@phdthesis{SanockaPagel2009,
  author    = {Sanocka-Pagel, Elżbieta},
  title     = {Estetyczne myślenie w tw{\´o}rczości Andrzeja Stasiuka : w kontekście mityzacji Europy Wschodniej},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-60862},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {W pracy został przedstawiony innowacyjny spos{\´o}b patrzenia na Europę Wschodnią, widoczny w tw{\´o}rczości Andrzeja Stasiuka odbiegający od klasycznego, czyli "r{\´o}wnoleżnikowego" widzenia tej części kontynentu w odwiecznej konfrontacji i nieustannych por{\´o}wnań z Zachodem. Tw{\´o}rczość tego artysty skupia się na zaniedbanym ,,pasie południowym". 1. Stan badań Tw{\´o}rczość pisarza cieszy się ogromną popularnością w kraju i za granicą. Krytyka literacka z wielką uwagą śledzi kolejno pojawiające się dzieła, niemniej jednak do tej pory stan badań jest stosunkowo niewielki. Nie powstało żadne kompendium wiedzy o wczesnej tw{\´o}rczości pisarza czy monograficzne opracowanie obejmujące ten sam okres tw{\´o}rczości artysty. Do tej pory uwaga krytyki i badaczy zwr{\´o}cona została gł{\´o}wnie na pierwsze utwory powstałe w latach dziewięćdziesiątych. 2. Cel pracy Gł{\´o}wnym celem dysertacji była analiza tw{\´o}rczości Stasiuka w odniesieniu do zagadnień i problem{\´o}w obecnych w filozofii i estetyce takich jak: kategoria piękna i brzydoty w ujęciu ontologicznym, metafizycznym i epistemologicznym, badanie wybranych utwor{\´o}w w kontekście niekonwencjonalnej autobiografii artystycznej, jak r{\´o}wnież nawiązanie do mityzacji Europy Wschodniej z odwołaniem się do prozy Brunona Schulza. Utworami łączącymi te zagadnienia ujmując chronologicznie są: „Opowieści galicyjskie"(1995), „Dukla"(1997), „Dziennik okrętowy"(2000), „Jadąc do Babadag"(2004). Teksty te łączy wsp{\´o}lny kontekst estetyczny, autobiograficzny, mityczny. 3. Podział i budowa pracy Niniejsza praca składa się z trzech części: pierwszej - „Estetyka brzydoty", drugiej - „Homo geographicus Fascynacja geografią w kontekście autobiograficznym" stanowiącą pomost między kontekstem estetycznym i mitycznym oraz trzeciej: „Mityzacja Europy Wschodniej. Inspiracja Schulzem". 4. Uwagi końcowe W zamykających na koniec wnioskach i uwagach warto podkreślić, że w pracy zostały poddane analizie problemy omijane przez wielu badaczy. Celem dysertacji było przedstawienie tw{\´o}rczości tego pisarza w niepodejmowanych do tej pory obszarach tematycznych. Spojrzenie na przedstawioną rzeczywistość i jej zjawiska tym razem w aspekcie estetycznym i mitycznym pozwoliły w zupełnie inny spos{\´o}b spojrzeć na wybrane utwory Andrzeja Stasiuka.},
  language  = {mul}
}
@phdthesis{Glikman2009,
  author    = {Glikman, Julie},
  title     = {Parataxe et subordination en ancien fran{\c{c}}ais},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-56784},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Parataxe et subordination, ces deux termes, parfois antith{\´e}tiques, sont probl{\´e}matiques du fait m{\^e}me de leur extr{\^e}me polys{\´e}mie. C'est de cette ambigu{\"i}t{\´e} que na{\^i}t l'objet d'{\´e}tude, les constructions asynd{\´e}tiques, au statut incertain entre int{\´e}gration et ind{\´e}pendance. Dans cette th{\`e}se, nous proposons de r{\´e}interroger ce ph{\´e}nom{\`e}ne ancien et d{\´e}j{\`a} bien connu en ancien fran{\c{c}}ais, en le mettant en regard des remises en question et avanc{\´e}es des recherches actuelles sur le sujet. Pour cela, il nous faut tout d'abord poser une d{\´e}finition de ce qu'est la subordination. Nous montrons ensuite que les constructions asynd{\´e}tiques sont bien des cas de subordination. Cette th{\`e}se {\´e}tablit enfin que ce ph{\´e}nom{\`e}ne constitue, en ancien fran{\c{c}}ais du moins, une variante libre en syntaxe. Sa r{\´e}partition et sa pr{\´e}sence dans les textes a cependant tr{\`e}s t{\^o}t diminu{\´e}, mais l'existence de ph{\´e}nom{\`e}nes parall{\`e}les en fran{\c{c}}ais moderne, tout comme d'autres indices, nous permettent de faire l'hypoth{\`e}se que cette {\´e}volution tient d'une alternance oral / {\´e}crit. Cette th{\`e}se montre ainsi que les probl{\`e}mes, comme les enjeux, ne diff{\`e}rent finalement pas, quel que soit l'{\´e}tat de langue et que la parataxe constitue bien une construction dans le syst{\`e}me de la langue.},
  language  = {fr}
}
@phdthesis{Hakimhashemi2009,
  author    = {Hakimhashemi, Amir Hossein},
  title     = {Time-dependent occurrence rates of large earthquakes in the Dead Sea fault zone and applications to probabilistic seismic hazard assessments},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-52486},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Die relativ hohe seismische Aktivit{\"a}t der Tote-Meer-St{\"o}rungszone (Dead Sea Fault Zone - DSFZ) ist mit einem hohen Gefahrenpotential verbunden, welches zu einem erheblichen Erdbebenrisiko f{\"u}r die Ballungszentren in den L{\"a}ndern Syrien, Libanon, Pal{\"a}stina, Jordanien und Israel f{\"u}hrt. Eine Vielzahl massiver, zerst{\"o}rerischer Erdbeben hat sich in diesem Raum in den letzten zwei Jahrtausenden ereignet. Ihre Wiederholungsrate zeigt Anzeichen f{\"u}r eine zeitliche Abh{\"a}ngigkeit, insbesondere wenn lange Zeitr{\"a}ume in Betracht gezogen werden. Die Ber{\"u}cksichtigung der zeitlichen Abh{\"a}ngigkeit des Auftretens von Erdbeben ist f{\"u}r eine realistische seismische Gef{\"a}hrdungseinsch{\"a}tzung von großer Bedeutung. Ziel der vorliegenden Arbeit ist es, anhand des zeitabh{\"a}ngigen Auftretens von Erdbeben eine robuste wahrscheinlichkeitstheoretische seismische Gef{\"a}hrdungseinsch{\"a}tzung am Beispiel der DSFZ zu entwickeln. Mittels dieser Methode soll die zeitliche Abh{\"a}ngigkeit des Auftretens von großen Erdbeben (Mw ≥ 6) untersucht und somit eine Gef{\"a}hrdungseinsch{\"a}tzung f{\"u}r das Untersuchungsgebiet getroffen werden. Prim{\"a}r gilt es zu pr{\"u}fen, ob das Auftreten von großen Erdbeben tats{\"a}chlich einer zeitlichen Abh{\"a}ngigkeit unterliegt und wenn ja, inwiefern diese bestimmt werden kann. Zu diesem Zweck werden insgesamt vier zeitabh{\"a}ngige statistische Verteilungen (Weibull, Gamma, Lognormal und Brownian Passage Time (BPT)) sowie die zeitunabh{\"a}ngige Exponentialverteilung (Poisson-Prozess) getestet. Zur Absch{\"a}tzung der jeweiligen Modellparameter wird eine modifizierte Methode der gewichteten Maximum-Likelihood-Sch{\"a}tzung (MLE) verwendet. Um einzusch{\"a}tzen, ob die Wiederholungsrate von Erdbeben einer unimodalen oder multimodalen Form folgt, wird ein nichtparametrischer Bootstrap-Test f{\"u}r Multimodalit{\"a}t durchgef{\"u}hrt. Im Falle einer multimodalen Form wird neben der MLE zus{\"a}tzlich eine Erwartungsmaximierungsmethode (EM) herangezogen. Zur Auswahl des am besten geeigneten Modells wird zum einem das Bayesschen Informationskriterium (BIC) und zum anderen der modifizierte Kolmogorow-Smirnow-Goodness-of-Fit-Test angewendet. Abschließend werden mittels der Bootstrap-Methode die Konfidenzintervalle der gesch{\"a}tzten Parameter berechnet. Als Datengrundlage werden Erdbeben mit Mw ≥ 6 seit dem Jahre 300 n. Chr. herangezogen. Das Untersuchungsgebiet erstreckt sich von 29.5° N bis 37° N und umfasst ein ca. 40 km breites Gebiet entlang der DSFZ. Aufgrund der seismotektonischen Situation im Untersuchungsgebiet wird zwischen einer s{\"u}dlichen, zentralen und n{\"o}rdlichen Subzone unterschieden. Dabei kann die s{\"u}dliche Subzone aus Mangel an Daten nicht f{\"u}r die Analysen herangezogen werden. Die Ergebnisse f{\"u}r die zentrale Subzone zeigen keinen signifikanten multimodalen Verlauf der Wiederholungsrate von Erdbeben. Des Weiteren ist kein signifikanter Unterschied zwischen den zeitabh{\"a}ngigen und dem zeitunabh{\"a}ngigem Modell zu verzeichnen. Da das zeitunabh{\"a}ngige Modell vergleichsweise einfach interpretierbar ist, wird die Wiederholungsrate von Erdbeben in dieser Subzone unter Annahme der Exponentialverteilungs-Hypothese abgesch{\"a}tzt. Sie wird demnach als zeitunabh{\"a}ngig betrachtet und betr{\"a}gt 9.72 * 10-3 Erdbeben (mit Mw ≥ 6) pro Jahr. Einen besonderen Fall stellt die n{\"o}rdliche Subzone dar. In diesem Gebiet tritt im Durchschnitt alle 51 Jahre ein massives Erdbeben (Mw ≥ 6) auf. Das letzte Erdbeben dieser Gr{\"o}ße ereignete sich 1872 und liegt somit bereits 137 Jahre zur{\"u}ck. Somit ist in diesem Gebiet ein Erdbeben dieser St{\"a}rke {\"u}berf{\"a}llig. Im statistischen Mittel liegt die Zeit zwischen zwei Erdbeben zu 96\% unter 137 Jahren. Zudem wird eine deutliche zeitliche Abh{\"a}ngigkeit der Erdbeben-Wiederauftretensrate durch die Ergebnisse der in der Arbeit neu entwickelten statistischen Verfahren best{\"a}tigt. Dabei ist festzustellen, dass die Wiederholungsrate insbesondere kurz nach einem Erdbeben eine sehr hohe zeitliche Abh{\"a}ngigkeit aufweist. Am besten repr{\"a}sentiert werden die seismischen Bedingungen in der genannten Subzone durch ein bi-modales Weibull-Weibull-Modell. Die Wiederholungsrate ist eine glatte Zeitfunktion, welche zwei H{\"a}ufungen von Datenpunkten in der Zeit nach dem Erdbeben zeigt. Dabei umfasst die erste H{\"a}ufung einen Zeitraum von 80 Jahren, ausgehend vom Zeitpunkt des jeweiligen Bebens. Innerhalb dieser Zeitspanne ist die Wiederholungsrate extrem zeitabh{\"a}ngig. Die Wiederholungsrate direkt nach einem Beben ist sehr niedrig und steigert sich in den folgenden 10 Jahren erheblich bis zu einem Maximum von 0.024 Erdbeben/Jahr. Anschließend sinkt die Rate und erreicht ihr Minimum nach weiteren 70 Jahren mit 0.0145 Erdbeben/Jahr. An dieses Minimum schließt sich die zweite H{\"a}ufung von Daten an, dessen Dauer abh{\"a}ngig von der Erdbebenwiederholungszeit ist. Innerhalb dieses Zeitfensters nimmt die Erdbeben-Wiederauftretensrate ann{\"a}hernd konstant um 0.015 Erdbeben/Jahr zu. Diese Ergebnisse bilden die Grundlage f{\"u}r eine zeitabh{\"a}ngige probabilistische seismische Gef{\"a}hrdungseinsch{\"a}tzung (PSHA) f{\"u}r die seismische Quellregion, die den n{\"o}rdlichen Raum der DSFZ umfasst.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{ZamoraLopez2009,
  author    = {Zamora-L{\´o}pez, Gorka},
  title     = {Linking structure and function of complex cortical networks},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-52257},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {The recent discovery of an intricate and nontrivial interaction topology among the elements of a wide range of natural systems has altered the manner we understand complexity. For example, the axonal fibres transmitting electrical information between cortical regions form a network which is neither regular nor completely random. Their structure seems to follow functional principles to balance between segregation (functional specialisation) and integration. Cortical regions are clustered into modules specialised in processing different kinds of information, e.g. visual or auditory. However, in order to generate a global perception of the real world, the brain needs to integrate the distinct types of information. Where this integration happens, nobody knows. We have performed an extensive and detailed graph theoretical analysis of the cortico-cortical organisation in the brain of cats, trying to relate the individual and collective topological properties of the cortical areas to their function. We conclude that the cortex possesses a very rich communication structure, composed of a mixture of parallel and serial processing paths capable of accommodating dynamical processes with a wide variety of time scales. The communication paths between the sensory systems are not random, but largely mediated by a small set of areas. Far from acting as mere transmitters of information, these central areas are densely connected to each other, strongly indicating their functional role as integrators of the multisensory information. In the quest of uncovering the structure-function relationship of cortical networks, the peculiarities of this network have led us to continuously reconsider the stablished graph measures. For example, a normalised formalism to identify the "functional roles" of vertices in networks with community structure is proposed. The tools developed for this purpose open the door to novel community detection techniques which may also characterise the overlap between modules. The concept of integration has been revisited and adapted to the necessities of the network under study. Additionally, analytical and numerical methods have been introduced to facilitate understanding of the complicated statistical interrelations between the distinct network measures. These methods are helpful to construct new significance tests which may help to discriminate the relevant properties of real networks from side-effects of the evolutionary-growth processes.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Ehmann2009,
  author    = {Ehmann, Tanja},
  title     = {Erfassung und F{\"o}rderung metakognitiver und motivationaler F{\"a}higkeiten : ein halbstandardisiertes Lerntagebuch f{\"u}r Sch{\"u}lerinnen und Sch{\"u}ler mit Migrationshintergrund},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-51227},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Das folgende Forschungsprojekt besch{\"a}ftigt sich mit metakognitiven und motivationalen F{\"a}higkeiten als Teilbereiche des selbstgesteuerten Lernens. Es untersucht den Nutzen und die Grenzen von Lerntageb{\"u}chern, die zugeschnitten wurden auf Grundsch{\"u}lerinnen und Grundsch{\"u}ler mit Migrationshintergrund. Das Ziel der Studie war es herauszufinden, ob und wie selbststeurungsbezogene Lernprozesse durch den Einsatz von Lerntageb{\"u}chern gemessen und ver{\"a}ndert werden k{\"o}nnen. Hierzu f{\"u}hrten 28 Grundsch{\"u}lerinnen und Grundsch{\"u}ler 14 Wochen lang w{\"a}hrend des Unterrichts ein halbstandardisiertes Lerntagebuch in Anlehnung an Wohland/Spinath (2004). Zur Messung von Ver{\"a}nderungen in metakognitiven und motivationalen F{\"a}higkeiten f{\"u}llten 43 Sch{\"u}lerinnen und Sch{\"u}ler zweier Experimentalgruppen und einer Kontrollgruppe vor und nach der Lerntagebuch-Intervention standardisierte Frageb{\"o}gen aus. Weiterhin wurden die 28 Lerntageb{\"u}cher der Experimentalgruppen inhalts- und prozessanalytisch ausgewertet. Außerdem wurden Interviews mit den Lehrkr{\"a}ften {\"u}ber ihre Unterrichtspraxis gef{\"u}hrt und einige Sch{\"u}lerinnen und Sch{\"u}ler zu ihrer Wahrnehmung der Lerntagebucharbeit befragt. Die Ergebnisse der Analyse der Lerntagebuchdaten zeigen, dass die 28 Sch{\"u}lerinnen und Sch{\"u}ler mit Migrationshintergrund erfolgreich ihren Lernprozess bei der Bearbeitung einer Aufgabe verbalisierten. Sie haben weiterhin erfolgreich Vorhersagen {\"u}ber ihre Vorgehensweisen zur L{\"o}sung einer Aufgabe getroffen. Die Lerntageb{\"u}cher unterst{\"u}tzten sie darin, ihre metakognitiven Erfahrungen (Efklides/Petkaki 2005) zu kalibrieren (Desoete/Roeyers 2006). Den Lernenden ist es gelungen, ihre Repr{\"a}sentationen {\"u}ber das L{\"o}sen einer Aufgabe aufeinander (fein-) abzustimmen, w{\"a}hrend sie daran arbeiteten. Mit Hilfe von Zeitreihenanalysen konnte gezeigt werden, dass die Sch{\"u}lerinnen und Sch{\"u}ler die Fragen im Lerntagebuch gegen Ende der Intervention oberfl{\"a}chlicher beantworteten und die Lerntageb{\"u}cher tendenziell weniger h{\"a}ufig ausgef{\"u}llt wurden (negative Trends). Eine Erkl{\"a}rung f{\"u}r die geringere Antworth{\"a}ufigkeit, die zu negativen Verlaufskurven {\"u}ber die Zeit f{\"u}hrten, k{\"o}nnte sein, dass die Instruktionsdichte durch den Mix an offenen und geschlossenen Fragen im Lerntagebuch zu hoch war. Die Lernenden haben sich m{\"o}glicherweise so an die Fragen bzw. Antwortformate gew{\"o}hnt, dass die Motivation, in das Lerntagebuch zu schreiben, geringer wurde.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Blacha2009,
  author    = {Blacha, Anna Maria},
  title     = {Investigating the role of regulatory genes in heterosis for superior growth and biomass production in Arabidopsis thaliana},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-46146},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {'Heterosis' is a term used in genetics and breeding referring to hybrid vigour or the superiority of hybrids over their parents in terms of traits such as size, growth rate, biomass, fertility, yield, nutrient content, disease resistance or tolerance to abiotic and abiotic stress. Parental plants which are two different inbred (pure) lines that have desired traits are crossed to obtain hybrids. Maximum heterosis is observed in the first generation (F1) of crosses. Heterosis has been utilised in plant and animal breeding programs for at least 90 years: by the end of the 21st century, 65\% of worldwide maize production was hybrid-based. Generally, it is believed that an understanding of the molecular basis of heterosis will allow the creation of new superior genotypes which could either be used directly as F1 hybrids or form the basis for the future breeding selection programmes. Two selected accessions of a research model plant Arabidopsis thaliana (thale cress) were crossed to obtain hybrids. These typically exhibited a 60-80\% increase of biomass when compared to the average weight of both parents. This PhD project focused on investigating the role of selected regulatory genes given their potentially key involvement in heterosis. In the first part of the project, the most appropriate developmental stage for this heterosis study was determined by metabolite level measurements and growth observations in parents and hybrids. At the selected stage, around 60 candidate regulatory genes (i.e. differentially expressed in hybrids when compared to parents) were identified. Of these, the majority were transcription factors, genes that coordinate the expression of other genes. Subsequent expression analyses of the candidate genes in biomass-heterotic hybrids of other Arabidopsis accessions revealed a differential expression in a gene subset, highlighting their relevance for heterosis. Moreover, a fraction of the candidate regulatory genes were found within DNA regions closely linked to the genes that underlie the biomass or growth heterosis. Additional analyses to validate the role of selected candidate regulatory genes in heterosis appeared insufficient to establish their role in heterosis. This uncovered a need for using novel approaches as discussed in the thesis. Taken together, the work provided an insight into studies on the molecular mechanisms underlying heterosis. Although studies on heterosis date back to more than one hundred years, this project as many others revealed that more investigations will be needed to uncover this phenomenon.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Goethe2009,
  author    = {G{\"o}the, Katrin},
  title     = {The limits of parallel processing},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-46063},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Trying to do two things at once decreases performance of one or both tasks in many cases compared to the situation when one performs each task by itself. The present thesis deals with the question why and in which cases these dual-task costs emerge and moreover, whether there are cases in which people are able to process two cognitive tasks at the same time without costs. In four experiments the influence of stimulus-response (S-R) compatibility, S-R modality pairings, interindividual differences, and practice on parallel processing ability of two tasks are examined. Results show that parallel processing is possible. Nevertheless, dual-task costs emerge when: the personal processing strategy is serial, the two tasks have not been practiced together, S-R compatibility of both tasks is low (e.g. when a left target has to be responded with a right key press and in the other task an auditorily presented "A" has to be responded by saying "B"), and modality pairings of both tasks are Non Standard (i.e., visual-spatial stimuli are responded vocally whereas auditory-verbal stimuli are responded manually). Results are explained with respect to executive-based (S-R compatibility) and content-based crosstalk (S-R modality pairings) between tasks. Finally, an alternative information processing account with respect to the central stage of response selection (i.e., the translation of the stimulus to the response) is presented.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Jaeger2009,
  author    = {J{\"a}ger, Reingard},
  title     = {Aktuelle Entwicklungen des Hochschulmarketing in Deutschland : am Beispiel der Region Berlin/Brandenburg},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-45783},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {1. Problemstellung und Relevanz des Themas Die deutsche Hochschullandschaft hat in den letzten Jahren zahlreiche Ver{\"a}nderungen bew{\"a}ltigen m{\"u}ssen und steht weiterhin großen Herausforderungen gegen{\"u}ber, durch welche sich zunehmend wettbewerbs{\"a}hnliche Merkmale in diesem Sektor verfestigen: • Umstellung auf international vergleichbare Studieng{\"a}nge • Neuregelung der Studienplatzvergabe • Einf{\"u}hrung von Studiengeb{\"u}hren in einigen Bundesl{\"a}ndern • Leistungsindikatoren zur Verteilung der staatlichen Haushaltsmittel • Demographischer Wandel Eine Bildungseinrichtung besitzt mehrere Anspruchsgruppen: die Studierenden, welche Bildungsleistungen nachfragen, den Staat, der f{\"u}r die Leistungen zahlt, die {\"O}ffentlichkeit, die an Grundlagenforschungen interessiert ist und schließlich die Wirtschaft, die Absolventen rekrutiert (vgl. Berthold, C. 2001, S.431). Die Hochschulen befinden sich untereinander verst{\"a}rkt im Wettbewerb um qualifizierte (und ggf. zahlungswillige) Studierende, um finanzielle Mittel vom Staat oder aus der Privatwirtschaft und um renommierte Wissenschaftler. Hochschulen m{\"u}ssen sich nun den ver{\"a}nderten Bedingungen anpassen, um auch weiterhin im nationalen und internationalen Wettbewerb {\"u}berlebensf{\"a}hig zu bleiben. Grunds{\"a}tzlich kann sich hierbei an in der Privatwirtschaft erfolgreich eingesetzten Marketinginstrumenten orientiert werden. 2. Zielsetzung und Aufbau der Arbeit Nach einer Analyse der oben genannten Rahmenbedingungen, wird im ersten Teil dieser Arbeit gezeigt, welche Erkenntnisse aus dem Marketing auf Hochschulen {\"u}bertragen werden k{\"o}nnen. Dabei werden sowohl strategische Fragen beleuchtet als auch die Instrumente des Marketing-Mix vorgestellt. In einer anschließenden Untersuchung wurden Faktoren bestimmt, welche sich positiv auf den Entwicklungsstand von Marketingaktivit{\"a}ten an Hochschulen auswirken. Dabei konnten - beispielhaft f{\"u}r die Region Berlin/Brandenburg - sechs verschiedene Hochschultypen identifiziert werden. Diese weisen, in Abh{\"a}ngigkeit der verschiedenen Eigenschaften der jeweiligen Institutionen, einen unterschiedlichen Entwicklungsstand oder ein anderes Verst{\"a}ndnis von Hochschulmarketing auf. Aufgrund dessen erscheinen f{\"u}r sie jeweils andere Marketingstrategien empfehlenswert. Die gr{\"o}ßte Rolle f{\"u}r den differenzierten Status quo im Hochschulmarketing an Berliner und Brandenburger Hochschulen spielt die St{\"a}rke des {\"a}ußeren Drucks unter dem sich die Hochschule befindet, um ihre Auslastung und die notwendige finanzielle Ausstattung sicherzustellen. Ferner unterscheiden sich die Hochschulleitungen erheblich in ihrem Engagement und der Bereitschaft, diesen Herausforderungen mit Marketinginstrumenten zu begegnen. Trotz der gestiegenen Anzahl von Beitr{\"a}gen zur Notwendigkeit der Einf{\"u}hrung von {\"o}konomischen {\"U}berlegungen auch im Hochschulmanagement gibt es viele Kritiker, die ein Ende der Freiheit f{\"u}r Forschung und Lehre prophezeien, wenn der Marketing-Gedanke verst{\"a}rkt auch an Bildungseinrichtungen Einzug h{\"a}lt. Unumstritten ist, dass Managementans{\"a}tze aus der privaten Wirtschaft nicht ohne weiteres auf eine Hochschule adaptiert werden k{\"o}nnen. Wahrscheinlich besteht jedoch die gr{\"o}ßere Gefahr f{\"u}r Freiheit und Erfolg von Forschung und Lehre in der Missachtung dieser aktuellen Tendenzen (vgl. Tutt 2006, S. 171)!},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Mangelsdorf2009,
  author    = {Mangelsdorf, Stefan},
  title     = {Die Transformation des Verarbeitenden Gewerbes in Berlin/Brandenburg unter Ber{\"u}cksichtigung der Exporte : eine empirische Analyse mit amtlichen Mikrodaten},
  publisher = {Universit{\"a}tsverlag Potsdam},
  address   = {Potsdam},
  isbn      = {978-3-86956-068-7},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-44414},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  pages     = {241},
  year      = {2009},
  abstract  = {20 Jahre sind mittlerweile vergangen seit die friedliche Protestbewegung zur Abdankung des alten Regimes der Deutschen Demokratischen Republik f{\"u}hrte. Im darauf folgenden Jahre kam es zur Wiedervereinigung der beiden deutschen Staaten. Der anschließende Transformationsprozess ist aufgrund der besonderen Umst{\"a}nde in Deutschland einzigartig unter den ehemaligen sozialistischen Staaten Mittel- und Osteuropas. Der Schwerpunkt dieser Arbeit liegt in der Transformation des Verarbeitenden Gewerbes in den Bundesl{\"a}ndern Berlin und Brandenburg. Mit der Wiedervereinigung der beiden deutschen Staaten ver{\"a}nderte sich die Situation f{\"u}r die Betriebe im ehemals sozialistischen Teil auf dramatische Weise. Die Auswirkungen werden anhand von Makro- und Mikrodaten analysiert. Untersuchungsgegenst{\"a}nde sind verschiedene {\"o}konomische Indikatoren, wie Zahl von Betrieben und Arbeitspl{\"a}tzen, Strukturen (nach Gr{\"o}ße und Branchen), Ums{\"a}tze (im In- und Ausland) sowie Investitionen. Der Vergleich von Brandenburg und Ostberlin mit Westberlin bietet dabei die M{\"o}glichkeit, Aufschluss {\"u}ber den erreichten Stand des Transformationsprozesses zu erhalten. Die Datenbasis dieser Arbeit besteht neben Angaben aus der Volkswirtschaftlichen Gesamtrechnung der L{\"a}nder aus verschiedenen betriebsbasierten Erhebungen der amtlichen Statistik. Der Beobachtungszeitraum umfasst dabei die Jahre 1991 bis 2005. Zur Analyse von Betriebs- und Besch{\"a}ftigungszahlen und ihrer Dynamik steht sogar eine Totalerhebung f{\"u}r die Jahre 1991 bis 2000 zur Verf{\"u}gung. Ein besonderer Schwerpunkt dieser Arbeit ist die Rolle der Exporte f{\"u}r die betriebliche Entwicklung. Die deutsche Wirtschaftspolitik f{\"o}rdert Unternehmen bei ihrem Schritt auf ausl{\"a}ndische M{\"a}rkte, da man sich von Exporten eine Wachstumsstimulation erhofft. Damit eine solche F{\"o}rderung auch langfristige positive Effekte entfalten kann, muss einerseits der Export positiven Einfluss auf das Produktivit{\"a}tswachstum des betreffenden Betriebes haben, und andererseits muss das Exportverhalten eine gewisse Persistenz aufweisen. Beide Bedingungen werden innerhalb der Arbeit detailliert untersucht.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Grauf2009,
  author    = {Grauf, Coronula},
  title     = {Brutaktivit{\"a}t und Verhalten der Kiwis (Apteryx mantelli) im Zoo Berlin},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-43709},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Der Streifenkiwi (Apteryx mantelli) kommt im Freiland nur auf der Nordinsel Neuseelands vor. Aufgrund des gef{\"a}hrdeten Bestands ist eine sich selbst erhaltene Zoopopulation wichtig. Kenntnisse des Verhaltens helfen, die Anspr{\"u}che der Tiere zu verstehen. Zudem k{\"o}nnen sie dar{\"u}ber Auskunft geben, inwiefern das Wohlbefinden eines Tieres gegeben ist. Durch die Untersuchung der Brutaktivit{\"a}t sollte ein {\"U}berblick {\"u}ber den allgemeinen Verlauf der Brut gegeben und Aktivit{\"a}tsmuster f{\"u}r den Berliner Hahn erarbeitet werden, um den Verlauf zuk{\"u}nftiger Bruten einsch{\"a}tzen und eventuell positiv beeinflussen zu k{\"o}nnen. Dazu kamen die Untersuchung der t{\"a}glichen Aktivit{\"a}t einer Henne sowie Beobachtungen des Verhaltens der Tiere. Diese dienten der Bestandsaufnahme der gezeigten Verhaltensweisen und sollten zusammen mit der Aktivit{\"a}t die Grundlage zur Einsch{\"a}tzung bilden, ob die Anspr{\"u}che der Kiwis im Zoo Berlin erf{\"u}llt werden, und Hinweise zur Verbesserung der Haltung geben. Die Brutaktivit{\"a}t des Hahnes konnte {\"u}ber drei Brutperioden hinweg detailliert dargestellt werden und zeigte, dass nicht nur innerhalb der Art sondern bei einem einzigen Tier unter {\"a}hnlichen Bedingungen die Variabilit{\"a}t so groß sein kann, dass sie f{\"u}r Vorhersagen {\"u}ber den Erfolg einer Brut nicht geeignet ist. Im Zusammenhang mit der Aktivit{\"a}t der Henne ließen sich keine Auff{\"a}lligkeiten erkennen, die auf eine allgemeine St{\"o}rung der Tiere schließen lassen oder f{\"u}r eine Beeintr{\"a}chtigung der Brut verantwortlich gemacht werden k{\"o}nnten. Soweit aus den Beobachtungen im Freiland geschlossen werden kann, scheinen die Kiwis im Zoo ein weitgehend nat{\"u}rliches Verhalten zu zeigen. Die Haltungsbedingungen scheinen den Anspr{\"u}chen der Tiere zu entsprechen. Es ließen sich nur bedingt Strategien entwickeln, um die Bedingungen f{\"u}r die Brut und damit f{\"u}r die Nachzucht zu verbessern, da sich die Aktivit{\"a}t des Hahnes w{\"a}hrend der Brut von Jahr zu Jahr als unerwartet variabel erwies. F{\"u}r ein weiteres Verst{\"a}ndnis des Brutverhaltens und eine m{\"o}gliche Verbesserung der Bedingungen w{\"a}re eine Untersuchung zum Einfluss verschiedener Umweltfaktoren auf die Brutaktivit{\"a}t des Hahnes w{\"u}nschenswert.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Becker2009,
  author    = {Becker, Marion},
  title     = {Bedeutung eines hydrophoben Seitenkettenstapels f{\"u}r Stabilit{\"a}t, Faltung und Struktur des P22 Tailspikeproteins},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-42674},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Das homotrimere Tailspikeadh{\"a}sin des Bakteriophagen P22 ist ein etabliertes Modellsystem, dessen Faltung, Assemblierung und Stabilit{\"a}t in vivo und in vitro umfassend charakterisiert ist. Das zentrale Strukturmotiv des Proteins ist eine parallele beta-Helix mit 13 Windungen, die von einer N‑terminalen Kapsidbindedom{\"a}ne und einer C‑terminalen Trimerisierungsdom{\"a}ne flankiert wird. Jede Windung beinhaltet drei kurze beta-Str{\"a}nge, die durch turns und loops unterschiedlicher L{\"a}nge verbunden sind. Durch den sich strukturell wiederholenden, spulenf{\"o}rmigen Aufbau formen beta-Str{\"a}nge benachbarter Windungen elongierte beta-Faltbl{\"a}tter. Das Lumen der beta-Helix beinhaltet gr{\"o}ßtenteils hydrophobe Seitenketten, welche linear und sehr regelm{\"a}ßig entlang der L{\"a}ngsachse gestapelt sind. Eine hoch repetitive Struktur, ausgedehnte beta-Faltbl{\"a}tter und die regelm{\"a}ßige Anordnung von {\"a}hnlichen oder identischen Seitenketten entlang der beta-Faltblattachse sind ebenfalls typische Kennzeichen von Amyloidfibrillen, die bei Proteinfaltungskrankheiten wie Alzheimer, der Creutzfeld-Jakob-Krankheit, Chorea Huntington und Typ-II-Diabetes gebildet werden. Es wird vermutet, dass die hohe Stabilit{\"a}t des Tailspikeproteins und auch die der Amyloidfibrille durch Seitenkettenstapelung, einem geordneten Netzwerk von Wasserstoffbr{\"u}ckenbindungen und den rigiden, oligomeren Verbund bedingt ist. Um den Einfluss der Seitenkettenstapelung auf die Stabilit{\"a}t, Faltung und Struktur des P22 Tailspikeproteins zu untersuchen, wurden sieben Valine in einem im Lumen der beta-Helix begrabenen Seitenkettenstapel gegen das kleinere und weniger hydrophobe Alanin und das volumin{\"o}sere Leucin substituiert. Der Einfluss der Mutationen wurde anhand zweier Tailspikevarianten, dem trimeren, N‑terminal verk{\"u}rzten TSPdeltaN‑Konstrukt und der monomeren, isolierten beta-Helix Dom{\"a}ne analysiert. Generell wurde in den Experimenten deutlich, dass Mutationen zu Alanin st{\"a}rkere Effekte ausl{\"o}sen als Mutationen zu Leucin. Die dichte und hydrophobe Packung im Kern der beta-Helix bildet somit die Basis f{\"u}r Stabilit{\"a}t und Faltung des Proteins. Anhand hoch aufgel{\"o}ster Kristallstrukturen jeweils zweier Alanin‑ und Leucin‑Mutanten konnte verdeutlicht werden, dass das Strukturmotiv der parallelen beta-Helix stark formbar ist und mutationsbedingte {\"A}nderungen des Seitenkettenvolumens durch kleine und lokale Verschiebung der Haupt‑ und Seitenketten ausgeglichen werden, sodass m{\"o}gliche Kavit{\"a}ten gef{\"u}llt und sterische Spannung abgebaut werden k{\"o}nnen. Viele Mutanten zeigten in vivo und in vitro einen temperatursensitiven Faltungsph{\"a}notyp (temperature sensitive for folding, tsf), d.h. bei Temperaturerh{\"o}hung waren die Ausbeuten des N‑terminal verk{\"u}rzten Trimers im Vergleich zum Wildtyp deutlich verringert. Weiterf{\"u}hrende Experimente zeigten, dass der tsf‑Ph{\"a}notyp durch die Beeinflussung unterschiedlicher Stadien des Reifungsprozesses oder auch durch die Verminderung der kinetischen Stabilit{\"a}t des nativen Trimers ausgel{\"o}st wurde. Durch Untersuchungen am vollst{\"a}ndigen und am N‑terminal verk{\"u}rzten Wildtypprotein wurde gezeigt, dass die Entfaltungsreaktion des Tailspiketrimers komplex ist. Die Verl{\"a}ufe der Kinetiken folgen zwar einem apparenten Zweizustandsverhalten, jedoch sind bei Darstellung der Entfaltungs{\"a}ste im Chevronplot die Abh{\"a}ngigkeiten der Geschwindigkeitskonstanten vom Denaturierungsmittel nicht linear, sondern in unterschiedliche Richtungen gew{\"o}lbt. Dieses Verhalten k{\"o}nnte durch ein hoch energetisches Entfaltungsintermediat, einen breiten {\"U}bergangsbereich oder parallele Entfaltungswege hervorgerufen sein. Mit Hilfe der monomeren, isolierten beta-Helix Dom{\"a}ne, bei der die N‑terminale Capsidbindedom{\"a}ne und die C‑terminale Trimerisierungsdom{\"a}ne deletiert sind und welche als unabh{\"a}ngige Faltungseinheit fungiert, wurde gezeigt, dass alle Mutanten im Harnstoff‑induzierten Gleichgewicht analog zum Wildtypprotein einem Zweizustandsverhalten mit vergleichbaren Kooperativit{\"a}ten folgen. Die konformationellen Stabilit{\"a}ten von in der beta-Helix zentral gelegenen Alanin‑ und Leucin‑Mutanten sind stark vermindert, w{\"a}hrend Mutationen in {\"a}ußeren Bereichen der Dom{\"a}ne keinen Einfluss auf die Stabilit{\"a}t der beta-Helix haben. Bei Verl{\"a}ngerung der Inkubationszeiten der Gleichgewichtsexperimente konnte die langsame Bildung von Aggregaten im {\"U}bergangsbereich der destabilisierten Mutanten detektiert werden. Die in der Arbeit erlangten Erkenntnisse lassen vermuten, dass die isolierte beta-Helix einem f{\"u}r die Reifung des Tailspikeproteins entscheidenden thermolabilen Faltungsintermediat auf Monomerebene sehr {\"a}hnlich ist. Im Intermediat ist ein zentraler Kern, der die Windungen 4 bis 7 und die „R{\"u}ckenflosse" beinhaltet, stabilit{\"a}tsbestimmend. Dieser Kern k{\"o}nnte als Faltungsnukleus dienen, an den sich sequenziell weitere Helixwindungen anlagern und im Zuge der „Monomerreifung" kompaktieren.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Aichner2009,
  author    = {Aichner, Bernhard},
  title     = {Aquatic macrophyte-derived biomarkers as palaeolimnological proxies on the Tibetan Plateau},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-42095},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {The Tibetan Plateau is the largest elevated landmass in the world and profoundly influences atmospheric circulation patterns such as the Asian monsoon system. Therefore this area has been increasingly in focus of palaeoenvironmental studies. This thesis evaluates the applicability of organic biomarkers for palaeolimnological purposes on the Tibetan Plateau with a focus on aquatic macrophyte-derived biomarkers. Submerged aquatic macrophytes have to be considered to significantly influence the sediment organic matter due to their high abundance in many Tibetan lakes. They can show highly 13C-enriched biomass because of their carbon metabolism and it is therefore crucial for the interpretation of δ13C values in sediment cores to understand to which extent aquatic macrophytes contribute to the isotopic signal of the sediments in Tibetan lakes and in which way variations can be explained in a palaeolimnological context. Additionally, the high abundance of macrophytes makes them interesting as potential recorders of lake water δD. Hydrogen isotope analysis of biomarkers is a rapidly evolving field to reconstruct past hydrological conditions and therefore of special relevance on the Tibetan Plateau due to the direct linkage between variations of monsoon intensity and changes in regional precipitation / evaporation balances. A set of surface sediment and aquatic macrophyte samples from the central and eastern Tibetan Plateau was analysed for composition as well as carbon and hydrogen isotopes of n-alkanes. It was shown how variable δ13C values of bulk organic matter and leaf lipids can be in submerged macrophytes even of a single species and how strongly these parameters are affected by them in corresponding sediments. The estimated contribution of the macrophytes by means of a binary isotopic model was calculated to be up to 60\% (mean: 40\%) to total organic carbon and up to 100\% (mean: 66\%) to mid-chain n-alkanes. Hydrogen isotopes of n-alkanes turned out to record δD of meteoric water of the summer precipitation. The apparent enrichment factor between water and n-alkanes was in range of previously reported ones (≈-130 per mille) at the most humid sites, but smaller (average: -86 per mille) at sites with a negative moisture budget. This indicates an influence of evaporation and evapotranspiration on δD of source water for aquatic and terrestrial plants. The offset between δD of mid- and long-chain n-alkanes was close to zero in most of the samples, suggesting that lake water as well as soil and leaf water are affected to a similar extent by those effects. To apply biomarkers in a palaeolimnological context, the aliphatic biomarker fraction of a sediment core from Lake Koucha (34.0° N; 97.2° E; eastern Tibetan Plateau) was analysed for concentrations, δ13C and δD values of compounds. Before ca. 8 cal ka BP, the lake was dominated by aquatic macrophyte-derived mid-chain n-alkanes, while after 6 cal ka BP high concentrations of a C20 highly branched isoprenoid compound indicate a predominance of phytoplankton. Those two principally different states of the lake were linked by a transition period with high abundances of microbial biomarkers. δ13C values were relatively constant for long-chain n-alkanes, while mid-chain n-alkanes showed variations between -23.5 to -12.6 per mille. Highest values were observed for the assumed period of maximum macrophyte growth during the late glacial and for the phytoplankton maximum during the middle and late Holocene. Therefore, the enriched values were interpreted to be caused by carbon limitation which in turn was induced by high macrophyte and primary productivity, respectively. Hydrogen isotope signatures of mid-chain n-alkanes have been shown to be able to track a previously deduced episode of reduced moisture availability between ca. 10 and 7 cal ka BP, indicated by a 20 per mille shift towards higher δD values. Indications for cooler episodes at 6.0, 3.1 and 1.8 cal ka BP were gained from drops of biomarker concentrations, especially microbial-derived hopanoids, and from coincidental shifts towards lower δ13C values. Those episodes correspond well with cool events reported from other locations on the Tibetan Plateau as well as in the Northern Hemisphere. To conclude, the study of recent sediments and plants improved the understanding of factors affecting the composition and isotopic signatures of aliphatic biomarkers in sediments. Concentrations and isotopic signatures of the biomarkers in Lake Koucha could be interpreted in a palaeolimnological context and contribute to the knowledge about the history of the lake. Aquatic macrophyte-derived mid-chain n-alkanes were especially useful, due to their high abundance in many Tibetan Lakes and their ability to record major changes of lake productivity and palaeo-hydrological conditions. Therefore, they have the potential to contribute to a fuller understanding of past climate variability in this key region for atmospheric circulation systems.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Wend2009,
  author    = {Wend, Korinna},
  title     = {Konstruktion und toxikologische Nutzung von transgenen M{\"a}usen mit den allelischen Varianten von humanen SULT1A-Genen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-42052},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Eine besondere Rolle im Fremdstoffmetabolismus hat die SULT1A1 beim Menschen aufgrund der hohen Expression und breiten Gewebeverteilung. W{\"a}hrend die humane SULT1A1 in sehr vielen Geweben exprimiert wird, wurde die murine SULT1A1 vor allem in der Leber, Lunge und Colon gefunden. Neben der Gewebeverteilung spielt auch der Polymorphismus im humanen SULT1A1-Gen eine bedeutende Rolle. Der h{\"a}ufigste Polymorphismus in diesem Gen f{\"u}hrt zu einer Aminos{\"a}uresubstitution von Arginin zu Histidin an Position 213. Die Genvariante mit Histidin (auch als SULT1A1*2 bezeichnet) codiert f{\"u}r ein Protein mit einer geringen Enzymaktivit{\"a}t und einer reduzierten Enzymmenge in Thrombocyten. {\"U}ber den Einfluss dieser allelischen Varianten in anderen Geweben ist bislang wenig bekannt. In vorausgegangenen epidemiologischen Studien wurden m{\"o}gliche Korrelationen zwischen den Genvarianten und der Krebsentstehung in verschiedenen Geweben untersucht. Diese Daten liefern jedoch widerspr{\"u}chliche Ergebnisse zum Krebsrisiko. Aufgrund der strittigen epidemiologischen Daten sollten Tiermodelle generiert werden, um die h{\"a}ufigsten SULT1A1-Allele hinsichtlich der Empfindlichkeit gegen{\"u}ber Nahrungs- und Umweltkanzerogenen zu untersuchen. Zur Erzeugung transgener (tg) Mauslinien wurde mittels Mikroinjektion der codierenden Genbereich und große flankierende Humansequenzen stromaufw{\"a}rts und stromabw{\"a}rts in das Mausgenom integriert. Es wurden mehrere Mauslinien hergestellt. Zwei davon, die Mauslinie 31 mit dem SULT1A1*1-Allel und die Mauslinie 28 mit dem SULT1A1*2-Allel, wurden eingehend analysiert. In beiden Linien wurde eine identische Kopienzahl des Transgens ermittelt. Proteinbiochemische Charakterisierungen zeigten eine weitgehend dem Menschen entsprechende Gewebeverteilung und zellul{\"a}re und subzellul{\"a}re Lokalisation der humanen SULT1A1 in der Linie (Li) 28. In Li 31 wurden Unterschiede zu Li 28 sowohl in der Gewebeverteilung als auch in der zellul{\"a}ren Lokalisation des exprimierten humanen Proteins ermittelt. Dabei war die Expression auf Proteinebene in der SULT1A1*2-tg Linie generell st{\"a}rker als in der SULT1A1*1-Linie. Dieses Ergebnis war {\"u}berraschend, denn in humanen Thrombocyten f{\"u}hrt das SULT1A1*1-Allel zu einem h{\"o}heren Gehalt an SULT1A1-Protein als das SULT1A1*2-Allel. Zur Analyse der unterschiedlichen Proteinexpressionen in den tg Mauslinien wurde die cDNA und der 5´-flankierende Bereich des SULT1A1-Gens sequenziert. In beiden tg Linien entsprach die Sequenz der cDNA der Referenzsequenz aus der Gendatenbank (Pubmed). In der 5´-flankierenden Region wurden bekannte Polymorphismen analysiert und unterschiedliche Haplotypen in den tg Linien an den Positionen -624 und -396 ermittelt. Dabei wurde in der Li 31 der Haplotyp detektiert, der in der Literatur mit einer h{\"o}heren SULT1A1-Enzymaktivit{\"a}t beschrieben wird. Der m{\"o}gliche Zusammenhang zwischen Transkriptionsrate und Proteinexpression wurde in RNA-Expressionsanalysen im codierenden und 5´-nicht codierenden Bereich (mit den alternativen Exons 1B und 1A) untersucht. Im codierenden Bereich und im Exon 1B konnte in den untersuchten Organen eine h{\"o}here RNA-Expression in der Li 28 im Vergleich zur Li 31 ermittelt werden. Außer in der Lunge wurde f{\"u}r Exon 1B eine identische RNA-Expression detektiert. RNA, die Exon 1A enthielt, wurde in allen untersuchten Organen der Li 28, aber nur in der Lunge bei der Li 31 gefunden. In beiden tg Linien konnten mit den Exon 1A-Primern jedoch auch gr{\"o}ßere PCR-Produkte ermittelt werden. Dieser Unterschied im Exon 1A und m{\"o}gliche Spleißvarianten k{\"o}nnten damit f{\"u}r die unterschiedliche Proteinexpression des humanen SULT1A1-Proteins in den beiden tg Mauslinien sein. Die in dieser Arbeit generierten und charakterisierten tg Mausmodelle wurden in einer toxikologischen Studie eingesetzt. Es wurde das heterozyklische aromatische Amin 2-Amino-1-methyl-6-phenylimidazo-[4,5-b]pyridin (PhIP) verwendet. PhIP wird beim Erhitzen und Braten von Fleisch und Fisch gebildet und k{\"o}nnte mit der erh{\"o}hten Krebsentstehung im Colon in der westlichen Welt im Zusammenhang stehen. Mittels 32P-Postlabelling sollte der Einfluss der zus{\"a}tzlichen Expression der humanen SULT-Proteine auf die PhIP-DNA-Adduktbildung analysiert werden. Dabei wurden mehr DNA-Addukte in den tg Tieren als in den Wildtyp-M{\"a}usen ermittelt. Die Konzentration der gebildeten DNA-Addukte korrelierte mit der Expressionsst{\"a}rke des humanen SULT1A1-Proteins in den tg M{\"a}usen. An den in dieser Arbeit generierten tg Mauslinien mit den h{\"a}ufigsten allelischen Varianten des SULT1A1-Gens konnten Unterschiede auf RNA- und Protein-Ebene ermittelt werden. Zudem konnte gezeigt werden, dass die Expression der humanen SULT1A1 eine Auswirkung sowohl auf die St{\"a}rke als auch das Zielgewebe der DNA-Adduktbildung in vivo hat.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Witte2009,
  author    = {Witte, Jeannine},
  title     = {Rhabdomerorganisation und -morphogenese im Komplexauge von Drosophila},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41847},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Sehzellen von Insekten sind epitheliale Zellen mit einer charakteristischen, hochpolaren Morphologie und Organisation. Die molekularen Komponenten der Sehkaskade befinden sich im Rhabdomer, einem Saum dicht gepackter Mikrovilli entlang der Sehzelle. Bereits in den 70er Jahren des letzten Jahrhunderts wurde beschrieben, dass die Mikrovilli entlang einer Sehzelle eine unterschiedliche Ausrichtung besitzen, oder in anderen Worten, die Rhabdomere entlang der Sehzell-L{\"a}ngsachse verdreht sind. So sind in den Sehzellen R1-R6 bei dipteren Fliegen (Calliphora, Drosophila) die Mikrovilli im distalen und proximalen Bereich eines Rhabdomers etwa rechtwinkelig zueinander angeordnet. Dieses Ph{\"a}nomen wird in der Fachliteratur als rhabdomere twisting bezeichnet und reduziert die Empfindlichkeit f{\"u}r polarisiertes Licht. Es wurde f{\"u}r das Drosophila-Auge gezeigt, dass diese strukturelle Asymmetrie der Sehzellen mit einer molekularen Asymmetrie in der Verteilung phosphotyrosinierter Proteine an die Stielmembran (einem nicht-mikrovill{\"a}ren Bereich der apikalen Plasmamembran) einhergeht. Zudem wurde gezeigt, dass die immuncytochemische Markierung mit anti-Phosphotyrosin (anti-PY) als lichtmikroskopischer Marker f{\"u}r das rhabdomere twisting verwendet werden kann. Bisher wurde haupts{\"a}chlich die physiologische Bedeutung der Rhabdomerverdrehung untersucht. Es ist wenig {\"u}ber die entwicklungs- und zellbiologischen Grundlagen bekannt. Ziel der vorliegenden Arbeit war es, die Identit{\"a}t der phosphotyrosinierten Proteine an der Stielmembran zu kl{\"a}ren und ihre funktionelle Bedeutung f{\"u}r die Entwicklung des rhabdomere twisting zu analysieren. Zudem sollte untersucht werden, welchen Einfluss die inneren Sehzellen R7 und R8 auf die Verdrehung der Rhabdomere von R1-R6 haben. F{\"u}r die zwei Proteinkinasen Rolled (ERK) und Basket (JNK) vom Typ der Mitogen-aktivierten Proteinkinasen (MAPK) konnte ich zeigen, dass sie in ihrer aktivierten (= phosphorylierten) Form (pERK bzw. pJNK) eine asymmetrische Verteilung an der Stielmembran aufweisen vergleichbar der Markierung mit anti-PY. Weiterhin wurde diese asymmetrische Verteilung von pERK und pJNK ebenso wie die von PY erst kurz vor Schlupf der Fliegen (bei ca. 90\% pupaler Entwicklung) etabliert. Durch Pr{\"a}inkubationsexperimente mit anti-PY wurde die Markierung mit anti-pERK bzw. anti-pJNK unterbunden. Diese Ergebnisse sprechen daf{\"u}r, dass pERK und pJNK zu den Proteinen geh{\"o}ren, die von anti-PY an der Stielmembran erkannt werden. Da es sich bei ERK und JNK um Kinasen handelt, ist es naheliegend, dass diese an der Entwicklung des rhabdomere twisting beteiligt sein k{\"o}nnten. Diese Hypothese wurde durch die Analyse von hypermorphen (rl SEM)und hypomorphen (rl 1/rl 10a) Rolled-Mutanten {\"u}berpr{\"u}ft. In der rl SEM-Mutante mit erh{\"o}hter Aktivit{\"a}t der Proteinkinase erfolgte die asymmetrische Positionierung von pERK an der Stielmembran sowie die Mikrovillikippung schon zu einem fr{\"u}heren Zeitpunkt in der pupalen Entwicklung. Im adulten Auge war die anti-PY-Markierung im distalen Bereich der Sehzellen intensiver sowie der Kippwinkel vergr{\"o}ßert. In der rl 1/rl 10a-Mutanten mit reduzierter Kinaseaktivit{\"a}t waren die anti-PY-Markierung und der Kippwinkel im proximalen Bereich der Sehzellen verringert. Die Proteinkinase ERK hat somit einen Einfluss auf die zeitliche Etablierung des rhabdomere twisting wie auch auf dessen Auspr{\"a}gung im Adulttier. Die Rhabdomerverdrehung sowie die {\"A}nderung im anti-PY-Markierungsmuster erfolgen an den Sehzellen R1-R6 relativ abrupt auf halber Ommatidienl{\"a}nge, dort wo das Rhabdomer von R7 endet und das von R8 beginnt. Es stellte sich deshalb die Frage, ob die Rhabdomerverdrehung an R1-R6 durch die Sehzelle R7 und/oder R8 beeinflusst wird. Um dieser Frage nachzugehen wurden Mutanten analysiert, denen die R7- oder die R8-Photorezeptoren bzw. R7 und R8 fehlten. Das wichtigste Ergebnis dieser Untersuchungen war, dass bei Fehlen von R8 die Rhabdomerverdrehung bei R1-R6 nach keinen erkennbaren Regeln erfolgt. R8 ist somit Voraussetzung f{\"u}r die Etablierung der Rhabdomerverdrehung in R1-R6. Folgendes Modell wurde auf Grundlage dieses und weiterer Ergebnisse erarbeitet: Im dritten Larvenstadium rekrutiert R8 die Sehzellpaare R2/R5, R3/R4 und R1/R6. Dabei werden R1-R6 durch den Kontakt zu R8 „polarisiert". Abschließend wird R7 durch R8 rekrutiert. Dies f{\"u}hrt zu einer Fixierung der Polarit{\"a}t von R1-R6 durch R7. Die Ausf{\"u}hrung der Mikrovillikippung anhand der festgelegten Polarit{\"a}t erfolgt in der sp{\"a}ten Puppenphase. Die Proteinkinase ERK ist an diesem letzten Morphogeneseprozess beteiligt.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Dokić2009,
  author    = {Dokić, Jadranka},
  title     = {Quantum mechanical study of molecular switches : electronic structure, kinetics and dynamical aspects},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41796},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Molecular photoswitches are attracting much attention lately mostly because of their possible applications in nano technology, and their role in biology. One of the widely studied representatives of photochromic molecules is azobenzene (AB). With light, by a static electric field, or with tunneling electrons this specie can be "switched" from the flat and energetically more stable trans form, into the compact cis form. The back reaction can be induced optically or thermally. Quantum chemical calculations, mostly based on density functional theory, on the AB molecule, AB derivatives and related systems are presented. All the calculations were done for isolated species, however, with implications for latest experimental results aiming at the switching of surface mounted ABs. In some of these experiments, it is assumed that the switching process is substrate mediated, by attaching an electron or a hole to the adsorbate forming short-lived anion or cation resonances. Therefore, we calculated also cationic and anionic ABs in this work. An influence of external electric fields on the potential energy surfaces, was also studied. Further, by the type, number and positioning of various substituent groups, systematic changes on activation energies and rates for the thermal cis-to-trans isomerization can be enforced. The nature of the transition state for ground state isomerization was investigated. Applying Eyring's transition state theory, trends in activation energies and rates were predicted and are, where a comparison was possible, in good agreement with experimental data. Further, thermal isomerization was studied in solution, for which a polarizable continuum model was employed. The influence of substitution and an environment leaves its traces on structural properties of molecules and quantitative appearance of calculated UV/Vis spectra, as well. Finally, an explicit treatment of a solid substrate was demonstrated for the conformational switching, by scanning tunneling microscope, of a 1,5-cyclooctadiene (COD) molecule at a Si(001) surface, treated by a cluster model. At first, we studied energetics and potential energy surfaces along relevant switching coordinates by quantum chemical calculations, followed by the switching dynamics using wave packet methods. We show that, in spite the simplicity of the model, our calculations support the switching of adsorbed COD, by inelastic electron tunneling at low temperatures.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Krebs2009,
  author    = {Krebs, Jonas},
  title     = {Molecular and physiological characterisation of selected DOF transcription factors in the model plant Arabidopsis thaliana},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41831},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {About 2,000 of the more than 27,000 genes of the genetic model plant Arabidopsis thaliana encode for transcription factors (TFs), proteins that bind DNA in the promoter region of their target genes and thus act as transcriptional activators and repressors. Since TFs play essential roles in nearly all biological processes, they are of great scientific and biotechnological interest. This thesis concentrated on the functional characterisation of four selected members of the Arabidopsis DOF-family, namely DOF1.2, DOF3.1, DOF3.5 and DOF5.2, which were selected because of their specific expression pattern in the root tip, a region that comprises the stem cell niche and cells for the perception of environmental stimuli. DOF1.2, DOF3.1 and DOF3.5 are previously uncharacterized members of the Arabidopsis DOF-family, while DOF5.2 has been shown to be involved in the phototrophic flowering response. However, its role in root development has not been described so far. To identify biological processes regulated by the four DOF proteins in detail, molecular and physiological characterization of transgenic plants with modified levels of DOF1.2, DOF3.1, DOF3.5 and DOF5.2 expression (constitutive and inducible over-expression, artificial microRNA) was performed. Additionally expression patterns of the TFs and their target genes were analyzed using promoter-GUS lines and publicly available microarray data. Finally putative protein-protein interaction partners and upstream regulating TFs were identified using the yeast two-hybrid and one-hybrid system. This combinatorial approach revealed distinct biological functions of DOF1.2, DOF3.1, DOF3.5 and DOF5.2 in the context of root development. DOF1.2 and DOF3.5 are specifically and exclusively expressed in the root cap, including the central root cap (columella) and the lateral root cap, organs which are essential to direct oriented root growth. It could be demonstrated that both genes work in the plant hormone auxin signaling pathway and have an impact on distal cell differentiation. Altered levels of gene expression lead to changes in auxin distribution, abnormal cell division patterns and altered root growth orientation. DOF3.1 and DOF5.2 share a specific expression pattern in the organizing centre of the root stem cell niche, called the quiescent centre. Both genes redundantly control cell differentiation in the root´s proximal meristem and unravel a novel transcriptional regulation pathway for genes enriched in the QC cells. Furthermore this work revealed a novel bipartite nuclear localisation signal being present in the protein sequence of the DOF TF family from all sequenced plant species. Summing up, this work provides an important input into our knowledge about the role of DOF TFs during root development. Future work will concentrate on revealing the exact regulatory networks of DOF1.2, DOF3.1, DOF3.5 and DOF5.2 and their possible biotechnological applications.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Voss2009,
  author    = {Voss, Insa},
  title     = {Die Bedeutung der Paarbindung f{\"u}r das Fortpflanzungspotential von Papageienv{\"o}geln (Psittaciformes) : vergleichende Untersuchung zu Hormonstatus und Verhalten},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41596},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Zum Erhalt vom Aussterben bedrohter Papageienv{\"o}gel (Psittaciformes) ist die Nachzucht in Menschenobhut neben dem Erhalt freilebender Populationen von großer Bedeutung, die Reproduktion bestimmter Arten gelingt allerdings nur unzureichend. Als Hauptgrund daf{\"u}r gilt die Zwangsverpaarung im Rahmen von Zuchtprogrammen (Beispiel: Europ{\"a}isches Erhaltungszuchtprogramm, EEP), hier werden Brutpaare haupts{\"a}chlich nach genetischen Aspekten zusammengestellt. Der reproduktive Erfolg ist bei den meisten Papageienarten, die in dauerhaften Paarbindungen leben (perennial monogamy), eng der Paarbindung korreliert. Eine freie Partnerwahl ist demnach von großer Bedeutung f{\"u}r die Zucht in Menschenobhut, im Rahmen von Erhaltungszuchtprogrammen jedoch nur selten m{\"o}glich. Das Ziel der Untersuchung war, eine wissenschaftlich begr{\"u}ndete Methode zu entwickeln, durch die es m{\"o}glich sein soll, das Fortpflanzungspotential von Brutpaaren der Gattung Ara anhand der Paarbindung zu bestimmen. Daf{\"u}r wurde die Bedeutung der Qualit{\"a}t der Paarbindung der Brutpaare f{\"u}r den Lebens-Reproduktionserfolg (Lifetime-reproductive success, LRS) untersucht. Die Datenaufnahme erfolgte in dem Zuchtzentrum 'La Vera' der Loro Parque Fundaci{\´o}n auf Teneriffa/ Spanien. Hier wurden in den Jahren 2006 und 2007 21 Brutpaare der Gattung Ara untersucht. Die Paarbindung wurde zum Einen durch typisches Paarbindungsverhalten und zum Anderen durch die physiologische Abstimmung der einzelnen Brutpaare anhand der Aussch{\"u}ttung des Steroidhormons Testosteron dargestellt. Das Paarbindungsverhalten setzte sich aus der ‚Abstimmung der Tagesaktivit{\"a}t', dem ‚Kontaktverhalten' und den ‚sozialen Interaktionen' zusammen. Zur Abstimmung der Tagesaktivit{\"a}t z{\"a}hlten die Verhaltensweisen Ruhen, Sitzen, Nahrungsaufnahme, Gefiederpflege, Besch{\"a}ftigung und Lokomotion. Unter Kontaktverhalten wurden das {\"U}berschreiten der Individualdistanz bei bestimmten Verhaltensweisen und die Rollenverteilung der Geschlechter untersucht. Unter ‚sozialen Interaktionen' wurden die Dauer und der H{\"a}ufigkeit der sozialen Gefiederpflege und der Sozialen Index zusammengefasst. Bei der sozialen Gefiederpflege wurde die Dauer und die H{\"a}ufigkeit der Phasen erhoben, sowie der jeweilige Initiator dieser Interaktion. Zus{\"a}tzlich wurde untersucht, welches Geschlecht, wie h{\"a}ufig und mit welcher Dauer aktiv an der sozialen Gefiederpflege beteiligt war. Aus den Beobachtungen wurde der soziale Index berechnet, der angibt, wie das Verh{\"a}ltnis sozio-positiver zu agonistischen Interaktionen f{\"u}r jedes Individuum, sowie das Paar an sich ist. Zur Messung der Testosteron-Aussch{\"u}ttung der Partnertiere wurden von September bis November 2007 {\"u}ber einen Zeitraum von 9 Wochen jede Woche einmal f{\"u}r jedes Individuum Kotproben gesammelt. Mit der Analyse der Proben wurde das Veterin{\"a}r-Physiologisch-Chemische-Institut der Universit{\"a}t Leipzig unter der Leitung von Prof. Dr. Almuth Einspanier beauftragt. Zur Ermittlung des Hormongehalts in den gewonnenen Kotproben diente ein kompetitiver Doppelantik{\"o}rper-Enzymimmunoassay (EIA). Das Fortpflanzungspotential wurde {\"u}ber die Anzahl der Eier, Gelege und Jungtiere, sowie {\"u}ber die Gelegegr{\"o}ße dargestellt. Diese Daten geben, bezogen auf die Dauer der Paarbindung, Auskunft {\"u}ber die Produktivit{\"a}t eines Brutpaares, anhand dessen zus{\"a}tzlich ein Produktivit{\"a}ts-Koeffizient berechnet wurde. Des weiteren sollte die Anzahl der von einem Brutpaar selbst{\"a}ndig großgezogenen Jungtiere Auskunft {\"u}ber die F{\"a}higkeit zur kooperativen Jungenaufzucht geben. Zur Untersuchung der Bedeutung der Paarbindungsqualit{\"a}t wurden Diskriminanzfunktionsanalysen und Regressionsanalysen durchgef{\"u}hrt, wozu die untersuchten Brutpaare anhand ihres Fortpflanzungspotentials in verschiedene Gruppen eingeteilt wurden. Anhand der Ergebnisse der Studie konnte gezeigt werden, dass das Fortpflanzungspotential von Brutpaaren von verschiedenen Kriterien, die die Paarbindungsqualit{\"a}t charakterisieren, abh{\"a}ngt. Dabei ist zwischen der Produktivit{\"a}t und der F{\"a}higkeit zur kooperativen Jungenaufzucht zu unterscheiden. Die Produktivit{\"a}t eines Paares wurde hinsichtlich der abgestimmten Tagesaktivit{\"a}t positiv vom synchronen Ruhen mit dem Partner beeinflusst, sowie von der H{\"a}ufigkeit und Dauer der vom Weibchen ausgehenden sozialen Gefiederpflege. Brutpaare mit hoher Produktivit{\"a}t waren zudem {\"u}ber eine hohe ‚intra-Paar Fluktuation' des Steroidhormons Testosteron gekennzeichnet. Die Brutpaare, die in der Lage sind, ihre Jungtiere in Kooperation großzuziehen, zeigten ebenfalls einen hohen Anteil zeitlich mit dem Partner abgestimmter Ruhephasen, zudem h{\"a}ufiges Ruheverhalten in K{\"o}rperkontakt zum Partner und ein hohes zeitliches Investment der M{\"a}nnchen bei der Initiierung und Durchf{\"u}hrung sozialer Gefiederpflege. Dar{\"u}ber hinaus zeigten M{\"a}nnchen, die einen Beitrag zur kooperativen Jungenaufzucht leisten, eine wesentlich geringere durchschnittliche Testosteron-Konzentration - bezogen auf den Untersuchungszeitraum, als M{\"a}nnchen, die Brutpaaren angeh{\"o}ren, die nicht zur selbst{\"a}ndigen Jungenaufzucht f{\"a}hig sind. Dieses Ergebnis spiegelt die Bedeutung von Testosteron bei der elterlichen F{\"u}rsorge wider und bietet einen Anhaltspunkt f{\"u}r weitere Untersuchungen. Die Untersuchung konnte zeigen, dass es m{\"o}glich und sinnvoll ist, das individuelle Verhalten von Tieren in Menschenobhut f{\"u}r den Erhalt bedrohter Tierarten einzusetzen. Weitere, auf dieser Studie aufbauende Untersuchungen sollten zum Ziel haben, zuverl{\"a}ssig die Brutpaare erkennbar zu machen, die {\"u}ber ein gutes Fortpflanzungspotential verf{\"u}gen. Auf diese Weise kann unzureichender Reproduktionserfolg bedrohter Papageienarten in Menschenobhut infolge von Zwangsverpaarung minimiert werden.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Nagel2009,
  author    = {Nagel, Birgit},
  title     = {Entwicklung biohybrider Redoxsysteme auf der Grundlage "smarter" Redoxpolymere},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41424},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {In dieser Arbeit wird die Entwicklung und Charakterisierung neuer „smarter" Redoxhydrogele mit drei verschiedenen funktionellen Eigenschaften und deren erfolgreicher Einsatz zur elektrochemischen Kontaktierung von Oxidoreduktasen beschrieben. Diese neuen Redoxpolymere 1. tragen kovalent integrierte Redoxzentren umgeben von einer hydrophilen Polymermatrix, 2. reaktive Kopplungsgruppen f{\"u}r den Aufbau selbstassemblierter Polymerschichten auf Elektrodenoberfl{\"a}chen und 3. lassen sich in ihrer Redoxaktivit{\"a}t durch Verwendung „intelligenter" Polymere {\"u}ber externe Stimuli kontrollieren. Die Redoxhydrogele wurden nach dem Vorbild eines Baukastensystems in einfachen Ein-Stufen-Synthesen synthetisiert. Dazu wurden verschiedene Redoxzentren (Ferrocen, 1,10-Phenanthrolin-5,6-dion und 4-Carboxy-2,5,7-Trinitro-9-fluorenon), reaktive Kopplungsgruppen (Epoxy-, Amino-, Thiol- oder Disulfidfunktionen) und Polymermatrices (Poly-(N-Isopropylacrylamid) (PNIPAM) und Poly(ethylenglykolmethacrylat) (PEGMA)) in unterschiedlichen Zusammensetzungen miteinander copolymerisiert. Die Polymere wurden in Form von d{\"u}nnen Polymerfilmen {\"u}ber die wiederholenden Funktionalit{\"a}ten auf Elektrodenoberfl{\"a}chen aufgebracht und physiko- und elektrochemisch charakterisiert. Durch die erstmals gezeigte, derartige Ankopplung der Polymere, entstehen dreidimensionale, hydrophile selbstassemblierte Polymerschichten. Die Elektronentransferwege sind kurz und der Elektronentransfer effizient. Diese Polymer-modifizierten Elektroden wurden f{\"u}r die Kontaktierung von zwei exemplarisch ausgew{\"a}hlten Oxidoreduktasen eingesetzt, die Nicotins{\"a}ureamid-adenin-dinucleotid-abh{\"a}ngige Glucosedehydrogenase (NAD-GDH), welche ein freibewegliches Coenzym und die Pyrrolochinolinchinon-abh{\"a}ngige Glucosedehydrogenase (PQQ-GDH), welche ein prosthetisches Coenzym verwenden. Die Redoxaktivit{\"a}ten des PNIPAMFoxy- und PEGMA-Fc-Polymers ließen sich durch externe Stimuli in Form von Temperatur und Calciumkonzentrationen kontrollieren. Ein Modell f{\"u}r die Komplexierung der Calciumionen durch die PEG-Seitenketten unter Ausbildung Kronenether-{\"a}hnlicher Strukturen und der daraus resultierenden Steigerung des Elektronentransfers wurde gezeigt.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Schmallowsky2009,
  author    = {Schmallowsky, Antje},
  title     = {Visualisierung dynamischer Raumph{\"a}nomene in Geoinformationssystemen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41262},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Die visuelle Kommunikation ist eine effiziente Methode, um dynamische Ph{\"a}nomene zu beschreiben. Informationsobjekte pr{\"a}zise wahrzunehmen, einen schnellen Zugriff auf strukturierte und relevante Informationen zu erm{\"o}glichen, erfordert konsistente und nach dem formalen Minimalprinzip konzipierte Analyse- und Darstellungsmethoden. Dynamische Raumph{\"a}nomene in Geoinformationssystemen k{\"o}nnen durch den Mangel an konzeptionellen Optimierungsanpassungen aufgrund ihrer statischen Systemstruktur nur bedingt die Informationen von Raum und Zeit modellieren. Die Forschung in dieser Arbeit ist daher auf drei interdisziplin{\"a}re Ans{\"a}tze fokussiert. Der erste Ansatz stellt eine echtzeitnahe Datenerfassung dar, die in Geodatenbanken zeitorientiert verwaltet wird. Der zweite Ansatz betrachtet Analyse- und Simulationsmethoden, die das dynamische Verhalten analysieren und prognostizieren. Der dritte Ansatz konzipiert Visualisierungsmethoden, die insbesondere dynamische Prozesse abbilden. Die Symbolisierung der Prozesse passt sich bedarfsweise in Abh{\"a}ngigkeit des Prozessverlaufes und der Interaktion zwischen Datenbanken und Simulationsmodellen den verschiedenen Entwicklungsphasen an. Dynamische Aspekte k{\"o}nnen so mit Hilfe bew{\"a}hrter Funktionen aus der GI-Science zeitnah mit modularen Werkzeugen entwickelt und visualisiert werden. Die Analyse-, Verschneidungs- und Datenverwaltungsfunktionen sollen hierbei als Nutzungs- und Auswertungspotential alternativ zu Methoden statischer Karten dienen. Bedeutend f{\"u}r die zeitliche Komponente ist das Verkn{\"u}pfen neuer Technologien, z. B. die Simulation und Animation, basierend auf einer strukturierten Zeitdatenbank in Verbindung mit statistischen Verfahren. Methodisch werden Modellans{\"a}tze und Visualisierungstechniken entwickelt, die auf den Bereich Verkehr transferiert werden. Verkehrsdynamische Ph{\"a}nomene, die nicht zusammenh{\"a}ngend und umfassend darstellbar sind, werden modular in einer serviceorientierten Architektur separiert, um sie in verschiedenen Ebenen r{\"a}umlich und zeitlich visuell zu pr{\"a}sentieren. Entwicklungen der Vergangenheit und Prognosen der Zukunft werden {\"u}ber verschiedene Berechnungsmethoden modelliert und visuell analysiert. Die Verkn{\"u}pfung einer Mikrosimulation (Abbildung einzelner Fahrzeuge) mit einer netzgesteuerten Makrosimulation (Abbildung eines gesamten Straßennetzes) erm{\"o}glicht eine maßstabsunabh{\"a}ngige Simulation und Visualisierung des Mobilit{\"a}tsverhaltens ohne zeitaufwendige Bewertungsmodellberechnungen. Zuk{\"u}nftig wird die visuelle Analyse raum-zeitlicher Ver{\"a}nderungen f{\"u}r planerische Entscheidungen ein effizientes Mittel sein, um Informationen {\"u}bergreifend verf{\"u}gbar, klar strukturiert und zweckorientiert zur Verf{\"u}gung zu stellen. Der Mehrwert durch visuelle Geoanalysen, die modular in einem System integriert sind, ist das flexible Auswerten von Messdaten nach zeitlichen und r{\"a}umlichen Merkmalen.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Lkhagvadorj2009,
  author    = {Lkhagvadorj, Ariunaa},
  title     = {Fiscal federalism and decentralization in Mongolia},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41196},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Fiscal federalism has been an important topic among public finance theorists in the last four decades. There is a series of arguments that decentralization of governments enhances growth by improving allocation efficiency. However, the empirical studies have shown mixed results for industrialized and developing countries and some of them have demonstrated that there might be a threshold level of economic development below which decentralization is not effective. Developing and transition countries have developed a variety of forms of fiscal decentralization as a possible strategy to achieve effective and efficient governmental structures. A generalized principle of decentralization due to the country specific circumstances does not exist. Therefore, decentralization has taken place in different forms in various countries at different times, and even exactly the same extent of decentralization may have had different impacts under different conditions. The purpose of this study is to investigate the current state of the fiscal decentralization in Mongolia and to develop policy recommendations for the efficient and effective intergovernmental fiscal relations system for Mongolia. Within this perspective the analysis concentrates on the scope and structure of the public sector, the expenditure and revenue assignment as well as on the design of the intergovernmental transfer and sub-national borrowing. The study is based on data for twenty-one provinces and the capital city of Mongolia for the period from 2000 to 2009. As a former socialist country Mongolia has had a highly centralized governmental sector. The result of the analysis below revealed that the Mongolia has introduced a number of decentralization measures, which followed a top down approach and were slowly implemented without any integrated decentralization strategy in the last decade. As a result Mongolia became de-concentrated state with fiscal centralization. The revenue assignment is lacking a very important element, for instance significant revenue autonomy given to sub-national governments, which is vital for the efficient service delivery at the local level. According to the current assignments of the expenditure and revenue responsibilities most of the provinces are unable to provide a certain national standard of public goods supply. Hence, intergovernmental transfers from the central jurisdiction to the sub-national jurisdictions play an important role for the equalization of the vertical and horizontal imbalances in Mongolia. The critical problem associated with intergovernmental transfers is that there is not a stable, predictable and transparent system of transfer allocation. The amount of transfers to sub-national governments is determined largely by political decisions on ad hoc basis and disregards local differences in needs and fiscal capacity. Thus a fiscal equalization system based on the fiscal needs of the provinces should be implemented. The equalization transfers will at least partly offset the regional disparities in revenues and enable the sub-national governments to provide a national minimum standard of local public goods.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Bojdys2009,
  author    = {Bojdys, Michael Janus},
  title     = {On new allotropes and nanostructures of carbon nitrides},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41236},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {In the first section of the thesis graphitic carbon nitride was for the first time synthesised using the high-temperature condensation of dicyandiamide (DCDA) - a simple molecular precursor - in a eutectic salt melt of lithium chloride and potassium chloride. The extent of condensation, namely next to complete conversion of all reactive end groups, was verified by elemental microanalysis and vibrational spectroscopy. TEM- and SEM-measurements gave detailed insight into the well-defined morphology of these organic crystals, which are not based on 0D or 1D constituents like known molecular or short-chain polymeric crystals but on the packing motif of extended 2D frameworks. The proposed crystal structure of this g-C3N4 species was derived in analogy to graphite by means of extensive powder XRD studies, indexing and refinement. It is based on sheets of hexagonally arranged s-heptazine (C6N7) units that are held together by covalent bonds between C and N atoms. These sheets stack in a graphitic, staggered fashion adopting an AB-motif, as corroborated by powder X-ray diffractometry and high-resolution transmission electron microscopy. This study was contrasted with one of many popular - yet unsuccessful - approaches in the last 30 years of scientific literature to perform the condensation of an extended carbon nitride species through synthesis in the bulk. The second section expands the repertoire of available salt melts introducing the lithium bromide and potassium bromide eutectic as an excellent medium to obtain a new phase of graphitic carbon nitride. The combination of SEM, TEM, PXRD and electron diffraction reveals that the new graphitic carbon nitride phase stacks in an ABA' motif forming unprecedentedly large crystals. This section seizes the notion of the preceding chapter, that condensation in a eutectic salt melt is the key to obtain a high degree of conversion mainly through a solvatory effect. At the close of this chapter ionothermal synthesis is seen established as a powerful tool to overcome the inherent kinetic problems of solid state reactions such as incomplete polymerisation and condensation in the bulk especially when the temperature requirement of the reaction in question falls into the proverbial "no man's land" of classical solvents, i.e. above 250 to 300 °C. The following section puts the claim to the test, that the crystalline carbon nitrides obtained from a salt melt are indeed graphitic. A typical property of graphite - namely the accessibility of its interplanar space for guest molecules - is transferred to the graphitic carbon nitride system. Metallic potassium and graphitic carbon nitride are converted to give the potassium intercalation compound, K(C6N8)3 designated according to its stoichiometry and proposed crystal structure. Reaction of the intercalate with aqueous solvents triggers the exfoliation of the graphitic carbon nitride material and - for the first time - enables the access of singular (or multiple) carbon nitride sheets analogous to graphene as seen in the formation of sheets, bundles and scrolls of carbon nitride in TEM imaging. The thus exfoliated sheets form a stable, strongly fluorescent solution in aqueous media, which shows no sign in UV/Vis spectroscopy that the aromaticity of individual sheets was subject to degradation. The final section expands on the mechanism underlying the formation of graphitic carbon nitride by literally expanding the distance between the covalently linked heptazine units which constitute these materials. A close examination of all proposed reaction mechanisms to-date in the light of exhaustive DSC/MS experiments highlights the possibility that the heptazine unit can be formed from smaller molecules, even if some of the designated leaving groups (such as ammonia) are substituted by an element, R, which later on remains linked to the nascent heptazine. Furthermore, it is suggested that the key functional groups in the process are the triazine- (Tz) and the carbonitrile- (CN) group. On the basis of these assumptions, molecular precursors are tailored which encompass all necessary functional groups to form a central heptazine unit of threefold, planar symmetry and then still retain outward functionalities for self-propagated condensation in all three directions. Two model systems based on a para-aryl (ArCNTz) and para-biphenyl (BiPhCNTz) precursors are devised via a facile synthetic procedure and then condensed in an ionothermal process to yield the heptazine based frameworks, HBF-1 and HBF-2. Due to the structural motifs of their molecular precursors, individual sheets of HBF-1 and HBF-2 span cavities of 14.2 {\AA} and 23.0 {\AA} respectively which makes both materials attractive as potential organic zeolites. Crystallographic analysis confirms the formation of ABA' layered, graphitic systems, and the extent of condensation is confirmed as next-to-perfect by elemental analysis and vibrational spectroscopy.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Lampert2009,
  author    = {Lampert, Astrid},
  title     = {Airborne lidar observations of tropospheric arctic clouds},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41211},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Due to the unique environmental conditions and different feedback mechanisms, the Arctic region is especially sensitive to climate changes. The influence of clouds on the radiation budget is substantial, but difficult to quantify and parameterize in models. In the framework of the PhD, elastic backscatter and depolarization lidar observations of Arctic clouds were performed during the international Arctic Study of Tropospheric Aerosol, Clouds and Radiation (ASTAR) from Svalbard in March and April 2007. Clouds were probed above the inaccessible Arctic Ocean with a combination of airborne instruments: The Airborne Mobile Aerosol Lidar (AMALi) of the Alfred Wegener Institute for Polar and Marine Research provided information on the vertical and horizontal extent of clouds along the flight track, optical properties (backscatter coefficient), and cloud thermodynamic phase. From the data obtained by the spectral albedometer (University of Mainz), the cloud phase and cloud optical thickness was deduced. Furthermore, in situ observations with the Polar Nephelometer, Cloud Particle Imager and Forward Scattering Spectrometer Probe (Laboratoire de M{\´e}t{\´e}orologie Physique, France) provided information on the microphysical properties, cloud particle size and shape, concentration, extinction, liquid and ice water content. In the thesis, a data set of four flights is analyzed and interpreted. The lidar observations served to detect atmospheric structures of interest, which were then probed by in situ technique. With this method, an optically subvisible ice cloud was characterized by the ensemble of instruments (10 April 2007). Radiative transfer simulations based on the lidar, radiation and in situ measurements allowed the calculation of the cloud forcing, amounting to -0.4 W m-2. This slight surface cooling is negligible on a local scale. However, thin Arctic clouds have been reported more frequently in winter time, when the clouds' effect on longwave radiation (a surface warming of 2.8 W m-2) is not balanced by the reduced shortwave radiation (surface cooling). Boundary layer mixed-phase clouds were analyzed for two days (8 and 9 April 2007). The typical structure consisting of a predominantly liquid water layer on cloud top and ice crystals below were confirmed by all instruments. The lidar observations were compared to European Centre for Medium-Range Weather Forecasts (ECMWF) meteorological analyses. A change of air masses along the flight track was evidenced in the airborne data by a small completely glaciated cloud part within the mixed-phase cloud system. This indicates that the updraft necessary for the formation of new cloud droplets at cloud top is disturbed by the mixing processes. The measurements served to quantify the shortcomings of the ECMWF model to describe mixed-phase clouds. As the partitioning of cloud condensate into liquid and ice water is done by a diagnostic equation based on temperature, the cloud structures consisting of a liquid cloud top layer and ice below could not be reproduced correctly. A small amount of liquid water was calculated for the lowest (and warmest) part of the cloud only. Further, the liquid water content was underestimated by an order of magnitude compared to in situ observations. The airborne lidar observations of 9 April 2007 were compared to space borne lidar data on board of the satellite Cloud-Aerosol Lidar and Infrared Pathfinder Satellite Observations (CALIPSO). The systems agreed about the increase of cloud top height along the same flight track. However, during the time delay of 1 h between the lidar measurements, advection and cloud processing took place, and a detailed comparison of small-scale cloud structures was not possible. A double layer cloud at an altitude of 4 km was observed with lidar at the West coast in the direct vicinity of Svalbard (14 April 2007). The cloud system consisted of two geometrically thin liquid cloud layers (each 150 m thick) with ice below each layer. While the upper one was possibly formed by orographic lifting under the influence of westerly winds, or by the vertical wind shear shown by ECMWF analyses, the lower one might be the result of evaporating precipitation out of the upper layer. The existence of ice precipitation between the two layers supports the hypothesis that humidity released from evaporating precipitation was cooled and consequently condensed as it experienced the radiative cooling from the upper layer. In summary, a unique data set characterizing tropospheric Arctic clouds was collected with lidar, in situ and radiation instruments. The joint evaluation with meteorological analyses allowed a detailed insight in cloud properties, cloud evolution processes and radiative effects.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Cabral2009,
  author    = {Cabral, Juliano Sarmento},
  title     = {Demographic processes determining the range dynamics of plant species, and their consequences for biodiversity maintenance in the face of environmental change},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41188},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {The present thesis aims to introduce process-based model for species range dynamics that can be fitted to abundance data. For this purpose, the well-studied Proteaceae species of the South African Cape Floristic Region (CFR) offer a great data set to fit process-based models. These species are subject to wildflower harvesting and environmental threats like habitat loss and climate change. The general introduction of this thesis presents shortly the available models for species distribution modelling. Subsequently, it presents the feasibility of process-based modelling. Finally, it introduces the study system as well as the objectives and layout. In Chapter 1, I present the process-based model for range dynamics and a statistical framework to fit it to abundance distribution data. The model has a spatially-explicit demographic submodel (describing dispersal, reproduction, mortality and local extinction) and an observation submodel (describing imperfect detection of individuals). The demographic submodel links species-specific habitat models describing the suitable habitat and process-based demographic models that consider local dynamics and anemochoric seed dispersal between populations. After testing the fitting framework with simulated data, I applied it to eight Proteaceae species with different demographic properties. Moreover, I assess the role of two other demographic mechanisms: positive (Allee effects) and negative density-dependence. Results indicate that Allee effects and overcompensatory local dynamics (including chaotic behaviour) seem to be important for several species. Most parameter estimates quantitatively agreed with independent data. Hence, the presented approach seemed to suit the demand of investigating non-equilibrium scenarios involving wildflower harvesting (Chapter 2) and environmental change (Chapter 3). The Chapter 2 addresses the impacts of wildflower harvesting. The chapter includes a sensitivity analysis over multiple spatial scales and demographic properties (dispersal ability, strength of Allee effects, maximum reproductive rate, adult mortality, local extinction probability and carrying capacity). Subsequently, harvesting effects are investigated on real case study species. Plant response to harvesting showed abrupt threshold behavior. Species with short-distance seed dispersal, strong Allee effects, low maximum reproductive rate, high mortality and high local extinction are most affected by harvesting. Larger spatial scales benefit species response, but the thresholds become sharper. The three case study species supported very low to moderate harvesting rates. Summarizing, demographic knowledge about the study system and careful identification of the spatial scale of interest should guide harvesting assessments and conservation of exploited species. The sensitivity analysis' results can be used to qualitatively assess harvesting impacts for poorly studied species. I investigated in Chapter 3 the consequences of past habitat loss, future climate change and their interaction on plant response. I use the species-specific estimates of the best model describing local dynamics obtained in Chapter 1. Both habitat loss and climate change had strong negative impacts on species dynamics. Climate change affected mainly range size and range filling due to habitat reductions and shifts combined with low colonization. Habitat loss affected mostly local abundances. The scenario with both habitat loss and climate change was the worst for most species. However, this impact was better than expected by simple summing of separate effects of habitat loss and climate change. This is explained by shifting ranges to areas less affected by humans. Range size response was well predicted by the strength of environmental change, whereas range filling and local abundance responses were better explained by demographic properties. Hence, risk assessments under global change should consider demographic properties. Most surviving populations were restricted to refugia, serving as key conservation focus.The findings obtained for the study system as well as the advantages, limitations and potentials of the model presented here are further discussed in the General Discussion. In summary, the results indicate that 1) process-based demographic models for range dynamics can be fitted to data; 2) demographic processes improve species distribution models; 3) different species are subject to different processes and respond differently to environmental change and exploitation; 4) density regulation type and Allee effects should be considered when investigating range dynamics of species; 5) the consequences of wildflower harvesting, habitat loss and climate change could be disastrous for some species, but impacts vary depending on demographic properties; 6) wildflower harvesting impacts varies over spatial scale; 7) The effects of habitat loss and climate change are not always additive.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Todt2009,
  author    = {Todt, Helge Tobias},
  title     = {Hydrogen-deficient central stars of planetary nebulae},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41047},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Central stars of planetary nebulae are low-mass stars on the brink of their final evolution towards white dwarfs. Because of their surface temperature of above 25,000 K their UV radiation ionizes the surrounding material, which was ejected in an earlier phase of their evolution. Such fluorescent circumstellar gas is called a "Planetary Nebula". About one-tenth of the Galactic central stars are hydrogen-deficient. Generally, the surface of these central stars is a mixture of helium, carbon, and oxygen resulting from partial helium burning. Moreover, most of them have a strong stellar wind, similar to massive Pop-I Wolf-Rayet stars, and are in analogy classified as [WC]. The brackets distinguish the special type from the massive WC stars. Qualitative spectral analyses of [WC] stars lead to the assumption of an evolutionary sequence from the cooler, so-called late-type [WCL] stars to the very hot, early-type [WCE] stars. Quantitative analyses of the winds of [WC] stars became possible by means of computer programs that solve the radiative transfer in the co-moving frame, together with the statistical equilibrium equations for the population numbers. First analyses employing models without iron-line blanketing resulted in systematically different abundances for [WCL] and [WCE] stars. While the mass ratio of He:C is roughly 40:50 for [WCL] stars, it is 60:30 in average for [WCE] stars. The postulated evolution from [WCL] to [WCE] however could only lead to an increase of carbon, since heavier elements are built up by nuclear fusion. In the present work, improved models are used to re-analyze the [WCE] stars and to confirm their He:C abundance ratio. Refined models, calculated with the Potsdam WR model atmosphere code (PoWR), account now for line-blanketing due to iron group elements, small scale wind inhomogeneities, and complex model atoms for He, C, O, H, P, N, and Ne. Referring to stellar evolutionary models for the hydrogen-deficient [WC] stars, Ne and N abundances are of particular interest. Only one out of three different evolutionary channels, the VLTP scenario, leads to a Ne and N overabundance of a few percent by mass. A VLTP, a very late thermal pulse, is a rapid increase of the energy production of the helium-burning shell, while hydrogen burning has already ceased. Subsequently, the hydrogen envelope is mixed with deeper layers and completely burnt in the presence of C, He, and O. This results in the formation of N and Ne. A sample of eleven [WCE] stars has been analyzed. For three of them, PB 6, NGC 5189, and [S71d]3, a N overabundance of 1.5\% has been found, while for three other [WCE] stars such high abundances of N can be excluded. In the case of NGC 5189, strong spectral lines of Ne can be reproduced qualitatively by our models. At present, the Ne mass fraction can only be roughly estimated from the Ne emission lines and seems to be in the order of a few percent by mass. Furthermore, using a diagnostic He-C line pair, the He:C abundance ratio of 60:30 for [WCE] stars is confirmed. Within the framework of the analysis, a new class of hydrogen-deficient central stars has been discovered, with PB 8 as its first member. Its atmospheric mixture resembles rather that of the massive WNL stars than of the [WC] stars. The determined mass fractions H:He:C:N:O are 40:55:1.3:2:1.3. As the wind of PB 8 contains significant amounts of O and C, in contrast to WN stars, a classification as [WN/WC] is suggested.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Ballato2009,
  author    = {Ballato, Paolo},
  title     = {Tectonic and climatic forcing in orogenic processes : the foreland basin point of view, Alborz mountains, N Iran},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-41068},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Systeme von Vorlandbecken repr{\"a}sentieren bedeutende geologische Archive und dienen dem Verst{\"a}ndnis von R{\"u}ckkopplungen zwischen oberfl{\"a}chennahen und tektonischen Prozessen. Außerdem dokumentieren sie die Entwicklung unmittelbar angrenzender Bergketten. Die sediment{\"a}ren Abfolgen in Vorlandbecken reflektieren das Gleichgewicht zwischen tektonischer Subsidenz, der Bildung langzeitlichen Akkommodationsraumes und des Sedimenteintrages, welcher wiederum die Wirksamkeit von Erosions- und Massenneuverteilungsprozessen wiederspiegelt. Um die Effekte von Klima und Tektonik in einem solchen System zu erforschen, untersuchte ich die Oligo-Mioz{\"a}nen Sedimente in den Vorlandbecken der s{\"u}dlichen Elburs Bergkette, einem intrakontinentalen Gebirge in Nord-Iran, das im Zuge der Arabisch-Eurasischen Kontinent-Kollision herausgehoben wurde. In dieser Studie der Vorlandbeckensedimente wurden Datierungstechniken angewandt (40Ar/39Ar, (U-Th)/He Thermochronologie und Magnetostratigraphie), die Sedimente und deren Herkunft analysiert und die Tonmineralogie, sowie Sauerstoff- und Kohlenstoffisotope untersucht. Die Ergebnisse zeigen, dass auf einer Zeitskala von 105 bis 106 Jahren eine systematische Korrelation zwischen „coarsening upward" Zyklen und den sediment{\"a}ren Akkumulationsraten besteht. W{\"a}hrend sukzessiver {\"U}berschiebungsphasen werden die durch Hebung der Bergkette bereitgestellten groben Kornfraktionen in proximale Bereiche des Beckens geliefert und feink{\"o}rnige Fazies in distalen Beckenregionen abgelagert. Variationen in der Sedimentherkunft in Phasen gr{\"o}ßerer tektonischer Aktivit{\"a}t zeugen von erosionaler Abdeckung und/oder der Umorganisation nat{\"u}rlicher Entw{\"a}sserungsstrukturen. Außerdem zeigen die Untersuchungen an stabilen Isotopen, dass die verst{\"a}rkte tektonische Aktivit{\"a}t das Anwachsen der Topographie f{\"o}rderte und damit die Wirksamkeit einer topographischen Barriere erh{\"o}hte. Wenn aufgrund nachlassender Beckenabsenkung die grobe Kornfraktion nicht vollst{\"a}ndig im Nahbereich des Beckens aufgenommen werden kann breitet sie sich in ferne Beckenregionen aus. Im Elburs wird die verringerte Subsidenz durch eine interne Hebung des Vorlandes hervorgerufen und ist mit einer lateralen Stapelung von Flussbetten assoziiert. Dokumentiert wird dies anhand konsequenten Schichtwachstums, tektonischer Schr{\"a}gstellung und sediment{\"a}rer Umlagerung. Gleichzeitig nehmen die Sedimentationsraten zu. Die Sauerstoff-Isotope der Pal{\"a}ob{\"o}den zeigen, dass dieser Anstieg mit einer Phase feuchteren Klimas einhergeht, wodurch Oberfl{\"a}chenprozesse effizienter werden und Heraushebungssraten steigen, was eine positive R{\"u}ckkopplung erzeugt. Des Weiteren zeigen die isotopischen und sediment{\"a}ren Daten, dass seit 10-9 Millionen Jahren (Ma) das Klima durch saisonalen Anstieg der Niederschl{\"a}ge zunehmend feuchter wurde. Da bedeutende klimatische Ver{\"a}nderungen zu dieser Zeit auch im Mittelmeerraum und Asien beobachtet wurden, ist anzunehmen, dass die klimatische Ver{\"a}nderung, die im Elburs Gebirge beobachtet wird, h{\"o}chstwahrscheinlich {\"A}nderungen der atmosph{\"a}rischen Zirkulationen der n{\"o}rdlichen Hemisph{\"a}re reflektiert. Aus den Ergebnissen dieser Studie lassen sich zus{\"a}tzliche Implikationen f{\"u}r die Entwicklung des Elburs Gebirges und die Arabisch-Eurasische kontinentale Kollisionszone ableiten. Die orogen-weite Hauptdeformation propagierte nicht gleichm{\"a}ßig nach S{\"u}den, sondern seit dem Oligoz{\"a}n schrittweise vorw{\"a}rts und r{\"u}ckw{\"a}rts. Insbesondere von ~17,5 bis 6,2 Ma wurde das Gebirge durch eine Kombination aus frontaler Akkretion und interner Keildeformation in Schritten von 0,7 bis 2 Millionen Jahren herausgehoben. Dar{\"u}ber hinaus deuten die Sedimentherkunftsdaten darauf hin, dass sich noch vor 10-9 Ma die Haupteinengungsrichtung von NW-SE nach NNE-SSW ver{\"a}nderte. Regional erlaubt die Geschichte der untersuchten Becken und angrenzenden Gebirgsz{\"u}ge R{\"u}ckschl{\"u}sse auf ein neues geodynamisches Model zur Entwicklung der Arabisch-Eurasischen kontinentalen Kollisionszone. Zahlreiche Sedimentbecken des Elburs Gebirges und anderer Lokalit{\"a}ten der Arabisch-Eurasischen Deformationszone belegen einen Wechsel von einem tensionalen zu einem kompressionalen tektonischen Regime vor ~36 Ma . Dieser Wechsel k{\"o}nnte den Beginn der Subduktion von gedehnter arabischer kontinentaler Lithosph{\"a}re unter Zentral-Iran bedeuten, was zu einer moderaten Plattenkopplung und Deformation von Unter- sowie Oberplatte gef{\"u}hrt hat. Der Anstieg der Deformationsraten im s{\"u}dlichen Elburs Gebirge seit ~17,5 Ma l{\"a}sst vermuten, dass die Oberplatte, wahrscheinlich aufgrund steigender Plattenkopplung, seit dem fr{\"u}hen Mioz{\"a}n signifikant deformiert wurde. Diese Ver{\"a}nderung k{\"o}nnte der Subduktion m{\"a}chtigerer arabischer kontinentaler Lithosph{\"a}re zugeschrieben werden und den Anfang echter kontinentaler Kollision bedeuten. Dieses Model erkl{\"a}rt daher die Zeitverz{\"o}gerung zwischen der Initiation der Arabisch-Eurasischen kontinentalen Kollision (Eoz{\"a}n-Oligoz{\"a}n) and dem Beginn ausgedehnter Deformation in der Kollisionszone (Mioz{\"a}n).},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Thamm2009,
  author    = {Thamm, Markus},
  title     = {Charakterisierung der Serotonin-Rezeptoren der Honigbiene Apis mellifera : von den Genen zum Verhalten},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-40736},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Das serotonerge System besitzt sowohl bei Invertebraten als auch bei Vertebraten eine große Bedeutung f{\"u}r die Kontrolle und Modulation vieler physiologischer Prozesse und Verhaltensleistungen. Bei der Honigbiene Apis mellifera spielt Serotonin (5-Hydroxytryptamin, 5-HT) eine wichtige Rolle bei der Arbeitsteilung und dem Lernen. Die 5-HT-Rezeptoren, die {\"u}berwiegend zur Familie der G-Protein gekoppelten Rezeptoren (GPCRs) geh{\"o}ren, besitzen eine Schl{\"u}sselstellung f{\"u}r das Verst{\"a}ndnis der molekularen Mechanismen der serotonergen Signalweiterleitung. Ziel dieser Arbeit war es, 5-HT-Rezeptoren der Honigbiene zu charakterisieren. Dazu z{\"a}hlt die Identifizierung der molekularen Struktur, die Ermittlung der intrazellul{\"a}ren Signalwege, die Erstellung von pharmakologischen Profilen, die Ermittlung der Expressionsmuster und die Ermittlung der physiologischen Funktionen der Rezeptoren. Mit Hilfe der Informationen aus dem Honey Bee Genome Project, konnten drei RezeptorcDNAs kloniert werden. Vergleiche der abgeleiteten Aminos{\"a}uresequenzen mit den Aminos{\"a}uresequenzen bereits charakterisierter Rezeptoren legten nahe, dass es sich dabei um einen 5-HT1- (Am5-HT1) und zwei 5-HT2-Rezeptoren (Am5-HT2α und Am5-HT2β) handelt. Die strukturelle Analyse der abgeleiteten Aminos{\"a}uresequenz dieser Rezeptoren postuliert das Vorhandensein der charakteristischen heptahelikalen Architektur von GPCRs und zeigt starkkonservierte Motive, die bedeutend f{\"u}r die Ligandenbindung, die Rezeptoraktivierung und die Kopplung an G-Proteine sind. F{\"u}r die beiden 5 HT2-Rezeptoren konnte zudem alternatives Spleißen nachgewiesen werden. Mit den cDNAs des Am5-HT1- und des Am5-HT2α-Rezeptors wurden HEK293-Zellen stabil transfiziert und anschließend die Rezeptoren funktionell und pharmakologisch analysiert. Am5-HT1 hemmt bei Aktivierung abh{\"a}ngig von der 5-HT-Konzentration die cAMPProduktion.Die Substanzen 5-Methoxytryptamin (5-MT) und 5-Carboxamidotryptamin konnten als Agonisten identifiziert werden. Methiothepin dagegen blockiert die 5-HTWirkung vollst{\"a}ndig. Prazosin und WAY100635 stellen partielle Antagonisten des Am5-HT1-Rezeptors dar. Der Am5-HT2_-Rezeptor stimuliert bei Aktivierung die Synthese des sekund{\"a}ren Botenstoffs Inositoltrisphosphat, was wiederum zu einer messbaren Erh{\"o}hung der intrazellul{\"a}ren Ca2+-Konzentration f{\"u}hrt. 5-MT und 8-OH-DPAT zeigen eine deutliche agonistische Wirkung auf Am5-HT2α. Dagegen besitzen Clozapin, Methiothepin, Mianserin und Cyproheptadin die F{\"a}higkeit, die 5-HT-Wirkung um 51-64 \% zu vermindern. Die bereits erw{\"a}hnte alternative Spleißvariante von Am5-HT2α wurde ebenfalls in HEK293-Zellen exprimiert und analysiert, scheint jedoch eigenst{\"a}ndig nicht funktionell zu sein. Gegen die dritte cytoplasmatische Schleife (CPL3) wurde ein polyklonales Antiserum generiert. Dieses erkennt in Western-Blot-Analysen ein Protein mit einer Masse von ca. 50 kDa. Durch immunhistochemische Analysen am Bienengehirn wurde die Verteilung des Rezeptors genauer untersucht. Dabei zeigten die optischen Neuropile, besonders die Lamina und die Ocellarnerven, stets eine starke Markierung. Außerdem wird der Rezeptor in den α- und β-Loben sowie der Lippe, dem Basalring und dem Pedunculus der Pilzk{\"o}rper exprimiert. Doppelmarkierungen zeigen stets eine enge Nachbarschaft von serotonergen Fasern und dem Am5-HT1-Rezeptor. Weiterhin konnte gezeigt werden, dass der Am5-HT1-Rezeptor sehr wahrscheinlich an der Regulation des phototaktischen Verhalten der Honigbiene beteiligt ist. Verf{\"u}tterung von 5-HT hat eine deutlich negative Wirkung auf das phototaktischen Verhalten. Diese kann durch den Am5-HT1-Rezeptor-Agonisten 5-CT imitiert werden. Schließlich konnte gezeigt werden, dass der Am5-HT1-Antagonist Prazosin die 5-HT-Wirkung deutlich vermindern kann.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Decker2009,
  author    = {Decker, Gero},
  title     = {Design and analysis of process choreographies},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-40761},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {With the rise of electronic integration between organizations, the need for a precise specification of interaction behavior increases. Information systems, replacing interaction previously carried out by humans via phone, faxes and emails, require a precise specification for handling all possible situations. Such interaction behavior is described in process choreographies. Choreographies enumerate the roles involved, the allowed interactions, the message contents and the behavioral dependencies between interactions. Choreographies serve as interaction contract and are the starting point for adapting existing business processes and systems or for implementing new software components. As a thorough analysis and comparison of choreography modeling languages is missing in the literature, this thesis introduces a requirements framework for choreography languages and uses it for comparing current choreography languages. Language proposals for overcoming the limitations are given for choreography modeling on the conceptual and on the technical level. Using an interconnection modeling style, behavioral dependencies are defined on a per-role basis and different roles are interconnected using message flow. This thesis reveals a number of modeling "anti-patterns" for interconnection modeling, motivating further investigations on choreography languages following the interaction modeling style. Here, interactions are seen as atomic building blocks and the behavioral dependencies between them are defined globally. Two novel language proposals are put forward for this modeling style which have already influenced industrial standardization initiatives. While avoiding many of the pitfalls of interconnection modeling, new anomalies can arise in interaction models. A choreography might not be realizable, i.e. there does not exist a set of interacting roles that collectively realize the specified behavior. This thesis investigates different dimensions of realizability.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Jechow2009,
  author    = {Jechow, Andreas},
  title     = {Tailoring the emission of stripe-array diode lasers with external cavities to enable nonlinear frequency conversion},
  publisher = {Universit{\"a}tsverlag Potsdam},
  address   = {Potsdam},
  isbn      = {978-3-86956-031-1},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-39653},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  pages     = {ii, 139},
  year      = {2009},
  abstract  = {A huge number of applications require coherent radiation in the visible spectral range. Since diode lasers are very compact and efficient light sources, there exists a great interest to cover these applications with diode laser emission. Despite modern band gap engineering not all wavelengths can be accessed with diode laser radiation. Especially in the visible spectral range between 480 nm and 630 nm no emission from diode lasers is available, yet. Nonlinear frequency conversion of near-infrared radiation is a common way to generate coherent emission in the visible spectral range. However, radiation with extraordinary spatial temporal and spectral quality is required to pump frequency conversion. Broad area (BA) diode lasers are reliable high power light sources in the near-infrared spectral range. They belong to the most efficient coherent light sources with electro-optical efficiencies of more than 70\%. Standard BA lasers are not suitable as pump lasers for frequency conversion because of their poor beam quality and spectral properties. For this purpose, tapered lasers and diode lasers with Bragg gratings are utilized. However, these new diode laser structures demand for additional manufacturing and assembling steps that makes their processing challenging and expensive. An alternative to BA diode lasers is the stripe-array architecture. The emitting area of a stripe-array diode laser is comparable to a BA device and the manufacturing of these arrays requires only one additional process step. Such a stripe-array consists of several narrow striped emitters realized with close proximity. Due to the overlap of the fields of neighboring emitters or the presence of leaky waves, a strong coupling between the emitters exists. As a consequence, the emission of such an array is characterized by a so called supermode. However, for the free running stripe-array mode competition between several supermodes occurs because of the lack of wavelength stabilization. This leads to power fluctuations, spectral instabilities and poor beam quality. Thus, it was necessary to study the emission properties of those stripe-arrays to find new concepts to realize an external synchronization of the emitters. The aim was to achieve stable longitudinal and transversal single mode operation with high output powers giving a brightness sufficient for efficient nonlinear frequency conversion. For this purpose a comprehensive analysis of the stripe-array devices was done here. The physical effects that are the origin of the emission characteristics were investigated theoretically and experimentally. In this context numerical models could be verified and extended. A good agreement between simulation and experiment was observed. One way to stabilize a specific supermode of an array is to operate it in an external cavity. Based on mathematical simulations and experimental work, it was possible to design novel external cavities to select a specific supermode and stabilize all emitters of the array at the same wavelength. This resulted in stable emission with 1 W output power, a narrow bandwidth in the range of 2 MHz and a very good beam quality with M²<1.5. This is a new level of brightness and brilliance compared to other BA and stripe-array diode laser systems. The emission from this external cavity diode laser (ECDL) satisfied the requirements for nonlinear frequency conversion. Furthermore, a huge improvement to existing concepts was made. In the next step newly available periodically poled crystals were used for second harmonic generation (SHG) in single pass setups. With the stripe-array ECDL as pump source, more than 140 mW of coherent radiation at 488 nm could be generated with a very high opto-optical conversion efficiency. The generated blue light had very good transversal and longitudinal properties and could be used to generate biphotons by parametric down-conversion. This was feasible because of the improvement made with the infrared stripe-array diode lasers due to the development of new physical concepts.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Phirtskhalashvili2009,
  author    = {Phirtskhalashvili, Anna},
  title     = {Schutzpflichten und die horizontale Wirkung von Grundrechten in der Verfassung Georgiens vom 24. August 1995 : eine vergleichende Untersuchung der staatlichen Schutzpflichten aus der Europ{\"a}ischen Menschenrechtskonvention und der georgischen Verfassung unter besonderer Ber{\"u}cksichtigung der deutschen Schutzpflichtenlehre},
  isbn      = {978-3-86956-041-0},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-40728},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Die vorliegende Untersuchung zeigt das st{\"a}ndige Wachstum der Dimension und Bedeutung der staatlichen Schutzpflichten als eine eigenst{\"a}ndige Funktion der Grundrechte. Mit jedem Fortschritt und der Entwicklung in der modernen Welt, entstehen in der Gesellschaft immer wieder neue Bereiche, die gesetzlicher Regulierung bed{\"u}rfen. Daher ist die staatliche Aufgabe eindeutig: Der Staat muss die in der Verfassung ausgelegten Prinzipien in der Realit{\"a}t durch die Gesetze umsetzen und sie st{\"a}ndig wiederkehrend nachbessern. Daher ist der Staat gefordert, die Einzelnen repressiv und pr{\"a}ventiv zu sch{\"u}tzen. Die Dissertation untersucht die Problematik von staatlichen Schutzpflichten im Rahmen der Grundrechte der georgischen Verfassung vom 24. August 1995 im Vergleich mit den Menschenrechten und Grundfreiheiten der Europ{\"a}ischen Menschenrechtskonvention. Die Arbeit greift ein Grundrechtsproblem auf, das sich gerade in rechtlichen und politischen Umbruchssituationen wie diejenige, die Georgien als Nachfolgestaat der zerbrochenen Sowjetunion durchlebt, als besonders wichtig erweist. Auf dem Weg zur dogmatischen Entfaltung einer grundrechtlichen Schutzpflicht wird als eine Art Leitbild die Europ{\"a}ische Menschenrechtskonvention (EMRK) herangezogen. Dies erkl{\"a}rt sich aus der Natur der EMRK, die sich als eine Art Verfassung f{\"u}r Europa darstellt und in Georgien seit 1999 in Kraft ist. In der Arbeit wird auf die deutsche Schutzpflichtenlehre verwiesen. Das erkl{\"a}rt sich aus der in Deutschland schon seit etwa 30 Jahren gef{\"u}hrten Diskussion, die immer noch nicht abgeschlossen ist, aber aus der sich bemerkenswerte und kontroverse Ergebnisse ziehen lassen. Die Arbeit zeigt, dass die georgische Verfassung zahlreiche Ans{\"a}tze der staatlichen Schutzpflichten - allgemeiner und konkreter Art - liefert, die auch vor allem in der Rechtsprechung des Georgischen Verfassungsgerichts verschiedentlich schon aufgegriffen wurden, durchaus zum Teil unter R{\"u}ckgriff auf Aussagen der Europ{\"a}ischen Menschenrechtskonvention (EMRK) bzw. des Europ{\"a}ischen Gerichtshofes f{\"u}r Menschenrechte (EGMR). Den Bereich der grundrechtlichen Schutzpflichten der georgischen Verfassung auszuleuchten ist f{\"u}r eine relativ neue Rechtstaatlichkeit eines postsowjetischen Staates wichtig, um den Anstoß f{\"u}r eine dringend n{\"o}tige Debatte zu geben.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Gutschow2009,
  author    = {Gutschow, Ivonne},
  title     = {Auswirkungen des Cellvas-Mikrostromverfahrens auf die Leistungsf{\"a}higkeit bei Sportlern : Analyse m{\"o}glicher Effekte auf ausgew{\"a}hlte psycho-physische Belastungsparameter im Leistungssport},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-40224},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Hohe Leistungsanspr{\"u}che im Wettkampfsport erfordern von den Athleten eine hohe sportliche Belastbarkeit. M{\"o}glichkeiten die Trainingsumf{\"a}nge und -intensit{\"a}ten zu erh{\"o}hen, sind z.T. ausgesch{\"o}pft. So bestehen nach wie vor Bestrebungen neue Wege zu finden, um m{\"o}gliche Leistungsreserven zu erschließen. Elektrotherapieverfahren haben sich im klinischen Alltag, u.a. zur Behandlung von Traumata, bew{\"a}hrt und werden h{\"a}ufig zum Zweck der Analgesierung, Verbesserung der Gewebedurchblutung und zur Muskelstimulation angewandt. Deren Einsatz im adjuvanten Bereich der Trainingsbegleitung wurde bislang nur vereinzelt beschrieben. In der vorliegenden Studie wurden die Auswirkungen einer elektromagnetischen Anwendungsform auf ausgew{\"a}hlte psycho-physische Parameter untersucht (Kontrollgruppenvergleich mit placebokontrolliertem Design), um Aussagen {\"u}ber praxisrelevante Ans{\"a}tze zur trainingsunterst{\"u}tzenden Betreuung abzuleiten. Es stellte sich die Frage, ob eine Intervention (15 x / 4 Wo.) mit frequenzmodulierten Wechselstr{\"o}men im vorwiegend niederfrequenten Wirkungsspektrum (0-10000Hz, 5 μA / cm², CellVAS®) zu einer Beeinflussung der untersuchten Parameter f{\"u}hren und dahingehend nachhaltige leistungsf{\"o}rdernde oder -reduzierende Effekte erzielt werden k{\"o}nnten. Des Weiteren sollte gepr{\"u}ft werden, inwiefen die erhobenen Parameter (PWC170, Squat-Jump, Lateralflexion der Wirbels{\"a}ule und SF36®) aussagekr{\"a}ftig genug sind. Die Wirksamkeit des Applikationsform wurde im Pr{\"a}-Post-Vergleich vor (T1), nach (T2) und 4 Wo. nach Abschluss (T3, Nachhaltigkeit) der Intervention analysiert. Die Teilnehmer der Kontrollgruppe erhielten vergleichbare Applikationen im Placebomodus. Das Probandenkollektiv bestand aus gesunden Leistungssportlern, deren Sportarten einen hohen Kraftausdaueranteil enthielten (n=127). Die Gruppenzuteilung erfolgte teilrandomisiert in Haupt- (HG) und Kontrollgruppe (KG). Zudem wurden die Gruppen zus{\"a}tzlich geschlechtsspezifisch getrennt. Im Untersuchungsverlauf ließen sich Ver{\"a}nderungen f{\"u}r die Leistungsparameter PWC170 und Squat Jump erkennen. Inwiefern diese Abweichungen auf den Einfluss der Intervention mit frequenzmodulierten Wechselstr{\"o}men im niederfrequenten Wirkungsspektrum zur{\"u}ckzuf{\"u}hren sind, konnte in dieser Untersuchung nicht eindeutig gekl{\"a}rt werden. Die nachgewiesenen Effekte ließen sich nach den zu Grunde liegenden wissenschaftlichen Standards nicht statistisch valide belegen. Der wissenschaftliche Nachweis einer m{\"o}gliche Leistungsver{\"a}nderung konnte nicht abschließend erbracht werden. Im therapeutischen Bereich hat die untersuchte Applikationsform, auf Basis der bestehen Studienlage, ihre Anwendung gefunden und kann bedenkenlos verwendet werden. F{\"u}r den Einsatz als unterst{\"u}tzendes Verfahren in der sportlichen Praxis besteht nach wie vor Bedarf an validen, randomisierten Studien, die die Wirksamkeit der Applikationsform auf psycho-physische Parameter von Athleten nachhaltig belegen, bevor sie in der sportlichen Praxis Anwendung finden sollten.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{GuedesCorrea2009,
  author    = {Guedes Corr{\^e}a, Luiz Gustavo},
  title     = {Evolutionary and functional analysis of transcription factors controlling leaf development},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-40038},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Leaves are the main photosynthetic organs of vascular plants, and leaf development is dependent on a proper control of gene expression. Transcription factors (TFs) are global regulators of gene expression that play essential roles in almost all biological processes among eukaryotes. This PhD project focused on the characterization of the sink-to-source transition of Arabidopsis leaves and on the analysis of TFs that play a role in early leaf development. The sink-to-source transition occurs when the young emerging leaves (net carbon importers) acquire a positive photosynthetic balance and start exporting photoassimilates. We have established molecular and physiological markers (i.e., CAB1 and CAB2 expression levels, AtSUC2 and AtCHoR expression patterns, chlorophyll and starch levels, and photosynthetic electron transport rates) to identify the starting point of the transition, especially because the sink-to-source is not accompanied by a visual phenotype in contrast to other developmental transitions, such as the mature-to-senescent transition of leaves. The sink-to-source transition can be divided into two different processes: one light dependent, related to photosynthesis and light responses; and one light independent or impaired, related to the changes in the vascular tissue that occur when leaves change from an import to an export mode. Furthermore, starch, but not sucrose, has been identified as one of the potential signalling molecules for this transition. The expression level of 1880 TFs during early leaf development was assessed by qRTPCR, and 153 TFs were found to exhibit differential expression levels of at least 5-fold. GRF, MYB and SRS are TF families, which are overrepresented among the differentially expressed TFs. Additionally, processes like cell identity acquisition, formation of the epidermis and leaf development are overrepresented among the differentially expressed TFs, which helps to validate the results obtained. Two of these TFs were further characterized. bZIP21 is a gene up-regulated during the sink-to-source and mature-to-senescent transitions. Its expression pattern in leaves overlaps with the one observed for AtCHoR, therefore it constitutes a good marker for the sink-to-source transition. Homozygous null mutants of bZIP21 could not be obtained, indicating that the total absence of bZIP21 function may be lethal to the plant. Phylogenetic analyses indicate that bZIP21 is an orthologue of Liguleless2 from maize. In these analyses, we identified that the whole set of bZIPs in plants originated from four founder genes, and that all bZIPs from angiosperms can be classified into 13 groups of homologues and 34 Possible Groups of Orthologues (PoGOs). bHLH64 is a gene highly expressed in early sink leaves, its expression is downregulated during the mature-to-senescent transition. Null mutants of bHLH64 are characterized by delayed bolting when compared to the wild-type; this indicates a possible delay in the sink-to-source transition or the retention of a juvenile identity. A third TF, Dof4, was also characterized. Dof4 is neither differentially expressed during the sink-to-source nor during the senescent-to-mature transition, but a null mutant of Dof4 develops bigger leaves than the wild-type and forms a greater number of siliques. The Dof4 null mutant has proven to be a good background for biomass accumulation analysis. Though not overrepresented during the sink-to-source transition, NAC transcription factors seem to contribute significantly to the mature-to-senescent transition. Twenty two NACs from Arabidopsis and 44 from rice are differentially expressed during late stages of leaf development. Phylogenetic analyses revealed that most of these NACs cluster into three big groups of homologues, indicating functional conservation between eudicots and monocots. To prove functional conservation of orthologues, the expression of ten NAC genes of barley was analysed. Eight of the ten NAC genes were found to be differentially expressed during senescence. The use of evolutionary approaches combined with functional studies is thus expected to support the transfer of current knowledge of gene control gained in model species to crops.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Rotte2009,
  author    = {Rotte, Cathleen},
  title     = {Die neuronale Kontrolle der Speicheldr{\"u}se von Periplaneta americana},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-39456},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Die acin{\"o}sen Speicheldr{\"u}sen der Schabe Periplaneta americana sind reich durch serotonerge, dopaminerge und GABAerge Fasern innerviert. Die biogenen Amine Serotonin (5-HT) und Dopamin (DA) induzieren die Sekretion eines NaCl-haltigen Prim{\"a}rspeichels. Die physiologische Rolle der GABAergen Innervation des Dr{\"u}senkomplexes war bislang unbekannt. Weiterhin wurde vermutet, dass Tyramin (TA) und Octopamin (OA) an der Speichelbildung beteiligt sind. Mittels intrazellul{\"a}rer Ableitungen von sekretorischen Acinuszellen mit und ohne Stimulierung des Speicheldr{\"u}sennervs (SDN) sollte daher die Wirkung von GABA, TA und OA im Speicheldr{\"u}senkomplex untersucht werden. Intrazellul{\"a}re Ableitungen aus Acinuszellen zeigten, dass sowohl DA als auch 5 HT biphasische {\"A}nderungen des Membranpotentials induzierten. Diese bestanden aus einer initialen Hyperpolarisation und einer darauf folgenden transienten Depolarisation. Stimulierung des SDN mittels einer Saugelektrode verursachte ebenfalls biphasische {\"A}nderungen des Membranpotentials der Acinuszellen, die mit den DA- bzw. 5-HT-induzierten {\"A}nderungen kinetisch identisch waren. Dieses Ergebnis zeigte, dass die elektrische Stimulierung des SDN im Nerv-Speicheldr{\"u}senpr{\"a}parat eine verl{\"a}ssliche Methode zur Untersuchung der Wirkungen von Neuromodulatoren auf die dopaminerge und/oder sertotonerge Neurotransmission ist. Die Hyperpolarisation der DA-induzierten Potential{\"a}nderungen wurde durch eine intrazellul{\"a}re Ca2+-Freisetzung und die {\"O}ffnung basolateral lokalisierter Ca2+-gesteuerter K+-Kan{\"a}le verur-sacht. Die DA- und 5-HT-induzierte Depolarisation hing kritisch von der Aktivit{\"a}t eines basolateral lokalisierten Na+-K+-2Cl--Symporters ab. GABA, TA und OA potenzierten die elektrischen Antworten der Acinuszellen, wenn diese durch SDN-Stimulierung hervorgerufen wurden. Dabei war OA wirksamer als TA. Dieses Ergebnis zeigte, dass diese Substanzen als im Dr{\"u}senkomplex pr{\"a}synaptisch und erregend als Neuromodulatoren wirken. Pharmakologische Untersuchungen ergaben, dass die erregende Wirkung von GABA durch einen G-Protein-gekoppelten GABAB-Rezeptor vermittelt wurde. Messungen der durch SDN-Stimulierung induzierten Fl{\"u}ssigkeits- und Proteinsekretionsraten zeigten, dass beide Parameter in Anwesenheit von GABA verst{\"a}rkt waren. Dies ließ auf eine verst{\"a}rkte serotonerge Neurotransmission schließen, da nur 5-HT die Bildung eines Protein-haltigen Speichels verursacht. Immuncytochemische Untersuchungen zeigten, dass die Dr{\"u}sen tyraminerge und octopaminerge Innervation empfangen. Weiterhin wurde der erste charakterisierte TA-Rezeptor (PeaTYR1) der Schabe auf einem paarigen, lateral zur Dr{\"u}se ziehenden Nerv markiert, der auch tyraminerge Fasern enthielt. Die vorliegende Arbeit trug zum Verst{\"a}ndnis der komplexen Funktionsweise der Speicheldr{\"u}se der Schabe bei und erweiterte das l{\"u}ckenhafte Wissen {\"u}ber die neuronale Kontrolle exokriner Dr{\"u}sen in Insekten.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Rafler2009,
  author    = {Rafler, Mathias},
  title     = {Gaussian loop- and P{\´o}lya processes : a point process approach},
  publisher = {Universit{\"a}tsverlag Potsdam},
  address   = {Potsdam},
  isbn      = {978-3-86956-029-8},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-38706},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  pages     = {ix, 162},
  year      = {2009},
  abstract  = {This thesis considers on the one hand the construction of point processes via conditional intensities, motivated by the partial Integration of the Campbell measure of a point process. Under certain assumptions on the intensity the existence of such a point process is shown. A fundamental example turns out to be the P{\´o}lya sum process, whose conditional intensity is a generalisation of the P{\´o}lya urn dynamics. A Cox process representation for that point process is shown. A further process considered is a Poisson process of Gaussian loops, which represents a noninteracting particle system derived from the discussion of indistinguishable particles. Both processes are used to define particle systems locally, for which thermodynamic limits are determined.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Mailer2009,
  author    = {Mailer, Tina},
  title     = {Neon, Helium and Argon isotope systematics of the Hawaiian hotspot},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-39633},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {This study presents noble gas compositions (He, Ne, Ar, Kr, and Xe) of lavas from several Hawaiian volcanoes. Lavas from the Hawaii Scientific Drilling Project (HSDP) core, surface samples from Mauna Kea, Mauna Loa, Kilauea, Hualalai, Kohala and Haleakala as well as lavas from a deep well on the summit of Kilauea were investigated. Noble gases, especially helium, are used as tracers for mantle reservoirs, based on the assumption that high 3He/4He ratios (>8 RA) represent material from the deep and supposedly less degassed mantle, whereas lower ratios (~ 8 RA) are thought to represent the upper mantle. Shield stage Mauna Kea, Kohala and Kilauea lavas yielded MORB-like to moderately high 3He/4He ratios, while 3He/4He ratios in post-shield stage Haleakala lavas are MORB-like. Few samples show 20Ne/22Ne and 21Ne/22Ne ratios different from the atmospheric values, however, Mauna Kea and Kilauea lavas with excess in mantle Ne agree well with the Loihi-Kilauea line in a neon three-isotope plot, whereas one Kohala sample plots on the MORB correlation line. The values in the 4He/40Ar* (40Ar* denotes radiogenic Ar) versus 4He diagram imply open system fractionation of He from Ar, with a deficiency in 4He. Calculated 4He/40Ar*, 3He/22Nes (22NeS denotes solar Ne) and 4He/21Ne ratios for the sample suite are lower than the respective production and primordial ratios, supporting the observation of a fractionation of He from the heavier noble gases, with a depletion of He with respect to Ne and Ar. The depletion of He is interpreted to be partly due to solubility controlled gas loss during magma ascent. However, the preferential He loss suggests that He is more incompatible than Ne and Ar during magmatic processes. In a binary mixing model, the isotopic He and Ne pattern are best explained by a mixture of a MORB-like end-member with a plume like or primordial end-member with a fractionation in 3He/22Ne, represented by a curve parameter r of 15 (r=(³He/²²Ne)MORB/(³He/²²Ne)PLUME or PRIMORDIAL). Whether the high 3He/4He ratios in Hawaiian lavas are indicative of a primitive component within the Hawaiian plume or are rather a product of the crystal-melt- partitioning behavior during partial melting remains to be resolved.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Karabudak2009,
  author    = {Karabudak, Engin},
  title     = {Development of MWL-AUC / CCD-C-AUC / SLS-AUC detectors for the analytical ultracentrifuge},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-39921},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Analytical ultracentrifugation (AUC) has made an important contribution to polymer and particle characterization since its invention by Svedberg (Svedberg and Nichols 1923; Svedberg and Pederson 1940) in 1923. In 1926, Svedberg won the Nobel price for his scientific work on disperse systems including work with AUC. The first important discovery performed with AUC was to show the existence of macromolecules. Since that time AUC has become an important tool to study polymers in biophysics and biochemistry. AUC is an absolute technique that does not need any standard. Molar masses between 200 and 1014 g/mol and particle size between 1 and 5000 nm can be detected by AUC. Sample can be fractionated into its components due to its molar mass, particle size, structure or density without any stationary phase requirement as it is the case in chromatographic techniques. This very property of AUC earns it an important status in the analysis of polymers and particles. The distribution of molar mass, particle sizes and densities can be measured with the fractionation. Different types of experiments can give complementary physicochemical parameters. For example, sedimentation equilibrium experiments can lead to the study of pure thermodynamics. For complex mixtures, AUC is the main method that can analyze the system. Interactions between molecules can be studied at different concentrations without destroying the chemical equilibrium (Kim et al. 1977). Biologically relevant weak interactions can also be monitored (K ≈ 10-100 M-1). An analytical ultracentrifuge experiment can yield the following information: • Molecular weight of the sample • Number of the components in the sample if the sample is not a single component • Homogeneity of the sample • Molecular weight distribution if the sample is not a single component • Size and shape of macromolecules \& particles • Aggregation \& interaction of macromolecules • Conformational changes of macromolecules • Sedimentation coefficient and density distribution Such an extremely wide application area of AUC allows the investigation of all samples consisting of a solvent and a dispersed or dissolved substance including gels, micro gels, dispersions, emulsions and solutions. Another fact is that solvent or pH limitation does not exist for this method. A lot of new application areas are still flourishing, although the technique is 80 years old. In 1970s, 1500 AUC were operational throughout the world. At those times, due to the limitation in detection technologies, experimental results were obtained with photographic records. As time passed, faster techniques such as size exclusion chromatography (SEC), light scattering (LS) or SDS-gel electrophoresis occupied the same research fields with AUC. Due to these relatively new techniques, AUC began to loose its importance. In the 1980s, only a few AUC were in use throughout the world. In the beginning of the 1990s a modern AUC -the Optima XL-A - was released by Beckman Instruments (Giebeler 1992). The Optima XL-A was equipped with a modern computerized scanning absorption detector. The addition of Rayleigh Interference Optics is introduced which is called XL-I AUC. Furthermore, major development in computers made the analysis easier with the help of new analysis software. Today, about 400 XL-I AUC exist worldwide. It is usually applied in the industry of pharmacy, biopharmacy and polymer companies as well as in academic research fields such as biochemistry, biophysics, molecular biology and material science. About 350 core scientific publications which use analytical ultracentrifugation are published every year (source: SciFinder 2008 ) with an increasing number of references (436 reference in 2008). A tremendous progress has been made in method and analysis software after digitalization of experimental data with the release of XL-I. In comparison to the previous decade, data analysis became more efficient and reliable. Today, AUC labs can routinely use sophisticated data analysis methods for determination of sedimentation coefficient distributions (Demeler and van Holde 2004; Schuck 2000; Stafford 1992), molar mass distributions (Brookes and Demeler 2008; Brookes et al. 2006; Brown and Schuck 2006), interaction constants (Cao and Demeler 2008; Schuck 1998; Stafford and Sherwood 2004), particle size distributions with Angstrom resolution (C{\"o}lfen and Pauck 1997) and the simulations determination of size and shape distributions from sedimentation velocity experiments (Brookes and Demeler 2005; Brookes et al. 2006). These methods are also available in powerful software packages that combines various methods, such as, Ultrascan (Demeler 2005), Sedift/Sedphat (Schuck 1998; Vistica et al. 2004) and Sedanal (Stafford and Sherwood 2004). All these powerful packages are free of charge. Furthermore, Ultrascans source code is licensed under the GNU Public License (http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html). Thus, Ultrascan can be further improved by any research group. Workshops are organized to support these software packages. Despite of the tremendous developments in data analysis, hardware for the system has not developed much. Although there are various user developed detectors in research laboratories, they are not commercially available. Since 1992, only one new optical system called "the fluorescence optics" (Schmidt and Reisner, 1992, MacGregor et al. 2004, MacGregor, 2006, Laue and Kroe, in press) has been commercialized. However, except that, there has been no commercially available improvement in the optical system. The interesting fact about the current hardware of the XL-I is that it is 20 years old, although there has been an enormous development in microelectronics, software and in optical systems in the last 20 years, which could be utilized for improved detectors. As examples of user developed detector, Bhattacharyya (Bhattacharyya 2006) described a Multiwavelength-Analytical Ultracentrifuge (MWL-AUC), a Raman detector and a small angle laser light scattering detector in his PhD thesis. MWL-AUC became operational, but a very high noise level prevented to work with real samples. Tests with the Raman detector were not successful due to the low light intensity and thus high integration time is required. The small angle laser light scattering detector could only detect latex particles but failed to detect smaller particles and molecules due to low sensitivity of the detector (a photodiode was used as detector). The primary motivation of this work is to construct a detector which can measure new physico-chemical properties with AUC with a nicely fractionated sample in the cell. The final goal is to obtain a multiwavelength detector for the AUC that measures complementary quantities. Instrument development is an option for a scientist only when there is a huge potential benefit but there is no available commercial enterprise developing appropriate equipment, or if there is not enough financial support to buy it. The first case was our motivation for developing detectors for AUC. Our aim is to use today's technological advances in microelectronics, programming, mechanics in order to develop new detectors for AUC and improve the existing MWL detector to routine operation mode. The project has multiple aspects which can be listed as mechanical, electronical, optical, software, hardware, chemical, industrial and biological. Hence, by its nature it is a multidisciplinary project. Again by its nature it contains the structural problem of its kind; the problem of determining the exact discipline to follow at each new step. It comprises the risk of becoming lost in some direction. Having that fact in mind, we have chosen the simplest possible solution to any optical, mechanical, electronic, software or hardware problem we have encountered and we have always tried to see the overall picture. In this research, we have designed CCD-C-AUC (CCD Camera UV/Vis absorption detector for AUC) and SLS-AUC (Static Light Scattering detector for AUC) and tested them. One of the SLS-AUC designs produced successful test results, but the design could not be brought to the operational stage. However, the operational state Multiwavelength Analytical Ultracentrifuge (MWL-AUC) AUC has been developed which is an important detector in the fields of chemistry, biology and industry. In this thesis, the operational state Multiwavelength Analytical Ultracentrifuge (MWL-AUC) AUC is to be introduced. Consequently, three different applications of MWL-AUC to the aforementioned disciplines shall be presented. First of all, application of MWL-AUC to a biological system which is a mixture of proteins lgG, aldolase and BSA is presented. An application of MWL-AUC to a mass-produced industrial sample (β-carotene gelatin composite particles) which is manufactured by BASF AG, is presented. Finally, it is shown how MWL-AUC will impact on nano-particle science by investigating the quantum size effect of CdTe and its growth mechanism. In this thesis, mainly the relation between new technological developments and detector development for AUC is investigated. Pioneering results are obtained that indicate the possible direction to be followed for the future of AUC. As an example, each MWL-AUC data contains thousands of wavelengths. MWL-AUC data also contains spectral information at each radial point. Data can be separated to its single wavelength files and can be analyzed classically with existing software packages. All the existing software packages including Ultrascan, Sedfit, Sedanal can analyze only single wavelength data, so new extraordinary software developments are needed. As a first attempt, Emre Brookes and Borries Demeler have developed mutliwavelength module in order to analyze the MWL-AUC data. This module analyzes each wavelength separately and independently. We appreciate Emre Brookes and Borries Demeler for their important contribution to the development of the software. Unfortunately, this module requires huge amount of computer power and does not take into account the spectral information during the analysis. New software algorithms are needed which take into account the spectral information and analyze all wavelengths accordingly. We would like also invite the programmers of Ultrascan, Sedfit, Sedanal and the other programs, to develop new algorithms in this direction.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Kirschbaum2009,
  author    = {Kirschbaum, Michael},
  title     = {A microfluidic approach for the initiation and investigation of surface-mediated signal transduction processes on a single-cell level},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-39576},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {For the elucidation of the dynamics of signal transduction processes that are induced by cellular interactions, defined events along the signal transduction cascade and subsequent activation steps have to be analyzed and then also correlated with each other. This cannot be achieved by ensemble measurements because averaging biological data ignores the variability in timing and response patterns of individual cells and leads to highly blurred results. Instead, only a multi-parameter analysis at a single-cell level is able to exploit the information that is crucially needed for deducing the signaling pathways involved. The aim of this work was to develop a process line that allows the initiation of cell-cell or cell-particle interactions while at the same time the induced cellular reactions can be analyzed at various stages along the signal transduction cascade and correlated with each other. As this approach requires the gentle management of individually addressable cells, a dielectrophoresis (DEP)-based microfluidic system was employed that provides the manipulation of microscale objects with very high spatiotemporal precision and without the need of contacting the cell membrane. The system offers a high potential for automation and parallelization. This is essential for achieving a high level of robustness and reproducibility, which are key requirements in order to qualify this approach for a biomedical application. As an example process for intercellular communication, T cell activation has been chosen. The activation of the single T cells was triggered by contacting them individually with microbeads that were coated with antibodies directed against specific cell surface proteins, like the T cell receptor-associated kinase CD3 and the costimulatory molecule CD28 (CD; cluster of differentiation). The stimulation of the cells with the functionalized beads led to a rapid rise of their cytosolic Ca2+ concentration which was analyzed by a dual-wavelength ratiometric fluorescence measurement of the Ca2+-sensitive dye Fura-2. After Ca2+ imaging, the cells were isolated individually from the microfluidic system and cultivated further. Cell division and expression of the marker molecule CD69 as a late activation event of great significance were analyzed the following day and correlated with the previously recorded Ca2+ traces for each individual cell. It turned out such that the temporal profile of the Ca2+ traces between both activated and non-activated cells as well as dividing and non-dividing cells differed significantly. This shows that the pattern of Ca2+ signals in T cells can provide early information about a later reaction of the cell. As isolated cells are highly delicate objects, a precondition for these experiments was the successful adaptation of the system to maintain the vitality of single cells during and after manipulation. In this context, the influences of the microfluidic environment as well as the applied electric fields on the vitality of the cells and the cytosolic Ca2+ concentration as crucially important physiological parameters were thoroughly investigated. While a short-term DEP manipulation did not affect the vitality of the cells, they showed irregular Ca2+ transients upon exposure to the DEP field only. The rate and the strength of these Ca2+ signals depended on exposure time, electric field strength and field frequency. By minimizing their occurrence rate, experimental conditions were identified that caused the least interference with the physiology of the cell. The possibility to precisely control the exact time point of stimulus application, to simultaneously analyze short-term reactions and to correlate them with later events of the signal transduction cascade on the level of individual cells makes this approach unique among previously described applications and offers new possibilities to unravel the mechanisms underlying intercellular communication.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{BivigouKoumba2009,
  author    = {Bivigou Koumba, Achille Mayelle},
  title     = {Design, Synthesis and Characterisation of Amphiphilic Symmetrical triblock copolymers by the RAFT process : their self-organisation in dilute and concentrated aqueous solutions},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-39549},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {This work presents the synthesis and the self-assembly of symmetrical amphiphilic ABA and BAB triblock copolymers in dilute, semi-concentrated and highly concentrated aqueous solution. A series of new bifunctional bistrithiocarbonates as RAFT agents was used to synthesise these triblock copolymers, which are characterised by a long hydrophilic middle block and relatively small, but strongly hydrophobic end blocks. As hydrophilic A blocks, poly(N-isopropylacrylamide) (PNIPAM) and poly(methoxy diethylene glycol acrylate) (PMDEGA) were employed, while as hydrophobic B blocks, poly(4-tert-butyl styrene), polystyrene, poly(3,5-dibromo benzyl acrylate), poly(2-ethylhexyl acrylate), and poly(octadecyl acrylate) were explored as building blocks with different hydrophobicities and glass transition temperatures. The five bifunctional trithiocarbonates synthesised belong to two classes: the first are RAFT agents, which position the active group of the growing polymer chain at the outer ends of the polymer (Z-C(=S)-S-R-S-C(=S)-Z, type I). The second class places the active groups in the middle of the growing polymer chain (R-S-C(=S)-Z-C(=S)-S-R, type II). These RAFT agents enable the straightforward synthesis of amphiphilic triblock copolymers in only two steps, allowing to vary the nature of the hydrophobic blocks as well as the length of the hydrophobic and hydrophilic blocks broadly with good molar mass control and narrow polydispersities. Specific side reactions were observed among some RAFT agents including the elimination of ethylenetrithiocarbonate in the early stage of the polymerisation of styrene mediated by certain agents of the type II, while the use of the RAFT agents of type I resulted in retardation of the chain extension of PNIPAM with styrene. These results underline the need of a careful choice of RAFT agents for a given task. The various copolymers self-assemble in dilute and semi-concentrated aqueous solution into small flower-like micelles. No indication for the formation of micellar clusters was found, while only at high concentration, physical hydrogels are formed. The reversible thermoresponsive behaviour of the ABA and BAB type copolymer solutions in water with A made of PNIPAM was examined by turbidimetry and dynamic light scattering (DLS). The cloud point of the copolymers was nearly identical to the cloud point of the homopolymer and varied between 28-32 °C with concentrations from 0.01 to 50 wt\%. This is attributed to the formation of micelles where the hydrophobic blocks are shielded from a direct contact with water, so that the hydrophobic interactions of the copolymers are nearly the same as for pure PNIPAM. Dynamic light scattering measurements showed the presence of small micelles at ambient temperature. The aggregate size dramatically increased above the cloud point, indicating a change of aggregate morphology into clusters due to the thermosensitivity of the PNIPAM block. The rheological behaviour of the amphiphilic BAB triblock copolymers demonstrated the formation of hydrogels at high concentrations, typically above 30-35 wt\%. The minimum concentration to induce hydrogels decreased with the increasing glass transition temperatures and increasing length of the end blocks. The weak tendency to form hydrogels was attributed to a small share of bridged micelles only, due to the strong segregation regime occurring. In order to learn about the role of the nature of the thermoresponsive block for the aggregation, a new BAB triblock copolymer consisting of short polystyrene end blocks and PMDEGA as stimuli-responsive middle block was prepared and investigated. Contrary to PNIPAM, dilute aqueous solutions of PMDEGA and of its block copolymers showed reversible phase transition temperatures characterised by a strong dependence on the polymer composition. Moreover, the PMDEGA block copolymer allowed the formation of physical hydrogels at lower concentration, i.e. from 20 wt\%. This result suggests that PMDEGA has a higher degree of water-swellability than PNIPAM.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Andresen2009,
  author    = {Andresen, Dennie},
  title     = {Entwicklung von Microarrays f{\"u}r die Multiparameteranalytik und Etablierung einer Multiplex-OnChip-PCR},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-39462},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {In der molekularen Diagnostik besteht ein Bedarf an schnellen und spezifischen Testsystemen, die entweder f{\"u}r die Labordiagnostik oder in Point of Care-Umgebungen eingesetzt werden k{\"o}nnen. Um dieses Ziel zu erreichen, stehen die Miniaturisierung und Parallelisierung im Mittelpunkt des Forschungsinteresses. Die f{\"u}hrende Methode im Bereich der DNA-Analytik ist derzeit die Realtime-PCR. Dieser Technologie sind hinsichtlich der Multiplexf{\"a}higkeit technologischen H{\"u}rden gesetzt, da derzeit nur eine Analyse von maximal vier Parametern parallel in einem Versuchsansatz erfolgen kann. Microarrays stellen hingegen die ben{\"o}tigten Voraussetzungen zur Verf{\"u}gung, um als Werkzeuge f{\"u}r die Multiparameteranalyse in verschiedensten Anwendungsbereichen zu dienen. Ein Schwerpunkt dieser Arbeit war es, Multiplex-PCRs und diagnostische Microarrays zu entwickeln, die f{\"u}r analytische Fragestellungen eine schnelle und zuverl{\"a}ssige Multiparameteranalytik erm{\"o}glichen, um die bisherigen Einschr{\"a}nkungen aktueller Nachweisverfahren zu vermeiden. Als Anwendungen wurden zum einen ein Nachweissystem f{\"u}r acht relevante Gefl{\"u}gelpathogene zur {\"U}berwachung in der Gefl{\"u}gelzucht, zum anderen ein Nachweissystem zur Identifikation potentiell allergener Lebensmittelinhaltstoffe entwickelt. Neben der Entwicklung geeigneter PCR und Multiplex-PCR-Verfahren sowie spezifischer Microarrays f{\"u}r die Detektion der gesuchten Zielsequenzen stand auch die weiterf{\"u}hrende Integration von DNA-Amplifikation und Microarray-Technologie im Fokus dieser Arbeit. Die OnChip-Amplifikation stellt eine M{\"o}glichkeit dar, um DNA-Analytik und Detektion in einem Reaktionsschritt zu integrieren. Entsprechend wurden die in der Arbeit entwickelten PCR- und Multiplex-PCR-Verfahren zum Nachweis potentieller allergener Lebensmittelinhaltsstoffe f{\"u}r die OnChip-Amplifikation adaptiert und Reaktionsbedingungen getestet, die eine Multiparameteranalyse auf dem Chip erm{\"o}glichen. Die entwickelten OnChip-PCR-Verfahren zeigten eine hohe Spezifit{\"a}t sowohl in Single- als auch in der Multiplex-OnChip-PCR. Eine Sensitivit{\"a}t von 10 Kopien bzw. <10ppm konnte in Single-OnChip-PCRs f{\"u}r den Nachweis allergener Lebensmittelinhaltsstoffe gezeigt werden. In Multiplex-OnChip-PCRs konnten 10-100ppm allergene Verunreinigungen spezifisch in unterschiedlichen Lebensmitteln nachgewiesen werden. Ein weiterer Schritt in Richtung einer m{\"o}glichen Verwendung im Point of Care-Bereich stellt der Einsatz eines isothermalen Amplifikationsverfahrens dar. Vorteil eines solchen Verfahrens ist die M{\"o}glichkeit, auf das ansonsten ben{\"o}tigte Thermocycling zu verzichten. Dies vereinfacht eine Integration der OnChip-Amplifikation in mobile Analyseger{\"a}te oder Lab on Chip-Systeme und qualifiziert das Verfahren f{\"u}r den Einsatz in Point of Care-Umgebungen. In dieser Arbeit wurde eine noch junge isothermale Amplifikationsmethode, die helikase-abh{\"a}ngige Amplifikation (HDA), hinsichtlich ihrer Eignung f{\"u}r die Integration auf einem Microarray getestet. Hierf{\"u}r konnte die bislang erste OnChip-HDA f{\"u}r Einzel- und Duplex-Nachweise von Pathogenen entwickelt werden.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Itonaga2009,
  author    = {Itonaga, Naomi},
  title     = {White storks (Ciconia ciconia) of Eastern Germany: age-dependent breeding ability, and age- and density-dependent effects on dispersal behavior},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-39052},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Dispersal behavior plays an important role for the geographical distribution and population structure of any given species. Individual's fitness, reproductive and competitive ability, and dispersal behavior can be determined by the age of the individual. Age-dependent as well as density-dependent dispersal patterns are common in many bird species. In this thesis, I first present age-dependent breeding ability and natal site fidelity in white storks (Ciconia ciconia); migratory birds breeding in large parts of Europe. I predicted that both the proportion of breeding birds and natal site fidelity increase with the age. After the seventies of the last century, following a steep population decline, a recovery of the white stork population has been observed in many regions in Europe. Increasing population density in the white stork population in Eastern Germany especially after 1983 allowed examining density- as well as age-dependent breeding dispersal patterns. Therefore second, I present whether: young birds show more often and longer breeding dispersal than old birds, and frequency of dispersal events increase with the population density increase, especially in the young storks. Third, I present age- and density-dependent dispersal direction preferences in the give population. I asked whether and how the major spring migration direction interacts with dispersal directions of white storks: in different age, and under different population densities. The proportion of breeding individuals increased in the first 22 years of life and then decreased suggesting, the senescent decay in aging storks. Young storks were more faithful to their natal sites than old storks probably due to their innate migratory direction and distance. Young storks dispersed more frequently than old storks in general, but not for longer distance. Proportion of dispersing individuals increased significantly with increasing population densities indicating, density- dependent dispersal behavior in white storks. Moreover, the finding of a significant interaction effects between the age of dispersing birds and year (1980-2006) suggesting, older birds dispersed more from their previous nest sites over time due to increased competition. Both young and old storks dispersed along their spring migration direction; however, directional preferences were different in young storks and old storks. Young storks tended to settle down before reaching their previous nest sites (leading to the south-eastward dispersal) while old birds tended to keep migrating along the migration direction after reaching their previous nest sites (leading to the north-westward dispersal). Cues triggering dispersal events may be age-dependent. Changes in the dispersal direction over time were observed. Dispersal direction became obscured during the second half of the observation period (1993-2006). Increase in competition may affect dispersal behavior in storks. I discuss the potential role of: age for the observed age-dependent dispersal behavior, and competition for the density dependent dispersal behavior. This Ph.D. thesis contributes significantly to the understanding of population structure and geographical distribution of white storks. Moreover, presented age- and density (competition)-dependent dispersal behavior helps understanding underpinning mechanisms of dispersal behavior in bird species.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Dall'Aglio2009,
  author    = {Dall'Aglio, Aldo},
  title     = {Constraining the UV background with the proximity effect},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-38713},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {After the epoch of reionisation the intergalactic medium (IGM) is kept at a high photoionisation level by the cosmic UV background radiation field. Primarily composed of the integrated contribution of quasars and young star forming galaxies, its intensity is subject to spatial and temporal fluctuations. In particular in the vicinity of luminous quasars, the UV radiation intensity grows by several orders of magnitude. Due to an enhanced UV radiation up to a few Mpc from the quasar, the ionised hydrogen fraction significantly increases and becomes visible as a reduced level of absorption in the HI Lyman alpha (Ly-alpha) forest. This phenomenon is known as the proximity effect and it is the main focus of this thesis. Modelling the influence on the IGM of the quasar radiation, one is able to determine the UV background intensity at a specific frequency (J_nu_0), or equivalently, its photoionisation rate (Gamma_b). This is of crucial importance for both theoretical and observational cosmology. Thus far, the proximity effect has been investigated primarily by combining the signal of large samples of quasars, as it has been regarded as a statistical phenomenon. Only a handful of studies tried to measure its signature on individual lines of sight, albeit focusing on one sight line only. Our aim is to perform a systematic investigation of large samples of quasars searching for the signature of the proximity effect, with a particular emphasis on its detection on individual lines of sight. We begin this survey with a sample of 40 high resolution (R~45000), high signal to noise ratio (S/N~70) quasar spectra at redshift 2.1<z<4.7, publicly available in the European Southern Observatory (ESO) archive. The extraordinary quality of this data set enables us to detect the proximity effect signature not only in the combined quasar sample, but also along each individual sight line. This allows us to determine not only the UV background intensity at the mean redshift of this sample, but also to estimate its intensity in small (Delta z~0.2) redshift intervals in the range 2<z<4. Our estimates (J_nu_0~ 3x10^{-22} erg s^{-1} cm^{-2} Hz^{-1} sr^{-1}) are for the first time in very good agreement with different constraints of its evolution obtained from theoretical predictions and numerical simulations. We continue this systematic analysis of the proximity effect with the largest search to date invoking the Sloan Digital Sky Survey (SDSS) data set. The sample consists of 1733 quasars at redshifts z>2.3. In spite of the low resolution and limited S/N we detect the proximity effect on about 98\\% of the quasars at a high significance level. Thereby we are able to determine the evolution of the UV background photoionisation rate within the redshift range 2<z<5 finding Gamma_b~ 1.6x10^{-12} s^{-1}. With these new measurements we explore literature estimates of the quasar luminosity function and predict the stellar luminosity density up to redshift of about z~5. Our results are globally in good agreement with recent determinations inferred from deep surveys of high redshift galaxies. We then compare our measurements on the UV background photoionisation rate inferred from the two samples at high and low resolution. While these data sets show extreme differences, our determinations are in considerable agreement at z<3.3, even though they show less agreement at higher redshifts. We suspect that this may be caused by either the small number of high resolution quasar spectra at the highest redshifts considered or by some systematic effect due to the limited data quality of SDSS. Complementary to the observational investigation of the proximity effect on high redshift quasars, we exploit some theoretical aspects linked to and based on the results on this phenomenon. We employ complex numerical simulations of structure formation to achieve a better representation of the Ly-alpha forest. Modelling the signature of the proximity effect on randomly selected sight lines, we prove the advantages of dealing with individual lines of sight instead of combining their signal to investigate this phenomenon. Furthermore, we develop and test novel techniques aimed at a more precise determination of the proximity effect signal. With this investigation we demonstrate that the technique developed and employed in this thesis is the most accurate adopted thus far. Tighter determinations of the UV background are certainly based on suitable methods to detect its signature, but also on a deeper understanding of the environments in which quasars form and evolve. We initiate an investigation of complex numerical simulations including the radiative transport of energy to model in a more detailed way the proximity effect. Such a simulation may lead to the characterisation of the quasar environment based on the comparison between the observed and simulated statistical properties of the proximity effect signature.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Schmidtke2009,
  author    = {Schmidtke, Andrea},
  title     = {Biodiversity effects on the performance of terrestrial plant and phytoplankton communities},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-38936},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Die {\"O}kosysteme unserer Erde sind durch das rasante Artensterben infolge von Umweltver{\"a}nderungen durch den Menschen und des globalen Klimawandels stark betroffen. Mit den Auswirkungen dieses Artenverlustes und der damit einhergehenden Ver{\"a}nderung der Diversit{\"a}t besch{\"a}ftigt sich die heutige Biodiversit{\"a}tsforschung. Spezieller wird der Effekt der Diversit{\"a}t auf {\"O}kosystemprozesse wie beispielsweise den Biomasseaufbau von Prim{\"a}rproduzenten oder der Resistenz einer Gemeinschaft gegen die Einwanderung neuer Arten untersucht. Die Quantifizierung des Einflusses der Diversit{\"a}t auf die Prim{\"a}rproduktion und das Verst{\"a}ndnis der zugrunde liegenden Mechanismen ist von besonderer Wichtigkeit. In terrestrischen Pflanzengemeinschaften wurde bereits ein positiver Diversit{\"a}tseffekt auf die Gemeinschaftsbiomasse beobachtet. Dies wird haupts{\"a}chlich durch den Komplementarit{\"a}ts- und/oder den Dominanzeffekt erkl{\"a}rt. Die Komplementarit{\"a}t zwischen Arten ist beispielsweise bei Unterschieden in der Ressourcenausnutzung gegeben (z.B. unterschiedliche Wurzeltiefen). Diese kann zu einer besseren N{\"a}hrstoffausnutzung in diverseren Gemeinschaften f{\"u}hren, die letztlich deren h{\"o}here Biomassen erkl{\"a}rt. Der Dominanzeffekt hingegen beruht auf der in diverseren Gemeinschaften h{\"o}heren Wahrscheinlichkeit, eine hochproduktive Art anzutreffen, was letztlich die h{\"o}here Biomasse der Gemeinschaft verursacht. Diversit{\"a}tseffekte auf {\"O}kosystemprozesse wurden bisher haupts{\"a}chlich auf der Gemeinschaftsebene untersucht. Analysen {\"u}ber die Reaktionen, die alle Arten einer Gemeinschaft einschließen, fehlen bisher. Daher wurde der Einfluss der Diversit{\"a}t auf die individuelle Performance von Pflanzenarten innerhalb des Biodiversit{\"a}tsprojektes „Das Jena Experiment" untersucht. Dieses Experiment umfasst 60 Arten, die charakteristisch f{\"u}r Mitteleurop{\"a}ische Graslandschaften sind. Die Arten wurden in die 4 funktionellen Gruppen Gr{\"a}ser, kleine Kr{\"a}uter, große Kr{\"a}uter und Leguminosen eingeteilt. Im Freilandversuch zeigte sich, dass mit steigender Artenzahl die individuelle Pflanzenh{\"o}he zunahm, w{\"a}hrend die individuelle oberirdische Biomasse sank. Der positive Diversit{\"a}tseffekt auf die pflanzliche Gemeinschaftsbiomasse kann folglich nicht auf der individuellen oberirdischen Biomassezunahme beruhen. {\"U}berdies reagierten die einzelnen funktionellen Gruppen und sogar die einzelnen Arten innerhalb einer funktionellen Gruppe unterschiedlich auf Diversit{\"a}tsver{\"a}nderungen. Folglich ist zu vermuten, dass einige {\"O}kosystemprozesse auf Gemeinschaftsebene durch die Reaktionen von bestimmten funktionellen Gruppen bzw. Arten hervorgerufen werden. Diversit{\"a}tseffekte auf Gemeinschaftsbiomassen wurden bislang haupts{\"a}chlich mit terrestrischen Pflanzen und weniger mit frei-schwebenden Algenarten (Phytoplankton) erforscht. Demzufolge wurde der Einfluss der Diversit{\"a}t auf die Biomasse von Phytoplankton-Gemeinschaften experimentell untersucht, wobei es sowohl zu negativen als auch positiven Diversit{\"a}tseffekten kam. Eine negative Beziehung zwischen Diversit{\"a}t und Gemeinschaftsbiomasse zeigte sich, wenn schnell-w{\"u}chsige Algenarten nur geringe Biomassen in Mono- und Mischkultur aufbauten. Die vorhandenen N{\"a}hrstoffe in der Mischkultur wurden von den schnell-w{\"u}chsigen Arten monopolisiert und folglich standen sie den langsam-w{\"u}chsigen Algenarten, welche viel Biomasse in Monokultur aufbauten, nicht mehr zur Verf{\"u}gung. Zu einem positiven Diversit{\"a}tseffekt auf die Gemeinschaftsbiomasse kam es, wenn die Artengemeinschaft eine positive Beziehung zwischen Wachstumsrate und Biomasse in Monokultur zeigte, sodass die schnell-w{\"u}chsige Algenarten viel Biomasse aufbauten. Da diese schnell-w{\"u}chsigen Algen in der Mischkultur dominant wurden, bestand die Gemeinschaft letztlich aus hoch-produktiven Algenarten, was zu einer erh{\"o}hten Gesamtbiomasse f{\"u}hrte. Diese beiden Versuchsans{\"a}tze verdeutlichen Mechanismen f{\"u}r die unterschiedlichen Reaktionen der Gemeinschaften auf Diversit{\"a}tsver{\"a}nderungen, welche auch f{\"u}r terrestrische Pflanzengemeinschaften gefunden wurden. Ein anderer wichtiger {\"O}kosystemprozess, der von der Diversit{\"a}t beeinflusst wird, ist die Anf{\"a}lligkeit von Gemeinschaften gegen{\"u}ber invasiven Arten (Invasibilit{\"a}t). Die Invasibilit{\"a}t wird von einer Vielzahl von Faktoren beeinflusst und demzufolge wurde der Effekt der Diversit{\"a}t und der Produktivit{\"a}t (N{\"a}hrstoffgehalt) auf die Invasibilit{\"a}t von Phytoplankton-Gemeinschaften in An- und Abwesenheit eines Herbivoren untersucht. Die zwei funktionell unterschiedlichen invasiven Arten waren die Blaualge Cylindrospermopsis raciborskii (schlecht fressbar) und der Phytoflagellat Cryptomonas sp. (gut fressbar). Es zeigte sich, dass der Fraßdruck, welcher selber durch die Produktivit{\"a}t beeinflusst wurde, einen bedeutenden Effekt auf die Invasibilit{\"a}t von Phytoplankton-Gemeinschaften hat. Die funktionellen Eigenschaften der invasiven und residenten Arten waren zudem bedeutender als die Artenzahl.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Feige2009,
  author    = {Feige, Katharina},
  title     = {Molecular ecological analysis of methanogenic communities in terrestrial and submarine permafrost deposits of Siberian Laptev Sea area},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-37998},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Despite general concern that the massive deposits of methane stored under permafrost underground and undersea could be released into the atmosphere due to rising temperatures attributed to global climate change, little is known about the methanogenic microorganisms in permafrost sediments, their role in methane emissions, and their phylogeny. The aim of this thesis was to increase knowledge of uncultivated methanogenic microorganisms in submarine and terrestrial permafrost deposits, their community composition, the role they play with regard to methane emissions, and their phylogeny. It is assumed that methanogenic communities in warmer submarine permafrost may serve as a model to anticipate the response of methanogenic communities in colder terrestrial permafrost to rising temperatures. The compositions of methanogenic communities were examined in terrestrial and submarine permafrost sediment samples. The submarine permafrost studied in this research was 10°C warmer than the terrestrial permafrost. By polymerase chain reaction (PCR), DNA was extracted from each of the samples and analyzed by molecular microbiological methods such as PCR-DGGE, RT-PCR, and cloning. Furthermore, these samples were used for in vitro experiment and FISH. The submarine permafrost analysis of the isotope composition of CH4 suggested a relationship between methane content and in situ active methanogenesis. Furthermore, active methanogenesis was proven using 13C-isotope measurements of methane in submarine permafrost sediment with a high TOC value and a high methane concentration. In the molecular-microbiological studies uncultivated lines of Methanosarcina, Methanomicrobiales, Methanobacteriacea and the Groups 1.3 and Marine Benthic from Crenarchaeota were found in all submarine and terrestrial permafrost samples. Methanosarcina was the dominant group of the Archaea in all submarine and terrestrial permafrost samples. The archaeal community composition, in particular, the methanogenic community composition showed diversity with changes in temperatures. Furthermore, cell count of methanogens in submarine permafrost was 10 times higher than in terrestrial permafrost. In vitro experiments showed that methanogens adapt quickly and well to higher temperatures. If temperatures rise due to climate change, an increase in methanogenic activity can be expected as long as organic material is sufficiently available and qualitatively adequate.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Wotschack2009,
  author    = {Wotschack, Christiane},
  title     = {Eye movements in reading strategies : how reading strategies modulate effects of distributed processing and oculomotor control},
  publisher = {Universit{\"a}tsverlag Potsdam},
  address   = {Potsdam},
  isbn      = {978-3-86956-021-2},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-36846},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  pages     = {213},
  year      = {2009},
  abstract  = {Throughout its empirical research history eye movement research has always been aware of the differences in reading behavior induced by individual differences and task demands. This work introduces a novel comprehensive concept of reading strategy, comprising individual differences in reading style and reading skill as well as reader goals. In a series of sentence reading experiments recording eye movements, the influence of reading strategies on reader- and word-level effects assuming distributed processing has been investigated. Results provide evidence for strategic, top-down influences on eye movement control that extend our understanding of eye guidance in reading.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Petrow2009,
  author    = {Petrow, Theresia},
  title     = {Floods in Germany : analyses of trends, seasonality and circulation patterns},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-37392},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Flood hazard estimations are conducted with a variety of methods. These include flood frequency analysis (FFA), hydrologic and hydraulic modelling, probable maximum discharges as well as climate scenarios. However, most of these methods assume stationarity of the used time series, i.e., the series must not exhibit trends. Against the background of climate change and proven significant trends in atmospheric circulation patterns, it is questionable whether these changes are also reflected in the discharge data. The aim of this PhD thesis is therefore to clarify, in a spatially-explicit manner, whether the available discharge data derived from selected German catchments exhibit trends. Concerning the flood hazard, the suitability of the currently used stationary FFA approaches is evaluated for the discharge data. Moreover, dynamics in atmospheric circulation patterns are studied and the link between trends in these patterns and discharges is investigated. To tackle this research topic, a number of different analyses are conducted. The first part of the PhD thesis comprises the study and trend test of 145 discharge series from catchments, which cover most of Germany for the period 1951-2002. The seasonality and trend pattern of eight flood indicators, such as maximum series and peak-over-threshold series, are analyzed in a spatially-explicit manner. Analyses are performed on different spatial scales: at the local scale, through gauge-specific analyses, and on the catchment-wide and basin scales. Besides the analysis of discharge series, data on atmospheric circulation patterns (CP) are an important source of information, upon which conclusions about the flood hazard can be drawn. The analyses of these circulation patterns (after Hess und Brezowsky) and the study of the link to peak discharges form the second part of the thesis. For this, daily data on the dominant CP across Europe are studied; these are represented by different indicators, which are tested for trend. Moreover, analyses are performed to extract flood triggering circulation patterns and to estimate the flood potential of CPs. Correlations between discharge series and CP indicators are calculated to assess a possible link between them. For this research topic, data from 122 meso-scale catchments in the period 1951-2002 are used. In a third part, the Mulde catchment, a mesoscale sub-catchment of the Elbe basin, is studied in more detail. Fifteen discharge series of different lengths in the period 1910-2002 are available for the seasonally differentiated analysis of the flood potential of CPs and flood influencing landscape parameters. For trend tests of discharge and CP data, different methods are used. The Mann-Kendall test is applied with a significance level of 10\%, ensuring statistically sound results. Besides the test of the entire series for trend, multiple time-varying trend tests are performed with the help of a resampling approach in order to better differentiate short-term fluctuations from long-lasting trends. Calculations of the field significance complement the flood hazard assessment for the studied regions. The present thesis shows that the flood hazard is indeed significantly increasing for selected regions in Germany during the winter season. Especially affected are the middle mountain ranges in Central Germany. This increase of the flood hazard is attributed to a longer persistence of selected CPs during winter. Increasing trends in summer floods are found in the Rhine and Danube catchments, decreasing trends in the Elbe and Weser catchments. Finally, a significant trend towards a reduced diversity of CPs is found causing fewer patterns with longer persistence to dominate the weather over Europe. The detailed study of the Mulde catchment reveals a flood regime with frequent low winter floods and fewer summer floods, which bear, however, the potential of becoming extreme. Based on the results, the use of instationary approaches for flood hazard estimation is recommended in order to account for the detected trends in many of the series. Through this methodology it is possible to directly consider temporal changes in flood series, which in turn reduces the possibility of large under- or overestimations of the extreme discharges, respectively.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Liermann2009,
  author    = {Liermann, Adriane},
  title     = {Massive stars in the Galactic Center Quintuplet cluster},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-37223},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {The presented thesis describes the observations of the Galactic center Quintuplet cluster, the spectral analysis of the cluster Wolf-Rayet stars of the nitrogen sequence to determine their fundamental stellar parameters, and discusses the obtained results in a general context. The Quintuplet cluster was discovered in one of the first infrared surveys of the Galactic center region (Okuda et al. 1987, 1989) and was observed for this project with the ESO-VLT near-infrared integral field instrument SINFONI-SPIFFI. The subsequent data reduction was performed in parts with a self-written pipeline to obtain flux-calibrated spectra of all objects detected in the imaged field of view. First results of the observation were compiled and published in a spectral catalog of 160 flux-calibrated \$K\$-band spectra in the range of 1.95 to 2.45\,\$\mu\$m, containing 85 early-type (OB) stars, 62 late-type (KM) stars, and 13 Wolf-Rayet stars. About 100 of these stars are cataloged for the first time. The main part of the thesis project was concentrated on the analysis of the WR stars of the nitrogen sequence and one further identified emission line star (Of/WN) with tailored Potsdam Wolf-Rayet (PoWR) models for expanding atmospheres (Hamann et al. 1995) that are applied to derive the stellar parameters of these stars. For this purpose, the atomic input data of the PoWR models had to be extended by further line transitions in the near-infrared spectral range to enable adaequate model spectra to be calculated. These models were then fitted to the observed spectra, revealing typical paramters for this class of stars. A significant amount of hydrogen of up to \$X_\text{H} \sim 0.2\$ by mass fraction is still present in their stellar atmospheres. The stars are also found to be very luminous (\$\log{(L/L_\odot)} > 6.0\$) and show mass-loss rates and wind characteristics typical for radiation-driven winds. By comparison with stellar evolutionary models (Meynet \\& Maeder 2003a; Langer et al. 1994), the initial masses were estimated and indicate that the Quintuplet WN stars are descendants from the most massive O stars with \$M_\text{init} > 60 M_\odot\$ and their ages correspond to a cluster age of 3-5\,million years. The analysis of the individual WN stars revealed an average extinction of \$A_K =3.1 \pm 0.5\$\,mag (\$A_V = 27 \pm 4\$) towards the Quintuplet cluster. This extinction was applied to derive the stellar luminosities of the remaining early-type and late-type stars in the catalog and a Hertzsprung-Russell diagram could be compiled. Surprisingly, two stellar populations are found, a group of main sequence OB stars and a group of evolved late-type stars, i.e. red supergiants (RSG). The main sequence stars indicate a cluster age of 4 million years, which would be too young for red supergiants to be already present. A star formation event lasting for a few million years might possibly explain the Quintuplet's population and the cluster would still be considered coeval. However, the unexpected and simultaneous presence of red supergiants and Wolf-Rayet stars in the cluster points out that the details of star formation and cluster evolution are not yet well understood for the Quintuplet cluster.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Breitenbach2009,
  author    = {Breitenbach, Sebastian Franz Martin},
  title     = {Changes in monsoonal precipitation and atmospheric circulation during the Holocene reconstructed from stalagmites from Northeastern India},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-37807},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Recent years witnessed a vast advent of stalagmites as palaeoclimate archives. The multitude of geochemical and physical proxies and a promise of a precise and accurate age model greatly appeal to palaeoclimatologists. Although substantial progress was made in speleothem-based palaeoclimate research and despite high-resolution records from low-latitudinal regions, proving that palaeo-environmental changes can be archived on sub-annual to millennial time scales our comprehension of climate dynamics is still fragmentary. This is in particular true for the summer monsoon system on the Indian subcontinent. The Indian summer monsoon (ISM) is an integral part of the intertropical convergence zone (ITCZ). As this rainfall belt migrates northward during boreal summer, it brings monsoonal rainfall. ISM strength depends however on a variety of factors, including snow cover in Central Asia and oceanic conditions in the Indic and Pacific. Presently, many of the factors influencing the ISM are known, though their exact forcing mechanism and mutual relations remain ambiguous. Attempts to make an accurate prediction of rainfall intensity and frequency and drought recurrence, which is extremely important for South Asian countries, resemble a puzzle game; all interaction need to fall into the right place to obtain a complete picture. My thesis aims to create a faithful picture of climate change in India, covering the last 11,000 ka. NE India represents a key region for the Bay of Bengal (BoB) branch of the ISM, as it is here where the monsoon splits into a northwestward and a northeastward directed arm. The Meghalaya Plateau is the first barrier for northward moving air masses and receives excessive summer rainfall, while the winter season is very dry. The proximity of Meghalaya to the Tibetan Plateau on the one hand and the BoB on the other hand make the study area a key location for investigating the interaction between different forcings that governs the ISM. A basis for the interpretation of palaeoclimate records, and a first important outcome of my thesis is a conceptual model which explains the observed pattern of seasonal changes in stable isotopes (d18O and d2H) in rainfall. I show that although in tropical and subtropical regions the amount effect is commonly called to explain strongly depleted isotope values during enhanced rainfall, alone it cannot account for observed rainwater isotope variability in Meghalaya. Monitoring of rainwater isotopes shows no expected negative correlation between precipitation amount and d18O of rainfall. In turn I find evidence that the runoff from high elevations carries an inherited isotopic signature into the BoB, where during the ISM season the freshwater builds a strongly depleted plume on top of the marine water. The vapor originating from this plume is likely to memorize' and transmit further very negative d18O values. The lack of data does not allow for quantication of this plume effect' on isotopes in rainfall over Meghalaya but I suggest that it varies on seasonal to millennial timescales, depending on the runoff amount and source characteristics. The focal point of my thesis is the extraction of climatic signals archived in stalagmites from NE India. High uranium concentration in the stalagmites ensured excellent age control required for successful high-resolution climate reconstructions. Stable isotope (d18O and d13C) and grey-scale data allow unprecedented insights into millennial to seasonal dynamics of the summer and winter monsoon in NE India. ISM strength (i. e. rainfall amount) is recorded in changes in d18Ostalagmites. The d13C signal, reflecting drip rate changes, renders a powerful proxy for dry season conditions, and shows similarities to temperature-related changes on the Tibetan Plateau. A sub-annual grey-scale profile supports a concept of lower drip rate and slower stalagmite growth during dry conditions. During the Holocene, ISM followed a millennial-scale decrease of insolation, with decadal to centennial failures resulting from atmospheric changes. The period of maximum rainfall and enhanced seasonality corresponds to the Holocene Thermal Optimum observed in Europe. After a phase of rather stable conditions, 4.5 kyr ago, the strengthening ENSO system dominated the ISM. Strong El Nino events weakened the ISM, especially when in concert with positive Indian Ocean dipole events. The strongest droughts of the last 11 kyr are recorded during the past 2 kyr. Using the advantage of a well-dated stalagmite record at hand I tested the application of laser ablation-inductively coupled plasma-mass spectrometry (LA-ICP-MS) to detect sub-annual to sub-decadal changes in element concentrations in stalagmites. The development of a large ablation cell allows for ablating sample slabs of up to 22 cm total length. Each analyzed element is a potential proxy for different climatic parameters. Combining my previous results with the LAICP- MS-generated data shows that element concentration depends not only on rainfall amount and associated leaching from the soil. Additional factors, like biological activity and hydrogeochemical conditions in the soil and vadose zone can eventually affect the element content in drip water and in stalagmites. I present a theoretical conceptual model for my study site to explain how climatic signals can be transmitted and archived in stalagmite carbonate. Further, I establish a first 1500 year long element record, reconstructing rainfall variability. Additionally, I hypothesize that volcanic eruptions, producing large amounts of sulfuric acid, can influence soil acidity and hence element mobilization.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Baczyński2009,
  author    = {Baczyński, Krzysztof Konrad},
  title     = {Buckling instabilities of semiflexible filaments in biological systems},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-37927},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {In dieser Arbeit werden Knickinstabilit{\"a}ten von Filamenten in biologischen Systemen untersucht. Das Zytoskelett von Zellen ist aus solchen Filamenten aufgebaut. Sie sind f{\"u}r die mechanische Stabilit{\"a}t der Zelle verantwortlich und spielen eine große Rolle bei intrazellul{\"a}ren Transportprozessen durch molekulare Motoren, die verschiedene Lasten wie beispielsweise Organellen entlang der Filamente des Zytoskeletts transportieren. Filamente sind semiflexible Polymere, deren Biegeenergie {\"a}hnlich groß ist wie die thermische Energie, so dass sie auch als elastische Balken auf der Nanoskala gesehen werden k{\"o}nnen, die signifikante thermische Fluktuationen zeigen. Wie ein makroskopischer elastischer Balken k{\"o}nnen auch Filamente eine mechanische Knickinstabilit{\"a}t unter Kompression zeigen. Im ersten Teil dieser Arbeit wird untersucht, wie diese Instabilit{\"a}t durch thermische Fluktuationen der Filamente beeinflusst wird. In Zellen k{\"o}nnen Kompressionskr{\"a}fte durch molekulare Motoren erzeugt werden. Das geschieht zum Beispiel w{\"a}hrend der Zellteilung in der mitotischen Spindel. Im zweiten Teil der Arbeit untersuchen wir, wie die stochastische Natur einer von Motoren generierten Kraft die Knickinstabilit{\"a}t von Filamenten beeinflusst. Zun{\"a}chst stellen wir kurz das Problem von Knickinstabilit{\"a}ten auf der makroskopischen Skala dar und f{\"u}hren ein Modell f{\"u}r das Knicken von Filamenten oder elastischen St{\"a}ben in zwei Raumdimensionen und in Anwesenheit thermischer Fluktuationen ein. Wir pr{\"a}sentieren eine analytische L{\"o}sung f{\"u}r Knickinstabilit{\"a}ten in Anwesenheit thermischer Fluktuationen, die auf einer Renormierungsgruppenrechnung im Rahmen des nichtlinearen Sigma-Models basiert. Wir integrieren die kurzwelligen Fluktuationen aus, um eine effektive Theorie f{\"u}r die langwelligen Moden zu erhalten, die die Knickinstabilit{\"a}t bestimmen. Wir berechnen die {\"A}nderung der kritischen Kraft f{\"u}r die Knickinstabilit{\"a}t und zeigen, dass die thermischen Fluktuationen in zwei Raumdimensionen zu einer Zunahme der kritischen Kraft f{\"u}hren. Außerdem zeigen wir, dass thermische Fluktuationen im geknickten Zustand zu einer Zunahme der mittleren projizierten L{\"a}nge des Filaments in Richtung der wirkenden Kraft f{\"u}hren. Als Funktion der Konturl{\"a}nge des Filaments besitzt die mittlere projizierte L{\"a}nge eine Spitze an der Knickinstabilit{\"a}t, die durch thermische Fluktuationen abgerundet wird. Unser Hauptresultat ist die Beobachtung, dass ein geknicktes Filament unter dem Einfluss thermischer Fluktuationen gestreckt wird, d.h. dass seine mittlere projizierte L{\"a}nge in Richtung der Kompressionskraft auf Grund der thermischen Fluktuationen zunimmt. Unsere analytischen Resultate werden durch Monte-Carlo Simulationen der Knickinstabilit{\"a}t semiflexibler Filamente in zwei Raumdimensionen best{\"a}tigt. Wir f{\"u}hren auch Monte-Carlo Simulationen in h{\"o}heren Raumdimensionen durch und zeigen, dass die Zunahme der projizierten L{\"a}nge unter dem Einfluss thermischer Fluktuationen weniger ausgepr{\"a}gt ist und stark von der Wahl der Randbedingungen abh{\"a}ngt. Im zweiten Teil der Arbeit formulieren wir ein Modell f{\"u}r die Knickinstabilit{\"a}t semiflexibler Filamente unter dem Einfluss molekularer Motoren. Wir untersuchen ein System, in dem sich eine Gruppe von Motoren entlang eines fixierten Filaments bewegt, und dabei ein zweites Filament als Last tr{\"a}gt. Das Last-Filament wird gegen eine Wand gedr{\"u}ckt und knickt. W{\"a}hrend des Knickvorgangs k{\"o}nnen die Motoren, die die Kraft auf das Filament generieren, stochastisch von dem Filament ab- und an das Filament anbinden. Wir formulieren ein stochastisches Model f{\"u}r dieses System und berechnen die "mean first passage time", d.h. die mittlere Zeit f{\"u}r den {\"U}bergang von einem Zustand, in dem alle Motoren gebundenen sind zu einem Zustand, in dem alle Motoren abgebunden sind. Dieser {\"U}bergang entspricht auch einem {\"U}bergang aus dem gebogenen zur{\"u}ck in einen ungebogenen Zustand des Last-Filaments. Unser Resultat zeigt, dass f{\"u}r gen{\"u}gend kurze Mikrotubuli die Bewegung der Motoren von der durch das Last-Filament generierten Kraft beeinflusst wird. Diese Ergebnisse k{\"o}nnen in zuk{\"u}nftigen Experimenten {\"u}berpr{\"u}ft werden.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{SennemaSkowronek2009,
  author    = {Sennema-Skowronek, Anke},
  title     = {The use of focus markers in second language word processing},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-37237},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {There are many factors which make speaking and understanding a second language (L2) a highly complex challenge. Skills and competencies in in both linguistic and metalinguistic areas emerge as parts of a multi-faceted, flexible concept underlying bilingual/multilingual communication. On the linguistic level, a combination of an extended knowledge of idiomatic expressions, a broad lexical familiarity, a large vocabulary size, and the ability to deal with phonetic distinctions and fine phonetic detail has been argued necessary for effective nonnative comprehension of spoken language. The scientific interest in these factors has also led to more interest in the L2's information structure, the way in which information is organised and packaged into informational units, both within and between clauses. On a practical level, the information structure of a language can offer the means to assign focus to a certain element considered important. Speakers can draw from a rich pool of linguistic means to express this focus, and listeners can in turn interpret these to guide them to the highlighted information which in turn facilitates comprehension, resulting in an appropriate understanding of what has been said. If a speaker doesn't follow the principles of information structure, and the main accent in a sentence is placed on an unimportant word, then there may be inappropriate information transfer within the discourse, and misunderstandings. The concept of focus as part of the information structure of a language, the linguistic means used to express it, and the differential use of focus in native and nonnative language processing are central to this dissertation. Languages exhibit a wide range of ways of directing focus, including by prosodic means, by syntactic constructions, and by lexical means. The general principles underlying information structure seem to contrast structurally across different languages, and they can also differ in the way they express focus. In the context of L2 acquisition, characteristics of the L1 linguistic system are argued to influence the acquisition of the L2. Similarly, the conceptual patterns of information structure of the L1 may influence the organization of information in the L2. However, strategies and patterns used to exploit information structure for succesful language comprehension in the native L1, may not apply at all, or work in different ways or todifferent degrees in the L2. This means that L2 learners ideally have to understand the way that information structure is expressed in the L2 to fully use the information structural benefit in the L2. The knowledge of information structural requirements in the L2 could also imply that the learner would have to make adjustments regarding the use of information structural devices in the L2. The general question is whether the various means to mark focus in the learners' native language are also accessible in the nonnative language, and whether a L1-L2 transfer of their usage should be considered desirable. The current work explores how information structure helps the listener to discover and structure the forms and meanings of the L2. The central hypothesis is that the ability to access information structure has an impact on the level of the learners' appropriateness and linguistic competence in the L2. Ultimately, the ability to make use of information structure in the L2 is believed to underpin the L2 learners' ability to effectively communicate in the L2. The present study investigated how use of focus markers affects processing speed and word recall recall in a native-nonnative language comparison. The predominant research question was whether the type of focus marking leads to more efficient and accurate word processing in marked structures than in unmarked structures, and whether differences in processing patterns can be observed between the two language conditions. Three perception studies were conducted, each concentrating on one of the following linguistic parameters: 1. Prosodic prominence: Does prosodic focus conveyed by sentence accent and by word position facilitate word recognition? 2. Syntactical means: Do cleft constructions result in faster and more accurate word processing? 3. Lexical means: Does focus conveyed by the particles even/only (German: sogar/nur) facilitate word processing and word recall? Experiments 2 and 3 additionally investigated the contribution of context in the form of preceding questions. Furthermore, they considered accent and its facilitative effect on the processing of words which are in the scope of syntactic or lexical focus marking. All three experiments tested German learners of English in a native German language condition and in English as their L2. Native English speakers were included as a control for the English language condition. Test materials consisted of single sentences, all dealing with bird life. Experiment 1 tested word recognition in three focus conditions (broad focus, narrow focus on the target, and narrow focus on a constituent than the target) in one condition using natural unmanipulated sentences, and in the other two conditions using spliced sentences. Experiment 2 (effect of syntactic focus marking) and Experiment 3 (effect of lexical focus marking) used phoneme monitoring as a measure for the speed of word processing. Additionally, a word recall test (4AFC) was conducted to assess the effective entry of target-bearing words in the listeners' memory. Experiment 1: Focus marking by prosodic means Prosodic focus marking by pitch accent was found to highlight important information (Bolinger, 1972), making the accented word perceptually more prominent (Klatt, 1976; van Santen \& Olive, 1990; Eefting, 1991; Koopmans-van Beinum \& van Bergem, 1989). However, accent structure seems to be processed faster in native than in nonnative listening (Akker\& Cutler, 2003, Expt. 3). Therefore, it is expected that prosodically marked words are better recognised than unmarked words, and that listeners can exploit accent structure better for accurate word recognition in their L1 than they do in the L2 (L1 > L2). Altogether, a difference in word recognition performance in L1 listening is expected between different focus conditions (narrow focus > broad focus). Results of Experiments 1 show that words were better recognized in native listening than in nonnative listening. Focal accent, however, doesn't seem to help the German subjects recognize accented words more accurately, in both the L1 and the L2. This could be due to the focus conditions not being acoustically distinctive enough. Results of experiments with spliced materials suggest that the surrounding prosodic sentence contour made listeners remember a target word and not the local, prosodic realization of the word. Prosody seems to indeed direct listeners' attention to the focus of the sentence (see Cutler, 1976). Regarding the salience of word position, VanPatten (2002; 2004) postulated a sentence location principle for L2 processing, stating a ranking of initial > final > medial word position. Other evidence mentions a processing adantage of items occurring late in the sentence (Akker \& Cutler, 2003), and Rast (2003) observed in an English L2 production study a trend of an advantage of items occurring at the outer ends of the sentence. The current Experiment 1 aimed to keep the length of the sentences to an acceptable length, mainly to keep the task in the nonnative lnaguage condition feasable. Word length showed an effect only in combination with word position (Rast, 2003; Rast \& Dommergues, 2003). Therefore, word length was included in the current experiment as a secondary factor and without hypotheses. Results of Experiment 1 revealed that the length of a word doesn't seem to be important for its accurate recognition. Word position, specifically the final position, clearly seems to facilitate accurate word recognition in German. A similar trend emerges in condition English L2, confirming Klein (1984) and Slobin (1985). Results don't support the sentence location principle of VanPatten (2002; 2004). The salience of the final position is interpreted as recency effect (Murdock, 1962). In addition, the advantage of the final position may benefit from the discourse convention that relevant background information is referred to first, and then what is novel later (Haviland \& Clark, 1974). This structure is assumed to cue the listener as to what the speaker considers to be important information, and listeners might have reacted according to this convention. Experiment 2: Focus marking by syntactic means Atypical syntactic structures often draw listeners' attention to certain information in an utterance, and the cleft structure as a focus marking device appears to be a common surface feature in many languages (Lambrecht, 2001). Surface structure influences sentence processing (Foss \& Lynch, 1969; Langford \& Holmes, 1979), which leads to competing hypotheses in Experiment 2: on the one hand, the focusing effect of the cleft construction might reduce processing times. On the other, cleft constructions in German were found to be used less to mark fo than in English (Ahlemeyer \& Kohlhof, 1999; Doherty, 1999; E. Klein, 1988). The complexity of the constructions, and the experience from the native language might work against an advantage of the focus effect in the L2. Results of Experiment 2 show that the cleft structure is an effective device to mark focus in German L1. The processing advantage is explained by the low degree of structural markedness of cleft structures: listeners use the focus function of sentence types headed by the dummy subject es (English: it) due to reliance on 'safe' subject-prominent SVO-structures. The benefit of cleft is enhanced when the sentences are presented with context, suggesting a substantial benefit when focus effects of syntactic surface structure and coherence relation between sentences are integrated. Clefts facilitate word processing for English native speakers. Contrary to German L1, the marked cleft construction doesn't reduce processing times in English L2. The L1-L2 difference was interpreted as a learner problem of applying specific linguistic structures according to the principles of information structure in the target language. Focus marking by cleft did not help German learners in native or in nonnative word recall. This could be attributed to the phonological similarity of the multiple choice options (Conrad \& Hull, 1964), and to a long time span between listening and recall (Birch \& Garnsey, 1995; McKoon et al., 1993). Experiment 3: Focus marking by lexical means Focus particles are elements of structure that can indicate focus (K{\"o}nig, 1991), and their function is to emphasize a certain part of the sentence (Paterson et al., 1999). I argue that the focus particles even/only (German: sogar/nur) evoke contrast sets of alternatives resp. complements to the element in focus (Ni et al., 1996), which causes interpretations of context. Therefore, lexical focus marking isn't expected to lead to faster word processing. However, since different mechanisms of encoding seem to underlie word memory, a benefit of the focusing function of particles is expected to show in the recall task: due to focus particles being a preferred and well-used feature for native speakers of German, a transfer of this habitualness is expected, resulting in a better recall of focused words. Results indicated that focus particles seem to be the weakest option to mark focus: Focus marking by lexical particle don't seem to reduce word processing times in either German L1, English L2, or in English L1. The presence of focus particles is likely to instantiate a complex discourse model which lets the listener await further modifying information (Liversedge et al., 2002). This semantic complexity might slow down processing. There are no indications that focus particles facilitate native language word recall in German L1 and English L1. This could be because focus particles open sets of conditions and contexts that enlarge the set of representations in listeners rather than narrowing it down to the element in the scope of the focus particle. In word recall, the facilitative effect of focus particles emerges only in the nonnative language condition. It is suggested that L2 learners, when faced with more demanding tasks in an L2, use a broad variety of means that identify focus for a better representation of novel words in the memory. In Experiments 2 and 3, evidence suggests that accent is an important factor for efficient word processing and accurate recall in German L1 and English L1, but less so in English L2. This underlines the function of accent as core speech parameter and consistent cue to the perception of prominence native language use (see Cutler \& Fodor, 1979; Pitt \& Samuel, 1990a; Eriksson et al., 2002; Akker \& Cutler, 2003); the L1-L2 difference is attributed to patterns of expectation that are employed in the L1 but not (yet?) in the L2. There seems to exist a fine-tuned sensitivity to how accents are distributed in the native language, listeners expect an appropriate distribution and interpret it accordingly (Eefting, 1991). This pleads for accent placement as extremely important to L2 proficiency; the current results also suggest that accent and its relationship with other speech parameters has to be newly established in the L2 to fully reveal its benefits for efficient processing of speech. There is evidence that additional context facilitates processing of complex syntactic structures but that a surplus of information has no effect if the sentence construction is less challenging for the listener. The increased amount of information to be processed seems to impede better word recall, particularly in the L2. Altogether, it seems that focus marking devices and context can combine to form an advantageous alliance: a substantial benefit in processing efficiency is found when parameters of focus marking and sentence coherence are integrated. L2 research advocates the beneficial aspects of providing context for efficient L2 word learning (Lawson \& Hogben, 1996). The current thesis promotes the view that a context which offers more semantic, prosodic, or lexical connections might compensate for the additional processing load that context constitutes for the listeners. A methodological consideration concerns the order in which language conditions are presented to listeners, i.e., L1-L2 or L2-L1. Findings suggest that presentation order could enforce a learning bias, with the performance in the second experiment being influenced by knowledge acquired in the first (see Akker \& Cutler, 2003). To conclude this work: The results of the present study suggest that information structure is more accessible in the native language than it is in the nonnative language. There is, however, some evidence that L2 learners have an understanding of the significance of some information-structural parameters of focus marking. This has a beneficial effect on processing efficiency and recall accuracy; on the cognitive side it illustrates the benefits and also the need of a dynamic exchange of information-structural organization between L1 and L2. The findings of the current thesis encourage the view that an understanding of information structure can help the learner to discover and categorise forms and meanings of the L2. Information structure thus emerges as a valuable resource to advance proficiency in a second language.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Hiller2009,
  author    = {Hiller, Matthias},
  title     = {Sample preparation of membrane proteins suitable for solid-state MAS NMR and development of assignment strategies},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-37246},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Although the basic structure of biological membranes is provided by the lipid bilayer, most of the specific functions are carried out by membrane proteins (MPs) such as channels, ion-pumps and receptors. Additionally, it is known, that mutations in MPs are directly or indirectly involved in many diseases. Thus, structure determination of MPs is of major interest not only in structural biology but also in pharmacology, especially for drug development. Advances in structural biology of membrane proteins (MPs) have been strongly supported by the success of three leading techniques: X-ray crystallography, electron microscopy and solution NMR spectroscopy. However, X-ray crystallography and electron microscopy, require highly diffracting 3D or 2D crystals, respectively. Today, structure determination of non-crystalline solid protein preparations has been made possible through rapid progress of solid-state MAS NMR methodology for biological systems. Castellani et. al. solved and refined the first structure of a microcrystalline protein using only solid-state MAS NMR spectroscopy. These successful application open up perspectives to access systems that are difficult to crystallise or that form large heterogeneous complexes and insoluble aggregates, for example ligands bound to a MP-receptor, protein fibrils and heterogeneous proteins aggregates. Solid-state MAS NMR spectroscopy is in principle well suited to study MP at atomic resolution. In this thesis, different types of MP preparations were tested for their suitability to be studied by solid-state MAS NMR. Proteoliposomes, poorly diffracting 2D crystals and a PEG precipitate of the outer membrane protein G (OmpG) were prepared as a model system for large MPs. Results from this work, combined with data found in the literature, show that highly diffracting crystalline material is not a prerequirement for structural analysis of MPs by solid-state MAS NMR. Instead, it is possible to use non-diffracting 3D crystals, MP precipitates, poorly diffracting 2D crystals and proteoliposomes. For the latter two types of preparations, the MP is reconstituted into a lipid bilayer, which thus allows the structural investigation in a quasi-native environment. In addition, to prepare a MP sample for solid-state MAS NMR it is possible to use screening methods, that are well established for 3D and 2D crystallisation of MPs. Hopefully, these findings will open a fourth method for structural investigation of MP. The prerequisite for structural studies by NMR in general, and the most time consuming step, is always the assignment of resonances to specific nuclei within the protein. Since the last few years an ever-increasing number of assignments from solid-state MAS NMR of uniformly carbon and nitrogen labelled samples is being reported, mostly for small proteins of up to around 150 amino acids in length. However, the complexity of the spectra increases with increasing molecular weight of the protein. Thus the conventional assignment strategies developed for small proteins do not yield a sufficiently high degree of assignment for the large MP OmpG (281 amino acids). Therefore, a new assignment strategy to find starting points for large MPs was devised. The assignment procedure is based on a sample with [2,3-13C, 15N]-labelled Tyr and Phe and uniformly labelled alanine and glycine. This labelling pattern reduces the spectral overlap as well as the number of assignment possibilities. In order to extend the assignment, four other specifically labelled OmpG samples were used. The assignment procedure starts with the identification of the spin systems of each labelled amino acid using 2D 13C-13C and 3D NCACX correlation experiments. In a second step, 2D and 3D NCOCX type experiments are used for the sequential assignment of the observed resonances to specific nuclei in the OmpG amino acid sequence. Additionally, it was shown in this work, that biosynthetically site directed labelled samples, which are normally used to observe long-range correlations, were helpful to confirm the assignment. Another approach to find assignment starting points in large protein systems, is the use of spectroscopic filtering techniques. A filtering block that selects methyl resonances was used to find further assignment starting points for OmpG. Combining all these techniques, it was possible to assign nearly 50 \% of the observed signals to the OmpG sequence. Using this information, a prediction of the secondary structure elements of OmpG was possible. Most of the calculated motifs were in good aggreement with the crystal structures of OmpG. The approaches presented here should be applicable to a wide variety of MPs and MP-complexes and should thus open a new avenue for the structural biology of MPs.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Troppmann2009,
  author    = {Troppmann, Britta},
  title     = {Klonierung und Charakterisierung aminerger Rezeptoren der Amerikanischen Schabe Periplaneta americana},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus-36619},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  year      = {2009},
  abstract  = {Biogene Amine sind kleine organische Verbindungen, die sowohl bei Vertebraten als auch bei Invertebraten als Neurotransmitter, Neuromodulatoren und/oder Neurohormone wirken. Sie bilden eine bedeutende Gruppe von Botenstoffen und entfalten ihre Wirkungen vornehmlich {\"u}ber die Bindung an G-Protein-gekoppelte Rezeptoren. Bei Insekten wurde eine Vielzahl von Wirkungen biogener Amine beschrieben. Das f{\"u}hrte schon fr{\"u}hzeitig zur Vermutung, dass Insekten (u. a. Invertebraten) wie die Wirbeltiere ein diverses Repertoire an aminergen Rezeptoren besitzen. F{\"u}r ein umfassendes Verst{\"a}ndnis der komplexen physiologischen Wirkungen biogener Amine fehlten jedoch wichtige Informationen {\"u}ber die molekulare Identit{\"a}t der entsprechenden Rezeptorproteine und ihrer pharmakologischen Eigenschaften, ihre Lokalisation und ihre intrazellul{\"a}ren Reaktionspartner. Viele bei Schaben gut untersuchte (neuro)physiologische Prozesse sowie Verhaltensweisen werden durch Serotonin und Dopamin gesteuert bzw. moduliert. {\"U}ber die beteiligten Rezeptoren ist jedoch bisher vergleichsweise wenig bekannt. Die Klonierung und Charakterisierung von Serotonin- und Dopaminrezeptoren der Amerikanischen Schabe P. americana ist damit ein l{\"a}ngst {\"u}berf{\"a}lliger Schritt auf dem Weg zu einem umfassenden Verst{\"a}ndnis der vielf{\"a}ltigen Wirkungen biogener Amine bei Insekten. Durch die Anwendung verschiedener Klonierungsstrategien konnten cDNAs isoliert werden, die f{\"u}r potentielle Serotoninrezeptoren und einen Dopaminrezeptor kodieren. Die Sequenzen weisen die gr{\"o}ßte {\"A}hnlichkeit zu Mitgliedern der 5-HT1- und 5-HT7-Rezeptorklassen bzw. den Invertebratentyp-Dopaminrezeptoren auf. Die isolierten Rezeptoren der Amerikanischen Schabe wurden dementsprechend Pea(Periplaneta americana)5-HT1, Pea5-HT7 und PeaDop2 benannt. Das Hydropathieprofil dieser Rezeptoren postuliert das Vorhandensein der charakteristischen heptahelikalen Architektur G-Protein-gekoppelter Rezeptoren. Die abgeleiteten Aminos{\"a}uresequenzen zeigen typische Merkmale aminerger Rezeptoren. So sind Aminos{\"a}uren, die bedeutend f{\"u}r die Ligandenbindung, die Rezeptoraktivierung und die Kopplung an G﷓Proteine sind, in den Rezeptoren konserviert. Expressionsstudien zeigten eine auffallend hohe Expression aller drei Rezeptor-mRNAs im Gehirn sowie in den Speicheldr{\"u}sen. Im Rahmen dieser Arbeit wurden polyklonale Antik{\"o}rper gegen den Pea5-HT1-Rezeptor sowie den PeaDop2-Rezeptor hergestellt. Der anti-Pea5-HT1-Antik{\"o}rper detektiert im Homogenat von Schabengehirnen, Speicheldr{\"u}sen und Pea5-HT1-exprimierenden HEK 293-Zellen die glykosylierte Form des Rezeptors. In Gehirnschnitten markiert der anti-Pea5-HT1-Antik{\"o}rper spezifisch einige Zellk{\"o}rper in der Pars intercerebralis und deren Axone, welche in den Corpora cardiaca Nerv I projizieren. Der PeaDop2-Rezeptor wurde durch den spezifischen anti-PeaDop2-Antik{\"o}rper in Neuronen mit Somata im anterioren Randbereich der Medulla nachgewiesen. Diese Neurone innervieren die optischen Loben und projizieren in das ventrolaterale Protocerebrum. Die intrazellul{\"a}ren Signalwege der heterolog exprimierten Pea5-HT1- und PeaDop2-Rezeptoren wurden in HEK 293-Zellen untersucht. Die Aktivierung des Pea5-HT1-Rezeptors durch Serotonin f{\"u}hrt zur Hemmung der cAMP-Synthese. Des Weiteren wurde gezeigt, dass der Rezeptor konstitutive Aktivit{\"a}t besitzt. WAY 100635, ein hoch selektiver 5-HT1A-Rezeptorantagonist, wurde als wirksamer inverser Agonist am Pea5-HT1-Rezeptor identifiziert. Der stabil exprimierte PeaDop2-Rezeptor antwortet auf eine Aktivierung durch Dopamin mit einer Erh{\"o}hung der cAMP-Konzentration. Eine C-terminal trunkierte Variante dieses Rezeptors ist eigenst{\"a}ndig nicht funktional. Die Ergebnisse der vorliegenden Arbeit indizieren, dass die untersuchten aminergen Rezeptoren im zentralen Nervensystems der Schabe an der Informationsverarbeitung beteiligt sind und verschiedene physiologische Prozesse in peripheren Organen regulieren. Mit der Klonierung und funktionellen Charakterisierung der ersten Serotoninrezeptoren und eines Dopaminrezeptors ist damit eine wichtige Grundlage f{\"u}r die Untersuchung ihrer Funktionen geschaffen worden.},
  language  = {de}
}