@phdthesis{Wunderlich2014,
  author    = {Wunderlich, Kai},
  title     = {Entwicklung einer parallelen Mehrkomponentenanalyse von Antigen-Antik{\"o}rper-Reaktionen in der Dopinganalyse},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus4-76869},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  pages     = {VIII, 130},
  year      = {2014},
  abstract  = {Weltweit streben Anti-Doping Institute danach jene Sportler zu {\"u}berf{\"u}hren, welche sich unerlaubter Mittel oder Methoden bedienen. Die hierf{\"u}r notwendigen Testsysteme werden kontinuierlich weiterentwickelt und neue Methoden aufgrund neuer Wirkstoffe der Pharmaindustrie etabliert. Gegenstand dieser Arbeit war es, eine parallele Mehrkomponentenanalyse auf Basis von Antigen-Antik{\"o}rper Reaktionen zu entwickeln, bei dem es prim{\"a}r um Verringerung des ben{\"o}tigten Probevolumens und der Versuchszeit im Vergleich zu einem Standard Nachweis-Verfahren ging. Neben der Verwendung eines Multiplex Ansatzes und der Mikroarraytechnologie stellten ebenfalls die Genauigkeit aller Messparameter, die Stabilit{\"a}t des Versuchsaufbaus sowie die Performance {\"u}ber einen Einfach-Blind-Ansatz Herausforderungen dar. Die Anforderung an den Multiplex Ansatz, keine falschen Signale trotz {\"a}hnlicher Strukturen zu messen, konnte durch die gezielte Kombination von spezifischen Antik{\"o}rpern realisiert werden. Hierf{\"u}r wurden neben Kreuzreaktivit{\"a}tstests auf dem Mikroarray parallel erfolgreich Western Blot Versuche durchgef{\"u}hrt. Jene Antik{\"o}rper, welche in diesen Versuchen die gesetzten Anforderungen erf{\"u}llten, wurden f{\"u}r das Ermitteln der kleinsten nachweisbaren Konzentration verwendet. {\"U}ber das Optimieren der Versuchsbedingungen konnte unter Verwendung von Tween in der Waschl{\"o}sung sowohl auf Glas als auch auf Kunststoff die Hintergrundfluoreszenz reduziert und somit eine Steigerung des Signal/Hintergrundverh{\"a}ltnisses erreicht werden. In den Versuchen zu Ermittlung der Bestimmungsgrenze wurde f{\"u}r das humane Choriongonadotropin (hCG-i) eine Konzentration von 10 mU/ml, f{\"u}r dessen beta-Untereinheit (hCG-beta) eine Konzentration von 3,6 mU/ml und f{\"u}r das luteinisierende Hormon (LH) eine Konzentration von 10 mU/ml bestimmt. Den ermittelten Wert im Serum f{\"u}r das hCG-i entspricht dem von der Welt-Anti-Dopin-Agentur (WADA) geforderten Wert in Urin von 5 mU/ml. Neben der Ermittlung von Bestimmungsgrenzen wurden diese hinsichtlich auftretender Matrixeffekte in Serum und Blut gemessen. Wie aus den Versuchen zur Ermittlung von Kreuzreaktivit{\"a}ten auf dem Mikroarray zu entnehmen ist, lassen sich das LH, das hCG-i und hCG-β ebenfalls in Serum und Blut messen. Die Durchf{\"u}hrung einer Performance-Analyse {\"u}ber einem Einfach-Blind-Ansatz mit 130 Serum Proben, wurde ebenfalls {\"u}ber dieses System realisiert. Die ausgewerteten Proben wurden anschließend {\"u}ber eine Grenzwertoptimierungskurve analysiert und die diagnostische Spezifit{\"a}t ermittelt. F{\"u}r die Messungen des LH konnte eine Sensitivit{\"a}t und Spezifit{\"a}t von 100\% erreicht werden. Demnach wurden alle negativen und positiven Proben eindeutig interpretiert. F{\"u}r das hCG-β konnte ebenfalls eine Spezifit{\"a}t von 100\% und eine Sensitivit{\"a}t von 97\% erreicht werden. Die hCG-i Proben wurden mit einer Spezifit{\"a}t von 100\% und eine Sensitivit{\"a}t von 97,5\% gemessen. Um den Nachweis zu erbringen, dass dieser Versuchsaufbau {\"u}ber mehrere Wochen stabile Signale bei Vermessen von identischen Proben liefert, wurde ein {\"u}ber zw{\"o}lf Wochen angesetzter Stabilit{\"a}tstest f{\"u}r alle Parameter erfolgreich in Serum und Blut durchgef{\"u}hrt. Zusammenfassend konnte in dieser Arbeit erfolgreich eine Mehrkomponentenanalyse als Multiplex Ansatz auf einem Mikroarray entwickelt werden. Die Durchf{\"u}hrung der Performance-Analyse und des Stabilit{\"a}tstests zeigen bereits die m{\"o}gliche Einsatzf{\"a}higkeit dieses Tests im Kontext einer Dopinganalyse.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Stech2014,
  author    = {Stech, Marlitt},
  title     = {Investigations on the cell-free synthesis of single-chain antibody fragments using a cukaryotic translation system},
  pages     = {ix, 126},
  year      = {2014},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Sprenger2014,
  author    = {Sprenger, Heike},
  title     = {Characterization of drought tolerance in potato cultivars for identification of molecular markers},
  pages     = {146},
  year      = {2014},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Soja2014,
  author    = {Soja, Aleksandra Maria},
  title     = {Transcriptomic and metabolomic analysis of Arabidopsis thaliana during abiotic stress},
  pages     = {134},
  year      = {2014},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Schulz2014,
  author    = {Schulz, Elisa},
  title     = {The role of flavonols and anthocyanins in the cold an UV-B acclimation of Arabidopsis thaliana (L.)},
  pages     = {159},
  year      = {2014},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Schmitt2014,
  author    = {Schmitt, Clemens Nikolaus Zeno},
  title     = {The role of protein metal complexes in the mechanics of Mytilus californianus byssal threads},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus4-74216},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  pages     = {VIII, 93},
  year      = {2014},
  abstract  = {Protein-metal coordination complexes are well known as active centers in enzymatic catalysis, and to contribute to signal transduction, gas transport, and to hormone function. Additionally, they are now known to contribute as load-bearing cross-links to the mechanical properties of several biological materials, including the jaws of Nereis worms and the byssal threads of marine mussels. The primary aim of this thesis work is to better understand the role of protein-metal cross-links in the mechanical properties of biological materials, using the mussel byssus as a model system. Specifically, the focus is on histidine-metal cross-links as sacrificial bonds in the fibrous core of the byssal thread (Chapter 4) and L-3,4-dihydroxyphenylalanine (DOPA)-metal bonds in the protective thread cuticle (Chapter 5). Byssal threads are protein fibers, which mussels use to attach to various substrates at the seashore. These relatively stiff fibers have the ability to extend up to about 100 \% strain, dissipating large amounts of mechanical energy from crashing waves, for example. Remarkably, following damage from cyclic loading, initial mechanical properties are subsequently recovered by a material-intrinsic self-healing capability. Histidine residues coordinated to transition metal ions in the proteins comprising the fibrous thread core have been suggested as reversible sacrificial bonds that contribute to self-healing; however, this remains to be substantiated in situ. In the first part of this thesis, the role of metal coordination bonds in the thread core was investigated using several spectroscopic methods. In particular, X-ray absorption spectroscopy (XAS) was applied to probe the coordination environment of zinc in Mytilus californianus threads at various stages during stretching and subsequent healing. Analysis of the extended X-ray absorption fine structure (EXAFS) suggests that tensile deformation of threads is correlated with the rupture of Zn-coordination bonds and that self-healing is connected with the reorganization of Zn-coordination bond topologies rather than the mere reformation of Zn-coordination bonds. These findings have interesting implications for the design of self-healing metallopolymers. The byssus cuticle is a protective coating surrounding the fibrous thread core that is both as hard as an epoxy and extensible up to 100 \% strain before cracking. It was shown previously that cuticle stiffness and hardness largely depend on the presence of Fe-DOPA coordination bonds. However, the byssus is known to concentrate a large variety of metals from seawater, some of which are also capable of binding DOPA (e.g. V). Therefore, the question arises whether natural variation of metal composition can affect the mechanical performance of the byssal thread cuticle. To investigate this hypothesis, nanoindentation and confocal Raman spectroscopy were applied to the cuticle of native threads, threads with metals removed (EDTA treated), and threads in which the metal ions in the native tissue were replaced by either Fe or V. Interestingly, replacement of metal ions with either Fe or V leads to the full recovery of native mechanical properties with no statistical difference between each other or the native properties. This likely indicates that a fixed number of metal coordination sites are maintained within the byssal thread cuticle - possibly achieved during thread formation - which may provide an evolutionarily relevant mechanism for maintaining reliable mechanics in an unpredictable environment. While the dynamic exchange of bonds plays a vital role in the mechanical behavior and self-healing in the thread core by allowing them to act as reversible sacrificial bonds, the compatibility of DOPA with other metals allows an inherent adaptability of the thread cuticle to changing circumstances. The requirements to both of these materials can be met by the dynamic nature of the protein-metal cross-links, whereas covalent cross-linking would fail to provide the adaptability of the cuticle and the self-healing of the core. In summary, these studies of the thread core and the thread cuticle serve to underline the important and dynamic roles of protein-metal coordination in the mechanical function of load-bearing protein fibers, such as the mussel byssus.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Scheinemann2014,
  author    = {Scheinemann, Hendrik Alexander},
  title     = {Hygienisierung von Rinderg{\"u}lle und Kl{\"a}rschl{\"a}mmen mittels milchsaurer Fermentation},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:517-opus4-77949},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  pages     = {xviii, 172},
  year      = {2014},
  abstract  = {Tierische und menschliche F{\"a}kalien aus Landwirtschaft und Haushalten enthalten zahlreiche obligat und opportunistisch pathogene Mikroorganismen, deren Konzentration u. a. je nach Gesundheitszustand der betrachteten Gruppe schwankt. Neben den Krankheitserregern enthalten F{\"a}kalien aber auch essentielle Pflanzenn{\"a}hrstoffe (276) und dienen seit Jahrtausenden (63) als D{\"u}nger f{\"u}r Feldfr{\"u}chte. Mit der unbedarften Verwendung von pathogenbelastetem F{\"a}kald{\"u}nger steigt jedoch auch das Risiko einer Infektion von Mensch und Tier. Diese Gefahr erh{\"o}ht sich mit der globalen Vernetzung der Landwirtschaft, z. B. durch den Import von kontaminierten Futter- bzw. Lebensmitteln (29). Die vorliegende Arbeit stellt die milchsaure Fermentation von Rinderg{\"u}lle und Kl{\"a}rschlamm als alternative Hygienisierungsmethode gegen{\"u}ber der Pasteurisation in Biogasanlagen bzw. gebr{\"a}uchlichen Kompostierung vor. Dabei wird ein Abfall der Gram-negativen Bakterienflora sowie der Enterokokken, Schimmel- und Hefepilze unter die Nachweisgrenze von 3 log10KbE/g beobachtet, gleichzeitig steigt die Konzentration der Lactobacillaceae um das Tausendfache. Dar{\"u}ber hinaus wird gezeigt, dass pathogene Bakterien wie Staphylococcus aureus, Salmonella spp., Listeria monocytogenes, EHEC O:157 und vegetative Clostridum perfringens-Zellen innerhalb von 3 Tagen inaktiviert werden. Die Inaktivierung von ECBO-Viren und Spulwurmeiern erfolgt innerhalb von 7 bzw. 56 Tagen. Zur Aufkl{\"a}rung der Ursache der beobachteten Hygienisierung wurde das fermentierte Material auf fl{\"u}chtige Fetts{\"a}uren sowie pH-Wert{\"a}nderungen untersucht. Es konnte festgestellt werden, dass die gemessenen Werte nicht die alleinige Ursache f{\"u}r das Absterben der Erreger sind, vielmehr wird eine zus{\"a}tzliche bakterizide Wirkung durch eine mutmaßliche Bildung von Bakteriozinen in Betracht gezogen. Die parasitizide Wirkung wird auf die physikalischen Bedingungen der Fermentation zur{\"u}ckgef{\"u}hrt. Die methodischen Grundlagen basieren auf Analysen mittels zahlreicher klassisch-kultureller Verfahren, wie z. B. der Lebendkeimzahlbestimmung. Dar{\"u}ber hinaus findet die MALDI-TOF-Massenspektrometrie und die klassische PCR in Kombination mit der Gradienten-Gelelektrophorese Anwendung, um kultivierbare Bakterienfloren zu beschreiben bzw. nicht kultivierbare Bakterienfloren stichprobenartig zu erfassen. Neben den Aspekten der Hygienisierung wird zudem die Eignung der Methode f{\"u}r die landwirtschaftliche Nutzung ber{\"u}cksichtigt. Dies findet sich insbesondere in der Komposition des zu fermentierenden Materials wieder, welches f{\"u}r die verst{\"a}rkte Humusakkumulation im Ackerboden optimiert wurde. Dar{\"u}ber hinaus wird die Masseverlustbilanz w{\"a}hrend der milchsauren Fermentation mit denen der Kompostierung sowie der Verarbeitung in der Biogasanlage verglichen und als positiv bewertet, da sie mit insgesamt 2,45 \% sehr deutlich unter den bisherigen Alternativen liegt (73, 138, 458). Weniger Verluste an organischem Material w{\"a}hrend der Hygienisierung f{\"u}hren zu einer gr{\"o}ßeren verwendbaren D{\"u}ngermenge, die auf Grund ihres organischen Ursprungs zu einer Verst{\"a}rkung des Humusanteiles im Ackerboden beitragen kann (56, 132).},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Sachse2014,
  author    = {Sachse, Rita},
  title     = {Biological membranes in cell-free systems},
  pages     = {111, XIX},
  year      = {2014},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Roethlein2014,
  author    = {R{\"o}thlein, Christoph},
  title     = {Investigation of polyglutamine fibril structure using a novel FRET-based approach},
  school      = {Universit{\"a}t Potsdam},
  pages     = {V, 119},
  year      = {2014},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Ryngajllo2014,
  author    = {Ryngajllo, Malgorzata},
  title     = {Harnessing gene expression informaton for prediction of protein subcellular localization and metabolite-coupled analysis of diurnal rythms in tomato leaves},
  address   = {Potsdam},
  pages     = {176 S.},
  year      = {2014},
  language  = {en}
}