TY - THES A1 - Gonzalez Duran, Enrique T1 - Genetic control of intracellular gene transfer by DNA repair in N. tabacum N2 - Mitochondria and plastids are organelles with an endosymbiotic origin. During evolution, many genes are lost from the organellar genomes and get integrated in the nuclear genome, in what is known as intracellular/endosymbiotic gene transfer (IGT/EGT). IGT has been reproduced experimentally in Nicotiana tabacum at a gene transfer rate (GTR) of 1 event in 5 million cells, but, despite its centrality to eukaryotic evolution, there are no genetic factors known to influence the frequency of IGT in higher eukaryotes. The focus of this work was to determine the role of different DNA repair pathways of double strand break repair (DSBR) in the integration step of organellar DNA in the nuclear genome during IGT. Here, a CRISPR/Cas9 mutagenesis strategy was implemented in N. tabacum, with the aim of generating mutants in nuclear genes without expected visible phenotypes. This strategy led to the generation of a collection of independent mutants in the LIG4 (necessary for non-homologous end joining, NHEJ) and POLQ genes (necessary for microhomology mediated end joining, MMEJ). Targeting of other DSBR genes (KU70, KU80, RPA1C) generated mutants with unexpectedly strong developmental phenotypes.. These factors have telomeric roles, hinting towards a possible relationship between telomere length, and strength of developmental disruption upon loss of telomere structure in plants. The mutants were made in a genetic background encoding a plastid-encoded IGT reporter, that confers kanamycin resistance upon transfer to the nucleus. Through large scale independent experiments, increased IGT from the chloroplast to the nucleus was observed in lig4 mutants, as well as lines encoding a POLQ gene with a defective polymerase domain (polqΔPol). This shows that NHEJ or MMEJ have a double-sided relationship with IGT: while transferred genes may integrate using either pathway, the presence of both pathways suppresses IGT in wild-type somatic cells, thus demonstrating for the first time the extent on which nuclear genes control IGT frequency in plants. The IGT frequency increases in the mutants are likely mediated by increased availability of double strand breaks for integration. Additionally, kinetic analysis reveals that gene transfer (GT) events accumulate linearly as a function of time spent under antibiotic selection in the experiment, demonstrating that, contrary to what was previously thought, there is no such thing as a single GTR in somatic IGT experiments. Furthermore, IGT in tissue culture experiments appears to be the result of a "race against the clock" for integration in the nuclear genome, that starts when the organellar DNA arrives to the nucleus granting transient antibiotic resistance. GT events and escapes of kanamycin selection may be two possible outcomes from this race: those instances where the organellar DNA gets to integrate are recovered as GT events, and in those cases where timely integration fails, antibiotic resistance cannot be sustained, and end up considered as escapes. In the mutants, increased opportunities for integration in the nuclear genome change the overall ratio between IGT and escape events. The resources generated here are promising starting points for future research: (1) the mutant collection, for the further study of processes that depend on DNA repair in plants (2) the collection of GT lines obtained from these experiments, for the study of the effect of DSBR pathways over integration patterns and stability of transferred genes and (3) the developed CRISPR/Cas9 workflow for mutant generation, to make N. tabacum meet its potential as an attractive model for answering complex biological questions. N2 - Mitochondrien und Plastiden sind beides Organellen endosymbiotischen Ursprungs. Im Laufe der Evolution gehen viele Gene aus den Organellengenomen verloren und werden in das Kerngenom integriert, was als intrazellulärer/endosymbiotischer Gentransfer (IGT/EGT) bezeichnet wird. IGT konnte experimentell in Nicotiana tabacum mit einer Gentransferrate (GTR) von einem Ereignis in fünf Millionen Zellen nachgestellt werden, aber trotz seiner zentralen Bedeutung für die eukaryotische Evolution sind keine genetischen Faktoren bekannt, die die Häufigkeit von IGT in höheren Eukaryoten beeinflussen. Der Schwerpunkt dieser Arbeit lag auf der Bestimmung der Rolle verschiedener DNA-Reparaturwege der Doppelstrangbruchreparatur (DSBR) bei der Integration von Organellen-DNA in das Kerngenom während des IGT. Dazu wurde in N. tabacum eine CRISPR/Cas9-basierte Mutagenesestrategie angewandt, mit dem Ziel, Mutanten in Kerngenen zu erzeugen, für die keine sichtbaren Phänotypen zu erwarten sind. Diese Strategie führte zur Erzeugung einer Reihe unabhängiger Mutanten im LIG4-Gen (notwendig für „non-homologous end joining“, die nicht-homologe Verbindung von Enden, NHEJ) und POLQ (notwendig für „microhomology mediated end joining“, die Mikrohomologie-vermittelte Verbindung von Enden, MMEJ). Die gezielte Beeinflussung anderer DSBR-Gene (KU70, KU80, RPA1C) führte zu Mutanten mit unerwartet starken Entwicklungsphänotypen. Diese Gene spielen eine Rolle beim Erhalt der Telomere, was auf einen möglichen Zusammenhang zwischen der Telomerlänge und der Stärke der Entwicklungsstörung bei Verlust der Telomerstruktur in Pflanzen hindeutet. Die Mutanten wurden in einem genetischen Hintergrund erzeugt, der über einen in den Plastiden lokalisierten IGT-Reporter verfügt, der nach Übertragung in den Zellkern Kanamycin-Resistenz vermittelt. In groß angelegten unabhängigen Experimenten wurde in lig4-Mutanten sowie in Linien, die für ein POLQ-Gen mit einer defekten Polymerase-Domäne (polqΔPol) kodieren, eine erhöhte GTR vom Chloroplasten zum Zellkern beobachtet. Dies zeigt, dass NHEJ oder MMEJ eine zweischneidige Beziehung zum IGT haben: Während übertragene Gene folglich über jeden der beiden Mechanismen integriert werden können, unterdrückt das gleichzeitige Vorhandensein beider Wege IGT in somatischen Wildtyp-Zellen, wodurch zum ersten Mal gezeigt wird, in welchem Ausmaß Kerngene die IGT-Häufigkeit in Pflanzen kontrollieren. Die erhöhte Verfügbarkeit von Doppelstrangbrüchen für die Integration könnte für die erhöhte IGT-Häufigkeit in den Mutanten verantwortlich sein. Darüber hinaus zeigt die Analyse des Zeitverlaufs, dass Gentransferereignisse (GT) in Abhängigkeit von der Zeit, die im Experiment unter Antibiotikaselektion verbracht wurde, linear akkumulieren, was beweist, dass es, anders als bisher angenommen, in somatischen IGT-Experimenten keine statische GTR gibt. Darüber hinaus scheint IGT in Gewebekulturexperimenten das Ergebnis eines Wettlaufs mit der Zeit um die Integration in das Kerngenom zu sein, der beginnt, wenn die Organellen-DNA in den Zellkern gelangt und eine vorübergehende Antibiotikaresistenz gewährt. Echte GT-Ereignisse und „Escapes“ (scheinbare Resistenz, ein vorläufiges Ausweichen vor der Kanamycin-Selektion) können zwei mögliche Ergebnisse dieses Wettlaufs sein: Die Fälle, in denen die Organellen-DNA integriert wird, werden als GT-Ereignisse gewertet, und in den Fällen, in denen die rechtzeitige Integration scheitert, kann die Antibiotikaresistenz nicht aufrechterhalten werden und sie werden als „Escape“ betrachtet. In den Mutanten verändern sich die Möglichkeiten zur Integration in das Kerngenom, wodurch sich das Gesamtverhältnis zwischen IGT- und „Escape“-Ereignissen ändert. Die hier erzeugten Ressourcen sind vielversprechende Ausgangspunkte für künftige Forschungen: (1) die Mutantensammlung, für die Untersuchung von weiteren Prozessen, die von der DNA-Reparatur in Pflanzen abhängen, (2) die Sammlung von GT-Linien, die aus den hier beschriebenen Experimenten gewonnen wurden, für die Untersuchung der Auswirkungen von DSBR-Mechanismen auf Integrationsmuster und Stabilität übertragener Gene und (3) der hier entwickelte Arbeitsablauf für die Mutantenerzeugung mittels CRISPR/Cas9, damit N. tabacum sein Potenzial als attraktives Modell für die Beantwortung komplexer biologischer Fragestellungen erfüllen kann. T2 - Genetische Kontrolle des intrazellulären Gentransfers durch DNA-Reparatur in N. tabacum KW - endosymbiosis KW - organelles KW - gene KW - transfer KW - DNA KW - repair KW - genome KW - editing KW - evolution KW - plant Y1 - 2023 ER - TY - JOUR A1 - Aldrup, Marit T1 - Well let me put it uhm the other way around maybe’ BT - Managing students’ trouble displays in the CLIL classroom JF - Classroom discourse N2 - This study is concerned with repair practices that a teacher and students employ to restore intersubjectivity when faced with interactional problems in a Content and Language Integrated Learning (CLIL) classroom. Adopting a conversation analytic (CA) approach, it examines the interactional treatment of students’ verbal and embodied trouble displays in a video-recorded, teacher-fronted geography lesson held in English at a German high school. At the same time, it explores to what extent the repair practices employed are fitted to this specific interactional context. The analysis shows that students’ verbal trouble displays often result in extensive repair sequences, whereas students’ embodied trouble displays are usually met with teacher self-repair in the transition space. In this way, the latter are resolved much earlier and more quickly. The study further reveals practices like reformulation and translation to be especially useful for repairing interactional problems in classrooms in which a foreign language is used as the medium of instruction. The findings may be of interest for prospective as well as practicing teachers in that they provide relevant insights into how interactional trouble can be successfully managed in (CLIL) classroom interaction. KW - Trouble displays KW - repair KW - embodiment KW - classroom interaction KW - conversation analysis Y1 - 2019 U6 - https://doi.org/10.1080/19463014.2019.1567360 SN - 1946-3014 SN - 1946-3022 VL - 10 IS - 1 SP - 46 EP - 70 PB - Routledge, Taylor & Francis Group CY - Abingdon ER - TY - JOUR A1 - Küttner, Uwe-Alexander T1 - At the intersection of stance-management and repair BT - Meta-pragmatic claims as a practice for disarming disaffiliative responses JF - Gesprächsforschung : Online-Zeitschrift zur verbalen Interaktion N2 - Dieser Beitrag widmet sich der Verwendung eines spezifischen Typs meta-sprachlicher Äußerungen. Er untersucht wie SprecherInnen des Englischen meta-pragmatische Behauptungen, zuvor das „Gleiche" kommuniziert (‚gesagt' oder ‚gemeint') zu haben wie ihr Gesprächspartner, verwenden. Mit Hilfe detaillierter sequenzieller Analysen wird gezeigt, dass diese Behauptungen oft verwendet werden, um disaffiliative Erwiderungen zu entkräften und somit aufkeimende Meinungsverschiedenheiten aufzulösen. Neben der Beschreibung der Mechanismen, die dieser Praktik zu Grunde liegen, werden die verschiedenen verbalen, para- und non-verbalen Ressourcen, die bei der Verwendung dieser Praktik (teils variabel) zum Einsatz ge-bracht werden, inventarisiert. Abschließend wird das Verhältnis dieser Praktik zu anderen Gesprächspraktiken diskutiert. Da sie grundlegend darauf fußt, dass ein Missverständnis auf Seiten des Gegenübers insinuiert wird, kann sie an der Schnittstelle von Praktiken zum Management von Einstellungen bzw. Haltungen und Reparaturen verortet werden. N2 - This article offers an in-depth analysis of one particular type of meta-talk. It looks at how speakers use the meta-pragmatic claim to have previously communicated ('said' or 'meant') the same as, or the equivalent of, what their interlocutor just said. Through detailed sequential analyses, it is shown that this claim is frequently used as a practice for disarming disaffiliative responses and thus to manage (and often resolve) incipient disagreement. Besides unpacking the precise mechanisms underlying this practice, the paper also takes stock of the various (and partly variable) lexico-morpho-syntactic, prosodic and bodily-visual elements of conduct that recurrently enter into its composition. Since the practice essentially rests on the speaker’s insinuation of having been misunderstood by their co-participant, its relationship to the organization of repair will also be discussed. It is argued that the practice operates precisely at the intersection of stance-management (agreement/disagreement) and repair, and that it exhibits features which reflect this intersectional character. Data are in English. KW - meta-talk KW - (dis)affiliation KW - (dis)agreement KW - stance KW - repair KW - Conversation Analysis KW - Metasprache KW - Affiliation/Disaffiliation KW - Meta-Kommunikation KW - Reparaturen KW - Konversationsanalyse Y1 - 2019 UR - http://www.gespraechsforschung-online.de/fileadmin/dateien/heft2019/ga-kuettner.pdf SN - 1617-1837 IS - 20 SP - 115 EP - 156 PB - Verlag für Gesprächsforschung CY - Gleizendorf bei Nürnberg ER - TY - GEN A1 - Küttner, Uwe-Alexander T1 - At the intersection of stance-management and repair BT - Meta-pragmatic claims as a practice for disarming disaffiliative responses T2 - Postprints der Universität Potsdam : Philosophische Reihe N2 - This article offers an in-depth analysis of one particular type of meta-talk. It looks at how speakers use the meta-pragmatic claim to have previously communicated ('said' or 'meant') the same as, or the equivalent of, what their interlocutor just said. Through detailed sequential analyses, it is shown that this claim is frequently used as a practice for disarming disaffiliative responses and thus to manage (and often resolve) incipient disagreement. Besides unpacking the precise mechanisms underlying this practice, the paper also takes stock of the various (and partly variable) lexico-morpho-syntactic, prosodic and bodily-visual elements of conduct that recurrently enter into its composition. Since the practice essentially rests on the speaker’s insinuation of having been misunderstood by their co-participant, its relationship to the organization of repair will also be discussed. It is argued that the practice operates precisely at the intersection of stance-management (agreement/disagreement) and repair, and that it exhibits features which reflect this intersectional character. Data are in English. N2 - Dieser Beitrag widmet sich der Verwendung eines spezifischen Typs meta-sprachlicher Äußerungen. Er untersucht wie SprecherInnen des Englischen meta-pragmatische Behauptungen, zuvor das „Gleiche" kommuniziert (‚gesagt' oder ‚gemeint') zu haben wie ihr Gesprächspartner, verwenden. Mit Hilfe detaillierter sequenzieller Analysen wird gezeigt, dass diese Behauptungen oft verwendet werden, um disaffiliative Erwiderungen zu entkräften und somit aufkeimende Meinungsverschiedenheiten aufzulösen. Neben der Beschreibung der Mechanismen, die dieser Praktik zu Grunde liegen, werden die verschiedenen verbalen, para- und non-verbalen Ressourcen, die bei der Verwendung dieser Praktik (teils variabel) zum Einsatz ge-bracht werden, inventarisiert. Abschließend wird das Verhältnis dieser Praktik zu anderen Gesprächspraktiken diskutiert. Da sie grundlegend darauf fußt, dass ein Missverständnis auf Seiten des Gegenübers insinuiert wird, kann sie an der Schnittstelle von Praktiken zum Management von Einstellungen bzw. Haltungen und Reparaturen verortet werden. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Philosophische Reihe - 168 KW - meta-talk KW - (dis)affiliation KW - (dis)agreement KW - stance KW - repair KW - Conversation Analysis KW - Metasprache KW - Affiliation/Disaffiliation KW - Meta-Kommunikation KW - Reparaturen KW - Konversationsanalyse Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-443485 SN - 1866-8380 SP - 115 EP - 156 ER - TY - JOUR A1 - Pieper, Imke A1 - Wehe, Christoph A. A1 - Bornhorst, Julia A1 - Ebert, Franziska A1 - Leffers, Larissa A1 - Holtkamp, Michael A1 - Höseler, Pia A1 - Weber, Till A1 - Mangerich, Aswin A1 - Bürkle, Alexander A1 - Karst, Uwe A1 - Schwerdtle, Tanja T1 - Mechanisms of Hg species induced toxicity in cultured human astrocytes BT - genotoxicity and DNA-damage response JF - Metallomics N2 - The toxicologically most relevant mercury (Hg) species for human exposure is methylmercury (MeHg). Thiomersal is a common preservative used in some vaccine formulations. The aim of this study is to get further mechanistic insight into the yet not fully understood neurotoxic modes of action of organic Hg species. Mercury species investigated include MeHgCl and thiomersal. Additionally HgCl2 was studied, since in the brain mercuric Hg can be formed by dealkylation of the organic species. As a cellular system astrocytes were used. In vivo astrocytes provide the environment necessary for neuronal function. In the present study, cytotoxic effects of the respective mercuricals increased with rising alkylation level and correlated with their cellular bioavailability. Further experiments revealed for all species at subcytotoxic concentrations no induction of DNA strand breaks, whereas all species massively increased H2O2-induced DNA strand breaks. This co-genotoxic effect is likely due to a disturbance of the cellular DNA damage response. Thus, at nanomolar, sub-cytotoxic concentrations, all three mercury species strongly disturbed poly(ADP-ribosyl)ation, a signalling reaction induced by DNA strand breaks. Interestingly, the molecular mechanism behind this inhibition seems to be different for the species. Since chronic PARP-1 inhibition is also discussed to sacrifice neurogenesis and learning abilities, further experiments on neurons and in vivo studies could be helpful to clarify whether the inhibition of poly(ADP-ribosyl)ation contributes to organic Hg induced neurotoxicity. KW - cell-death KW - poly(ADP-ribose) polymerase-1 KW - neurodegenerative diseases KW - adduct formation KW - thimerosal KW - methylmercury KW - repair KW - neurotoxicity KW - manganese KW - exposure Y1 - 2014 U6 - https://doi.org/10.1039/c3mt00337j SN - 1756-591X SN - 1756-5901 VL - 2014 IS - 6 SP - 662 EP - 671 ER - TY - GEN A1 - Pieper, Imke A1 - Wehe, Christoph A. A1 - Bornhorst, Julia A1 - Ebert, Franziska A1 - Leffers, Larissa A1 - Holtkamp, Michael A1 - Höseler, Pia A1 - Weber, Till A1 - Mangerich, Aswin A1 - Bürkle, Alexander A1 - Karst, Uwe A1 - Schwerdtle, Tanja T1 - Mechanisms of Hg species induced toxicity in cultured human astrocytes BT - genotoxicity and DNA-damage response N2 - The toxicologically most relevant mercury (Hg) species for human exposure is methylmercury (MeHg). Thiomersal is a common preservative used in some vaccine formulations. The aim of this study is to get further mechanistic insight into the yet not fully understood neurotoxic modes of action of organic Hg species. Mercury species investigated include MeHgCl and thiomersal. Additionally HgCl2 was studied, since in the brain mercuric Hg can be formed by dealkylation of the organic species. As a cellular system astrocytes were used. In vivo astrocytes provide the environment necessary for neuronal function. In the present study, cytotoxic effects of the respective mercuricals increased with rising alkylation level and correlated with their cellular bioavailability. Further experiments revealed for all species at subcytotoxic concentrations no induction of DNA strand breaks, whereas all species massively increased H2O2-induced DNA strand breaks. This co- genotoxic effect is likely due to a disturbance of the cellular DNA damage response. Thus, at nanomolar, sub-cytotoxic concentrations, all three mercury species strongly disturbed poly(ADP-ribosyl)ation, a signalling reaction induced by DNA strand breaks. Interestingly, the molecular mechanism behind this inhibition seems to be different for the species. Since chronic PARP-1 inhibition is also discussed to sacrifice neurogenesis and learning abilities, further experiments on neurons and in vivo studies could be helpful to clarify whether the inhibition of poly(ADP-ribosyl) ation contributes to organic Hg induced neurotoxicity. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - paper 171 KW - adduct formation KW - cell-death KW - exposure KW - manganese KW - methylmercury KW - neurodegenerative diseases KW - neurotoxicity KW - poly(ADP-ribose) polymerase-1 KW - repair KW - thimerosal Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-74379 SP - 662 EP - 671 ER - TY - THES A1 - Thiele, Sven T1 - Modeling biological systems with Answer Set Programming T1 - Modellierung biologischer Systeme mit Answer Set Programming N2 - Biology has made great progress in identifying and measuring the building blocks of life. The availability of high-throughput methods in molecular biology has dramatically accelerated the growth of biological knowledge for various organisms. The advancements in genomic, proteomic and metabolomic technologies allow for constructing complex models of biological systems. An increasing number of biological repositories is available on the web, incorporating thousands of biochemical reactions and genetic regulations. Systems Biology is a recent research trend in life science, which fosters a systemic view on biology. In Systems Biology one is interested in integrating the knowledge from all these different sources into models that capture the interaction of these entities. By studying these models one wants to understand the emerging properties of the whole system, such as robustness. However, both measurements as well as biological networks are prone to considerable incompleteness, heterogeneity and mutual inconsistency, which makes it highly non-trivial to draw biologically meaningful conclusions in an automated way. Therefore, we want to promote Answer Set Programming (ASP) as a tool for discrete modeling in Systems Biology. ASP is a declarative problem solving paradigm, in which a problem is encoded as a logic program such that its answer sets represent solutions to the problem. ASP has intrinsic features to cope with incompleteness, offers a rich modeling language and highly efficient solving technology. We present ASP solutions, for the analysis of genetic regulatory networks, determining consistency with observed measurements and identifying minimal causes for inconsistency. We extend this approach for computing minimal repairs on model and data that restore consistency. This method allows for predicting unobserved data even in case of inconsistency. Further, we present an ASP approach to metabolic network expansion. This approach exploits the easy characterization of reachability in ASP and its various reasoning methods, to explore the biosynthetic capabilities of metabolic reaction networks and generate hypotheses for extending the network. Finally, we present the BioASP library, a Python library which encapsulates our ASP solutions into the imperative programming paradigm. The library allows for an easy integration of ASP solution into system rich environments, as they exist in Systems Biology. N2 - In den letzten Jahren wurden große Fortschritte bei der Identifikation und Messung der Bausteine des Lebens gemacht. Die Verfügbarkeit von Hochdurchsatzverfahren in der Molekularbiology hat das Anwachsen unseres biologischen Wissens dramatisch beschleunigt. Durch die technische Fortschritte in Genomic, Proteomic und Metabolomic wurde die Konstruktion komplexer Modelle biologischer Systeme ermöglicht. Immer mehr biologische Datenbanken sind über das Internet verfügbar, sie enthalten tausende Daten biochemischer Reaktionen und genetischer Regulation. System Biologie ist ein junger Forschungszweig der Biologie, der versucht Biologische Systeme in ihrer Ganzheit zu erforschen. Dabei ist man daran interessiert möglichst viel Wissen aus den unterschiedlichsten Bereichen in ein Modell zu aggregieren, welches das Zusammenwirken der verschiedensten Komponenten nachbildet. Durch das Studium derartiger Modelle erhofft man sich ein Verständnis der aufbauenden Eigenschaften, wie zum Beispiel Robustheit, des Systems zu erlangen. Es stellt sich jedoch die Problematik, das sowohl die biologischen Modelle als auch die verfügbaren Messwerte, oft unvollständig, miteinander unvereinbar oder fehlerhaft sind. All dies macht es schwierig biologisch sinnvolle Schlussfolgerungen zu ziehen. Daher, möchten wir in dieser Arbeit Antwortmengen Programmierung (engl. Answer Set Programming; ASP) als Werkzeug zur diskreten Modellierung system biologischer Probleme vorschlagen. ASP verfügt über eingebaute Eigenschaften zum Umgang mit unvollständiger Information, eine reichhaltige Modellierungssprache und hocheffiziente Berechnungstechniken. Wir präsentieren ASP Lösungen zur Analyse von Netzwerken genetischer Regulierungen, zur Prüfung der Konsistenz mit gemessene Daten, und zur Identifikation von Gründen für Inkonsistenz. Diesen Ansatz erweitern wir um die Möglichkeit zur Berechnung minimaler Reparaturen an Modell und Daten, welche Konsistenz erzeugen. Mithilfe dieser Methode werden wir in die Lage versetzt, auch im Fall von Inkonsistenz, noch ungemessene Daten vorherzusagen. Weiterhin, präsentieren wir einen ASP Ansatz zur Analyse metabolischer Netzwerke. Bei diesem Ansatz, nutzen wir zum einen aus das sich Erreichbarkeit mit ASP leicht spezifizieren lässt und das ASP mehrere mächtige Methoden zur Schlussfolgerung bereitstellt, welche sich auch kombiniert lassen. Dadurch wird es möglich die Synthese Möglichkeiten eines Metabolischen Netzwerks zu erforschen und Hypothesen für Erweiterungen des metabolischen Netzwerks zu berechnen. Zu guter Letzt, präsentieren wir die BioASP Softwarebibliothek. Die BioASP-Bibliothek kapselt unsere ASP Lösungen in das imperative Programmierparadigma und vereinfacht eine Integration von ASP Lösungen in heterogene Betriebsumgebungen, wie sie in der System Biologie vorherrschen. KW - Antwortmengen Programmierung KW - System Biologie KW - Inkonsistenz KW - Unvollständigkeit KW - Reparatur KW - answer set programming KW - systems biology KW - inconsistency KW - incompleteness KW - repair Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-59383 ER -