TY - JOUR A1 - Zhang, Yunming A1 - Ramming, Anna A1 - Heinke, Lisa A1 - Altschmied, Lothar A1 - Slotkin, R. Keith A1 - Becker, Jörg D. A1 - Kappel, Christian A1 - Lenhard, Michael T1 - The poly(A) polymerase PAPS1 interacts with the RNA-directed DNA-methylation pathway in sporophyte and pollen development JF - The plant journal N2 - RNA-based processes play key roles in the regulation of eukaryotic gene expression. This includes both the processing of pre-mRNAs into mature mRNAs ready for translation and RNA-based silencing processes, such as RNA-directed DNA methylation (RdDM). Polyadenylation of pre-mRNAs is one important step in their processing and is carried out by three functionally specialized canonical nuclear poly(A) polymerases in Arabidopsis thaliana. Null mutations in one of these, termed PAPS1, result in a male gametophytic defect. Using a fluorescence-labelling strategy, we have characterized this defect in more detail using RNA and small-RNA sequencing. In addition to global defects in the expression of pollen-differentiation genes, paps1 null-mutant pollen shows a strong overaccumulation of transposable element (TE) transcripts, yet a depletion of 21- and particularly 24-nucleotide-long short interfering RNAs (siRNAs) and microRNAs (miRNAs) targeting the corresponding TEs. Double-mutant analyses support a specific functional interaction between PAPS1 and components of the RdDM pathway, as evident from strong synergistic phenotypes in mutant combinations involving paps1, but not paps2 paps4, mutations. In particular, the double-mutant of paps1 and rna-dependent rna polymerase 6 (rdr6) shows a synergistic developmental phenotype disrupting the formation of the transmitting tract in the female gynoecium. Thus, our findings in A. thaliana uncover a potentially general link between canonical poly(A) polymerases as components of mRNA processing and RdDM, reflecting an analogous interaction in fission yeast. KW - poly(A) polymerase KW - RNA-directed DNA methylation KW - pollen development KW - siRNAs KW - transposable elements KW - gynoecium development KW - Arabidopsis thaliana Y1 - 2019 U6 - https://doi.org/10.1111/tpj.14348 SN - 0960-7412 SN - 1365-313X VL - 99 IS - 4 SP - 655 EP - 672 PB - Wiley CY - Hoboken ER - TY - JOUR A1 - Wang, Meng A1 - Li, Panpan A1 - Ma, Yao A1 - Nie, Xiang A1 - Grebe, Markus A1 - Men, Shuzhen T1 - Membrane sterol composition in Arabidopsis thaliana affects root elongation via auxin biosynthesis JF - International journal of molecular sciences N2 - Plant membrane sterol composition has been reported to affect growth and gravitropism via polar auxin transport and auxin signaling. However, as to whether sterols influence auxin biosynthesis has received little attention. Here, by using the sterol biosynthesis mutant cyclopropylsterol isomerase1-1 (cpi1-1) and sterol application, we reveal that cycloeucalenol, a CPI1 substrate, and sitosterol, an end-product of sterol biosynthesis, antagonistically affect auxin biosynthesis. The short root phenotype of cpi1-1 was associated with a markedly enhanced auxin response in the root tip. Both were neither suppressed by mutations in polar auxin transport (PAT) proteins nor by treatment with a PAT inhibitor and responded to an auxin signaling inhibitor. However, expression of several auxin biosynthesis genes TRYPTOPHAN AMINOTRANSFERASE OF ARABIDOPSIS1 (TAA1) was upregulated in cpi1-1. Functionally, TAA1 mutation reduced the auxin response in cpi1-1 and partially rescued its short root phenotype. In support of this genetic evidence, application of cycloeucalenol upregulated expression of the auxin responsive reporter DR5:GUS (beta-glucuronidase) and of several auxin biosynthesis genes, while sitosterol repressed their expression. Hence, our combined genetic, pharmacological, and sterol application studies reveal a hitherto unexplored sterol-dependent modulation of auxin biosynthesis during Arabidopsis root elongation. KW - Arabidopsis thaliana KW - auxin KW - auxin biosynthesis KW - cycloeucalenol KW - CPI1 KW - sitosterol KW - sterol Y1 - 2021 U6 - https://doi.org/10.3390/ijms22010437 SN - 1422-0067 VL - 22 IS - 1 PB - MDPI CY - Basel ER - TY - THES A1 - Vyse, Kora T1 - Elucidating molecular determinants of the loss of freezing tolerance during deacclimation after cold priming and low temperature memory after triggering N2 - Während ihrer Entwicklung müssen sich Pflanzen an Temperaturschwankungen anpassen. Niedrige Temperaturen über dem Gefrierpunkt induzieren in Pflanzen eine Kälteakklimatisierung und höhere Frosttoleranz, die sich bei wärmeren Temperaturen durch Deakklimatisierung wieder zurückbildet. Der Wechsel zwischen diesen beiden Prozessen ist für Pflanzen unerlässlich, um als Reaktion auf unterschiedliche Temperaturbedingungen eine optimale Fitness zu erreichen. Die Kälteakklimatisierung ist umfassend untersucht worden,über die Regulierung der Deakklimatisierung ist jedoch wenig bekannt. In dieser Arbeit wird der Prozess der Deakklimatisierung auf physiologischer und molekularer Ebene in Arabidopsis thaliana untersucht. Messungen des Elektrolytverlustes während der Kälteakklimatisierung und bis zu vier Tagen nach Deakklimatisierung ermöglichten die Identifizierung von vier Knockout-Mutanten (hra1, lbd41, mbf1c und jub1), die im Vergleich zum Wildtyp eine langsamere Deakklimatisierungsrate aufwiesen. Eine transkriptomische Studie mit Hilfe von RNA-Sequenzierung von A. thaliana Col-0, jub1 und mbf1c zeigte die Bedeutung der Hemmung von stressreaktiven und Jasmonat-ZIM-Domänen-Genen sowie die Regulierung von Zellwandmodifikationen während der Deakklimatisierung. Darüber hinaus zeigten Messungen der Alkoholdehydrogenase Aktivität und der Genexpressionsänderungen von Hypoxiemarkern während der ersten vier Tagen der Deakklimatisierung, dass eine Hypoxie-Reaktion während der Deakklimatisierung aktiviert wird. Es wurde gezeigt, dass die epigenetische Regulierung während der Kälteakklimatisierung und der 24-stündigen Deakklimatisierung in A. thaliana eine große Rolle spielt. Darüber hinaus zeigten beide Deakklimatisierungsstudien, dass die frühere Hypothese, dass Hitzestress eine Rolle bei der frühen Deakklimatisierung spielen könnte, unwahrscheinlich ist. Eine Reihe von DNA- und Histondemethylasen sowie Histonvarianten wurden während der Deakklimatisierung hochreguliert, was auf eine Rolle im pflanzlichen Gedächtnis schließen lässt. In jüngster Zeit haben mehrere Studien gezeigt, dass Pflanzen in der Lage sind, die Erinnerung an einen vorangegangenen Kältestress auch nach einer Woche Deakklimatisierung zu bewahren. In dieser Arbeit ergaben Transkriptom- und Metabolomanalysen von Arabidopsis während 24 Stunden Priming (Kälteakklimatisierung) und Triggering (wiederkehrender Kältestress nach Deakklimatisierung) eine unikale signifikante und vorübergehende Induktion der Transkriptionsfaktoren DREB1D, DREB1E und DREB1F während des Triggerings, die zur Feinabstimmung der zweiten Kältestressreaktion beiträgt. Darüber hinaus wurden Gene, die für Late Embryogenesis Abundant (LEA) und Frostschutzproteine kodieren, sowie Proteine, die reaktive Sauerstoffspezies entgiften, während des späten Triggerings (24 Stunden) stärker induziert als nach dem ersten Kälteimpuls, während Xyloglucan- Endotransglucosylase/Hydrolase Gene, deren Produkte für eine Restrukturierung der Zellwand verantwortlich sind, früh auf das Triggering reagierten. Die starke Induktion dieser Gene, sowohl bei der Deakklimatisierung als auch beim Triggering, lässt vermuten, dass sie eine wesentliche Rolle bei der Stabilisierung der Zellen während des Wachstums und bei der Reaktion auf wiederkehrende Stressbedingungen spielen. Zusammenfassend gibt diese Arbeit neue Einblicke in die Regulierung der Deakklimatisierung und des Kältestress-Gedächtnisses in A. thaliana und eröffnet neue Möglichkeiten für künftige, gezielte Studien von essentiellen Genen in diesem Prozess. N2 - Throughout their lifetime plants need to adapt to temperature changes. Plants adapt to nonfreezing cold temperatures in a process called cold priming (cold acclimation) and lose the acquired freezing tolerance during warmer temperatures through deacclimation. The alternation of both processes is essential for plants to achieve optimal fitness in response to different temperature conditions. Cold acclimation has been extensively studied, however, little is known about the regulation of deacclimation. This thesis elucidates the process of deacclimation on a physiological and molecular level in Arabidopsis thaliana. Electrolyte leakage measurements during cold acclimation and up to four days of deacclimation enabled the identification of four knockout mutants (hra1, lbd41, mbf1c and jub1) with a slower rate of deacclimation compared to the wild type. A transcriptomic study using RNA-Sequencing in A. thaliana Col-0, jub1 and mbf1c identified the importance of the inhibition of stress responsive and Jasmonate-ZIM-domain genes as well as the regulation of cell wall modifications during deacclimation. Moreover, measurements of alcohol dehydrogenase activity and gene expression changes of hypoxia markers during the first four days of deacclimation evidently showed that a hypoxia response is activated during deacclimation. Epigenetic regulation was observed to be extensively involved during cold acclimation and 24 h of deacclimation in A. thaliana. Further, both deacclimation studies showed that the previous hypothesis that heat stress might play a role in early deacclimation, is not likely. A number of DNA- and histone demethylases as well as histone variants were upregulated during deacclimation suggesting a role in plant memory. Recently, multiple studies have shown that plants are able to retain memory of a previous cold stress even after a week of deacclimation. In this work, transcriptomic and metabolomic analyses of Arabidopsis during 24 h of priming (cold acclimation) and triggering (recurring cold stress after deacclimation) revealed a uniquely significant and transient induction of DREB1D, DREB1E and DREB1F transcription factors during triggering contributing to fine-tuning of the second cold stress response. Furthermore, genes encoding Late Embryogenesis Abundant (LEA) and antifreeze proteins and proteins detoxifying reactive oxygen species were higher induced during late triggering (24 h) compared to primed samples, while cell wall remodelers of the class xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase were early responders of triggering. The high induction of cell wall remodelers during deacclimation as well as triggering proposes that these proteins play an essential role in the stabilization of the cells during growth as well as the response to recurring stresses. Collectively this work gives new insights on the regulation of deacclimation and cold stress memory in A. thaliana and opens the door to future targeted studies of essential genes in this process. KW - cold stress KW - deacclimation KW - Arabidopsis thaliana KW - epigenetics KW - co-expression network analysis KW - WGCNA KW - RNA-sequencing KW - differential gene expression KW - hypoxia KW - transcription factors KW - Kältestress KW - Deakklimatisierung KW - Epigenetik KW - Koexpression Netzwerk Analysen KW - RNA-Sequenzierung KW - Differenzielle Genexpression KW - Hypoxie KW - Transkriptionsfaktoren Y1 - 2022 ER - TY - THES A1 - von Bismarck, Thekla T1 - The influence of long-term light acclimation on photosynthesis in dynamic light N2 - Photosynthesis converts light into metabolic energy which fuels plant growth. In nature, many factors influence light availability for photosynthesis on different time scales, from shading by leaves within seconds up to seasonal changes over months. Variability of light energy supply for photosynthesis can limit a plant´s biomass accumulation. Plants have evolved multiple strategies to cope with strongly fluctuation light (FL). These range from long-term optimization of leaf morphology and physiology and levels of pigments and proteins in a process called light acclimation, to rapid changes in protein activity within seconds. Therefore, uncovering how plants deal with FL on different time scales may provide key ideas for improving crop yield. Photosynthesis is not an isolated process but tightly integrates with metabolism through mutual regulatory interactions. We thus require mechanistic understanding of how long-term light acclimation shapes both, dynamic photosynthesis and its interactions with downstream metabolism. To approach this, we analyzed the influence of growth light on i) the function of known rapid photosynthesis regulators KEA3 and VCCN1 in dynamic photosynthesis (Chapter 2-3) and ii) the interconnection of photosynthesis with photorespiration (PR; Chapter 4). We approached topic (i) by quantifying the effect of different growth light regimes on photosynthesis and photoprotection by using kea3 and vccn1 mutants. Firstly, we found that, besides photosynthetic capacity, the activities of VCCN1 and KEA3 during a sudden high light phase also correlated with growth light intensity. This finding suggests regulation of both proteins by the capacity of downstream metabolism. Secondly, we showed that KEA3 accelerated photoprotective non-photochemical quenching (NPQ) kinetics in two ways: Directly via downregulating the lumen proton concentration and thereby de-activating pH-dependent NPQ, and indirectly via suppressing accumulation of the photoprotective pigment zeaxanthin. For topic (ii), we analyzed the role of PR, a process which recycles a toxic byproduct of the carbon fixation reactions, in metabolic flexibility in a dynamically changing light environment. For this we employed the mutants hpr1 and ggt1 with a partial block in PR. We characterized the function of PR during light acclimation by tracking molecular and physiological changes of the two mutants. Our data, in contrast to previous reports, disprove a generally stronger physiological relevance of PR under dynamic light conditions. Additionally, the two different mutants showed pronounced and distinct metabolic changes during acclimation to a condition inducing higher photosynthetic activity. This underlines that PR cannot be regarded purely as a cyclic detoxification pathway for 2PG. Instead, PR is highly interconnected with plant metabolism, with GGT1 and HPR1 representing distinct metabolic modulators. In summary, the presented work provides further insight into how energetic and metabolic flexibility is ensured by short-term regulators and PR during long-term light acclimation. N2 - Photosynthese wandelt Lichtenergie in metabolische Energie um, welche das Pflanzenwachstum antreibt. In der Natur wird die Verfügbarkeit von Licht von vielerlei Faktoren auf unterschiedlichen Zeitskalen beeinflusst, z. B. von der Beschattung durch Blätter innerhalb von Sekunden bis hin zu jahreszeitlichen Veränderungen über Monate. Fluktuationen in der Lichtenergieverfügbarkeit in der Natur kann die Biomasseakkumulation der Pflanzen limitieren. Pflanzen haben verschiedene Strategien entwickelt, um stark fluktuierendes Licht nutzen zu können. Diese reichen von der langfristigen Optimierung der Blattmorphologie und Physiologie und des Gehalts an Pigmenten und Proteinen in dem Prozess der Lichtakklimatisierung bis hin zu schnellen Veränderungen der Proteinaktivität innerhalb von Sekunden. Daher kann die Aufdeckung der Art und Weise, wie Pflanzen mit FL auf verschiedenen Zeitskalen umgehen, wichtige Ideen zur Verbesserung der Ernteerträge liefern. Die Photosynthese ist kein isolierter Prozess, sondern steht in enger Interaktion mit den nachgeschalteten Stoffwechselwegen. Daher benötigen wir mechanistisches Verständnis, wie Lichtakklimatisierung die dynamische Photosynthese als auch deren Interaktion mit Downstream-Metabolismus moduliert. Dafür haben wir den Einfluss von Lichtakklimatisierung auf i) die Funktion der schnellen Photosyntheseregulatoren KEA3 und VCCN1 in der dynamischen Photosynthese und ii) die flexible Interaktion von Photorespiration mit Photosynthese analysiert. Im ersten Themenkomplex (i) wurden die Auswirkungen verschiedener Wachstumslicht-bedingungen auf Photosynthese und Photoprotektion anhand von kea3- und vccn1-Mutanten quantifiziert. Zum einen konnten wir zeigen, dass neben der photosynthetischen Kapazität auch die Aktivitäten von VCCN1 und KEA3 während eines Hochlichtpulses mit der Wachstumslichtintensität korrelierten. Dies deutet auf eine Regulierung beider Proteine durch die Kapazität des Downstream-Metabolismus hin. Zum anderen beschleunigte KEA3 die Kinetik des photoprotektiven nicht-photochemischen Quenchings (NPQ) auf zweifache Weise: Direkt über die Herabregulierung der lumenalen Protonenkonzentration, was den pH-abhängigen NPQ deaktivierte, und indirekt über die Unterdrückung der Akkumulation des photoprotektiven Pigments Zeaxanthin. Für das zweite Thema (ii) untersuchten wir die Rolle des photorespiratorischen Metabolismus (PR), welcher ein toxisches Nebenprodukt der Kohlenstofffixierungsreaktionen recycelt, in der metabolischen Flexibilität in einer sich dynamisch verändernden Lichtumgebung. Dazu verwendeten wir die Mutanten hpr1 und ggt1 mit teilweise blockiertem PR Flux. Unsere Daten widerlegen, im Gegensatz zu früheren Berichten, eine allgemein größere physiologische Bedeutung von PR unter dynamischen Lichtbedingungen. Die beiden Mutanten zeigten ausgeprägte und distinkte metabolische Veränderungen während der Akklimatisierung an eine Bedingung mit höherer photosynthetischer Aktivität. Dies zeigt, dass PR nicht ausschließlich als zyklischer Entgiftungsweg für 2PG angesehen werden kann. Vielmehr ist PR tief in den pflanzlichen Stoffwechsel eingebettet, wobei GGT1 und HPR1 als distinkte Stellschrauben des Downstream-Metabolismus agieren. Zusammenfassend liefert die vorliegende Arbeit weitere Erkenntnisse darüber, wie die energetische und metabolische Flexibilität durch kurzfristige Regulatoren und den photorespiratorischen Metabolismus während der langfristigen Lichtakklimatisierung gewährleistet wird. KW - photosynthesis KW - fluctuating light KW - Arabidopsis thaliana KW - Photosynthese KW - fluktuierendes Licht Y1 - 2023 ER - TY - THES A1 - Voigt, Matthias T1 - Entwicklung von bioinformatischen Visualisierungswerkzeugen für Metabolitdaten von Nährstoffmangelsituationen bei Arabidopsis thaliana T1 - Development of bioinformatics visualization tools for metabolitedata resulting from situations of deficiency at Arabidopsis thaliana N2 - Diese Arbeit umfasst die Archivierung, Visualisierung anhand bioinformatischer Methoden und Interpretation eines vorhandenen Messdatensatz (Element [ICP-MS]-, Ionen [IC]- und Metabolitdaten [RP-HPLC und GC/TOF-MS]) der Pflanze Arabidopsis thaliana getrennt in Blätter und Wurzeln. Die Pflanzen wurden den sechs Mangelsituationen der Nährstoffe Eisen, Kalium, Magnesium, Stickstoff, Phosphor und Schwefel ausgesetzt und zu neun Messzeitpunkten [0.5-, 1-, 2-, 3-, 4-, 5-, 6-, 7-in Tagen und „resupply“ (vier Stunden nach dem vierten Tag)] analysiert. Es erfolgte die Integration der Messdaten in eine SQlite-Datenbank. Die Veranschaulichung erfolgte mit Hilfe der Programmiersprache R. Anhand einiger Pakete zur Erweiterung des Funktionsumfangs von R wurde erstens eine Schnittstelle zur SQLite- Datenbank hergestellt, was ein Abfragen an diese ermöglichte und zweitens verhalfen sie zu der Erstellung einer Reihe zusätzlicher Darstellungsformen (Heatmap, Wireframe, PCA). Selbstgeschriebene Skripte erlaubten den Datenzugriff und die grafische Ausgabe als z. B. Heatmaps. In der Entstehung dieser Arbeit sind weiterhin zwei weitere Visualisierungsformen von PCA-Daten entwickelt worden: Das Abstandsdiagramm und die animierte PCA. Beides sind hilfreiche Werkzeuge zur Interpretation von PCA-Plots eines zeitlichen Verlaufes. Anhand der Darstellungen der Element- und Ionendaten ließen sich die Nährstoffmangelsituationen durch Abnahme der entsprechenden Totalelemente und Ionen nachweisen. Weiterhin sind starke Ähnlichkeiten der durch RP-HPLC bestimmten Metaboliten unter Eisen-, Kalium und Magnesiummangel erkannt worden. Allerdings gibt es nur eine geringe Anzahl an Interkationen der Metabolitgehalte, da der Großteil der Metabolitlevel im Vergleich zur Kontrolle unverändert blieb. Der Literaturvergleich mit zwei Publikationen, die den Phosphat- und Schwefelmangel in Arabidopsis thaliana untersuchten, zeigte ein durchwachsenes Ergebnis. Einerseits gab es eine gleiche Tendenz der verglichenen Aminosäuren zu verzeichen, aber andererseits wiesen die Visualisierungen auch Gegensätzlichkeiten auf. Der Vergleich der mit RP-HPLC und GC/TOF-MS gemessenen Metaboliten erbrachte ein sehr kontroverses Ergebnis. Zum einen wurden Übereinstimmungen der gleichen Metaboliten durch gemeinsame Cluster in den Heatmaps beobachtet, zum anderen auch Widersprüche, exemplarisch in den Abstandsdiagrammen der Blätterdaten jedes Verfahrens, in welchen unterschiedliche Abstandshöhepunkte erkennbar sind. N2 - This manuscript deals with archiving, visualization with bioinformatic methods and the interpretation of an existing measuring dataset (element [ICP-MS]-, ions [IC]- and metabolit data [RP-HPLC and GC/TOF-MS]) of the plant Arabidopsis thaliana – for either its leaves and roots. These plants have been subjected to six situations of deficiency according to the nutrients iron, potassium, magnesium, nitrate, phosphor, and sulfur. They have been analyzed for nine time-points of measurement [0.5-, 1-, 2-, 3-, 4-, 5-, 6-, 7- in days and “resupply” (four hours after the fourth day). While the measuring data has been integrated in a SQLite-database, its illustration has been carried out with the help of the programming language R. In order to extend the functional range of R, first, an interface to the SQLite-database has been established, which offered the query to this and, secondly, it helped to create a row of additional display formats (heatmaps, wireframe, PCA). Self-written scripts allowed the access to the data and the graphical output, for example as heatmaps. Additionally two more visualization formats for the PCA-data have been designed in the development of this manuscript: the distance-diagram and the animated PCA. Both are useful tools to interpret PCA-plots during a specific course of time. Based on the illustration of element and ion data the situations of deficiency for several nutrients could be detected by the decrease of the corresponding total-elements and ions. Furthermore, obvious similarities between the metabolits, which were measured through RP-HPLC, have been examined under iron-, potassium- and magnesium-deficit. There are certainly only a low number of interactions regarding to the content of metabolits because most of the metabolit level did not change in comparison to the control. The comparative study of specialist literature – in this case of two particular publications –, which analyzed the deficit of phosphate and sulfate in Arabidopsis thaliana, presented an intermingled result. On the one hand a similar tendency of the compared amino acid could be observed, but on the other hand the visualizations showed opposites, too. The comparison of the metabolits measured by RP-HPLC and GC/TOF-MS effected a very controversial result. Although there are analogies between the same metabolits through common clusters in the heatmaps, contradictory elements can also be found – for example in the distance-diagram of the data of the leaves for each procedure in which different distance-peaks are recognizable. KW - Statistikprogramm R KW - animierte PCA KW - Arabidopsis thaliana KW - statistics program R KW - animated PCA KW - Arabidopsis thaliana Y1 - 2009 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-33047 ER - TY - JOUR A1 - Ud-Din, Aziz A1 - Rauf, Mamoona A1 - Ghafoor, S. A1 - Khattak, M. N. K. A1 - Hameed, M. W. A1 - Shah, H. A1 - Jan, S. A1 - Muhammad, K. A1 - Rehman, A. A1 - Inamullah, T1 - Efficient use of artificial micro-RNA to downregulate the expression of genes at the post-transcriptional level in Arabidopsis thaliana JF - Genetics and molecular research N2 - Micro-RNAs are cellular components regulating gene expression at the post-transcription level. In the present study, artificial micro-RNAs were used to decrease the transcript level of two genes, AtExpA8 (encoding an expansin) and AHL25 (encoding an AT-hook motif nuclear localized protein) in Arabidopsis thaliana. The backbone of the Arabidopsis endogenous MIR319a micro-RNA was used in a site-directed mutagenesis approach for the generation of artificial micro-RNAs targeting two genes. The recombinant cassettes were expressed under the control of the CaMV 35S promoter in individual A. thaliana plants. Transgenic lines of the third generation were tested by isolating total RNA and by subsequent cDNA synthesis using oligo-dT18 primers and mRNAs as templates. The expression of the two target genes was checked through quantitative realtime polymerase chain reaction to confirm reduced transcript levels for AtExpA8 and AHL25. Downregulation of AtExpA8 resulted in the formation of short hypocotyls compared with those of the wild-type control in response to low pH and high salt concentration. This technology could be used to prevent the expression of exogenous and invading genes posing a threat to the normal cellular physiology of the host plant. KW - Artificial micro-RNA KW - Arabidopsis thaliana KW - qRT-PCR KW - AtExpA8 KW - AHL25 Y1 - 2016 U6 - https://doi.org/10.4238/gmr.15027439 SN - 1676-5680 VL - 15 PB - FUNPEC CY - Ribeirao Preto ER - TY - JOUR A1 - Thirumalaikumar, Venkatesh P. A1 - Gorka, Michal A1 - Schulz, Karina A1 - Masclaux-Daubresse, Celine A1 - Sampathkumar, Arun A1 - Skirycz, Aleksandra A1 - Vierstra, Richard D. A1 - Balazadeh, Salma T1 - Selective autophagy regulates heat stress memory in Arabidopsis by NBR1-mediated targeting of HSP90.1 and ROF1 JF - Autophagy N2 - In nature, plants are constantly exposed to many transient, but recurring, stresses. Thus, to complete their life cycles, plants require a dynamic balance between capacities to recover following cessation of stress and maintenance of stress memory. Recently, we uncovered a new functional role for macroautophagy/autophagy in regulating recovery from heat stress (HS) and resetting cellular memory of HS inArabidopsis thaliana. Here, we demonstrated that NBR1 (next to BRCA1 gene 1) plays a crucial role as a receptor for selective autophagy during recovery from HS. Immunoblot analysis and confocal microscopy revealed that levels of the NBR1 protein, NBR1-labeled puncta, and NBR1 activity are all higher during the HS recovery phase than before. Co-immunoprecipitation analysis of proteins interacting with NBR1 and comparative proteomic analysis of annbr1-null mutant and wild-type plants identified 58 proteins as potential novel targets of NBR1. Cellular, biochemical and functional genetic studies confirmed that NBR1 interacts with HSP90.1 (heat shock protein 90.1) and ROF1 (rotamase FKBP 1), a member of the FKBP family, and mediates their degradation by autophagy, which represses the response to HS by attenuating the expression ofHSPgenes regulated by the HSFA2 transcription factor. Accordingly, loss-of-function mutation ofNBR1resulted in a stronger HS memory phenotype. Together, our results provide new insights into the mechanistic principles by which autophagy regulates plant response to recurrent HS. KW - Arabidopsis thaliana KW - heat stress KW - HSFA2 KW - HSP90.1 KW - NBR1 KW - ROF1 KW - selective autophagy KW - stress memory KW - stress recovery Y1 - 2020 U6 - https://doi.org/10.1080/15548627.2020.1820778 SN - 1554-8635 VL - 17 IS - 9 SP - 2184 EP - 2199 PB - Taylor & Francis CY - Abingdon ER - TY - JOUR A1 - Tejos, Ricardo A1 - Rodriguez-Furlan, Cecilia A1 - Adamowski, Maciej A1 - Sauer, Michael A1 - Norambuena, Lorena A1 - Friml, Jiri T1 - PATELLINS are regulators of auxin-mediated PIN1 relocation and plant development in Arabidopsis thaliana JF - Journal of cell science N2 - Coordinated cell polarization in developing tissues is a recurrent theme in multicellular organisms. In plants, a directional distribution of the plant hormone auxin is at the core of many developmental programs. A feedback regulation of auxin on the polarized localization of PIN auxin transporters in individual cells has been proposed as a self-organizing mechanism for coordinated tissue polarization, but the molecular mechanisms linking auxin signalling to PIN-dependent auxin transport remain unknown. We used a microarray-based approach to find regulators of the auxin-induced PIN relocation in Arabidopsis thaliana root, and identified a subset of a family of phosphatidylinositol transfer proteins (PITPs), the PATELLINs (PATLs). Here, we show that PATLs are expressed in partially overlapping cell types in different tissues going through mitosis or initiating differentiation programs. PATLs are plasma membrane-associated proteins accumulated in Arabidopsis embryos, primary roots, lateral root primordia and developing stomata. Higher order patl mutants display reduced PIN1 repolarization in response to auxin, shorter root apical meristem, and drastic defects in embryo and seedling development. This suggests that PATLs play a redundant and crucial role in polarity and patterning in Arabidopsis. KW - PATELLIN KW - Auxin KW - Arabidopsis thaliana KW - Auxin transport KW - Canalization Y1 - 2018 U6 - https://doi.org/10.1242/jcs.204198 SN - 0021-9533 SN - 1477-9137 VL - 131 IS - 2 PB - Company of Biologists Limited CY - Cambridge ER - TY - JOUR A1 - Smirnova, Julia A1 - Fernie, Alisdair R. A1 - Spahn, Christian M. T. A1 - Steup, Martin T1 - Photometric assay of maltose and maltose-forming enzyme activity by using 4-alpha-glucanotransferase (DPE2) from higher plants JF - Analytical biochemistry : methods in the biological sciences N2 - Maltose frequently occurs as intermediate of the central carbon metabolism of prokaryotic and eukaryotic cells. Various mutants possess elevated maltose levels. Maltose exists as two anomers, (alpha- and beta-form) which are rapidly interconverted without requiring enzyme-mediated catalysis. As maltose is often abundant together with other oligoglucans, selective quantification is essential. In this communication, we present a photometric maltose assay using 4-alpha-glucanotransferase (AtDPE2) from Arabidopsis thaliana. Under in vitro conditions, AtDPE2 utilizes maltose as glucosyl donor and glycogen as acceptor releasing the other hexosyl unit as free glucose which is photometrically quantified following enzymatic phosphorylation and oxidation. Under the conditions used, DPE2 does not noticeably react with other di- or oligosaccharides. Selectivity compares favorably with that of maltase frequently used in maltose assays. Reducing end interconversion of the two maltose anomers is in rapid equilibrium and, therefore, the novel assay measures total maltose contents. Furthermore, an AtDPE2-based continuous photometric assay is presented which allows to quantify beta-amylase activity and was found to be superior to a conventional test. Finally, the AtDPE2-based maltose assay was used to quantify leaf maltose contents of both Arabidopsis wild type and AtDPE2-deficient plants throughout the light-dark cycle. These data are presented together with assimilatory starch levels. (C) 2017 Published by Elsevier Inc. KW - Arabidopsis thaliana KW - beta-amylase assay KW - Disproportionating isozyme 2 (DPE2) dpe2-deficient plants KW - Maltose assay KW - Leaf maltose content Y1 - 2017 U6 - https://doi.org/10.1016/j.ab.2017.05.026 SN - 0003-2697 SN - 1096-0309 VL - 532 SP - 72 EP - 82 PB - Elsevier CY - San Diego ER - TY - THES A1 - Skirycz, Aleksandra T1 - Functional analysis of selected DOF transcription factors in the model plant Arabidopsis thaliana T1 - Funktionsanalyse ausgewählter DOF-Transkriptionsfaktoren bei der Modellpflanze Arabidopsis thaliana N2 - Transcription factors (TFs) are global regulators of gene expression playing essential roles in almost all biological processes, and are therefore of great scientific and biotechnological interest. This project focused on functional characterisation of three DNA-binding-with-one-zinc-finger (DOF) TFs from the genetic model plant Arabidopsis thaliana, namely OBP1, OBP2 and AtDOF4;2. These genes were selected due to severe growth phenotypes conferred upon their constitutive over-expression. To identify biological processes regulated by OBP1, OBP2 and AtDOF4;2 in detail molecular and physiological characterization of transgenic plants with modified levels of OBP1, OBP2 and AtDOF4;2 expression (constitutive and inducible over-expression, RNAi) was performed using both targeted and profiling technologies. Additionally expression patterns of studied TFs and their target genes were analyzed using promoter-GUS lines and publicly available microarray data. Finally selected target genes were confirmed by chromatin immuno-precipitation and electrophoretic-mobility shift assays. This combinatorial approach revealed distinct biological functions of OBP1, OBP2 and AtDOF4;2. Specifically OBP2 controls indole glucosinolate / auxin homeostasis by directly regulating the enzyme at the branch of these pathways; CYP83B1 (Skirycz et al., 2006). Glucosinolates are secondary compounds important for defence against herbivores and pathogens in the plants order Caparales (e.g. Arabidopsis, canola and broccoli) whilst auxin is an essential plant hormone. Hence OBP2 is important for both response to biotic stress and plant growth. Similarly to OBP2 also AtDOF4;2 is involved in the regulation of plant secondary metabolism and affects production of various phenylpropanoid compounds in a tissue and environmental specific manner. It was found that under certain stress conditions AtDOF4;2 negatively regulates flavonoid biosynthetic genes whilst in certain tissues it activates hydroxycinnamic acid production. It was hypothesized that this dual function is most likely related to specific interactions with other proteins; perhaps other TFs (Skirycz et al., 2007). Finally OBP1 regulates both cell proliferation and cell expansion. It was shown that OBP1 controls cell cycle activity by directly targeting the expression of core cell cycle genes (CYCD3;3 and KRP7), other TFs and components of the replication machinery. Evidence for OBP1 mediated activation of cell cycle during embryogenesis and germination will be presented. Additionally and independently on its effects on cell proliferation OBP1 negatively affects cell expansion via reduced expression of cell wall loosening enzymes. Summing up this work provides an important input into our knowledge on DOF TFs function. Future work will concentrate on establishing exact regulatory networks of OBP1, OBP2 and AtDOF4;2 and their possible biotechnological applications. N2 - Biologische Prozesse, wie beispielsweise das Wachstum von Organen und ganzen Organismen oder die Reaktion von Lebewesen auf ungünstige Umweltbedingungen, unterliegen zahlreichen Regulationsmechanismen. Besonders wichtige Regulatoren sind die sogenannten Transkriptionsfaktoren. Dabei handelt es sich um Proteine, die die Aktivität von Erbeinheiten, den Genen, beeinflussen. In Pflanzen gibt es etwa 2000 solcher Regulatoren. Da sie wichtige Kontrollelemente darstellen, sind sie von großem wissenschaftlichen und biotechnologischen Interesse. Im Rahmen der Doktorarbeit sollte die Funktion von drei Transkriptionsfaktoren, genannt OBP1, OBP2 und AtDOF4;2, untersucht werden. Sie wurden bei der Suche nach neuen Wachstumsregulatoren identifiziert. Als Untersuchungsobjekt diente die in der Öffentlichkeit kaum bekannte Pflanze Ackerschmalwand, lateinisch als Arabidopsis thaliana bezeichnet. Um die Funktion der Regulatoren zu entschlüsseln, wurden an der Modellpflanze genetische Veränderungen durchgeführt und die Pflanzen dann mit molekularbiologischen und physiologischen Methoden analysiert. Es zeigte sich, dass OBP1 an der Regulation der Zellteilung beteiligt ist. Alle Lebewesen sind aus Zellen aufgebaut. Gelingt es, die Zellteilung gezielt zu steuern, kann damit beispielsweise die Produktion von pflanzlicher Biomasse verbessert werden. Das OBP1-Protein übt auch einen Einfluss auf die Zellstreckung aus und beeinflusst auch auf diesem Wege das pflanzliche Wachstum. Die beiden anderen Proteine steuern Prozesse, die im Zusammenhang mit der Bildung von Pflanzeninhaltsstoffen stehen. OBP2 ist Teil eines zellulären Netzwerkes, dass die Synthese von sogenannten Glucosinolaten steuert. Glucosinolate kommen unter anderem in Broccoli und Kohl vor. Sie fungieren als Abwehrstoffe gegen Fraßinsekten. Einigen Glucosinolaten wird auch gesundheitsfördernde Wirkung zugesprochen. Das Protein AtDOF4;2 ist Komponente eines anderen Netzwerkes, dass die Bildung von Phenylpropanoiden steuert. Diese Substanzen haben strukturelle Funktion und spielen darüber hinaus eine Rolle bei der pflanzlichen Toleranz gegenüber tiefen Temperaturen. Mit der Doktorarbeit konnte das Wissen über die Transkriptionsfaktoren erheblich erweitert und die Grundlage für interessante zukünftige Arbeiten gelegt werden. Von großer Bedeutung wird es dabei sein, die Netzwerke, in die die Transkriptionsfaktoren eingebunden sind, noch besser zu verstehen. Dann wird es möglich sein, auch Teilnetzwerke gezielt zu beeinflussen, was für biotechnologische Anwendungen, beispielsweise bei der Präzisionszüchtung von nachwachsenden Rohstoffen, von zentraler Bedeutung ist. KW - Transkriptionsfaktoren KW - Arabidopsis thaliana KW - transcription factors KW - Arabidopsis thaliana KW - cell cycle KW - secondary metabolism Y1 - 2007 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-16987 ER -