TY - GEN A1 - Bentele, Kajetan A1 - Saffert, Paul A1 - Rauscher, Robert A1 - Ignatova, Zoya A1 - Bluethgen, Nils T1 - Efficient translation initiation dictates codon usage at gene start T2 - Postprints der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe N2 - The genetic code is degenerate; thus, protein evolution does not uniquely determine the coding sequence. One of the puzzles in evolutionary genetics is therefore to uncover evolutionary driving forces that result in specific codon choice. In many bacteria, the first 5-10 codons of protein-coding genes are often codons that are less frequently used in the rest of the genome, an effect that has been argued to arise from selection for slowed early elongation to reduce ribosome traffic jams. However, genome analysis across many species has demonstrated that the region shows reduced mRNA folding consistent with pressure for efficient translation initiation. This raises the possibility that unusual codon usage is a side effect of selection for reduced mRNA structure. Here we discriminate between these two competing hypotheses, and show that in bacteria selection favours codons that reduce mRNA folding around the translation start, regardless of whether these codons are frequent or rare. Experiments confirm that primarily mRNA structure, and not codon usage, at the beginning of genes determines the translation rate. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 912 KW - codon usage KW - mRNA structure KW - translation Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-441337 SN - 1866-8372 IS - 912 ER - TY - THES A1 - Brückner, Anne T1 - Filmtitelübersetzung : eine Untersuchung französischer und deutscher Filmtitel im interlingualen Transfer T1 - Movie title translation : a study of interlingual transferred french and german movie titles N2 - Die empirische Arbeit untersucht den interlingualen Transfer von französischen und deutschen Filmtiteln im vergangenen Jahrhundert. Sie basiert auf einem Korpus von 3.200 französischen Originaltiteln und ihren deutschen Neutiteln und schließt eine Forschungslücke der Filmtitelübersetzung für das Sprachenpaar deutsch-französisch. Im theoretischen Teil werden die text- und übersetzungswissenschaftlichen Grundlagen dargelegt. Filmtitel bilden eine eigene Textsorte, die unter Zuhilfenahme der Textualitätskriterien von de Beaugrande/Dressler spezifiziert wird. Anhand ausgewählter Beispiele aus dem Korpus werden maßgebliche Funktionen von Filmtiteln, wie Werbung, Information, Identifikation, Kontakt und Interpretation erörtert. Auf E. Prunčs Translationstypologie basieren jene fünf Strategien, die bei der Übertragung von französischen Filmtiteln in den deutschen Sprach- und Kulturraum zum Einsatz kommen: Identität, Analogie, Variation, Innovation sowie hybride Formen. Ausführlich werden Übersetzungen von Umtitelungen abgegrenzt. Die Auswertung des Korpus ergibt, dass Titelinnovation die am häufigsten angewandte Strategie beim Titeltransfer im gesamten Untersuchungszeitraum darstellt, während Titelidentitäten am seltensten zum Einsatz kommen. Die Betrachtung kürzerer Zeitspannen zeigt gewisse Tendenzen auf, beispielsweise die deutliche Zunahme von Hybridtiteln in jüngster Zeit. Erstmals wird in dieser Arbeit das Phänomen der Mehrfachbetitelungen in verschiedenen deutschsprachigen Ländern aufgegriffen, indem nach Motiven für unterschiedliche Neutitel in Deutschland, der ehemaligen DDR und Österreich gesucht wird. Den Abschluss bildet eine Betrachtung der Filmtitel aus rechtlicher und ökonomischer Perspektive, denn zusammen mit ihren Filmen stellen Titel von hoher Kommerzialität geprägte Texte dar, und wie jedes Wirtschaftsgut erfahren auch sie eine präzise juristische Regulierung. N2 - The empirical study is an analyse of the interlingual transfer of french and german movie titles of the past century. It is based on a corpus of 3,200 french original titles and their new german titles, closing a gap in the research of german and french movie title translation. The theoretical part introduces the basics of the linguistics of texts and translation. Movie titles are a specific kind of text, which is distinguished by the textual criteria of de Beaugrande/Dressler. By using choosen examples of the corpus the mainly functions of movie titles are displayed, as there are promotion, information, identification, contact and interpretation. There are five strategies, basing on the translation typology of Prunč, which are used whenever french movie titles were transferred into german language and culture: identity, analogy, variation, innovation and hybrid forms. The difference between translation and transtiteling is explained in detail. Results of the analytical part are that title innovations are the strategy most often applied when transferring titles, while title identities are used only rarely. The outcome of observing shorter periods is that there are different tendencies, like the significant increase of hybrid titles in the last decades. For the first time this study analyses multiple titles in different german speaking countries, searching for the motivation of alternative new titles in Germany, the former GDR and Austria. The final part is the juristical and economic consideration of movie titles, since motion pictures and their titles are a highly commercialised kind of text and therefore subjects of their corresponding laws. KW - Filmtitel KW - Übersetzung KW - Filmtitelübersetzung KW - Umtitelung KW - französisch KW - movie title KW - translation KW - movie title translation KW - transtiteling KW - french Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-70506 ER - TY - GEN A1 - Eckstein, Lars A1 - Schwarz, Anja T1 - The Making of Tupaia’s Map BT - a Story of the Extent and Mastery of Polynesian Navigation, Competing Systems of Wayfinding on James Cook’s Endeavour, and the Invention of an Ingenious Cartographic System T2 - Postprints der Universität Potsdam Philosophische Reihe N2 - Tupaia’s Map is one of the most famous and enigmatic artefacts to emerge from the early encounters between Europeans and Pacific Islanders. It was drawn by Tupaia, an arioi priest, chiefly advisor and master navigator from Ra‘iātea in the Leeward Society Islands in collaboration with various members of the crew of James Cook’s Endeavour, in two distinct moments of mapmaking and three draft stages between August 1769 and February 1770. To this day, the identity of many islands on the chart, and the logic of their arrangement have posed a riddle to researchers. Drawing in part on archival material hitherto overlooked, in this long essay we propose a new understanding of the chart’s cartographic logic, offer a detailed reconstruction of its genesis, and thus for the first time present a comprehensive reading of Tupaia’s Map. The chart not only underscores the extent and mastery of Polynesian navigation, it is also a remarkable feat of translation between two very different wayfinding systems and their respective representational models. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Philosophische Reihe - 154 KW - artography KW - first contact KW - wayfinding KW - star navigation KW - sea of islands KW - translation KW - Indigenous knowledges and ontologies KW - Tupaia Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-423091 SN - 1866-8380 IS - 154 ER - TY - GEN A1 - Lukoszek, Radoslaw A1 - Feist, Peter A1 - Ignatova, Zoya T1 - Insights into the adaptive response of Arabidopsis thaliana to prolonged thermal stress by ribosomal profiling and RNA-Seq T2 - BMC plant biology N2 - Background: Environmental stress puts organisms at risk and requires specific stress-tailored responses to maximize survival. Long-term exposure to stress necessitates a global reprogramming of the cellular activities at different levels of gene expression. Results: Here, we use ribosome profiling and RNA sequencing to globally profile the adaptive response of Arabidopsis thaliana to prolonged heat stress. To adapt to long heat exposure, the expression of many genes is modulated in a coordinated manner at a transcriptional and translational level. However, a significant group of genes opposes this trend and shows mainly translational regulation. Different secondary structure elements are likely candidates to play a role in regulating translation of those genes. Conclusions: Our data also uncover on how the subunit stoichiometry of multimeric protein complexes in plastids is maintained upon heat exposure. T3 - Zweitveröffentlichungen der Universität Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe - 438 KW - translation KW - ribosome profiling KW - transcription KW - RNA-Seq KW - secondary structure KW - G-quadruplexes, KW - heat stress response Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-407262 ER - TY - BOOK A1 - Mickiewicz, Adam ED - Norberg, Madlena ED - Kosta, Peter T1 - Adam Mickiewicz BT - Basni w serbskich pśełožkach T3 - Potsdamer Beiträge zur Sorabistik T3 - Podstupimske pśinoski k Sorabistice N2 - Die vorliegende Ausgabe der „Potsdamer Beiträge zur Sorabistik – Podstupimske pśinoski k Sorabistice“ Adam Mickiewicz, Gedichte in sorbischer Übersetzung, zusammengestellt von Alfred Měškank stellt den Jubiläumsband Nr. 10 unserer Serie dar. Wir sind sehr stolz darauf, die Serie herausgeben zu dürfen und vor allem darauf, das Jubiläum mit so einem würdigen Inhalt zu begehen. Adam Mickiewicz (1798-1855) gilt als der größte polnische Dichter, vergleichbar mit J. W. v. Goethe in Deutschland oder John Byron in England. Seine Werke sind in viele Sprachen übersetzt und dadurch in der ganzen Welt bekannt geworden. Bedeutende sorbische Dichter und Übersetzer, wie z.B. Jakub Bart-Ćišinski und Otto Lehmann-Wićaz haben seine Gedichte auch ins Sorbische übersetzt, doch diese Übersetzungen sind verstreut und dem heutigen Interessenten kaum zugänglich. Einige seiner bedeutsamsten Werke, besonders sein Versepos „Pan Tadeusz”, sowie Teile seines dramatischen Werkes „Dziady” fanden erst in neuerer Zeit einen Übersetzer. Die vorliegende Edition, die eine Zusammenstellung aller bisher ins Sorbische/Wendische übersetzten Werke des großen polnischen Dichters der Romantik darstellt, schließt diese Lücke nun. N2 - This edition of Adam Mickiewicz’s poems in Sorbian translation, compiled by Alfred Měškank, represents the anniversary edition # 10 of our series "Potsdam Contributions to Sorabistics - Podstupimske pśinoski k Sorabistice” . We are very proud to release the series and especially flattered to celebrate the anniversary with such a worthy content. Adam Mickiewicz (1798-1855) is considered the greatest Polish poet, comparable to JW Goethe in Germany or to John Byron in England. His work has been translated into many languages, and thereby become known throughout the world. Significant Sorbian poets and translators, such as Jakub Bart-Ćišinski and Otto Lehmann-Wićaz have also translated his poems into Sorbian language, but these translations are scattered and difficult to access from today's prospective. Some of his major works, particularly his epic poem "Pan Tadeusz", as well as parts of his dramatic work "Dziady" found only recently a translator. The present edition, which is a compilation of all previously published works of the great Polish romantic poet in Sorbian/Wendish language, fills this gap now. T3 - Podstupimske pśinoski k Sorabistice = Potsdamer Beiträge zur Sorabistik - 10 KW - Lyrik KW - Mickiewicz KW - Übersetzung KW - niedersorbisch KW - polnisch KW - Poetry KW - Mickiewicz KW - translation KW - Lower Sorbian KW - Polish Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-60508 SN - 978-3-86956-205-6 SN - 1615-2476 SN - 2192-1016 PB - Universitätsverlag Potsdam CY - Potsdam ER - TY - THES A1 - Schuster, Maja T1 - High resolution decoding of the tobacco chloroplast translatome and its dynamics during light-intensity acclimation N2 - Chloroplasts are the photosynthetic organelles in plant and algae cells that enable photoautotrophic growth. Due to their prokaryotic origin, modern-day chloroplast genomes harbor 100 to 200 genes. These genes encode for core components of the photosynthetic complexes and the chloroplast gene expression machinery, making most of them essential for the viability of the organism. The regulation of those genes is predominated by translational adjustments. The powerful technique of ribosome profiling was successfully used to generate highly resolved pictures of the translational landscape of Arabidopsis thaliana cytosol, identifying translation of upstream open reading frames and long non-coding transcripts. In addition, differences in plastidial translation and ribosomal pausing sites were addressed with this method. However, a highly resolved picture of the chloroplast translatome is missing. Here, with the use of chloroplast isolation and targeted ribosome affinity purification, I generated highly enriched ribosome profiling datasets of the chloroplasts translatome for Nicotiana tabacum in the dark and light. Chloroplast isolation was found unsuitable for the unbiased analysis of translation in the chloroplast but adequate to identify potential co-translational import. Affinity purification was performed for the small and large ribosomal subunit independently. The enriched datasets mirrored the results obtained from whole-cell ribosome profiling. Enhanced translational activity was detected for psbA in the light. An alternative translation initiation mechanism was not identified by selective enrichment of small ribosomal subunit footprints. In sum, this is the first study that used enrichment strategies to obtain high-depth ribosome profiling datasets of chloroplasts to study ribosome subunit distribution and chloroplast associated translation. Ever-changing light intensities are challenging the photosynthetic capacity of photosynthetic organism. Increased light intensities may lead to over-excitation of photosynthetic reaction centers resulting in damage of the photosystem core subunits. Additional to an expensive repair mechanism for the photosystem II core protein D1, photosynthetic organisms developed various features to reduce or prevent photodamage. In the long-term, photosynthetic complex contents are adjusted for the efficient use of experienced irradiation. However, the contribution of chloroplastic gene expression in the acclimation process remained largely unknown. Here, comparative transcriptome and ribosome profiling was performed for the early time points of high-light acclimation in Nicotiana tabacum chloroplasts in a genome-wide scale. The time- course data revealed stable transcript level and only minor changes in translational activity of specific chloroplast genes during high-light acclimation. Yet, psbA translation was increased by two-fold in the high light from shortly after the shift until the end of the experiment. A stress-inducing shift from low- to high light exhibited increased translation only of psbA. This study indicate that acclimation fails to start in the observed time frame and only short-term responses to reduce photoinhibition were observed. N2 - Chloroplasten sind die photosynthetischen Organellen in Pflanzen- und Algenzellen, die photoautotrophes Wachstum ermöglichen. Aufgrund ihrer prokaryotischen Herkunft besitzen moderne Chloroplasten ein Genom mit 100 bis 200 Gene. Diese kodieren für zentrale Komponenten der Photosynthesekomplexe und des Genexpressionsapparates, was sie für die Lebensfähigkeit des gesamten Organismus essenziell macht. Die leistungsstarke Methode Ribosome Profiling wurde bereits erfolgreich eingesetzt, um hochaufgelöste Bilder der zytosolischen Translationslandschaft von Arabidopsis thaliana zu erstellen, wobei Translation von der Hauptsequenz vorgelagerten, kodierenden Sequenzen und langen, nicht-kodierenden Transkripten identifiziert wurde. Ferner wurden mit dieser Technik Regulationen der Plastidentranslation und spezifische Regionen mit unterschiedlicher Elongationsgeschwindigkeit aufgedeckt. Es fehlen jedoch hochaufgelöste Datensätze des Chloroplasten-Translatoms. Chloroplastenisolation und Affinitätsaufreinigung chloroplastidiärer Ribosomen wurde verwendet, um hochangereicherte Ribosome Profiling-Datensätze des Chloroplastentranslatoms für Nicotiana tabacum im Dunkeln und unter Licht zu erzeugen. Wenngleich sich die Chloroplastenisolation als ungeeignet für eine unverfälschte Analyse der Translation im Chloroplast erwies, ermöglichte sie die Identifizierung von potentiellem co-translationalen Proteinimport. Die entsprechenden Datensätze spiegelten die Ergebnisse des zellulären Ribosome Profilings wider. Für psbA wurde im Licht erhöhte Translationsaktivität festgestellt. Alternative Initiationsmechanismen konnten durch spezifische Anreicherung der kleinen ribosomalen Untereinheit nicht verifiziert werden. Zusammenfassend, dies ist die erste Studie, die mittels Anreicherungsstrategien hochaufgelöste Ribosome Profiling-Datensätze zur Analyse von Ribosomuntereinheitsverteilungen und Chloroplast-assoziierter Translation nutzte. Ständig wechselnde Lichtintensitäten stellen die Photosynthesekapazität von photosynthetischen Organismen auf die Probe. Erhöhte Lichtintensitäten können zu einer Überreizung der photosynthetischen Reaktionszentren führen, was Beschädigungen von zentralen Komplexeinheiten der Photosysteme verursacht. Neben einem aufwändigen Reparaturmechanismus für das Photosystem II-Protein D1 entwickelte der photosynthetische Organismus verschiedene Mechanismen um lichtinduzierte Schäden zu reduzieren oder zu verhindern. Langfristig kommt es zu einer Anreicherung spezifischer Photosynthesekomplexen um eine effiziente Ausnutzung der erhöhten Strahlung zu gewährleisten. Der Beitrag der chloroplastidiäeren Genexpressionsregulation zum Akklimatisierungsprozess ist jedoch weitgehend unbekannt. Hier wurde ein vergleichendes Transkript- und Ribosomen Profiling für die frühen Zeitpunkte der Akklimatisierung unter Starklicht in Tabakchloroplasten in einem genomweiten Maßstab durchgeführt. Die Zeitverlaufsdaten zeigten ein unverändertes Transkriptniveau und nur geringe Änderungen der translationalen Aktivität von chloroplastidiären Genen im Hochlicht im Vergleich zu Kontrollproben. Die psbA-Translation war jedoch unter Hochlicht schon kurz nach Beginn bis zum Ende des Experiments um etwa das Zweifache erhöht. Der stressinduzierende Wechsel von Schwach- zu Hochlicht bewirkte ebenfalls eine auf psbA-beschränkt, erhöhte Translation. Die Ergebnisse zeigen, dass die Akklimatisierung im beobachteten Zeitrahmen nicht begonnen hatte und nur kurzfristige Reaktionen zur Verringerung der Photoinhibition wirksam gewesen sein konnten. KW - translation KW - chloroplast KW - high light KW - ribosome profiling Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-512680 ER - TY - THES A1 - Steffen, Jenny T1 - Transkription von Markergenen an immbolisierten Nukleinsäuren T1 - Transcription of reportegenes with immobilized nucleic acids N2 - Die Etablierung der Transkription von kompletten Genen auf planaren Oberflächen soll eine Verbindung zwischen der Mikroarraytechnologie und der Transkriptomforschung herstellen. Darüber hinaus kann mit diesem Verfahren ein Brückenschlag zwischen der Synthese der Gene und ihrer kodierenden Proteine auf einer Oberfläche erfolgen. Alle transkribierten RNAs wurden mittels RT-PCR in cDNA umgeschrieben und in einer genspezifischen PCR amplifiziert. Die PCR-Produkte wurden hierfür entweder per Hand oder maschinell auf die Oberfläche transferiert. Über eine Oberflächen-PCR war es möglich, die Gensequenz des Reportergens EGFP direkt auf der Oberfläche zu synthetisieren und anschließend zu transkribieren. Somit war eine Transkription mit weniger als 1 ng an Matrize möglich. Der Vorteil einer Oberflächen-Transkription gegenüber der in Lösung liegt in der mehrfachen Verwendung der immobilisierten Matrize, wie sie in dieser Arbeit dreimal erfolgreich absolviert wurde. Die Oberflächen-Translation des EGFP-Gens konnte ebenfalls zweimal an einer immobilisierten Matrize gezeigt werden, wobei Zweifel über eine echte Festphasen-Translation nicht ausgeräumt werden konnten. Zusammenfassend kann festgestellt werden, dass die Transkription und Translation von immobilisierten Gensequenzen auf planaren Oberflächen möglich ist, wofür die linearen Matrizen direkt auf der Oberfläche synthetisiert werden können. N2 - In vitro mRNA synthesis and in vitro translation are of great interest for biochemical and molecular biological basic research, and also for biotechnology and other applications. Solid phase coupled synthesis is very useful for the development of high throughput procedures to elucidate and manipulate gene products. An artificial gene was constructed combining the T7 promoter and terminator with the EGFP-gene from the plasmid pEGFP. The functionality of the construct was shown by in vitro translation. The gene-construct was immobilised on a planar glass surface. The transcription was performed on the immobilised gene and mRNA was determined by RT-PCR. These results demonstrate that the complete gene is transcribed from the covalently coupled PCR product. Thus, it is possible to transfer a standard transcription technique onto an On-chip reaction. The direct PCR amplification of transcriptionable sequences of EGFP bound on surfaces was successfully used for solid phase transcription. Successful transcriptions were also performed at least to 1 ng of used template. The RNA synthesis was also successful in the second and third reaction on the same slide as observed by signals after RT-PCR. It seems to be possible to transfer the translation of reportergenes in a solid phase coupled synthesis, too. For further integration of cellular procedures on a chip, the cell-free RNA synthesis on immobilised templates is an crucial technical hurdle to conquer. Major advantages of using immobilised templates for transcription are, low risk of contamination occuring in solution, and no necessity of further purification steps for downstream applications of the RNA product. KW - Immobilisierung KW - Transkription KW - Translation KW - Bakteriophage T7 KW - Lab on chip KW - EGFP KW - Stammschleife KW - Lab on chip KW - transcription KW - translation KW - EGFP KW - stem loop KW - immobilization KW - T7 Y1 - 2005 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-10282 ER -