstärkt positiver winterlicher Temperaturadvektion ist einzigartig in der Arktis und beschränkt sich auf die Regionen zwischen Barentssee, Spitzbergen und der nördlichen Framstraße. Die sommerliche erhöhte Kaltluftadvektion findet sich in einem weiten Gebiet zwischen der Ostküste Grönlands und Franz-Josef-Land, welches Svalbard einschließt. Ein diabatischer Erwärmungstrend, der mit aufwärts gerichteten latenten Energieflüssen und Eisrückgang konsistent ist, findet sich in allen Jahreszeiten über der Barents/Karasee wieder, und erstreckt sich in einzelnen Monaten bis nach Svalbard. KW - arctic KW - climate KW - Svalbard KW - meteorology KW - climatology KW - atmosphere KW - Arktis KW - Klima KW - Svalbard KW - Meteorologie KW - Klimatologie KW - Atmosphäre Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-445542 ER - TY - THES A1 - De Veaugh-Geiss, Joseph P. T1 - Cleft exhaustivity T1 - Exhaustivität in Spaltsätzen BT - a unified approach to inter-speaker and cross-linguistic variability BT - ein einheitlicher Erklärungsansatz für die individuelle und cross-linguistische Variabilität N2 - In this dissertation a series of experimental studies are presented which demonstrate that the exhaustive inference of focus-background it-clefts in English and their cross-linguistic counterparts in Akan, French, and German is neither robust nor systematic. The inter-speaker and cross-linguistic variability is accounted for with a discourse-pragmatic approach to cleft exhaustivity, in which -- following Pollard & Yasavul 2016 -- the exhaustive inference is derived from an interaction with another layer of meaning, namely, the existence presupposition encoded in clefts. N2 - In dieser Dissertation wird eine Reihe von experimentellen Studien vorgestellt, die zeigen, dass die Exhaustivitätsinferenz englischer 'it'-Spaltsätze mit Fokus-Background-Gliederung und ihrer Gegenstücke in den Sprachen Akan, Französisch und Deutsch weder robust noch systematisch ist. Die individuelle und cross-linguistische Variabilität wird mit einer diskurspragmatischen Analyse der Spaltsatz-Exhaustivität erklärt, in der -- nach Pollard & Yasavul 2016 -- die Exhaustivitätsinferenz aus einer Interaktion mit einer anderen Bedeutungsebene abgeleitet wird, und zwar mit der in Spaltsätzen enthaltenen Existenzpräsupposition. KW - experimental studies KW - German KW - French KW - English KW - Akan KW - clefts KW - definite pseudoclefts KW - exhaustive inference KW - anaphoric existence presupposition KW - predicate interpretation (distributive vs. non-distributive) KW - variability KW - experimentelle Studien KW - Deutsch KW - Französisch KW - Englisch KW - Akan KW - Spaltsätze KW - definite Pseudospaltsätze KW - Exhaustivitätsinferenz KW - anaphorische Existenzpräsupposition KW - Prädikatsinterpretation (distributiv vs. nicht-distributiv) KW - Variabilität Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-446421 ER - TY - THES A1 - Senftleben, Robin T1 - Earth's magnetic field over the last 1000 years N2 - To investigate the reliability and stability of spherical harmonic models based on archeo/-paleomagnetic data, 2000 Geomagnetic models were calculated. All models are based on the same data set but with randomized uncertainties. Comparison of these models to the geomagnetic field model gufm1 showed that large scale magnetic field structures up to spherical harmonic degree 4 are stable throughout all models. Through a ranking of all models by comparing the dipole coefficients to gufm1 more realistic uncertainty estimates were derived than the authors of the data provide. The derived uncertainty estimates were used in further modelling, which combines archeo/-paleomagnetic and historical data. The huge difference in data count, accuracy and coverage of these two very different data sources made it necessary to introduce a time dependent spatial damping, which was constructed to constrain the spatial complexity of the model. Finally 501 models were calculated by considering that each data point is a Gaussian random variable, whose mean is the original value and whose standard deviation is its uncertainty. The final model arhimag1k is calculated by taking the mean of the 501 sets of Gauss coefficients. arhimag1k fits different dependent and independent data sets well. It shows an early reverse flux patch at the core-mantle boundary between 1000 AD and 1200 AD at the location of the South Atlantic Anomaly today. Another interesting feature is a high latitude flux patch over Greenland between 1200 and 1400 AD. The dipole moment shows a constant behaviour between 1600 and 1840 AD. In the second part of the thesis 4 new paleointensities from 4 different flows of the island Fogo, which is part of Cape Verde, are presented. The data is fitted well by arhimag1k with the exception of the value at 1663 of 28.3 microtesla, which is approximately 10 microtesla lower than the model suggest. N2 - Um die Stabilität und Zuverlässigkeit von sphärisch harmonischen Erdmagnetfeldmodellen, die auf paleomagnetischen und archeomagnetischen Daten basieren zu untersuchen wurden 2000 Erdmagnetfeldmodelle berechnet. Jedes dieser Modelle berechnet sich aus Daten, die mit zufälligen Unsicherheiten in die Inversion eingehen. Ein Vergleich dieser Modelle zum historischen Erdmagnetfeldmodell gufm1 zeigt, dass großflächige magnetische Strukturen bis zum sphärischen harmonischen Grad 4 stabil in allen Modellen sind. Ein Ranking der 2000 Modelle wurde verwendet, um realistischere Fehlerabschätzungen der Daten zu bekommen, als die, die von den Autoren angebeben werden. Diese Fehlerabschätzungen werden für die weitere Modellierung benutzt, welche historische und paleo-/archeomagnetiche Daten kombiniert. Der große Unterschied in der Anzahl der Daten und der räumlichen Verteilung dieser sehr verschiedenen Datenquellen machte es notwendig, eine zeitabhängige räumliche Dämpfung einzuführen. Diese ist so konstruiert, dass die räumlich Komplexität des Modelles in einem bestimmten Zeitintervall festgelegt wird. 501 Modelle wurde berechnet, indem jeder Datenpunkt als gaußsche Zufallsvariable gesehen wird mit dem Originalwert als Mittelwert und die Fehlerabschätzung als Standardabweichung. Das finale Modell arhimag1k berechnet sich aus dem Mittelwert der Gaußkoeffizienten aller 501 Modelle. arhimag1k fittet verschiedene abhängige und unabhängige Datensätze gut. Es zeigt eine frühe Anomaly an der Kern-Mantel Grenze zwischen 1000 und 1200 AD an der Lokation, wo auch die heutige Südatlantische Anomaly liegt. Eine andere interessante Auffälligkeit ist eine starke radiale Magnetfeldkomponente an der Kern-Mantel Grenze zwischen 1200 und 1400 AD über Grönland. Das Dipolmoment zeigt ein konstantes Verhalten von 1600 bis 1840 AD. Im zweiten Teil der Arbeit werden 4 neue Paleointensitäten der Insel Fogo, welches Teil von Kap Verde ist, presentiert. Diese neuen Daten werden gut von dem Modell arhimag1k gefittet, außer der Wert von 1663 AD mit 28.3 mikrotesla , welcher etwa 10 mikrotesla niedriger ist, als das Modell zeigt. T2 - Erdmagnetfeld der letzten 1000 Jahre KW - Earth's magnetic field KW - archeomagnetism KW - paleomagnetism KW - modelling KW - spherical harmonics KW - Erdmagnetfeld KW - Archäomagnetismus KW - Paläomagnetismus KW - Modellierung KW - Kugelflächenfunktionen Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-473150 ER - TY - THES A1 - Hernandez Anguizola, Eloy Luis T1 - Numerical simulations in multimode fibres for astronomical spectroscopy N2 - The goal of this thesis was to thoroughly investigate the behavior of multimode fibres to aid the development of modern and forthcoming fibre-fed spectrograph systems. Based on the Eigenmode Expansion Method, a field propagation model was created that can emulate effects in fibres relevant for astronomical spectroscopy, such as modal noise, scrambling, and focal ratio degradation. These effects are of major concern for any fibre-coupled spectrograph used in astronomical research. Changes in the focal ratio, modal distribution of light or non-perfect scrambling limit the accuracy of measurements, e.g. the flux determination of the astronomical object, the sky-background subtraction and detection limit for faint galaxies, or the spectral line position accuracy used for the detection of extra-solar planets. Usually, fibres used for astronomical instrumentation are characterized empirically through tests. The results of this work allow to predict the fibre behaviour under various conditions using sophisticated software tools to simulate the waveguide behaviour and mode transport of fibres. The simulation environment works with two software interfaces. The first is the mode solver module FemSIM from Rsoft. It is used to calculate all the propagation modes and effective refractive indexes of a given system. The second interface consists of Python scripts which enable the simulation of the near- and far-field outputs of a given fibre. The characteristics of the input field can be manipulated to emulate real conditions. Focus variations, spatial translation, angular fluctuations, and disturbances through the mode coupling factor can also be simulated. To date, complete coherent propagation or complete incoherent propagation can be simulated. Partial coherence was not addressed in this work. Another limitation of the simulations is that they work exclusively for the monochromatic case and that the loss coefficient of the fibres is not considered. Nevertheless, the simulations were able to match the results of realistic measurements. To test the validity of the simulations, real fibre measurements were used for comparison. Two fibres with different cross-sections were characterized. The first fibre had a circular cross-section, and the second one had an octagonal cross-section. The utilized test-bench was originally developed for the prototype fibres of the 4MOST fibre feed characterization. It allowed for parallel laser beam measurements, light cone measurements, and scrambling measurements. Through the appropriate configuration, the acquisition of the near- and/or far-field was feasible. By means of modal noise analysis, it was possible to compare the near-field speckle patterns of simulations and measurements as a function of the input angle. The spatial frequencies that originate from the modal interference could be analyzed by using the power spectral density analysis. Measurements and simulations yielded similar results. Measurements with induced modal scrambling were compared to simulations using incoherent propagation and once again similar results were achieved. Through both measurements and simulations, the enlargement of the near-field distribution could be observed and analyzed. The simulations made it possible to explain incoherent intensity fluctuations that appear in real measurements due to the field distribution of the active propagation modes. By using the Voigt analysis in the far-field distribution, it was possible to separate the modal diffusion component in order to compare it with the simulations. Through an appropriate assessment, the modal diffusion component as a function of the input angle could be translated into angular divergence. The simulations gave the minimal angular divergence of the system. Through the mean of the difference between simulations and measurements, a figure of merit is given which can be used to characterize the angular divergence of real fibres using the simulations. Furthermore, it was possible to simulate light cone measurements. Due to the overall consistent results, it can be stated that the simulations represent a good tool to assist the fibre characterization process for fibre-fed spectrograph systems. This work was possible through the BMBF Grant 05A14BA1 which was part of the phase A study of the fibre system for MOSAIC, a multi-object spectrograph for the Extremely Large Telescope (ELT-MOS). N2 - Vorrangiges Ziel der Arbeit war eine ausführliche Untersuchung von Eigenschaften multimodaler Glasfasern mittels Simulationen und experimenteller Tests, welche die Charakterisierung fasergekoppelter astronomischer Spektrographen unterstützt. Die simulierten Effekte sind von großer Bedeutung für alle fasergekoppelten Spektrographen, die in der astronomischen Forschung verwendet werden. Jede Änderung des Öffnungsverhältnisses (durch Focal-Ratio-Degradation), der Modenanregung in der Glasfaser (modal noise) oder einer variablen Ausleuchtung (durch unzureichendes scrambling) schränkt die Genauigkeit der Messungen ein. Dies hat Auswirkungen auf die Intensitätsbestimmung des astronomischen Objekts, die Subtraktion des Himmelshintergrundes und damit die Detektion von lichtschwachen Galaxien, oder die spektrale Stabilität, die für den Nachweis von extra-solaren Planeten benötigt wird. Zwei Softwareprogramme wurden für die Simulationsumgebung verwendet. Zunächst wurde ein Modenrechner benötigt, um die ausbreitungsfähigen Moden des simulierten Systems zu berechenen. Dafür wurde das FemSIM-Modul von RSOFT eingesetzt. Anschließend wurden durch selbst geschriebene Python-Skripte die Nah- und Fernfelder am Faserausgang berechnet. Die Funktionen beinhalten die Berechnungen des Eingangsfeldes, der räumlichen Verschiebung, der Winkelabweichung des Eingangsfeldes, sowie der Störungseffekte durch Modenkopplung. Bisher konnte die Propagation der Felder kohärent oder inkohärent simuliert werden. Das umfangreiche Themenfeld der partiellen Kohärenz wurde in dieser Arbeit nicht behandelt. Außerdem sind die von der Wellenlänge abhängigen Verlustkoeffizienten nicht berücksichtig worden und die Simulationen beschränken sich auf den monochromatischen Fall. Dennoch war es möglich, eine gute Übereinstimmung von realen Messwerten und Simulationsergebnissen zu erlangen. Um die Gültigkeit der Simulationen zu überprüfen, wurden optische Fasern vermessen und die Ergebnisse zwischen Simulationen und Messungen verglichen. Hierfür wurden zwei Fasern mit unterschiedlichem Querschnitt verwendet: eine zirkulare Faser und eine oktagonale Faser. Der verwendete Prüfstand wurde für die Charakterisierung der 4MOST Faserprototypen entwickelt. Verschiedene Konfigurationen zur Charakterisierung optischer Fasern waren durch den Prüfstand möglich, z.B. die Aufnahmen von Nah- und Fernfeldern. Durch die Analyse des Modenrauschens war es möglich, die Abhängigkeit der Interferenzmuster als Funktion des Eingangswinkels zu vergleichen. Mittels der spektralen Leistungsdichte konnten die räumlichen Frequenzen der Interferenzmuster untersucht und eine gute Übereinstimmung zwischen Theorie und Experiment bestätigt werden. Messungen mit induzierter Durchmischung wurden mit Simulationen veglichen, die den inkohärenten Ausbreitungsfall benutzen. Die Vergrößerung des Nahfeldes auf Grund schnellerer Blendenzahlen wurde in Messungen und Simulationen beobachtet und nachgewiesen. Durch die Simulationen ist es gelungen, inkohärente Intensitätsuktuationen zu erklären. Mittels der Voigt Analyse der Fernfelder war es möglich, die modale Diffusionskomponente zwischen Messungen und Simulationen zu vergleichen. Durch eine geeignete Auswertung konnten die Diffusionskomponenten als Funktion des Eingangswinkels ermittelt werden und die Winkeldivergenz der Fernfelder berechnet werden. Das Minimum der Winkeldivergenz eines Systems konnte durch Simulationen berechnet werden. Als Leistungszahl wurde die Mittelung der Differenz zwischen der minimalen und der gemessenen Winkeldivergenz ermittelt. Obwohl die Simulationen durch einige Faktoren begrenzt sind, ist es gelungen, die Ergebnisse der Lichtkegel Messungen zu emulieren. Auf Grund der insgesamt guten Übereinstimmung zwischen Simulationen und Messungen ist es damit möglich, die Charakterisierung von fasergekoppelten Spektrographen im Vorfeld realistisch zu simulieren. Diese Arbeit wurde ermöglicht durch die BMBF-Förderung 05A14BA1 als Teil der Phase-A-Studie des Fasersystems für MOSAIC, einem Multi-Objekt-Spektrographen für das Extremly Large Telescope (ELTMOS) der europäischen Südsternwarte ESO. KW - Astronomical instrumentation KW - Fibre-fed spectroscopy KW - Multi-object spectroscopy KW - Multimode fibres KW - Modal expansion method Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-472363 ER - TY - THES A1 - Taeumel, Marcel T1 - Data-driven tool construction in exploratory programming environments T1 - Datengetriebener Werkzeugbau in explorativen Programmierumgebungen N2 - This work presents a new design for programming environments that promote the exploration of domain-specific software artifacts and the construction of graphical tools for such program comprehension tasks. In complex software projects, tool building is essential because domain- or task-specific tools can support decision making by representing concerns concisely with low cognitive effort. In contrast, generic tools can only support anticipated scenarios, which usually align with programming language concepts or well-known project domains. However, the creation and modification of interactive tools is expensive because the glue that connects data to graphics is hard to find, change, and test. Even if valuable data is available in a common format and even if promising visualizations could be populated, programmers have to invest many resources to make changes in the programming environment. Consequently, only ideas of predictably high value will be implemented. In the non-graphical, command-line world, the situation looks different and inspiring: programmers can easily build their own tools as shell scripts by configuring and combining filter programs to process data. We propose a new perspective on graphical tools and provide a concept to build and modify such tools with a focus on high quality, low effort, and continuous adaptability. That is, (1) we propose an object-oriented, data-driven, declarative scripting language that reduces the amount of and governs the effects of glue code for view-model specifications, and (2) we propose a scalable UI-design language that promotes short feedback loops in an interactive, graphical environment such as Morphic known from Self or Squeak/Smalltalk systems. We implemented our concept as a tool building environment, which we call VIVIDE, on top of Squeak/Smalltalk and Morphic. We replaced existing code browsing and debugging tools to iterate within our solution more quickly. In several case studies with undergraduate and graduate students, we observed that VIVIDE can be applied to many domains such as live language development, source-code versioning, modular code browsing, and multi-language debugging. Then, we designed a controlled experiment to measure the effect on the time to build tools. Several pilot runs showed that training is crucial and, presumably, takes days or weeks, which implies a need for further research. As a result, programmers as users can directly work with tangible representations of their software artifacts in the VIVIDE environment. Tool builders can write domain-specific scripts to populate views to approach comprehension tasks from different angles. Our novel perspective on graphical tools can inspire the creation of new trade-offs in modularity for both data providers and view designers. N2 - Diese Arbeit schlägt einen neuartigen Entwurf für Programmierumgebungen vor, welche den Umgang mit domänenspezifischen Software-Artefakten erleichtern und die Konstruktion von unterstützenden, grafischen Werkzeugen fördern. Werkzeugbau ist in komplexen Software-Projekten ein essentieller Bestandteil, weil spezifische, auf Domäne und Aufgabe angepasste, Werkzeuge relevante Themen und Konzepte klar darstellen und somit effizient zur Entscheidungsfindung beitragen können. Im Gegensatz dazu sind vorhandene, traditionelle Werkzeuge nur an allgemeinen, wiederkehrenden Anforderungen ausgerichtet, welche im Spezialfall Gedankengänge nur unzureichend abbilden können. Leider sind das Erstellen und Anpassen von interaktiven Werkzeugen teuer, weil die Beschreibungen zwischen Information und Repräsentation nur schwer auffindbar, änderbar und prüfbar sind. Selbst wenn relevante Daten verfügbar und vielversprechende Visualisierungen konfigurierbar sind, müssten Programmierer viele Ressourcen für das Verändern ihrer Programmierumgeben investieren. Folglich können nur Ideen von hohem Wert umgesetzt werden, um diese Kosten zu rechtfertigen. Dabei sieht die Situation in der textuellen Welt der Kommandozeile sehr vielversprechend aus. Dort können Programmierer einfach ihre Werkzeuge in Form von Skripten anpassen und kleine Filterprogramme kombinieren, um Daten zu verarbeiten. Wir stellen eine neuartige Perspektive auf grafische Werkzeuge vor und vermitteln dafür ein Konzept, um diese Werkzeuge mit geringem Aufwand und in hoher Qualität zu konstruieren. Im Detail beinhaltet das, erstens, eine objekt-orientierte, daten-getriebene, deklarative Skriptsprache, um die Programmierschnittstelle zwischen Information und Repräsentation zu vereinfachen. Zweitens ist dies eine skalierbare Entwurfssprache für Nutzerschnitt-stellen, welche kurze Feedback-Schleifen und Interaktivität kombiniert, wie es in den Umgebungen Self oder Squeak/Smalltalk typisch ist. Wir haben unser Konzept in Form einer neuartigen Umgebung für Werkzeugbau mit Hilfe von Squeak/Smalltalk und Morphic umgesetzt. Die Umgebung trägt den Namen VIVIDE. Damit konnten wir die bestehenden Werkzeuge von Squeak für Quelltextexploration und ausführung ersetzen, um unsere Lösung kontinuierlich zu verbessern. In mehreren Fallstudien mit Studenten konnten wir beobachten, dass sich VIVIDE in vielen Domänen anwenden lässt: interaktive Entwicklung von Programmiersprachen, modulare Versionierung und Exploration von Quelltext und Fehleranalyse von mehrsprachigen Systemen. Mit Blick auf zukünftige Forschung haben wir ebenfalls ein kontrolliertes Experiment entworfen. Nach einigen Testläufen stellte sich die Trainingsphase von VIVIDE als größte, und somit offene, Herausforderung heraus. Im Ergebnis sind wir davon überzeugt, dass Programmierer in VIVIDE direkt mit greifbaren, interaktiven Darstellungen relevanter Software-Artefakte arbeiten können. Im Rahmen des Werkzeugbaus können Programmierer kompakte, angepasste Skripte schreiben, die Visualisierungen konfigurieren, um Programmieraufgaben spezifisch aus mehreren Blickwinkeln zu betrachten. Unsere neuartige Perspektive auf grafische Werkzeuge kann damit sowohl das Bereitstellen von Informationen, als auch den Entwurf interaktiver Grafik positiv beeinflussen. KW - programming KW - tool building KW - user interaction KW - exploration KW - liveness KW - immediacy KW - direct manipulation KW - scripting languages KW - Squeak/Smalltalk KW - Programmieren KW - Werkzeugbau KW - Nutzerinteraktion KW - Exploration KW - Lebendigkeit KW - Direkte Manipulation KW - Skriptsprachen KW - Squeak/Smalltalk Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-444289 ER - TY - THES A1 - Menting, Thijs T1 - Purposiveness of nature in Kant's third critique T1 - Zweckmäßigkeit der Natur in Kant’s Kritik der Urteilskraft N2 - This dissertation aims to deliver a transcendental interpretation of Immanuel Kant's Kritik der Urteilskraft, considering both its coherence with other critical works as well as the internal coherence of the work itself. This interpretation is called transcendental insofar as special emphasis is placed on the newly introduced cognitive power, namely the reflective power of judgement, guided by the a priori principle of purposiveness. In this way the seeming manifold of themes, varying from judgements of taste through culture to teleological judgements about natural purposes, are discussed exclusively in regard of their dependence on this faculty and its transcendental principle. In contrast, in contemporary scholarship the book is often treated as a fragmented work, consisting of different independent parts, while my focus lies on the continuity comprised primarily of the activity of the power of judgement. Going back to certain central yet silently presupposed concepts, adopted from previous critical works, the main contribution of this study is to integrate the KU within the overarching critical project. More specifically, I have argue how the need for the presupposition by the reflective power of judgement follows from the peculiar character of our sense-dependent discursive mind. Because we are sense-dependent discursive minds, we do not and cannot have immediate insight into all of nature's features. The particular constitution of our mind rather demands conceptually informed representations which mediately refer to objects. Having said that, the principle of purposiveness, namely the presupposition that nature is organized in concert with the particular constitution of our mind, is a necessary condition for the possibility of reflection on nature's empirical features. Reflection refers on my account to a process of selecting features in order to allow a classification, including reflection on the method, means and selection criteria. Rather than directly contributing to cognition, like the categories, reflective judgements thus express our ignorance when it comes to the motivation behind nature's design, and this is most forcefully expressed by judgements of taste and teleological judgements about organized matter. In this way, reflection, regardless whether it is manifested in concept acquisition, scientific systematization, judgements of taste or judgements about organized matter, relies on a principle of the power of judgement which is revealed and justified in this transcendental inquiry. N2 - Diese Studie verfolgt das Ziel, eine transzendentale Interpretation der Kritik der Urteilskraft von Immanuel Kant vorzulegen, welche sowohl den Zusammenhang mit den anderen kritischen Werken, als auch die interne Kohärenz des Buches berücksichtigt. Ich bezeichne die Interpretation als transzendental, weil das neu eingeführte Erkenntnisvermögen, nämlich die reflektierende Urteilskraft, zusammen mit seinem a priori Prinzip der Zweckmäßigkeit in den Fokus gerückt wird. Dies sollte es erlauben, die scheinbare Vielfalt der Themen (von ästhetischen Urteilen über Kultur bis hin zu teleologischen Urteilen über Naturzwecke), welche viele Interpreten in die Irre geführt hat, ausschließlich in Abhängigkeit dieses Erkenntnisvermögens und des entsprechenden transzendentalen Prinzips zu untersuchen. Auf diesem Weg wird nicht nur beabsichtigt, die Zugehörigkeit der Kritik der Urteilskraft zum transzendentalen Projekt Kants nachzuweisen, sondern außerdem auch das Prinzip der Zweckmäßigkeit in unserem reflexiven Verhältnis zur Natur zu etablieren. Der wichtigste Beitrag dieser Studie besteht darin, die Kritik der Urteilskraft in das größere kritische Projekt einzuordnen. Ich habe argumentiert, wie das Bedürfnis für die Voraussetzung der reflektierenden Urteilskraft aus dem eigentümlichen Charater unseres sinnlichen und diskursiven Gemüts folgt. Da wir ein sinnliches und diskursives Gemüt haben, verfügen wir nicht über einen unmittelbaren Einblick in alle Merkmale der Gegenstände der empirischen Natur. Die eigentümliche Beschaffenheit unseres Gemüts erfordert begriffliche Vorstellungen, die sich mittelbar auf Objekte beziehen. Das Prinzip der Zweckmäßigkeit, nämlich die Voraussetzung, dass die Natur unserem Gemüt angemessen organisiert ist, ist eine notwendige Bedingung für die Möglichkeit der Reflexion auf die empirischen Merkmale der Natur. Reflexion verweist in meinem Ansatz auf den Prozess der Auswahl von Merkmal für eine Klassifizierung, einschließlich die Reflexion auf die Methode, Mittel und Kriterien. Anstatt einen Beitrag zur Erkenntnis drücken Reflexionsurteile also Unwissenheit bezüglich der Intention hinter dem Entwurf der Natur, wie Geschmacksurteile und teleologische Urteile über organisierte Materie, am deutlichsten aus. So betrachtet hängt Reflexion, egal ob sie sich in Begriffsbildung, wissenschaftlicher Systematisierung, Geschmacksurteilen oder teleogischen Urteilen über organisierte Materie ausdrückt, von einem eigenen Prinzip der reflektierenden Urteilskraft ab, das in einer transzendentalen Untersuchung in der Kritik der Urteilskraft dargestellt und begründet wird. KW - Kant KW - critique of judgement KW - epistemology KW - aesthetics KW - philosophy of biology KW - Kant KW - Kritik der Urteilskraft KW - Epistemologie KW - Ästhetik KW - Philosophie der Biologie Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-444336 SN - 978-3-86956-484-5 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - THES A1 - Tunn, Isabell T1 - From single molecules to bulk materials: tuning the viscoelastic properties of coiled coil cross-linked hydrogels N2 - The development of bioinspired self-assembling materials, such as hydrogels, with promising applications in cell culture, tissue engineering and drug delivery is a current focus in material science. Biogenic or bioinspired proteins and peptides are frequently used as versatile building blocks for extracellular matrix (ECM) mimicking hydrogels. However, precisely controlling and reversibly tuning the properties of these building blocks and the resulting hydrogels remains challenging. Precise control over the viscoelastic properties and self-healing abilities of hydrogels are key factors for developing intelligent materials to investigate cell matrix interactions. Thus, there is a need to develop building blocks that are self-healing, tunable and self-reporting. This thesis aims at the development of α-helical peptide building blocks, called coiled coils (CCs), which integrate these desired properties. Self-healing is a direct result of the fast self-assembly of these building blocks when used as material cross-links. Tunability is realized by means of reversible histidine (His)-metal coordination bonds. Lastly, implementing a fluorescent readout, which indicates the CC assembly state, self-reporting hydrogels are obtained. Coiled coils are abundant protein folding motifs in Nature, which often have mechanical function, such as in myosin or fibrin. Coiled coils are superhelices made up of two or more α-helices wound around each other. The assembly of CCs is based on their repetitive sequence of seven amino acids, so-called heptads (abcdefg). Hydrophobic amino acids in the a and d position of each heptad form the core of the CC, while charged amino acids in the e and g position form ionic interactions. The solvent-exposed positions b, c and f are excellent targets for modifications since they are more variable. His-metal coordination bonds are strong, yet reversible interactions formed between the amino acid histidine and transition metal ions (e.g. Ni2+, Cu2+ or Zn2+). His-metal coordination bonds essentially contribute to the mechanical stability of various high-performance proteinaceous materials, such as spider fangs, Nereis worm jaws and mussel byssal threads. Therefore, I bioengineered reversible His-metal coordination sites into a well-characterized heterodimeric CC that served as tunable material cross-link. Specifically, I took two distinct approaches facilitating either intramolecular (Chapter 4.2) and/or intermolecular (Chapter 4.3) His-metal coordination. Previous research suggested that force-induced CC unfolding in shear geometry starts from the points of force application. In order to tune the stability of a heterodimeric CC in shear geometry, I inserted His in the b and f position at the termini of force application (Chapter 4.2). The spacing of His is such that intra-CC His-metal coordination bonds can form to bridge one helical turn within the same helix, but also inter-CC coordination bonds are not generally excluded. Starting with Ni2+ ions, Raman spectroscopy showed that the CC maintained its helical structure and the His residues were able to coordinate Ni2+. Circular dichroism (CD) spectroscopy revealed that the melting temperature of the CC increased by 4 °C in the presence of Ni2+. Using atomic force microscope (AFM)-based single molecule force spectroscopy, the energy landscape parameters of the CC were characterized in the absence and the presence of Ni2+. His-Ni2+ coordination increased the rupture force by ~10 pN, accompanied by a decrease of the dissociation rate constant. To test if this stabilizing effect can be transferred from the single molecule level to the bulk viscoelastic material properties, the CC building block was used as a non-covalent cross-link for star-shaped poly(ethylene glycol) (star-PEG) hydrogels. Shear rheology revealed a 3-fold higher relaxation time in His-Ni2+ coordinating hydrogels compared to the hydrogel without metal ions. This stabilizing effect was fully reversible when using an excess of the metal chelator ethylenediaminetetraacetate (EDTA). The hydrogel properties were further investigated using different metal ions, i.e. Cu2+, Co2+ and Zn2+. Overall, these results suggest that Ni2+, Cu2+ and Co2+ primarily form intra-CC coordination bonds while Zn2+ also participates in inter-CC coordination bonds. This may be a direct result of its different coordination geometry. Intermolecular His-metal coordination bonds in the terminal regions of the protein building blocks of mussel byssal threads are primarily formed by Zn2+ and were found to be intimately linked to higher-order assembly and self-healing of the thread. In the above example, the contribution of intra-CC and inter-CC His-Zn2+ cannot be disentangled. In Chapter 4.3, I redesigned the CC to prohibit the formation of intra-CC His-Zn2+ coordination bonds, focusing only on inter-CC interactions. Specifically, I inserted His in the solvent-exposed f positions of the CC to focus on the effect of metal-induced higher-order assembly of CC cross-links. Raman and CD spectroscopy revealed that this CC building block forms α-helical Zn2+ cross-linked aggregates. Using this CC as a cross-link for star-PEG hydrogels, I showed that the material properties can be switched from viscoelastic in the absence of Zn2+ to elastic-like in the presence of Zn2+. Moreover, the relaxation time of the hydrogel was tunable over three orders of magnitude when using different Zn2+:His ratios. This tunability is attributed to a progressive transformation of single CC cross-links into His-Zn2+ cross-linked aggregates, with inter-CC His-Zn2+ coordination bonds serving as an additional, cross-linking mode. Rheological characterization of the hydrogels with inter-CC His-Zn2+ coordination raised the question whether the His-Zn2+ coordination bonds between CCs or also the CCs themselves rupture when shear strain is applied. In general, the amount of CC cross-links initially formed in the hydrogel as well as the amount of CC cross-links breaking under force remains to be elucidated. In order to more deeply probe these questions and monitor the state of the CC cross-links when force is applied, a fluorescent reporter system based on Förster resonance energy transfer (FRET) was introduced into the CC (Chapter 4.4). For this purpose, the donor-acceptor pair carboxyfluorescein and tetramethylrhodamine was used. The resulting self-reporting CC showed a FRET efficiency of 77 % in solution. Using this fluorescently labeled CC as a self-reporting, reversible cross-link in an otherwise covalently cross-linked star-PEG hydrogel enabled the detection of the FRET efficiency change under compression force. This proof-of-principle result sets the stage for implementing the fluorescently labeled CCs as molecular force sensors in non-covalently cross-linked hydrogels. In summary, this thesis highlights that rationally designed CCs are excellent reversibly tunable, self-healing and self-reporting hydrogel cross-links with high application potential in bioengineering and biomedicine. For the first time, I demonstrated that His-metal coordination-based stabilization can be transferred from the single CC level to the bulk material with clear viscoelastic consequences. Insertion of His in specific sequence positions was used to implement a second non-covalent cross-linking mode via intermolecular His-metal coordination. This His-metal binding induced aggregation of the CCs enabled for reversibly tuning the hydrogel properties from viscoelastic to elastic-like. As a proof-of-principle to establish self-reporting CCs as material cross-links, I labeled a CC with a FRET pair. The fluorescently labelled CC acts as a molecular force sensor and first preliminary results suggest that the CC enables the detection of hydrogel cross-link failure under compression force. In the future, fluorescently labeled CC force sensors will likely not only be used as intelligent cross-links to study the failure of hydrogels but also to investigate cell-matrix interactions in 3D down to the single molecule level. N2 - Die Entwicklung von biomimetischen Materialien, wie Hydrogelen, zur Anwendung in der Zellkultur und der regenerativen Medizin bildet einen aktuellen Schwerpunkt der Materialwissenschaften. Häufig werden natürlich vorkommende oder neu entwickelte Proteine als biomimetische Bausteine für Hydrogele genutzt, welche die extrazelluläre Umgebung von Zellen nachahmen. Gegenwärtig bleibt es jedoch eine Herausforderung, die Eigenschaften dieser Bausteine und der daraus entwickelten Materialien genau zu kontrollieren und gezielt maßzuschneidern. Jedoch stellen präzise kontrollierbare Materialeigenschaften einen Schlüsselfaktor für die Herstellung von intelligenten Materialen für die Zellkultur dar. Das Ziel dieser Arbeit ist die Entwicklung von α-helikalen Protein-Bausteinen, so genannter Coiled Coils (CCs), mit maßgeschneiderten, reversibel veränderbaren Eigenschaften. Dazu wurden reversible Histidin (His)-Metall-Koordinationsbindungen in ein CC Heterodimer eingefügt. Des Weiteren wurden Fluoreszenz-markierte CCs entwickelt, um das Verhalten der CC-Bausteine in Hydrogelen unter Krafteinwirkung zu untersuchen. In der Natur kommen CCs oft als Faltungsmotive in Proteinen vor, die eine mechanische Funktion haben, z.B. Myosin oder Fibrin. CCs bestehen aus zwei bis sieben α-Helices, die eine Superhelix bilden. Die Aminosäuresequenz von CCs ist hoch repetitiv und besteht aus sieben sich wiederholenden Aminosäurepositionen (abcdefg). In den Positionen a und d befinden sich aliphatische Aminosäuren, die den hydrophoben Kern des CCs bilden. Die Positionen e und g werden durch geladene Aminosäuren besetzt, die ionische Bindungen eingehen. In den Lösungsmittel-exponierten Positionen, können diverse Aminosäure platziert werden. Daher sind diese Positionen für Modifikationen gut geeignet. His-Metall-Koordinationsbindungen sind stabile Bindungen der Aminosäure His mit Übergangsmetallionen, wie Ni2+, Cu2+ oder Zn2+. His-Metall-Koordinationsbindungen tragen entscheidend zur mechanischen Stabilität von verschiedenen Protein-basierten Biomaterialien bei, z.B. in den Fangzähnen von Spinnen oder in Byssusfäden von Miesmuscheln. Daher wurden His-Metall-Koordinationsstellen in dieser Arbeit verwendet, um ein gut charakterisiertes CC Heterodimer zu stabilisieren. Zwei verschiedene Ansätze wurden zur Stabilisierung des CCs, und den daraus synthetisierten Materialien, genutzt. Zum einen wurden die His-Metall-Koordinationsbindungen so im CC platziert, dass primär Koordination innerhalb einer Helix stattfindet (intra-CC) (Kapitel 4.2). Zum anderen wurde His in Positionen eingefügt, die nur Metall-Koordinationsbindungen zwischen den CCs erlauben (inter-CC) (Kapitel 4.3). Bisherige Forschungsergebnisse zur mechanischen Entfaltung von CCs in der Schergeometrie lassen vermuten, dass die Entfaltung am Angriffspunkt der Kraft beginnt. Um die Stabilität einzelner CC Heterodimere in der Schergeometrie zu erhöhen, habe ich His-Metall Koordinationsbindungen in den Positionen b und f an den Enden der CC-Peptide einfügt (intra-CC), an denen die Scherkraft angreift (Kapitel 4.2). Mittels Raman Spektroskopie konnte ich zeigen, dass das His-modifizierte CC α-helikal bleibt und Ni2+ koordiniert. Zirkulardichroismus Spektroskopie wurde genutzt, um die thermodynamische Stabilität mit und ohne Ni2+ zu ermitteln. Unter Zugabe von Ni2+ erhöhte sich die Schmelztemperatur des CCs um 4 °C. Um die Energielandschaft der Entfaltung zu untersuchen, wurde Einzelmolekülkraftspektroskopie mit dem Rasterkraftmikroskop durchgeführt. His-Ni2+-Koordination führte zu einer Erhöhung der Abrisskraft um 10 pN und einer 10-fach verringerten Dissoziationskonstante. Die Koordination von Ni2+ führt demnach zu einer Stabilisierung des CCs. Um zu testen, ob der stabilisierende Effekt vom Einzelmolekül auf die viskoelastischen Eigenschaften von Hydrogelen übertragbar ist, wurde das CC als Vernetzungs-Baustein für sternförmiges Polyethylenglykol genutzt. Scherrheologie zeigte, dass die Relaxationszeit der CC-Hydrogele bei Zugabe von Ni2+ um das 3-fache erhöht ist. Dieser stabilisierende Effekt war vollkommen reversibel, wenn Metallchelatoren, wie Ethylendiamintetraessigsäure (EDTA) zugegeben wurden. Des Weiteren konnte ich zeigen, dass Cu2+ und Co2+ intra-CC Koordinationsbindungen eingehen und einen ähnlichen Effekt auf die Relaxationszeit haben wie Ni2+, wohingegen Zn2+ auch zwischen verschiedenen CCs (inter-CC) koordiniert wurde. Intermolekulare His-Zn2+-Koordination an den Enden der Protein-Bausteine von Byssusfäden ist essentiell für deren hierarchische Struktur und Selbstheilung nach mechanischer Belastung. Im oben beschriebenen CC kann der Effekt der intra- und inter-CC His-Zn2+-Koordination nicht klar voneinander getrennt werden. In Kapitel 4.3 wurden die His daher mit größerem Abstand in das CC eingefügt, so dass nur inter-CC Zn2+-Koordination möglich war. Raman und Zirkulardichroismus Spektroskopie zeigten, dass dieses CC unter Zugabe von Zn2+ aggregiert. Während sich die CC-Hydrogele ohne Zn2+ viskoelastisch verhielten, führte die Zugabe von Zn2+ zu annähernd elastischem Verhalten. Unter Verwendung von verschiedenen His:Zn2+ Verhältnissen, konnte die Relaxationszeit in einem großen Bereich gezielt verändert werden. Diese maßgeschneiderten Materialeigenschaften sind auf die schrittweise Umwandlung von einzelnen CC-Vernetzungen zu CC-Aggregaten mit inter-CC His-Zn2+-Koordination zurückzuführen. Die Rheologiemessungen mit den His-Zn2+-vernetzten CC-Aggregaten werfen die Frage auf, ob die inter-CC His-Zn2+-Koordinationsbindungen oder die CCs selbst brechen, wenn eine Kraft wirkt. Im Allgemeinen sind die Mechanismen der Dissoziation von Vernetzern im Hydrogel unter Krafteinwirkung größtenteils unerforscht. Um diese zu beleuchten, wurde das CC mit einem Fluoreszenz-Reportersystem ausgestattet (Kapitel 4.4). Genauer gesagt, wurde ein Förster Resonanzenergietransfer (FRET) Paar (Carboxyfluorescein-Tetramethylrhodamin) an das CC gekoppelt. Die Effizienz des Energietransfers gibt in diesem System Aufschluss darüber, ob das CC assoziiert oder dissoziiert ist. Das FRET-markierte CC wurde als nicht-kovalenter, reversibler molekularer Kraftsensor in einem ansonsten kovalent vernetzten Hydrogel eingesetzt. Unter Kompression verringerte sich die FRET-Effizienz, was einen ersten Hinweise auf die Dissoziation des CCs darstellt. Dieses Ergebnis verdeutlicht, dass CCs hervorragende molekulare Kraftsensoren für biomimetische Materialien darstellen. Diese Arbeit demonstriert, dass CCs mit maßgeschneiderten, reversibel manipulierbaren Eigenschaften exzellente Bausteine für Hydrogele sind, die in der Zellkultur und der regenerativen Medizin Verwendung finden können. Es konnte zum ersten Mal gezeigt werden, dass einzelne CCs durch His-Metall-Koordinationsbindungen reversibel stabilisiert werden können und dass diese molekulare Stabilisierung direkt auf die viskoelastischen Materialeigenschaften von Hydrogelen übertragbar ist. Durch gezieltes Einfügen von intermolekularen His-Metall-Koordinationsbindungen gelang es, CC-Hydrogele mit einem zweiten übergeordneten His-Zn2+ basierten Vernetzungsmodus herzustellen. So konnte die Relaxationszeit der Hydrogele über einen weiten Bereich maßgeschneidert kontrolliert werden. Um CCs als molekulare Kraftsensoren in Materialien zu etablieren, wurde das CC Heterodimer mit einem FRET-Reportersystem ausgestattet. Erste Experimente deuten darauf hin, dass die Dissoziation des CCs im Hydrogel unter Krafteinwirkung optisch verfolgt werden kann. Zukünftig können CCs mit maßgeschneiderter Stabilität nicht nur als molekulare Kraftsensoren für Materialien, sondern auch zur Erforschung von Zell-Matrix Wechselwirkungen eingesetzt werden. T2 - Von Molekülen zu Materialien: Coiled Coil-vernetzte Hydrogele mit maßgeschneiderten viskoelastischen Eigenschaften KW - biochemistry KW - coiled coil KW - histidine-metal coordination KW - Förster resonance energy transfer (FRET) KW - rheology KW - single-molecule force spectroscopy KW - Biochemie KW - Coiled Coil KW - Hydrogel KW - Histidin-Metall Koordination KW - Förster Resonanz Energie Transfer (FRET) KW - Rheologie KW - Einzelmolekülkraftspektroskopie Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-475955 ER - TY - THES A1 - Saplaoura, Eleftheria T1 - Escaping the plant cell BT - a study on m5C RNA methylation and tRNA-like structures as mRNA mobility signals Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Naake, Thomas T1 - Strategies to investigate the natural variation of plant specialized metabolism Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Angelopoulos, Michael T1 - Mechanisms of sub-aquatic permafrost evolution in Arctic coastal environments BT - field observations and modelling of submerged ice-rich permafrost deposits and thermokarst lagoons in northeastern Siberia N2 - Subsea permafrost is perennially cryotic earth material that lies offshore. Most submarine permafrost is relict terrestrial permafrost beneath the Arctic shelf seas, was inundated after the last glaciation, and has been warming and thawing ever since. It is a reservoir and confining layer for gas hydrates and has the potential to release greenhouse gases and affect global climate change. Furthermore, subsea permafrost thaw destabilizes coastal infrastructure. While numerous studies focus on its distribution and rate of thaw over glacial timescales, these studies have not been brought together and examined in their entirety to assess rates of thaw beneath the Arctic Ocean. In addition, there is still a large gap in our understanding of sub-aquatic permafrost processes on finer spatial and temporal scales. The degradation rate of subsea permafrost is influenced by the initial conditions upon submergence. Terrestrial permafrost that has already undergone warming, partial thawing or loss of ground ice may react differently to inundation by seawater compared to previously undisturbed ice-rich permafrost. Heat conduction models are sufficient to model the thaw of thick subsea permafrost from the bottom, but few studies have included salt diffusion for top-down chemical degradation in shallow waters characterized by mean annual cryotic conditions on the seabed. Simulating salt transport is critical for assessing degradation rates for recently inundated permafrost, which may accelerate in response to warming shelf waters, a lengthening open water season, and faster coastal erosion rates. In the nearshore zone, degradation rates are also controlled by seasonal processes like bedfast ice, brine injection, seasonal freezing under floating ice conditions and warm freshwater discharge from large rivers. The interplay of all these variables is complex and needs further research. To fill this knowledge gap, this thesis investigates sub-aquatic permafrost along the southern coast of the Bykovsky Peninsula in eastern Siberia. Sediment cores and ground temperature profiles were collected at a freshwater thermokarst lake and two thermokarst lagoons in 2017. At this site, the coastline is retreating, and seawater is inundating various types of permafrost: sections of ice-rich Pleistocene permafrost (Yedoma) cliffs at the coastline alternate with lagoons and lower elevation previously thawed and refrozen permafrost basins (Alases). Electrical resistivity surveys with floating electrodes were carried out to map ice-bearing permafrost and taliks (unfrozen zones in the permafrost, usually formed beneath lakes) along the diverse coastline and in the lagoons. Combined with the borehole data, the electrical resistivity results permit estimation of contemporary ice-bearing permafrost characteristics, distribution, and occasionally, thickness. To conceptualize possible geomorphological and marine evolutionary pathways to the formation of the observed layering, numerical models were applied. The developed model incorporates salt diffusion and seasonal dynamics at the seabed, including bedfast ice. Even along coastlines with mean annual non-cryotic boundary conditions like the Bykovsky Peninsula, the modelling results show that salt diffusion minimizes seasonal freezing of the seabed, leading to faster degradation rates compared to models without salt diffusion. Seasonal processes are also important for thermokarst lake to lagoon transitions because lagoons can generate cold hypersaline conditions underneath the ice cover. My research suggests that ice-bearing permafrost can form in a coastal lagoon environment, even under floating ice. Alas basins, however, may degrade more than twice as fast as Yedoma permafrost in the first several decades of inundation. In addition to a lower ice content compared to Yedoma permafrost, Alas basins may be pre-conditioned with salt from adjacent lagoons. Considering the widespread distribution of thermokarst in the Arctic, its integration into geophysical models and offshore surveys is important to quantify and understand subsea permafrost degradation and aggradation. Through numerical modelling, fieldwork, and a circum-Arctic review of subsea permafrost literature, this thesis provides new insights into sub-aquatic permafrost evolution in saline coastal environments. KW - permafrost KW - subsea KW - submarine KW - thermokarst KW - lagoons KW - salt diffusion KW - electrical resistivity Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Lenihan-Geels, Georgia Ngawai T1 - The regulation of metabolic flexibility by p53 in skeletal muscle and brown adipose tissue Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Calzadiaz Ramirez, Liliana T1 - Engineering highly efficient NADP-dependent formate dehydrogenases using a NADPH biosensor Escherichia coli strain N2 - NADPH is an essential cofactor that drives biosynthetic reactions in all living organisms. It is a reducing agent and thus electron donor of anabolic reactions that produce major cellular components as well as many products in biotechnology. Indeed, the engineering of metabolic pathways for the production of many products is often limited by the availability of NADPH. One common strategy to address this issue is to swap cofactor specificity from NADH to NADPH of enzymes. However, this process is time consuming and challenging because multiple parameters need to be engineered in parallel. Therefore, the first aim of this project is to establish an efficient metabolic biosensor to select enzymes that can reduce NADP+. An NADPH auxotroph strain was constructed by deleting major reactions involved in NADPH biosynthesis in E. coli’s central carbon metabolism with the exception of 6-phosphogluconate dehydrogenase. To validate this strain, two enzymes were tested in the presence of several carbon sources: a dihydrolipoamide dehydrogenase variant of E. coli harboring seven mutations and a formate dehydrogenase (FDH) from Mycobacterium vaccae N10 harboring four mutations were found to support NADPH biosynthesis and growth. The strain was subjected to adaptive laboratory evolution with the goal of testing its robustness under different carbon sources. Our evolution experiment resulted in the random mutagenesis of the malic enzyme (maeA), enabling it to produce NADPH. The additional deletion of maeA rendered a more robust second-generation biosensor strain for NADP+ reduction. We devised a structure-guided directed evolution approach to change cofactor specificity in Pseudomonas sp. 101 FDH. To this end, a library of >106 variants was tested using in vivo selection. Compared to the best engineered enzymes reported, our best variant carrying five mutations shows 5-fold higher catalytic efficiency and 13-fold higher specificity towards NADP+, as well as 2-fold higher affinity towards formate. In conclusion, we demonstrate the potential of in vivo selection and evolution-guided approaches to develop better NADPH biosensors and to engineer cofactor specificity by the simultaneous improvement of multiple parameters (kinetic efficiency with NADP+, specificity towards NADP+, and affinity towards formate), which is a major challenge in protein engineering due to the existence of tradeoffs and epistasis. N2 - NADPH ist ein essentieller Kofaktor, der biosynthetische Reaktionen in allen lebenden Organismen antreibt. Es ist ein Reduktionsmittel und damit Elektronenspender für anabole Reaktionen, die wichtige Zellkomponenten sowie viele Produkte in der Biotechnologie erzeugen. In der Tat ist das Engineering von Stoffwechselwegen in Mikroben für die Herstellung vieler Produkte oft durch die Verfügbarkeit von NADPH begrenzt. Eine gängige Strategie zur Lösung dieses Problems ist der Austausch der Kofaktor-Spezifität von NADH gegen NADPH in Enzymen von Stoffwechselwegen, da der erstgenannte Kofaktor reichlicher vorhanden ist als der letztere. Dieser Prozess ist jedoch zeitaufwendig und schwierig, da mehrere Parameter parallel entwickelt werden müssen. Daher ist das erste Ziel dieses Projekts die Etablierung eines effizienten metabolischen Biosensors zur Auswahl von Enzymen, die NADP+ reduzieren können. Ein auxotropher NADPH-Stamm wurde durch die Entfernung der wichtigsten Reaktionen, die an der NADPH-Biosynthese im zentralen Kohlenstoffmetabolismus von E. coli beteiligt sind, mit Ausnahme der 6-Phosphogluconat-Dehydrogenase, konstruiert. Um diesen Stamm zu validieren, wurden zwei Enzyme in Gegenwart mehrerer Kohlenstoffquellen getestet: eine Dihydrolipoamid-Dehydrogenase-Variante von E. coli mit sieben Mutationen und Formiat-Dehydrogenase (FDH) aus Mycobacterium vaccae N10 mit vier Mutationen wurden gefunden, die die NADPH-Biosynthese und das Wachstum unterstützen. Der Stamm wurde dann einer adaptiven Laborentwicklung unterzogen mit dem Ziel, seine Robustheit unter verschiedenen Kohlenstoffquellen zu testen. Unser Evolutionsexperiment führte zu einer zufälligen Mutagenese des Apfelsäure-Enzyms (maeA), die es ihm ermöglicht, NADPH zu produzieren. Die zusätzliche Entfernung von maeA machte einen robusteren Biosensor-Stamm der zweiten Generation für die NADP+-Reduktion möglich. Wir entwickelten einen strukturgesteuerten Evolutionsansatz zur Änderung der Kofaktorspezifität von Pseudomonas sp. 101 FDH. Zu diesem Zweck wurde eine Bibliothek von >106 Varianten mit Hilfe der in vivo-Selektion getestet. Im Vergleich zu den am besten entwickelten Enzymen über die berichtet wurde, zeigt unsere beste Variante mit fünf Mutationen eine 5-fach höhere katalytische Effizienz und eine 13-fach höhere Spezifität gegenüber NADP+ sowie eine 2-fach höhere Affinität gegenüber Formiat. Zusammenfassend zeigen wir das Potenzial der in vivo-Selektion und evolutionsgesteuerten Ansätze zur Entwicklung 14 besserer NADPH-Biosensoren und zur Entwicklung der Kofaktor-Spezifität durch die gleichzeitige Verbesserung mehrerer Parameter (kinetische Effizienz mit NADP+, Spezifität gegenüber NADP+ und Affinität zu Formiat), was aufgrund der Existenz von Zielkonflikten und Epistase eine große Herausforderung im Protein-Engineering darstellt. KW - formate dehydrogenases Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Martinez, Maria Teresa Castaño T1 - Effects of Dietary Methionine and Protein Restriction on the Prevention and Treatment of Type 2 Diabetes Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Mavrothalassiti, Eleni T1 - A.thaliana root and shoot single-cell transcriptomes and detection of mobile transcripts Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Oduor, Tony Laban T1 - Recalibrations of Childhoods in Eastern African Literatures and Cultures N2 - The idea of critical childhood studies is a relatively young disciplinary undertaking in eastern Africa. And so, a lot of inquiries have not been carried out. This field is a potential important socio-political marker, among others, of some narratives, that have emerged out of eastern Africa. Towards this end, my research seeks out an archaeology of childhood in eastern Africa. There is a monochromatic hue which has often painted the eastern African childhood. This broad stroke portrays the childhood as characterized by want. The image of the eastern African childhood is composed in terms of the war-child, poverty, disease-ridden, and aid-begging. The pitfall of this consciousness is that it erases a differentiated and pluralist nature of the eastern African childhood. Therefore, I hypothesise that childhood is a discourse from which institutional vectors become conduits of certain statement-making both process-wise and content-wise. As such a critical childhood study is a theatre of staging and unearthing its joys, tribulations, cultural constructions, and even political interventions. To this end childhood and its literatures not only reflect but also contribute to meaning making and worldliness thereof. As an attempt to move from an un-nuanced depiction, which is often monodirectional, I seek to present a chronologically synchronic and diachronic analysis of childhood in the eastern Africa. Accordingly, I excavate a chronological construction of childhood within this geopolitical region. The main conceptual anchorage is Francis Nyamnjoh who tells of the African occupying a life on convivial frontiers. He theorises an Africa that is involved in technologies of self-definition that privilege conversations, fluidity of being and relational connections on a globalised scale. I also appropriate the notion of Bula Matadi from the Congo as a decolonialist epistemological exercise to break apart polarising representations and practices of childhood in eastern Africa. This opens a space for an unbounded reconfiguration of childhood in eastern Africa. This book works on and with archival matter, in a cross-disciplinary manner and ranges from pre-colonial to post-colonial eastern Africa. It is an exploration of the trajectory of the discourse of childhood in eastern Africa, in order to eclectically investigate childhood in eastern Africa, in fictional and non-fictional representations. KW - Childhoods KW - Bula Matadi KW - Frontier Conviviality Y1 - 2020 CY - Potsdam ER - TY - THES A1 - Schuster, Maja T1 - High resolution decoding of the tobacco chloroplast translatome and its dynamics during light-intensity acclimation N2 - Chloroplasts are the photosynthetic organelles in plant and algae cells that enable photoautotrophic growth. Due to their prokaryotic origin, modern-day chloroplast genomes harbor 100 to 200 genes. These genes encode for core components of the photosynthetic complexes and the chloroplast gene expression machinery, making most of them essential for the viability of the organism. The regulation of those genes is predominated by translational adjustments. The powerful technique of ribosome profiling was successfully used to generate highly resolved pictures of the translational landscape of Arabidopsis thaliana cytosol, identifying translation of upstream open reading frames and long non-coding transcripts. In addition, differences in plastidial translation and ribosomal pausing sites were addressed with this method. However, a highly resolved picture of the chloroplast translatome is missing. Here, with the use of chloroplast isolation and targeted ribosome affinity purification, I generated highly enriched ribosome profiling datasets of the chloroplasts translatome for Nicotiana tabacum in the dark and light. Chloroplast isolation was found unsuitable for the unbiased analysis of translation in the chloroplast but adequate to identify potential co-translational import. Affinity purification was performed for the small and large ribosomal subunit independently. The enriched datasets mirrored the results obtained from whole-cell ribosome profiling. Enhanced translational activity was detected for psbA in the light. An alternative translation initiation mechanism was not identified by selective enrichment of small ribosomal subunit footprints. In sum, this is the first study that used enrichment strategies to obtain high-depth ribosome profiling datasets of chloroplasts to study ribosome subunit distribution and chloroplast associated translation. Ever-changing light intensities are challenging the photosynthetic capacity of photosynthetic organism. Increased light intensities may lead to over-excitation of photosynthetic reaction centers resulting in damage of the photosystem core subunits. Additional to an expensive repair mechanism for the photosystem II core protein D1, photosynthetic organisms developed various features to reduce or prevent photodamage. In the long-term, photosynthetic complex contents are adjusted for the efficient use of experienced irradiation. However, the contribution of chloroplastic gene expression in the acclimation process remained largely unknown. Here, comparative transcriptome and ribosome profiling was performed for the early time points of high-light acclimation in Nicotiana tabacum chloroplasts in a genome-wide scale. The time- course data revealed stable transcript level and only minor changes in translational activity of specific chloroplast genes during high-light acclimation. Yet, psbA translation was increased by two-fold in the high light from shortly after the shift until the end of the experiment. A stress-inducing shift from low- to high light exhibited increased translation only of psbA. This study indicate that acclimation fails to start in the observed time frame and only short-term responses to reduce photoinhibition were observed. N2 - Chloroplasten sind die photosynthetischen Organellen in Pflanzen- und Algenzellen, die photoautotrophes Wachstum ermöglichen. Aufgrund ihrer prokaryotischen Herkunft besitzen moderne Chloroplasten ein Genom mit 100 bis 200 Gene. Diese kodieren für zentrale Komponenten der Photosynthesekomplexe und des Genexpressionsapparates, was sie für die Lebensfähigkeit des gesamten Organismus essenziell macht. Die leistungsstarke Methode Ribosome Profiling wurde bereits erfolgreich eingesetzt, um hochaufgelöste Bilder der zytosolischen Translationslandschaft von Arabidopsis thaliana zu erstellen, wobei Translation von der Hauptsequenz vorgelagerten, kodierenden Sequenzen und langen, nicht-kodierenden Transkripten identifiziert wurde. Ferner wurden mit dieser Technik Regulationen der Plastidentranslation und spezifische Regionen mit unterschiedlicher Elongationsgeschwindigkeit aufgedeckt. Es fehlen jedoch hochaufgelöste Datensätze des Chloroplasten-Translatoms. Chloroplastenisolation und Affinitätsaufreinigung chloroplastidiärer Ribosomen wurde verwendet, um hochangereicherte Ribosome Profiling-Datensätze des Chloroplastentranslatoms für Nicotiana tabacum im Dunkeln und unter Licht zu erzeugen. Wenngleich sich die Chloroplastenisolation als ungeeignet für eine unverfälschte Analyse der Translation im Chloroplast erwies, ermöglichte sie die Identifizierung von potentiellem co-translationalen Proteinimport. Die entsprechenden Datensätze spiegelten die Ergebnisse des zellulären Ribosome Profilings wider. Für psbA wurde im Licht erhöhte Translationsaktivität festgestellt. Alternative Initiationsmechanismen konnten durch spezifische Anreicherung der kleinen ribosomalen Untereinheit nicht verifiziert werden. Zusammenfassend, dies ist die erste Studie, die mittels Anreicherungsstrategien hochaufgelöste Ribosome Profiling-Datensätze zur Analyse von Ribosomuntereinheitsverteilungen und Chloroplast-assoziierter Translation nutzte. Ständig wechselnde Lichtintensitäten stellen die Photosynthesekapazität von photosynthetischen Organismen auf die Probe. Erhöhte Lichtintensitäten können zu einer Überreizung der photosynthetischen Reaktionszentren führen, was Beschädigungen von zentralen Komplexeinheiten der Photosysteme verursacht. Neben einem aufwändigen Reparaturmechanismus für das Photosystem II-Protein D1 entwickelte der photosynthetische Organismus verschiedene Mechanismen um lichtinduzierte Schäden zu reduzieren oder zu verhindern. Langfristig kommt es zu einer Anreicherung spezifischer Photosynthesekomplexen um eine effiziente Ausnutzung der erhöhten Strahlung zu gewährleisten. Der Beitrag der chloroplastidiäeren Genexpressionsregulation zum Akklimatisierungsprozess ist jedoch weitgehend unbekannt. Hier wurde ein vergleichendes Transkript- und Ribosomen Profiling für die frühen Zeitpunkte der Akklimatisierung unter Starklicht in Tabakchloroplasten in einem genomweiten Maßstab durchgeführt. Die Zeitverlaufsdaten zeigten ein unverändertes Transkriptniveau und nur geringe Änderungen der translationalen Aktivität von chloroplastidiären Genen im Hochlicht im Vergleich zu Kontrollproben. Die psbA-Translation war jedoch unter Hochlicht schon kurz nach Beginn bis zum Ende des Experiments um etwa das Zweifache erhöht. Der stressinduzierende Wechsel von Schwach- zu Hochlicht bewirkte ebenfalls eine auf psbA-beschränkt, erhöhte Translation. Die Ergebnisse zeigen, dass die Akklimatisierung im beobachteten Zeitrahmen nicht begonnen hatte und nur kurzfristige Reaktionen zur Verringerung der Photoinhibition wirksam gewesen sein konnten. KW - translation KW - chloroplast KW - high light KW - ribosome profiling Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-512680 ER - TY - THES A1 - LeGall, Yann A1 - Mboro, Mnyaka Sururu T1 - Remembering the dismembered BT - African human remains and memory cultures in and after repatriation N2 - This thesis – written in co-authorship with Tanzanian activist Mnyaka Sururu Mboro – examines different cases of repatriation of ancestral remains to African countries and communities through the prism of postcolonial memory studies. It follows the theft and displacement of prominent ancestors from East and Southern Africa (Sarah Baartman, Dawid Stuurman, Mtwa Mkwawa, Songea Mbano, King Hintsa and the victims of the Ovaherero and Nama genocides) and argues that efforts made for the repatriation of their remains have contributed to a transnational remembrance of colonial violence. Drawing from cultural studies theories such as "multidirectional memory", "rehumanisation" and "necropolitics", the thesis argues for a new conceptualisation or "re-membrance" in repatriation, through processes of reunion, empowerment, story-telling and belonging. Besides, the afterlives of the dead ancestors, who stand at the centre of political debates on justice and reparations, remind of their past struggles against colonial oppression. They are therefore "memento vita", fostering counter-discourses that recognize them as people and stories. This manuscript is accompanied by a “(web)site of memory” where some of the research findings are made available to a wider audience. This blog also hosts important sound material which appears in the thesis as interventions by external contributors. Through QR codes, both the written and the digital version are linked with each other to problematize the idea of a written monograph and bring a polyphonic perspective to those diverse, yet connected, histories. N2 - Diese Studie untersucht Erinnerungskulturen während und nach der Rückführung menschlicher Überreste zu afrikanischen Gemeinschaften und Ländern. An der Schnittstelle von memory studies, postkolonialer Ethnographie und kritischer Museumsforschung zeigt diese Arbeit, wie die Rückführung von Überresten ehemaliger Widerstandskämpfer*innen und namenloser Vorfahren in ihre Gesellschaften gegen das Fortbestehen kolonialer Ungerechtigkeit angeht. In diesen Prozessen – von Rückgabeforderungen bis nach der Wiederbestattung der Überreste – intervenieren Nachfahren von Opfern, community leaders, Künstler*innen und Medien. Sie ermöglichen dadurch eine transnationale Auseinandersetzung mit der Geschichte der antikolonialen Bewegungen und der Rassenanthropologie. Durch Methoden der partizipativen Ethnographie zeigt die Arbeit auf, wie Überlieferung, Gedenkstätten, lokale Kulturprojekte, Theater, Film und Reportagen die Tatorte erneut aufgreifen und die zuvor von der Anthropologie objektifizierten Überreste „rehumanisieren“ (Rassool), mit anderen Worten, ihnen ihre menschliche Würde zurückgeben. Doch auch die sog. „afterlives“ der Opfer, deren Überreste so lange in Museen und Universitätssammlungen lagen, haben zu wichtigen Diskussionen über postkoloniale Gerechtigkeit, Museumsethik und transnationale Erinnerung geführt. Sollen sie in Gewahrsam einer staatlichen Institution oder an einem von den Nachkommen der Opfer gewählten Ort begraben werden? Was bedeuten diese zurückgeführten Vorfahren in dem gegenwärtigen Kampf um Anerkennung kolonialer Gewalt und Genozids, aber auch um Entschuldigung und Wiedergutmachung? Und wie sind diese Rückgabeprozesse (auch „Repatriierung“ genannt) generell in Narrative der kolonialen Vergangenheit eingebettet, wie zu verstehen im Kontext ihrer körperlichen und diskursiven Gewalt? All diese Fragen werden hier in Fallstudien und von unterschiedlichen Perspektiven aufgegriffen: die Geschichte des Kopfs und des Zahns vom Mhehe antikolonialen Mtwa Mkwawa (Tansania); die Rückkehr von Sarah Baartman von Frankreich nach Südafrika; der Geist von Dawid Stuurman, der 2017 von Australien zurück nach Südafrika begleitet wurde; die verschiedene Repatriierungen von Ovaherero and Nama Ahnen von Deutschland nach Namibia zwischen 2011 und 2018; der Fall von Xhosa König Hintsa, dessen Kopf angeblich in Großbritannien verschleppt wurde; und die Abwesenheit vom Kopf des Ngoni Nduna Songea Mbano, der während des Majimaji Kriegs von den Deutschen ermordet wurde. Die Körper und Geister dieser Toten sind ein heterogener Korpus. Dennoch drehen sich alle Fallstudien dieser Arbeit um zwei entscheidende Fragen: Erstens, wer hat die Deutungshoheit über die Geschichte der kolonialen Gewalt? Welche Erinnerung der Totenbleibt? Zweitens, was sind angemessene Entschädigungen für Mord, Völkermord, koloniale Unterdrückung und Ausbeutung? Als Beitrag im Feld der memory studies argumentiert diese Arbeit für ein erweitertes Verständnis der „remembrance“ (übersetzt als Erinnerung aber auch „Zusammenbringen der Körperteile“). In diesen materiellen und immateriellen Prozessen, wird wiedervereint, was durch jahrzehntelange physische und epistemische Gewalt gebrochen, beschädigt oder getrennt wurde: einerseits Knochen, Zähne und Körper, und andererseits Familien wieder zu vereinen, Subjektpositionen zu reparieren, Würde wiederherzustellen und Ansprüche auf Selbstbestimmung und Selbsterzählung zu erheben. Die Arbeit zeigt, dass bilaterale und transnationale politische und kulturelle Projekte die Geschichten der Toten “multidirektional“ erzählen (Rothberg), nämlich in Beziehung zueinander. Sie untersucht auch, in welchen Kontexten die Vergangenheit nicht mehr als Last, sondern als Werkzeug zum Verständnis und zur Heilung der Wunden angesehen wird. Es sind Trittsteine für Wege der Versöhnung und mögliche Wiedergutmachung, die auf Trauer, Anerkennung und Sühne, aber auch Zusammenarbeit ausgerichtet sind. Dank Repatriierungen können Nachfahren und communities endlich eine Geschichte(n) erzählen, die auf mehr als nur Verlust und Abwesenheit aufbauen. Das Buch hat zwei Autoren und verschiedene Mitwirkende, die zusätzliche Perspektiven auf die Geschichten kolonialer Gewalt ermöglichen. Diese Polyphonie in der ethnographischen Arbeit bezieht sich auf Vincent Crapanzanos Technik der Juxtaposition und Alexander Weheliyes Argument für „fragmentarisches“ Schreiben. Da lokale Akteur*innen zu dieser Wissensproduktion beigetragen haben, zielt die Arbeit auch darauf ab, sie sichtbar zu machen. Das Wissen, das diese ethnographische Forschung generiert hat, soll auch weiterhin verfügbar sein und an diejenigen zurückgegeben werden, die diese Forschung überhaupt erst ermöglicht haben. Deswegen führen eingebettete QR-Codes zu den Audioquellen der vielfältigen Interventionen von Nachfahren und Gemeinschaftsmitgliedern. Diese Quellen sind Teil einer größeren Website, ein digitales Gegenstück zu dem Manuskript. Über die Website werden Kontexte kolonialer Gewalt öffentlich zugänglich gemacht. In dieser digitalen Ausstellung ist das Sprachregister an ein nicht-akademisches Publikum angepasst. Darüber hinaus bietet die Website Übersetzungen einiger Forschungsergebnisse in relevante afrikanische Sprachen an. KW - repatriation KW - colonialism KW - human remains KW - memory KW - Erinnerungskultur KW - Rückgabe KW - menschliche Überreste KW - Kolonialismus KW - Tanzania KW - South Africa KW - Namibia KW - genocide KW - skull KW - Schädel KW - Tansania KW - Südafrika KW - Namibia KW - Rothberg KW - Mbembe KW - postcolonial KW - decolonial KW - postkolonial KW - dekolonial KW - Erinnerung Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-508502 ER - TY - THES A1 - Köhler, Raphael T1 - Towards seasonal prediction: stratosphere-troposphere coupling in the atmospheric model ICON-NWP N2 - Stratospheric variability is one of the main potential sources for sub-seasonal to seasonal predictability in mid-latitudes in winter. Stratospheric pathways play an important role for long-range teleconnections between tropical phenomena, such as the quasi-biennial oscillation (QBO) and El Niño-Southern Oscillation (ENSO), and the mid-latitudes on the one hand, and linkages between Arctic climate change and the mid-latitudes on the other hand. In order to move forward in the field of extratropical seasonal predictions, it is essential that an atmospheric model is able to realistically simulate the stratospheric circulation and variability. The numerical weather prediction (NWP) configuration of the ICOsahedral Non-hydrostatic atmosphere model ICON is currently being used by the German Meteorological Service for the regular weather forecast, and is intended to produce seasonal predictions in future. This thesis represents the first extensive evaluation of Northern Hemisphere stratospheric winter circulation in ICON-NWP by analysing a large set of seasonal ensemble experiments. An ICON control climatology simulated with a default setup is able to reproduce the basic behaviour of the stratospheric polar vortex. However, stratospheric westerlies are significantly too weak and major stratospheric warmings too frequent, especially in January. The weak stratospheric polar vortex in ICON is furthermore connected to a mean sea level pressure (MSLP) bias pattern resembling the negative phase of the Arctic Oscillation (AO). Since a good representation of the drag exerted by gravity waves is crucial for a realistic simulation of the stratosphere, three sensitivity experiments with reduced gravity wave drag are performed. Both a reduction of the non-orographic and orographic gravity wave drag respectively, lead to a strengthening of the stratospheric vortex and thus a bias reduction in winter, in particular in January. However, the effect of the non-orographic gravity wave drag on the stratosphere is stronger. A third experiment, combining a reduced orographic and non-orographic drag, exhibits the largest stratospheric bias reductions. The analysis of stratosphere-troposphere coupling based on an index of the Northern Annular Mode demonstrates that ICON realistically represents downward coupling. This coupling is intensified and more realistic in experiments with a reduced gravity wave drag, in particular with reduced non-orographic drag. Tropospheric circulation is also affected by the reduced gravity wave drag, especially in January, when the strongly improved stratospheric circulation reduces biases in the MSLP patterns. Moreover, a retuning of the subgrid-scale orography parameterisations leads to a significant error reduction in the MSLP in all months. In conclusion, the combination of these adjusted parameterisations is recommended as a current optimal setup for seasonal simulations with ICON. Additionally, this thesis discusses further possible influences on the stratospheric polar vortex, including the influence of tropical phenomena, such as QBO and ENSO, as well as the influence of a rapidly warming Arctic. ICON does not simulate the quasi-oscillatory behaviour of the QBO and favours weak easterlies in the tropical stratosphere. A comparison with a reanalysis composite of the easterly QBO phase reveals, that the shift towards the easterly QBO in ICON further weakens the stratospheric polar vortex. On the other hand, the stratospheric reaction to ENSO events in ICON is realistic. ICON and the reanalysis exhibit a weakened stratospheric vortex in warm ENSO years. Furthermore, in particular in winter, warm ENSO events favour the negative phase of the Arctic Oscillation, whereas cold events favour the positive phase. The ICON simulations also suggest a significant effect of ENSO on the Atlantic-European sector in late winter. To investigate the influence of Arctic climate change on mid-latitude circulation changes, two differing approaches with transient and fixed sea ice conditions are chosen. Neither ICON approach exhibits the mid-latitude tropospheric negative Arctic Oscillation circulation response to amplified Arctic warming, as it is discussed on the basis of observational evidence. Nevertheless, adding a new model to the current and active discussion on Arctic-midlatitude linkages, further contributes to the understanding of divergent conclusions between model and observational studies. N2 - Die stratosphärische Variabilität ist eine der wichtigsten potentiellen Quellen für die Vorhersagbarkeit der atmosphärischen Zirkulation in den mittleren Breiten im Winter auf der Zeitskala von Wochen bis zu Jahreszeiten. Stratosphärische Prozesse spielen eine grundlegende Rolle für die Fernverbindungen (Telekonnektionen) zwischen tropischen Klimaphänomenen, wie der quasi-zweijährigen Schwingung (QBO) oder „El Niño-Südliche Oszillation“ (ENSO), und den mittleren Breiten, sowie den Telekonnektionen zwischen arktischen Klimaänderungen und der atmosphärischen Zirkulation in den mittleren Breiten. Die Fähigkeit eines atmosphärischen Modells, die stratosphärische Zirkulation und deren Variabilität realistisch zu simulieren, ist deshalb von grundlegender Bedeutung, um die Jahreszeitenvorhersage in den mittleren Breiten deutlich zu verbessern. Das nichthydrostatische Atmosphärenmodell ICON (ICOsahedral Non-hydrostatic atmosphere model) wird gegenwärtig beim Deutschen Wetterdienst (DWD) in der numerischen Wettervorhersagekonfiguration (ICON-NWP) für die Wettervorhersage genutzt, und soll zukünftig auch für Jahreszeitenvorhersagen benutzt werden. Darauf basierend, präsentiert die vorliegende Arbeit eine Vielzahl von saisonalen Ensembleexperimenten mit ICON-NWP und liefert damit die erste umfassende Bewertung der stratosphärischen Winterzirkulation der nördlichen Hemisphäre in ICON-NWP. Die Klimatologie eines ICON-Modelllaufs im Standardsetup reproduziert die grundlegenden Eigenschaften des stratosphärischen Polarwirbels. Allerdings sind die stratosphärischen Westwinde deutlich schwächer als in den Beobachtungen, und starke Stratosphärenerwärmungen treten insbesondere im Januar zu häufig auf. Zudem ist der schwache stratosphärische Polarwirbel in ICON mit einem typischen Fehler-Muster des Bodenluftdrucks verknüpft, welches der negativen Phase der Arktischen Oszillation (AO) ähnelt. Da eine gute Darstellung des von Schwerewellen ausgeübten Widerstands für eine realistische Simulation der Stratosphäre entscheidend ist, werden drei Sensitivitätsexperimente mit reduziertem Schwerewellenwiderstand durchgeführt. Sowohl eine Verringerung des nicht-orographischen, als auch eine Verringerung des orographischen Schwerewellenwiderstands führen jeweils zu einer Verstärkung des stratosphärischen Wirbels und damit zu einer Verringerung des Fehlers im Winter, insbesondere im Januar. Die Wirkung des nicht-orographischen Schwerewellenwiderstands auf die Stratosphäre ist hierbei jedoch stärker. Ein drittes Experiment, welches den reduzierten orographischen und nicht-orographischen Widerstand kombiniert, zeigt die größten Verbesserungen in der Stratosphäre. Die auf dem Index des „Northern Annular Mode“ basierende Analyse der Stratosphären-Troposphären-Kopplung zeigt, dass ICON die nach unten gerichtete Kopplung zwischen der Stratosphäre und Troposphäre realistisch darstellt. Diese Kopplung wird in Experimenten mit einem reduzierten Schwerewellenwiderstand verstärkt und realistischer dargestellt, dies gilt insbesondere für den reduzierten nicht-orographischen Widerstand. Auch die troposphärische Zirkulation wird durch den reduzierten Schwerewellenwiderstand beeinflusst, vor allem im Januar, wenn die stark verbesserte stratosphärische Zirkulation den Fehler in den Bodenluftdruckfeldern reduziert. Darüber hinaus führt ein Tuning der Parameterisierung der subgrid-skaligen orographischen Schwerewellen zu einer signifikanten Fehlerreduktion des Bodenluftdrucks in allen Monaten. Die Kombination all dieser angepassten Parametrisierungen wird als derzeit optimales Setup für Jahreszeiten-Simulationen mit ICON vorgeschlagen. Darüber hinaus werden in dieser Arbeit weitere mögliche Einflussfaktoren auf den stratosphärischen Polarwirbel diskutiert, darunter der Einfluss tropischer Phänomene, wie QBO und ENSO, sowie der Einfluss einer sich rasch erwärmenden Arktis. Das quasi-oszillierende Verhalten der QBO wird durch ICON nicht simuliert, sodass schwache Ostwinde in der tropischen Stratosphäre dominieren. Ein Vergleich mit einem Reanalyse-Komposit der östlichen QBO-Phase zeigt, dass die Verschiebung in Richtung der östlichen QBO in ICON den stratosphärischen Polarwirbel weiter abschwächt. Die stratosphärische Reaktion auf ENSO-Ereignisse in ICON ist jedoch realistisch. ICON und Reanalysedaten zeigen einen abgeschwächten Stratosphärenwirbel in warmen ENSO-Jahren. Darüber hinaus begünstigen insbesondere im Winter warme ENSO-Ereignisse die negative Phase der Arktischen Oszillation, während kalte Ereignisse die positive Phase begünstigen. Die ICON-Simulationen deuten auch auf einen signifikanten Effekt von ENSO auf den atlantisch-europäischen Sektor im Spätwinter hin. Um den Einfluss des arktischen Klimawandels auf Änderungen der Zirkulation in mittleren Breiten zu untersuchen, werden zwei unterschiedliche Ansätze mit transienten und festen Meereisgrenzen gewählt. Keiner der beiden ICON-Ansätze zeigt eine Tendenz zur negativen Phase der Arktische Oszillation als Reaktion auf die verstärkte Erwärmung der Arktis, wie sie in der Literatur anhand von Beobachtungsdaten häufig diskutiert wird. Jedoch wird somit der aktuellen und aktiven Diskussion zu den Auswirkungen des arktischen Klimawandels auf die Zirkulation der mittleren Breiten ein neues Modell hinzugefügt. T2 - Im Hinblick auf die Jahreszeitenvorhersage: Stratosphären-Troposphären-Kopplung in dem Atmosphärenmodell ICON-NWP KW - Seasonal prediction KW - Stratosphere-troposphere coupling KW - ICON KW - Stratospheric polar vortex KW - Jahreszeitenvorhersage KW - Stratosphären-Troposphären-Kopplung KW - ICON KW - Stratosphärischer Polarwirbel KW - El Niño-Southern Oscillation (ENSO) KW - El Niño-Südliche Oszillation KW - Arctic-midlatitude linkages KW - Verbindungspfade zwischen der Arktis und den mittleren Breiten Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-487231 ER - TY - THES A1 - Koumarelas, Ioannis T1 - Data preparation and domain-agnostic duplicate detection N2 - Successfully completing any data science project demands careful consideration across its whole process. Although the focus is often put on later phases of the process, in practice, experts spend more time in earlier phases, preparing data, to make them consistent with the systems' requirements or to improve their models' accuracies. Duplicate detection is typically applied during the data cleaning phase, which is dedicated to removing data inconsistencies and improving the overall quality and usability of data. While data cleaning involves a plethora of approaches to perform specific operations, such as schema alignment and data normalization, the task of detecting and removing duplicate records is particularly challenging. Duplicates arise when multiple records representing the same entities exist in a database. Due to numerous reasons, spanning from simple typographical errors to different schemas and formats of integrated databases. Keeping a database free of duplicates is crucial for most use-cases, as their existence causes false negatives and false positives when matching queries against it. These two data quality issues have negative implications for tasks, such as hotel booking, where users may erroneously select a wrong hotel, or parcel delivery, where a parcel can get delivered to the wrong address. Identifying the variety of possible data issues to eliminate duplicates demands sophisticated approaches. While research in duplicate detection is well-established and covers different aspects of both efficiency and effectiveness, our work in this thesis focuses on the latter. We propose novel approaches to improve data quality before duplicate detection takes place and apply the latter in datasets even when prior labeling is not available. Our experiments show that improving data quality upfront can increase duplicate classification results by up to 19%. To this end, we propose two novel pipelines that select and apply generic as well as address-specific data preparation steps with the purpose of maximizing the success of duplicate detection. Generic data preparation, such as the removal of special characters, can be applied to any relation with alphanumeric attributes. When applied, data preparation steps are selected only for attributes where there are positive effects on pair similarities, which indirectly affect classification, or on classification directly. Our work on addresses is twofold; first, we consider more domain-specific approaches to improve the quality of values, and, second, we experiment with known and modified versions of similarity measures to select the most appropriate per address attribute, e.g., city or country. To facilitate duplicate detection in applications where gold standard annotations are not available and obtaining them is not possible or too expensive, we propose MDedup. MDedup is a novel, rule-based, and fully automatic duplicate detection approach that is based on matching dependencies. These dependencies can be used to detect duplicates and can be discovered using state-of-the-art algorithms efficiently and without any prior labeling. MDedup uses two pipelines to first train on datasets with known labels, learning to identify useful matching dependencies, and then be applied on unseen datasets, regardless of any existing gold standard. Finally, our work is accompanied by open source code to enable repeatability of our research results and application of our approaches to other datasets. N2 - Die erfolgreiche Durchführung eines datenwissenschaftlichen Projekts erfordert eine Reihe sorgfältiger Abwägungen, die während des gesamten Prozessesverlaufs zu treffen sind. Obwohl sich der Schwerpunkt oft auf spätere Prozessphasen konzentriert, verbringen Experten in der Praxis jedoch einen Großteil ihrer Zeit in frühen Projektphasen in denen sie Daten aufbereiten, um sie mit den Anforderungen vorhandener Systeme in Einklang zu bringen oder die Genauigkeit ihrer Modelle zu verbessern. Die Duplikaterkennung wird üblicherweise während der Datenbereinigungsphase durchgeführt, sie dient der Beseitigung von Dateninkonsistenzen und somit der Verbesserung von Gesamtqualität und Benutzerfreundlichkeit der Daten. Während die Datenbereinigung eine Vielzahl von Ansätzen zur Durchführung spezifischer Operationen wie etwa dem Schema-Abgleich und der Datennormalisierung umfasst, stellt die Identifizierung und Entfernung doppelter Datensätze eine besondere Herausforderung dar. Dabei entstehen Duplikate, wenn mehrere Datensätze, welche die gleichen Entitäten repräsentieren, in einer Datenbank vorhanden sind. Die Gründe dafür sind vielfältig und reichen von einfachen Schreibfehlern bis hin zu unterschiedlichen Schemata und Formaten integrierter Datenbanken. Eine Datenbank duplikatfrei zu halten, ist für die meisten Anwendungsfälle von entscheidender Bedeutung, da ihre Existenz zu falschen Negativ- und Falsch-Positiv-Abfragen führt. So können sich derartige Datenqualitätsprobleme negativ auf Aufgaben wie beispielsweise Hotelbuchungen oder Paketzustellungen auswirken, was letztlich dazu führen kann, dass Benutzer ein falsches Hotel buchen, oder Pakete an eine falsche Adresse geliefert werden. Um ein breites Spektrum potenzieller Datenprobleme zu identifizieren, deren Lösung die Beseitigung von Duplikaten erleichtert, sind eine Reihe ausgefeilter Ansätze erforderlich. Obgleich der Forschungsbereich der Duplikaterkennung mit der Untersuchung verschiedenster Effizienz und Effektivitätsaspekte bereits gut etabliert ist, konzentriert sich diese Arbeit auf letztgenannte Aspekte. Wir schlagen neue Ansätze zur Verbesserung der Datenqualität vor, die vor der Duplikaterkennung erfolgen, und wenden letztere auf Datensätze an, selbst wenn diese über keine im Vorfeld erstellten Annotationen verfügen. Unsere Experimente zeigen, dass durch eine im Vorfeld verbesserte Datenqualität die Ergebnisse der sich anschließenden Duplikatklassifizierung um bis zu 19% verbessert werden können. Zu diesem Zweck schlagen wir zwei neuartige Pipelines vor, die sowohl generische als auch adressspezifische Datenaufbereitungsschritte auswählen und anwenden, um den Erfolg der Duplikaterkennung zu maximieren. Die generische Datenaufbereitung, wie z.B. die Entfernung von Sonderzeichen, kann auf jede Relation mit alphanumerischen Attributen angewendet werden. Bei entsprechender Anwendung werden Datenaufbereitungsschritte nur für Attribute ausgewählt, bei denen sich positive Auswirkungen auf Paarähnlichkeiten ergeben, welche sich direkt oder indirekt auf die Klassifizierung auswirken. Unsere Arbeit an Adressen umfasst zwei Aspekte: erstens betrachten wir mehr domänenspezifische Ansätze zur Verbesserung der Adressqualität, zweitens experimentieren wir mit bekannten und modifizierten Versionen verschiedener Ähnlichkeitsmaße, um infolgedessen das am besten geeignete Ähnlichkeitsmaß für jedes Adressattribut, z.B. Stadt oder Land, zu bestimmen. Um die Erkennung von Duplikaten bei Anwendungen zu erleichtern, in denen Goldstandard-Annotationen nicht zur Verfügung stehen und deren Beschaffung aus Kostengründen nicht möglich ist, schlagen wir MDedup vor. MDedup ist ein neuartiger, regelbasierter und vollautomatischer Ansatz zur Dublikaterkennung, der auf Matching Dependencies beruht. Diese Abhängigkeiten können zur Erkennung von Duplikaten genutzt und mit Hilfe modernster Algorithmen effizient ohne vorhergehenden Annotationsaufwand entdeckt werden. MDedup verwendet zwei Pipelines, um zunächst auf annotierten Datensätzen zu trainieren, wobei die Identifizierung nützlicher Matching-Abhängigkeiten erlernt wird, welche dann unabhängig von einem bestehenden Goldstandard auf ungesehenen Datensätzen angewendet werden können. Schließlich stellen wir den im Rahmen dieser Arbeit entstehenden Quellcode zur Verfügung, wodurch sowohl die Wiederholbarkeit unserer Forschungsergebnisse als auch die Anwendung unserer Ansätze auf anderen Datensätzen gewährleistet werden soll. T2 - Datenaufbereitung und domänenagnostische Duplikaterkennung KW - duplicate detection KW - data cleaning KW - entity resolution KW - record linkage KW - data preparation KW - data matching KW - address normalization KW - machine learning KW - matching dependencies KW - Adressnormalisierung KW - Datenbereinigung KW - Datenabgleich KW - Datenaufbereitung KW - Duplikaterkennung KW - Entitätsauflösung KW - Maschinelles Lernen KW - Abgleich von Abhängigkeiten KW - Datensatzverknüpfung Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-489131 ER - TY - THES A1 - Kaya, Mustafa T1 - Cretaceous-Paleogene evolution of the proto-Paratethys Sea in Central Asia BT - mechanisms and paleoenvironmental impacts BT - Mechanismen und paläoökologische Auswirkungen N2 - Unlike today’s prevailing terrestrial features, the geologic past of Central Asia witnessed marine environments and conditions as well. A vast, shallow sea, known as proto-Paratethys, extended across Eurasia from the Mediterranean Tethys to the Tarim Basin in western China during Cretaceous to Paleogene times. This sea formed about 160 million years ago (during Jurassic times) when the waters of the Tethys Ocean flooded into Eurasia. It drastically retreated to the west and became isolated as the Paratethys during the Late Eocene-Oligocene (ca. 34 Ma). Having well-constrained timing and paleogeography for the Cretaceous-Paleogene proto-Paratethys sea incursions in Central Asia is essential to properly understand and distinguish the controlling mechanisms and their link to Asian paleoenvironmental and paleoclimatic change. The Cretaceous-Paleogene tectonic evolution of the Pamir and Tibet and their far-field effects play a significant role on the sedimentological and structural evolution of the Central Asian basins and on the evolution of the proto-Paratethys sea fluctuations as well. Comparing the records of the sea incursions to the tectonic and eustatic events has paramount importance to reveal the controlling mechanisms behind the sea incursions. However, due to inaccuracies in the dating of rocks (mostly continental rocks and marine rocks with benthic microfossils providing low-resolution biostratigraphic constraints) and conflicting results, there has been no consensus on the timing of the sea incursions and interpretation of their records has been in question. Here, we present a new chronostratigraphic framework based on biostratigraphy and magnetostratigraphy as well as a detailed paleoenvironmental analysis for the Cretaceous and Paleogene proto-Paratethys Sea incursions in the Tajik and Tarim basins, in Central Asia. This enables us to identify the major drivers of marine fluctuations and their potential consequences on regional and global climate, particularly Asian aridification and the global carbon cycle perturbations such as the Paleocene-Eocene Thermal Maximum (PETM). To estimate the paleogeographic evolution of the proto-Paratethys Sea, the refined age constraints and detailed paleoenvironmental interpretations are combined with successive paleogeographic maps. Regional coastlines and depositional environments during the Cretaceous-Paleogene sea advances and retreats were drawn based on the results of this thesis and integrated with existing literature to generate new paleogeographic maps. Before its final westward retreat in the Eocene, a total of six Cretaceous and Paleogene major sea incursions have been distinguished from the sedimentary records of the Tajik and Tarim basins in Central Asia. All have been studied and documented here. We identify the presence of marine conditions already in the Early Cretaceous in the western Tajik Basin, followed by the Cenomanian (ca. 100 Ma) and Santonian (ca. 86 Ma) major marine incursions far into the eastern Tajik and Tarim basins separated by a Turonian-Coniacian (ca. 92-86 Ma) regression. Basin-wide tectonic subsidence analyses imply that the Early Cretaceous invasion of the sea into the Tajik Basin is related to increased Pamir tectonism (at ca. 130 – 90 Ma) in a retro-arc basin setting inferred to be linked to collision and subduction. This tectonic event mainly governed the Cenomanian (ca. 100 Ma) sea incursion in conjunction with a coeval global eustatic high resulting in the maximum geographic extent of the sea. The following Turonian-Coniacian (ca. 92-86 Ma) major regression, driven by eustasy, coincides with a sharp slowdown in tectonic subsidence related to a regime change in Pamir tectonism from compression to extension. The Santonian (ca. 86 Ma) major sea incursion was more likely controlled dominantly by eustasy as also evidenced by the coeval fluctuations in the west Siberian Basin. During the early Maastrichtian, the global Late Cretaceous cooling is inferred from the disappearance of mollusk-rich limestones and the dominance of bryozoan-rich and echinoderm-rich limestones in the Tajik Basin documenting the first evidence for the Late Cretaceous cooling event in Central Asia. Following the last Cretaceous sea incursion, a major regional restriction event, marked by the exceptionally thick (≤ 400 m) shelf evaporites is assigned a Danian-Selandian age (ca. 63-59 Ma). This is followed by the largest recorded proto-Paratethys sea incursion with a transgression estimated as early Thanetian (ca. 59-57 Ma) and a regression within the Ypresian (ca. 53-52 Ma). The transgression of the next incursion is now constrained as early Lutetian (ca. 47-46 Ma), whereas its regression is constrained as late Lutetian (ca. 41 Ma) and is associated with a drastic increase in both tectonic subsidence and basin infilling. The age of the final and least pronounced sea incursion restricted to the westernmost margin of the Tarim Basin is assigned as Bartonian–Priabonian (ca. 39.7-36.7 Ma). We interpret the long-term westward retreat of the proto-Paratethys Sea starting at ca. 41 Ma to be associated with far-field tectonic effects of the Indo-Asia collision and Pamir/Tibetan plateau uplift. Short-term eustatic sea level transgressions are superimposed on this long-term regression and seem coeval with the transgression events in the other northern Peri-Tethyan sedimentary provinces for the 1st and 2nd Paleogene sea incursions. However, the last Paleogene sea incursion is interpreted as related to tectonism. The transgressive and regressive intervals of the proto-Paratethys Sea correlate well with the reported humid and arid phases, respectively in the Qaidam and Xining basins, thus demonstrating the role of the proto-Paratethys Sea as an important moisture source for the Asian interior and its regression as a contributor to Asian aridification. We lastly study the mechanics, relative contribution and preservation efficiency of ancient epicontinental seas as carbon sinks with new and existing data, using organic rich (sapropel) deposits dated to the PETM from the extensive epicontinental proto-Paratethys and West Siberian seas. We estimate ca. 1390±230 Gt organic C burial, a substantial amount compared to previously estimated global total excess organic C burial (ca. 1700-2900 Gt) is focused in the proto-Paratethys and West Siberian seas alone. We also speculate that enhanced organic carbon burial later over much of the proto-Paratethys (and later Paratethys) basin (during the deposition of the Kuma Formation and Maikop series, repectively) may have majorly contributed to drawdown of atmospheric carbon dioxide before and during the EOT cooling and glaciation of Antarctica. For past periods with smaller epicontinental seas, the effectiveness of this negative carbon cycle feedback was arguably diminished, and the same likely applies to the present-day. N2 - Im Gegensatz zu den heute vorherrschenden kontinentalen Bedingungen war die geologische Vergangenheit Zentralasiens auch Zeuge marin dominierter Phasen. Ein riesiges Schelfmeer, bekannt als Proto-Paratethys, erstreckte sich während der Kreidezeit bis zum Paläogen über Eurasien - von der Tethys im Mittelmeer bis zum Tarimbecken im Westen Chinas. Dieses Meer bildete sich vor etwa 160 Millionen Jahren während der Jurazeit, als das Wasser des Tethys-Ozeans nach Eurasien strömte. Es zog sich drastisch nach Westen zurück und wurde während des späten Eozän-Oligozäns (ca. 34 Ma) als Paratethys isoliert. Eine gut eingegrenzte zeitliche Einordnung und Paläogeographische Charakterisierung für die kretazisch-paläogenen proto-Paratethys-Meerestransgressionen in Zentralasien ist unerlässlich, um die Kontrollmechanismen und ihre Verbindung mit den paläoökologischen und paläoklimatischen Veränderungen in Asien richtig zu verstehen und zu unterscheiden. Die kreidezeitlich-paläogene tektonische Entwicklung des Pamir und Tibets und ihre Fernfeldeffekte spielen eine bedeutende Rolle für die Entwicklung der zentralasiatischen Becken und der proto-paläozoischen Meeresschwankungen. Aufgrund von Ungenauigkeiten bei der Datierung der Gesteine und widersprüchlichen Ergebnissen gab es jedoch bislang keinen Konsens über den Zeitpunkt der Meerestransgressionen. Die Interpretation der dabei abgelagerten Sedimentfolgen wurde in Frage gestellt. Hier präsentieren wir eine neue, zeitliche Einordung auf Grundlage von Biostratigraphie und Magnetostratigraphie sowie eine detaillierte Paläoumweltanalyse für die Transgressionen des kreidezeitlichen und paläogenen proto-Paratethys-Meeres im tadschikischen und Tarimbecken in Zentralasien. Dies ermöglicht es uns, die wichtigsten Triebkräfte der marinen Fluktuationen und ihre möglichen Auswirkungen auf das regionale und globale Klima zu identifizieren - insbesondere die asiatische Aridifizierung und die Störungen des globalen Kohlenstoffkreislaufs etwa während des paläozän-eozänen thermischen Maximums (PETM). Beckenweite tektonische Senkungsanalysen deuten darauf hin, dass die frühkretazische Transgressionsphase im Tadschikischen Becken mit einer Intensivierung der Kollisionstektonik im Pamir (zwischen ca. 130 und 90 Ma) und der damit verbundenen Bildung eines Retro-Arc-Beckens in Zusammenhang stehen. Die globale Abkühlung der Spätkreide wird aus dem Verschwinden von molluskenreichen Kalksteinen und der Dominanz von bryozoen- und echinodermenreichen Kalksteinen im Tadschikischen Becken abgeleitet. Dies liefert den ersten Nachweis für das Abkühlungsereignis der Spätkreide in Zentralasien. Wir interpretieren die langfristige paläogene Regression des Proto-Paratethys-Meeres Richtung Westen ab ca. 41 Ma mit den tektonischen Fernfeldeffekten der indo-asiatischen Kollision und der Hebung des Pamir/Tibetischen Plateaus. Die transgressiven und regressiven Intervalle der proto-Paratethys-See korrelieren gut mit den bekannten feuchten und ariden Phasen im Qaidam- bzw. Xining-Becken, was die Rolle der proto-Paratethys-See als wichtige Feuchtigkeitsquelle für das asiatische Binnenland und ihren Rückzug als Mitverursacher der asiatischen Aridifizierung verdeutlicht. Schließlich untersuchen wir die Wirkungsfaktoren, den relativen Beitrag und die Erhaltungseffizienz alter epikontinentaler Meere als Kohlenstoffsenken mit neuen und bestehenden Daten. Dabei verwenden wir organik-reiche Ablagerungen aus den ausgedehnten epikontinentalen Proto-Paratethys- und westsibirischen Meeren, die auf das PETM datiert sind. Wir schätzen eine Einlagerung von ca. 1390±230 Gt organischer Kohlenstoffverbindungen. Das stellt eine beachtliche Menge, verglichen mit der zuvor geschätzten globalen Gesamtmenge an überschüssiger organischer Kohlenstoffeinlagerung (ca. 1700-2900 Gt) dar, welche sich allein auf die Proto-Paratethys und die westsibirischen Meere konzentriert. Für vergangene und zukünftige Perioden mit kleineren epikontinentalen Meeren würde die Wirksamkeit dieser negativen Rückkopplung des Kohlenstoffkreislaufs wohl abnehmen. T2 - Kreidezeit - Paläogene Entwicklung des Proto-Paratethys-Meeres in Zentralasien KW - Geology KW - Paleoclimatology KW - Sedimentology KW - Stratigraphy KW - Paleogeography KW - Geologie KW - Paläoklimatologie KW - Sedimentologie KW - Stratigraphie KW - Paläogeographie Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-483295 ER - TY - THES A1 - Schütze, Franziska T1 - Finance for a sustainable economy BT - implications for policy and practice BT - Implikationen für Politik und Praxis N2 - With his September 2015 speech “Breaking the tragedy of the horizon”, the President of the Central Bank of England, Mark Carney, put climate change on the agenda of financial market regulators. Until then, climate change had been framed mainly as a problem of negative externalities leading to long-term economic costs, which resulted in countries trying to keep the short-term costs of climate action to a minimum. Carney argued that climate change, as well as climate policy, can also lead to short-term financial risks, potentially causing strong adjustments in asset prices. Analysing the effect of a sustainability transition on the financial sector challenges traditional economic and financial analysis and requires a much deeper understanding of the interrelations between climate policy and financial markets. This dissertation thus investigates the implications of climate policy for financial markets as well as the role of financial markets in a transition to a sustainable economy. The approach combines insights from macroeconomic and financial risk analysis. Following an introduction and classification in Chapter 1, Chapter 2 shows a macroeconomic analysis that combines ambitious climate targets (negative externality) with technological innovation (positive externality), adaptive expectations and an investment program, resulting in overall positive macroeconomic outcomes. The analysis also reveals the limitations of climate economic models in their representation of financial markets. Therefore, the subsequent part of this dissertation is concerned with the link between climate policies and financial markets. In Chapter 3, an empirical analysis of stock-market responses to the announcement of climate policy targets is performed to investigate impacts of climate policy on financial markets. Results show that 1) international climate negotiations have an effect on asset prices and 2) investors increasingly recognize transition risks in carbon-intensive investments. In Chapter 4, an analysis of equity markets and the interbank market shows that transition risks can potentially affect a large part of the equity market and that financial interconnections can amplify negative shocks. In Chapter 5, an analysis of mortgage loans shows how information on climate policy and the energy performance of buildings can be integrated into risk management and reflected in interest rates. While costs of climate action have been explored at great depth, this dissertation offers two main contributions. First, it highlights the importance of a green investment program to strengthen the macroeconomic benefits of climate action. Second, it shows different approaches on how to integrate transition risks and opportunities into financial market analysis. Anticipating potential losses and gains in the value of financial assets as early as possible can make the financial system more resilient to transition risks and can stimulate investments into the decarbonization of the economy. N2 - Mit der Rede "Die Tragödie des Horizonts durchbrechen" im September 2015 hat der Präsident der englischen Zentralbank, Mark Carney, den Klimawandel auf die Agenda der Finanzmarktregulierer gebracht. Bis dahin wurde der Klimawandel vor allem als Problem einer negativen Externalität verstanden, welche langfristige Kosten verursacht. Dies führte dazu, dass sich die meisten Länder darauf konzentrieren, die kurzfristigen Kosten für Klimaschutzmaßnahmen auf ein Minimum zu reduzieren. Carney argumentierte, dass der Klimawandel, sowie Klimapolitik, auch zu kurzfristigen finanziellen Risiken führen kann, welche zu starken Anpassungen der Vermögenspreise führen können. Solche Auswirkungen zu untersuchen, stellt die traditionellen Wirtschafts- und Finanzmodelle jedoch vor Herausforderungen und erfordert ein tiefgreifenderes Verständnis der Zusammenhänge zwischen Klimapolitik und Finanzmärkten. Die vorliegende Arbeit untersucht daher die Auswirkungen der Klimapolitik auf die Finanzmärkte sowie die Rolle der Finanzmärkte in der Transformation zu einer nachhaltigeren Wirtschaft. Der Ansatz kombiniert Erkenntnisse aus der makroökonomischen Modellierung und der finanziellen Risikoanalyse. Nach einer Einführung und Einordnung in Kapitel 1, zeigt Kapitel 2 eine makroökonomische Analyse, welche ehrgeizige Klimaziele (negative Externalität) mit technologischer Innovationen (positive Externalität), adaptiven Erwartungen, sowie einem Investitionsprogramm kombiniert und damit zu positiven makroökonomischen Ergebnissen führt. Die Analyse zeigt auch die Grenzen klimaökonomischer Modelle in ihrer Darstellung der Finanzmärkte auf. Aus diesem Grund beschäftigt sich der nachfolgende Teil dieser Dissertation mit dem Zusammenhang zwischen Klimapolitik und Finanzmärkten. In Kapitel 3 wird eine empirische Analyse der Reaktionen von Aktienmärkten auf die Ankündigung klimapolitischer Ziele durchgeführt. Die Ergebnisse zeigen, dass sich internationale Klimaverhandlungen auf die Vermögenspreise auswirken und dass Investoren zunehmend Transformationsrisiken bei CO2-intensiven Firmen erkennen. Kapitel 4 zeigt, durch eine Analyse der Aktienmärkte und des Interbankenmarktes, dass Transformationsrisiken einen großen Teil des Aktienmarktes beeinflussen können und dass finanzielle Verflechtungen negative Schocks verstärken können. Kapitel 5 zeigt, durch eine Analyse von Hypothekenkrediten, wie Informationen über Klimapolitik und die Energieeffizienz von Gebäuden in das Risikomanagement integriert und sich damit im Zinssatz widerspiegeln können. Während die Kosten von Klimaschutzmaßnahmen in großem Umfang untersucht wurden, leistet diese Arbeit zwei wesentliche Beiträge. Erstens wird die Bedeutung eines grünen Investitionsprogramms zur Stärkung des makroökonomischen Nutzens von Klimaschutzmaßnahmen hervorgehoben. Zweitens zeigt diese Arbeit unterschiedliche Ansätze, wie Transformationsrisiken und -chancen in die Finanzmarktanalyse integriert werden können. Eine frühzeitige Erkennung und Einpreisung potenzieller Risiken und Chancen kann das Finanzsystem widerstandsfähiger machen und Investitionen in die Dekarbonisierung der Wirtschaft stimulieren. T2 - Die Finanzierung einer nachhaltigen Wirtschaft KW - Klimapolitik KW - climate policy KW - grüne Investitionen KW - green investments KW - sustainable finance KW - Nachhaltiges Finanzwesen Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-484415 ER - TY - THES A1 - Stete, Felix T1 - Gold at the nanoscale BT - plasmon-exciton coupling and optical heating N2 - In this cumulative dissertation, I want to present my contributions to the field of plasmonic nanoparticle science. Plasmonic nanoparticles are characterised by resonances of the free electron gas around the spectral range of visible light. In recent years, they have evolved as promising components for light based nanocircuits, light harvesting, nanosensors, cancer therapies, and many more. This work exhibits the articles I authored or co-authored in my time as PhD student at the University of Potsdam. The main focus lies on the coupling between localised plasmons and excitons in organic dyes. Plasmon–exciton coupling brings light–matter coupling to the nanoscale. This size reduction is accompanied by strong enhancements of the light field which can, among others, be utilised to enhance the spectroscopic footprint of molecules down to single molecule detection, improve the efficiency of solar cells, or establish lasing on the nanoscale. When the coupling exceeds all decay channels, the system enters the strong coupling regime. In this case, hybrid light–matter modes emerge utilisable as optical switches, in quantum networks, or as thresholdless lasers. The present work investigates plasmon–exciton coupling in gold–dye core–shell geometries and contains both fundamental insights and technical novelties. It presents a technique which reveals the anticrossing in coupled systems without manipulating the particles themselves. The method is used to investigate the relation between coupling strength and particle size. Additionally, the work demonstrates that pure extinction measurements can be insufficient when trying to assess the coupling regime. Moreover, the fundamental quantum electrodynamic effect of vacuum induced saturation is introduced. This effect causes the vacuum fluctuations to diminish the polarisability of molecules and has not yet been considered in the plasmonic context. The work additionally discusses the reaction of gold nanoparticles to optical heating. Such knowledge is of great importance for all potential optical applications utilising plasmonic nanoparticles since optical excitation always generates heat. This heat can induce a change in the optical properties, but also mechanical changes up to melting can occur. Here, the change of spectra in coupled plasmon–exciton particles is discussed and explained with a precise model. Moreover, the work discusses the behaviour of gold nanotriangles exposed to optical heating. In a pump–probe measurement, X-ray probe pulses directly monitored the particles’ breathing modes. In another experiment, the triangles were exposed to cw laser radiation with varying intensities and illumination areas. X-ray diffraction directly measured the particles’ temperature. Particle melting was investigated with surface enhanced Raman spectroscopy and SEM imaging demonstrating that larger illumination areas can cause melting at lower intensities. An elaborate methodological and theoretical introduction precedes the articles. This way, also readers without specialist’s knowledge get a concise and detailed overview of the theory and methods used in the articles. I introduce localised plasmons in metal nanoparticles of different shapes. For this work, the plasmons were mostly coupled to excitons in J-aggregates. Therefore, I discuss these aggregates of organic dyes with sharp and intense resonances and establish an understanding of the coupling between the two systems. For ab initio simulations of the coupled systems, models for the systems’ permittivites are presented, too. Moreover, the route to the sample fabrication – the dye coating of gold nanoparticles, their subsequent deposition on substrates, and the covering with polyelectrolytes – is presented together with the measurement methods that were used for the articles. N2 - In der vorliegenden publikationsbasierten Dissertation möchte ich meinen Beitrag aus meiner Zeit als Doktorand an der Universität Potsdam zum Forschungsgebiet plasmonischer Nanopartikel vorstellen. Letztere zeichnen sich durch Resonanzen des freien Elektronengases im Spektralbereich sichtbaren Lichts aus mit vielversprechenden Anwenungsgebieten, unter anderem in Bereichen der Nanosensorik, lichtbasierter Nanoschaltkreise oder auch der Krebstherapie. Die Arbeit beinhaltet die von mir mitverfassten wissenschaftlichen Artikel, mit dem Hauptaugenmerk auf der Kopplung zwischen lokalisierten Plasmonen in Gold-Nanopartikeln und Exzitonen in organischen Farbstoffen. Plasmonen konzentrieren Lichtfelder auf kleinstem Raum. Dadurch verstärkt sich die Licht–Materie-Wechselwirkung, welche es etwa ermöglicht, die Effizienz von Solarzellen zu erhöhen, die Spektren weniger bis einzelner Moleküle aufzunehmen oder auch Laser auf der Nanoskala zu entwickeln. Überschreitet die Wechselwirkung zwischen Plasmonen und Exzitonen alle anderen Dissipationskanäle, spricht man vom Regime der starken Kopplung. In diesem Regime entstehen neue untrennbare Licht–Materie-Hybridzustände aus denen ultraschnelle optische Schalter, Quantennetzwerke oder pumpschwellenfreie Laser konstruiert werden können. Die Artikel bieten dabei sowohl Erkenntnisse der Grundlageforschung als auch neue technische Verfahren. So wird unter anderem eine Methode zur Sichtbarmachung der vermiedenen Kreuzung gekoppelter Resonanzen vorgestellt, in der die Partikel selber nicht verändert werden. Die Technik wird hier beispielsweise verwendet, um den Zusammenhang zwischen Kopplungsstärke und Partikelgröße zu untersuchen. Zusätzlich zeigt die Arbeit, dass das alleinige Betrachten von Extinktionsspektren unzureichend für die Beurteilung des Kopplungsregimes sein kann. Desweiteren wird die Sättigung durch Vakuumfelder vorgestellt, ein Effekt der Quantenelektrodynamik, der im Zusammenhang mit Plasmonen bisher unbekannt war. Die Reaktion von Gold-Nanopartikeln auf optische Erwärmung stellt den zweiten Themenbereich der Arbeit dar. Da durch optische Anregung grundsätzlich auch Wärme entsteht, ist die Kenntnis über diese Reaktion für alle Anwendungen plasmonischer Nanopartikel von Bedeutung. Zum einen wird hier die spektrale Änderung nach der Anregung gekoppelter Gold–Farbstoff-Partikel untersucht und quantitativ modelliert, zum anderen betrachtet die Arbeit Gold-Nanodreiecke bei optischer Anregung. In zeitaufgelösten Messungen wurde die Ausdehnung des Kristallgitters direkt mit Röntgen-Pulsen aufgenommen. Mit Hilfe von kontinuierlicher Röntgenstrahlung wurde außerdem die Temperatur der Teilchen bei konstanter Beleuchtung von Laserlicht gemessen, wobei die Größe der beleuchteten Fläche und die Lichtintensität variierten. Durch oberflächenverstärkte Raman-Spektren und REM-Bilder ließ sich indes das Schmelzen der Teilchen beobachten. Den Artikeln steht eine ausführliche Einleitung voran, die eine detaillierte Übersicht sowohl über die theoretischen Grundlagen als auch über die experimentelle Methodik bietet. Sie führt lokalisierte Plasmonen auf unterschiedlich geformten Teilchen ein. Für diese Arbeit wurden die Teilchen mit J-Aggregaten ummantelt. Folglich werden diese speziellen Aggregate organischer Farbstoffe mit ihren intensiven und scharfen Resonanzen vorgestellt und die Kopplung ihrer Anregungen mit Plasmonen diskutiert. Für Ab-initio-Simulationen der gekoppelten Spektren werden Modelle für Permittivität der beiden Komponenten besprochen. Abschließend werden die Herstellung der Proben sowie alle in den Artikeln verwendeten Messmethoden eingeführt. KW - Nanoparticles KW - Plasmons KW - Light-Matter Coupling KW - Licht-Materie-Wechselwirkung KW - Nanopartikel KW - Plasmonen Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-496055 ER - TY - THES A1 - Thapa, Samudrajit T1 - Deciphering anomalous diffusion in complex systems using Bayesian inference and large deviation theory N2 - The development of methods such as super-resolution microscopy (Nobel prize in Chemistry, 2014) and multi-scale computer modelling (Nobel prize in Chemistry, 2013) have provided scientists with powerful tools to study microscopic systems. Sub-micron particles or even fluorescently labelled single molecules can now be tracked for long times in a variety of systems such as living cells, biological membranes, colloidal solutions etc. at spatial and temporal resolutions previously inaccessible. Parallel to such single-particle tracking experiments, super-computing techniques enable simulations of large atomistic or coarse-grained systems such as biologically relevant membranes or proteins from picoseconds to seconds, generating large volume of data. These have led to an unprecedented rise in the number of reported cases of anomalous diffusion wherein the characteristic features of Brownian motion—namely linear growth of the mean squared displacement with time and the Gaussian form of the probability density function (PDF) to find a particle at a given position at some fixed time—are routinely violated. This presents a big challenge in identifying the underlying stochastic process and also estimating the corresponding parameters of the process to completely describe the observed behaviour. Finding the correct physical mechanism which leads to the observed dynamics is of paramount importance, for example, to understand the first-arrival time of transcription factors which govern gene regulation, or the survival probability of a pathogen in a biological cell post drug administration. Statistical Physics provides useful methods that can be applied to extract such vital information. This cumulative dissertation, based on five publications, focuses on the development, implementation and application of such tools with special emphasis on Bayesian inference and large deviation theory. Together with the implementation of Bayesian model comparison and parameter estimation methods for models of diffusion, complementary tools are developed based on different observables and large deviation theory to classify stochastic processes and gather pivotal information. Bayesian analysis of the data of micron-sized particles traced in mucin hydrogels at different pH conditions unveiled several interesting features and we gained insights into, for example, how in going from basic to acidic pH, the hydrogel becomes more heterogeneous and phase separation can set in, leading to observed non-ergodicity (non-equivalence of time and ensemble averages) and non-Gaussian PDF. With large deviation theory based analysis we could detect, for instance, non-Gaussianity in seeming Brownian diffusion of beads in aqueous solution, anisotropic motion of the beads in mucin at neutral pH conditions, and short-time correlations in climate data. Thus through the application of the developed methods to biological and meteorological datasets crucial information is garnered about the underlying stochastic processes and significant insights are obtained in understanding the physical nature of these systems. N2 - Die Entwicklung von Methoden wie der superauflösenden Mikroskopie (Nobelpreis für Chemie, 2014) und der Multiskalen-Computermodellierung (Nobelpreis für Chemie, 2013) hat Wis- senschaftlern mächtige Werkzeuge zur Untersuchung mikroskopischer Systeme zur Verfügung gestellt. Submikrometer Partikel und sogar einzelne fluoreszent markierte Moleküle können heute über lange Beobachtungszeiten in einer Vielzahl von Systemen, wie z.B. lebenden Zellen, biologischen Membranen und kolloidalen Suspensionen, mit bisher unerreichter räumlicher und zeitlicher Auflösung verfolgt werden. Neben solchen Einzelpartikelverfolgungsexperi- menten ermöglichen Supercomputer die Simulation großer atomistischer oder coarse-grained Systeme, wie z..B. biologisch relevante Membranen oder Proteine, über wenige Picosekunden bis hin zu einigen Sekunden, wobei große Datenmengen produziert werden. Diese haben zu einem beispiellosen Anstieg in der Zahl berichteter Fälle von anomaler Diffusion geführt, bei welcher die charakteristischen Eigenschaften der Brownschen Diffusion—nämlich das lineare Wachstum der mittleren quadratischen Verschiebung mit der Zeit und die Gaußsche Form der Wahrscheinlichkeitsdichtefunktion ein Partikel an einem gegebenen Ort und zu gegebener Zeit zu finden—verletzt sind. Dies stellt eine große Herausforderung bei der Identifizierung des zugrundeliegenden stochastischen Prozesses und der Schätzung der zugehörigen Prozess- parameter dar, was zur vollständigen Beschreibung des beobachteten Verhaltens nötig ist. Das Auffinden des korrekten physikalischen Mechanismus, welcher zum beobachteten Verhal- ten führt, ist von überragender Bedeutung, z.B. beim Verständnis der, die Genregulation steuernden, first-arrival time von Transkriptionsfaktoren oder der Überlebensfunktion eines Pathogens in einer biologischen Zelle nach Medikamentengabe. Die statistische Physik stellt nützliche Methoden bereit, die angewendet werden können, um solch wichtige Informationen zu erhalten. Der Schwerpunkt der vorliegenden, auf fünf Publikationen basierenden, kumulativen Dissertation liegt auf der Entwicklung, Implementierung und Anwendung solcher Methoden, mit einem besonderen Schwerpunkt auf der Bayesschen Inferenz und der Theorie der großen Abweichungen. Zusammen mit der Implementierung eines Bayesschen Modellvergleichs und Methoden zur Parameterschätzung für Diffusionsmodelle werden ergänzende Methoden en- twickelt, welche auf unterschiedliche Observablen und der Theorie der großen Abweichungen basieren, um stochastische Prozesse zu klassifizieren und wichtige Informationen zu erhalten. Die Bayessche Analyse der Bewegungsdaten von Mikrometerpartikeln, welche in Mucin- hydrogelen mit verschiedenen pH-Werten verfolgt wurden, enthüllte mehrere interessante Eigenschaften und wir haben z.B. Einsichten darüber gewonnen, wie der Übergang von basischen zu sauren pH-Werten die Heterogenität des Hydrogels erhöht und Phasentrennung einsetzen kann, was zur beobachteten Nicht-Ergodizität (Inäquivalenz von Zeit- und En- semblemittelwert) und nicht-Gaußscher Wahrscheinlichkeitsdichte führt. Mit einer auf der Theorie der großen Abweichungen basierenden Analyse konnten wir, z.B., nicht-Gaußsches Verhalten bei der scheinbaren Brownschen Diffusion von Partikeln in wässriger Lösung, anisotrope Bewegung von Partikeln in Mucin bei neutralem pH-Wert und Kurzzeitkorrela- tionen in Klimadaten detektieren. Folglich werden durch die Anwendung der entwickelten Methoden auf biologische und meteorologische Daten entscheidende Informationen über die zugrundeliegenden stochastischen Prozesse gesammelt und bedeutende Erkenntnisse für das Verständnis der Eigenschaften dieser Systeme erhalten. KW - anomalous diffusion KW - Bayesian inference KW - large deviation theory KW - statistical physics Y1 - 2020 ER - TY - THES A1 - Weißhuhn, Peter T1 - Assessing biotope vulnerability to landscape changes T1 - Bewertung der Vulnerabilität von Biotopen gegenüber Landschaftsveränderungen N2 - Largescale patterns of global land use change are very frequently accompanied by natural habitat loss. To assess the consequences of habitat loss for the remaining natural and semi-natural biotopes, inclusion of cumulative effects at the landscape level is required. The interdisciplinary concept of vulnerability constitutes an appropriate assessment framework at the landscape level, though with few examples of its application for ecological assessments. A comprehensive biotope vulnerability analysis allows identification of areas most affected by landscape change and at the same time with the lowest chances of regeneration. To this end, a series of ecological indicators were reviewed and developed. They measured spatial attributes of individual biotopes as well as some ecological and conservation characteristics of the respective resident species community. The final vulnerability index combined seven largely independent indicators, which covered exposure, sensitivity and adaptive capacity of biotopes to landscape changes. Results for biotope vulnerability were provided at the regional level. This seems to be an appropriate extent with relevance for spatial planning and designing the distribution of nature reserves. Using the vulnerability scores calculated for the German federal state of Brandenburg, hot spots and clusters within and across the distinguished types of biotopes were analysed. Biotope types with high dependence on water availability, as well as biotopes of the open landscape containing woody plants (e.g., orchard meadows) are particularly vulnerable to landscape changes. In contrast, the majority of forest biotopes appear to be less vulnerable. Despite the appeal of such generalised statements for some biotope types, the distribution of values suggests that conservation measures for the majority of biotopes should be designed specifically for individual sites. Taken together, size, shape and spatial context of individual biotopes often had a dominant influence on the vulnerability score. The implementation of biotope vulnerability analysis at the regional level indicated that large biotope datasets can be evaluated with high level of detail using geoinformatics. Drawing on previous work in landscape spatial analysis, the reproducible approach relies on transparent calculations of quantitative and qualitative indicators. At the same time, it provides a synoptic overview and information on the individual biotopes. It is expected to be most useful for nature conservation in combination with an understanding of population, species, and community attributes known for specific sites. The biotope vulnerability analysis facilitates a foresighted assessment of different land uses, aiding in identifying options to slow habitat loss to sustainable levels. It can also be incorporated into planning of restoration measures, guiding efforts to remedy ecological damage. Restoration of any specific site could yield synergies with the conservation objectives of other sites, through enhancing the habitat network or buffering against future landscape change. Biotope vulnerability analysis could be developed in line with other important ecological concepts, such as resilience and adaptability, further extending the broad thematic scope of the vulnerability concept. Vulnerability can increasingly serve as a common framework for the interdisciplinary research necessary to solve major societal challenges. N2 - Weltweit wurden in den vergangenen Jahrzehnten massive Veränderungen in der Landnutzung vorgenommen. Diese gingen meistens mit dem Verlust natürlicher Habitate einher. Um die Folgen auf die verbliebenen naturnahen Biotope zu bewerten, sind Analyseinstrumente notwendig, die neben einzelnen Flächen auch kumulative Effekte auf der Landschaftsebene einbeziehen. Das interdisziplinäre Konzept der Vulnerabilität kann einem solchen Analyseinstrument den Rahmen bieten. Bisher wurde es kaum für die Bewertung ökologischer Systeme herangezogen. Dabei kann eine flächendeckende Biotop-Vulnerabilitätsanalyse jene Gebiete identifizieren, die vom Landschaftswandel am stärksten betroffen sind und die gleichzeitig die geringsten Erholungsaussichten aufweisen. Dazu wurde eine Reihe ökologischer Indikatoren gesichtet und entwickelt, um die drei Vulnerabilitätsgrößen Exposition, Sensitivität und Anpassungskapazität abzudecken. Dabei wurden die Lagebeziehungen einzelner Biotope sowie die Eigenschaften der jeweils ansässigen Artengemeinschaft ausgewertet. Der errechnete Index kombiniert sieben voneinander weitestgehend unabhängige Indikatoren und stellt eine Übersicht der Biotop-Vulnerabilität dar. Liegt eine flächendeckende Vulnerabilitätsbewertung vor, können räumliche Häufungen von hohen Werten sowie die Verteilung der besonders hohen und besonders niedrigen Werte über die Biotoptypen hinweg analysiert werden. Dies erscheint besonders sinnvoll für Flächengrößen mit Relevanz für die Raumplanung und die Verteilung der Naturschutzflächen. Es stellte sich heraus, dass in der Planungsregion Brandenburg vor allem die Biotope mit hoher Abhängigkeit von der Wasserverfügbarkeit, sowie die Gehölze enthaltenden Offenlandbiotope (z.B. Streuobstwiesen) besonders vulnerabel gegenüber Landschaftsveränderungen sind. Im Gegensatz dazu erscheint die Mehrheit der Waldbiotope weniger verwundbar zu sein. Trotz der Möglichkeit zur Ableitung solcher verallgemeinerten Aussagen für einige Biotoptypen legt die Werteverteilung nahe, Naturschutzmaßnahmen mehrheitlich spezifisch für einzelne Flächen zu entwerfen. Größe, Form und räumlicher Kontext einzelner Biotopflächen üben zusammengenommen häufig einen dominanten Einfluss auf die Vulnerabilität gegenüber Landschaftsveränderungen aus. Die Demonstration der Biotop-Vulnerabilitätsanalyse auf regionaler Ebene zeigt, dass mit Methoden der Geoinformatik auch große Biotop-Datensätze detailliert ausgewertet werden können. Die damit erzielte naturschutzfachliche Analyse basiert auf transparent berechneten qualitativen und quantitativen Indikatoren und ist damit vollständig nachvollziehbar. Sie bietet gleichzeitig einen großräumigen Überblick sowie Informationen zu den einzelnen Biotopflächen. Mit der Vulnerabilitätsanalyse von Biotopen wird die vorausschauende Abwägung zwischen verschiedenen Landnutzungen erleichtert. Dies kann dazu beitragen, dass der Habitatverlust in Zukunft auf ein nachhaltigeres Maß gebremst wird. Auch kann eine solche Biotopbewertung in die Planung von Renaturierungsmaßnahmen einfließen, um ökologische Schäden zunächst dort zu beheben, wo große Synergieeffekte im Biotopverbund und mit anderen Naturschutzzielen zu erwarten sind. Die Biotop-Vulnerabilitätsanalyse konnte im Einklang mit wichtigen ökologischen Konzepten wie Resilienz und Anpassungsfähigkeit entwickelt werden. Sie erweitert damit den ohnehin breiten thematischen Anwendungsbereich des Vulnerabilitätskonzepts. Somit kann Vulnerabilität zunehmend als Brückenkonzept dienen und der zur Lösung der großen gesellschaftlichen Herausforderungen notwendigen interdisziplinären Forschung einen gemeinsamen Rahmen geben. KW - vulnerability KW - biotope KW - habitat KW - index KW - landscape KW - spatial ecology KW - landscape ecology KW - Vulnerabilität KW - Biotop KW - Habitat KW - Index KW - Landschaft KW - raumbezogene Ökologie KW - Landschaftsökologie Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-442777 ER - TY - THES A1 - Fontana, Federica T1 - Antagonistic activities of Vegfr3/Flt4 and Notch1b fine-tune mechanosensitive signaling during zebrafish cardiac valvulogenesis N2 - Cardiac valves are essential for the continuous and unidirectional flow of blood throughout the body. During embryonic development, their formation is strictly connected to the mechanical forces exerted by blood flow. The endocardium that lines the interior of the heart is a specialized endothelial tissue and is highly sensitive to fluid shear stress. Endocardial cells harbor a signal transduction machinery required for the translation of these forces into biochemical signaling, which strongly impacts cardiac morphogenesis and physiology. To date, we lack a solid understanding on the mechanisms by which endocardial cells sense the dynamic mechanical stimuli and how they trigger different cellular responses. In the zebrafish embryo, endocardial cells at the atrioventricular canal respond to blood flow by rearranging from a monolayer to a double-layer, composed of a luminal cell population subjected to blood flow and an abluminal one that is not exposed to it. These early morphological changes lead to the formation of an immature valve leaflet. While previous studies mainly focused on genes that are positively regulated by shear stress, the mechanisms regulating cell behaviors and fates in cells that lack the stimulus of blood flow are largely unknown. One key discovery of my work is that the flow-sensitive Notch receptor and Krüppel-like factor (Klf) 2, one of the best characterized flow-regulated transcriptional factors, are activated by shear stress but that they function in two parallel signal transduction pathways. Each of these two pathways is essential for the rearrangement of atrioventricular cells into an immature double-layered valve leaflets. A second key discovery of my study is the finding that both Notch and Klf2 signaling negatively regulate the expression of the angiogenesis receptor Vegfr3/Flt4, which becomes restricted to abluminal endocardial cells of the valve leaflet. Within these cells, Flt4 downregulates the expressions of the cell adhesion proteins Alcam and VE-cadherin. A loss of Flt4 causes abluminal endocardial cells to ectopically express Notch, which is normally restricted to luminal cells, and impairs valve morphology. My study suggests that abluminal endocardial cells that do not experience mechanical stimuli loose Notch expression and this triggers expression of Flt4. In turn, Flt4 negatively regulates Notch on the abluminal side of the valve leaflet. These antagonistic signaling activities and fine-tuned gene regulatory mechanisms ultimately shape cardiac valve leaflets by inducing unique differences in the fates of endocardial cells. N2 - Herzklappen sind essentiell für den kontinuierlichen und gerichteten Blutfluss durch den Körper. Während der Embryonalentwicklung ist die Bildung der Herzklappen stark von vom Blutfluss generierten, mechanischen Kräften abhängig. Das Endokard, ein endotheliales Gewebe, das das Herz im Inneren auskleidet, reagiert sehr sensibel auf biomechanische Einwirkungen. Endokardzellen weisen eine Signaltransduktionsmaschinerie auf, welche die Umwandlung dieser Kräfte in biochemische und elektrische Signale ermöglicht und somit unverzichtbar für die Herzmorphogenese und -physiologie ist. Allerdings fehlt uns noch immer das Verständnis der Mechanismen, mit denen Endokardzellen dynamische, biomechanische Signale wahrnehmen und wie verschiedene zelluläre Antworten ausgelöst werden können. Im Zebrafischembryo reagieren Endokardzellen im atrioventrikulärem Kanal auf Blutfluss induzierte Schubspannung mit einer Umorganisation, wobei sich aus einer Einzelschicht an Zellen eine Doppelschicht bildet. Letztere besteht aus einer luminalen Zellpopulation, die dem Blutstrom ausgesetzt ist und einer abluminalen Population, der der Kontakt zum Blut fehlt. Diese initialen morphologischen Veränderungen führen zur Ausbildung des frühen Herzklappensegels. Bisherige Studien berichteten im Besonderen über Gene die positiv von einer veränderten Schubspannung in Endokardzellen reguliert werden. Allerdings sind die Mechanismen, die das Verhalten und die Spezifizierung von den Zellen regulieren, die nicht in Kontakt mit dem Blutfluss sind, weitgehend unbekannt. Eine meiner Schlüsselentdeckungen in dieser Arbeit ist, dass zwei der am besten charakterisierten, durch Blutfluss transkriptional regulierten Faktoren, der Notch Rezeptor und der Krüppel-like factor (Klf) 2, durch Schubspannung aktiviert werden. Dies funktioniert auf zwei parallelen mechanosensitiven Signaltransduktionswegen und beide Kaskaden sind essentiell für die Umorganisation der atrioventrikulären Zellen während der Bildung der frühen zweischichtigen Klappensegeln. Eine zweite wichtige Entdeckung meiner Studien ist, dass die Expression des angiogenen Faktors Vegfr3/Flt4, die auf abluminale Endokardzellen im frühen Klappensegel beschränk ist, von beiden Signalwegen, Notch und KLf2, negativ reguliert wird. Außerdem veringert Flt4 die Expression der Zelladhäsionsproteine Alcam und VE-cadherin in abluminalen Zellen und führt die Herzklappenmorphogenese herbei. Der Verlust von Flt4 wiederum führt zu einer ektopischen Expression von Notch in abluminalen Endokardzellen, welche sonst nur in luminalen Zellen auftritt. Daher zeigt meine Arbeit, dass abluminale Endokardzellen, die keinem mechanischem Reiz ausgesetzt sind, Notch herunterregulieren und damit die Expression von Flt4 auslösen. Flt4 wiederum blockiert dann zusätzlich den Notch Signalweg in dieser Zellpopulation. Diese antagonistischen Signalaktivitäten und fein abgestimmte Genregulationsmechanismen sorgen für Unterschiede in der Spezifizierung der Endokardzellen und formen so schließlich die Segelklappen im Herz. KW - heart development KW - cardiac valves KW - zebrafish KW - mechanosensation KW - Herzklappe KW - Herzentwicklung KW - Mechanosensation KW - Zebrafisch Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-487517 ER - TY - THES A1 - Seebeck, Nicole T1 - Regulation of the organokines FGF21 and chemerin by diet BT - metabolic and molecular effects in liver and adipose tissue of obese human subjects BT - metabolische und molekulare Effekte in Leber und Fettgewebe adipöser humaner Probanden N2 - The hepatokine FGF21 and the adipokine chemerin have been implicated as metabolic regulators and mediators of inter-tissue crosstalk. While FGF21 is associated with beneficial metabolic effects and is currently being tested as an emerging therapeutic for obesity and diabetes, chemerin is linked to inflammation-mediated insulin resistance. However, dietary regulation of both organokines and their role in tissue interaction needs further investigation. The LEMBAS nutritional intervention study investigated the effects of two diets differing in their protein content in obese human subjects with non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD). The study participants consumed hypocaloric diets containing either low (LP: 10 EN%, n = 10) or high (HP: 30 EN%, n = 9) dietary protein 3 weeks prior to bariatric surgery. Before and after the intervention the participants were anthropometrically assessed, blood samples were drawn, and hepatic fat content was determined by MRS. During bariatric surgery, paired subcutaneous and visceral adipose tissue biopsies as well as liver biopsies were collected. The aim of this thesis was to investigate circulating levels and tissue-specific regulation of (1) FGF21 and (2) chemerin in the LEMBAS cohort. The results were compared to data obtained in 92 metabolically healthy subjects with normal glucose tolerance and normal liver fat content. (1) Serum FGF21 concentrations were elevated in the obese subjects, and strongly associated with intrahepatic lipids (IHL). In accordance, FGF21 serum concentrations increased with severity of NAFLD as determined histologically in the liver biopsies. Though both diets were successful in reducing IHL, the effect was more pronounced in the HP group. FGF21 serum concentrations and mRNA expression were bi-directionally regulated by dietary protein, independent from metabolic improvements. In accordance, in the healthy study subjects, serum FGF21 concentrations dropped by more than 60% in response to the HP diet. A short-term HP intervention confirmed the acute downregulation of FGF21 within 24 hours. Lastly, experiments in HepG2 cell cultures and primary murine hepatocytes identified nitrogen metabolites (NH4Cl and glutamine) to dose-dependently suppress FGF21 expression. (2) Circulating chemerin concentrations were considerably elevated in the obese versus lean study participants and differently associated with markers of obesity and NAFLD in the two cohorts. The adipokine decreased in response to the hypocaloric interventions while an unhealthy high-fat diet induced a rise in chemerin serum levels. In the lean subjects, mRNA expression of RARRES2, encoding chemerin, was strongly and positively correlated with expression of several cytokines, including MCP1, TNFα, and IL6, as well as markers of macrophage infiltration in the subcutaneous fat depot. However, RARRES2 was not associated with any cytokine assessed in the obese subjects and the data indicated an involvement of chemerin not only in the onset but also resolution of inflammation. Analyses of the tissue biopsies and experiments in human primary adipocytes point towards a role of chemerin in adipogenesis while discrepancies between the in vivo and in vitro data were detected. Taken together, the results of this thesis demonstrate that circulating FGF21 and chemerin levels are considerably elevated in obesity and responsive to dietary interventions. FGF21 was acutely and bi-directionally regulated by dietary protein in a hepatocyte-autonomous manner. Given that both, a lack in essential amino acids and excessive nitrogen intake, exert metabolic stress, FGF21 may serve as an endocrine signal for dietary protein balance. Lastly, the data revealed that chemerin is derailed in obesity and associated with obesity-related inflammation. However, future studies on chemerin should consider functional and regulatory differences between secreted and tissue-specific isoforms. N2 - Extremes Übergewicht einhergehend mit einer starken Vermehrung des Körperfetts (Adipositas) stellt ein weltweites Gesundheitsproblem dar und geht oft mit assoziierten Erkrankungen, wie Diabetes, einer Fettleber und Herz-Kreislauf-Erkrankungen einher. Die Ernährung spielt in der Entstehung und Therapie der Adipositas eine zentrale Rolle. Gerät der Stoffwechsel aufgrund anhaltender Energieüberschüsse aus dem Gleichgewicht, werden von Leber und Fettgewebe Entzündungsmarker sowie Signalmoleküle, darunter Chemerin und FGF21, ausgesendet. Während vorhergehende Studien für FGF21 vorteilhafte Effekte auf den Zucker- und Energiestoffwechsel demonstriert haben, steht Chemerin im Zusammenhang mit der Entwicklung chronisch-entzündlicher Erkrankungen. Die vorliegende Arbeit untersucht die nahrungsabhängige Regulation von FGF21 und Chemerin in humanen Blut-, Leber- und Fettgewebsproben aus stark übergewichtigen Probanden, um ein besseres Verständnis für die Physiologie der beiden Moleküle zu gewinnen. Die Studienteilnehmer konsumierten drei Wochen vor bariatrischer Operation zwei kalorienreduzierte Diäten, die sich in ihrem Proteinanteil (10% versus 30% der Gesamtenergie) unterschieden. Vor und nach der Diätintervention wurde die körperliche Konstitution und der Leberfettanteil der Probanden bestimmt sowie klinische Marker im Blut ermittelt. Während der bariatrischen Operation wurden zudem Leber- und Fettgewebsbiopsien entnommen. Die Ergebnisse wurden bezüglich der Regulation von FGF21 und Chemerin ausgewertet und anschließend mit Daten von gesunden, schlanken Probanden verglichen. FGF21 war in den adipösen Probanden deutlich erhöht und wies eine starke Assoziation mit dem Leberfettgehalt auf. Beide Diäten konnten das Leberfett deutlich senken, wobei die Hochproteindiät effektiver war. Die FGF21 Blutspiegel sanken mit steigender Proteinaufnahme, was sich auch in der hepatischen Genexpression widerspiegelte. Zellkulturversuche bestätigten eine negative Regulation von FGF21 durch Zwischenprodukte des Proteinstoffwechsels. Zusammenfassend zeigen die Ergebnisse, dass eine Hochproteindiät FGF21 kurzfristig und dosisabhängig supprimiert bei gleichzeitiger Verbesserung der Stoffwechsellage. Chemerin war in den übergewichtigen und gesunden Probanden unterschiedlich mit Markern der Adipositas und der Fettlebererkrankung assoziiert. Zudem konnte eine ernährungsabhängige Regulation von Chemerin aufgezeigt werden, wobei der Proteingehalt der Diät unerheblich war. Interessanterweise deuten die Daten aus den Fettgewebsbiopsien auf eine Rolle von Chemerin sowohl in der Entstehung als auch in der Auflösung entzündlicher Vorgänge hin. Die Ergebnisse dieser Arbeit zeigen, dass Chemerin im Zusammenhang mit der Entwicklung der Adipositas steht aber auch günstige Effekte auf dessen Verlauf haben könnte. T2 - Regulation der Organokine FGF21 und Chemerin durch Ernährung KW - Obesity KW - FGF21 KW - Chemerin KW - Adipositas Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-471140 ER - TY - THES A1 - Schinköth, Michaela T1 - Automatic affective reactions to exercise-related stimuli BT - towards a better understanding of exercise motivation BT - für ein besseres Verständnis der Sportmotivation N2 - Even though the majority of individuals know that exercising is healthy, a high percentage struggle to achieve the recommended amount of exercise. The (social-cognitive) theories that are commonly applied to explain exercise motivation refer to the assumption that people base their decisions mainly on rational reasoning. However, behavior is not only bound to reflection. In recent years, the role of automaticity and affect for exercise motivation has been increasingly discussed. In this dissertation, central assumptions of the affective–reflective theory of physical inactivity and exercise (ART; Brand & Ekkekakis, 2018), an exercise-specific dual-process theory that emphasizes the role of a momentary automatic affective reaction for exercise-decisions, were examined. The central aim of this dissertation was to investigate exercisers and non-exercisers automatic affective reactions to exercise-related stimuli (i.e., type-1 process). In particular, the two components of the ART’s type-1 process, that are, automatic associations with exercise and the automatic affective valuation to exercise, were under study. In the first publication (Schinkoeth & Antoniewicz, 2017), research on automatic (evaluative) associations with exercise was summarized and evaluated in a systematic review. The results indicated that automatic associations with exercise appeared to be relevant predictors for exercise behavior and other exercise-related variables, providing evidence for a central assumption of the ART’s type-1 process. Furthermore, indirect methods seem to be suitable to assess automatic associations. The aim of the second publication (Schinkoeth, Weymar, & Brand, 2019) was to approach the somato-affective core of the automatic valuation of exercise using analysis of reactivity in vagal HRV while viewing exercise-related pictures. Results revealed that differences in exercise volume could be regressed on HRV reactivity. In light of the ART, these findings were interpreted as evidence of an inter-individual affective reaction elicited at the thought of exercise and triggered by exercise-stimuli. In the third publication (Schinkoeth & Brand, 2019, subm.), it was sought to disentangle and relate to each other the ART’s type-1 process components—automatic associations and the affective valuation of exercise. Automatic associations to exercise were assessed with a recoding-free variant of an implicit association test (IAT). Analysis of HRV reactivity was applied to approach a somatic component of the affective valuation, and facial reactions in a facial expression (FE) task served as indicators of the automatic affective reaction’s valence. Exercise behavior was assessed via self-report. The measurement of the affective valuation’s valence with the FE task did not work well in this study. HRV reactivity was predicted by the IAT score and did also statistically predict exercise behavior. These results thus confirm and expand upon the results of publication two and provide empirical evidence for the type-1 process, as defined in the ART. This dissertation advances the field of exercise psychology concerning the influence of automaticity and affect on exercise motivation. Moreover, both methodical implications and theoretical extensions for the ART can be derived from the results. N2 - Obwohl die meisten Menschen wissen, dass Sport gesund ist, hat ein hoher Prozentsatz Mühe, die empfohlenen Bewegungsumfänge zu erreichen. Sozial-kognitive Theorien, die üblicherweise zur Erklärung von Sportmotivation angewendet werden, stützen sich auf die Annahme, dass Menschen ihre Entscheidungen hauptsächlich auf Grund rationaler Überlegungen treffen. Unser Verhalten ist jedoch nicht immer rational. In den letzten Jahren ist die Rolle von Automatizität und Affekt für die Sportmotivation daher zunehmend diskutiert worden. In dieser Dissertation wurden zentrale Annahmen der affective–reflective theory zur Erklärung von körperlicher Inaktivität und Sporttreiben (ART; Brand & Ekkekakis, 2018), einer sportspezifischen Zwei-Prozesstheorie, die die Rolle einer momentanen automatischen affektiven Reaktion für Sportentscheidungen betont, überprüft. Das zentrale Ziel dieser Dissertation war die Untersuchung automatisch affektiver Reaktionen von Sportlern und Nicht-Sportlern auf sportbezogene Stimuli (i.e., Typ-1-Prozess). Insbesondere wurden die beiden in der ART beschrieben Komponenten dieser automatisch affektiven Reaktion, d.h. die automatischen Assoziationen zu Sport und die automatische affektive Valuation von Sport, untersucht. In der ersten Publikation (Schinkoeth & Antoniewicz, 2017) wurde die Forschung zu automatischen Assoziationen zu Sport in einem systematischen Review zusammengefasst und evaluiert. Die Ergebnisse deuteten darauf hin, dass automatische Assoziationen relevante Prädiktoren für das Sportverhalten und andere sportbezogene Variablen zu sein scheinen, was den Beweis für eine zentrale Annahme des Typ-1-Prozesses der ART lieferte. Darüber hinaus scheinen indirekte Methoden geeignet zu sein um automatische Assoziationen zu messen. Das Ziel der zweiten Publikation (Schinkoeth, Weymar, & Brand, 2019) war es, sich dem somato-affektiven Kern der automatischen Valuation von Sport mittels Analyse der Reaktivität der vagalen HRV bei Betrachtung von Sportbildern zu nähern. Die Ergebnisse zeigten, dass die HRV-Reaktivität Unterschiede im Sportumfang hervorsagen konnte. Im Licht der ART wurden diese Befunde als Hinweis auf eine interindividuelle affektive Reaktion interpretiert, die beim bloßen Gedanken an Sport hervorgerufen und durch die Sportbilder ausgelöst wurde. In der dritten Publikation (Schinkoeth & Brand, 2019, subm.) wurde versucht, die Typ-1-Prozesskomponenten der ART - automatische Assoziationen und die affektive Valuation von Sport - zu trennen und in Beziehung zueinander zu setzen. Automatische Assoziationen zu Sport wurden mit einer rekodierungsfreien Variante eines impliziten Assoziationstests (IAT) gemessen. Die Analyse der HRV-Reaktivität wurde genutzt, um sich einer somatischen Komponente der affektiven Valuation zu nähern, und Gesichtsreaktionen in einer Mimikaufgabe (GR) dienten als Indikatoren für die Valenz der automatischen affektiven Reaktion. Das Bewegungsverhalten wurde mittels Selbstbericht bewertet. Die Messung der Valenz der affektiven Valuation mit der GR-Aufgabe funktionierte in dieser Studie nicht. Es konnte aber gezeigt werden, dass die HRV-Reaktivität durch den IAT-Score hervorgesagt werden konnte und wiederum das selbstberichtete Sportverhalten statistisch vorhersagen konnte. Diese Ergebnisse bestätigen und erweitern somit die Ergebnisse der Publikation zwei und liefern empirische Evidenz für den Typ-1-Prozess, wie er in der ART definiert ist. Die Ergbenisse dieser Dissertation tragen dazu bei die Forschung Rund um den Einfluss von Automatizität und Affekt auf die Sportmotivation entscheidend voran zu treiben. Darüber hinaus lassen sich aus den Ergebnissen sowohl methodische Implikationen als auch theoretische Erweiterungen für die ART ableiten. T2 - Automatisch affektive Reaktionen auf Sportstimuli KW - exercise KW - motivation KW - affect KW - automatic KW - dual-process KW - Sport KW - Motivation KW - Affekt KW - Automatizität KW - Zwei-Prozess Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-471115 ER - TY - THES A1 - Krivenkov, Maxim T1 - Spin textures and electron scattering in nanopatterned monolayer graphene N2 - The current thesis is focused on the properties of graphene supported by metallic substrates and specifically on the behaviour of electrons in such systems. Methods of scanning tunneling microscopy, electron diffraction and photoemission spectroscopy were applied to study the structural and electronic properties of graphene. The purpose of the first part of this work is to introduce the most relevant aspects of graphene physics and the methodical background of experimental techniques used in the current thesis. The scientific part of this work starts with the extensive study by means of scanning tunneling microscopy of the nanostructures that appear in Au intercalated graphene on Ni(111). This study was aimed to explore the possible structural explanations of the Rashba-type spin splitting of ~100 meV experimentally observed in this system — much larger than predicted by theory. It was demonstrated that gold can be intercalated under graphene not only as a dense monolayer, but also in the form of well-periodic arrays of nanoclusters, a structure previously not reported. Such nanocluster arrays are able to decouple graphene from the strongly interacting Ni substrate and render it quasi-free-standing, as demonstrated by our DFT study. At the same time calculations confirm strong enhancement of the proximity-induced SOI in graphene supported by such nanoclusters in comparison to monolayer gold. This effect, attributed to the reduced graphene-Au distance in the case of clusters, provides a large Rashba-type spin splitting of ~60 meV. The obtained results not only provide a possible mechanism of SOI enhancement in this particular system, but they can be also generalized for graphene on other strongly interacting substrates intercalated by nanostructures of heavy noble d metals. Even more intriguing is the proximity of graphene to heavy sp-metals that were predicted to induce an intrinsic SOI and realize a spin Hall effect in graphene. Bismuth is the heaviest stable sp-metal and its compounds demonstrate a plethora of exciting physical phenomena. This was the motivation behind the next part of the current thesis, where structural and electronic properties of a previously unreported phase of Bi-intercalated graphene on Ir(111) were studied by means of scanning tunneling microscopy, spin- and angle-resolved photoemission spectroscopy and electron diffraction. Photoemission experiments revealed a remarkable, nearly ideal graphene band structure with strongly suppressed signatures of interaction between graphene and the Ir(111) substrate, moreover, the characteristic moiré pattern observed in graphene on Ir(111) by electron diffraction and scanning tunneling microscopy was strongly suppressed after intercalation. The whole set of experimental data evidences that Bi forms a dense intercalated layer that efficiently decouples graphene from the substrate. The interaction manifests itself only in the n-type charge doping (~0.4 eV) and a relatively small band gap at the Dirac point (~190 meV). The origin of this minor band gap is quite intriguing and in this work it was possible to exclude a wide range of mechanisms that could be responsible for it, such as induced intrinsic spin-orbit interaction, hybridization with the substrate states and corrugation of the graphene lattice. The main origin of the band gap was attributed to the A-B symmetry breaking and this conclusion found support in the careful analysis of the interference effects in photoemission that provided the band gap estimate of ~140 meV. While the previous chapters were focused on adjusting the properties of graphene by proximity to heavy metals, graphene on its own is a great object to study various physical effects at crystal surfaces. The final part of this work is devoted to a study of surface scattering resonances by means of photoemission spectroscopy, where this effect manifests itself as a distinct modulation of photoemission intensity. Though scattering resonances were widely studied in the past by means of electron diffraction, studies about their observation in photoemission experiments started to appear only recently and they are very scarce. For a comprehensive study of scattering resonances graphene was selected as a versatile model system with adjustable properties. After the theoretical and historical introduction to the topic of scattering resonances follows a detailed description of the unusual features observed in the photoemission spectra obtained in this work and finally the equivalence between these features and scattering resonances is proven. The obtained photoemission results are in a good qualitative agreement with the existing theory, as verified by our calculations in the framework of the interference model. This simple model gives a suitable explanation for the general experimental observations. The possibilities of engineering the scattering resonances were also explored. A systematic study of graphene on a wide range of substrates revealed that the energy position of the resonances is in a direct relation to the magnitude of charge transfer between graphene and the substrate. Moreover, it was demonstrated that the scattering resonances in graphene on Ir(111) can be suppressed by nanopatterning either by a superlattice of Ir nanoclusters or by atomic hydrogen. These effects were attributed to strong local variations of tork function and/or destruction of long-range order of thephene lattice. The tunability of scattering resonances can be applied for optoelectronic devices based on graphene. Moreover, the results of this study expand the general understanding of the phenomenon of scattering resonances and are applicable to many other materials besides graphene. N2 - Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit den Eigenschaften von Graphen auf metallischen Substraten und speziell mit dem Verhalten von Elektronen in solchen Systemen. Der wissenschaftliche Teil dieser Arbeit beginnt mit der umfassenden Untersuchung von Nanostrukturen, die in Au-interkaliertem Graphen auf Ni(111) auftreten, mittels Rastertunnelmikroskopie (RTM). Diese Studie zielte darauf ab, die möglichen strukturellen Erklärungen der experimentell in diesem System beobachteten Rashba- Spin-Aufspaltung von ~100 meV zu untersuchen — die viel größer als theoretisch vorhergesagt ist. Es wurde gezeigt, dass Gold unter Graphen nicht nur als dichte Monolage interkaliert werden kann, sondern auch in Form von exakt periodischen Anordnungen von Nanoclustern, einer Struktur, die bisher nicht beschrieben wurde. Solche Nanocluster-Arrays können Graphen von dem stark wechselwirkenden Ni-Substrat entkoppeln und es quasi freistehend machen, wie unsere Dichtefunktionaltheorie-Studie zeigt. Gleichzeitig bestätigen die Dichtefunktionaltheorie-Rechnungen eine starke Erhöhung der durch Proximity induzierten Spin-Bahn-Wechselwirkung (SBW) in Graphen durch solche Nanocluster im Vergleich zu einer homogenen Gold-Monolage. Dieser Effekt, der im Falle von Clustern auf den verringerten Graphen-Au-Abstand zurückgeführt wird, liefert eine große Spinaufspaltung vom Rashba-Typ von ~60 meV. Die erhaltenen Ergebnisse liefern nicht nur einen möglichen Mechanismus zur Erhöhung der SBW in diesem speziellen System, sondern können auch auf Graphen auf anderen stark wechselwirkenden Substraten verallgemeinert werden, die mit Nanostrukturen von schweren Edelmetallen interkaliert sind. Noch faszinierender ist die Nähe von Graphen zu schweren sp-Metallen, von denen vorhergesagt wurde, dass sie eine intrinsische SBW induzieren und einen Spin-Hall-Effekt in Graphen realisieren. Wismut ist das schwerste stabile sp-Metall und seine Verbindungen zeigen eine Vielzahl aufregender physikalischer Phänomene. Dies war die Motivation für den nächsten Teil der vorliegenden Arbeit, in dem strukturelle und elektronische Eigenschaften einer bisher nicht beschriebenen Phase von Bismuth-interkaliertem Graphen auf Ir(111) untersucht werden. Experimente ergaben eine nahezu ideale Graphenbandstruktur mit stark unterdrückten Wechselwirkungssignaturen zwischen Graphen und dem Ir(111)-Substrat. Die gesamten experimentellen Daten belegen, dass Bi eine dichte interkalierte Schicht bildet, die Graphen effizient vom Substrat entkoppelt. Die Wechselwirkung manifestiert sich nur in der Ladungsdotierung vom n-Typ (~0,4 eV) und einer Bandlücke am Dirac-Punkt (~190 meV). Den Ursprung dieser Bandlücke zu ermitteln ist sehr komplex, und in dieser Arbeit konnte eine Vielzahl von Mechanismen ausgeschlossen werden, die dafür verantwortlich sein könnten, wie etwa induzierte intrinsische SBW, Hybridisierung mit den Substratzuständen und Riffelung des Graphen-Gitters. Der Hauptursprung der Bandlücke wurde einem Bruch der A-B -Symmetrie zugeschrieben, und diese Schlussfolgerung stützte sich auf eine eingehende Analyse der Interferenzeffekte bei der Photoemission, die eine Abschätzung der Bandlücke von ~140 meV lieferte. Während sich die vorherigen Kapitel auf die Anpassung der Eigenschaften von Graphen durch die Nähe zu Schwermetallen konzentrierten, ist Graphen allein ein großartiges Objekt, um verschiedene physikalische Effekte an Kristalloberflächen zu untersuchen. Der letzte Teil dieser Arbeit befasst sich mit der Photoemissionsspektroskopie Untersuchung von Oberflächenstreuresonanzen, deren Effekt sich in einer deutlichen Modulation der Photoemissionsintensität manifestiert. Obwohl Streuresonanzen in der Vergangenheit häufig mittels Elektronenbeugung untersucht wurden, erschienen einige wenige Studien über ihre Beobachtung in Photoemissionsexperimenten erst vor kurzem. Für eine umfassende Untersuchung der Streuresonanzen wurde Graphen als vielseitiges Modellsystem mit einstellbaren Eigenschaften ausgewählt. Das Kapitel beginnt mit einer historischen Einführung in das Thema Streuresonanzen, gefolgt von der Beschreibung der ungewöhnlichen Photoemissionsspektralmerkmale, die in dieser Arbeit erhalten wurden. Schließlich wird die Äquivalenz zwischen diesen Merkmalen und Streuresonanzen bewiesen. Die erhaltenen Photoemissionsergebnisse stimmen qualitativ gut mit der bestehenden Theorie überein, wie unsere Berechnungen im Rahmen des Interferenzmodells belegen. Dieses einfache Modell liefert eine geeignete Erklärung für die Gesamtheit der experimentellen Beobachtungen. Möglichkeiten, die Streuresonanzen zu modifizieren wurden ebenfalls untersucht. Eine systematische Untersuchung von Graphen auf einer Vielzahl von Substraten ergab, dass die Energieposition der Resonanzen in direktem Zusammenhang mit der Größe des Ladungstransfers zwischen Graphen und Substrat steht. Darüber hinaus wurde gezeigt, dass die Streuresonanzen in Graphen auf Ir(111) durch Nanostrukturierung entweder durch ein Übergitter von Ir-Nanoclustern oder durch atomaren Wasserstoff unterdrückt werden können. Diese Effekte wurden auf starke lokale Variationen der Austrittsarbeit und/oder die Zerstörung der langreichweitigen Ordnung des Graphengitters zurückgeführt. Die Abstimmbarkeit von Streuresonanzen kann für optoelektronische Bauelemente auf der Basis von Graphen verwendet werden. Darüber hinaus erweitern die Ergebnisse dieser Studie das allgemeine Verständnis des Phänomens der Streuresonanzen und sind neben Graphen auch auf viele andere Materialien anwendbar. T2 - Spin-Texturen und Elektronenstreuung in nanostrukturiertem Monolage-Graphen KW - graphene KW - spin texture KW - scattering resonances KW - Rashba effect KW - bismuth KW - Rashba-Effekt KW - Wismut KW - Graphen KW - Streuresonanzen KW - Spin Textur Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-487017 ER - TY - THES A1 - Ciaccio, Laura Anna T1 - Prefixed words in morphological processing and morphological impairments N2 - In recent years, a substantial number of psycholinguistic studies and of studies on acquired language impairments have investigated the case of morphologically complex words. These have provided evidence for what is known as ‘morphological decomposition’, i.e. a mechanism that decomposes complex words into their constituent morphemes during online processing. This is believed to be a fundamental, possibly universal mechanism of morphological processing, operating irrespective of a word’s specific properties. However, current accounts of morphological decomposition are mostly based on evidence from suffixed words and compound words, while prefixed words have been comparably neglected. At the same time, it has been consistently observed that, across languages, prefixed words are less widespread than suffixed words. This cross-linguistic preference for suffixing morphology has been claimed to be grounded in language processing and language learning mechanisms. This would predict differences in how prefixed words are processed and therefore also affected in language impairments, challenging the predictions of the major accounts of morphological decomposition. Against this background, the present thesis aims at reducing the gap between the accounts of morphological decomposition and the accounts of the suffixing preference, by providing a thorough empirical investigation of prefixed words. Prefixed words are examined in three different domains: (i) visual word processing in native speakers; (ii) visual word processing in non-native speakers; (iii) acquired morphological impairments. The processing studies employ the masked priming paradigm, tapping into early stages of visual word recognition. Instead, the studies on morphological impairments investigate the errors produced in reading aloud tasks. As for native processing, the present work first focuses on derivation (Publication I), specifically investigating whether German prefixed derived words, both lexically restricted (e.g. inaktiv ‘inactive’) and unrestricted (e.g. unsauber ‘unclean’) can be efficiently decomposed. I then present a second study (Publication II) on a Bantu language, Setswana, which offers the unique opportunity of testing inflectional prefixes, and directly comparing priming with prefixed inflected primes (e.g. dikgeleke ‘experts’) to priming with prefixed derived primes (e.g. bokgeleke ‘talent’). With regard to non-native processing (Publication I), the priming effects obtained from the lexically restricted and unrestricted prefixed derivations in native speakers are additionally compared to the priming effects obtained in a group of non-native speakers of German. Finally, in the two studies on acquired morphological impairments, the thesis investigates whether prefixed derived words yield different error patterns than suffixed derived words (Publication III and IV). For native speakers, the results show evidence for morphological decomposition of both types of prefixed words, i.e. lexically unrestricted and restricted derivations, as well as of prefixed inflected words. Furthermore, non-native speakers are also found to efficiently decompose prefixed derived words, with parallel results to the group of native speakers. I therefore conclude that, for the early stages of visual word recognition, the relative position of stem and affix in prefixed versus suffixed words does not affect how efficiently complex words are decomposed, either in native or in non-native processing. In the studies on acquired language impairments, instead, prefixes are consistently found to be more impaired than suffixes. This is explained in terms of a learnability disadvantage for prefixed words, which may cause weaker representations of the information encoded in affixes when these precede the stem (prefixes) as compared to when they follow it (suffixes). Based on the impairment profiles of the individual participants and on the nature of the task, this dissociation is assumed to emerge from later processing stages than those that are tapped into by masked priming. I therefore conclude that the different characteristics of prefixed and suffixed words do come into play at later processing stages, during which the lexical-semantic information contained in the different constituent morphemes is processed. The findings presented in the four manuscripts significantly contribute to our current understanding of the mechanisms involved in processing prefixed words. Crucially, the thesis constrains the processing disadvantage for prefixed words to later processing stages, thereby suggesting that theories trying to establish links between language universals and processing mechanisms should more carefully consider the different stages involved in language processing and what factors are relevant for each specific stage. N2 - In den letzten Jahren haben viele psycholinguistische Studien und Studien über erworbene Sprachstörungen das Thema morphologisch komplexe Wörter untersucht. Diese Studien haben darauf hingewiesen, dass komplexe Wörter während der Sprachverarbeitung in ihre Bestandteile (Morpheme) zerlegt werden. Die aktuelle Evidenz basiert jedoch meist auf Untersuchungen von suffigierten Wörtern und zusammengesetzten Wörtern (Komposita), während präfigierte Wörter vergleichsweise vernachlässigt wurden. Präfigierte Wörter sind sprachübergreifend weniger verbreitet als suffigierte Wörter. Es wurde behauptet, dass diese Präferenz für suffigierte Wörter in den ihnen zu Grunde liegenden Sprachverarbeitungs- und Sprachlernmechanismen begründet ist. Dies würde Unterschiede in der Art und Weise voraussagen, wie präfigierte und suffigierte Wörter verarbeitet werden und daher auch bei Sprachbeeinträchtigungen betroffen sind. Vor diesem Hintergrund liefert diese Dissertation eine gründliche empirische Untersuchung von präfigierten Wörtern in drei verschiedenen Bereichen: (i) visueller Worterkennung bei MuttersprachlerInnen; (ii) visueller Worterkennung bei Nicht-MuttersprachlerInnen; (iii) erworbenen morphologischen Störungen. Die Verarbeitungsstudien verwenden das Paradigma des maskierten Primings, während in den Studien zu morphologischen Störungen die Fehler analysiert werden, die beim Lautlesen einzelner Wörter entstehen. Für MuttersprachlerInnen konzentriert sich die Arbeit zuerst auf den Fall abgeleiteter Wörter (Publikation I), wobei insbesondere untersucht wird, ob lexikalisch eingeschränkte (z.B. inaktiv) und uneingeschränkte (z.B. unsauber) abgeleitete präfigierte Wörter effizient zerlegt werden können. Dann werden flektierte präfigierte Wörter in der Bantu-Sprache Setswana untersucht (Publikation II), mit dem Ziel, Priming-Effekte für flektierte (z.B. dikgeleke 'Experten') und abgeleitete (bokgeleke 'Talent') präfigierte Wörter zu vergleichen. Die Ergebnisse zeigen Hinweise auf effiziente morphologische Zerlegung von präfigierten Wörtern, sowohl für lexikalisch uneingeschränkte und eingeschränkte Ableitungen als auch für flektierte präfigierte Wörter. Im Hinblick auf die Verarbeitung durch Nicht-MuttersprachlerInnen (Publikation I) werden zusätzlich die Priming-Effekte, die für lexikalisch eingeschränkte und uneingeschränkte präfigierte Ableitungen bei MuttersprachlerInnen erzielt werden, mit den Priming-Effekten verglichen, die bei einer Gruppe von Nicht-MuttersprachlerInen des Deutschen erzielt werden. Die Ergebnisse zeigen, dass auch Nicht-MuttersprachlerInnen in der Lage sind, präfigierte Wörter effizient zu verarbeiten, mit parallelen Ergebnissen zur Gruppe der MuttersprachlerInnen. Schließlich wird in zwei Studien zu erworbenen morphologischen Störungen untersucht, ob präfigierte abgeleitete Wörter andere Fehlermuster ergeben als suffigierte abgeleitete Wörter (Publikation III und IV). Die Ergebnisse der beiden Studien zeigen, dass Präfixe stärker beeinträchtigt sind als Suffixe. Dies wird mit einem Lernfähigkeitsnachteil für präfigierte Wörter erklärt, der dazu führt, dass die in Affixen kodierten Informationen schwächer dargestellt werden, wenn diese vor dem Wortstamm stehen (Präfixe), als wenn sie ihm folgen (Suffixe). Insgesamt schließt man aus den Ergebnissen der Dissertation, dass in den frühen Phasen der visuellen Worterkennung, die die Methode des maskierten Primings untersucht, präfigierte Wörter genauso effizient verarbeitet werden können wie suffigierte Wörter, sowohl von MuttersprachlerInnen als auch von Nicht-MuttersprachlerInnen. Im Gegensatz dazu spielen die unterschiedlichen Eigenschaften von präfigierten Wörtern und suffigierten Wörtern in den Sprachverarbeitungsphasen, die die Studien zu morphologischen Störungen untersuchen, durchaus eine Rolle. Hier handelt es sich um spätere Phasen der Sprachverarbeitung, in denen die in den Morphemen enthaltenen lexikalisch-semantischen Informationen verarbeitet werden. Somit beschränkt die Dissertation Nachteile in der Verarbeitung von präfigierten Wörtern auf spätere Verarbeitungsphasen und deutet damit an, dass Theorien, welche Verbindungen zwischen Sprachuniversalien und Verarbeitungsmechanismen herstellen, die verschiedenen Phasen der Sprachverarbeitung und die für jede spezifische Phase relevanten Faktoren sorgfältiger berücksichtigen sollten. T2 - Präfigierte Wörter in der morphologischen Verarbeitung und bei morphologischen Störungen KW - morphology KW - Morphologie KW - visual word recognition KW - visuelle Worterkennung KW - morphological impairments KW - morphologische Störungen Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-484651 ER - TY - THES A1 - Ghandour, Rabea T1 - Identification of chloroplast translational feedback regulation and establishment of aptamer based mRNA purification to unravel involved regulatory factors N2 - After endosymbiosis, chloroplasts lost most of their genome. Many former endosymbiotic genes are now nucleus-encoded and the products are re-imported post-translationally. Consequently, photosynthetic complexes are built of nucleus- and plastid-encoded subunits in a well-defined stoichiometry. In Chlamydomonas, the translation of chloroplast-encoded photosynthetic core subunits is feedback-regulated by the assembly state of the complexes they reside in. This process is called Control by Epistasy of Synthesis (CES) and enables the efficient production of photosynthetic core subunits in stoichiometric amounts. In chloroplasts of embryophytes, only Rubisco subunits have been shown to be feedback-regulated. That opens the question if there is additional CES regulation in embryophytes. I analyzed chloroplast gene expression in tobacco and Arabidopsis mutants with assembly defects for each photosynthetic complex to broadly answer this question. My results (i) confirmed CES within Rubisco and hint to potential translational feedback regulation in the synthesis of (ii) cytochrome b6f (Cyt b6f) and (iii) photosystem II (PSII) subunits. This work suggests a CES network in PSII that links psbD, psbA, psbB, psbE, and potentially psbH expression by a feedback mechanism that at least partially differs from that described in Chlamydomonas. Intriguingly, in the Cyt b6f complex, a positive feedback regulation that coordinates the synthesis of PetA and PetB was observed, which was not previously reported in Chlamydomonas. No evidence for CES interactions was found in the expression of NDH and ATP synthase subunits of embryophytes. Altogether, this work provides solid evidence for novel assembly-dependent feedback regulation mechanisms controlling the expression of photosynthetic genes in chloroplasts of embryophytes. In order to obtain a comprehensive inventory of the rbcL and psbA RNA-binding proteomes (including factors that regulate their expression, especially factors involved in CES), an aptamer based affinity purification method was adapted and refined for the specific purification these transcripts from tobacco chloroplasts. To this end, three different aptamers (MS2, Sephadex ,and streptavidin binding) were stably introduced into the 3’ UTRs of psbA and rbcL by chloroplast transformation. RNA aptamer based purification and subsequent chip analysis (RAP Chip) demonstrated a strong enrichment of psbA and rbcL transcripts and currently, ongoing mass spectrometry analyses shall reveal potential regulatory factors. Furthermore, the suborganellar localization of MS2 tagged psbA and rbcL transcripts was analyzed by a combined affinity, immunology, and electron microscopy approach and demonstrated the potential of aptamer tags for the examination of the spatial distribution of chloroplast transcripts. N2 - Nach der Endosymbiose wurde der größte Teil des Chloroplastengenoms in das Kerngenom transferiert. Die entsprechenden Genprodukte werden posttranslational wieder in die Chloroplasten importiert. Dementsprechend sind photosynthetische Proteinkomplexe aus plastidär- und kernkodierten Untereinheiten in definierter Stöchiometrie zusammengesetzt. In der einzelligen Grünalge Chlamydomonas ist die Translation von chloroplastenkodierten photosynthetischen Untereinheiten durch einen Rückkopplungsmechanismus in Abhängigkeit vom Assemblierungsstatus der entsprechenden Komplexe reguliert. Dieser „Control by Epistasy of Synthesis“ (CES) genannte Mechanismus erlaubt die effiziente Synthese von photosynthetischen Untereinheiten in den stöchiometrischen Mengen, die für die Assemblierung der Komplexe benötigt werden. In den Chloroplasten der Embryophyten wurde bisher nur die Translation von Rubisco als CES reguliert beschrieben. Daher stellt sich die Frage, ob derartige CES-Regulationen in Embryophyten auch in anderen Photosynthesekomplexen stattfinden. Um diese Frage zu beantworten, habe ich die chloroplastidäre Genexpression in Tabak- und Arabidopsismutanten mit Defekten in der Assemblierung photosynthetischer Komplexe untersucht. Meine Ergebnisse bestätigen (i) die bekannte CES Regulation von Rubisco und zeigen mögliche weitere assemblierungsabhängige Rückkopplungsregulationen in der Synthese des (ii) Cytochrom b6f (Cyt b6f) Komplexes sowie des (iii) Photosystems II (PSII). Insbesondere weisen meine Ergebnisse auf ein CES-Netzwerk hin, welches die Expressionen von psbD, psbA, psbB, psbE und wahrscheinlich auch psbH steuert und teilweise von der beschriebenen linearen CES-Kaskade in Chlamydomonas abweicht. Für die Synthese des Cyt b6f Komplexes wurde zudem eine positive Feedback-Regulation der Untereinheiten PetA und PetB beobachtet, die in Chlamydomonas nicht gezeigt wurde. Dagegen wurden für die NDH- und ATP Synthase-Komplexe keine Hinweise auf CES-Regulation in Embryophyten gefunden. Zusammenfassend zeigen meine Ergebnisse klare Belege für bisher unbekannte CES-Regulationen, welche die Expression von photosynthetischen Genen in Embryophyten steuern. Um das mRNA-Protein-Interaktom von rbcL und psbA zu bestimmen (einschließlich Faktoren, welche CES regulieren), wurde eine aptamer-basierte Affinitätsreinigungsmethode für die Anreicherung dieser Transkripte aus Tabakchloroplasten adaptiert und optimiert. Dazu wurden mittels Chloroplasten¬transformation drei verschiedene Aptamere (MS2, Sephadex- und Streptavidin-bindende Aptamere) stabil in den 3’UTR der Transkripte integriert. Die aptamer-basierte RNA-Aufreinigung und anschließende Chip-Analyse (RAP-Chip) zeigte die spezifische Anreicherung der psbA- bzw. rbcL-Transkripte. Die aktuell ausgeführte Massenspektrometrie zur Analyse der transkriptgebundenen Proteine soll potenziell regulatorische Faktoren identifizieren. Des Weiteren wurde die Lokalisation der MS2-markierten psbA- und rbcL-Transkripte innerhalb des Chloroplasten mittels Affinitäts¬immunologie und Elektronenmikroskopie untersucht und dabei gezeigt, dass die Aptamer-Markierung geeignet ist, um die Transkriptverteilung innerhalb von Organellen zu untersuchen. T2 - Identifikation translationaler Rückkopplungsregulationen in Chloroplasten und Etablierung einer aptamer-basierten mRNA-Anreicherungsmethode zur Entschlüsselung der beteiligten regulatorischen Faktoren KW - Translation KW - Ribosome profiling KW - Chloroplast gene expression KW - Translation feedback regulation KW - Protein complex assembly KW - Aptamers KW - Chloroplasten-Genexpression KW - Ribosome profiling KW - Proteinkomplexassemblierung KW - Translation KW - Translationsfeedbackregulation KW - Aptamer Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-482896 ER - TY - THES A1 - AL-Rawi, Shadha T1 - Biochemical studies to determine the role of Early Starvation 1 (ESV1) protein and its homologue Like-Early Starvation 1 (LESV) during starch degradation N2 - Depending on the biochemical and biotechnical approach, the aim of this work was to understand the mechanism of protein-glucan interactions in regulation and control of starch degradation. Although starch degradation starts with the phosphorylation process, the mechanisms by which this process is controlling and adjusting starch degradation are not yet fully understood. Phosphorylation is a major process performed by the two dikinases enzymes α-glucan, water dikinase (GWD) and phosphoglucan water dikinase (PWD). GWD and PWD enzymes phosphorylate the starch granule surface; thereby stimulate starch degradation by hydrolytic enzymes. Despite these important roles for GWD and PWD, so far the biochemical processes by which these enzymes are able to regulate and adjust the rate of phosphate incorporation into starch during the degradation process haven‘t been understood. Recently, some proteins were found associated with the starch granule. Two of these proteins are named Early Starvation Protein 1 (ESV1) and its homologue Like-Early Starvation Protein 1 (LESV). It was supposed that both are involved in the control of starch degradation, but their function has not been clearly known until now. To understand how ESV1 and LESV-glucan interactions are regulated and affect the starch breakdown, it was analyzed the influence of ESV1 and LESV proteins on the phosphorylating enzyme GWD and PWD and hydrolysing enzymes ISA, BAM, and AMY. However, the analysis determined the location of LESV and ESV1 in the chloroplast stroma of Arabidopsis. Mass spectrometry data predicted ESV1and LESV proteins as a product of the At1g42430 and At3g55760 genes with a predicted mass of ~50 kDa and ~66 kDa, respectively. The ChloroP program predicted that ESV1 lacks the chloroplast transit peptide, but it predicted the first 56 amino acids N-terminal region as a chloroplast transit peptide for LESV. Usually, the transit peptide is processed during transport of the proteins into plastids. Given that this processing is critical, two forms of each ESV1 and LESV were generated and purified, a full-length form and a truncated form that lacks the transit peptide, namely, (ESV1and tESV1) and (LESV and tLESV), respectively. Both protein forms were included in the analysis assays, but only slight differences in glucan binding and protein action between ESV1 and tESV1 were observed, while no differences in the glucan binding and effect on the GWD and PWD action were observed between LESV and tLESV. The results revealed that the presence of the N-terminal is not massively altering the action of ESV1 or LESV. Therefore, it was only used the ESV1 and tLESV forms data to explain the function of both proteins. However, the analysis of the results revealed that LESV and ESV1 proteins bind strongly at the starch granule surface. Furthermore, not all of both proteins were released after their incubation with starches after washing the granules with 2% [w/v] SDS indicates to their binding to the deeper layers of the granule surface. Supporting of this finding comes after the binding of both proteins to starches after removing the free glucans chains from the surface by the action of ISA and BAM. Although both proteins are capable of binding to the starch structure, only LESV showed binding to amylose, while in ESV1, binding was not observed. The alteration of glucan structures at the starch granule surface is essential for the incorporation of phosphate into starch granule while the phosphorylation of starch by GWD and PWD increased after removing the free glucan chains by ISA. Furthermore, PWD showed the possibility of starch phosphorylation without prephosphorylation by GWD. Biochemical studies on protein-glucan interactions between LESV or ESV1 with different types of starch showed a potentially important mechanism of regulating and adjusting the phosphorylation process while the binding of LESV and ESV1 leads to altering the glucan structures of starches, hence, render the effect of the action of dikinases enzymes (GWD and PWD) more able to control the rate of starch degradation. Despite the presence of ESV1 which revealed an antagonistic effect on the PWD action as the PWD action was decreased without prephosphorylation by GWD and increased after prephosphorylation by GWD (Chapter 4), PWD showed a significant reduction in its action with or without prephosphorylation by GWD in the presence of ESV1 whether separately or together with LESV (Chapter 5). However, the presence of LESV and ESV1 together revealed the same effect compared to the effect of each one alone on the phosphorylation process, therefore it is difficult to distinguish the specific function between them. However, non-interactions were detected between LESV and ESV1 or between each of them with GWD and PWD or between GWD and PWD indicating the independent work for these proteins. It was also observed that the alteration of the starch structure by LESV and ESV1 plays a role in adjusting starch degradation rates not only by affecting the dikinases but also by affecting some of the hydrolysing enzymes since it was found that the presence of LESV and ESV1leads to the reduction of the action of BAM, but does not abolish it. N2 - Ziel dieser Arbeit war es, den Mechanismus der Protein-Glucan-Wechselwirkungen bei der Regulation und Kontrolle des Stärkeabbaus zu verstehen. Der Stärkeabbau beginnt mit dem Phosphorylierungsprozess, der von den beiden Dikinasen, der a-Glucan, Wasserdikinase (GWD) und der Phosphoglucanwasserdikinase (PWD) durchgeführt wird. Kürzlich wurden einige Proteine gefunden, die mit dem Stärkegranulum assoziiert sind. Zwei dieser Proteine heißen Early Starvation 1 (ESV1) und das Homolog Like-Early Starvation (LESV), Es wurde vorgeschlagen, dass beide an der Kontrolle des Stärkeabbaus beteiligt sind, aber ihre Funktion ist bisher nicht bekannt. Um zu verstehen, wie ESV1- und LESV-Glucan-Wechselwirkungen reguliert werden und den Stärkeabbau beeinflussen, wurde der Einfluss der beiden Proteine auf die Phosphorylierungsenzyme GWD und PWD, sowie die Hydrolasen isoamylase, betaamylase, und alpha-amylase ntersucht. Dabei ergab die Analyse, dass LESV und ESV1 nicht nur stark an der Oberfläche, sondern auch in den tieferen Schichten der Stärkegranula binden. Obwohl beide Proteine in der Lage sind, an die Stärkestruktur zu binden, zeigte nur LESV eine Bindung an Amylose, während für ESV1 keine Bindung beobachtet werden konnte. Die Veränderung der Glucanstrukturen an der Oberfläche der Stärkekörner ist für den Einbau von Phosphat wesentlich, so nahm beispielsweise die Phosphorylierung der Stärke durch GWD und PWD nach Entfernung der freien Glucanketten mittels ISA zu. Darüber hinaus konnte ebenso gezeigt werden, dass PWD auch ohne eine Präphosphorylierung durch GWD die Glucosyleinheiten innerhalb der Stärke phosphorylieren kann. Die Bindung von LESV und ESV1 führt zu einer Veränderung der Glucanstrukturen von Stärken, wodurch die Aktivität der Dikinasen (GWD und PWD) und somit die Geschwindigkeit des Stärkeabbaus wahrscheinlich besser gesteuert werden kann. Es wurden keine Wechselwirkungen zwischen LESV und ESV1 oder zwischen jedem von ihnen mit GWD und PWD oder zwischen GWD und PWD festgestellt, was auf die unabhängige Arbeit von diesen Proteinen hinweist. Es wurde auch beobachtet, dass die Modifikation der Stärkestruktur durch LESV und ESV1 eine Rolle bei der Anpassung der Stärkeabbauraten spielt, nicht nur durch Beeinflussung der Dikinasen, sondern auch durch die Beeinflussung einiger hydrolysierender Enzyme wie BAM. Den so zeigte die Amylase eine eindeutige Reduktion ihrer katalytischen Wirkung in Präsenz von LESV und ESV1. Daraus resumierend kann davon ausgegangen werden, dass die beiden Proteine ESV1 und LESV für die Feinregulation des Stärkeabbaus von höchster Relevanz sind. T2 - Biochemische Studien zur Bestimmung der Rolle des ESV1-Proteins (Early Starvation 1) und seines Homologen Like-Early Starvation 1 (LESV) während des Stärkeabbaus KW - Early starvation protein KW - Like-Early starvation protein KW - Glucan water dikinase KW - Phosphoglucan water dikinase KW - Phosphorylation process KW - Starch metabolism KW - Early Starvation 1 KW - Glucan-Wasser-Dikinase KW - Like-Early Starvation 1 KW - Phosphoglucan-Wasser-Dikinase KW - Phosphorylierungsprozess KW - Stärkestoffwechsel Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-483956 ER - TY - THES A1 - Friese, André T1 - Biogeochemistry of ferruginous sediments of Lake Towuti, Sulawesi, Indonesia N2 - Ferruginous conditions were a prominent feature of the oceans throughout the Precambrian Eons and thus throughout much of Earth’s history. Organic matter mineralization and diagenesis within the ferruginous sediments that deposited from Earth’s early oceans likely played a key role in global biogeochemical cycling. Knowledge of organic matter mineralization in ferruginous sediments, however, remains almost entirely conceptual, as modern analogue environments are extremely rare and largely unstudied, to date. Lake Towuti on the island of Sulawesi, Indonesia is such an analogue environment and the purpose of this PhD project was to investigate the rates and pathways of organic matter mineralization in its ferruginous sediments. Lake Towuti is the largest tectonic lake in Southeast Asia and is hosted in the mafic and ultramafic rocks of the East Sulawesi Ophiolite. It has a maximum water depth of 203 m and is weakly thermally stratified. A well-oygenated surface layer extends to 70 m depth, while waters below 130 m are persistently anoxic. Intensive weathering of the ultramafic catchment feeds the lake with large amounts of iron(oxy)hydroxides while the runoff contains only little sulfate, leading to sulfate-poor (< 20 µM) lake water and anoxic ferruginous conditions below 130 m. Such conditions are analogous to the ferruginous water columns that persisted throughout much of the Archean and Proterozoic eons. Short (< 35 cm) sediment cores were collected from different water depths corresponding to different bottom water redox conditions. Also, a drilling campaign of the International Continental Scientific Drilling Program (ICDP) retrieved a 114 m long sediment core dedicated for geomicrobiological investigations from a water depth of 153 m, well below the depth of oxygen penetration at the time of sampling. Samples collected from these sediment cores form the fundament of this thesis and were used to perform a suite of biogeochemical and microbiological analyses. Geomirobiological investigations depend on uncontaminated samples. However, exploration of subsurface environments relies on drilling, which requires the use of a drilling fluid. Drilling fluid infiltration during drilling can not be avoided. Thus, in order to trace contamination of the sediment core and to identify uncontaminated samples for further analyses a simple and inexpensive technique for assessing contamination during drilling operations was developed and applied during the ICDP drilling campaign. This approach uses an aqeous fluorescent pigment dispersion commonly used in the paint industry as a particulate tracer. It has the same physical properties as conventionally used particulate tracers. However, the price is nearly four orders of magnitude lower solving the main problem of particulate tracer approaches. The approach requires only a minimum of equipment and allows for a rapid contamination assessment potentially even directly on site, while the senstitivity is in the range of already established approaches. Contaminated samples in the drill core were identified and not included for further geomicrobiological investigations. Biogeochemical analyses of short sediment cores showed that Lake Towutis sediments are strongly depleted in electron acceptors commonly used in microbial organic matter mineralization (i.e. oxygen, nitrate, sulfate). Still, the sediments harbor high microbial cell densities, which are a function of redox conditions of Lake Towuti’s bottom water. In shallow water depths bottom water oxygenation leads to a higher input of labile organic matter and electron acceptors like sulfate and iron, which promotes a higher microbial abundance. Microbial analyses showed that a versatile microbial community with a potential to perform metabolisms related to iron and sulfate reduction, fermentation as well as methanogenesis inhabits Lake Towuti’s surface sediments. Biogeochemical investigations of the upper 12 m of the 114 m sediment core showed that Lake Towuti’s sediment is extremely rich in iron with total concentrations up to 2500 µmol cm-3 (20 wt. %), which makes it the natural sedimentary environment with the highest total iron concentrations studied to date. In the complete or near absence of oxygen, nitrate and sulfate, organic matter mineralization in ferruginous sediments would be expected to proceed anaerobically via the energetically most favorable terminal electron acceptors available - in this case ferric iron. Astonishingly, however, methanogenesis is the dominant (>85 %) organic matter mineralization process in Lake Towuti’s sediment. Reactive ferric iron known to be available for microbial iron reduction is highly abundant throughout the upper 12 m and thus remained stable for at least 60.000 years. The produced methane is not oxidized anaerobically and diffuses out of the sediment into the water column. The proclivity towards methanogenesis, in these very iron-rich modern sediments, implies that methanogenesis may have played a more important role in organic matter mineralization thoughout the Precambrian than previously thought and thus could have been a key contributor to Earth’s early climate dynamics. Over the whole sequence of the 114 m long sediment core siderites were identified and characterized using high-resolution microscopic and spectroscopic imaging together with microchemical and geochemical analyses. The data show early diagenetic growth of siderite crystals as a response to sedimentary organic matter mineralization. Microchemical zoning was identified in all siderite crystals. Siderite thus likely forms during diagenesis through growth on primary existing phases and the mineralogical and chemical features of these siderites are a function of changes in redox conditions of the pore water and sediment over time. Identification of microchemical zoning in ancient siderites deposited in the Precambrian may thus also be used to infer siderite growth histories in ancient sedimentary rocks including sedimentary iron formations. N2 - Während des Präkambriums und damit während des Großteils der Erdgeschichte, zeichneten sich die Ozeane durch ihren hohen Eisengehalt aus. Sowohl die Remineralisierung von organischem Material, als auch die Diagenese in den Sedimenten, die in den frühen Ozeanen der Erde abgelagert wurden, hatte höchstwahrscheinlich bedeutende Auswirkungen auf die globalen biogeochemischen Stoffkreisläufe. Unser Verständnis des Abbaus von organischem Material in eisenhaltigen Sedimenten ist jedoch sehr begrenzt, da moderne Analogsysteme extrem selten sind und bis heute nicht erforscht wurden. Der Towutisee auf der Insel Sulawesi in Indonesien ist ein solches modernes Analogsystem und Ziel dieser Doktorarbeit war es, die Raten und Pfade des Abbaus von organischem Material in den modernen eisenhaltigen Sedimenten des Towutisees zu erforschen. Der Towutisee ist der größte tektonische See in Südostasien und ist von mafischen und ultramafischen Gesteinen des Ost-Sulawesi-Ophioliten umgeben. Er hat eine maximale Wassertiefe von 203 m und ist schwach thermisch stratifiziert. Bis zu einer Tiefe von 70 m herrschen oxische Bedingungen, während die Wassersäule unterhalb von 130 m permanent anoxisch ist. Intensive Verwitterungsprozesse des ultramafischen Einzugsgebietes führen zu einem hohen Eintrag von Eisen(oxy)hydroxiden, während der Oberflächenabfluss nur wenig Sulfat enthält. Die Konzentrationen von Sulfat in der Wassersäule sind daher außergewöhnlich gering (< 20µM). Diese physikochemischen Verhältnisse sind analog zu denen der Ozeane des Archaikums und des Proterozoikums. Kurze (< 35 cm) Sedimentkerne wurden von verschiedenen Wassertiefen und unterschiedlichen Redox-Bedingungen des Bodenwassers entnommen. Darüber hinaus, wurde, im Zuge einer Bohrkampagne des International Continental Scientific Drilling Programs (ICDP) am Towutisee, ein 114 m langer Sedimentkern aus einer Wassertiefe von 153m, also deutlich unterhalb des Sauerstoffgradienten, erbohrt. Dieser war ausschließlich für geomikrobiologische Probenahmen und Untersuchungen vorgesehen. Die Proben, die aus diesen Sedimentkernen entnommen wurden, bilden das Fundament dieser Doktorarbeit und wurden für biogeochemische und mikrobiologische Untersuchungen verwendet. Unkontaminierte Proben sind für geomikrobiologische Untersuchungen unabdingbar. Das Erforschen von Gebieten unterhalb der Oberfläche ist jedoch auf Bohrungen angewiesen, welche wiederum den Einsatz einer Bohrspülung erfordern. Leider ist es unvermeidlich, dass diese im Zuge des Bohrprozesses in den erbohrten Sedimentkern eindringen. Die einzige Möglichkeit unkontaminierte Proben zu gewinnen ist es daher, den Grad der Kontamination des Bohrkerns nachzuverfolgen und unkontaminierte Proben für weitere Analysen zu identifizieren. Dazu wurde im Zuge dieser Doktorarbeit eine einfache und kostengünstige Methode zur Kontaminationskontrolle während Bohroperationen entwickelt und während der ICDP Bohrkampagne auf dem Towutisee angewandt. Als Tracer kam eine Farbe zum Einsatz, deren physikalische Eigenschaften denen von partikulären Tracern ähnelt. Der Preis dieser Farbe ist im Vergleich zu bisher verwendeten partikulären Tracern, jedoch vier Größenordnungen geringer und löst damit das Hauptproblem dieser Tracer. Die Methode benötigt nur ein Mindestmaß an Equipment und ermöglicht eine schnelle Identifizierung von Kontaminationen, möglicherweise sogar vor Ort. Die Sensitivität der Methode ist im Bereich von etablierten Kontaminationskontrollen. Kontaminierte Proben des erbohrten Sedimentkerns wurden mit dieser Methode identifiziert und nicht für weitere geomikrobiologische Untersuchungen verwendet. Biogeochemische Analysen der Kurzkerne zeigen, dass die Sedimente des Towutisees sehr arm an Elektronenakzeptoren sind, die für den mikrobiellen Abbau von organischem Material verwendet werden (d.h. Sauerstoff, Nitrat und Sulfat). Nichtsdestotrotz zeichnen sich die Sedimente des Towutisees durch hohe Zellzahlen aus, die von den Redox-Bedingungen des Bodenwassers abhängig sind. In niedrigen Wassertiefen führt oxygeniertes Bodenwasser zu einem erhöhten Eintrag von labilem organischen Material sowie Elektronenakzeptoren wie Eisen und Sulfat, wodurch hohe Zellzahlen resultieren. Mikrobiologische Analysen zeigen, dass die Sedimente des Towutisees durch eine vielseitige, mikrobielle Gemeinschaft bevölkert werden, die in der Lage ist, Stoffwechsel, wie Eisenreduktion, Sulfatreduktion, Fermentation sowie Methanogenese auszuführen. Biogeochemische Untersuchungen der oberen 12 m des 114 m langen Sedimentkerns zeigen, dass die Sedimente des Towutisees mit 2500 µM cm-3 extrem hohe Eisengehalte (20 Gew. %) aufweisen und damit das eisenreichste natürliche sedimentäre System sind, welches bisher erforscht wurde. Nach unserem bisherigen Verständnis über biogeochemische Stoffkreisläufe sollte, in Abwesenheit von Sauerstoff, Nitrat oder Sulfat, organisches Material über den energetisch günstigsten verfügbaren Elektronenakzeptoren abgebaut werden – in dem Fall Eisen (III). Erstaunlicherweise jedoch, ist Methanogenese der dominante (> 85 %) Remineralisierungsprozess in den Sedimenten des Towutisees. Mikrobiell theoretisch verfügbares reaktives Eisen (III) hingegen bleibt stabil über die oberen 12 m des Sedimentkerns und damit über mehr als 60.000 Jahre. Produziertes Methan wird nicht anaerob oxidiert und diffundiert aus dem Sediment in die Wassersäule. Die Dominanz von Methanogenese in diesen eisenreichen Sedimenten impliziert, dass dieser Prozess im Präkambrium vermutlich eine viel bedeutendere Rolle in der Remineralisierung von organischem Material eingenommen hat, als bisher angenommen. Methan, als bedeutendes Treibhausgas, war demnach möglicherweise ein wichtiger Regulator des Klimas in der frühen Erdgeschichte. T2 - Biogeochemie eisenreicher Sedimente des Lake Towuti, Sulawesi, Indonesien KW - Geomicrobiology KW - Biogeochemistry KW - Organic matter mineralization KW - Early Earth KW - Contamination Control KW - Biogeochemie KW - Kontaminationskontrolle KW - Frühe Erdgeschichte KW - Geomikrobiologie KW - Mikrobieller Abbau von organischen Material Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-475355 ER - TY - THES A1 - Irmscher, Tobias T1 - Enzymatic remodelling of the exopolysaccharide stewartan network BT - implications for the diffusion of nano-sized objects BT - Implikationen für die Diffusion von nanogroßen Objekte N2 - In nature, bacteria are found to reside in multicellular communities encased in self-produced extracellular matrices. Indeed, biofilms are the default lifestyle of the bacteria which cause persistent infections in humans. The biofilm assembly protects bacterial cells from desiccation and limits the effectiveness of antimicrobial treatments. A myriad of biomolecules in the extracellular matrix, including proteins, exopolysaccharides, lipids, extracellular DNA and other, form a dense and viscoelastic three dimensional network. Many studies emphasized that a destabilization of the mechanical integrity of biofilm architectures potentially eliminates the protective shield and renders bacteria more susceptible to the immune system and antibiotics. Pantoea stewartii is a plant pathogen which infects monocotyledons such as maize and sweet corn. These bacteria produce dense biofilms in the xylem of infected plants which cause wilting of plants and crops. Stewartan is an exopolysaccharide which is produced by Pantoea stewartii and secreted as the major component to the extracellular matrix. It consists of heptasaccharide repeating units with a high degree of polymerization (2-4 MDa). In this work, the physicochemical properties of stewartan were investigated to understand the contributions of this exopolysaccharide to the mechanical integrity and cohesiveness of Pantoea stewartii biofilms. Therefore, a coarse-grained model of stewartan was developed with computational techniques to obtain a model for its three dimensional structural features. Here, coarse-grained molecular dynamic simulations revealed that the exopolysaccharide forms a hydrogel in which the exopolysaccharide chains arrange into a three dimensional mesh-like network. Simulations at different concentrations were used to investigate the influence of the water content on the network formation. Stewartan was further purified from 72 h grown Pantoea stewartii biofilms and the diffusion of bacteriophage and differently-sized nanoparticles (which ranged from 1.1 to 193 nm diameter) was analyzed in reconstituted stewartan solutions. Fluorescence correlation spectroscopy and single-particle tracking revealed that the stewartan network impeded the mobility of a set of differently-sized fluorescent particles in a size-dependent manner. Diffusion of these particles became more anomalous, as characterized by fitting the diffusion data to an anomalous diffusion model, with increasing stewartan concentrations. Further bulk and microrheological experiments were used to analyze the transitions in stewartan fluid behavior and stewartan chain entanglements were described. Moreover, it was noticed, that a small fraction of bacteriophage particles was trapped in small-sized pores deviating from classical random walks which highlighted the structural heterogeneity of the stewartan network. Additionally, the mobility of fluorescent particles also depended on the charge of the stewartan exopolysaccharide and a model of a molecular sieve for the stewartan network was proposed. The here reported structural features of the stewartan polymers were used to provide a detailed description of the mechanical properties of typically glycan-based biofilms such as the one from Pantoea stewartii. In addition, the mechanical properties of the biofilm architecture are permanently sensed by the embedded bacteria and enzymatic modifications of the extracellular matrix take place to address environmental cues. Hence, in this work the influence of enzymatic degradation of the stewartan exopolysaccharides on the overall exopolysaccharide network structure was analyzed to describe relevant physiological processes in Pantoea stewartii biofilms. Here, the stewartan hydrolysis kinetics of the tailspike protein from the ΦEa1h bacteriophage, which is naturally found to infect Pantoea stewartii cells, was compared to WceF. The latter protein is expressed from the Pantoea stewartii stewartan biosynthesis gene cluster wce I-III. The degradation of stewartan by the ΦEa1h tailspike protein was shown to be much faster than the hydrolysis kinetics of WceF, although both enzymes cleaved the β D GalIII(1→3)-α-D-GalI glycosidic linkage from the stewartan backbone. Oligosaccharide fragments which were produced during the stewartan cleavage, were analyzed in size-exclusion chromatography and capillary electrophoresis. Bioinformatic studies and the analysis of a WceF crystal structure revealed a remarkably high structural similarity of both proteins thus unveiling WceF as a bacterial tailspike-like protein. As a consequence, WceF might play a role in stewartan chain length control in Pantoea stewartii biofilms. N2 - In der Natur lagern sich Bakterien zu großen und komplexen Gemeinschaften zusammen, die als Biofilme bezeichnet werden. Diese multizellulären Biofilme sind der Ursprung vieler langlebiger und gefährlicher Infektionskrankheiten. Die bakteriellen Zellen produzieren und umgeben sich mit einen biofilm-spezifischen Schleim, der aus einer Unzahl von Biomolekülen, wie z.B. Exopolysaccharide, Lipide und extrazelluläre DNA, besteht. Diese Biofilmarchitektur schützt Bakterien vor Austrocknung und begrenzen die Wirksamkeit von antimikrobiellen Wirkstoffen (z.B. Antibiotika). Viele Studien haben gezeigt, dass die Destabilisierung der mechanischen Festigkeit des Biofilmapparates eine neue Behandlungsstrategie darstellt, in der das bakterielle Schutzschild eliminiert wird, sodass die Zellen wieder anfälliger gegenüber dem menschlichen Immunsystem oder Antibiotika werden. Pantoea stewartii ist ein Pflanzenpathogen, welches Mais und Süßmais befällt. Diese Bakterien produzieren Biofilme im Inneren der Pflanze, sodass der freie Wassertransport gestört wird. Daraufhin verwelken die Blätter und Früchte. In dieser Arbeit wurde das Exopolysaccharid Stewartan untersucht, welches lange Ketten ausbildet und als häufigste Komponente in den Biofilmen von Pantoea stewartii vorkommt. Dabei wurden die mechanischen Eigenschaften von Stewartan untersucht, um zu verstehen, wie diese den Biofilm beeinflussen. Dafür wurde eine Lösung aus mehreren Stewartan Molekülen computergestützt simuliert. Hierbei konnte beobachtet werden, dass die Stewartan Ketten ein dreidimensionales Netzwerk ausbilden, welches Poren aufweist. Außerdem wurde Stewartan aus Pantoea stewartii Biofilmen isoliert und die Diffusion von verschieden großen Nanopartikeln in dem Exopolysaccharidnetzwerk untersucht. Je höher die Stewartankonzentration war, desto mehr wurde die Diffusion der Nanopartikeln abgebremst. Außerdem wurden große Partikel stärker von dem Netzwerk zurückgehalten. Diese Untersuchungen wurden auf die Diffusion von Bakteriophagen, das sind Viren, die spezifisch Bakterien infizieren, ausgeweitet. Infolgedessen wurde gezeigt, dass Bakteriophagen in kleine Stewartanporen feststecken können. Die Diffusion all dieser Partikeln war aber auch abhängig von der Oberflächenladung des Partikels. Folglich bildet Stewartan ein Netzwerk aus, welches ganz spezifisch den Transport von Molekülen mit bestimmten Eigenschaften unterbindet. Außerdem ist bekannt, dass die Bakterien in der Lage sind, die mechanischen Eigenschaften des Biofilms zu modulieren, um sie an Veränderungen in der Umgebung anzupassen. Dies geschieht über bakterielle Enzyme. Daher wurde in dieser Arbeit der enzymatische Abbau von Stewartan untersucht, der eine dramatische Änderung der Eigenschaften des Biofilms zufolge haben kann. Dabei wurde die Stewartan Spaltung durch das Enzym WceF untersucht, welches von Pantoea stewartii produziert wird. Dieses Enzym spaltete die Stewartanketten nur sehr langsamen, sodass das Stewartannetzwerk erhalten blieb. Die Ergebnisse wurden mit dem tailspike Protein verglichen, welches von dem ΦEa1h Bakteriophagen produziert wird, dem natürlichen Feind des Bakteriums. Im Gegensatz zu WceF, baute das tailspike Protein Stewartan deutlich schneller ab und die gesamte mechanische Festigkeit des Netzwerkes wurde beseitigt. Beide Enzyme, trotz der unterschiedlichen Aktivität, besitzen eine sehr ähnliche Struktur, was vermuten lässt, dass sie von einem gleichen Vorgängerprotein abstammen. In dieser Arbeit wird vorgeschlagen, dass WceF möglicherweise in der Kettenlängekontrolle von Stewartan involviert ist. T2 - Enzymatische Remodellierung des Exopolysaccharid-Stewartan-Netzwerkes KW - biofilm KW - Pantoea stewartii KW - stewartan KW - exopolysaccharide KW - coarse grained molecular dynamics KW - microviscosity KW - Mikroviskosität KW - coarse grained Molekulardynamiken Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-472486 ER - TY - THES A1 - Rolf, Werner T1 - Peri-urban farmland included in green infrastructure strategies promotes transformation pathways towards sustainable urban development N2 - Urbanization and agricultural land use are two of the main drivers of global changes with effects on ecosystem functions and human wellbeing. Green Infrastructure is a new approach in spatial planning contributing to sustainable urban development, and to address urban challenges, such as biodiversity conservation, climate change adaptation, green economy development, and social cohesion. Because the research focus has been mainly on open green space structures, such as parks, urban forest, green building, street green, but neglected spatial and functional potentials of utilizable agricultural land, this thesis aims at fill this gap. This cumulative thesis addresses how agricultural land in urban and peri-urban landscapes can contribute to the development of urban green infrastructure as a strategy to promote sustainable urban development. Therefore, a number of different research approaches have been applied. First, a quantitative, GIS-based modeling approach looked at spatial potentials, addressing the heterogeneity of peri-urban landscape that defines agricultural potentials and constraints. Second, a participatory approach was applied, involving stakeholder opinions to evaluate multiple urban functions and benefits. Finally, an evidence synthesis was conducted to assess the current state of research on evidence to support future policy making at different levels. The results contribute to the conceptual understanding of urban green infrastructures as a strategic spatial planning approach that incorporates inner-urban utilizable agricultural land and the agriculturally dominated landscape at the outer urban fringe. It highlights the proposition that the linkage of peri-urban farmland with the green infrastructure concept can contribute to a network of multifunctional green spaces to provide multiple benefits to the urban system and to successfully address urban challenges. Four strategies are introduced for spatial planning with the contribution of peri-urban farmland to a strategically planned multifunctional network, namely the connecting, the productive, the integrated, and the adapted way. Finally, this thesis sheds light on the opportunities that arise from the integration of the peri- urban farmland in the green infrastructure concept to support transformation towards a more sustainable urban development. In particular, the inherent core planning principle of multifunctionality endorses the idea of co-benefits that are considered crucial to trigger transformative processes. This work concludes that the linkage of peri-urban farmland with the green infrastructure concept is a promising action field for the development of new pathways for urban transformation towards sustainable urban development. Along with these outcomes, attention is drawn to limitations that remain to be addressed by future research, especially the identification of further mechanisms required to support policy integration at all levels. N2 - Urbanisierung und Landwirtschaft zählen zu den wesentlichen Faktoren des globalen Wandels mit Auswirkungen auf Ökosystemleistungen und menschliches Wohlergehen. Grüne Infrastruktur gilt als ein neuartiger Ansatz in der räumlichen Planung zur nachhaltigen Stadtentwicklung und um Begegnung von Herausforderungen wie den Schutz der biologischen Vielfalt, Anpassung an den Klimawandel, Entwicklung einer nachhaltigen Wirtschaft und zur des sozialen Zusammenhalts. Da ein Forschungsschwerpunkt bislang auf Freiraumstrukturen wie Parks, städtischen Wäldern, Gebäudebegrünung und Straßengrün lag, die räumlichen und funktionalen Potenziale landwirtschaftlicher Flächen unberücksichtigten, soll diese Arbeit hierzu einen Diskussionsbeitrag leisten. Diese kumulative Abschlussarbeit befasst sich mit der Frage, wie stadtnahe Landwirtschaftsflächen zur Entwicklung urbaner grünen Infrastrukturen, als Strategie zur Förderung einer nachhaltigen Stadtentwicklung beitragen können. Hierzu wurden verschiedene Forschungsansätze angewendet. Zunächst erfolgte ein quantitativer, GIS-basierter Modellierungsansatz, der sich mit den räumlichen Möglichkeiten und Grenzen befasst. Zweitens wurde ein partizipatorischer Ansatz verfolgt, der Funktionen und Nutzen aus Sicht verschiedener Interessenvertreter evaluiert. Schließlich wurde eine Evidenzsynthese durchgeführt, um den aktuellen Stand der Forschung hinsichtlich einer evidenzbasierten Politikgestaltung zu bewerten. Die Ergebnisse tragen zum konzeptionellen Verständnis urbaner grüner Infrastrukturen als strategischen raumplanerischen Ansatz bei, der Landwirtschaft mit einbezieht. Sie unterstützen die These, dass peri-urbane Landwirtschaftsflächen mit dem grünen Infrastrukturansatz zur Entwicklung eines multifunktionalen Freiraums beitragen und somit städtische Herausforderungen begegnen können. Es werden vier Strategien für eine Raumplanung vorgestellt, die sich für die Planung eignen. Schließlich beleuchtet diese Arbeit, welche Möglichkeiten sich in der Verknüpfung peri-urbaner Landwirtschaftsflächen mit dem Grüne Infrastrukturansatz für Transformationsprozesse bieten, um eine nachhaltige Stadtentwicklung zu unterstützen. Insbesondere das Kernplanungsprinzip der Multifunktionalität unterstützt die Idee zusätzlicher Nebeneffekte – sogenannte Co-Benefits –, die als einen wichtigen Auslöser transformativer Prozesse gelten. Die Arbeit kommt zu dem Schluss, dass sich durch die Berücksichtigung peri-urbaner Landwirtschaftsflächen im Grüne Infrastrukturansatz vielversprechende Handlungsfelder und Entwicklungspfade für eine nachhaltige Stadtentwicklung bieten. Neben diesen Ergebnissen wird auf die Grenzen aufmerksam gemacht, die von der künftigen Forschung noch angegangen werden müssen, insbesondere die Identifizierung weiterer Mechanismen, die zur Unterstützung der politischen Integration auf allen Ebenen erforderlich sind. T2 - Peri-urbaner Landwirtschaftsflächen integriert in grüne Infrastrukturstrategien fördert Transformationswege einer nachhaltigen Stadtentwicklung KW - agriculture KW - urban KW - spatial planning KW - planning strategies KW - green infrastructure KW - sustainable development KW - sustainability transformation KW - Landwirtschaft KW - Urban KW - Raumplanung KW - Planungsstrategien KW - Grüne Infrastruktur KW - Nachhaltige Entwicklung KW - Nachhaltigkeitstransformation Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-477002 ER - TY - THES A1 - Meijer, Niels T1 - Asian dust, monsoons and westerlies during the Eocene N2 - The East Asian monsoons characterize the modern-day Asian climate, yet their geological history and driving mechanisms remain controversial. The southeasterly summer monsoon provides moisture, whereas the northwesterly winter monsoon sweeps up dust from the arid Asian interior to form the Chinese Loess Plateau. The onset of this loess accumulation, and therefore of the monsoons, was thought to be 8 million years ago (Ma). However, in recent years these loess records have been extended further back in time to the Eocene (56-34 Ma), a period characterized by significant changes in both the regional geography and global climate. Yet the extent to which these reconfigurations drive atmospheric circulation and whether the loess-like deposits are monsoonal remains debated. In this thesis, I study the terrestrial deposits of the Xining Basin previously identified as Eocene loess, to derive the paleoenvironmental evolution of the region and identify the geological processes that have shaped the Asian climate. I review dust deposits in the geological record and conclude that these are commonly represented by a mix of both windblown and water-laid sediments, in contrast to the pure windblown material known as loess. Yet by using a combination of quartz surface morphologies, provenance characteristics and distinguishing grain-size distributions, windblown dust can be identified and quantified in a variety of settings. This has important implications for tracking aridification and dust-fluxes throughout the geological record. Past reversals of Earth’s magnetic field are recorded in the deposits of the Xining Basin and I use these together with a dated volcanic ash layer to accurately constrain the age to the Eocene period. A combination of pollen assemblages, low dust abundances and other geochemical data indicates that the early Eocene was relatively humid suggesting an intensified summer monsoon due to the warmer greenhouse climate at this time. A subsequent shift from predominantly freshwater to salt lakes reflects a long-term aridification trend possibly driven by global cooling and the continuous uplift of the Tibetan Plateau. Superimposed on this aridification are wetter intervals reflected in more abundant lake deposits which correlate with highstands of the inland proto-Paratethys Sea. This sea covered the Eurasian continent and thereby provided additional moisture to the winter-time westerlies during the middle to late Eocene. The long-term aridification culminated in an abrupt shift at 40 Ma reflected by the onset of windblown dust, an increase in steppe-desert pollen, the occurrence of high-latitude orbital cycles and northwesterly winds identified in deflated salt deposits. Together, these indicate the onset of a Siberian high atmospheric pressure system driving the East Asian winter monsoon as well as dust storms and was triggered by a major sea retreat from the Asian interior. These results therefore show that the proto-Paratethys Sea, though less well recognized than the Tibetan Plateau and global climate, has been a major driver in setting up the modern-day climate in Asia. N2 - Die ostasiatischen Monsune prägen das heutige asiatische Klima, doch ihr geologischer Ursprung und ihre Antriebsmechanismen sind nach wie vor umstritten. Der südöstliche Sommermonsun bringt Feuchtigkeit, während der nordwestliche Wintermonsun Staub aus dem trockenen asiatischen Inland aufwirbelt und das chinesische Lössplateau bildet. Der Ursprung dieses Lösses und damit des Monsuns wurde vor 8 Millionen Jahren vermutet (Ma). In den letzten Jahren sind diese Lößablagerungen jedoch weiter in das Eozän (56-34 Ma) zurückverlegt worden, einer Periode, die durch bedeutende Änderungen sowohl in der regionalen Geographie als auch im globalen Klima gekennzeichnet ist. Inwieweit diese Rekonfigurationen die atmosphärische Zirkulation antrieben und ob es sich bei den lößartigen Sedimenten um monsunartige Ablagerungen handelt, bleibt jedoch umstritten. In dieser Dissertation untersuche ich die terrestrischen Ablagerungen des Xining-Beckens, die zuvor als Löss aus dem Eozän identifiziert wurden, um die paläo-umweltbedingte Entwicklung der Region abzuleiten und die geologischen Prozesse zu identifizieren, die das asiatische Klima geprägt haben. Ich überprüfe die Staubablagerungen im geologischen Archiv und komme zu dem Schluss, dass diese durch eine Mischung aus windgetriebenen und wassergelagerten Sedimenten dargestellt werden, im Gegensatz zu dem rein windgetriebenen Material, das als Löß bekannt ist. Doch durch die Verwendung einer Kombination der oberflächenmorphologien von Quartz, Herkunftsmerkmalen und unterscheidenden Korngrößenverteilungen kann windgetriebener Staub in einer Vielzahl von Umgebungen identifiziert und quantifiziert werden. Dies hat wichtige Auswirkungen auf die Nachverfolgung der Aridifizierung und der Staubflüsse in dem gesamten geologischen Archiv. Frühere Umkehrungen des Erdmagnetfeldes werden in den Ablagerungen des Xining-Beckens aufgezeichnet und ich verwende diese zusammen mit einer datierten vulkanischen Ascheschicht, um das Alter genau auf die Eozän-Periode einzugrenzen. Eine Kombination aus Pollenansammlungen, geringen Staubhäufigkeiten und anderen geochemischen Daten deutet darauf hin, dass das frühe Eozän relativ feucht war, was auf einen verstärkten Sommermonsun aufgrund des wärmeren Treibhausklimas zu dieser Zeit hinweist. Eine anschließende Verschiebung von überwiegend Süßwasser zu Salzseen spiegelt einen langfristigen Aridifizierungstrend wider, der möglicherweise durch die globale Abkühlung und die kontinuierliche Hebung des Tibetischen Plateaus angetrieben wurde. Überlagert wird diese Aridifizierung von feuchteren Intervallen, die durch eine Zunahme in Seeablagerungen gekennzeichnet werden und mit den Hochständen des inländischen proto-Paratethys-Meeres korrelieren. Dieses Meer bedeckte den eurasischen Kontinent und versorgte dadurch die winterlichen Westwinde mit zusätzlicher Feuchtigkeit im mittleren bis späten Eozän. T2 - Asiatischer Staub, Monsune und Westwind während des Eozäns KW - Paleoclimatology KW - Asia KW - Eocene KW - Stratigraphy KW - Asien KW - Stratigrafie KW - Monsoon KW - Monsun KW - Paläoklimatologie KW - Eozän Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-488687 ER - TY - THES A1 - Siemiatkowska, Beata T1 - Redox signalling in plants N2 - Once proteins are synthesized, they can additionally be modified by post-translational modifications (PTMs). Proteins containing reactive cysteine thiols, stabilized in their deprotonated form due to their local environment as thiolates (RS-), serve as redox sensors by undergoing a multitude of oxidative PTMs (Ox-PTMs). Ox-PTMs such as S-nitrosylation or formation of inter- or intra-disulfide bridges induce functional changes in these proteins. Proteins containing cysteines, whose thiol oxidation state regulates their functions, belong to the so-called redoxome. Such Ox-PTMs are controlled by site-specific cellular events that play a crucial role in protein regulation, affecting enzyme catalytic sites, ligand binding affinity, protein-protein interactions or protein stability. Reversible protein thiol oxidation is an essential regulatory mechanism of photosynthesis, metabolism, and gene expression in all photosynthetic organisms. Therefore, studying PTMs will remain crucial for understanding plant adaptation to external stimuli like fluctuating light conditions. Optimizing methods suitable for studying plants Ox-PTMs is of high importance for elucidation of the redoxome in plants. This study focusses on thiol modifications occurring in plant and provides novel insight into in vivo redoxome of Arabidopsis thaliana in response to light vs. dark. This was achieved by utilizing a resin-assisted thiol enrichment approach. Furthermore, confirmation of candidates on the single protein level was carried out by a differential labelling approach. The thiols and disulfides were differentially labelled, and the protein levels were detected using immunoblot analysis. Further analysis was focused on light-reduced proteins. By the enrichment approach many well studied redox-regulated proteins were identified. Amongst those were fructose 1,6-bisphosphatase (FBPase) and sedoheptulose-1,7-bisphosphatase (SBPase) which have previously been described as thioredoxin system targeted enzymes. The redox regulated proteins identified in the current study were compared to several published, independent results showing redox regulated proteins in Arabidopsis leaves, root, mitochondria and specifically S-nitrosylated proteins. These proteins were excluded as potential new candidates but remain as a proof-of-concept to the enrichment experiments to be effective. Additionally, CSP41A and CSP41B proteins, which emerged from this study as potential targets of redox-regulation, were analyzed by Ribo-Seq. The active translatome study of csp41a mutant vs. wild-type showed most of the significant changes at end of the night, similarly as csp41b. Yet, in both mutants only several chloroplast-encoded genes were altered. Further studies of CSP41A and CSP41B proteins are needed to reveal their functions and elucidate the role of redox regulation of these proteins. N2 - Wenn Proteine synthetisiert sind, können sie zusätzlich noch post-translationelle Modifikationen (PTM) aufweisen. Proteine, die wegen ihres lokalen Umfeldes reaktive Cysteinthiole in ihrer stabilen deprotonierten Thiolat-Form aufweisen, dienen als Redoxsensoren indem sie eine Vielzahl von oxidativen PTMs (Ox-PTMs) enthalten können. Ox-PTMs wie die S-Nitrosylierung oder die Bildung von Inter- oder Intradisulfidbrücken induzieren funktionelle Veränderungen in diesen Proteinen. Cystein-haltige Proteine, deren Funktion durch diese Thioloxidierung gesteuert werden, gehören zu dem so genannten Redoxom. Die Ox-PTMs werden durch ortsspezifische zelluläre Prozesse gesteuert, die eine essentielle Rolle bei der Proteinregulation spielen und welche das katalytische Zentrum, die Ligandenbindungsaffinität, Protein-Protein-Interaktionen oder die Proteinstabilität beeinflussen können. Die umkehrbare Proteinthioloxidierung ist ein essentieller regulatorischer Mechanismus in der Photosynthese, dem Metabolismus und der Genexpression photosynthetischer Organismen. Es ist demnach wichtig PTMs zu untersuchen, um zu verstehen wie sich Pflanzen an externe Stimuli wie das Licht anpassen können. Es ist von großer Bedeutung für das Redoxom-Forschungsgebiet Methoden zur Untersuchung von pflanzlichen Ox-PTMs zu verbessern. Die vorliegende Arbeit konzentriert sich auf Thiolveränderungen, die in Pflanzen auftreten, und gibt einen Einblick in das in vivo Redoxom von Arabidopsis thaliana als Reaktion auf Licht oder Dunkelheit. Dieses wurde ermöglicht durch eine auf Harz-basierende Thiol-Anreicherung. Darüber hinaus konnten Kandidaten auf dem Einzelproteinlevel durch eine Differentialmarkierungsmethode bestätigt werden. Thiole und Disulfide wurden unterschiedlich markiert und die Proteine durch spezifische Antikörper mittels Proteinblotanalyse erkannt. Weitere Analysen fokussierten sich auf im Licht reduzierte Proteine. Durch die Anreicherungsmethode konnten viele bereits untersuchte redox-regulierte Proteine identifiziert werden. Unter diesen waren unter anderem die Fruktose-1,6-Bisphosphatase (FBPase) sowie die Seduheptulose-1,7-Bisphosphatase (SBPase), welche als Thioredoxin-gesteuerte Enzyme beschrieben sind. Die redox-regulierten Proteine, die in dieser Studie identifiziert werden konnten, wurden mit veröffentlichten unabhängigen Ergebnissen verglichen und dieses führte zu einer Vielzahl an redox-regulierten Proteinen in Arabidopsisblättern, -Wurzeln und -Mitochondrien sowie S-nitrosylierten Proteinen. Diese Proteine wurden zwar als neue potentielle Kandidaten ausgeschlossen, zeigten allerdings die Effektivität der Anreicherungsmethode. Darüber hinaus wurden die Proteine CSP41 A and CSP41 B, welche in dieser Studie als potentielle Ziele der Redox-Regulation identifiziert wurden, durch Ribo-seq analysiert. T2 - Redoxsignalisierung in Pflanzen KW - redox KW - signalling KW - plants KW - enrichments methods KW - post-translational modifications KW - oxidative protein modifications KW - Redox KW - Signalübertragung KW - Pflanzen KW - Anreicherungsmethoden KW - posttranslationale Modifikationen KW - oxidative Proteinmodifikationen Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-489119 ER -