TY - GEN A1 - Jones, Eppie R. A1 - González-Fortes, Gloria M. A1 - Connell, Sarah A1 - Siska, Veronika A1 - Eriksson, Anders A1 - Martiniano, Rui A1 - McLaughlin, Russell L. A1 - Llorente, Marcos Gallego A1 - Cassidy, Lara M. A1 - Gamba, Cristina A1 - Meshveliani, Tengiz A1 - Bar-Yosef, Ofer A1 - Müller, Werner A1 - Belfer-Cohen, Anna A1 - Matskevich, Zinovi A1 - Jakeli, Nino A1 - Higham, Thomas F. G. A1 - Currat, Mathias A1 - Lordkipanidze, David A1 - Hofreiter, Michael A1 - Manica, Andrea A1 - Pinhasi, Ron A1 - Bradley, Daniel G. T1 - Upper Palaeolithic genomes reveal deep roots of modern Eurasians T2 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe N2 - We extend the scope of European palaeogenomics by sequencing the genomes of Late Upper Palaeolithic (13,300 years old, 1.4-fold coverage) and Mesolithic (9,700 years old, 15.4-fold) males from western Georgia in the Caucasus and a Late Upper Palaeolithic (13,700 years old, 9.5-fold) male from Switzerland. While we detect Late Palaeolithic–Mesolithic genomic continuity in both regions, we find that Caucasus hunter-gatherers (CHG) belong to a distinct ancient clade that split from western hunter-gatherers ∼45 kya, shortly after the expansion of anatomically modern humans into Europe and from the ancestors of Neolithic farmers ∼25 kya, around the Last Glacial Maximum. CHG genomes significantly contributed to the Yamnaya steppe herders who migrated into Europe ∼3,000 BC, supporting a formative Caucasus influence on this important Early Bronze age culture. CHG left their imprint on modern populations from the Caucasus and also central and south Asia possibly marking the arrival of Indo-Aryan languages. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 1334 Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-439317 SN - 1866-8372 IS - 1334 ER - TY - GEN A1 - Hartmann, Stefanie A1 - Hasenkamp, Natascha A1 - Mayer, Jens A1 - Michaux, Johan A1 - Morand, Serge A1 - Mazzoni, Camila J. A1 - Roca, Alfred L. A1 - Greenwood, Alex D. T1 - Endogenous murine leukemia retroviral variation across wild European and inbred strains of house mouse T2 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe N2 - Background: Endogenous murine leukemia retroviruses (MLVs) are high copy number proviral elements difficult to comprehensively characterize using standard low throughput sequencing approaches. However, high throughput approaches generate data that is challenging to process, interpret and present. Results: Next generation sequencing (NGS) data was generated for MLVs from two wild caught Mus musculus domesticus (from mainland France and Corsica) and for inbred laboratory mouse strains C3H, LP/J and SJL. Sequence reads were grouped using a novel sequence clustering approach as applied to retroviral sequences. A Markov cluster algorithm was employed, and the sequence reads were queried for matches to specific xenotropic (Xmv), polytropic (Pmv) and modified polytropic (Mpmv) viral reference sequences. Conclusions: Various MLV subtypes were more widespread than expected among the mice, which may be due to the higher coverage of NGS, or to the presence of similar sequence across many different proviral loci. The results did not correlate with variation in the major MLV receptor Xpr1, which can restrict exogenous MLVs, suggesting that endogenous MLV distribution may reflect gene flow more than past resistance to infection. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 1329 KW - murine leukemia virus KW - endogenous retrovirus KW - Xpr1 KW - XMRV KW - genomic evolution KW - Markov cluster algorithm Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-431200 SN - 1866-8372 IS - 1329 ER - TY - GEN A1 - Elsner, Julia A1 - Schibler, Jörg A1 - Hofreiter, Michael A1 - Schlumbaum, Angela T1 - Burial condition is the most important factor for mtDNA PCR amplification success in Palaeolithic equid remains from the Alpine foreland T2 - Postprints der Universität Potsdam Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe N2 - Faunal remains from Palaeolithic sites are important genetic sources to study preglacial and postglacial populations and to investigate the effect of climate change and human impact. Post mortem decay, resulting in fragmented and chemically modified DNA, is a key obstacle in ancient DNA analyses. In the absence of reliable methods to determine the presence of endogenous DNA in sub-fossil samples, temporal and spatial surveys of DNA survival on a regional scale may help to estimate the potential of faunal remains from a given time period and region. We therefore investigated PCR amplification success, PCR performance and post mortem damage in c. 47,000 to c. 12,000-year-old horse remains from 14 Palaeolithic sites along the Swiss Jura Mountains in relation to depositional context, tissue type, storage time and age, potentially influencing DNA preservation. The targeted 75 base pair mitochondrial DNA fragment could be amplified solely from equid remains from caves and not from any of the open dry and (temporary) wetland sites. Whether teeth are better than bones cannot be ultimately decided; however, both storage time after excavation and age significantly affect PCR amplification and performance, albeit not in a linear way. This is best explained by the—inevitable—heterogeneity of the data set. The extent of post mortem damage is not related to any of the potential impact factors. The results encourage comprehensive investigations of Palaeolithic cave sites, even from temperate regions. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 727 KW - ancient DNA KW - DNA preservation KW - horse KW - cave KW - Switzerland Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-429763 SN - 1866-8372 IS - 727 SP - 505 EP - 515 ER - TY - GEN A1 - Üstün, Suayib A1 - Bartetzko, Verena A1 - Börnke, Frederik T1 - The Xanthomonas effector XopJ triggers a conditional hypersensitive response upon treatment of N. benthamiana leaves with salicylic acid T2 - Frontiers in plant science N2 - XopJ is a Xanthomonas type III effector protein that promotes bacterial virulence on susceptible pepper plants through the inhibition of the host cell proteasome and a resultant suppression of salicylic acid (SA) - dependent defense responses. We show here that Nicotiana benthamiana leaves transiently expressing XopJ display hypersensitive response (HR) -like symptoms when exogenously treated with SA. This apparent avirulence function of XopJ was further dependent on effector myristoylation as well as on an intact catalytic triad, suggesting a requirement of its enzymatic activity for HR-like symptom elicitation. The ability of XopJ to cause a HR-like symptom development upon SA treatment was lost upon silencing of SGT1 and NDR1, respectively, but was independent of EDS1 silencing, suggesting that XopJ is recognized by an R protein of the CC-NBS-LRR class. Furthermore, silencing of NPR1 abolished the elicitation of HR-like symptoms in XopJ expressing leaves after SA application. Measurement of the proteasome activity indicated that proteasome inhibition by XopJ was alleviated in the presence of SA, an effect that was not observed in NPR1 silenced plants. Our results suggest that XopJ - triggered HR-like symptoms are closely related to the virulence function of the effector and that XopJ follows a two-signal model in order to elicit a response in the non-host plant N. benthamiana. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 432 KW - Xanthomonas KW - type-III effector KW - XopJ KW - avirulence KW - salicylic acid Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-406537 ER - TY - GEN A1 - Kehr, Jan-Christoph A1 - Dittmann-Thünemann, Elke T1 - Biosynthesis and function of extracellular glycans in cyanobacteria N2 - The cell surface of cyanobacteria is covered with glycans that confer versatility and adaptability to a multitude of environmental factors. The complex carbohydrates act as barriers against different types of stress and play a role in intra- as well as inter-species interactions. In this review, we summarize the current knowledge of the chemical composition, biosynthesis and biological function of exo- and lipo-polysaccharides from cyanobacteria and give an overview of sugar-binding lectins characterized from cyanobacteria. We discuss similarities with well-studied enterobacterial systems and highlight the unique features of cyanobacteria. We pay special attention to colony formation and EPS biosynthesis in the bloom-forming cyanobacterium, Microcystis aeruginosa. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 346 KW - cyanobacteria KW - exopolysaccharides KW - lipopolysaccharides KW - colony formation Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-400121 ER - TY - GEN A1 - McKenna, Shane M. A1 - Leimkühler, Silke A1 - Herter, Susanne A1 - Turner, Nicholas J. A1 - Carnell, Andrew J. T1 - Enzyme cascade reactions BT - synthesis of furandicarboxylic acid (FDCA) and carboxylic acids using oxidases in tandem N2 - A one-pot tandem enzyme reaction using galactose oxidase M3–5 and aldehyde oxidase PaoABC was used to convert hydroxymethylfurfural (HMF) to the pure bioplastics precursor FDCA in 74% isolated yield. A range of alcohols was also converted to carboxylic acids in high yield under mild conditions. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 300 Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-102271 SP - 3271 EP - 3275 ER - TY - GEN A1 - Muiño, Jose M. A1 - de Bruijn, Suzanne A1 - Pajoro, Alice A1 - Geuten, Koen A1 - Vingron, Martin A1 - Angenent, Gerco C. A1 - Kaufmann, Kerstin T1 - Evolution of DNA-Binding Sites of a Floral Master Regulatory Transcription Factor N2 - Flower development is controlled by the action of key regulatory transcription factors of the MADS-domain family. The function of these factors appears to be highly conserved among species based on mutant phenotypes. However, the conservation of their downstream processes is much less well understood, mostly because the evolutionary turnover and variation of their DNA-binding sites (BSs) among plant species have not yet been experimentally determined. Here, we performed comparative ChIP (chromatin immunoprecipitation)-seq experiments of the MADS-domain transcription factor SEPALLATA3 (SEP3) in two closely related Arabidopsis species: Arabidopsis thaliana and A. lyrata which have very similar floral organ morphology. We found that BS conservation is associated with DNA sequence conservation, the presence of the CArG-box BS motif and on the relative position of the BS to its potential target gene. Differences in genome size and structure can explain that SEP3 BSs in A. lyrata can be located more distantly to their potential target genes than their counterparts in A. thaliana. In A. lyrata, we identified transposition as a mechanism to generate novel SEP3 binding locations in the genome. Comparative gene expression analysis shows that the loss/gain of BSs is associated with a change in gene expression. In summary, this study investigates the evolutionary dynamics of DNA BSs of a floral key-regulatory transcription factor and explores factors affecting this phenomenon. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 261 KW - MADS-domain transcription factor KW - cis-regulatory evolution KW - plant development Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-96580 SP - 1225 EP - 1245 ER - TY - GEN A1 - Kappel, Christian A1 - Trost, Gerda A1 - Czesnick, Hjördis A1 - Ramming, Anna A1 - Kolbe, Benjamin A1 - Vi, Song Lang A1 - Bispo, Cláudia A1 - Becker, Jörg D. A1 - de Moor, Cornelia A1 - Lenhard, Michael T1 - Genome-Wide Analysis of PAPS1-Dependent Polyadenylation Identifies Novel Roles for Functionally Specialized Poly(A) Polymerases in Arabidopsis thaliana N2 - The poly(A) tail at 3’ ends of eukaryotic mRNAs promotes their nuclear export, stability and translational efficiency, and changes in its length can strongly impact gene expression. The Arabidopsis thaliana genome encodes three canonical nuclear poly(A) polymerases, PAPS1, PAPS2 and PAPS4. As shown by their different mutant phenotypes, these three isoforms are functionally specialized, with PAPS1 modifying organ growth and suppressing a constitutive immune response. However, the molecular basis of this specialization is largely unknown. Here, we have estimated poly(A)-tail lengths on a transcriptome-wide scale in wild-type and paps1 mutants. This identified categories of genes as particularly strongly affected in paps1 mutants, including genes encoding ribosomal proteins, cell-division factors and major carbohydrate-metabolic proteins. We experimentally verified two novel functions of PAPS1 in ribosome biogenesis and redox homoeostasis that were predicted based on the analysis of poly(A)-tail length changes in paps1 mutants. When overlaying the PAPS1-dependent effects observed here with coexpression analysis based on independent microarray data, the two clusters of transcripts that are most closely coexpressed with PAPS1 show the strongest change in poly(A)-tail length and transcript abundance in paps1 mutants in our analysis. This suggests that their coexpression reflects at least partly the preferential polyadenylation of these transcripts by PAPS1 versus the other two poly(A)-polymerase isoforms. Thus, transcriptome-wide analysis of poly(A)-tail lengths identifies novel biological functions and likely target transcripts for polyadenylation by PAPS1. Data integration with large-scale co-expression data suggests that changes in the relative activities of the isoforms are used as an endogenous mechanism to co-ordinately modulate plant gene expression. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 259 KW - comprehensive analysis KW - cytoplasmic polyadenylation KW - differential expression analysis KW - gene-expression KW - mammalian-cells KW - messenger-rna polyadenylation KW - poly(a)-binding protein KW - specificity factor KW - tail-length KW - translational control Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-96400 SP - 1 EP - 30 ER - TY - THES A1 - Kreibich, Christoph T1 - Erucasäure in Brassica napus L. - ein phänotypisches Merkmal im Genetikunterricht und ihr Nachweis mit Hilfe von Papierchromatographie T1 - Erucic acid in Brassica napus L. - a phenotypic trait in genetics and their detection by paper chromatography N2 - Erucic acid is a mono-unsaturated fatty acid that is naturally found in large quantities in seeds of rapeseed (Brassica napus L.) and other Brassica species. Erucic acid represents an important resource in the industry, however, due to its injurious effects on the heart muscle, this fatty acid is considered to be nutritionally harmful. Therefore, new high quality rapeseed cultivars were bred in order to eliminate the content of erucic acid in rapeseed oil at the end of the 20th century. In the breeding process, paper chromatography was used for the distinction between seeds with high and low content of erucic acid. Here, this outdated method was revised and optimized for educational purposes. By means of paper chromatography the qualitative content of erucic acid and four other unsaturated fatty acids was analyzed in rapeseed and linseed. The character ‘erucic acid content’, determined by two additive genes, can be used as a practical example of a phenotypic marker in school lessons, for instance, in the course 'achievement of plant breeding'. Thus, this qualitative analysis of erucic acid content enables the teacher to connect classical genetics with modern methods of plant genetics. N2 - Erucasäure ist eine einfach ungesättigte Fettsäure, die sich in großer Menge im Samen von Raps und anderen Kreuzblütlern findet. Ernährungsphysiologisch gilt sie als problematisch, da sie eine nachweislich schädliche Wirkung auf die Herzmuskulatur hat. Daher wurde sie im Laufe des 20. Jahrhunderts zum größten Teil aus dem Deutschen Winterraps durch Züchtung fast vollständig eliminiert. In einigen Zweigen der Industrie ist sie jedoch weiterhin ein bedeutender Rohstoff. In dieser Arbeit wird die Papierchromatographie als kostengünstige Methode zur Trennung von Fettsäuren vorgestellt, welche auch im Schulunterricht angewendet werden kann. Diese veraltete Methode wurde reaktiviert und für die vorliegenden Zwecke optimiert. Mit Hilfe der hier beschriebenen Papierchromatographie lassen sich sowohl Rapssamen auf ihren qualitativen Gehalt an Erucasäure untersuchen, als auch eine Vielzahl von ungesättigten Fettsäuren in Raps- und auch Leinsamen qualitativ nachweisen. Es ist so möglich erucasäurefreie und erucasäurehaltige Rapssamen auf dem Papier zu unterscheiden. Der Gehalt an Erucasäure, welcher von nur zwei additiv wirkenden Genen gesteuert wird, kann im Schulunterricht z.B. im Themenbereich „Errungenschaften der Pflanzenzüchtung“ als praktisches Beispiels herangezogen werden. Durch die hier beschriebene Methode können die Mendelschen Regeln anhand dieses phänotypischen Merkmals erarbeitet oder vertieft werden. Zudem ermöglicht die praktische Untersuchung von Erucasäure themenübergreifendes Arbeiten im Biologieunterricht, da sie klassische Genetik mit moderner Pflanzenzüchtung verbindet. KW - Erucasäure KW - Genetik KW - Fettsäure KW - Papierchromatographie KW - Brassica napus L. KW - Rapssamen KW - erucic acid KW - genetic KW - fatty acid KW - paper chromatography KW - Brassica napus L. KW - rape seed Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-93341 ER - TY - GEN A1 - Sicard, Adrien A1 - Kappel, Christian A1 - Josephs, Emily B. A1 - Wha Lee, Young A1 - Marona, Cindy A1 - Stinchcombe, John R. A1 - Wright, Stephen I. A1 - Lenhard, Michael T1 - Divergent sorting of a balanced ancestral polymorphism underlies the establishment of gene-flow barriers in Capsella N2 - In the Bateson–Dobzhansky–Muller model of genetic incompatibilities post-zygotic gene-flow barriers arise by fixation of novel alleles at interacting loci in separated populations. Many such incompatibilities are polymorphic in plants, implying an important role for genetic drift or balancing selection in their origin and evolution. Here we show that NPR1 and RPP5 loci cause a genetic incompatibility between the incipient species Capsella grandiflora and C. rubella, and the more distantly related C. rubella and C. orientalis. The incompatible RPP5 allele results from a mutation in C. rubella, while the incompatible NPR1 allele is frequent in the ancestral C. grandiflora. Compatible and incompatible NPR1 haplotypes are maintained by balancing selection in C. grandiflora, and were divergently sorted into the derived C. rubella and C. orientalis. Thus, by maintaining differentiated alleles at high frequencies, balancing selection on ancestral polymorphisms can facilitate establishing gene-flow barriers between derived populations through lineage sorting of the alternative alleles. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 231 Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-93568 ER - TY - GEN A1 - Valente, Luis M. A1 - Phillimore, Albert B. A1 - Etienne, Rampal S. T1 - Equilibrium and non-equilibrium dynamics simultaneously operate in the Galápagos islands N2 - Island biotas emerge from the interplay between colonisation, speciation and extinction and are often the scene of spectacular adaptive radiations. A common assumption is that insular diversity is at a dynamic equilibrium, but for remote islands, such as Hawaii or Galápagos, this idea remains untested. Here, we reconstruct the temporal accumulation of terrestrial bird species of the Galápagos using a novel phylogenetic method that estimates rates of biota assembly for an entire community. We show that species richness on the archipelago is in an ascending phase and does not tend towards equilibrium. The majority of the avifauna diversifies at a slow rate, without detectable ecological limits. However, Darwin's finches form an exception: they rapidly reach a carrying capacity and subsequently follow a coalescent-like diversification process. Together, these results suggest that avian diversity of remote islands is rising, and challenge the mutual exclusivity of the non-equilibrium and equilibrium ecological paradigms. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 230 KW - Community assembly KW - diversification KW - dynamic equilibrium KW - island biogeography KW - phylogeny Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-93525 ER - TY - THES A1 - Liebrich, Marietta T1 - Einfluss von Prozessoptimierungen auf die mikrobielle Diversität und die Effizienz der Gasbildung in Co-Vergärungsanlagen der Abfallwirtschaft T1 - Influence of process optimizations on the microbial diversity and the efficiency of the gas production in co-fermentation plants of waste management N2 - Im Hinblick auf die Problematik der Umweltverschmutzung durch die Nutzung fossiler Brennstoffe ist es nötig, eine langfristig stabile und umweltfreundliche Energieversorgung zu gewährleisten. Eine Möglichkeit, den Energiebedarf CO2-neutral zu decken, ist die Nutzung von Biogas. Hierbei spielt der Einsatz von biogenen Reststoffen, die durch einen hohen Anteil an Kohlenhydraten, Fetten und Proteinen gekennzeichnet sind und daher ein hohes Biogaspotential besitzen, eine wichtige Rolle. Voraussetzung für die Effizienz und Rentabilität solcher Anlagen ist u. a. ein stabiler Gasbildungsprozess. Da bisher noch nicht alle Aspekte der Biogasbildung vollständig verstanden sind, werden die Anlagen oft nicht optimal ausgelastet, um Prozessstörungen wie z. B. Übersäuerung zu vermeiden. Um dennoch auftretende Prozessstörungen zu beheben, können unterschiedliche Maßnahmen durchgeführt werden. Neben der Senkung der Raumbelastung, ist es möglich, den pH-Wert durch die Zugabe von Natronlauge oder Calciumoxid anzuheben. In der vorliegenden Arbeit wurden sowohl Prozessstörungen als auch Prozessregenerierungen an einer großtechnischen Biogasanlage und in Laborversuchen untersucht. Dabei galt es, neben den physikalischen und chemischen Parametern, die mikrobielle Biozönose mit Hilfe des genetischen Fingerprintings zu charakterisieren und Änderungen zu detektieren. Während der Prozessregenerierungen wurden nach der Zugabe von CaO Veränderungen des Gärrestes beobachtet. Es bildeten sich Pellets, die im Hinblick auf ihre Funktion für die Prozessregenerierung und die Prozessstabilität molekularbiologisch und mikroskopisch untersucht wurden. Es wurde weiterhin der Frage nachgegangen, welche Rolle die Mikroorganismen bei der Entstehung der Pellets spielen. Die vor allem aus Calcium und Fettsäuren bestehenden Pellets dienten als Aufwuchsflächen für verschiedene Mikroorganismen. Die Bildung von Biofilmen, wie sie auf und in den Pellets nachgewiesen wurde, bot für Mikroorganismen einen Schutz vor negativen Umwelteinflüssen wie z. B. hohe Propionsäurekonzentrationen. Unter diesen günstigen Bedingungen war die Bildung von Biogas auch unter hohen Wasserstoffpartialdrücken, die den Abbau von Propionsäure hemmten, möglich. Als Indikator für bessere Lebensbedingungen wurde im Laborversuch ein Methanoculleus receptaculi-verwandter Organismus identifiziert. Dieses methanogene Archaeon wurde im Pellet nachgewiesen, während es im Gärrest erst nach der Prozessregenerierung detektiert wurde. Der Nachweis eines im Vergleich zum umgebenden Gärrest höheren Anteils an Archaeen im Kern der Pellets sowie von Biofilmen/EPS, verschiedenen Phosphatsalzen und schwerlöslichen Calciumsalzen zeigte, dass sowohl Präzipitation und Adsorption als auch Degradation von LCFA dazu führen, dass deren Konzentration im flüssigen Gärrest gesenkt wird. Dadurch nimmt die Hemmung auf die Biozönose ab und die Biogasbildungsrate steigt. Daher ist der Abbau der Fettsäuren auch bei einem niedrigen pH-Wert und unter hohen Wasserstoffpartialdrücken möglich und der Biogasbildungsprozess ist langfristig stabil. Die Bildung von Pellets unterstützt die Prozessstabilität, sofern diese nicht zu groß werden und dann u. a. die Durchmischung behindern und den Ablauf verstopfen. Nach erfolgreicher Prozessstabilisierung wurden keine Pellets im Gärrest beobachtet. Der Abbau des organischen Materials wurde sowohl durch die steigende Calciumkonzentration als auch die steigende Gasproduktion angezeigt. N2 - In regard to the problems of the environmental pollution with the use of fossil fuels it is necessary to guarantee a long term stable and environment-friendly energy supply. The production of biogas of such organic substances as waste or renewable raw materials is an economically and ecologically interesting option, intended to reduce the effects of climate change, due to increased CO2 emissions and to replace traditional fossil fuels. The use of biogenic residues plays an important role, as they are characterised by a high amount of carbohydrates, fats and proteins and therefore have a high biogas potential. To optimise the efficiency and reliability of biogas plants, it is important to ensure a process of stable gas production. However, many aspects of the biogas production process are still unknown. Thus, biogas plants are often run below their maximum loading rate to prevent process failures. To solve occurring process failures different counter measures can be performed such as decrease of the organic loading rate or raise the pH by adding sodium hydroxide or calcium oxide. In this work, both process failures and process recovery were studied in a large-scale biogas plant and in laboratory experiments. Physical and chemical parameters were examined, and using genetic fingerprinting the microbial biocenosis was characterised and changes were detected. During the deacidification process with CaO, the structure of the digestate changed, and pellets were observed. These were examined by molecular biology and microscopy, in terms of their function for the process recovery and process stability. Furthermore the role of microorganisms in the formation of these pellets was investigated. The pellets consisted predominantly of calcium and fatty acids and were providing a large surface for microbial growth. The detected biofilms out and inside the pellets were offering a protection from environmental influences, such as high propionic acid concentrations. These favourable conditions enabled the formation of biogas in the pellets, despite a hydrogen partial pressure in the digestate that was far too high for an energy gaining degradation of propionic acid. As an indicator of better living conditions, a Methanoculleus receptaculi-related organism was identified in laboratory studies. This methanogenic archaea was detected in the pellet during overacidification but only after process recovery in the digestate. The proof of higher abundance of archaea in the core of the pellets as well as the detection of biofilms/EPS, different phosphate minerals and sparingly soluble calcium salts indicates that both precipitation and adsorption and degradation of LCFA cause their decreasing concentration in the liquid digestate. This decreases the inhibition of the microbial biocenosis, and the biogas production rate increases. Therefore, the degradation of fatty acids is also possible with a low pH and high hydrogen partial pressures and the biogas production process is long-term stable. The formation of pellets supports process stability, providing that these are not too big and hamper the mixing or clog the drain. After successful process recovery no pellets were observed in the digestate. The degradation of organic material was evidenced by both the increasing calcium concentration and increasing gas production rate. KW - Biogas KW - biogas KW - Übersäuerung KW - overacidification KW - Prozessregenerierung KW - process recovery KW - Phosphat akkumulierende Organismen KW - phosphate accumulating organisms KW - Pelletbildung KW - granule formation Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-91066 ER - TY - THES A1 - Olszewska, Agata T1 - Forming magnetic chain with the help of biological organisms T1 - Die Bildung magnetischer Kettenstrukturen mit Hilfe biologischer Organismen N2 - Magnetite nanoparticles and their assembly comprise a new area of development for new technologies. The magnetic particles can interact and assemble in chains or networks. Magnetotactic bacteria are one of the most interesting microorganisms, in which the assembly of nanoparticles occurs. These microorganisms are a heterogeneous group of gram negative prokaryotes, which all show the production of special magnetic organelles called magnetosomes, consisting of a magnetic nanoparticle, either magnetite (Fe3O4) or greigite (Fe3S4), embedded in a membrane. The chain is assembled along an actin-like scaffold made of MamK protein, which makes the magnetosomes to arrange in mechanically stable chains. The chains work as a compass needle in order to allow cells to orient and swim along the magnetic field of the Earth. The formation of magnetosomes is known to be controlled at the molecular level. The physico–chemical conditions of the surrounding environment also influence biomineralization. The work presented in this manuscript aims to understand how such external conditions, in particular the extracellular oxidation reduction potential (ORP) influence magnetite formation in the strain Magnetospirillum magneticum AMB-1. A controlled cultivation of the microorganism was developed in a bioreactor and the formation of magnetosomes was characterized. Different techniques have been applied in order to characterize the amount of iron taken up by the bacteria and in consequence the size of magnetosomes produced at different ORP conditions. By comparison of iron uptake, morphology of bacteria, size and amount of magnetosomes per cell at different ORP, the formation of magnetosomes was inhibited at ORP 0 mV, whereas reduced conditions, ORP – 500 mV facilitate biomineralization process. Self-assembly of magnetosomes occurring in magnetotactic bacteria became an inspiration to learn from nature and to construct nanoparticles assemblies by using the bacteriophage M13 as a template. The M13 bacteriophage is an 800 nm long filament with encapsulated single-stranded DNA that has been recently used as a scaffold for nanoparticle assembly. I constructed two types of assemblies based on bacteriophages and magnetic nanoparticles. A chain – like assembly was first formed where magnetite nanoparticles are attached along the phage filament. A sperm – like construct was also built with a magnetic head and a tail formed by phage filament. The controlled assembly of magnetite nanoparticles on the phage template was possible due to two different mechanism of nanoparticle assembly. The first one was based on the electrostatic interactions between positively charged polyethylenimine coated magnetite nanoparticles and negatively charged phages. The second phage –nanoparticle assembly was achieved by bioengineered recognition sites. A mCherry protein is displayed on the phage and is was used as a linker to a red binding nanobody (RBP) that is fused to the one of the proteins surrounding the magnetite crystal of a magnetosome. Both assemblies were actuated in water by an external magnetic field showing their swimming behavior and potentially enabling further usage of such structures for medical applications. The speed of the phage - nanoparticles assemblies are relatively slow when compared to those of microswimmers previously published. However, only the largest phage-magnetite assemblies could be imaged and it is therefore still unclear how fast these structures can be in their smaller version. N2 - Magnetit-Nanopartikel (Fe3O4) und deren Anordnungen umfassen einen neuen Bereich in der Entwicklung neuer Technologien. Diese magnetischen Teilcheninteragieren miteinander und unter bestimmten Umständen lassen sie sich in Ketten anordnen. Magnetotaktische Bakterien stellen eine Gruppeinteressanter Mikroorganismen dar, in welchen ebendiese kettenförmige Anordnung von Nanopartikeln vorkommt. Diese Mikroorgansimen gehören zu einer heterogenen Gruppe an Gram negativen Prokaryoten, welche die Produktion von speziellen magnetischen Organellen, den sogenannten Magnetosomen, aufweist. Die Magnetosomen bestehen entweder aus Magnetit- oder Greigit (Fe3S4)- Nanopartikeln, welche in einer Membran eingebettet sind. Die Kette ist entlang eines Aktin ähnlichen Gerüstes angeordnet, welches aus dem Protein MamK besteht und dafür verantwortlich ist, dass sich die Magnetosomen in mechanisch stabilen Ketten arrangieren können. Diese Ketten fungieren als Kompass Nadeln und ermöglichen es den Zellen sich entlang des Magnetfeldes der Erde zuorientieren. Es ist bekannt, dass die Bildung der Magnetosomen auf molekularer Ebene kontrolliert wird. Die physiko-chemischen Bedingungen der direkten Umgebung beeinflussen die Biomineralisierung. Die in diesem Manuskript vorgestellte Arbeit setzt sich zum Ziel, die äußeren Bedingungen, im Speziellen der Einfluss des extrazellulären Oxidations- und Reduktions-Potentials (ORP) auf die Magnetit Bildung im Bakterienstamm Magnetospirillum magneticum AMB-1 besser zu verstehen. Eine kontrollierte Anzucht des Mikroorganismus wurde im Bioreaktor entwickelt und die Magnetosomenbildung wurden charakterisiert. Unter verschiedenen ORP-Bedingungen wurde untersucht, wieviel Eisen von den Bakterien aufgenommen wird und welche Auswirkungen das auf die Zahl und Größe der Magnetosomen hat. Untersucht man die Parameter Eisenaufnahme, Morphologie der Bakterien, Größe und Menge der Magnetosomen pro Zelle kommt man zu dem Schluss, dass die Magnetosomenbildung bei einem ORP von 0 mV inhibiert wird, wobei reduzierende Bedingungen bei einem ORP von -500 mV den Biomineralisationsprozess fördern. Inspiriert von der Fähigkeit der Selbstorganisation von Magnetosomen in MTB wurde versucht Nanopartikel-Anordnungen mit Hilfe des Bakteriophagen M13 als Vorlage zu konstruieren. Der Bakteriophage M13 ist ein 800 nm langes Filament mit eingekapselter einzelsträngiger DNA und wurde schon zuvor als Gerüst für Nanopartikel-Konstrukte verwendet. Ich habe zwei Typen von Anordnungen basierend auf Bakteriophagen und magnetischen Nanopartikeln konstruiert. Es wurde eine kettenartige Struktur, an der magnetische Nanopartikel entlang eines Phagenfilamentes angebracht sind und ein spermienähnliches Konstrukt mit einem magnetischen Kopf und einem Phagenfilament als Schwanz, entwickelt. Um eine kontrollierte Anordnung von Magnetit-Nanopartikeln an den Phagen zu ermöglichen, wurden zwei verschiedene Ansätze verfolgt. Der erste basierte auf elektrostatischen Wechselwirkungen zwischen den mit positiv geladenem Polyethylenimin dekorierten Magnetit-Nanopartikeln und den negativ geladenen Phagen. Das zweite Phagen-Nanopartikel-Konstrukt wurde mit Hilfe von biologisch veränderten Erkennungsseiten hergestellt. Die Phagen weisen ein mCherry Protein auf, welches als Verbindungsstück für den red binding nanobody (RBP) verwendet wurde. Dieser wurde mit einem der Proteine fusioniert, welches die Magnetit Kristalle der Magnetosomen umhüllt. Beide Konstrukte wurden mit Hilfe eines externen Magnetfeldes im Wasser angeregt, wobei sich ihr Schwimmverhalten und das Potential für medizinische Anwendungen dieser Strukturen zeigten. Die Geschwindigkeit der Phagen-Nanopartikel-Konstrukte war im Vergleich zu den bisher veröffentlichten Mikroschwimmern relativ langsam. Es konnten jedoch nur die größten Phagen-Magnetit-Konstrukte visualisiert werden, wodurch die Geschwindigkeit der kleineren Versionen dieser Strukturen noch unklar bleibt. KW - nanoparticles KW - phages KW - nanoparticles assembly KW - magnetotactic bacteria KW - Nanopartikel KW - magnetotaktische Bakterien KW - magnetite Ketter KW - Bakteriophagen Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-89767 ER - TY - THES A1 - Lischke, Betty T1 - Food web regulation under different forcing regimes in shallow lakes T1 - Nahrungsnetzregulation unter verschiedenen Einflussfaktoren in Flachseen BT - synthesis and modelling BT - Synthese und Modellierung N2 - The standing stock and production of organismal biomass depends strongly on the organisms’ biotic environment, which arises from trophic and non-trophic interactions among them. The trophic interactions between the different groups of organisms form the food web of an ecosystem, with the autotrophic and bacterial production at the basis and potentially several levels of consumers on top of the producers. Feeding interactions can regulate communities either by severe grazing pressure or by shortage of resources or prey production, termed top-down and bottom-up control, respectively. The limitations of all communities conglomerate in the food web regulation, which is subject to abiotic and biotic forcing regimes arising from external and internal constraints. This dissertation presents the effects of alterations in two abiotic, external forcing regimes, terrestrial matter input and long-lasting low temperatures in winter. Diverse methodological approaches, a complex ecosystem model study and the analysis of two whole-lake measurements, were performed to investigate effects for the food web regulation and the resulting consequences at the species, community and ecosystem scale. Thus, all types of organisms, autotrophs and heterotrophs, at all trophic levels were investigated to gain a comprehensive overview of the effects of the two mentioned altered forcing regimes. In addition, an extensive evaluation of the trophic interactions and resulting carbon fluxes along the pelagic and benthic food web was performed to display the efficiencies of the trophic energy transfer within the food webs. All studies were conducted in shallow lakes, which is worldwide the most abundant type of lakes. The specific morphology of shallow lakes allows that the benthic production contributes substantially to the whole-lake production. Further, as shallow lakes are often small they are especially sensitive to both, changes in the input of terrestrial organic matter and the atmospheric temperature. Another characteristic of shallow lakes is their appearance in alternative stable states. They are either in a clear-water or turbid state, where macrophytes and phytoplankton dominate, respectively. Both states can stabilize themselves through various mechanisms. These two alternative states and stabilizing mechanisms are integrated in the complex ecosystem model PCLake, which was used to investigate the effects of the enhanced terrestrial particulate organic matter (t-POM) input to lakes. The food web regulation was altered by three distinct pathways: (1) Zoobenthos received more food, increased in biomass which favored benthivorous fish and those reduced the available light due to bioturbation. (2) Zooplankton substituted autochthonous organic matter in their diet by suspended t-POM, thus the autochthonous organic matter remaining in the water reduced its transparency. (3) T-POM suspended into the water and reduced directly the available light. As macrophytes are more light-sensitive than phytoplankton they suffered the most from the lower transparency. Consequently, the resilience of the clear-water state was reduced by enhanced t-POM inputs, which makes the turbid state more likely at a given nutrient concentration. In two subsequent winters long-lasting low temperatures and a concurrent long duration of ice coverage was observed which resulted in low overall adult fish biomasses in the two study lakes – Schulzensee and Gollinsee, characterized by having and not having submerged macrophytes, respectively. Before the partial winterkill of fish Schulzensee allowed for a higher proportion of piscivorous fish than Gollinsee. However, the partial winterkill of fish aligned both communities as piscivorous fish are more sensitive to low oxygen concentrations. Young of the year fish benefitted extremely from the absence of adult fish due to lower predation pressure. Therefore, they could exert a strong top-down control on crustaceans, which restructured the entire zooplankton community leading to low crustacean biomasses and a community composition characterized by copepodites and nauplii. As a result, ciliates were released from top-down control, increased to high biomasses compared to lakes of various trophic states and depths and dominated the zooplankton community. While being very abundant in the study lakes and having the highest weight specific grazing rates among the zooplankton, ciliates exerted potentially a strong top-down control on small phytoplankton and particle-attached bacteria. This resulted in a higher proportion of large phytoplankton compared to other lakes. Additionally, the phytoplankton community was evenly distributed presumably due to the numerous fast growing and highly specific ciliate grazers. Although, the pelagic food web was completely restructured after the subsequent partial winterkills of fish, both lakes were resistant to effects of this forcing regime at the ecosystem scale. The consistently high predation pressure on phytoplankton prevented that Schulzensee switched from the clear-water to the turbid state. Further mechanisms, which potentially stabilized the clear-water state, were allelopathic effects by macrophytes and nutrient limitation in summer. The pelagic autotrophic and bacterial production was an order of magnitude more efficient transferred to animal consumers than the respective benthic production, despite the alterations of the food web structure after the partial winterkill of fish. Thus, the compiled mass-balanced whole-lake food webs suggested that the benthic bacterial and autotrophic production, which exceeded those of the pelagic habitat, was not used by animal consumers. This holds even true if the food quality, additional consumers such as ciliates, benthic protozoa and meiobenthos, the pelagic-benthic link and the potential oxygen limitation of macrobenthos were considered. Therefore, low benthic efficiencies suggest that lakes are primarily pelagic systems at least at the animal consumer level. Overall, this dissertation gives insights into the regulation of organism groups in the pelagic and benthic habitat at each trophic level under two different forcing regimes and displays the efficiency of the carbon transfer in both habitats. The results underline that the alterations of external forcing regimes affect all hierarchical level including the ecosystem. N2 - Die Produktion neuer Organismenbiomasse bildet die Grundlage allen Lebens und hängt von zahlreichen Faktoren, wie den trophischen Interaktionen, ab. Diese limitieren Organismengemeinschaften entweder durch starken Fraß oder begrenzte Ressourcenverfügbarkeit, genannt top-down beziehungsweise bottom-up Kontrolle. Die Nahrungsnetzregulation umfasst die trophischen Interaktionen des Nahrungsnetzes. In dieser Dissertation wurde die Beeinflussung der Nahrungsnetzregulation durch die externen, abiotischen Einflussfaktoren (1) erhöhter Eintrag terrestrischen Kohlenstoffs und (2) lang anhaltende niedrige Temperaturen im Winter in Flachseen untersucht. Flachseen sind aufgrund ihrer Morphometrie sensitiv gegenüber diesen Einflussfaktoren, durch einen erheblichen Anteil benthischer Produktion an der Gesamtseeproduktion gekennzeichnet und treten im trüben oder klaren Zustand auf. Der erhöhte Eintrag terrestrischen Kohlenstoffs in Flachseen verringerte die Resilienz des klaren, Makrophyten dominierten Sees. Unter Nutzung eines komplexen Ökosystemmodells konnten verschiedene Wirkmechanismen dargestellt werden, die jeweils die Lichtverfügbarkeit für Makrophyten reduzierten. Dabei wirkte der zusätzliche terrestrische Kohlenstoff als Nahrungszuschuss für bottom-up kontrollierte benthische Konsumenten, wohingegen top-down kontrollierte pelagische Konsumenten autochthone Nahrungsquellen durch terrestrischen Kohlenstoff ersetzten. Niedrige Temperaturen im Winter verursachten lang anhaltende Eisbedeckung und somit ein Sauerstoffdefizit in beiden Untersuchungsseen. Dies führte zu einem Fischsterben, bei welchem der Anteil piscivorer Fische des Makrophyten dominierten Sees überproportional stark abnahm. Die Fischgemeinschaft beider Seen wurde ähnlicher und war insgesamt von 0+ Fischen gekennzeichnet, welche eine starke top-down Kontrolle auf die Crustaceen ausübten, was diese dezimierte und Ciliaten vom Fraßdruck befreite. Die Zooplanktongemeinschaft wurde von Ciliaten dominiert, welche durch hohe Fraßraten den Biomasseaufbau von Teilen des Phytoplanktons und den Bakterien limitierten. Die energetische Weitergabeeffizienz der pelagischen autotrophen und bakteriellen Produktion zu tierischen Konsumenten war trotz des erheblichen Einflusses des Fischsterbens um ein zehnfaches höher als im benthischen Nahrungsnetz, wie die Synthese von umfangreichen Messungen in Ganzseenexperimenten auf allen trophischen Ebenen zeigte. Die benthischen Konsumenten scheinen weder bottom-up, noch top-down und nur zum Teil Habitat limitiert zu sein, womit ihre Regulation noch unklar bleibt. Die untersuchten Einflussfaktoren wirkten regulierend auf der Art-, Gemeinschafts- und Ökosystemebene. Beide Seen waren resistent gegenüber der drastischen Nahrungsnetzrestrukturierung nach dem Fischsterben, wohingegen der Eintrag terrestrischen Kohlenstoffs die Resilienz des Makrophyten dominierten Zustands verringerte. Dies verdeutlicht die weitreichenden Folgen externer Einflussfaktoren und zeigt, dass methodisch diverse Analysen der Nahrungsnetzregulation entscheidend zum Verständnis der ablaufenden Prozesse beitragen. KW - lake food web KW - complex model KW - ciliates KW - benthic food web KW - allochthonous matter KW - particulate organic matter KW - plankton KW - winter fish kill KW - trophic transfer efficiency KW - bistability KW - Nahrungsnetz KW - Bistabilität KW - allochthoner Eintrag KW - Flachseen KW - Ciliaten KW - Phytoplankton KW - Zooplankton KW - benthische Nahrungskette KW - pelagische Nahrungskette KW - trophische Transfereffizienz KW - Winterfischsterben KW - Modellierung KW - Ökosystem Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-89149 ER - TY - THES A1 - Borschewski, Aljona T1 - Bedeutung der Interaktion von Calcineurin und SORLA für die Regulation des Na⁺,K⁺,2Cl⁻-Kotransporters (NKCC2) in der Niere T1 - Importance of the interaction between calcineurin and SORLA for the regulation of the renal Na⁺-K⁺-2Cl⁻−cotransporter (NKCC2) N2 - Der Na⁺-K⁺-2Cl⁻-Kotransporter (NKCC2) wird im distalen Nephron der Niere exprimiert. Seine Verteilung umfasst die Epithelien der medullären und kortikalen Teile der dicken aufsteigenden Henle-Schleife (Thick ascending limb, TAL) und die Macula densa. Resorptiver NaCl-Transport über den NKCC2 dient dem renalen Konzentrierungsmechanismus und reguliert systemisch auch Volumenstatus und Blutdruck. Die Aktivität des NKCC2 ist mit der Phosphorylierung seiner N-terminalen Aminosäurereste Serin 126 und Threonin 96/101 verbunden. Vermittelt wird diese durch die homologen Kinasen SPAK (SPS-related proline/alanine-rich kinase) und OSR1 (Oxidative stress responsive kinase 1), die hierzu ihrerseits phosphoryliert werden müssen. Der regulatorische Kontext dieser Kinasen ist mittlerweile gut charakterisiert. Über Mechanismen und Produkte, die den NKCC2 deaktivieren, war hingegen weniger bekannt. Ziel der Arbeit war daher zu untersuchen, welche Wege zur Deaktivierung des Transporters führen. Der intrazelluläre Sortierungsrezeptor SORLA (Sorting-protein-related receptor with A-type repeats) war zuvor in seiner Bedeutung für das Nephron charakterisiert worden. Ein SORLA-defizientes Mausmodell weist unter anderem eine stark verringerte NKCC2-Phosphorylierung auf. Unter osmotischem Stress können SORLA-defiziente Mäuse ihren Urin weniger effizient konzentrieren. Meine Resultate zeigen mit hochauflösender Technik, dass SORLA apikal im TAL lokalisiert ist und dass mit NKCC2 eine anteilige Kolokalisation besteht. Unter SORLA Defizienz war die für die NKCC2 Aktivität maßgebliche SPAK/OSR1-Phosphorylierung gegenüber dem Wildtyp nicht verändert. Jedoch war die ebenfalls im TAL exprimierte Phosphatase Calcineurin Aβ (CnAβ) per Western blot um das zweifache gesteigert. Parallel hierzu wurde immunhistochemisch die Kolokalisation von verstärktem CnAβ-Signal und NKCC2 bestätigt. Beide Befunde geben zusammen den Hinweis auf einen Bezug zwischen der reduzierten NKCC2-Phosphorylierung und der gesteigerten Präsenz von CnAβ bei SORLA Defizienz. Die parallel induzierte Überexpression von SORLA in HEK-Zellen zeigte entsprechend eine Halbierung der CnAβ Proteinmenge. SORLA steuert demzufolge sowohl die Abundanz als auch die zelluläre Verteilung der Phosphatase. Weiterhin ließ sich die Interaktion zwischen CnAβ und SORLA (intrazelluläre Domäne) mittels Co-Immunpräzipitation bzw. GST-pulldown assay nachweisen. Auch die Interaktion zwischen CnAβ und NKCC2 wurde auf diesem Weg belegt. Da allerdings weder SORLA noch NKCC2 ein spezifisches Bindungsmuster für CnAβ aufweisen, sind vermutlich intermediäre Adapterproteine bei ihrer Bindung involviert. Die pharmakologische Inhibition von CnAβ mittels Cyclosporin A (CsA; 1 h) führte bei SORLA Defizienz zur Normalisierung der NKCC2-Phosphorylierung. Entsprechend führte in vitro die Gabe von CsA bei TAL Zellen zu einer 7-fach gesteigerten NKCC2-Phosphorylierung. Zusammenfassend zeigen die Ergebnisse, dass die Phosphatase CnAβ über ihre Assoziation mit NKCC2 diesen im adluminalen Zellkompartiment deaktivieren kann. Gesteuert wird dieser Vorgang durch die Eigenschaft von SORLA, CnAβ apikal zu reduzieren und damit die adluminale Phosphorylierung und Aktivität von NKCC2 zu unterstützen. Da Calcineurin-Inhibitoren derzeit die Grundlage der immunsupprimierenden Therapie darstellen, haben die Ergebnisse eine klinische Relevanz. Angesichts der Co-Expression von SORLA und CnAβ in verschiedenen anderen Organen können die Ergebnisse auch über die Niere hinaus Bedeutung erlangen. N2 - The Na⁺-K⁺-2Cl⁻-cotransporter (NKCC2) of the thick ascending limb (TAL) is critical for renal salt handling. Activity of the cotransporter is facilitated by its phosphorylation at conserved N-terminal threonine and serine residues provided by homologous SPAK (SPS-related proline/alanine-rich kinase) and OSR1 (oxidative stress responsive kinase 1) kinases. The identification of factors which modulate the phosphorylation and hence, the activity of NKCC2 has received recent interest. SORLA (sorting-protein-related receptor with A-type repeats) is co-expressed with NKCC2 in TAL epithelium. Genetically engineered mice lacking SORLA show near-complete absence of NKCC2 phosphorylation at the SPAK/OSR1-dependent phosphoacceptors, indicating that SORLA acts as a mediator between these reaction partners, possibly by a cellular trafficking step involving additional molecules. The present study addresses molecular pathways modulating NKCC2 activity by phosphorylation or dephosphorylation reactions with a special focus on SORLA. Comparative evaluation of SORLA-deficient and wild-type mouse kidneys revealed similar levels of phosphorylated, catalytically active SPAK and OSR1 kinases, whereas abundance of the phosphatase calcineurin Aβ (CnAβ) was increased by approximately two-fold in the renal medulla of SORLA-deficient mice likely reflecting changes in TAL. In line with this, confocal microscopy revealed accumulation of CnAβ in the apical compartment of TAL in SORLA-deficient kidneys. In contrast, overexpression of SORLA in HEK cells resulted in approximately two-fold decreased CnAβ levels suggesting that SORLA modulates both the cellular abundance and distribution of the phosphatase. This data was further corroborated by co-immunoprecipitation and GST pull down assays which showed an interaction between the cytoplasmic tail of SORLA and CnAβ. Acute administration of the calcineurin inhibitor, cyclosporin A (CsA), for 1 h rapidly normalized NKCC2 phosphorylation in SORLA-deficient mice which demonstrates that the decrease in phospho-NKCC2 was functionally related with CnAβ. In sum, our data elucidate the role of calcineurin in the regulation of NKCC2 and establish SORLA as an endogenous regulator of the phosphatase. KW - Salztransport KW - Niere KW - Henlesche Schleife KW - Calcineurin KW - Phosphatase KW - SORLA KW - Calcineurin-Inhibitoren KW - Transporteraktivierung KW - Phosphorylierung KW - kidney KW - phosphorylation KW - thick ascending limb KW - epithelial salt transport KW - calcineurin inhibitors KW - cell signaling Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-89205 ER - TY - GEN A1 - Lamanna, Francesco A1 - Kirschbaum, Frank A1 - Waurick, Isabelle A1 - Dieterich, Christoph A1 - Tiedemann, Ralph T1 - Cross-tissue and cross-species analysis of gene expression in skeletal muscle and electric organ of African weakly-electric fish (Teleostei; Mormyridae) N2 - Background African weakly-electric fishes of the family Mormyridae are able to produce and perceive weak electric signals (typically less than one volt in amplitude) owing to the presence of a specialized, muscle-derived electric organ (EO) in their tail region. Such electric signals, also known as Electric Organ Discharges (EODs), are used for objects/prey localization, for the identification of conspecifics, and in social and reproductive behaviour. This feature might have promoted the adaptive radiation of this family by acting as an effective pre-zygotic isolation mechanism. Despite the physiological and evolutionary importance of this trait, the investigation of the genetic basis of its function and modification has so far remained limited. In this study, we aim at: i) identifying constitutive differences in terms of gene expression between electric organ and skeletal muscle (SM) in two mormyrid species of the genus Campylomormyrus: C. compressirostris and C. tshokwe, and ii) exploring cross-specific patterns of gene expression within the two tissues among C. compressirostris, C. tshokwe, and the outgroup species Gnathonemus petersii. Results Twelve paired-end (100 bp) strand-specific RNA-seq Illumina libraries were sequenced, producing circa 330 M quality-filtered short read pairs. The obtained reads were assembled de novo into four reference transcriptomes. In silico cross-tissue DE-analysis allowed us to identify 271 shared differentially expressed genes between EO and SM in C. compressirostris and C.tshokwe. Many of these genes correspond to myogenic factors, ion channels and pumps, and genes involved in several metabolic pathways. Cross-species analysis has revealed that the electric organ transcriptome is more variable in terms of gene expression levels across species than the skeletal muscle transcriptome. Conclusions The data obtained indicate that: i) the loss of contractile activity and the decoupling of the excitation-contraction processes are reflected by the down-regulation of the corresponding genes in the electric organ’s transcriptome; ii) the metabolic activity of the EO might be specialized towards the production and turn-over of membrane structures; iii) several ion channels are highly expressed in the EO in order to increase excitability; iv) several myogenic factors might be down-regulated by transcription repressors in the EO. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 212 Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-86997 ER - TY - THES A1 - Lamanna, Francesco T1 - Adaptive radiation and speciation in African weakly-electric fish T1 - Adaptive Radiation und Artbildung von elektrischen Fischen Afrikas BT - a phylogenetic and transcriptomic perspective BT - eine phylogenetische und transkriptomische Perspektive N2 - The rise of evolutionary novelties is one of the major drivers of evolutionary diversification. African weakly-electric fishes (Teleostei, Mormyridae) have undergone an outstanding adaptive radiation, putatively owing to their ability to communicate through species-specific Electric Organ Discharges (EODs) produced by a novel, muscle-derived electric organ. Indeed, such EODs might have acted as effective pre-zygotic isolation mechanisms, hence favoring ecological speciation in this group of fishes. Despite the evolutionary importance of this organ, genetic investigations regarding its origin and function have remained limited. The ultimate aim of this study is to better understand the genetic basis of EOD production by exploring the transcriptomic profiles of the electric organ and of its ancestral counterpart, the skeletal muscle, in the genus Campylomormyrus. After having established a set of reference transcriptomes using “Next-Generation Sequencing” (NGS) technologies, I performed in silico analyses of differential expression, in order to identify sets of genes that might be responsible for the functional differences observed between these two kinds of tissues. The results of such analyses indicate that: i) the loss of contractile activity and the decoupling of the excitation-contraction processes are reflected by the down-regulation of the corresponding genes in the electric organ; ii) the metabolic activity of the electric organ might be specialized towards the production and turnover of membrane structures; iii) several ion channels are highly expressed in the electric organ in order to increase excitability, and iv) several myogenic factors might be down-regulated by transcription repressors in the EO. A secondary task of this study is to improve the genus level phylogeny of Campylomormyrus by applying new methods of inference based on the multispecies coalescent model, in order to reduce the conflict among gene trees and to reconstruct a phylogenetic tree as closest as possible to the actual species-tree. By using 1 mitochondrial and 4 nuclear markers, I was able to resolve the phylogenetic relationships among most of the currently described Campylomormyrus species. Additionally, I applied several coalescent-based species delimitation methods, in order to test the hypothesis that putatively cryptic species, which are distinguishable only from their EOD, belong to independently evolving lineages. The results of this analysis were additionally validated by investigating patterns of diversification at 16 microsatellite loci. The results suggest the presence of a new, yet undescribed species of Campylomormyrus. N2 - Das übergreifende Ziel dieser Arbeit ist das bessere Verständnis der Bedeutung der schwachen Elektrizität für die adaptive radiation der Mormyriden Afrikas. Das gewählte Modell-Taxon, die Mormyriden-Gattung Campylomormyrus, zeigt eine große Vielfalt an elektrischen Entladungsformen. Diese Entladungsformen sind artspezifisch. Die genetische Basis dieses Merkmales ist allerdings noch unbekannt. In dieser Arbeit habe ich transkriptomische Untersuchungen vom elektrischen Organ und Skelettmuskel durchgeführt. Die Ergebnisse dieser Analysen zeigen, dass die phenotypischen Unterschiede zwischen dem elektrischen Organ und dem Skelettmusckel in den jeweiligen transkriptomen gespiegelt sind. Ich habe auch einen phylogenetischen Stammbaum für die Gattung Campylomormyrus hergestellt, durch die Anwendung von „Multispecies Coalescent Models“-basierten Methoden. Außerdem, durch die Anwendung von Mikrosatellitdaten, die als unabhängiger Beweis dienten, konnte ich zeigen, dass die identifizierten phylogenetischen Gruppen reproduktiv isolierte biologische Arten sind. Auf diese Weise konnte ich ein neuen, noch unbeschriebenen Art nachweisen. KW - evolution KW - transcriptomics KW - phylogeny KW - Evolution KW - Transkriptomik KW - Phylogenese Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-80097 ER - TY - GEN A1 - Sbragaglia, Valerio A1 - Lamanna, Francesco A1 - Mat, Audrey M. A1 - Rotllant, Guiomar A1 - Joly, Silvia A1 - Ketmaier, Valerio A1 - de la Iglesia, Horacio O. A1 - Aguzzi, Jacopo T1 - Identification, Characterization, and Diel Pattern of Expression of Canonical Clock Genes in Nephrops norvegicus (Crustacea: Decapoda) Eyestalk N2 - The Norway lobster, Nephrops norvegicus, is a burrowing decapod with a rhythmic burrow emergence (24 h) governed by the circadian system. It is an important resource for European fisheries and its behavior deeply affects its availability. The current knowledge of Nephrops circadian biology is phenomenological as it is currently the case for almost all crustaceans. In attempt to elucidate the putative molecular mechanisms underlying circadian gene regulation in Nephrops, we used a transcriptomics approach on cDNA extracted from the eyestalk, a structure playing a crucial role in controlling behavior of decapods. We studied 14 male lobsters under 12–12 light-darkness blue light cycle. We used the Hiseq 2000 Illumina platform to sequence two eyestalk libraries (under light and darkness conditions) obtaining about 90 millions 100-bp paired-end reads. Trinity was used for the de novo reconstruction of transcriptomes; the size at which half of all assembled bases reside in contigs (N50) was equal to 1796 (light) and 2055 (darkness). We found a list of candidate clock genes and focused our attention on canonical ones: timeless, period, clock and bmal1. The cloning of assembled fragments validated Trinity outputs. The putative Nephrops clock genes showed high levels of identity (blastx on NCBI) with known crustacean clock gene homologs such as Eurydice pulchra (period: 47%, timeless: 59%, bmal1: 79%) and Macrobrachium rosenbergii (clock: 100%). We also found a vertebrate-like cryptochrome 2. RT-qPCR showed that only timeless had a robust diel pattern of expression. Our data are in accordance with the current knowledge of the crustacean circadian clock, reinforcing the idea that the molecular clockwork of this group shows some differences with the established model in Drosophila melanogaster. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 205 Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-84432 ER - TY - THES A1 - Reim, Tina T1 - Biogene Aminrezeptoren bei der Honigbiene Apis mellifera T1 - Biogenic amine receptors in the honey bee Apis mellifera BT - Charakterisierung des Tyramin 2-Rezeptors und die Beteiligung der Octopamin- und Tyraminrezeptoren an der Steuerung der altersabhängigen Arbeitsteilung N2 - Die Honigbiene Apis mellifera zeigt innerhalb einer Kolonie eine an das Alter gekoppelte Arbeitsteilung. Junge Honigbienen versorgen die Brut (Ammenbienen), während ältere Honigbienen (Sammlerinnen) außerhalb des Stocks Pollen und Nektar eintragen. Die biogenen Amine Octopamin und Tyramin sind an der Steuerung der Arbeitsteilung maßgeblich beteiligt. Sie interagieren mit Zielzellen über die Bindung an G Protein gekoppelte Rezeptoren. A. mellifera besitzt fünf charakterisierte Octopaminrezeptoren (AmOctαR1, AmOctβR1-4), einen charakterisierten Tyraminrezeptor (AmTyr1) sowie einen weiteren putativen Tyraminrezeptor. In der vorliegenden Arbeit wurde dieser putative Aminrezeptor als zweiter Tyraminrezeptor (AmTyr2) identifiziert, lokalisiert und pharmakologisch charakterisiert. Die von der cDNA abgeleitete Aminosäuresequenz weist strukturelle Eigenschaften und konservierte Motive von G Protein gekoppelten Rezeptoren auf. Phylogenetisch ordnet sich der AmTyr2 Rezeptor bei den Tyramin 2 Rezeptoren anderer Insekten ein. Die funktionelle und pharmakologische Charakterisierung des putativen Tyraminrezeptors erfolgte in modifizierten HEK293 Zellen, die mit der Rezeptor cDNA transfiziert wurden. Die Applikation von Tyramin aktiviert Adenylylcyclasen in diesen Zellen und resultiert in einem Anstieg des intrazellulären cAMP Gehalts. Der AmTyr2 Rezeptor kann durch Tyramin in nanomolaren Konzentrationen halbmaximal aktiviert werden. Während es sich bei Octopamin um einen wirkungsvollen Agonisten des Rezeptors handelt, sind Mianserin und Yohimbin effektive Antagonisten. Für die Lokalisierung des Rezeptorproteins wurde ein polyklonaler Antikörper generiert. Eine AmTyr2-ähnliche Immunreaktivität zeigt sich im Gehirn in den optischen Loben, den Antennalloben, dem Zentralkomplex und in den Kenyon Zellen der Pilzkörper. Des Weiteren wurde die Rolle der Octopamin- und Tyraminrezeptoren bei der Steuerung der altersabhängigen Arbeitsteilung analysiert. Die Genexpression des AmOctαR1 in verschiedenen Gehirnteilen korreliert unabhängig vom Alter mit der sozialen Rolle, während sich die Genexpression von AmOctβR3/4 und den Tyraminrezeptoren AmTyr1 und AmTyr2 maximal mit dem Alter aber nicht der sozialen Rolle ändert. Sammlerinnen weisen einen höheren Octopamingehalt im Gesamtgehirn auf als Ammenbienen; bei Tyramin zeigen sich keine Unterschiede. Während Tyramin offensichtlich keine direkte Rolle spielt, werden durch Octopamin gesteuerte Prozesse der altersabhängigen Arbeitsteilung bei der Honigbiene vermutlich über den AmOctαR1 vermittelt. Die Ergebnisse der vorliegenden Arbeit zeigen die wichtige Rolle von biogenen Aminen, insbesondere Octopamin bei der sozialen Organisation von Insektenstaaten. N2 - The honey bee Apis mellifera exhibits an age-dependent division of labour. Young bees take care of the brood (nurse bees), while older honey bees (foragers) leave the hive to provide the colony with pollen and nectar. The biogenic amines octopamine and tyramine are significantly involved in regulating the division of labour. They interact with target cells via binding to G protein-coupled receptors. A. mellifera has five characterised octopamine receptors (AmOctαR1, AmOctβR1-4), one characterised tyramine receptor (AmTyr1) and an additional putative tyramine receptor. In the present study, the putative amine receptor was identified as a second tyramine receptor (AmTyr2), was localized and characterised pharmacologically. The deduced amino acid sequence shows structural properties and conserved motifs of G protein-coupled receptors. Phylogenetically the AmTyr2 receptor clusters with tyramine 2 receptors from other insect species. Functional and pharmacological characterisation of the putative tyramine receptor was carried out using modified HEK293 cells trans¬fected with the receptor cDNA. Application of tyramine activates adenylyl cyclases in these cells, which leads to an elevated intracellular cAMP level. Half maximal activation can be achieved by applying tyramine with concentrations in the nanomolar range. While octopa¬mine is an effective agonist of the receptor, mianserin and yohimbine are the most effective antagonists. A polyclonal antibody was generated for the localisation of the receptor protein. AmTyr2 like immunoreactivity can be observed in the optic lobes, the Kenyon cells of the mushroom bodies, the antennal lobes and the central complex of the brain. Furthermore, the role of the octopamine and tyramine receptors in regulating the age-dependent division of labour was analysed. The gene expression of the AmOctαR1 in different brain neuropiles correlates with the social role of the honey bee, while the gene expression of AmOctβR3/4, AmTyr1 and AmTyr2 mostly changes with age but not social role. Additionally, foragers have higher octopamine brain titres than nurse bees. No differences can be observed for the titre of tyramine. Octopamine-regulated processes in age-dependent division of labour are probably mediated via the AmOctαR1. Tyramine has obviously no direct impact on the age-dependent division of labour. The present study shows the important role of biogenic amines, particularly octopamine in the social organisation of insect societies. KW - Apis mellifera KW - honey bee KW - Honigbiene KW - biogene Amine KW - biogenic amines KW - Octopamin KW - octopamine KW - Tyramin KW - tyramine KW - Arbeitsteilung KW - division of labor Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-80982 ER - TY - THES A1 - Schmidt, Andreas T1 - Charakterisierung der Lipopolysaccharid-Bindungseigenschaften von Adhäsionsproteinen aus Salmonella-Bakteriophagen T1 - Characterization of lipopolysaccharide-binding properties of adhesion proteins from Salmonella-bacteriophages N2 - Die Interaktionen von komplexen Kohlenhydraten und Proteinen sind ubiquitär. Sie spielen wichtige Rollen in vielen physiologischen Prozessen wie Zelladhäsion, Signaltransduktion sowie bei viralen Infektionen. Die molekularen Grundlagen der Interaktion sind noch nicht komplett verstanden. Ein Modellsystem für Kohlenhydrat-Protein-Interaktionen besteht aus Adhäsionsproteinen (Tailspikes) von Bakteriophagen, die komplexe Kohlenhydrate auf bakteriellen Oberflächen (O-Antigen) erkennen. Das Tailspike-Protein (TSP), das in dieser Arbeit betrachtet wurde, stammt aus dem Bakteriophagen 9NA (9NATSP). 9NATSP weist eine hohe strukturelle Homologie zum gut charakterisierten TSP des Phagen P22 (P22TSP) auf, bei einer niedriger sequenzieller Ähnlichkeit. Die Substratspezifitäten beider Tailspikes sind ähnlich mit Ausnahme der Toleranz gegenüber den glucosylierten Formen des O-Antigens. Die Struktur der beiden Tailspikes ist bekannt, sodass sie ein geeignetes System für vergleichende Bindungsstudien darstellen, um die strukturellen Grundlagen für die Unterschiede der Spezifität zu untersuchen. Im Rahmen dieser Arbeit wurde der ELISA-like tailspike adsorption assay (ELITA) etabliert, um Binderpaare aus TSPs und O-Antigen zu identifizieren. Dabei wurden 9NATSP und P22TSP als Sonden eingesetzt, deren Bindung an die intakten, an die Mikrotiterplatte adsorbierten Bakterien getestet wurde. Beim Test einer Sammlung aus 44 Salmonella-Stämmen wurden Stämme identifiziert, die bindendes O-Antigen exprimieren. Gleichzeitig wurden Unterschiede in der Bindung der beiden TSPs an Salmonella-Stämme mit gleichem O-Serotyp beobachtet. Die Ergebnisse der ELITA-Messung wurden qualitativ durch eine FACS-basierte Bindungsmessung bestätigt. Zusätzlich ermöglichte die FACS-Messung bei Stämmen, die teilweise modifizierte O-Antigene herstellen, den Anteil an Zellen mit und ohne Modifikation zu erfassen. Die Oberflächenplasmonresonanz (SPR)-basierten Interaktionsmessungen wurden eingesetzt, um Bindungsaffinitäten für eine TSP-O-Antigen Kombination zu quantifizieren. Dafür wurden zwei Methoden getestet, um die Oligosaccharide auf einem SPR-Chip zu immobilisieren. Zum einen wurden die enzymatisch hergestellten O-Antigenfragmente mit einem bifunktionalen Oxaminadapter derivatisiert, der eine primäre Aminogruppe für die Immobilisierung bereitstellt. Ein Versuch, diese Oligosaccharidfragmente zu immobilisieren, war jedoch nicht erfolgreich. Dagegen wurde das nicht derivatisierte Polysaccharid, bestehend aus repetitivem O-Antigen und einem konservierten Kernsaccharid, erfolgreich auf einem SPR-Chip immobilisiert. Die Immobilisierung wurde durch Interaktionsmessungen mit P22TSP bestätigt. Durch die Immobilisierung des Polysaccharids sind somit quantitative SPR-Bindungsmessungen mit einem polydispersen Interaktionspartner möglich. Eine Auswahl von Salmonella-Stämmen mit einer ausgeprägt unterschiedlichen Bindung von 9NATSP und P22TSP im ELITA-Testsystem wurde hinsichtlich der Zusammensetzung des O-Antigens mittels HPLC, Kapillargelelektrophorese und MALDI-MS analysiert. Dabei wurden nicht-stöchiometrische Modifikationen der O-Antigene wie Acetylierung und Glucosylierung detektiert. Das Ausmaß der Glucosylierung korrelierte negativ mit der Effizienz der Bindung und des Verdaus durch die beiden TSPs, wobei der negative Effekt bei 9NATSP weniger stark ausgeprägt war als bei P22TSP. Dies stimmt mit den Literaturdaten zu Infektivitätsstudien mit 9NA und P22 überein, die mit Stämmen mit vergleichbaren O-Antigenvarianten durchgeführt wurden. Die Korrelation zwischen der Glucosylierung und Bindungseffizienz konnte strukturell interpretiert werden. Auf Grundlage der O-Antigenanalysen sowie der Ergebnisse der ELITA- und FACS-Bindungstests wurden die Salmonella-Stämme Brancaster und Kalamu identifiziert, die annähernd quantitativ glucosyliertes O-Antigen exprimieren. Damit eignen sich diese Stämme für weiterführende Studien, um die Zusammenhänge zwischen der Spezifität und der Organisation der Bindestellen der beiden TSPs zu untersuchen. N2 - Interactions between complex carbohydrates and proteins are ubiquitous. They play a major role in plenty of physiological processes as cell adhesion, signal transduction, as well as viral infections. The molecular details of the interaction are not completely understood. A model system for protein-carbohydrate interactions consists of adhesion proteins (Tailspikes) of bacteriophages, which recognize complex carbohydrates on the bacterial surface (O-antigen). A Tailspike primary used in this work originates from the bacteriophage 9NA (9NATSP). 9NATSP shows a remarkable structural similarity to the extensively studied TSP of the bacteriophage P22 (P22TSP), showing a low sequential similarity. Since structures of both TSP's are known, they provide an appropriate system for comparative interaction studies. An ELISA-like Tailspike-adsorbtion assay (ELITA) was established in this work which allows identification of binding pairs consisting of TSP's and O-antigens. In this approach 9NATSP and P22TSP were used as probes. Their binding to intact bacteria adsorbed to a multi-well plate was tested. In a collection of 44 Salmonella-strains a set of strains was identified which express a binding O-antigen. Additionally different binding efficiencies were observed among the strains of the same O-serotype. Binding data of the ELITA were qualitatively resembled in a FACS-based binding test. Additionally FACS-measurements allowed estimation of the extent of non-stoichiometric modifications of the O-antigens in strains expressing modified O-antigen variants. The surface plasmone resonance (SPR) interaction-measurements were used to quantify affinities of TSP-O-antigen binding. For this, two carbohydrate immobilization strategies were tested. An O-antigen fragment, produced by enzymatic digestion, was derivatized by a bi-functional Oxamine-spacer. The spacer provides a primary amine-functionality for the immobilization. Despite the successful derivatization, sufficient amount of the O-antigen fragment could not be immobilized. Oppositely, the non-derivatized whole polysaccharide was successfully immobilized. The immobilization was confirmed by SPR-measurements with P22TSP. This approach allows quantitative measurements with polysaccharide as ligand, despite of its polydisperse characteristics. A set of Salmonella-strains with a distinctively different binding to 9NATSP and P22TSP in ELITA were characterized in terms of the content of their O-antigen by HPLC, capillary gel electrophoresis and MALDI-MS. Non-stoichiometric modifications of the O-antigens as acetylation and glucosylation were identified. The extent of glucosylation correlated negatively with the binding efficiencies to both TSP's, identifying 9NATSP as more susceptible to the glucosylation. That finding resembles with published data from early studies on the infectivity of bacteriophages 9NA and P22. Observed data could be interpreted in a structural context. The results of the O-antigen analysis as well as the results of ELITA and FACS-based interaction tests two Salmonella-strains, were identified, which produce almost completely glucosylated O-antigen: Salmonella Brancaster and Salmonella Kalamu. These strains are suitable for further studies to investigate the interdependence of the specificity and the structure of the binding sites of both TSP's. KW - Lipopolysaccharid KW - O-Antigen KW - nicht-stöchiometrische Modifikationen KW - Glycosylierung KW - Bakteriophagen KW - Adhäsionsproteine KW - Tailspike KW - Protein-Kohlenhydrat Interaktionen KW - lipopolysaccharide KW - O-antigen KW - non-stoichiometric modifications KW - glycosylation KW - bacteriophages KW - adhesion proteins KW - Tailspikes KW - protein-carbohydrate interactions Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-79529 ER - TY - THES A1 - Wettstein, Christoph T1 - Cytochrome c-DNA and cytochrome c-enzyme interactions for the construction of analytical signal chains N2 - Electron transfer (ET) reactions play a crucial role in the metabolic pathways of all organisms. In biotechnological approaches, the redox properties of the protein cytochrome c (cyt c), which acts as an electron shuttle in the respiratory chain, was utilized to engineer ET chains on electrode surfaces. With the help of the biopolymer DNA, the redox protein assembles into electro active multilayer (ML) systems, providing a biocompatible matrix for the entrapment of proteins. In this study the characteristics of the cyt c and DNA interaction were defined on the molecular level for the first time and the binding sites of DNA on cyt c were identified. Persistent cyt c/DNA complexes were formed in solution under the assembly conditions of ML architectures, i.e. pH 5.0 and low ionic strength. At pH 7.0, no agglomerates were formed, permitting the characterization of the NMR spectroscopy. Using transverse relaxation-optimized spectroscopy (TROSY)-heteronuclear single quantum coherence (HSQC) experiments, DNAs’ binding sites on the protein were identified. In particular, negatively charged AA residues, which are known interaction sites in cyt c/protein binding were identified as the main contact points of cyt c and DNA. Moreover, the sophisticated task of arranging proteins on electrode surfaces to create functional ET chains was addressed. Therefore, two different enzyme types, the flavin dependent fructose dehydrogenase (FDH) and the pyrroloquinoline quinone dependent glucose dehydrogenase (PQQ-GDH), were tested as reaction partners of freely diffusing cyt c and cyt c immobilized on electrodes in mono- and MLs. The characterisation of the ET processes was performed by means of electrochemistry and the protein deposition was monitored by microgravimetric measurements. FDH and PQQ-GDH were found to be generally suitable for combination with the cyt c/DNA ML system, since both enzymes interact with cyt c in solution and in the immobilized state. The immobilization of FDH and cyt c was achieved with the enzyme on top of a cyt c monolayer electrode without the help of a polyelectrolyte. Combining FDH with the cyt c/DNA ML system did not succeed, yet. However, the basic conditions for this protein-protein interaction were defined. PQQ-GDH was successfully coupled with the ML system, demonstrating that that the cyt c/DNA ML system provides a suitable interface for enzymes and that the creation of signal chains, based on the idea of co-immobilized proteins is feasible. Future work may be directed to the investigation of cyt c/DNA interaction under the precise conditions of ML assembly. Therefore, solid state NMR or X-ray crystallography may be required. Based on the results of this study, the combination of FDH with the ML system should be addressed. Moreover, alternative types of enzymes may be tested as catalytic component of the ML assembly, aiming on the development of innovative biosensor applications. N2 - In den Energiegewinnungsprozessen der Zellen spielen biochemische Reaktion, die auf Elektronentransfer (ET) basieren, eine wichtige Rolle. So sind die Proteinkomplexe der Atmungskette, welche an der inneren Membran der Mitochondrien abläuft, über eine ET-Kette miteinander verbunden. In biotechnologischen Anwendungen wird dieses Phänomen genutzt um Proteine auf der Oberfläche von Elektroden als funktionierende ET-Ketten zu arrangieren. Dabei kann der ET innerhalb dieser Kaskaden als elektrischer Strom gemessen und als Signal betrachtet werden. Dies ermöglicht die Anwendung von proteinmodifizierten Elektroden als Biosensoren und Biobrennstoffzellen. Ein geeigneter Baustein für den Aufbau vielschichtiger ET-Systeme ist das kleine, eisenhaltige Protein Cytochrom c (Cyt c), welches in der Lage ist Elektronen aufzunehmen, zu transportieren und wieder abzugeben. Als zweiter Baustein dient das lange, fadenartige Biomolekül DNA. DNA und Cyt c interagieren unter bestimmten Bedingungen aufgrund ihrer entgegengesetzten Oberflächenladungen. Dies ermöglicht den schichtweisen Aufbau stabiler Cyt c/DNA-Multischichten (MS) auf Elektrodenoberflächen, welche durch die sogenannte Layer-by-Layer (LbL) Technik aufgebaut werden. In diesen MS Systemen behält Cyt c trotz der Immobilisierung seine Beweglichkeit um die eigene Achse, wodurch der Selbstaustausch von Elektronen zwischen den Cyt c Molekülen sowie der ET zur Elektrode gewährleistet wird. Der molekulare Aufbau der Cyt c/DNA MS sowie die Interaktion zwischen den zwei biologischen Bausteine ist weitgehend unerforscht, daher wurden in der vorliegenden Studie die genauen Bedingungen der Cyt c/DNA Interaktion in Lösung untersucht. Außerdem wird die Eignung des MS Systems zur Einbettung von Enzymen getestet. Die Bausteine des MS-Systems, Cyt c und DNA bilden in Lösung stabile Komplexe unter den Assemblierungsbedingungen der MS (d.h. pH 5.0 und geringe Salzkonzentration). Im Vergleich dazu tritt bei pH 7.0 eine schwächere Interaktion auf, die für eine Komplexbildung nicht ausreicht. Dies ermöglicht die Untersuchung der Interaktion mittels Kernspinresonanzspektroskopie (NMR, engl. nuclear magnetic resonance spectroscopy), wobei die Interaktionsstellen des DNA-Moleküls auf Cyt c bestimmt werden. Im Vergleich zu pH 7.0 wird im leicht sauren pH-Bereich (6.0) eine erhöhte Anzahl an Interaktionspunkten gefunden, was Rückschlüsse auf eine erhöhte Interaktion zulässt. Dies resultiert schließlich in der starken Bindung bei pH 5.0, die den Aufbau stabiler Cyt c/DNA-MS auf Elektrodenoberflächen ermöglicht. Darüber hinaus spielen der Salzgehalt der Lösung sowie das Konzentrationsverhältnis von Cyt c und DNA eine wichtige Rolle. Auf der Grundlage des Cyt c/DNA-MS Aufbaus sollte durch die Kopplung eines Enzymes eine Signalkette mit sensorischen Eigenschaften geschaffen werden. Das Enzym dient dabei als Erkennungselement für bestimmte Moleküle in Lösung. Durch die Reaktion des Enzyms mit dem Molekül wird ein bioelektrisches Signal generiert, das durch elektrochemische Methoden gemessen wird. Dies wurde mit zwei verschiedenen Enzymen, der Glukose Dehydrogenase (GDH) und der Fruktose Dehydrogenase (FDH), untersucht. Beide Enzyme waren in der Lage mit einer Cyt c Monoschicht zu kommunizieren und konnten mit dem redox Protein auf der Elektrodenoberfläche immobilisiert werden. GDH konnte erfolgreich mit dem Cyt c/DNA-MS System gekoppelt und die Sensoreigenschaften der so aufgebauten Elektronentransferkette charakterisiert werden. Zusammenfassend charakterisiert diese Arbeit die Bedingungen der Cyt c/DNA-Komplexbildung und gibt einen Einblick in die bisher unbekannte Interaktion zwischen Cyt c und DNA auf der molekularen Ebene. Darüber hinaus wird die Nutzbarkeit des Cyt c/DNA MS Systems zur Einbettung von Enzymen am Beispiel der GDH gezeigt und schafft somit die Grundlage für das bessere Verständnis von ET Reaktionen zwischen Proteinen auf Elektrodenoberflächen. T2 - Cytochrom c-DNA und Cytochrom c-Enzym Interaktion für den Aufbau analytischer Signalketten KW - biosensor KW - protein KW - DNA KW - enzyme KW - interaction KW - DNA KW - Biosensor KW - Enzym KW - Interaktion KW - Protein Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-78367 ER - TY - THES A1 - Niedl, Robert Raimund T1 - Nichtlineare Kinetik und responsive Hydrogele für papierbasierte Schnelltestanwendungen T1 - Nonlinear kinetics and responsive hydrogels for paperbased point-of-care diagnostics N2 - Viele klinische Schnelltestsysteme benötigen vorpräparierte oder aufgereinigte Analyte mit frisch hergestellten Lösungen. Fernab standardisierter Laborbedingungen wie z.B. in Entwicklungsländern oder Krisengebieten sind solche Voraussetzungen oft nur unter einem hohen Aufwand herstellbar. Zusätzlich stellt die erforderliche Sensitivität die Entwicklung einfach zu handhabender Testsysteme vor große Herausforderungen. Autokatalytische Reaktionen, die sich mit Hilfe sehr geringer Initiatorkonzentrationen auslösen lassen, können hier eine Perspektive für Signalverstärkungsprozesse bieten. Aus diesem Grund wird im ersten Teil der vorliegenden Arbeit das Verhalten der autokatalytischen Arsenit-Jodat-Reaktion in einem mikrofluidischen Kanal untersucht. Dabei werden insbesondere die diffusiven und konvektiven Einflüsse auf die Reaktionskinetik im Vergleich zu makroskopischen Volumenmengen betrachtet. Im zweiten Teil werden thermoresponsive Hydrogele mit einem kanalstrukturierten Papiernetzwerk zu einem neuartigen, kapillargetriebenen, extern steuerbaren Mikrofluidik-System kombiniert. Das hier vorgestellte Konzept durch Hydrogele ein papierbasiertes LOC-System zu steuern, ermöglicht zukünftig die Herstellung von komplexeren, steuerbaren Point-Of-Care Testsystemen (POCT). Durch z.B. einen thermischen Stimulus, wird das Lösungsverhalten eines Hydrogels so verändert, dass die gespeicherte Flüssigkeit freigesetzt und durch die Kapillarkraft des Papierkanals ins System transportiert wird. Die Eigenschaften dieses Gelnetzwerks können dabei so eingestellt werden, dass eine Freisetzung von Flüssigkeiten sogar bei Körpertemperatur möglich wäre und damit eine Anwendung gänzlich ohne weitere Hilfsmittel denkbar ist. Für die Anwendung notwendige Chemikalien oder Enzyme lassen sich hierbei bequem in getrocknetem Zustand im Papiersubstrat vorlagern und bei Bedarf in Lösung bringen. Im abschließenden dritten Teil der Arbeit wird ein durch Hydrogele betriebener, Antikörper-basierter Mikroorganismenschnelltest für Escherichia coli präsentiert. Darüber hinaus wird weiterführend eine einfache Methode zur Funktionalisierung eines Hydrogels mit Biomolekülen über EDC/NHS-Kopplung vorgestellt. N2 - Many test systems for clinical applications require well-prepared or purified analytes. Far away from a laboratory environment, for example in developing countries or crisis regions, such prerequisites are often difficult to establish. Furthermore, the required sensitivity poses a considerable challenge for the development of easy-to-use test systems. . Autocatalytic reactions, which are which are highly sensitive to small initiator concentrations, may offer promising solutions to this problem. For this reason, in the first part of this thesis, the behavior of the autocatalytic arsenit-iodate-clock reaction is studied in a microfluidic environment. Especially the influence of diffusive and convective effects on the kinetics of the reaction were examined and compared to reaction conditions in macroscopic volumes. In the second part thermoresponsive hydrogels and a microstructured papersubstrate are combined to a externally controllable, new microfluidic system driven by capillary force. This offers new opportunities to integrate more complex analytic procedures in small point-of-care devices. For example, initiated by a thermal stimulus, the solubility of the hydrogel network is changed, so that the stored liquid is released and transported into the paper device, driven by capillary forces. The properties of thermoresponsive hydrogels can be tuned in such a way that the liquid release is triggered already by body temperature, so that no pumps or tubings are required anymore for usage. Furthermore chemicals and enzymes can be stored in the paper channels under dried conditions for a long time. Upon operation of the device, they can be taken up by the liquid released from the hydrogel reservoirs when needed. Finally, in the third part of this work, a rapid, easy-to-use hydrogel-driven test system for Escherichia coli is presented, based on an antibody assay. Futhermore a simple method for biofunctionalization of a hydrogel of a hydrogel based on EDC/NHS coupling will be introduced. KW - Hydrogel KW - papierbasiert KW - Mikrofluidik KW - HPµF KW - POCT KW - Pathogenerkennung KW - thermoresponsive KW - hydrogel KW - paperbased KW - POCT KW - nonlinear KW - chemical clock KW - biomolecule KW - functionalization Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-77735 ER - TY - THES A1 - Rajasundaram, Dhivyaa T1 - Integrative analysis of heterogeneous plant cell wall related data T1 - Integrative Analyse von heterogenen Pflanzenzellwand-Daten N2 - Plant cell walls are complex structures that underpin plant growth and are widely exploited in diverse human activities thus placing them with a central importance in biology. Cell walls have been a prominent area of research for a long time, but the chemical complexity and diversity of cell walls not just between species, but also within plants, between cell-types, and between cell wall micro-domains pose several challenges. Progress accelerated several-fold in cell wall biology owing to advances in sequencing technology, aided soon thereafter by advances in omics and imaging technologies. This development provides additional perspectives of cell walls across a rapidly growing number of species, highlighting a myriad of architectures, compositions, and functions. Furthermore, rather than the component centric view, integrative analysis of the different cell wall components across system-levels help to gain a more in-depth understanding of the structure and biosynthesis of the cell envelope and its interactions with the environment. To this end, in this work three case studies are detailed, all pertaining to the integrative analysis of heterogeneous cell wall related data arising from different system-levels and analytical techniques. A detailed account of multiblock methods is provided and in particular canonical correlation and regression methods of data integration are discussed. In the first integrative analysis, by employing canonical correlation analysis - a multivariate statistical technique to study the association between two datasets - novel insight to the relationship between glycans and phenotypic traits is gained. In addition, sparse partial least squares regression approach that adapts Lasso penalization and allows for the selection of a subset of variables was employed. The second case study focuses on an integrative analysis of images obtained from different spectroscopic techniques. By employing yet another multiblock approach - multiple co-inertia analysis, insitu biochemical composition of cell walls from different cell-types is studied thereby highlighting the common and complementary parts of the two hyperspectral imaging techniques. Finally, the third integrative analysis facilitates gene expression analysis of the Arabidopsis root transcriptome and translatome for the identification of cell wall related genes and compare expression patterns of cell wall synthesis genes. The computational analysis considered correlation and variation of expression across cell-types at both system-levels, and also provides insight into the degree of co-regulatory relationships that are preserved between the two processes. The integrative analysis of glycan data and phenotypic traits in cotton fibers using canonical methods led to the identification of specific polysaccharides which may play a major role during fiber development for the final fiber characteristics. Furthermore, this analysis provides a base for future studies on glycan arrays in case of developing cotton fibers. The integrative analysis of images from infrared and Raman spectroscopic approaches allowed the coupling of different analytical techniques to characterize complex biological material, thereby, representing various facets of their chemical properties. Moreover, the results from the co-inertia analysis demonstrated that the study was well adapted as it is relevant for coupling data tables in a symmetric way. Several indicators are proposed to investigate how the global and block scores are related. In addition, studying the root cells of \textit{Arabidopsis thaliana} allowed positing a novel pipeline to systematically investigate and integrate the different levels of information available at the global and single-cell level. The conducted analysis also confirms that previously identified key transcriptional activators of secondary cell wall development display highly conserved patterns of transcription and translation across the investigated cell-types. Moreover, the biological processes that display conserved and divergent patterns based on the cell-type-specific expression and translation levels are identified. N2 - Pflanzliche Zellwände sind komplexe Strukturen, die wichtig für das Zellwachstum und auch nützlich für den Menschen sind, weshalb sie eine wichtige zentrale Rolle in der Biologie haben. Zellwände sind schon seit einiger Zeit ein bedeutsames Untersuchungsgebiet, jedoch stellen Fragen nach der chemischen Komplexizität und Diversität nicht nur zwischen Zellwänden verschiedener Spezies, sondern auch innerhalb von Pflanzen, zwischen verschiedenen Zelltypen und auch zwischen dem Mikro-Bereich von Zellwänden eine Herausforderung dar. Ein grosser Fortschritt in der Forschung konnte durch die Weiterentwicklung der Sequenziertechniken erzielt werden, sowie auch durch Fortschritte der "Omik"-Technologien und Imaging-Technologien. Dieser Fortschritt ermöglicht eine zusätzliche Perspektive auf Zellwände über die stark wachsende Anzahl verschiedener Spezies, die eine Vielzahl von Architekturen, Zusammensetzung und Funktionen hervorhebt. Des Weiteren werden statt einer Komponenten-zentrierten Sichtweise eine integrative Analyse der verschiedenen Zellwandkomponenten über unterschiedliche Systemebenen genutzt, um ein tieferes Verständnis über die Struktur und Biosynthese der Zellhülle und ihrer Wechselwirkung mit der Umgebung zu erlangen. Zu diesem Zweck werden in dieser Arbeit drei Fallstudien ausführlich beschrieben, die sich alle auf die integrative Analyse von heterogenen zellwandbezogenen Daten beziehen, die von unterschiedlichen Systemebenen und analystischen Techniken stammen. Eine detailierte Darstellung von Multiblock-Methoden wird verschafft, wobei besonders kanonische Korrelationsanalyse und Regressionsmethoden der Datenintegration diskutiert werden. In der ersten Studie werden unter Einsatz kanonischer Korrelationsanalyse - einer multivariaten statistischen Technik, um Zusammenhänge zwischen zwei Datensätzen zu ermitteln - angewendet, um neue Erkenntnisse in Bezug auf die Beziehungen zwischen Glycanen und phenotypischen Merkmalen zu erhalten. In der zweiten integrativen Analyse wird ein Sparse Partial Least Square Regressionsansatz verwendet, der Lasso Penalization anwendet und die Auswahl von einem Sub-Set von Variablen erlaubt. Ausserdem fokussiert sich die zweite Studie auch auf integrative Analyse von Bildern, die von zwei verschiedenen spektroskopischen Techniken aufgenommen wurden. Zunächst werden die zwei Sets von Bildern vor-bearbeitet und so aufbereitet, dass sie eine Blockdaten-Struktur bilden. Durch Anwendung eines weiteren Multiblock-Verfahrens, der multiple Co-Inertia Analyse, wird die in-situ biochemische Zusammensetzung der Zellwände von verschiedenen Zelltypen untersucht und die Gemeinsamkeiten und Unterschiede der zwei hyperspektralen Imaging-Techniken hervorgehoben. Zuletzt ermöglicht die dritte Studie eine integrative Genexpressions-Analyse des Arabidopsis Wurzeltranskriptoms und -translatoms zur Identifikation von zellwandbezogenen Genen und dem Vergleich von Expressionsmustern von Zellwandsynthese-Genen. Die numerische Analyse zieht sowohl Korrelation als auch Variation der Genexpression verschiedener Zelltypen auf den beiden Systemebenen in Betracht und liefert so einen Einblick in den Grad der ko-regulierten Beziehungen, die zwischen den beiden Prozessen konserviert sind. Die integrative Analyse der Glycandaten und den phenotypischen Merkmalen in Baumwollfasern unter Benutzung der kanonischen Methoden führte zur Identifikation von spezifischen Polysacchariden, welche eine wesentliche Rolle für die Entwicklung der finalen Fasereigenschaften spielen könnten. Weiterhin stellt diese Analyse eine Basis für zukünftige Studien über Glycanarrays von sich in der Entwicklung befindlichen Baumwollfasern dar. Die integrative Analyse von Bildern von Infrarot- und Raman-spektroskopischen Methoden erlaubt die Verknüpfung von verschiedenen analytischen Techniken, um komplexes biologisches Material zu charakterisieren, und somit eine Vielzahl ihrer chemischen Eigenschaften darzustellen. Dar über hinaus zeigen die Ergebnisse der Co-Inertia Analyse, dass die Studie gut adaptiert ist, was relevant für die symmetrische Verknüpfung von Datentabellen ist, aber auch weil mehrere Indikatoren vorgestellt wurden, um zu untersuchen, in wie fern die globalen und Block-Scores in Beziehung stehen. Ausserdem konnte durch die Untersuchung der Wurzelzellen von Arabidopsis thaliana eine neue Pipeline zur systematischen Untersuchung und Integration verschiedener Informationsebenen auf globaler und Einzelzellebene zuzüglich Identifikation von zellwandbezogenen Genen postuliert werden. Die ausgeführte Analyse bestätig auch, dass vorherige identifizierte Schlüssel-Transkriptionsfaktoren der sekundären Zellwandentwicklung hoch-konservierte Transkripions- und Translationsmuster in den untersuchten Zelltypen zeigen. Dazu kommt, dass biologischen Prozesse mit konservierten und divergenten Mustern auf zelltypspezifischer Expressions- und Translationebene identifiziert werden konnten. KW - pflanzliche Zellwände KW - "Omik"-Technologien KW - multivariate statistische Technik KW - integrative omics analysis KW - plant cell walls KW - canonical correlation analysis KW - regression methods Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-77652 ER - TY - THES A1 - Schirmack, Janosch T1 - Activity of methanogenic archaea under simulated Mars analog conditions T1 - Aktivität methanogener Archaeen unter simulierten Marsanalogen Bedingungen N2 - Assumed comparable environmental conditions of early Mars and early Earth in 3.7 Ga ago – at a time when first fossil records of life on Earth could be found – suggest the possibility of life emerging on both planets in parallel. As conditions changed, the hypothetical life on Mars either became extinct or was able to adapt and might still exist in biological niches. The controversial discussed detection of methane on Mars led to the assumption, that it must have a recent origin – either abiotic through active volcanism or chemical processes, or through biogenic production. Spatial and seasonal variations in the detected methane concentrations and correlations between the presence of water vapor and geological features such as subsurface hydrogen, which are occurring together with locally increased detected concentrations of methane, gave fuel to the hypothesis of a possible biological source of the methane on Mars. Therefore the phylogenetically old methanogenic archaea, which have evolved under early Earth conditions, are often used as model-organisms in astrobiological studies to investigate the potential of life to exist in possible extraterrestrial habitats on our neighboring planet. In this thesis methanogenic archaea originating from two extreme environments on Earth were investigated to test their ability to be active under simulated Mars analog conditions. These extreme environments – the Siberian permafrost-affected soil and the chemoautotrophically based terrestrial ecosystem of Movile cave, Romania – are regarded as analogs for possible Martian (subsurface) habitats. Two novel species of methanogenic archaea isolated from these environments were described within the frame of this thesis. It could be shown that concentrations up to 1 wt% of Mars regolith analogs added to the growth media had a positive influence on the methane production rates of the tested methanogenic archaea, whereas higher concentrations resulted in decreasing rates. Nevertheless it was possible for the organisms to metabolize when incubated on water-saturated soil matrixes made of Mars regolith analogs without any additional nutrients. Long-term desiccation resistance of more than 400 days was proven with reincubation and indirect counting of viable cells through a combined treatment with propidium monoazide (to inactivate DNA of destroyed cells) and quantitative PCR. Phyllosilicate rich regolith analogs seem to be the best soil mixtures for the tested methanogenic archaea to be active under Mars analog conditions. Furthermore, in a simulation chamber experiment the activity of the permafrost methanogen strain Methanosarcina soligelidi SMA-21 under Mars subsurface analog conditions could be proven. Through real-time wavelength modulation spectroscopy measurements the increase in the methane concentration at temperatures down to -5 °C could be detected. The results presented in this thesis contribute to the understanding of the activity potential of methanogenic archaea under Mars analog conditions and therefore provide insights to the possible habitability of present-day Mars (near) subsurface environments. Thus, it contributes also to the data interpretation of future life detection missions on that planet. For example the ExoMars mission of the European Space Agency (ESA) and Roscosmos which is planned to be launched in 2018 and is aiming to drill in the Martian subsurface. N2 - Die Vermutung vergleichbarer Umweltbedingungen des frühen Mars und der frühen Erde vor 3,7 Mrd. Jahren – der Zeitpunkt, zu dem die ersten fossilen Spuren des Lebens auf der Erde gefunden werden konnten – weisen auf die Möglichkeit hin, dass das Leben auf beiden Planeten parallel entstanden sein könnte. Als die Bedingungen auf dem Mars schlechter wurden, ist das hypothetische Leben dort entweder ausgestorben, oder es war in der Lage sich anzupassen und könnte noch heute in biologischen Nischen auf dem Planeten existieren. Die kontrovers diskutierte Detektion von Methan auf dem Mars führte zu der Annahme, dass dieses einen rezenten Ursprung haben muss – entweder abiotisch durch aktiven Vulkanismus oder chemische Prozesse oder aber durch biogene Produktion. Räumliche und saisonale Schwankungen der durch Fernerkundung gemessenen Methankonzentrationen, sowie die Korrelation zwischen dem Auftreten von Wasserdampf und im Untergrund detektiertem Wasserstoff zusammen mit lokal erhöhten Konzentrationen von Methan, befürworten die Hypothese einer biologischen Methanquelle auf dem Mars. Daher werden methanogene Archaeen, welche sich unter den Bedingungen der frühen Erde entwickelt haben, oft als Modellorganismen in astrobiologischen Studien zu potentiellem Leben auf unserem benachbarten Planeten Mars verwendet. In dieser Dissertation wurden methanogene Archaeen aus zwei extremen Habitaten auf der Erde auf ihre Fähigkeiten hin untersucht, unter simulierten Mars-analogen Bedingungen aktiven Metabolismus zu zeigen. Die beiden extremen Habitate – der active layer des sibirischen Permafrosts und das auf Chemoautotrophie basierende terrestrische Ökosystem der Movile Höhle in Rumänien – gelten als Analoga für mögliche Habitate auf dem Mars. Im Rahmen dieser Arbeit wurden zwei neue Arten von methanogenen Archaeen beschrieben, die aus den beiden genannten extremen Habitaten isoliert worden sind. In dieser Studie konnte gezeigt werden, dass Mars-Regolith-Analoga, in Konzentrationen bis zu 1 Gew.-% zum Wachstumsmedium hinzugefügt, einen positiven Einfluss auf die Methanbildungsraten der getesteten Archaeen hatten, während höhere zugefügte Konzentrationen sinkende Raten verursachten. Dennoch war es den Organismen möglich, auf wassergesättigten künstlichen Böden aus Mars-Regolith-Analoga Methan zu produzieren, auch ohne Zugabe jeglicher weiterer Nährstoffe. Die Resistenz gegenüber Langzeit-Austrocknung von mehr als 400 Tagen wurde mittels Reinkubation sowie indirekter Zellzahlbestimmung von lebensfähigen Zellen nachgewiesen. Dies erfolgte durch eine Kombinationsbehandlung mit Propidium-Monoazide (zur Inaktivierung der DNA aus Zellen mit zerstörter Membran) und quantitativer PCR. Regolith-Analoga mit einem hohen Anteil an Phyllosilikaten schienen die besten Bodenmischungen für die metabolische Aktivität der getesteten methanogenen Archaeen unter Marsanalogen Bedingungen zu liefern. Des Weiteren konnte mittels einer Simulationskammer für den Permafrost-Stamm Methanosarcina soligelidi SMA-21 Methanbildung unter Bedingungen analog zum Marsuntergrund nachgewiesen werden. Durch Wellenlängen-Modulations-Spektroskopie konnte die Zunahme der Methankonzentration bei Temperaturen bis zu -5 °C gemessen werden. Die in dieser Arbeit vorgestellten Ergebnisse erweitern das Verständnis des Potenzials der methanogenen Archaeen, unter Mars-analogen Bedingungen aktiv sein zu können und vermitteln Einblicke in die mögliche Habitabilität vom heutigen Marsuntergrund. Außerdem tragen sie zur Interpretation der Daten von zukünftigen Marsmissionen zur Erkundung von möglichem Leben auf dem Planeten bei. Ein Beispiel hierfür könnte die ExoMars-Mission der Europäischen Weltraumorganisation (ESA) und Roskosmos sein, welche im Jahr 2018 gestartet werden soll und bestrebt ist, in den Marsuntergrund zu bohren. KW - methanogenic archaea KW - Mars KW - simulation experiments KW - long-term desiccation KW - Martian regolith analogs KW - methanogene Archaeen KW - Mars KW - Marsanaloge Regolithe KW - Simulationsexperimente KW - Langzeitaustrocknung Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-73010 ER -