TY - THES A1 - Lotkowska, Magda Ewa T1 - Functional analysis of MYB112 transcription factor in the model plant Arabidopsis thaliana T1 - Funktionelle Charakterisierung von MYB112 Transkriptionsfaktor aus der Modellpflanze Arabidopsis thaliana N2 - Transcription factors (TFs) are ubiquitous gene expression regulators and play essential roles in almost all biological processes. This Ph.D. project is primarily focused on the functional characterisation of MYB112 - a member of the R2R3-MYB TF family from the model plant Arabidopsis thaliana. This gene was selected due to its increased expression during senescence based on previous qRT-PCR expression profiling experiments of 1880 TFs in Arabidopsis leaves at three developmental stages (15 mm leaf, 30 mm leaf and 20% yellowing leaf). MYB112 promoter GUS fusion lines were generated to further investigate the expression pattern of MYB112. Employing transgenic approaches in combination with metabolomics and transcriptomics we demonstrate that MYB112 exerts a major role in regulation of plant flavonoid metabolism. We report enhanced and impaired anthocyanin accumulation in MYB112 overexpressors and MYB112-deficient mutants, respectively. Expression profiling reveals that MYB112 acts as a positive regulator of the transcription factor PAP1 leading to increased anthocyanin biosynthesis, and as a negative regulator of MYB12 and MYB111, which both control flavonol biosynthesis. We also identify MYB112 early responsive genes using a combination of several approaches. These include gene expression profiling (Affymetrix ATH1 micro-arrays and qRT-PCR) and transactivation assays in leaf mesophyll cell protoplasts. We show that MYB112 binds to an 8-bp DNA fragment containing the core sequence (A/T/G)(A/C)CC(A/T)(A/G/T)(A/C)(T/C). By electrophoretic mobility shift assay (EMSA) and chromatin immunoprecipitation coupled to qPCR (ChIP-qPCR) we demonstrate that MYB112 binds in vitro and in vivo to MYB7 and MYB32 promoters revealing them as direct downstream target genes. MYB TFs were previously reported to play an important role in controlling flavonoid biosynthesis in plants. Many factors acting upstream of the anthocyanin biosynthesis pathway show enhanced expression levels during nitrogen limitation, or elevated sucrose content. In addition to the mentioned conditions, other environmental parameters including salinity or high light stress may trigger anthocyanin accumulation. In contrast to several other MYB TFs affecting anthocyanin biosynthesis pathway genes, MYB112 expression is not controlled by nitrogen limitation, or carbon excess, but rather is stimulated by salinity and high light stress. Thus, MYB112 constitutes a previously uncharacterised regulatory factor that modifies anthocyanin accumulation under conditions of abiotic stress. N2 - Transkriptionsfaktoren (TFs) sind ubiquitäre Regulatoren der Genexpression und spielen eine essentielle Rolle in nahezu allen biologischen Prozessen. Diese Doktorarbeit hat vor allem die funktionelle Charakterisierung von MYB112 zum Thema, einem Mitglied der R2R3-MYB-TF-Familie aus der Modellpflanze Arabidopsis thaliana. Ausgesucht wurde das Gen aufgrund seiner erhöhten Expression in seneszenten Blättern, basierend auf vorangegangenen qRT-PCR Expressions-Profiling Experimenten für 1880 TFs in Arabidopsis Blättern aus drei Entwicklungsstadien (15 mm Blatt, 30 mm Blatt und 20 % vergilbtes Blatt). MYB112-Promotor-GUS-Fusionslinien wurden generiert um das Expressionsmuster von MYB112 detailliert zu untersuchen. Unter Zuhilfenahme transgener Ansätze in Kombination mit Metabolomics und Transcriptomics können wir zeigen, dass MYB112 eine wichtige Rolle in der Regulation des pflanzlichen Flavonoid-Metabolismus spielt. In MYB112 Überexpressoren und MYB112-defizienten Mutanten kommt es zu erhöhter bzw. verminderter Anthocyanin-Akkumulation. Expressions-Profiling zeigt, dass MYB112 einerseits als ein positiver Regulator des Transkriptionsfaktors PAP1 fungiert, was zu einer erhöhten Anthocyanin-Biosynthese führt, andererseits als negativer Regulator von MYB12 und MYB111 auftritt, welche beide die Flavonol-Biosynthese kontrollieren. Wir haben früh auf MYB112 reagierende Gene durch eine Kombination verschiedener Ansätze identifiziert. Diese umfassen Genexpressions-Profiling (Affymetrix ATH1 Microarrays und qRT-PCR) und Transaktivierungs-Experimente in Mesophyll-Protoplasten aus Blättern. Wir zeigen, dass MYB112 an eine 8-bp DNA-Fragment, welches die Kernsequenz (A/T/G)(A/C)CC(A/T)(A/G/T)(A/C)(T/C) aufweist. Mit Hilfe von Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) und Chromatin-Immunopräzipitation gekoppelt mit qPCR (ChIP-qPCR) zeigen wir, dass MYB112 in vitro und in vivo an die Promotoren von MYB7 und MYB32 bindet was sie damit als direkte Zielgene von MYB112 identifiziert. Es wurde bereits gezeigt, dass MYB TFs eine wichtige Rolle bei der Kontrolle der Flavonoid-Biosynthese in Pflanzen haben. Viele Faktoren, die oberhalb des Anthocyanin-Biosyntheseweges agieren, werden bei Stickstofflimitierung oder erhöhter Saccharose-Konzentration auch verstärkt exprimiert. Außer den erwähnten Bedingungen können auch andere Umweltparameter, wie z. B. erhöhter Salzgehalt und Starklicht zu erhöhter Expression führen. Im Gegensatz jedoch zu einigen anderen MYB TFs, die einen Einfluss auf Gene des Anthocyanin-Biosyntheseweges ausüben, ist die Expression von MYB112 nicht durch Stickstoff-Limitierung oder Kohlenstoffüberfluss kontrolliert, sondern wird durch erhöhten Salzgehalt sowie Starklicht stimuliert. Somit ist MYB112 ein neuer Regulator, der eine Anthocyanin-Akkumulation unter abiotischen Stressbedingungen kontrolliert. KW - Transkriptionsfaktoren KW - Flavonoid-Metabolismus KW - Stress KW - Transaktivierungs-Experimente KW - Chromatin-Immunopräzipitation KW - transcription factors KW - flavonoid biosynthesis KW - stress KW - transactivation assay KW - chromatin immunoprecipitation Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus-72131 ER - TY - THES A1 - Wang, Victor-C. T1 - Injury and illness risk factors for elite athletes in training environment T1 - Verletzung und Krankheit Risikofaktoren für Elite-Athleten im Trainingsumfeld BT - a comparison between Germany and Taiwan BT - ein Vergleich zwischen Deutschland und Taiwan N2 - Since 1998, elite athletes’ sport injuries have been monitored in single sport event, which leads to the development of first comprehensive injury surveillance system in multi-sport Olympic Games in 2008. However, injury and illness occurred in training phases have not been systematically studied due to its multi-facets, potentially interactive risk related factors. The present thesis aim to address issues of feasibility of establishing a validated measure for injury/illness, training environment and psychosocial risk factors by creating the evaluation tool namely risk of injury questionnaire (Risk-IQ) for elite athletes, which based on IOC consensus statement 2009 recommended content of preparticipation evaluation(PPE) and periodic health exam (PHE). A total of 335 top level athletes and a total of 88 medical care providers from Germany and Taiwan participated in tow “cross-sectional plus longitudinal” Risk-IQ and MCPQ surveys respectively. Four categories of injury/illness related risk factors questions were asked in Risk-IQ for athletes while injury risk and psychological related questions were asked in MCPQ for MCP cohorts. Answers were quantified scales wise/subscales wise before analyzed with other factors/scales. In addition, adapted variables such as sport format were introduced for difference task of analysis. Validated with 2-wyas translation and test-retest reliabilities, the Risk-IQ was proved to be in good standard which were further confirmed by analyzed results from official surveys in both Germany and Taiwan. The result of Risk-IQ revealed that elite athletes’ accumulated total injuries, in general, were multi-factor dependent; influencing factors including but not limited to background experiences, medical history, PHE and PPE medical resources as well as stress from life events. Injuries of different body parts were sport format and location specific. Additionally, medical support of PPE and PHE indicated significant difference between German and Taiwan. The result of the present thesis confirmed that it is feasible to construct a comprehensive evalua-tion instrument for heterogeneous elite athletes cohorts’ risk factor analysis for injury/illness oc-curred during their non-competition periods. In average and with many moderators involved, Ger-man elite athletes have superior medical care support yet suffered more severe injuries than Tai-wanese counterparts. Opinions of injury related psychological issues reflected differently on vari-ous MCP groups irrespective of different nationalities. In general, influencing factors and interac-tions existed among relevant factors in both studies which implied further investigation with multiple regression analysis is needed for better understanding. N2 - Seit 1998 werden Sportverletzungen von Elitesportlern in Einzeldisziplinen untersucht und überwacht. Daraus entwickelte sich das erste Überwachungssystem von Sportverletzungen für verschiedene Sportdisziplinen, das zum ersten Mal 2008 bei den Olympischen Spielen zum Einsatz kam. Verletzungen und Krankheiten, die aus dem Training resultieren können, wurden bisher noch nicht systematisch beschrieben, da die potentiellen Verletzungsfaktoren vielfältig sein können. Die vorliegende Dissertation hat zum Ziel, Fragen der Zweckmäßigkeit einer validierten Maßnahme zum Verletzungsrisiko und den damit verbundenen psychosozialen Faktoren zu untersuchen. Ausgangspunkt für die Untersuchung ist das IOC consensus statement aus dem Jahr 2009 mit den beiden Bereichen PPE und PHE. 335 Elitesportler und 88 sportmedizinische Versorger aus Deutschland und Taiwan nahmen (zwischen Oktober 2013 und Februar 2014) an einer Querschnitts- und Längsstudie (Risk-IQ und MCPQ) teil. In der Risk-IQ-Umfrage unter den Elitesportlern wurden Fragen zu vier Kategorien von Verletzungsfaktoren gestellt. Die sportmedizinischen Versorger beantworteten Fragen zu Verletzungsrisiken und psychologische Fragen. Die Antworten wurden in Skalen und Unterskalen quantifiziert, bevor sie mit anderen Faktoren analysiert wurden. Darüber hinaus wurden angepasste Variablen wie zum Beispiel das Sportformat eingeführt. Im Vorfeld der Studie wurden die Übersetzungen der Umfragefragen validiert und Reliabilitäts-Test und Retests durchgeführt, bevor die Umfragen in Deutschland und Taiwan durchgeführt wurden. Das Ergebnis der Umfrage unter den Elitesportlern zeigt, dass die Sportverletzungen im Allgemeinen von verschiedenen Faktoren abhängig sind: Trainingserfahrungen, Leistungsniveau, medizinische Vorgeschichte, PHE und PPE Ressourcen sowie von psychosozialem Stress, der durch bestimmte Erlebnisse oder Schicksalsschläge ausgelöst werden kann. Die Art der Verletzungen werden durch die Sportart und den Trainingsort beeinflusst. Auch die medizinische Versorgung im Rahmen der PPE und PHE ist signifikant verschieden zwischen Deutschland und Taiwan. Im Ergebnis zeigt sich, dass es anhand eines umfassenden Erhebungsinstruments möglich ist, Verletzungsfaktoren für Elite-Athleten zu identifizieren. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass deutsche Elitesportler eine bessere medizinische Versorgung genießen als taiwanische Elitesportler. Allerdings sind sie auch von schwereren Verletzungen betroffen. Die Antworten zu den psychosozialen Einflussfaktoren gehen auseinander und lassen sich nicht auf Sportler einer Nationalität beschränken. KW - injury and illness KW - risk factors KW - elite athlete KW - sport training KW - Germany KW - Taiwan KW - Risikofaktoren KW - Verletzung KW - Elite-Athleten KW - Deutschland KW - Taiwan KW - injury surveillance KW - multi-sports KW - IOC KW - Olympic Games KW - national Olympic committees (NOCs) KW - international sport federations (IFs) KW - international competition participation KW - training phases KW - interaction KW - feasibility KW - validated measure KW - training environment KW - psychosocial KW - evaluation tool KW - sport injury KW - questionnaire KW - Risk-IQ KW - IOC consensus statement 2009 KW - pre-participation evaluation (PPE) KW - periodic health exam (PHE) KW - medical care providers (MCP) KW - medical care providers questionnaire (MCPQ) KW - cross-sectional KW - longitudinal KW - intra-class correlation coefficient (ICC) KW - factor analysis KW - scales KW - sport format KW - sport location KW - 2-wyas translation KW - forward and backward translation KW - test-retest reliabilities KW - multi-factor KW - medical history KW - medical resources KW - stress KW - inventory of life events (ILE) KW - perceived stress scale (PSS) KW - overtraining syndrome KW - body parts KW - medical education KW - medical support KW - comprehensive evaluation instrument KW - heterogeneous cohorts KW - non-competition periods KW - moderators KW - severe injury KW - opinions KW - nationalities KW - interactions KW - multiple logistic regression KW - Colorado injury report system (CIRS) KW - sport injury risk factors model KW - TRIPP model KW - stress and injury model KW - Bland and Altman plot Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-100925 ER - TY - THES A1 - Ziegler, Moritz O. T1 - The 3D in-situ stress field and its changes in geothermal reservoirs T1 - Das 3D in-situ Spannungsfeld und seine Änderungen in Geothermiereservoiren N2 - Information on the contemporary in-situ stress state of the earth’s crust is essential for geotechnical applications and physics-based seismic hazard assessment. Yet, stress data records for a data point are incomplete and their availability is usually not dense enough to allow conclusive statements. This demands a thorough examination of the in-situ stress field which is achieved by 3D geomechanicalnumerical models. However, the models spatial resolution is limited and the resulting local stress state is subject to large uncertainties that confine the significance of the findings. In addition, temporal variations of the in-situ stress field are naturally or anthropogenically induced. In my thesis I address these challenges in three manuscripts that investigate (1) the current crustal stress field orientation, (2) the 3D geomechanical-numerical modelling of the in-situ stress state, and (3) the phenomenon of injection induced temporal stress tensor rotations. In the first manuscript I present the first comprehensive stress data compilation of Iceland with 495 data records. Therefore, I analysed image logs from 57 boreholes in Iceland for indicators of the orientation of the maximum horizontal stress component. The study is the first stress survey from different kinds of stress indicators in a geologically very young and tectonically active area of an onshore spreading ridge. It reveals a distinct stress field with a depth independent stress orientation even very close to the spreading centre. In the second manuscript I present a calibrated 3D geomechanical-numerical modelling approach of the in-situ stress state of the Bavarian Molasse Basin that investigates the regional (70x70x10km³) and local (10x10x10km³) stress state. To link these two models I develop a multi-stage modelling approach that provides a reliable and efficient method to derive from the larger scale model initial and boundary conditions for the smaller scale model. Furthermore, I quantify the uncertainties in the models results which are inherent to geomechanical-numerical modelling in general and the multi-stage approach in particular. I show that the significance of the models results is mainly reduced due to the uncertainties in the material properties and the low number of available stress magnitude data records for calibration. In the third manuscript I investigate the phenomenon of injection induced temporal stress tensor rotation and its controlling factors. I conduct a sensitivity study with a 3D generic thermo-hydro-mechanical model. I show that the key control factors for the stress tensor rotation are the permeability as the decisive factor, the injection rate, and the initial differential stress. In particular for enhanced geothermal systems with a low permeability large rotations of the stress tensor are indicated. According to these findings the estimation of the initial differential stress in a reservoir is possible provided the permeability is known and the angle of stress rotation is observed. I propose that the stress tensor rotations can be a key factor in terms of the potential for induced seismicity on pre-existing faults due to the reorientation of the stress field that changes the optimal orientation of faults. N2 - Kenntnis des derzeitigen in-situ Spannungszustandes der Erdkruste ist essenziell für geotechnische Anwendungen und seismische Gefährdungsabschätzungen, welche auf physikalischen Beobachtungen basieren. Jedoch sind die Spannungsinformationen jedes Datenpunktes unvollständig und die Menge an vorhandenen Datenpunkten ist normalerweise nicht groß genug, um schlüssige Ergebnisse zu erzielen. Daher ist eine eingehende Untersuchung des in-situ Spannungsfeldes, welche durch 3D geomechanisch-numerische Modellierung geleistet wird, erforderlich. Jedoch ist die räumliche Auflösung der Modelle begrenzt und der resultierende Spannungszustand ist großen Unsicherheiten unterworfen, welche die Aussagekraft der Ergebnisse beschränken. Zusätzlich gibt es zeitliche Änderungen des Spannungsfeldes, welche durch natürliche Prozesse bedingt oder menschengemacht sind. In meiner Dissertation behandle ich diese Herausforderungen in drei Manuskripten, welche (1) die Orientierung des derzeitigen Spannungszustandes, (2) die 3D geomechanisch-numerische Modellierung des in-situ Spannungszustandes und (3) das Phänomen injektionsinduzierter zeitlicher Rotationen des Spannungstensors zum Thema haben. In dem ersten Manuskript präsentiere ich die erste umfassende Spannungsdatensammlung von Island mit insgesamt 495 Einträgen. Dafür habe ich Bilddatenlogs aus 57 Bohrlöchern in Island auf Indikatoren der maximalen horizontalen Spannungsorientierung hin untersucht. Diese Studie ist die erste ganzheitliche Spannungsuntersuchung, welche sich auf verschiedene Indikatoren der Spannungsorientierung stützt und in einem geologisch sehr jungen und tektonisch aktiven Gebiet auf einem Mittelozeanischen Rücken an Land liegt. Es zeigt sich, dass selbst sehr nahe an der Plattengrenze eine tiefenunabhängige, eindeutige Spannungsorientierung existiert. In dem zweiten Manuskript präsentiere ich einen kalibrierten 3D geomechanisch-numerischen Modellierungsansatz des in-situ Spannungszustandes des bayrischen Molassebeckens welches den regionalen (70x70x10km³) und den lokalen (10x10x10km³) Spannungszustand untersucht. Um diese zwei Modelle zu verbinden, habe ich ein mehrstufigen Modellansatz entworfen, welcher eine zuverlässige und effiziente Methode darstellt um Randbedingungen und Initialbedingungen für das kleinere Modell aus dem größeren Modell abzuleiten. Des Weiteren quantifiziere ich die Unsicherheiten in den Modellergebnissen, welche im Allgemeinen durch geomechanisch-numerische Modellierung und im Speziellen durch den Mehrstufenansatz entstehen. Ich zeige, dass die Signifikanz der Modellergebnisse hauptsächlich durch die Unsicherheiten in den Materialeigenschaften sowie der geringen Anzahl vorhandener Spannungsmagnitudendaten zur Kalibrierung reduziert wird. In dem dritten Manuskript untersuche ich das Phänomen injektionsinduzierter zeitlicher Rotationen des Spannungstensors und deren kontrollierende Parameter. Ich führe eine Sensitivitätsanalyse mit einem generischen 3D thermo-hydro-mechanischen Modell durch. Darin zeige ich, dass die Schlüsselparameter, welche die Rotationen des Spannungstensors kontrollieren, die Permeabilität des Reservoirgesteins als der entscheidende Faktor, die Injektionsrate und die initiale Differenzspannung sind. Insbesondere für geothermische Systeme nach dem Hot-Dry-Rock-Verfahren mit einer geringen Permeabilität weisen die Ergebnisse auf große Rotationen des Spannungstensors hin. Gemäß diesen Ergebnissen kann die initiale Differenzspannung in einem Reservoir abgeschätzt werden, sollte die Permeabilität bekannt sein und der Winkel der Spannungsrotation beobachtet werden. Ich schlage vor, dass Spannungsrotationen ein Schlüsselfaktor in Bezug auf das Potenzial für induzierte Seismizität sind, welche auf prä-existierenden Störungen entsteht, die durch die Reorientierung des Spannungsfeldes optimal orientiert werden. KW - stress KW - stress changes KW - induced seismicity KW - geothermal KW - geomechanical modelling KW - Spannung KW - Spannungsänderungen KW - induzierte Seismizität KW - Geothermie KW - geomechanische Modellierung Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:517-opus4-403838 ER -