TY - JOUR A1 - Autenrieth, Marijke A1 - Hartmann, Stefanie A1 - Lah, Ljerka A1 - Roos, Anna A1 - Dennis, Alice B. A1 - Tiedemann, Ralph T1 - High-quality whole-genome sequence of an abundant Holarctic odontocete, the harbour porpoise (Phocoena phocoena) JF - Molecular ecology resources N2 - The harbour porpoise (Phocoena phocoena) is a highly mobile cetacean found across the Northern hemisphere. It occurs in coastal waters and inhabits basins that vary broadly in salinity, temperature and food availability. These diverse habitats could drive subtle differentiation among populations, but examination of this would be best conducted with a robust reference genome. Here, we report the first harbour porpoise genome, assembled de novo from an individual originating in the Kattegat Sea (Sweden). The genome is one of the most complete cetacean genomes currently available, with a total size of 2.39 Gb and 50% of the total length found in just 34 scaffolds. Using 122 of the longest scaffolds, we were able to show high levels of synteny with the genome of the domestic cattle (Bos taurus). Our draft annotation comprises 22,154 predicted genes, which we further annotated through matches to the NCBI nucleotide database, GO categorization and motif prediction. Within the predicted genes, we have confirmed the presence of >20 genes or gene families that have been associated with adaptive evolution in other cetaceans. Overall, this genome assembly and draft annotation represent a crucial addition to the genomic resources currently available for the study of porpoises and Phocoenidae evolution, phylogeny and conservation. KW - cetaceans KW - genomics/proteomics KW - mammals KW - molecular evolution Y1 - 2018 U6 - https://doi.org/10.1111/1755-0998.12932 SN - 1755-098X SN - 1755-0998 VL - 18 IS - 6 SP - 1469 EP - 1481 PB - Wiley CY - Hoboken ER - TY - THES A1 - Bibi, Faysal T1 - Paleoecology and evolution in the Afro-Arabian neogene T1 - Paläoökologie und Evolution im afro-arabischen Neogen N2 - This cumulative habilitation thesis presents new work on the systematics, paleoecology, and evolution of antelopes and other large mammals, focusing mainly on the late Miocene to Pleistocene terrestrial fossil record of Africa and Arabia. The studies included here range from descriptions of new species to broad-scale analyses of diversification and community evolution in large mammals over millions of years. A uniting theme is the evolution, across both temporal and spatial scales, of the environments and faunas that characterize modern African savannas today. One conclusion of this work is that macroevolutionary changes in large mammals are best characterized at regional (subcontinental to continental) and long-term temporal scales. General views of evolution developed on records that are too restricted in spatial and temporal extent are likely to ascribe too much influence to local or short-lived events. While this distinction in the scale of analysis and interpretation may seem trivial, it is challenging to implement given the geographically and temporally uneven nature of the fossil record, and the difficulties of synthesizing spatially and temporally dispersed datasets. This work attempts to do just that, bringing together primary fossil discoveries from eastern Africa to Arabia, from the Miocene to the Pleistocene, and across a wide range of (mainly large mammal) taxa. The end result is support for hypotheses stressing the impact of both climatic and biotic factors on long-term faunal change, and a more geographically integrated view of evolution in the African fossil record. N2 - Die vorliegende kumulative Habilitationsarbeit beschäftigt sich mit der Systematik, Paläoökologie und Evolution von Antilopen und anderen Großsäugetieren mit Schwerpunkt auf dem spätmiozänen bis pleistozänen Fossilbericht Arabiens und Afrikas. Die Untersuchungen reichen dabei von der Beschreibung neuer Arten bis hin zu großmaßstäblichen Analysen zur Diversifikation und Community-Evolution von Großsäugern über mehrere Millionen Jahre, mit besonderem Augenmerk auf der zeitlichen und räumlichen Evolution der für die heutigen afrikanischen Savannen charakteristischen Fauna und Umwelt. Eine der Schlussfolgerungen der vorliegenden Arbeit lautet, dass makroevolutionärer Wandel bei Großsäugetieren am besten auf der regionalen (subkontinental bis kontinentalen) Ebene sowie über lange zeitliche Skalen hinweg sichtbar wird. Umgekehrt scheinen davon abweichende Ergebnisse früherer Studien, welche häufig auf zeitlich und räumlich eingeschränkter Basis durchgeführt wurden, übermäßig von kurzfristigen Ereignissen beeinflusst worden zu sein. Ein besseres Verständnis für die methodischen Ursachen dieser unterschiedlichen Bewertungen ist von großer Bedeutung in Anbetracht der variablen Qualität des Fossilberichts und den Schwierigkeiten, derartige zeitlich und räumlich oftmals heterogenen Datensätze adäquat zu synthetisieren – letzteres war ein erklärtes Ziel der vorliegenden Arbeit. Schlussendlich unterstützen die hier dargelegten Untersuchungen die Hypothese eines Einflusses von sowohl klimatischen wie biotischen Faktoren auf langzeitlichen Faunenwandel und bieten eine neue, integrierte Perspektive auf die Evolution der afrikanischen Großsäuger-Faunen. KW - Africa KW - Arabia KW - neogene KW - paleontology KW - mammals KW - Afrika KW - Arabien KW - Neogen KW - Paläontologie KW - Säugetiere Y1 - 2018 ER -