@phdthesis{RibeiroMartins2017,
  author    = {Ribeiro Martins, Renata Filipa},
  title     = {Deciphering evolutionary histories of Southeast Asian Ungulates},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus4-404669},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  pages     = {vii, 115},
  year      = {2017},
  abstract  = {Im Verlauf von Jahrmillionen gestalteten evolution{\"a}re Kr{\"a}fte die Verbreitung und genetische Variabilit{\"a}t von Arten, indem sie die Anpassungsf{\"a}higkeit und {\"U}berlebenswahrscheinlichkeit dieser Arten beeinflussten. Da S{\"u}dostasien eine außerordentlich artenreiche Region darstellt, eignet sie sich besonders, um den Einfluss dieser Kr{\"a}fte zu untersuchen. Historische Klimaver{\"a}nderungen hatten dramatische Auswirkungen auf die Verf{\"u}gbarkeit sowie die Verbreitung von Habitaten in S{\"u}dostasien, weil hierdurch wiederholt das Festland mit sonst isolierten Inseln verbunden wurde. Dies beeinflusste nicht nur, wie Arten in dieser Region verbreitet sind, sondern erm{\"o}glichte auch eine zunehmende genetische Variabilit{\"a}t. Zwar ist es bekannt, dass Arten mit {\"a}hnlicher Evolutionsgeschichte unterschiedliche phylogeographische Muster aufweisen k{\"o}nnen. Die zugrundeliegenden Mechanismen sind jedoch nur gering verstanden. Diese Dissertation behandelt die Phylogeographie von drei Gruppen von Huftieren, welche im S{\"u}den und S{\"u}dosten Asiens vorkommen. Dabei war das vornehmliche Ziel, zu verstehen, wie es zur Ausbildung verschiedener Arten sowie zu einer regionalen Verteilung von genetischer Variabilit{\"a}t kam. Hierf{\"u}r untersuchte ich die mitochondrialen Genome alter Proben. Dadurch war es m{\"o}glich, Populationen des gesamten Verbreitungsgebietes der jeweiligen Arten zu untersuchen - auch solche Populationen, die heutzutage nicht mehr existieren. Entsprechend der einzelnen Huftiergruppen ist diese Arbeit in drei Kapitel unterteilt: Muntjaks (Muntiacus sp.), Hirsche der Gattung Rusa und asiatische Nash{\"o}rner. Alle drei Gruppen weisen eine Aufteilung in unterschiedliche Linien auf, was jeweils direkt auf Ereignisse des Pleistoz{\"a}ns zur{\"u}ckgef{\"u}hrt werden kann. Muntjaks sind eine weit verbreitete Art, die in verschiedensten Habitaten vorkommen kann. Ich wies nach, dass es in der Vergangenheit zu genetischem Austausch zwischen Populationen von verschiedenen Inseln des Sundalandes kam. Dies deutet auf die F{\"a}higkeit von Muntjaks hin, sich an die ehemaligen Landbr{\"u}cken anzupassen. Jedoch zeige ich auch, dass mindestens zwei Hindernisse bei ihrer Verbreitung existierten, wodurch es zu einer Differenzierung von Populationen kam: eine Barriere trennte Populationen des asiatischen Festlands von denen der Sundainseln, die andere isolierte sri-lankische von restlichen Muntjaks. Die zwei untersuchten Rusa-Arten weisen ein anderes Muster auf, was wiederum eine weitere Folge der pleistoz{\"a}nen Landbr{\"u}cken darstellt. Beide Arten sind ausschließlich monophyletisch. Allerdings gibt es Anzeichen f{\"u}r die Hybridisierung dieser Arten auf Java, was durch eine fr{\"u}here Ausbreitung des sambar (R. unicolor) gef{\"o}rdert wurde. Aufgrund dessen fand ich zudem, dass all jene Individuen der anderen Art, R. timorensis, die durch den Menschen auf die {\"o}stlichen Sundainseln gebracht wurden, in Wahrheit Hybride sind. F{\"u}r den dritten Teil war es mir m{\"o}glich, Proben von Vertretern ausgestorbener Populationen vom asiatischen Festland des Sumatra- und des Java-Nashorns (Dicerorhinus sumatrensis und Rhinoceros sondaicus) zu analysieren. Die Ergebnisse meiner Arbeit belegen, dass die genetische Vielfalt dieser historischen Populationen bedeutend gr{\"o}ßer war als die der heutigen Nachkommen. Ihre jeweilige Evolutionsgeschichte korreliert stark mit pleistoz{\"a}nen Prozessen. Außerdem betonen meine Ergebnisse das enorme Ausmaß von verlorener genetischer Diversit{\"a}t dieser stark bedrohten Arten. Jede Art besitzt eine individuelle phylogeographische Geschichte. Ebenso fand ich aber auch allgemeing{\"u}ltige Muster von genetischer Differenzierung in allen Gruppen, welche direkt mit Ereignissen des Pleistoz{\"a}ns assoziiert werden k{\"o}nnen. Vergleicht man jedoch die einzelnen Ergebnisse der Arten, wird deutlich, dass die gleichen geologischen Prozesse nicht zwangsl{\"a}ufig in gleiche evolutive Ergebnisse resultieren. Einer der Gr{\"u}nde hierf{\"u}r k{\"o}nnte zum Beispiel die unterschiedliche Durchl{\"a}ssigkeit der entstandenen Landkorridore des Sundaschelfs sein. Die M{\"o}glichkeit diese neuen Habitate zu nutzen und somit auch zu passieren steht im direkten Bezug zu den spezifischen {\"o}kologischen Bed{\"u}rfnissen der Arten.Zusammenfassend leisten meine Erkenntnisse einen wichtigen Beitrag, die Evolution und geographische Aufteilung der genetischen Vielfalt in diesem Hotspot an Biodiversit{\"a}t zu verstehen. Obendrein k{\"o}nnen sie aber auch Auswirkungen auf die Erhaltung und systematische Klassifikation der untersuchten Arten haben.},
  language  = {en}
}
@misc{RibeiroMartinsFickelLeetal.2017,
  author    = {Ribeiro Martins, Renata Filipa and Fickel, J{\"o}rns and Le, Minh and Nguyen, Thanh van and Nguyen, Ha M. and Timmins, Robert and Gan, Han Ming and Rovie-Ryan, Jeffrine J. and Lenz, Dorina and F{\"o}rster, Daniel W. and Wilting, Andreas},
  title     = {Phylogeography of red muntjacs reveals three distinct mitochondrial lineages},
  series = {Postprints der Universit{\"a}t Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe},
  journal   = {Postprints der Universit{\"a}t Potsdam : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Reihe},
  number    = {973},
  issn      = {1866-8372},
  doi       = {10.25932/publishup-43078},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus4-430780},
  pages     = {14},
  year      = {2017},
  abstract  = {Background The members of the genus Muntiacus are of particular interest to evolutionary biologists due to their extreme chromosomal rearrangements and the ongoing discussions about the number of living species. Red muntjacs have the largest distribution of all muntjacs and were formerly considered as one species. Karyotype differences led to the provisional split between the Southern Red Muntjac (Muntiacus muntjak) and the Northern Red Muntjac (M. vaginalis), but uncertainties remain as, so far, no phylogenetic study has been conducted. Here, we analysed whole mitochondrial genomes of 59 archival and 16 contemporaneous samples to resolve uncertainties about their taxonomy and used red muntjacs as model for understanding the evolutionary history of other species in Southeast Asia. Results We found three distinct matrilineal groups of red muntjacs: Sri Lankan red muntjacs (including the Western Ghats) diverged first from other muntjacs about 1.5 Mya; later northern red muntjacs (including North India and Indochina) and southern red muntjacs (Sundaland) split around 1.12 Mya. The diversification of red muntjacs into these three main lineages was likely promoted by two Pleistocene barriers: one through the Indian subcontinent and one separating the Indochinese and Sundaic red muntjacs. Interestingly, we found a high level of gene flow within the populations of northern and southern red muntjacs, indicating gene flow between populations in Indochina and dispersal of red muntjacs over the exposed Sunda Shelf during the Last Glacial Maximum. Conclusions Our results provide new insights into the evolution of species in South and Southeast Asia as we found clear genetic differentiation in a widespread and generalist species, corresponding to two known biogeographical barriers: The Isthmus of Kra and the central Indian dry zone. In addition, our molecular data support either the delineation of three monotypic species or three subspecies, but more importantly these data highlight the conservation importance of the Sri Lankan/South Indian red muntjac.},
  language  = {en}
}