TY - JOUR A1 - de Abreu e Lima, Francisco Anastacio A1 - Li, Kun A1 - Wen, Weiwei A1 - Yan, Jianbing A1 - Nikoloski, Zoran A1 - Willmitzer, Lothar A1 - Brotman, Yariv T1 - Unraveling lipid metabolism in maize with time-resolved multi-omics data JF - The plant journal N2 - Maize is the cereal crop with the highest production worldwide, and its oil is a key energy resource. Improving the quantity and quality of maize oil requires a better understanding of lipid metabolism. To predict the function of maize genes involved in lipid biosynthesis, we assembled transcriptomic and lipidomic data sets from leaves of B73 and the high-oil line By804 in two distinct time-series experiments. The integrative analysis based on high-dimensional regularized regression yielded lipid-transcript associations indirectly validated by Gene Ontology and promoter motif enrichment analyses. The co-localization of lipid-transcript associations using the genetic mapping of lipid traits in leaves and seedlings of a B73 x By804 recombinant inbred line population uncovered 323 genes involved in the metabolism of phospholipids, galactolipids, sulfolipids and glycerolipids. The resulting association network further supported the involvement of 50 gene candidates in modulating levels of representatives from multiple acyl-lipid classes. Therefore, the proposed approach provides high-confidence candidates for experimental testing in maize and model plant species. KW - Zea mays KW - lipid metabolism KW - omics KW - GFLASSO KW - QTL Y1 - 2018 U6 - https://doi.org/10.1111/tpj.13833 SN - 0960-7412 SN - 1365-313X VL - 93 IS - 6 SP - 1102 EP - 1115 PB - Wiley CY - Hoboken ER - TY - THES A1 - Leicht, Katja T1 - Positionelle Klonierung von Tbc1d1 als Kandidatengen für Adipositas T1 - Positional cloning of Tbc1d1 as candidate gene for obesity N2 - Nob1 (New Zealand obese 1) bezeichnet einen Adipositas-QTL auf Chr. 5 der Maus (LODBMI >3,3), der in einem Rückkreuzungsexperiment der Mausstämme NZO (adipös) und SJL (schlank) identifiziert wurde. Um Kandidatengene für Adipositas zu finden, wurden mehr als 300 Nob1-Transkripte mit Hilfe von Genexpressionsanalysen auf Unterschiede in stoffwechselrelevanten Geweben zwischen beiden Mausstämmen untersucht. Sieben Gene zeigten eine differentielle Expression: 2310045A20Rik, Tbc1d1, Ppp1cb, Mll5, Insig1, Abhd1 und Alox5ap. Die codierenden Bereiche dieser Gene wurden anschließend auf Sequenzunterschiede zwischen NZO und SJL untersucht. Nur im Gen Tbc1d1, das im Peak-Bereich des Nob1 lokalisiert ist, wurde eine SJL-spezifische Deletion von sieben Basen detektiert, die zu einer Leserasterverschiebung und einem vorzeitigen Abbruch des Proteins in der funktionellen Rab-GAP-Domäne führt (Loss-of-Function-Mutation). Interessanterweise wurde eine Variante von TBC1D1 (R125W) in Kopplungsanalysen mit Adipositas beim Menschen assoziiert (Stone et al., 2006). TBC1D1 zeigt eine hohe Homologie zu TBC1D4 (AS160), das im Insulinsignalweg eine wichtige Rolle spielt. In 17 weiteren Genen im Peak-Bereich des Nob1 wurde keine weitere SJL-spezifischen Mutation detektiert. Bei NZO-Tieren erfolgte die Tbc1d1-mRNA-Expression vorwiegend in glycolytischen Fasern des Skelettmuskels. Zudem wurden zwei gewebsspezifisch exprimierte Tbc1d1-Isoformen identifiziert, die sich durch alternatives Splicen der Exone 12 und 13 unterscheiden. Die im Rahmen dieser Arbeit gefundenen Ergebnisse machen Tbc1d1 zu einem plausiblen Kandidatengen für den Nob1-QTL. Welche Funktion Tbc1d1 im Glucose- und Fettstoffwechsel des Skelettmuskels hat, muss in weiteren Analysen untersucht werden. N2 - Nob1 (New Zealand obese 1) has been identified as an obesity QTL on chromosome 5 (LODBMI >3,3) in a backcross experiment of obese NZO and lean SJL mice. To identify candidate genes for obesity expression profiling experiments with RNA from metabolic tissues were performed with more than 300 Nob1-genes. Seven genes showed differences in mRNA expression levels between both strains: 2310045A20Rik, Tbc1d1, Ppp1cb, Mll5, Insig1, Abhd1, and Alox5ap. Sequencing of the coding regions of these genes revealed a SJL-specific deletion of seven basepairs in the Tbc1d1 gene that is located in the peak region of Nob1. This mutation leads to a frameshift resulting in a truncated protein that lacks the important Rab-GAP-domain (Loss-of-Function-mutation). Interestingly, linkage analysis of the R125W-variant of TBC1D1 has been recently associated with human obesity. TBC1D1 shows high homology to TBC1D4 (AS160) that plays an important role in the insulin signaling pathway. No other SJL-specific mutations were detected in 17 further genes in the Nob1 peak region. In NZO mice Tbc1d1 mRNA is predominantly expressed in glycolytic fibres of skeletal muscle. Two isoformes were identified differing in alternative spliced exons 12 and 13 and showing a tissue specific mRNA expression. The results presented in this work make Tbc1d1 a very feasible candidate gene to be causal for Nob1. The function of Tbc1d1 in the metabolism of carbohydrates and fat has yet to be analyzed. KW - Tbc1d1 KW - Adipositas KW - SJL KW - loss-of-function-Mutation KW - QTL KW - Tbc1d1 KW - Obesity KW - SJL KW - loss-of-function mutation KW - QTL Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-34610 ER -