TY - THES A1 - Andres, Dorothee T1 - Biophysical chemistry of lipopolysaccharide specific bacteriophages T1 - Biophysikalische Chemie der Lipopolysaccharid spezifischen Bakteriophagen N2 - Carbohydrate recognition is a ubiquitous principle underlying many fundamental biological processes like fertilization, embryogenesis and viral infections. But how carbohydrate specificity and affinity induce a molecular event is not well understood. One of these examples is bacteriophage P22 that binds and infects three distinct Salmonella enterica (S.) hosts. It recognizes and depolymerizes repetitive carbohydrate structures of O antigen in its host´s outer membrane lipopolysaccharide molecule. This is mediated by tailspikes, mainly β helical appendages on phage P22 short non contractile tail apparatus (podovirus). The O antigen of all three Salmonella enterica hosts is built from tetrasaccharide repeating units consisting of an identical main chain with a distinguished 3,6 dideoxyhexose substituent that is crucial for P22 tailspike recognition: tyvelose in S. Enteritidis, abequose in S. Typhimurium and paratose in S. Paratyphi. In the first study the complexes of P22 tailspike with its host’s O antigen octasaccharide were characterized. S. Paratyphi octasaccharide binds less tightly (ΔΔG≈7 kJ/mol) to the tailspike than the other two hosts. Crystal structure analysis of P22 tailspike co crystallized with S. Paratyphi octasaccharides revealed different interactions than those observed before in tailspike complexes with S. Enteritidis and S. Typhimurium octasaccharides. These different interactions occur due to a structural rearrangement in the S. Paratyphi octasaccharide. It results in an unfavorable glycosidic bond Φ/Ψ angle combination that also had occurred when the S. Paratyphi octasaccharide conformation was analyzed in an aprotic environment. Contributions of individual protein surface contacts to binding affinity were analyzed showing that conserved structural waters mediate specific recognition of all three different Salmonella host O antigens. Although different O antigen structures possess distinct binding behavior on the tailspike surface, all are recognized and infected by phage P22. Hence, in a second study, binding measurements revealed that multivalent O antigen was able to bind with high avidity to P22 tailspike. Dissociation rates of the polymer were three times slower than for an octasaccharide fragment pointing towards high affinity for O antigen polysaccharide. Furthermore, when phage P22 was incubated with lipopolysaccharide aggregates before plating on S. Typhimurium cells, P22 infectivity became significantly reduced. Therefore, in a third study, the function of carbohydrate recognition on the infection process was characterized. It was shown that large S. Typhimurium lipopolysaccharide aggregates triggered DNA release from the phage capsid in vitro. This provides evidence that phage P22 does not use a second receptor on the Salmonella surface for infection. P22 tailspike binding and cleavage activity modulate DNA egress from the phage capsid. DNA release occurred more slowly when the phage possessed mutant tailspikes with less hydrolytic activity and was not induced if lipopolysaccharides contained tailspike shortened O antigen polymer. Furthermore, the onset of DNA release was delayed by tailspikes with reduced binding affinity. The results suggest a model for P22 infection induced by carbohydrate recognition: tailspikes position the phage on Salmonella enterica and their hydrolytic activity forces a central structural protein of the phage assembly, the plug protein, onto the host´s membrane surface. Upon membrane contact, a conformational change has to occur in the assembly to eject DNA and pilot proteins from the phage to establish infection. Earlier studies had investigated DNA ejection in vitro solely for viruses with long non contractile tails (siphovirus) recognizing protein receptors. Podovirus P22 in this work was therefore the first example for a short tailed phage with an LPS recognition organelle that can trigger DNA ejection in vitro. However, O antigen binding and cleaving tailspikes are widely distributed in the phage biosphere, for example in siphovirus 9NA. Crystal structure analysis of 9NA tailspike revealed a complete similar fold to P22 tailspike although they only share 36 % sequence identity. Moreover, 9NA tailspike possesses similar enzyme activity towards S. Typhimurium O antigen within conserved amino acids. These are responsible for a DNA ejection process from siphovirus 9NA triggered by lipopolysaccharide aggregates. 9NA expelled its DNA 30 times faster than podovirus P22 although the associated conformational change is controlled with a similar high activation barrier. The difference in DNA ejection velocity mirrors different tail morphologies and their efficiency to translate a carbohydrate recognition signal into action. N2 - Kohlenhydraterkennung ist ein fundamentales Prinzip vieler biologischer Prozesse wie z.B. Befruchtung, Embryogenese und virale Infektionen. Wie aber Kohlenhydratspezifität und –affinität in ein molekulares Ereignis übersetzt werden, ist nicht genau verstanden. Ein Beispiel für ein solches Ereignis ist die Infektion des Bakteriophage P22, der drei verschiedene Salmonella enterica (S.) Wirte besitzt. Er erkennt und depolymerisiert die repetitiven Einheiten des O Antigens im Lipopolysaccharid, das sich in der äußeren Membran seines Wirtes befindet. Dieser Schritt wird durch die Tailspikes vermittelt, β helicale Bestandteile des kurzen, nicht kontraktilen Schwanzapparates von P22 (Podovirus). Das O Antigen aller drei Salmonella enterica Wirte besteht aus sich wiederholenden Tetrasacchariden. Sie enthalten die gleiche Hauptkette aber eine spezifische 3,6 Didesoxyhexose Seitenkette, die für die P22 Tailspikeerkennung essentiell ist: Tyvelose in S. Enteritidis, Abequose in S. Typhimurium und Paratose in S. Paratyphi. Im ersten Teil der Arbeit wurde die Komplexbildung von P22 Tailspike mit O Antigen Octasaccharidfragmenten der drei verschiedenen Wirte untersucht. S. Paratyphi Octasaccharide binden mit einer geringeren Affinität (ΔΔG≈7 kJ/mol) an den Tailspike als die beiden anderen Wirte. Die Kristallstrukturanalyse des S. Paratyphi Octasaccharides komplexiert mit P22 Tailspike offenbarten unterschiedliche Interkationen als vorher mit S. Enteritidis und S. Typhimurium Oktasaccharidkomplexen mit Tailspike beobachtet wurden. Diese unterschiedlichen Interaktionen beruhen auf einer strukturellen Änderung in den Φ/Ψ Winkeln der glykosidischen Bindung. Die Beiträge von verschiedenen Proteinoberflächenkontakten zur Affnität wurden untersucht und zeigten, dass konservierte Wasser in der Struktur die spezifische Erkennung aller drei Salmonella Wirte vermittelt. Obwohl die verschiedenen O Antigen Strukturen unterschiedliches Bindungsverhalten auf der Tailspikeoberfläche zeigen, werden alle vom Phagen P22 erkannt und infiziert. Daher wurde in einer zweiten Studie die multivalente Bindung zwischen P22 Tailspike und O Antigen charakterisiert. Die Dissoziationskonstanten des Polymers waren drei Mal langsamer als für das Oktasaccharid allein, was auf eine hohe Affinität des O Antigens schließen lässt. Zusätzlich wurde gezeigt, dass die Aggregate des Lipopolysaccharids in der Lage sind, die Infektiösität vom P22 Phagen zu reduzieren. Ausgehend davon wurde in einer dritten Studie die Bedeutung der Kohlenhydrat Erkennung auf den Infektionsprozess untersucht. Große S. Typhimurium Lipopolysaccharide Aggregate bewirkten die DNA Freisetzung vom P22 Kapsid. Dies deutet darauf, dass der P22 Phage keinen weiteren Rezeptor für die Infektion auf der Oberflächen seines Wirtes verwendet. Zusätzlich moduliert die P22 Tailspike Aktivität den Ausstoss der DNA vom P22 Phagen: Er ist langsamer, wenn der Phage Tailspikes besitzt, die weniger hydrolytisch aktiv sind und wurde nicht induziert, wenn Lipopolysaccharid eingesetzt wurde, dass zuvor mit Tailspike hydrolysiert wurde. Darüber hinaus wurde der Start der DNA Ejektion verzögert, wenn Tailspikes mit verminderter Affinität am Phagen vorhanden waren. Die Ergebnisse führten zu einem Modell für die Infektion von P22: Tailspikes positionieren den Phagen auf Salmonella enterica und ihre Aktivität drückt ein zentrales Strukturprotein des Phagen, das Stöpselprotein, auf die Membranoberfläche. Aufgrund des Membrankontaktes findet eine Konformationsänderung statt die zur Ejektion der Pilotproteine und zur Infektion führt. Vorhergehende Studien haben bisher nur die DNA Ejektion in vitro für Viren mit langen, nicht kontraktilen Schwänzen (Siphoviren) mit Proteinrezeptoren untersucht. In dieser Arbeit wurde das erste Mal die DNA Ejektion für einen Podovirus mit LPS Erkennung in vitro gezeigt. Die O Antigen Erkennung und Spaltung durch Tailspikeproteine gibt es häufig in der Phagenbiosphere, z.B. am Siphovirus 9NA. Die Kristallstrukturanalyse von 9NA Tailspike zeigt eine komplett gleiche Struktur, obwohl beide Proteine nur zu 36% Sequenzidentität besitzen. Zusätzlich hat 9NA Tailspike ähnliche enzymatische Eigenschaften. Diese ist für den DNA Ejektionsprozess im Siphovirus 9NA verantwortlich, der auch durch LPS Agreggate induziert wird. 9NA stößt dabei seine DNA 30 Mal schneller aus als Podovirus P22 obwohl die damit verbundene Konformationsänderung mit einer ähnlich hohen Aktivierungsbarriere kontrolliert wird. Daher spiegeln die Unterschiede in der DNA Ejektionsgeschwindigkeit der verschiedenen Tailmorphologien die Effezienz wieder, mit der die spezifische Kohlenhydraterkennung in ein Signal umgewandelt wird. KW - DNA Ejektion KW - Kohlenhydrat Erkennung KW - Phagen Infektion KW - Tailspike KW - Salmonella KW - DNA ejection KW - carbohydrate recognition KW - phage infection KW - tailspike KW - salmonella Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-59261 ER - TY - BOOK ED - Tröger, Peter ED - Polze, Andreas T1 - Proceedings of the 4th Many-core Applications Research Community (MARC) Symposium N2 - In continuation of a successful series of events, the 4th Many-core Applications Research Community (MARC) symposium took place at the HPI in Potsdam on December 8th and 9th 2011. Over 60 researchers from different fields presented their work on many-core hardware architectures, their programming models, and the resulting research questions for the upcoming generation of heterogeneous parallel systems. T3 - Technische Berichte des Hasso-Plattner-Instituts für Digital Engineering an der Universität Potsdam - 55 KW - Mehrkernsysteme KW - Verbindungsnetzwerke KW - Prozessoren KW - paralleles Rechnen KW - Virtualisierung KW - many-core KW - multi-core KW - interconnect KW - processor hardware KW - parallel computing KW - virtualization Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-57898 SN - 978-3-86956-169-1 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - BOOK A1 - Hickmann, Thomas T1 - Das Verhältnis von Wissenschaft und Politik in internationalen Umweltregimen BT - ein Vergleich der Regime zum Schutz der Ozonschicht und des Klimas N2 - Wissenschaft hat einen großen Anteil daran, internationale Umweltprobleme auf die politische Tagesordnung zu bringen und Maßnahmen zu ihrer technischen Lösung zu entwerfen. Dies gilt sowohl für den Abbau der Ozonschicht als auch für den Klimawandel. So relevant die Generierung von wissenschaftlichen Erkenntnissen in diesen Feldern ist, so komplex ist die Interaktion zwischen Wissenschaft und Politik und so schwierig ist es, Verlässliches darüber zu sagen. Thomas Hickmann analysiert das Verhältnis von Wissenschaft und Politik in internationalen Umweltregimen aus einer neuen Perspektive. Er untersucht nicht den Einfluss wissenschaftlicher Erkenntnisse auf die Politik, sondern rückt die Frage in den Fokus, inwieweit Regierungen Einfluss auf die Wissenschaft nehmen, um nationale Interessen durchzusetzen. Diese Perspektive wurde in der Forschung bislang weitgehend vernachlässigt, weshalb eine systematische Analyse dieser Frage in der Literatur fehlt. T3 - Horizonte 21 : Umwelt · Energie · Sicherheit - 5 KW - Umweltpolitik KW - Internationale Politik KW - Environmental Policy KW - International Politics Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-57003 SN - 978-3-86956-163-9 SN - 1868-6222 SN - 1868-6230 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - BOOK A1 - Klein, Tanja T1 - Rechtspopulistische Parteien in Regierungsbildungsprozessen BT - die Niederlande, Belgien und Schweden im Vergleich N2 - Diese Publikation einer Masterarbeit leistet einen Beitrag, die bestehende Forschungslücke hinsichtlich der Rolle rechtspopulistischer Parteien in Regierungsbildungsprozessen zu füllen. Warum haben sich etablierte Parteien und Rechtspopulisten für eine bestimmte Konstellation entschieden? Welche Probleme traten durch den spezifisch rechtspopulistischen Charakter bei der Regierungsbildung auf? Welche Alternativen gibt es? Mittels eines vergleichenden Ansatzes werden dabei als Fallbeispiele die Regierungsbildungsprozesse nach drei Wahlen zu nationalen Parlamenten im Jahr 2010 in Belgien, den Niederlanden und Schweden analysiert. T3 - WeltTrends Thesis - 12 KW - Rechtspopulismus KW - Parteien KW - die Niederlande KW - Schweden KW - Belgien KW - right-wing populism KW - parties KW - Netherlands KW - Sweden KW - Belgium Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-57703 SN - 978-3-86956-164-6 SN - 1866-0738 SN - 2191-1673 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - BOOK A1 - Kleinwächter, Lutz T1 - In concreto : zum 60. Geburtstag von Raimund Krämer T1 - In concreto : for Raimund Krämer´s 60th Birthday N2 - Mit einem Grußwort von Juan José Linz und Beiträgen von Erhard Crome, Jochen Franzke, Heike Imhof-Rudolph, Lutz Kleinwächter, Ralf Juan Leiteritz, Claus Montag, Christoph Sebastian Widdau, Azadeh Zamirirad und dem Jubilar. N2 - With greetings from Juan José Linz and contributions by Erhard Crome, Jochen Franzke, Heike Imhof-Rudolph, Lutz Kleinwächter, Ralf Juan Leiteritz, Claus Montag, Christoph Sebastian Widdau, Azadeh Zamirirad and the jubilarian. KW - Festschrift KW - Raimund Krämer KW - Grenzen KW - Autoritarismus KW - Caudillismo KW - Festschrift KW - Raimund Krämer KW - borders KW - authoritarianism KW - caudillismo Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-57873 SN - 978-3-86956-167-7 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - JOUR A1 - Peters, Friedrich Ernst T1 - Der Gewaltige und der Poet JF - Digitale Edition: Friedrich Ernst Peters N2 - Die Demütigung eines armen Dichters durch einen selbstherrlichen Beamten. KW - Schriftsteller KW - Erniedrigung KW - poet KW - humiliation Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-58918 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - JOUR A1 - Peters, Friedrich Ernst T1 - Der Herr Major JF - Digitale Edition: Friedrich Ernst Peters N2 - Ein alter Major stößt zu einer Reisegesellschaft, die sich auf einem Dampfer nach Hallig Hooge befindet. Durch seine verbalen Ausfälle und seine Trunksucht verspielt der Major allmählich die Achtung, die ihm anfangs entgegengebracht wurde. Eine genaue Beobachtung von gesellschaftlicher Gruppendynamik und unterschiedlichen Rollenverhalten in der Konfrontation mit einem Außenseiter. KW - Militär KW - Alkoholismus KW - military KW - alcoholism Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-58904 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - JOUR A1 - Peters, Friedrich Ernst T1 - Hinnerk Pick und der Steernkieker JF - Digitale Edition: Friedrich Ernst Peters N2 - "Hinnerk Pick und der Steernkieker" ist ein poetischer Text, der sich mit dem Astronomen J. J. Sievers, der an der Altonaer Sternwarte tätig war, befasst. J. J. Sievers (1804-1881) stammte aus Stafstedt (Kreis Rendsburg-Eckernförde), einem Dorf in der Nähe von Luhnstedt, dem Heimatdorf von F. E. Peters. Er wird beschrieben als märchenhaft geheimnisvolle Gestalt und zugleich liebenswerter Sonderling, in dessen Augen sich eine Pascalsche Scheu vor der Unendlichkeit des Raumes widerspiegelt. "Immer aber wird mir der Steernkieker teuer bleiben als ein Zeugnis dafür, dass aus der Enge eines holsteinischen Dorfes zum Geist geführt werden kann, wen der Geist gerufen hat. Am Ende ist eines Menschen Drang ins Weite doch vergeblich, wenn er sie nach unruhigen Jahren des Suchens nicht findet in sich selbst." In den Mund des Astronomen Sievers ("de ool Steernkieker", "de ool Klooksnacker") legt Peters am Anfang der "Baasdörper Krönk" die berühmte Beschreibung von Baasdorp und der Anlage des Dorfes in drei sozial definierte konzentrische Kreise (reiche Bauern; Halbhufner und kleine Bauern; schließlich Handwerker und Katenbauern). KW - Astronomie KW - Sievers KW - J. J. KW - astronomy KW - Sievers KW - J. J. Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-58897 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - JOUR A1 - Peters, Friedrich Ernst T1 - Das Opfer JF - Digitale Edition : Friedrich Ernst Peters N2 - Der alte Timm Wieben sieht die natürliche gottgewollte Ordnung durch den Fortschritt, d. h. den Bau eines Bahndammes in seinem Dorf, gefährdet. Er prophezeit die Notwendigkeit eines Menschenopfers, das die Erde besänftigen soll: "Es muss etwas Lebiges in die Grund". Daraufhin ereignet sich ein schwerer Unfall. Der aus dem Nachlass veröffentlichte Text gehört eindeutig zu dem Umfeld der "Baasdörper Krönk". Er kontrastiert Aberglaube und aufgeklärtes Denken, , ohne in Schwarz-Weiß-Malerei zu verfallen. In Peters' Autobiographie Preis der guten Mächte (1940) erscheint der Großvater als ein Fürsprecher des Rationalismus und, wie Hans Lohse in der Erzählung, als ein Gegenentwurf zu Timm Wieben ("Dat geiht all natürlich to"). Aber auch er erkennt trotz allem die Macht des Übernatürlichen an. Für Peters löst sich der Gegensatz zwischen Licht und Dunkel, Aufklärung und Dämonie in der Religion auf: "Und wenn wir auch den beschränkten Geltungsbereich unserer Leuchte erkennen, so haben wir dennoch die Pflicht, sie ins Dunkel hinauszutragen bis an den alleräußersten Rand unseres Vermögens. Wer aber vor dem letzten, undurchleuchtbaren Dunkel steht, der suche seine Zuflucht nicht bei verdächtigen Mächten des Zaubers, sondern fasse die Hand Gottes, die sich ihm aus der deutschen Bibel Martin Luthers hilfreich entgegenstreckt." (Ausgewählte Werke, Bd II, Hamburg, Hoffmann und Campe, S. 111) KW - Aberglaube KW - Fortschritt KW - Menschenopfer KW - Baasdörper Krönk KW - superstition KW - progress KW - human sacrifice KW - Baasdörper Krönk Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-58881 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - THES A1 - Buchmann, Carsten M. T1 - Modelling the structuring of animal communities in heterogeneous landscapes : the role of individual home range formation, foraging movement, competition and habitat configuration T1 - Modellierung zur Strukturierung von Tiergemeinschaften in heterogenen Landschaften : die Bedeutung von individuellen Aktionsräumen, Bewegung, Konkurrenz und Habitatkonfiguration N2 - This thesis aims at a better mechanistic understanding of animal communities. Therefore, an allometry- and individual-based model has been developed which was used to simulate mammal and bird communities in heterogeneous landscapes, and to to better understand their response to landscape changes (habitat loss and fragmentation). N2 - Diese Doktorarbeit strebt ein besseres mechanistisches Verständnis von Tiergemeinschaften an. Dafür wurde ein allometrie- und individuen-basiertes Modell entwickelt und dazu benutzt, Säugetier- und Vogelgemeinschaften in heterogenen Landschaften zu simulieren, und ihre Reaktion auf Landschaftsveränderungen (Habitatverlust und -fragmentierung) besser zu verstehen. KW - Allometrie KW - Aktionsraum KW - Artengemeinschaft KW - Bewegung KW - Modell KW - home range KW - allometry KW - individual-based model KW - allometry KW - community Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-59031 ER -